Di Sulawesi Kerajaan Islam berdiri pada abad ke-16, tetapi yang terkenal adalah Goa dan Tallo atau kesultanan Makassar, yang merupakan kerajaan merdeka dan makmur.Selain itu, kedua nya juga menjalankan politik bebas ( bebas berhubungan dengan pihak mana pun atas dasar kerja sama yang saling menguntungkan ). Oleh karena itu, mereka menolak bekerja sama dengan Belanda, yang memaksa system monopoli terhadap mereka. Disamping kedua kesultanan diatas, juga ada kesultanan Bone, Waja, Sopeng, danLawu.
Urutan raja kesultanan Goa, antaralain :
1.Sultan Alauddin(1591-1629 M). Sultan Alauddin sebelum nya
bernama asli Karaeng Matowaya Tumamenaga Ri Agamanna dan merupakan raja Makassar pertama yang memeluk agama islam. Pada pemerintahan Sultan Alauddin, kerajaan Makassar mulai terjun dalam dunia pelayaran dan perdagangan.
2.Sultan Muhammad Said(1639-1653 M). pada pemerintahan Sultan
Muhammad Said, perkembangan Makassar maju pesat sebab Bandar transit, bahkan Sultan Muhammad Said juga pernah mengirimkan pasukan ke Maluku untuk membantu rakyat Maluku berperang melawan Belanda. 3.Sultan Hasanuddin(1653-1669 M). pada masa pemerintahan Sultan Hasanuddin, Makassar mencapai masa kejayaan. Makassar berhasil menguasai hamper seluruh wilayah Sulawesi Selatan dan memperluas wilayah kekuasaannya ke Nusa Tenggara(Sumbawa dan sebagian Flores). Hasanuddin mendapat julukan Ayam Jantan dari Timur( de Haav van de Osten ),karena keberaniannya dan semangat perjuangan nya untuk Makassar menjadi besar.
Dalam menghadapi perlawanan Hasanuddin yang tinggi tersebut,
Belanda menggunakan politik adu domba( devide et impera ), dimana Belanda membujuk Raja Bone, Aru Palaka menyerang Makassar.. Hal itu pun akhirnya terwujud, karena mereka berhasil menekan Makassar dengan menyetujui perjanjian Bongaya isinya : 1. VOC mendapat hak monopoli dagang di Makassar 2. Belanda dapat mendirikan benteng Rotterdam di Makasar 3. Makassar harus melepas daerah yang dikuasainya serta mengakui Aru Palaka sebagai raja. 2.Kerajaan Islam di Kepulauan Maluku
Di Kepulauan Maluku berdiri kesultanan islam yang sangat
berjasa dalam menyebarkan agama islam di Indonesia Timur. Kesultanan yang terkenal adalah Ternate danTidore.Disamping itu, masih ada beberapa Kesultanan kecil yaitu Obi, Bacan, Halmahera, dan Makyan. Ketentraman Ternate danTidore terusik ketika bangsa Barat datang kewilayah ini. Bangsa Eropa pertama kali datang kewilayah Maluku adalah Portugis dan Spanyol. Bangsa Portugis dan Spanyol adalah bangsa yang pernah di jajah oleh orang islam Arab pada abad ke-8 sampai abad ke-15. Portugis dan Spanyol membawa semboyan Gold, Glory, and Gospel atau Emas, Kemasyhuran, dan Injil.Artinya Portugis dan Spanyol dalam mencari dunia baru keTimur membawa misi: mencari emas atau uang sebanyak-banyaknya, mendapatkan kemasyhuran sebagai bangsa hebat tak terkalahkan, dan menyebarkan ajaran Injil Kristen. Di Maluku, Portugis mendekati Ternate sedangkan spanyol mendekati tidore. Disini portugis dan spanyol terlibat bersekongkol untuk membuat kedua kesultanan ini berperang. Portugis seolah membantu ternate dan spanyol juga seolah olah membantu tidore. Akhirnya kedua kesultanan tersebut masing masing tergantung pada portugis dan spanyol : ternate pada portugis dan tidore pada spanyol Portugis makin mendikte ternate. Sutan hairun, penguasa ternate tidak dapat menerima sikap portugis yang ikut campur dalam kebijakan ternate, sultan hairun akhirnya melawan portugis. Delegasi ternate dipimpin langsung oleh sultan hairun sedangkan delegasi portugis dipimpin oleh gubernur portugis di Maluku, demosqitar. Akan tetapi ketika perundingan telah berlangsung tiba tiba masuk pasukan portugis dan menangkap sultan hairun lalu membunuhnya. Perbuatan portugis seperti ini merupakan perbuatan biadab yang tidak sesuai dengan etika politik dan pergaulan mana pun di dunia. Perbuatan biadab portugis tersebut membuat marah seluruh rakyat Maluku .dengan adanya perlawanan serempak dari seluruh rakyat Maluku akhirnya portugis hengkang dari Maluku.