Ringkasan

 Promotor lac berisi dua situs pengikatan terpisah, satu untuk RNA polimerase dan satu
lagi untuk kompleks CAP / cAMP. Kompleks CAP / cAMP harus ada di tempat
pengikatan pada promotor lac untuk menginduksi operon secara normal. Meskipun
mekanisme pasti dimana CAP / cAMP menstimulasi pengikatan RNA polimerase ke
promotor tidak pasti, kontrol positif dari transkripsi operon lac sangat tergantung pada
hasil percobaan in vivo dan in vitro. Oleh karena itu, cAMP bertindak sebagai molekul
efektor untuk menentukan pengaruh CAP pada transkripsi lac operon.
 Glukosa dapat mencegah aktivasi adenylate cyclase, yang dapat mengkatalisis
pembentukan cAMP dari ATP. Dengan adanya cAMP konsentrasi rendah, CAP tidak
dapat mengikat promotor lac operon. Oleh karena itu, dengan adanya glukosa, transkripsi
lac operon tidak pernah melebihi 2% dari laju induksi yang diamati tanpa adanya glukosa.

Interaksi Protein-DNA yang mengontrol transkripsi pada Operon Lac

 Salah satu Interaksi kunci melibatkan pengikatan RNA polimerase ke situs pengikatannya
di promotor lac, dan interaksi penting lainnya adalah pengikatan CAP / cAMP ke situs
pengikatannya di promotor lac. Kombinasi CAP/cAMP dapat merangsang transkripsi gen
struktural lac Kecuali CAP / cAMP sudah terikat, RNA polimerase tidak dapat mengikat
secara efektif ke situs pengikatannya pada promotor lac.
 Dalam promotor lac, situs pengikatan CAP / cAMP dan RNA polimerase berdekatan satu
sama lain. Dikatakan bahwa pembengkokan DNA yang disebabkan oleh CAP / cAMP
mendorong situs terbuka RNA polimerase, sehingga meningkatkan pengikatan dan
transkripsi gen struktural.
 Kombinasi penekan lac dan operon lac dapat mencegah RNA polimerase
mentranskripsikan gen struktural dalam operon. Operon lac dikendalikan oleh tiga
operator: operator utama -O1- dan dua operator bantu -O2 dan O3. O1 adalah operator
asli yang diidentifikasi oleh Jacob dan Monod; O2 terletak di antara promotor dan gen Z,
O2 terletak di hilir O1 dalam gen Z, dan O3 terletak di hilir promotor. Represi maksimum
membutuhkan ketiga operator; namun, selama O1 dan O2 atau O3 ada, represi yang kuat
akan terjadi.
 Bentuk aktif dari lac repressor adalah tetramer, yang berisi empat salinan produk dari gen
lacI. Studi sinar-X dari struktur yang dibentuk oleh penekan lac dan situs pengikatan
sintetis 21 bp menunjukkan bahwa setiap penekan tetramerik mengikat dua urutan
 operator bersama-sama. Oleh karena itu, tetramer terdiri dari dua dimer, yang masing-
masing memiliki situs pengikatan spesifik urutan. Satu dimer berikatan dengan O1 dan
yang lainnya berikatan dengan O2 atau O3. Oleh karena itu, penekan membengkokkan
DNA untuk membentuk jepit rambut (O1 dan O2) atau loop (O1 dan O3). Struktur
kompleks inhibitor O1-O3 yang diusulkan. Pada saat yang sama, ketika lac inhibitor
berikatan dengan O1 dan O3, CAP / cAMP terbentuk pada loop DNA.
 Loop DNA serupa dibentuk oleh pengikatan protein aktivator dan operon supresor lain
pada E. coli dan bakteri lain. Protein pengatur memiliki kemampuan untuk mengikat
DNA secara spesifik urutan, mengubah struktur DNA, dan merangsang atau menghambat
transkripsi gen struktural di sekitarnya.

Operon Triptofan di E. coli: Represi dan Atenuasi

 Operon trp pada E. coli mengontrol sintesis enzim yang mengkatalisis biosintesis asam
amino triptofan. Ada lima gen struktural pada trp yang mengontrol regulasi gen dalam
menyandikan enzim yang mengubah asam korismat menjadi triptofan. Ekspresi operon
trp diatur ke dua tingkat: Representasi untuk mengontrol permulaan transkripsi, dan
Atenuasi untuk mengontrol penghentian transkripsi prematur.
 Ruas gen pengawal trp-L terbagi atas 4 ruas. Keempat ruas tersebut homolog satu dengan
yang lainnya, sehingga ruas-ruas RNA yang ditranskripsikannya dapat membentuk
pasangan satu sama lain. Ruas-2 dapat berpasangan dengan ruas-1 dan ruas-3, sedangkan
ruas-3 selain berpasangan dengan ruas-2 juga dapat berpasangan dengan ruas-4. Ruas-3
dan ruas-4 merupakan bentuk dari terminator dari gen trp-L, sehingga bila pada RNA
kedua
ruas ini berpasangan (pasangan 3-4) maka akan terbentuk struktur jepit rambut, yang
merupakan signal akhir transkripsi, yang akan berakibat transkripsi berhenti. Regulasi
pada tingkat RNA berlangsung melalui pengaturan pembentukan pasangan 3-4 (struktur
jepit rambut terminator). Terjadinya perpasangan 3-4 dapat dicegah seandainya ruas-3
berpasangan dengan ruas-2.
a. Represi
Operon trp E. coli adalah operon negatif yang dapat ditekan. Gen trpR, yang
mengkode represor trp, tidak terkait erat ke operon trp. Wilayah operator (O) dari
operon trp terletak di dalam wilayah promotor utama (P1). Ada juga promotor lemah
(P2) di operator-distal akhir dari gen trpD. Promotor P2 meningkatkan tingkat basal
transkripsi pada gen trpC, trpB, dan trpA. Dua sekuens terminasi transkripsi (t dan t')
 terletak di hilir dari trpA. Wilayah trpL menentukan panjang 162 nukleotida urutan
pemimpin mRNA.

Monomer trpR yang disusun akan bergabung membentuk dimer. Ketika ada triptofan,
dimer represi triptofan tersebut berikatan dengan triptofan, mengakibatkan perubahan
dalam konformasi represi, yang memungkinkan penekan mengikat ke operator . Hal
tersebut akan menghalangi RNA polimerase dalam mentransmisikan dan mengikat
operon, akibatnya triptofan tidak dihasilkan dari prekursornya. Begitupula, jika
triptofan tidak ada, penekan (represor) tidak dapat mengikat wilayah operator karena
tidak terjadi perubahan konformasi pada penekannya, sehingga transkripsi tidak
dihambat oleh penekan.
b. Atenuasi
Atenuasi terjadi akibat penghentian transkripsi dini di situs pemimpin mRNA urutan
(urutan 5 ke wilayah pengkodean) ketika triptofan prevalent di lingkungan tempat
bakteri tumbuh.
Sistem penekanan menargetkan konsentrasi trp di dalam sel, dan atenuasi merespons
konsentrasi tRNA trp yang bermuatan. Oleh karena itu, penghambat trpR mengurangi
ekspresi gen dengan mengubah inisiasi transkripsi, sedangkan atenuasi mengurangi
ekspresi gen dengan mengubah proses transkripsi yang telah terjadi. Meskipun
penekan TrpR mengurangi transkripsi hingga 70 kali lipat, redaman lebih lanjut dapat
mengurangi transkripsi hingga 10 kali lipat, sehingga mengakumulasi penghambatan
sekitar 700 kali lipat. [3] Pada prokariota (tanpa nukleus), ribosom mulai
menerjemahkan mRNA, sementara RNA polimerase masih menyalin urutan DNA,
sehingga memungkinkan terjadinya atenuasi. Ini memungkinkan proses penerjemahan
secara langsung mempengaruhi transkripsi operon.
 Pertanyaan
1. Jelaskan perbedaan regulasi operon trp dengan regulasi operon lac ?
2. Apa yang membedakan antara sistem represi dan Atenuasi operon trp pada bakteri
E.coli
Solusi (Pribadi)
1) Regulasi operon lac melibatkan degradasi laktosa dan terjadi pada tingkat
promotor atau pada tingkat inisiasi, dimana masih berupa DNA sedangkan
regulasi operon trp melibatkan biosintesis triptofan (trp) dan berlangsung pada
tingkat RNA hasil transkripsi. Selain itu, Pada operon trp terdapat sebuah gen
pengawal (trp-L) yang terletak di belakang promotor yang berperan sebagai
regulator.
2) Sistem represi (penekanan) berorientasi serta merespons konsentrasi trp
intraseluler dengan mengubah ekspresi gen melalui pengubahan inisiasi trankripsi
oleh penghambat trpR Sedangkan sistem Atenuasi merespon konsentrasi tRNA trp
yang memiliki muatan, dengan mengubah proses transkripsi yang telah terjadi
sehingga ekspresi gen tersebut berubah.

Solusi (Referensi)
1.  Regulasi Operon Lac terlibat dalam degradasi laktosa, sedangkan operon Trp
terlibat dalam biosintesis triptofan.
 Operon Lac adalah operon yang dapat diinduksi. Jika tidak ada laktosa,
operator diblokir oleh protein penekan. Sedangkan Operon Trp adalah contoh
operon yang dapat ditekan, dimana akan aktif kecuali dimatikan oleh protein
penekan
Ekspresi operon Lac dikendalikan oleh gen pengatur lacI, yang terletak
berdekatan dengan regio promotor. Sedangkan Operon Trp diatur oleh trpR gen
regulator, sebuah gen yang terletak pada jarak dari operon Trp.
  Operon lac merespons induser yang menyebabkan penekan terlepas dari
operator, menghentikan tekanan operon. Operon trp merespon protein penekan
yang mengikat dua molekul triptofan. Ketika triptofan berlimpah, kompleks
penekan-triptofan ini mengikat operator trp.
2. Sistem represi merupakan mekanisme feedback negatif tahap pertama dalam
regulasi operon trp sedangkan Atenuasi adalah mekanisme umpan balik negatif
kedua dalam operon trp. Sistem represi menargetkan konsentrasi trp intraseluler
sedangkan atenuasi merespons konsentrasi tRNAtrp bermuatan.