ASAM NUKLEAT

A. Sejarah dan Pengertian Asam Nukleat

1. Sejarah
Asam nukleat pertama kali ditemukan tahun 1868 oleh ahli biokimia
berkebangsaan Swiss, Friedrich Miescher (1844-1895). Setelah itu, Albrecht Kossel
(ahli biokimia dari Jerman) menemukan protein pada asam nukleat dan mengisolasi
dua purin dan tiga pirimidin di tahun 1880. Kemudian, ahli biokimia dari Amerika
Serikat yang belajar dengan Kossel berhasil mengidentifikasi dua karbohidrat
penyusun asam nukleat (deoksiribosa thn. 1929 dan ribosa thn.1909). Dan ikatan
nukleotida ditemukan oleh Alexander Todd, (Khanna, 2008). Pada tahun 1951, James
Watson, Francis Crick, dan Maurice Wilkins melakukan penelitian terhadap
kromosom dan dapat menemukan bentuk molekul DNA yang sebenarnya. (Poedjiadji,
2006).

2. Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan polimer besar tersusun dari monomer nukleotida
dari gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari
kolompok purin dan pirimidin.Purin utama asam nukleat adalahadenin dan guanin,
sedangkanpirimidinnya adalah sitosin, timin danurasil (Amstrong, frante B, 1995).
Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic acid) dinamai demikian karena
keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel,
merupakan makromolekulbiokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan
tersusun atas rantainukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat
merupakanbiopolimer, dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Setiap
nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu
sebuahbasa nitrogen heterosiklik (purin ataupirimidin), sebuah gula pentosa, dan
sebuah gugus fosfat(http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_deoksiribonukleat).
Asam nukleat adalah suatu polimer yang terdiri dari banyak molekul
nukleotida. Ada dua macam asam nukleat yaitu RNA dan DNA. Nukleotida RNA dan
DNA terdiri dari tiga komponen, yaitu pentosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Pada
RNA pentosanya merupakan ribosa, sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa
( Poedjiadji, 2006).
B. Struktur  Molekul Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam
nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul
nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur Asam nukleat
berbentuk rantai linier yang merupakan gabungan monomer nukleotida sebagai unit
pembangunnya. Molekul ini menyimpan informasi pertumbuhan sel dan reproduksi.

Monomer nukleotida sebagai struktur primer asam nukleat diperoleh dari hasil
hidrolisis asam nukleat. Proses hidrolisis lebih lanjut dari monomer nukleotida akan
dihasilkan asam fosfat dan nukleosida. Proses hidrolisis ini dilakukan dalam suasana basa.
Jika hidrolisis dilanjutkan kembali terhadap senyawa nukleosida dalam larutan asam berair
akan dihasilkan molekul gula dan basa nitrogen dengan bentuk heterosiklik. 

Asam nukleat dalam sel terdiri dari DNA (DeoxyriboNucleic Acid) dan RNA
(RiboNucleic Acid). RNA disusun oleh gula D-ribosa dan basa urasil. Sedangkan untuk DNA
disusun oleh gula 2-deoksi-D-ribosa yaitu gula D-ribosa yang kehilangan gugus OH pada
atom C nomor 2 dan basa timin.

C. Fungsi Asam Nukleat

Fungsi asam nukleat adalah:
1. Fungsi utamanya adalah menyimpan dan mentransfer informasi genetik.
2. Untuk menggunakan informasi genetik untuk mengarahkan sintesis protein baru.
3. Asam deoksiribonukleat adalah penyimpanan untuk tempat untuk informasi
genetik dalam sel.
4. DNA mengontrol sintesis RNA di dalam sel.
5. Informasi genetik yang ditransmisikan dari DNA ke pembentukan protein dalam
sel.
6. RNA juga mengarahkan produksi protein baru dengan mengirimkan informasi
genetik pada struktur bangunan protein.
7. Fungsi dari urutan basa nitrogen dalam tulang punggung DNA menentukan
protein yang disintesis.
8. Fungsi dari heliks ganda DNA adalah bahwa tidak ada gangguan terjadi pada
informasi genetik jika hilang atau rusak.
9. RNA mengarahkan sintesis protein.
 10. m-RNA mengambil pesan genetik dari RNA.\transfer t-RNA mengaktifkan asam
amino, ke tempat sintesis protein.
11. r-RNA sebagian besar hadir dalam ribosom, dan bertanggung jawab atas stabilitas
m-RNA.

D. Struktur DNA dan RNA

(Sumber: https://usaha321.net/struktur-dan-fungsi-asam-nukleat.html )

1. Sruktur DNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur
molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar
dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model tersebut
dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya
mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke
kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan,sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan
yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal
ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya,
 sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini
dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.
Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida
terikat satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada
salah satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat
ditentukan.Secara kimia DNA mengandung karakteri/sifat sebagai berikut:
a. Memiliki gugus guladeoksiribosa.
b. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin(A)
c. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel
d. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G –C), dan
adenin berpasangan dengan timin (A - T), sehingga jumlah guanin selalu sama
dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin.

E. Denaturasi dan Renaturasi Molekul ADN

1. Denaturasi
Denaturasi adalah untai ganda molekul DNA yang dapat dipisahkan dengan perlakuan
suhu maupun senyawa alkali sehingga konformasinya berubah dan dapat hampir menjadi
acak. Tingkat denaturasi DNA tergantung pada tingginya suhu. Perubahan tingkat denaturasi
DNA dapat diikuti dengan memperlakukan DNA pada suhu yang bertingkat, kemudian
diukur absorbansinya (A) pada panjang gelombang 260. Perlu diketahui bahwa basa asam
nukleat menyerap dengan kuat cahaya pada panjang gelombang 260. Kurva hubungan antara
peningkatan suhu dengan suhu dengan nilai A260menunjukkan perubahan tingkat denaturasi
DNA. Banyaknya cahaya dapat diserap oleh molekul DNA tergantung pada struktur
molekulnya. Semakin teratur molekulnya maka semakin sedikit cahay yang diserap. Oleh
karena itu nukleotida bebas menyerap cahaya lebih besar daripada molekul DNA untai
tunggal atau RNA. Nilai serapan cahaya oleh molekul DNA dengan struktur DNA tetapi
dengan konsentrasi yang sama (50mg/ml) adalah sebagai berikut :

a. DNA untai ganda A260 = 1,0

b. DNA untai tunggal A260 = 1,37
c. Nukleotida bebas A260 = 1,60
 Beberapa hal penting dalam kurva diatas antar lain : 1) Nilai A260 tidak berubah
sampai keadaan suhu yang umumnya dijumpai pada sel hidup di awal. 2)Peningkatan nilai
A260 terjadi dalam kisaran 6 sampai 8˚C. 3) Nilai A260 maksimum sekitar 37% lebih besar
dibandingkan dengan nilai awalnya.

Aspek Fisiologis Denaturasi DNA

            Proses denaturasi DNA sebenarnya juga terjadi dalam kondisi fisiologis dan bahkan
merupakan bagian dari proses fisiologis yang penting. DNA sebenarnya merupakan struktur
yang dinamis. Bagian tertentu struktur gelembung untai tunggal. Fenomena ini disebut
breathing. Dalam aktivitas fisiologis jasad hidup, keadaan semacam ini sangat penting artinya
karena DNA dapat  berinteraksi dengan banyak protein, misalnya dalam proses replikasi dan
transkripsi. Fenomena breathing lebih banyak terjadi pada bagian yang kandungan A T nya
lebih tinggi. Dengan adanya breathing maka protein yang terlibat dalam proses replikasi dan
transkripsi dapat  berinteraksi dengan molekul DNA.

2.Renaturasi
Renaturasi adalah proses pembentukan kembali struktur untai ganda dari keadaan
terdenaturasi. Renaturasi merupakan suatu proses yang dapat terjadi secara in vivo maupun in
vitro. Renaturasi in vitro merupakan suatu fenomena yang sangat berguna untuk analisis
molekuler, misalnya untuk mengetahui kesamaan atau kedekatan genetis antara suatu
organisme dengan organisme lain, untuk mendeteksi macam RNA tertentu, untuk mengetahui
apakah suatu urutan nukleutida tertentu ada lebih dari satu pada suatu jasad, serta untuk
mengetahui lokasi spesifik suatu urutan nukleutida pada genom . Dalam bagian ini
merupakan proses renaturasi secara in vitro. Tahapan renaturasi :

a. Untai tunggal DNA (sense) bertemu dengan untai tunggal lainnya (antisense) secara
acak
b. Jika urutan Nukleotida kedua untai tunggal tersebut komplementer, maka akan terjadi
ikatan hidrogen dan terbentuk struktur untai ganda pada suatu bagian. Pembentukan
ikatan hidrogen kemudian akan dilanjutkan pada bagian yang lain secara cepat
sehingga terbentuk struktur untai ganda yang lengkap

Tahapan yang menentukan kecepatan renaturasi bukan proses pembentukan untai

gandanya melainkan proses tumbukan antara molekul untai tunggal dengan untai tunggal
yang lain. Renaturasi dipengaruhi oleh hambatan friksional. Proses ini berlangsung secara
acak sehingga sangat ditentukan oleh konsentrasi DNA.
Syarat Renaturasi

1. Konsentrasi garam cukup tinggi (0,15 sampai 0,5 M). Ion Na+ yang bersifat positif
akan menetralkan gugus fosfat DNA yang bermuata negatif sehingga tidak terjadi
saling tolak antar untaian DNA yang satu dengan untaian DNA yang lain.
2. Suhu renaturasi harus cukup tinggi (20 sampai 25˚C dibawah nilai Tm).
3. Konsentrasi DNA, semakin tinggi konsentrasinya maka probabilitas tumbukan antar
molekul untai tunggal DNA menjadi semakin besar.
4. Kecepatan perlakuan renaturasi. Jika suatu molekul DNA didenaturasi dengan
perlakuan suhu tinggi kemudian suhunya diturunkan secara cepat, maka probabilitas
molekul DNA sense untuk berpasangan dengan molekul antisense secara akurat akan
lebih kecil. Oleh karena itu proses renaturasi biasanya dilakukan dengan menurunkan
suhunya secara bertahap.

F. Reproduksi Asam Nukleat

Asam nukleat bereproduksi dengan cara yaitu replikasi dan transkripsi.Perbanyakan
satu molekul asam nukleat dengan proses replikasi dengan menggunakan dirinya sebagai
molekul cetakan,misal salam perbanyakan satu molekul DNA,mol DNA tersebut yang
digunakan sebagai modelnya dan bila mol RNA maka yang digunakan sebagai modelnya mol
RNA.Untuk membedakan arah transkripsi maka transkripsi digunakan untuk menunjukan
pembentukan RNA dengan DNA sebagai modelnya dan transkripsi balik bila RNA
digunakan sebagai model untuk membentuk DNA.

Proses replikasi dan transkripsi balik digunakan untuk memperbanyak bahan

genetik,sedangkan transkripsi sebagai ekspresi gen.

G. Sintesis DNA
 (Sumber: https://caiherang.com/arah-replikasi-dna/amp/)

 DNAgirase:menguraikan super heliks

 DNA Helikase: menguraikan pilinan heliks ganda
 SSB:menstabilkan utasan tunggal.

Proses sintesis DNA,dua nukleotida digabungkan satu dengan yang lain dengan cara
merangkaikan karbon gula ke-5(C5) yang mengandung fosfat dari satu nukleotida pada
karbon gula ke-3(C3) yang mengandung OH dari nukleotida lain,membentuk ikatan 5-3
fosfodiester

Percobaan Kornberg

Melakukan sintesis DNA dengan campuran :

 Fragmen DNA
 Campuran dNTP (dATP, dGTP, dTTP, dCTP) = deoxyribonucleic triphosphate
precursor. dNTP diberi label radioaktif untuk mengukur jumlah DNA yang disintesis
 Ekstrak E.coli
 Dilakukan secara in vitro Paramit.

H. Replikasi DNA

Replikasi ada 2 yaitu:

1. Penguraian heliks ganda menjadi utasan tunggal dan membentuk Percabangan

replikasi
2. Sintesis rantai baru dengan menggunakan utasan tunggal sebagai Model dan sekaligus
menjadikan utasan tunggal tersebut menjadi helik-Heliks ganda.

Pentingnya renaturasi ADN Mol dalam biologi molekuler:

Banyaknya molekul ADN(Genom) memerlukan renaturasi yang lebih lama,sedikit

genom.Misal pada anak sapi yang lebih banyak daripada E.Coli. Rantai ADN tunggal mampu
membentuk hibrid dengan rantai ADN yang berasal dari spesies lain,Selain itu juga dapat
membentuk hibrid dengan rantai ARN yang nukleotidanya bersifat komplementer.Misalnya
Adenin(A) pada mol ADN yang dihubungkanbdengan urasil(U)pada mol ARN dengan ikatan
hidrogen. Struktur RNA sama seperti DNA,bedanya pada mol RNA pada gula pentosannya
berupa ribosa&timin diganti urasil.Molekul RNA ada 3 jenis yaitu:

1. Messenger RNA (mRNA)

(Sumber: https://www.gurupendidikan.co.id/pengertian-rna/ )

mRNA disebut juga RNA duta (RNA d) atau RNA kurir. mRNA merupakan RNA
terpanjang yang berbentuk pita tunggal. Fungsi mRNA adalah sebagai pola cetakan
pembentuk polinukleotida atau protein. mRNA juga disebut dengan istilah kodon karena
fungsinya sebagai pembawa kode-kode genetik dari DNA ke ribosom.

Molekul mRNA mengandung urutan coding untuk protein. Molekul-molekul mRNA

dapat bervariasi dalam ukuran, dengan transkrip eukariotik termasuk terbesar asam
ribonukleat yang dikenal. Hal ini paling jelas sebelum splicing intron, karena banyak
transkrip melebihi 100 kb panjangnya.

2. Transfer RNA (tRNA)

 (Sumber: https://www.gurupendidikan.co.id/pengertian-rna/)

tRNA merupakan RNA terpendek dan berperan sebagai penerjemah kodon yang
dibawa oleh mRNA. Fungsi lainnya adalah membawa asam-asam amino ke ribosom untuk
disusun menjadi protein. Bagian tRNA yang dapat berhubungan dengan kodon yang dibawa
oleh mRNA disebut antikodon.

tRNA adalah tempat molekul ~ 75 yang mengusung asam amino. tRNA diperkirakan
memiliki struktur tersier umum (struktur berdasarkan analisis difraksi sinar-X ditampilkan di
bawah). Analisis urutan tRNA menunjukkan struktur sekunder daun semanggi yang dibentuk
oleh daerah basis pairing antara bagian untai RNA, dengan daun semanggi ini melipat ke
dalam struktur tiga dimensi.

3. RNA ribosom (rRNA)

 (Sumber: https://www.gurupendidikan.co.id/pengertian-rna/ )

rRNA merupakan RNA dengan jumlah terbanyak. Strukturnya berupa pita tunggal
yang tidak bercabang dan fleksibel. rRNA diduga mempunyai fungsi menyusun ribosom dan
membantu dalam proses sintesis protein.

Molekul RNA ribosom terdiri dari 65 sampai 70% dari massa ribosom (yang
bertanggung jawab untuk sintesis protein). Ribosom merupakan organel yang sangat besar;
ribosom prokariotik memiliki berat molekul sekitar 2,5 juta, sedangkan eukariotik ribosom
memiliki berat molekul sekitar 4 juta. Sebagai catatan penelitian asli pada ribosom digunakan
relatif teknik mentah yang tidak dapat mengukur ukuran dalam hal berat molekul. Sebaliknya
ukuran partikel ribosom dan komponen mereka diukur dengan tingkat mereka sedimentasi
(gerakan didorong oleh percepatan gravitasi atau percepatan sentrifugal). Sedimentasi
merupakan fungsi dari ukuran, bentuk, dan kepadatan, dengan objek yang lebih besar
cenderung sedimen lebih cepat daripada yang lebih kecil.

Ukuran objek yang diukur dalam satuan Svedberg. Ribosom prokariotik 70 partikel S,
dengan masing-masing terdiri dari besar (50 S) dan kecil (30 S) subunit. Ribosom eukariotik
80 S partikel, terdiri dari besar (60 S) dan kecil (40 S) subunit. Unit Svedberg adalah tidak
aditif untuk partikel ukuran; hal ini disebabkan efek dari bentuk pada sedimentasi.

Ribosom eukariotik 40S berisi 1 rRNA (18 S rRNA = 1.900 basis) dan sekitar 35
protein yang berbeda. ribosom 60S berisi 3 rRNA (5 S = 120 basis, 5,8 S = 160 basa, dan 28
S = 4700 basis), dan sekitar 50 protein. rRNA 5 S memiliki sendiri gen; yang lainnya
disintesis sebagai transkrip tunggal yang kemudian dibelah untuk melepaskan molekul RNA
matang yang menjadi bagian dari ribosom.

Sampai relatif baru-baru ini, diasumsikan bahwa RNA ribosom melakukan fungsi
sebagian besar struktural. Namun, data yang lebih baru sangat menunjukkan bahwa rRNA
bertindak sebagai enzim, protein yang bertindak sebagai perancah struktural. Data ini
mencakup hasil dari resolusi tinggi baru-baru ini (2,4 Å) difraksi sinar-X struktur subunit
besar dan resolusi rendah (5 Å) struktur lengkap ribosom dari bakteri Haloarcula
marismortui.

Daftar Pustaka

http://asam-nukleat.blogspot.com/2014/09/pengertian-asam-nukleat.html?m=1

https://usaha321.net/struktur-dan-fungsi-asam-nukleat.html

https://www.gurupendidikan.co.id/pengertian-rna/