Anotasi genom

Diperkirakan ada 35.594 gen penyandi protein dalam genom KitaakeX (Tabel 1 .c),
mewakili 31,5% ruang genik dari ukuran genom yang dirakit (Tabel 1 ). Ada
beberapa dukungan transkrip untuk 89,5% (31.854 / 35.594) dari gen KitaakeX, dan
81.6% (29.039 / 35.594) gen sepenuhnya didukung oleh transcriptome. Gen
pengkode protein yang diprediksi didistribusikan secara tidak merata di setiap
kromosom; kepadatan gen cenderung lebih tinggi menuju ujung kromosom (Gbr. 2
f). Kandungan GC rata-rata dari genom adalah 43,7% (Gbr. 2 e, Tabel 1).

Untuk menilai kualitas anotasi gen KitaakeX, anotasi KitaakeX digunakan sebagai
pembanding dengan anotasi genom padi lengkap lainnya menggunakan metode
BUSCO v2, yang didasarkan pada satu set 1440 gen tanaman yang dilestarikan.
Hasilnya mengkonfirmasi 99,0% kelengkapan anotasi genom KitaakeX (Tabel 1).
Untuk mengevaluasi lebih lanjut kualitas anotasi, dipelajari sejauh mana konservasi
gen fungsional di KitaakeX. Kemudian dipilih 291 gen dari tiga jalur yang terkait
dengan ketahanan stres, waktu pembungaan dan respons terhadap cahaya, lalu
mencari gen ortolog dalam genom KitaakeX. Hasilnya ditemukan bahwa 275 dari
291 (94,5%) gen KitaakeX yang dipilih menunjukkan lebih dari 90% identitas
dengan gen Nipponbare yang sesuai pada tingkat protein. Dua puluh tiga dari 291
menunjukkan identitas 100% pada tingkat nukleotida tetapi tidak pada tingkat
protein. Dari 23 gen tersebut, model gen KitaakeX untuk 16 gen memiliki bukti
transkriptomik yang lebih baik daripada model gen Nipponbare. Salah satu dari 291
gen KitaakeX sedikit lebih pendek daripada ortolog Nipponbare karena adanya
transkrip alternatif. Hasil ini menunjukkan kualitas tinggi dari anotasi, dan
konservasi antara KitaakeX dan Nipponbare

Menggunakan SynMap, diidentifikasi 2469 pasang gen colinear (88 blok) dalam
genom KitaakeX (Gbr. 2 g). Kemudian menggunakan RepeatMaker dan Blaster
diidentifikasi unsur-unsur transposabel (TEs) dalam genom KitaakeX, dan 122.2Mb
urutan yang sesuai dengan TEs (32.0% dari genom).

Variasi genom antara KitaakeX dan varietas padi lainnya

Genom KitaakeX digunakan sebagai pembanding dari genom Nipponbare dan
Zhenshan97 untuk mendeteksi variasi genom, termasuk polimorfisme nukleotida
tunggal (SNP). Kemudian ditemukan 331.335 variasi antara KitaakeX dan
Nipponbare, dan hampir 10 kali lebih banyak (2.785.991) variasi antara KitaakeX
dan Zhenshan97. Ada 253.295 SNP dan 75.183 InDels antara KitaakeX dan
Nipponbare, dan 2.328.319 SNP dan 442.962 InDels antara KitaakeX dan
Zhenshan97.
Variasi genom antara KitaakeX dan Nipponbare sangat terkonsentrasi di beberapa
daerah genom (Gbr. 2 b), tetapi variasi antara KitaakeX dan Zhenshan97 tersebar
merata melalui genom (Gbr. 2 c). Variasi genom antar subspesies jauh lebih
ekstensif daripada variasi intrasubspesies. Kemudian juga dideteksi beberapa inversi
genom menggunakan genomik komparatif.

Kemudian dilakukan analisis rinci perubahan struktur gen yang ada sebagai
konsekuensi SNP dan InDels antara KitaakeX dan Nipponbare dan Kitaake dan
Zhenshan97. Antara KitaakeX dan Nipponbare, diidentifikasi 2092 frameshifts, 78
perubahan yang memengaruhi akseptor lokasi splice, 71 perubahan yang
memengaruhi donor situs splice, 19 kodon start yang hilang, 161 kodon stop yang
diperoleh, dan 15 kodon stop yang hilang. Dalam perbandingan KitaakeX dengan
Zhenshan97, 6809 gen unik di KitaakeX dipengaruhi oleh 8640 frameshift, 531
perubahan mempengaruhi akseptor splicesite, 530 perubahan mempengaruhi donor
lokasi sambungan, 185 kodon start hilang, 902 kodon stop yang didapat dan 269
kodon stop hilang.

Berdasarkan analisis PAV, diidentifikasi 456 lokus yang khusus untuk KitaakeX
dibandingkan dengan Nipponbare. Analisis Pfam dari daerah spesifik KitaakeX
mengungkapkan 275 gen protein. Dari 275 gen tersebut, 148 gen berasal dari 19
famili gen berbeda dengan lebih dari 2 gen di wilayah tersebut.

Analisis ini mengungkapkan 219 variasi kecil (200 SNP dan 19 INDEL) antara dua
genom. Variasi ini mempengaruhi 9 gen di KitaakeX selain Ubi- Xa21 transgen,
termasuk penanda yang dapat dipilih yang mengkodekan hygromycin B
phosphotransferase pada kromosom 6.