LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI
Mata Kuliah: G E N E T I KA

JUDUL PRAKTIKUM

PERCOBAAN HUKUM MENDEL I DAN II

OLEH:

NAMA : FAUZIAH ELFANI

NIM : 0704183157 ___

Jurusan / Prodi : BIOLOGI ______

Kelas / Semester : BIOLOGI-4/V ___

Kelompok : - ____________

Tgl. Pelaksanaan : FEBRUARI 2021 ______

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUIMATERA
 PERCOBAAN I

I. JUDUL PRAKTIKUM : Percobaan Hukum Mendel I dan II

I. TUJUAN PRAKTIKUM : Untuk membuktikan hukum Mendel (rasio fenotif dan

rasio genotif yang dihasilkan)
II. TINJAUAN TEORITIS :
Konsep Genetika berkembang dari ilmu yang membahas tentang bagaimana
sifat diturunkan menjadi lebih luas lagi yakni ilmu yang mempelajari tentang materi
genetik. Secara luas genetika membahas: 1) struktur materi genetik, meliputi: gen,
kromosom, DNA, RNA, plasmid, episom, dan elemen tranposabel, 2) reproduksi
materi genetik, meliputi: reproduksi sel, replikasi DNA, reverse transcription, rolling
circle replication, cytoplasmic inheritance, dan Mendelian inheritance, 3) kerja materi
genetik, meliputi: ruang lingkup materi genetik, transkripsi, modifikasi pasca
transkripsi, kode genetik, translasi, konsep one gene one enzyme, interaksi kerja gen,
kontrol kerja gen pada prokariotik, kontrol kerja gen pada eukariotik, kontrol genetik
terhadap respon imun, kontrol genetik terhadap pembelahan sel, ekspresi kelamin,
perubahan materi genetik, 4) perubahan materi genetik, meliputi: mutasi, dan
rekombinasi, 5) genetika dalam populasi, dan 6) perekayasaan materi genetik
(Nusantara 2014).
J.G. Mendel adalah orang yang pertama kali mengetengahkan satu mekanisme
pewarisan sifat menurun melalui eksperimen di bidang genetika. Berdasarkan
percobaan itu maka teori para ilmiah dari genetika saat itu yakni The Blending Theory
of Inheritance tidak benar. Sebelum Mendel melakukan percobaan penyilangan
dengan tanaman kapri (Pisum sativum) para ahli telah mempunyai pemikiran tentang
adanya kehidupan yang berkesinambungan, yang membawa faktor keturunan dari
generasi ke generasi. Tetapi mereka tidak melakukan percobaan seperti yang
dilakukan oleh Mendel dan disamping itu peralatan ilmiah yang dapat dipakai untuk
membuktikan pemikiran mereka belum ada. Mendel berhasil membuktikan bahwa
pemindahan sifat melainkan merupakan pola yang dapat diperkirakan. Dasar
pemikiran Mendel inilah yang kemudian dijadikan dasar untuk memperoleh sifat-sifat
yang diinginkan dengan melakukan hibridisasi. Berdasarkan jasanya dalam
melakukan studi genetika dengan melakukan persilangan pada kacang polong Mendel
mendapat julukan sebagai Bapak Genetika‖. Meskipun dalam perkembangannya
genetika tidak hanya membahas tentang faktor-faktor keturunan saja (Oktarisna et al
2013).
Hukum pewarisan Mendel adalah hukum yang mengatur pewarisan sifat secara
genetik dari satu organisme kepada keturunannya. Hukum tersebut terdiri dari dua
bagian :
1. Hukum Pertama Mendel (hukum pemisahan atau segregation) isi dari hukum
segregasi: Pada waktu berlangsung pembentukan gamet, setiap pasang gen
akan disegregasi ke dalam masing-masing gamet yang terbentuk.
2. Hukum Kedua Mendel (hukum berpasangan secara bebas atau independent
assortment) isi dari hukum pasangan bebas: Segregasi suatu pasangan gen
tidak bergantung kepada segregasi pasangan gen lainnya, sehingga di dalam
gametgamet yang terbentuk akan terjadi pemilihan kombinasi gen-gen secara
bebas (Cahyono 2011).
Hukum Mendel I menyatakan bahwa pewarisan sifat dari kedua gen induk yang
berupa pasangan alel yang akan mengalami pemisahan. Pemisahan tersebut akan
diterima oleh setiap gamet dengan jumlah satu gen induk yang diterimanya. Hukum
Mendel I dapat disebut dengan Hukum Segregasi bebas yang menyatakan pewarisan
sifat induk pada pembentukan gamet keturunan akan melalui pembelahan gen induk
yakni terjadi pada persilangan monohibrid. Monohibrid adalah persilangan antar dua
individu dengan spesies yang sama tetapi memiliki satu sifat yang berbeda.
Monohibrid menghasilkan keturunan pertama (F1) yang seragam. Keturunan pertama
(F1) monohibrid mempunyai fenotip yang serupa dengan induknya yang dominan jika
dominansi tampak sepenuhnya. Pemisahan alel terjadi saat keturunan pertama (F1)
heterozigot membentuk gamet-gamet yang akan menyebabkan gamet hanya memiliki
salah satu alel saja (Akbar et al 2015).
Hukum Mendel II disebut juga hukum asortasi. Mendel menggunakan kacang
ercis untuk dihibrid, yang pada bijinya terdapat dua sifat beda, yaitu soal bentuk dan
warna biji. Persilangan dihibrid yaitu persilangan dengan dua sifat beda sangat
berhubungan dengan hukum Mendel II yang berbunyi “independent assortment of
genes”. Atau pengelompokan gen secara bebas. Hukum ini berlaku ketika
pembentukan gamet, dimana gen sealel secara bebas pergi ke masing-masing kutub
ketika meiosis. B untuk biji bulat, b untuk biji kisut, K untuk warna kuning dan k
untuk warna hijau. Jika tanaman ercis biji bulat kuning homozygote (BBKK)
disilangkan dengan biji kisut hijau (bbkk), maka semua tanaman F1 berbiji bulat
kuning. Apabila tanaman F1 ini dibiarkan menyerbuk kembali, maka tanaman ini
akan membentuk empat macam gamet baik jantan ataupun betina masing-masing
dengan kombinasi BK, Bk,Bk, bk. Akibatnya turunan F2 dihasilkan 16
kombinasi.yang terdiri dari empat macam fenotip, yaitu 9/16 bulat kuning, 3/16 bulat
hijau, 3/16 kisut kuning dan 1/16 kisut hijau. Dua diantara fenotip itu serupa dengan
induknya semula dan dua lainnya merupakan fariasi baru (Gooddenough,1984).

III. ALAT DAN BAHAN

No Nama Alat Jumlah

1 Wadah 2 buah
2 Kertas karton warna 5 buah
3 Alat tulis 1 set

4 Gunting 1 buah

IV. PROSEDUR KERJA

No Prosedur Kerja

Mendel 1
1 Disiapkan 2 wadah kemudian dilabeli tulisan betina dan jantan
2 Disiapkan 2 kertas karton bewarna yaitu merah dan putih

3 Digunting kedua karton bewarna tersebut masing-masing 20 lembar

dengan ukuran kecil
4 Ditandai untuk kertas merah dengan lambag ‘’U’’ dan kertas putih dengan
lambang ‘’u’’
Dimasukkan kertas karton kedalam wadah betina dan jantan dengan
5 masing-masing wadah terdapat 10 lembar kertas merah dan 10 lembar
kertas putih , kemudian wadah ditutup dan dikocok.
6 Diambil satu kertas secara acak dimasing-masing wadah, dilakukan sampai
kertas habis
7 Dicatat hasilnya

Mendel II
1 Disiapkan 2 wadah kemudian dilabeli tulisan betina dan jantan
2 Disiapkan 4 kertas karton berwarna yaitu kuning, biru, hijau, dan putih

3 Digunting keempat karton berwarna tersebut dengan masing-masing 20

lembar
 Ditandai untuk kertas kuning dengan lambar ‘’B’’ mewakili sifat bulat,
4 biru dengan ‘’M’’ mewakili sifat manis, hijau dengan ‘’b’’ mewakili sifat
kisut dan putih dengan ‘’m’’ mewakili sifat masam
Digabungkan dan dilipat kertas-kertas tersebut dengan cara kuning-biru,
5 kuning-putih, biru-hijau dan hijau-putih, kemudian dimasukkan kedalam
wadah betina dan jantan dengan masing-masing wadah terdapat 4 buah
kuning-biru, kuning-putih, biru-hijau dan hijau-putih
6 Ditutup wadah kemudian dikocok dan diambil satu kertas secara acak di
masing-masing wadah, dilakukan sampai kertas habis
7 Dibuka masing-masing kertas, kemudian dicatat hasilnya.

V. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

Persilangan monohibrid (Mendel I)
Fenotif Jumlah
UU Merah 5
Uu Merah 10
uu Putih 5
Jumlah 20
Perbandingan Fenotif = Merah : Putih
15 : 5
3 : 1

Persilangan Dihibrid (Mendel II)

Fenotif Jumlah
BBmm Kuning-putih 2
bbMm Hijau-biru 1
BbMm Kuning-biru 4
BBMm Kuning-biru 1
BbMM Kuning-biru 4
Bbmm Kuning-putih 2
bbmm Hijau-putih 1
bbMM Hijau-biru 1
Jumlah 16

Perbandingan Fenotif = Kuning-biru : Kuning-putih : Hijau-biru : Hijau-putih

9 : 4 : 2 : 1
 Dari percobaan yang dilakukan untuk membuktikan bunyi dari hukum Mendel I
praktikan melakukan percobaan dengan satu sifat beda yaitu merah dan putih. Dimana
warna merah merupakan warna yang dominan sedangkan warna putih merupakan
warna yang resesif. Setelah dilakukannya percobaan tersebut didapatkan hasil
perbandingan fenotif, yaitu merah : putih = 3 : 1, dari hasil rasio fenotif tersebut dapat
disimpulkan bahwa hasil sesuai dengan apa yang dikemukakan oleh Mendel.
Selanjutnya, percobaan yang dilakukan untuk membuktikan bunyi dari hukum
Mendel II praktikan melakukan percobaan dengan dua sifat beda yaitu kuning, biru,
hijau dan putih. Dimana warna kuning dan biru merupakan warna dominan yang
mewakili sifat bulat dan manis sedangkan hijau dan putih merupakan warna resesif
yang mewakili sifat kisut dan masam. Setelah dilakukannya percobaan tersebut
didapatkan hasil rasio fenotif, yaitu 9 : 4 : 2 : 1, hal ini tidak sesuai dengan hukum
Mendel II yang mempunyai rasio fenotif 9 : 3 : 3 : 1 dikarenakan terjadinya
penyimpangan semu. Penyimpangan ini mungkin terjadi karena adanya sifat-sifat
menurun yang dipengaruhi oleh dua atau lebih pasangan alel yang penampakannya
saling berinteraksi atau mempengaruhi.
VI. KESIMPULAN
Dari percobaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa pada percobaan
untuk membuktikan hukum Mendel I praktikan mendapatkan hasil rasio fenotif 3 : 1
yang artinya sesuai dengan apa yang dikemukakan oleh Mendel sedangkan pada
percobaan unrtuk membuktikan hukum Mendel II terjadinya penyimpangan semu
dikarenakan praktikan mendapakatkan hasil rasio fenotif 9 : 4 : 2 : 1 yang artinya
tidak sesuai dengan yang dikemukakan Mendel dimana rasio fenotifnya 9 : 3 : 3 : 1.

VII. DAFTAR PUSTAKA

Akbar R. T, Hardhienata S, Maesya A. 2015. Implementasi Sistem Hereditas
Menggunakan Metode Persilangan Hukum Mendel Untuk Identifikasi
Pewarisan Warna Kulit Manusia. Jurnal Online Mahasiswa (JOM) 1(1): 1-
13.
Cahyono F. 2011. Kombinatorial dalam Hukum Pewarisan Mendel. Jurnal Sistem dan
Teknologi Informasi 12(1):32-39.
Goodenough, U.1984. Genetika. Jakarta: Erlangga.
Nusantara E. 2014. Genetika. Yogyakarta: Deepublish.
Oktarisna F. A, Soegianto A, Arifin N. S. 2013. Pola Pewarisan Sifat Warna Polong
Pada Hasil Persilangan Tanaman Buncis (Phaseolus vulgaris L.) Varietas
Introduksi Dengan Varietas Lokal. Jurnal Produksi Tanaman 1(2): 81-89.

Medan, Juli 2021

Praktikan

Fauziah Elfani
NIM: 0704183157
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI
Mata Kuliah: G E N E T I KA

JUDUL PRAKTIKUM

ISOLASI DAN PEMURNIAN DNA

OLEH:
NAMA : FAUZIAH ELFANI
NIM : 0704183157
Jurusan / Prodi : BIOLOGI
Kelas / Semester : BIOLOGI-4/V
Kelompok : - _____
Tgl. Pelaksanaan : FEBRUARI 2021 _____

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUIMATERA UTARA
 PERCOBAAN II

I. JUDUL PRAKTIKUM : ISOLASI DAN PEMURNIAN DNA

II. TUJUAN PRAKTIKUM :

1. Untuk mengetahui tahapan isolasi dan pemurnian DNA dari biakan sel Bakteri
Escherechia coli

III. TINJAUAN TEORITIS :

Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup. DNA merupakan asam nukleat yang mengandung materi genetik dengan
fungsi sebagai pengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara mikro
seluler. DNA ditemukan pada inti sel, mitokondria dan kloroplas (pada tumbuhan). Terdapat
perbedaan di antara DNA yang terletak di tempat berbeda tersebut di mana DNA nukleus
berbentuk linier dan berasoasi erat dengan protein histon sedangkan DNA pada mitokondria
dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. DNA merupakan
senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi
selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi
bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom
meliputi gen danintergen (Suryo, 2004).

Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari DNA berada pada
nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membran. Nukleus terdiri dari
90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan
kloroplas. Karena DNA terdapat pada nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai
pemanenan sel. Dimana metode tersebut merupakan bagian dari metode isolasi DNA.
Pemisahan DNA dari materi seluler lainnya merupakan hal yang signifikan dan mengharuskan
penyallinan DNA menjadi RNA dan translasi RNA menjadi protein berlangsung dalam
kompartemen( ruang ) yang berbeda yaitu secara berturut-turut dalam nucleus dan sitoplasma
( Elrod, 2007 ).

Terdapat organel-organel bermembran ganda di dalam sitoplasma, termasuk

mitokondria baik pada tumbuhan maupun hewan. Oleh karena itu perlu dilakukan isolasi DNA
pada tanaman dan hewan untuk mengetahui dan mempelajari DNA dari tanaman dan hewan
tersebut. Sel eukariotik memiliki DNA lebih banyak, lengkap dengan komponen-komponen
lain. DNA tanaman dan hewan tersimpan dalam nucleusyang terbungkus oleh membran. Isolasi
DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi.Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan
berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian
atas dan pelet pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran. DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi
secara sederhana. Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi.
Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu
tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik
dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun
cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel
yang berisi DNA (Albert, 1994).

Isolasi DNA pada prinsipnya adalah mengambil DNA secara murni dengan cara
menghilangkan komponen-komponen selain DNAdan selanjutnya dilakukan transformasi
DNA yang merupakan proses memasukkan DNA ke dalam sel bakteri. Escherechia coli
memiliki karakteristik berbentuk basil dan jenis gram negatif. Kualitas isolasi DNA bakteri
dipengaruhi oleh karakteristik jenis bakteri. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa “lipid protein-
deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu
ikatan kimia (Muhammad, Fadli dan Risandiansyah, 2020).

Escherichia coli adalah salah satu flora normal yang dapat ditemukan pada saluran
pencernaan baik hewan maupun manusia. E. coli termasuk dalam bakteri gram negatif yang
hidup normal di usus besar akan tetapi dapat menjadi patogen apabila menyebar ke organ lain,
misalnya menyebabkan peradangan pada saluran kemih (Tampongangoy, dkk, 2019).
IV. ALAT DAN BAHAN :

A. Alat

No. Nama Alat Jumlah

1. Setrifuge berkecepatan tinggi berpendingin 1 buah
2. Alat-alat gelas 10 buah
3. Oven incubator 1 buah
4. Vorteks 1 buah

B. Bahan
No. Nama Bahan Jumlah
1. Larutan 1 (Tris-HCL 25 mM, EDTA 10 mM, 50 mL
Sukrosa 15%)
2. Larutan 2 (NaOH 0.2 M, SDS 10%) 50 mL
3. Larutan 3 (Na asetat 3 M, pH 4.6 sebagai buffer) 50 mL
4. Medium LB 1
5. Fenol 1 mL
6. Isomilalkohol 1 mL
7. Klorofom 1 mL
8. Etanol absolut 96% 1 mL
9. Etanol absolut 70%
10. Kultur Bakteri E.coli 10% (dalam media
LB)
11. ddH2O 2 mL
12. Tip
13. Buffer TE 1 mL

V. PROSEDUR KERJA :

No. Prosedur Kerja

1. Bakteri E.coli yang telah dibiakkan dalam media LB disentrifugasi selama 4-
5 menit pada 13.200 rpm. Kemudian supematan dibuang dan pellet
dipindahkan dalam eppendorf 1.5 mL. Pellet dicuci dengan 1 mL ddH 2O
 sebanyak 2 kali. Setiap pencucian disentrifugasi 13.200 rpm selama 3 menit,
terakhir dicuci dengan 1 mL buffer TE dan sentrifugal 13.200 selama 3 menit
2. Pellet disesuspensi dengan 100 uL larutan 1, lalu dilakukan vorteks selama 1
menit. Simpan tabung di atas es selama 5 menit
3. Ditambahkan 200 uL larutan 2. Ditutup tabung dan dibolak-balik tabung
secara perlahan. Jangan divortkes. Disimpan tabung dalam es selama 5 menit
4. Ditambahkan 150 uL larutan 3. Ditutup tabung dan dibolak-balik secara
perlahan untuk mengaduk. Disimpan tabung dalam es selama 5 menit
5. Disentrifugasi selama 10 menit pada suhu 4oC dengan kecepatan 13.200 rpm.
Dipindahkan supematan ke dalam tabung baru
6. Ditambahkan 0.7 – 0.8 mL larutan fonol/klorofom/isoamilalkohol. Divorteks
lalu sentrifugal selama 10 menit pada 13.200 rpm. Dipindahkan lapisan atas
secara hati-hati ke dalam tabung eppendorf baru
7. Ditambahkan 1 mL etanol absolut 96%. Diaduk dengan vorteks. Dibiarkan
dalam suhu ruang 15 menit
8. Disentrifugasi kembali pada kecepatan 13.200 rpm selama 5 menit. Dibuang
supematan dan cuci dengan etanol 70% dan disentrifugasi kembali selama 5
menit
9. Dihilangkan supematan dan dikeringkan pellet dalam pengering vakum atau
tisue kimwipes
10. Disuspensikan kembali pellet dalam 50 – 100 uL ddH2O / Buffer TE (10 mM
Tris HCL pH 7.5 – 8 dan 1 mM EDTA)
11. Disimpan dalam – 20oC sebelum digunakan

VI. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN :

Hasil yang didapat pada pemeriksaan isolasi DNA adalah diperolehnya sampel DNA
yang sudah dimurnikan, yang dapat digunakan untuk pemeriksaan lanjutan, misalnya untuk
kebutuhan pemeriksaan PCR (Polymerase Chain Reaction). Dimana sampel biakan bakteri
sebelum di isolasi, dan belum mengalami tahapan demi tahapan sentrifuge dan penambahan
larutan. Secara fisik sampel masih dalam keadaan keruh dan belum bisa dibedakan antara
supernatan dan pelletnya. Setelah sampel mengalami atau melewati tahapan isolasi dan
sentrifuge dan penambahan larutan. Secara fisik sampel terlihat lebih jernih, dan bagian atas
merupakan supernatan yang akan dibuang, dan bagian bawah merupakan pellet yang akan
digunakan untuk pemeriksaan lanjutan. Selanjutnya, pellet yang sudah dipisahkan dengan
supernatan, dan siap digunakan langsung untuk pemeriksaan lanjutan, atau disimpan untuk
kepentingan pemeriksaan yang akan datang.

Isolasi DNA pada dasamya dapat dilakukan dengan merusak dinding dan membrane
sel dan juga membrane inti. Pada penelitian ini, sebelum dilakukannya proses isolasi dna,
terlebih dahulu dipersiapkan bahan atau sampel yang akan digunakan, yaitu bakteri
Escherechia coli yang dibiakkan didalam media LB yang melewati tahapan cukup panjang.
Bakteri E.coli rekombinan sebelumnya ditumbuhkan dalam media cawan LA/NA dengan
metode goresan kemudian dinkubasi didalam inkubator selama 24 jam pada suhu 37°C. Setalah
bakteri tumbuh akan di dapati koloni bakteri yang berbentuk bulat dipermukaan
media.Kemudian E.coli ditumbuhkan kembali dalam media LA/NA dengan cara mengambil
sampel dari koloni bakteri pada permukaan media menggunakan ose, kemudian digores dengan
sistem 4 kuadran (enrichmentculture) dan kembali diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37°C.
Kemudian bakteri yang tumbuh di media LA/NA dapat disimpan tidak lebih dari 1 minggu
untuk digunakan dalam percobaan. E.coli dalam media LA/NA ditumbuhkan di media LB (50
mL dalam 125 mL Erlenmeyer) dan dibiakkan selama 18 jam dalam inkubator bergoyang pada
suhu ruang atau suhu 37°C. Kemudian diukur konsentrasi bakteri E.coli (OD) dengan
menggunakan spektrofotometer. OD bakteri berkisar 0.5-0.6 setelah dibiakkan kurang lebih 18
jam. Lalu 10% E.coli dtumbuhkan kembali dalam media LB (50 ml dalam 125 mL Erlenmeyer)
dan diinkubasi kembali selama 18 jam dalam inkiubator bergoyang pada suhu ruang atau suhu
37°C. Selanjutnya diukur konsentrasi bakteri E.coli dengan menggunakan spektrofometer.

Kemudian, berdasarkan hasil pengamatan, larutan 1 berisi beberapa kompenen yang

memiliki fungsinya masing-masing, dimana Tris-HCl berfungsi untuk menentukan konsentrasi
akhir, EDTA berfungsi sebagai pengkelat, dan sukrosa berfungsi untuk memecahkan dinding
bakteri. Kemudian penambahan larutan 2 yang erisi NaOH 0,2 M berfungsi untuk
mengendapkan dinding sel bakteri. Penambahan buffer ekstraksi berfungsi untuk melisis kan
membran sel. Dan penambahan SDS 10% bertujuan untuk melisiskan dinding sel dan
mendenaturasi protein schingga DNA pada jaringan dapat diisolasi. Larutan dalam tabung
tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vorteks. Dimana vorteks merupakan alat yang
fungsinya hampir sama dengan rotator yaitu untuk menghomogenkan tanpa merusak sel dan
jaringan. Penambahan fenol yang merupakan pelarut organik berguna untuk melarutkan
protein, lipid dan mokekul lain seperti polisakarida, yang diharapkan akan didapat kan
supematan yang berisi DNA bebas kontaminan. Klorofom berfungsi scbagai pendenaturasi
protein, tetapi DNA dan RNA tidak terdenaturasi karena tidak larut didalam pelarut organik
seperti kloroform. Kemudian dilakukan penambahan alkohol setelah dilakukan sebagai
presipitasi DNA sentrifug asi dan pemindahan fasa. Penambahan alkohol ini berfungsi sebagai
penghilang kloroform. Sebab apabila klorofom masih berada di dalam sampel maka
dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim-enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan
untuk analisis molekuler. Dihasilkanlah larutan bening dan gumpalan di dalam tabung.
Gumpalan tersebut merupakan DNA dari jaringan dari bakteri Escherechia coli.

DNA yang sudah diisolasi siap digunakan untuk pemeriksaan pada parameter
selanjutnya, misalnya pada pemeriksaan lanjutan PCR. Jika tidak digunakan secara langsung,
maka hasil isolasi dapat disimpat dilemari es bersuhu -20°C. Didalam sampel sudah tersebut
sudah terdapat DNA murni serta bahan genetik terkait, yang tidak lagi terkontaminasi oleh
pengotor atau reagen tertentu.

VII. KESIMPULAN

Dari percobaan tersebut, dapat disimpulkan bahwa pengisolasian DNA dapat dilakukan
dengan beberapa tahapan, dimulai dari pembiakan bakteri yang digunakan sebagai sampel,
kemudian pelisisan, sentrifugasi untuk memisahkan DNA dengan hasil lisis, ekstraksi untuk
memisahkan DNA dengan senyawa protein, dan lipid, kemudian pemurnian DNA, dilanjutkan
dengan beberapa tahapan sentrifuge untuk memisahkan DNA dari senyawa pengotor dan
reagen yang digunakan, dan yang terakhir pengendapan DNA. Kemudian DNA siap untuk
digunakan untuk pemeriksaan pada parameter selanjutnya, misalnya pada pemeriksaan
lanjutan PCR. Jika tidak digunakan secara langsung, maka hasil isolasi dapat disimpat dilemari
es bersuhu -20°C. Didalam sampel sudah tersebut sudah terdapat DNA murni serta bahan
genetik terkait, yang tidak lagi terkontaminasi oleh pengotor atau reagen tertentu.
VIII. DAFTAR PUSTAKA :

Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. Jakarta: PT. Gramedia Pustaka Utama.
Elrod, S., 2007. Genetika Edisi Keempat. Jakarta : Erlangga.
Muhammad, Brillian Nur, Zainul Fadli dan Rio Risandiansyah. 2020. Perbandingan Isolasi
DNA Bakteri Escerichia coli dengan Metode Heat Treatment dan Filter Based Kit
Berdasarkan Nilai Limit of Detection dan Limit of Quantification. Jurnal Kedokteran
Komunitas. Vol.8, No.2.
Suryo, 2004. Genetika Srata I. Yogyakarta: UGM Press.
Tampongangoy, Deo, dkk. 2019. Uji Aktivitas Antkbakteri Ekstrak Daun Kayu Kapur
Melanolepis multiglandulosa Terhadap Bakteri Staphylococcus aureus dan Bakteri
Escherichia coli. Jurnal Biofarmasetikal Tropis. Vol.2, No.1.

Medan, Juli 2021

Praktikan

(Fauziah Elfani)

NIM: 0704183157
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI
Mata Kuliah: G E N E T I KA

JUDUL PRAKTIKUM

UJI KUANTITATIF DNA DENGAN SPEKTROFOMETER

OLEH:
NAMA : FAUZIAH ELFANI
NIM : 0704183157
Jurusan / Prodi : BIOLOGI
Kelas / Semester : BIOLOGI-4/V
Kelompok : - __________
Tgl. Pelaksanaan : FEBRUARI 2021 _____

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUIMATERA UTARA
 PERCOBAAN III

I. JUDUL PRAKTIKUM : UJI KUANTITATIF DNA DENGAN

SPEKTROFOTOMETER
II. TUJUAN PRAKTIKUM :

1. Untuk mengetahui kuantitas DNA dengan menggunakan spektrofotometer pada

panjang gelombang 260 dan 280 nm.

III. TINJAUAN TEORITIS :

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada dengan kata lain
ekstraksi atau isis yang biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer
ekstraksi atau buffer isis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).

Isolasi DNA pada prinsipnya adalah mengambil DNA secara murni dengan cara
menghilangkan komponen-komponen selain DNA dan selanjutnya dilakukan transformasi
DNA yang merupakan proses memasukkan DNA ke dalam sel bakteri. Isolasi DNA
dimungkinkan dengan beberapa cara tetapi sering kali sedikit perhatian diberikan protokol,
yang bahkan tidak selalu dilaporkan secara rinci dengan asumsi bahwa DNA yang dihasilkan
akan seperti itu representasi yang seimbang dari sumber aslinya (Nacheva, dkk, 2017).

Tahapan untuk mengekstrak DNA, diperlukan langkah-langkah laboratorium untuk

memecahkan dinding sel dan membran inti, yang dilanjutkan dengan pemisahan DNA dari
berbagai komponen sel lain. Pada saat melakukannya, DNA harus dijaga agar tidak rusak dan
didapatkan DNA dalam bentuk rantai yang panjang. DNA yang mengandung basa-basa purin
dan pirimidin dapat menyerap cahaya UV. Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada
260 nm, sedangkan kontaminan protein atau fenol dapat menyerap cahaya pada 280 nm.
Dengan adanya perbedaan penyerapan cahaya UV ini maka kemurnian DNA dapat diukur
dengan menghitung nilai absorbansi 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi 280, dan nilai
kemurnian DNA berkisar antara 1.8-2.0 (Fatchiyah, 2011).

Pada umumnya, teknik isolasi DNA pada tanaman tahunan memerlukan berbagai
modifikasi dari teknik standar umumnya, seperti penambahan antioksidan
polivinilpolipirolidon (PVPP) dan mercaptoethanol, ataupun penggunaan nitrogen cair untuk
membantu menghancurkan jaringan serta penyimpanan lebih lama (over night) dari ekstrak
daun yang telah digerus sebelum dilakukan purifikasi.
 DNA berkualitas tinggi yang akan didapat dalam suatu ekstraksi merupakan satu kaidah
dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam penandaan sidik jari DNA.
Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) merupakan metode yang umum digunakan
dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan senyawa polifenol.

Penggunaan bufer CTAB sebagai pengganti nitrogen cair untuk mengisolasi DNA pada
tanaman jeruk dan pepaya dapat menghasilkan produk DNA yang berkualitas yang ditunjukkan
oleh pita DNA genom.

Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan/jumlah DNA yang
terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah diketahui keberadaan DNA
plasmidnya dalam larutan contoh dengan cara uji kualitatif.

Spektrofotometri ini merupakan gabungan antara spektrofotometri UV dan Visible.

Sinar UV memiliki panjang gelombang 190-380 nm karena sinar UV tidak dapat dideteksi oleh
mata, maka senyawa yang dapat menyerap sinar ini terkadang merupakan senyawa yang tidak
memiliki warna bening dan transparan. Alat ini menggunakan dua buah sumber cahaya
berbeda, sumber cahaya UV dan sumber cahaya visible. Meskipun untuk alat yang lebih
canggih sudah menggunakan hanya satu sumber sinar sebagai sumber UV dan Vis, yaitu
photodiode yang dilengkapi dengan monokromator (Hapsari, 2012).

Uji keberhasilan DNA yang kedua ialah uji kuantitatif dengan menggunakan nano drop
spektrofotometri. Prinsip kerja nano drop spektrofotometri ialah DNA murni mampu menyerap
cahaya ultraviolet karena adanya basa purin dan pirimidin. Hasil uji nano drop ialah berupa
nilai kemurnian DNA pada Å260/Å280 dan nilai konsentrasi DNA. DNA berkualitas baik
berdasarkan uji nano drop memiliki kemurnian 1,8-2,0 (Hikmatyar, 2015).

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam
keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan
dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.
Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan
DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA. DNA hasil isolasi
selanjutnya dilakukan cek kuantitas dan kualitas untuk melihat konsentrasi dan kemurniannya
dengan menggunakan spektrofotometer dan nano drop. (Harahap, 2017).
IV. ALAT DAN BAHAN :

Alat
Nama Alat Jumlah
Spektrofotometer UV- 1 buah
Vis
Pipet mikroliter 2 buah
Kimwipes 1 buah
Kuvet dan lid 3 buah
Gelas kimia 1 buah

Bahan
Nama Bahan Jumlah
DNA hasil isolasi 4 mikroliter
Aquades steril 996 mikroliter

V. PROSEDUR KERJA :

No Prosedur Kerja
1 Disiapkan alat uji kuantitatif
2 Dibersihkan kuvet dan lit menggunakan kimwipes sampai bersih pada bagian
dalam dan luarnya
3 Diencerkan DNA hasil isolasi sebanyak 250 kali factor pengenceran
4 Diambil aquades steril sebanyak 996 mikroliter menggunakan pipet mikro lalu
dimasukkan kedalam kuvet
5 Ditambahkan DNA hasil isolasi sebanyak 4 mikroliter menggunakan pipet
mikro lalu dimasukkan kedalam kuvet
6 Dihomogenkan keduanya hingga tercampur rata lalu didiamkan beberapa saat
sambil menunggu langkah selanjutnya
7 Dioperasionalkan spektrofotometer untuk melihat spectrum pada panjang
gelombang 260 dan 280 nanometer
8 Diisi aquades steril kedalam 2 buah kuvet, lalu dimasukkan kedalam
spektrofotometer setelah itu lihat bacaan “Auto zero” pada monitor
 9 Dimasukkan sampel yang telah dihomogenkan kedalam spektrofotometer
10 Dilihat pada monitor, nilai berapa yang muncul pada panjang gelombang 260
dan 280, lalu dicatat untuk dihitung hasilnya.

VI. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN :

Hasil yang didapat dari penelitian yaitu :

No Panjang Gelombang Nilai Absorbansi
1 260 0,017
2 280 0,013

Pembahasan : praktikum genetika kali ini melakukan kegiatan uji kuantitas DNA. Uji kuantitas
DNA dilakukan menggunakan hasil isolasi DNA tanaman padi. Isolasi DNA tersebut diuji
konsentrasi dan kemurniannya menggunakan nanophotometer, nanophotometer merupakan
alat yang digunakan untuk mencari tahu suatu konsentrasi dan kemurnian DNA dengan
menggunakan metode alnalisis spektrofotometri.

sesuai dengan rumus konsentrasi DNA yaitu

[DNA] = Panjang Gelombang x 50 x Faktor Pengenceran
= 0,017 x 50 x 250
= 212,5 mikrogram/milliliter

NB : 50 Merupakan nilai ketentuan larutan dengan nilai absorbansi 1.0 sebanding dengan
50 ug untai ganda DNA per mL

Kemurnian DNA = Panjang Gelombang 260 : Panjang Gelombang 280

= 0,017 : 0,013
= 1,3  Kurang Murni

Berdasarkan hasil penelitian, rasio 1,3 dikatakan kurang murni karena rasio kemurnian
yang digunakan yaitu bernilai 1,9 – 2 . untuk lebih meyakinkan apakah hasil penelitian ini
sesuai atau tidak kemurnian bisa menggunakan elektroforesis.
VII. KESIMPULAN

Berdasarkan hasil praktikum, dapat disimpulkan bahwa perbedaan massa dan sampel
mempengaruhi kuantitas dan total DNA dari sampel tersebut. Selain itu hasil sampel yang
didapat menunjukkan kemurnian yang kurang baik dikarenakan tingkat kemurniannya kurang
dari 1,9. Menurut Albert (1994), tingkat kemurnian DNA berkorelasi dengan kualitasnya. DNA
dikatakan berkualitas jika memiliki tingkat kemurnian yang tinggi, karena telah termurnikan
dari kontaminan seperti RNA, protein dan lipid. Tingkat kemurnian DNA diukur dengan
membandingkan absorbansi asam nukleat pada panjang gelombang A260 nm dan protein pada
A280 nm. Kontaminasi DNA dapat dilihat dengan semakin meningkatnya nilai absorbansi
protein. Isolasi DNA merupakan tahap awal untuk mempelajari DNA, selanjutnya dapat
dilakukan uji kualitas dan kuantitas DNA guna mengetahui isolasi DNA tersebut murni atau
kontam.
VIII. DAFTAR PUSTAKA :

Fatchiyah, 2011. Pelatihan Analisis Fingerprinting DNA Tanaman Dengan Metode RAPD.
Malang: Modul Laboratorium Sentral Ilmu Hayati Universitas Brawijaya.
Hikmatyar, Mohamad Fazri., dkk. 2015. Isolasi Dan Amplifikasi Dna Keladi Tikus
(Thyponium flagelliform) Untuk Identifikasi Keragaman Genetik. Jurnal Bioteknologi
dan Biosains Indonesia. Vol.2 No.2.
Hapsari, Rizqi. 2012. Uji Kuantitatif Dan Kualitatif DNA Pule Pandak. Program Studi
Agroteknologi. Universitas Sebelas Maret.
Harahap, Ariani Syahfitri. 2017. Uji Kualitas Dan Kuantitas DNA Beberapa Populasi Pohon
Kapur Sumatera. Journal of Animal Science and Agronomy Panca Budi. Vol 2 No 2.
Nacheva, Ellizabeth, dkk. DNA isolation protocol effects on Nuclear DNA anylis by
microarrays, droplet digital PCR and whole genom sequencing, and on mitochondrial
DNA dop number estimotion. Plos One Journal. Vol.1, No.1.
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga.

Medan, Juli 2021

Praktikan

(Fauziah Elfani)

NIM: 0704183157
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI
Mata Kuliah: G E N E T I KA

JUDUL PRAKTIKUM

PENGAMATAN AMPLIFIKASI DENGAN PCR

OLEH:
S
NAMA : FAUZIAH ELFANI
NIM : 0704183157
Jurusan / Prodi : BIOLOGI
Kelas / Semester : BIOLOGI-4/V
Kelompok : -
Tgl. Pelaksanaan : FEBRUARI 2021

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUIMATERA UTARA
 PERCOBAAN IV

I. JUDUL PRAKTIKUM : PENGAMATAN AMPLIFIKASI DENGAN PCR

II. TUJUAN PRAKTIKUM :

1. Untuk memahami dan mempraktekan tekhnik PCR dengan sampel DNA.

III. TINJAUAN TEORITIS :

DNA merupakan asam nukleat yang mengandung materi genetik dengan fungsi sebagai
pengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara mikro seluler. DNA
ditemukan pada inti sel, mitokondria dan kloroplas (pada tumbuhan). Terdapat perbedaan di
antara DNA yang terletak di tempat berbeda tersebut di mana DNA nukleus berbentuk linier
dan berasoasi erat dengan protein histon sedangkan DNA pada mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. DNA merupakan senyawa yang
mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya.
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang
fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen
danintergen (Suryo, 2004).

PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu metode enzimatis untuk amplifikasi
(penggandaan) DNA dengan cara in vitro. Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen
utama, yaitu DNA cetakan, Oligonukleotida primer, Deoxynucleoside triphosphate (dNTP),
Enzim DNA Polimerase, dan Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Proses PCR
menggunakan alat termal cycler (alat PCR), Sebuah mesin yang memiliki kemampuan untuk
memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan mengatur temperatur untuk tiap
tahapan reaksi. Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang dalam 25-30
siklus dan berlangsung dengn cepat yaitu denaturasi, anneling, dan pemanjangan untai DNA.
Produk PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan menggunakan elektroforesis gel
agarosa. Teknik PCR dapat dimodifikasi ke dalam beberapa jenis diantaranya: PCR – RFLP,
PCR – RAPD, nested – PCR, Quantitative – PCR, RT – PCR dan inverse – PCR (Zuhriana,
2010).

Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah
jutaan kali hanya beberapa jam. Dengan diketemukannya teknik PCR di samping juga teknik-
teknik lain seperti sekuensing DNA, telah merevolusi bidang sains dan teknologi khususnya di
bidang. Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat DNA;
sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang
komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs (Deoxynucleotide
triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2 ) dan enzim polimerase DNA
(Handoyo dan Ari, 2001).

Tahap penting dalam proses amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR. Suhu
annealing yang terlalu tinggi akan menghasilkan hibridisasi antara primer-DNA template
sehingga mengakibatkan rendahnya produk PCR, sedangkan annealing yang terlalu rendah
akan mengarah pada amplifikasi DNA yang tidak spesifik yang disebabkan oleh tingginya
kemungkinan kesalahan penempelan primer pada DNA template.

Metode PCR tersebut sangat sensitif. Sensitivitas tersebut membuatnya dapat

digunakan untuk melipatgandakan satu molekul DNA. Metode ini juga sering digunakan untuk
memisahkan gen-gen berkopi tunggal dari sekelompok sekuen genom. Dengan menggunakan
metode PCR, dapat diperoleh pelipatgandaan suatu fragmen DNA (110 bp, 5×10-19 mol)
sebesar 200.000 kali setelah dilakukan 20 siklus reaksi selama 220 menit. Hal ini menunjukkan
bahwa pelipatgandaan suatu fragmen DNA dapat dilakukan secara cepat. Kelebihan lain
metode PCR adalah bahwa reaksi ini dapat dilakukan dengan menggunakan komponen dalam
jumlah sangat sedikit, misalnya dengan DNA cetakan yang diperlukan hanya sekitar 5 µg,
oligonukleotida yang diperlukan hanya sekitar 1 mM dan reaksi ini biasa dilakukan dalam
volume 50-100 µl. DNA cetakan yang digunakan juga tidak perlu dimurnikan terlebih dahulu
sehingga metode PCR dapat digunakan untuk melipatgandakan suatu sekuen DNA dalam
genom bakteri hanya dengan mencampurkan kultur bakteri di dalam tabung PCR (Yuwono, T;
2006).

Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini didasarkan atas spesifitas, efisiensi
dan keakuratannya. Spesifitas PCR terletak pada kemampuannya mengamplifikasi sehingga
menghasilkan produk melalui sejumlah siklus. Keakuratan yang tinggi karena DNA
polymerase mampu menghindari kesalahan pada amplifikasi produk. Masalah yang berkenaan
dengan PCR yaitu biaya PCR yang masih tergolong tinggi. Teknik PCR dapat dimodifikasi ke
dalam beberapa jenis diantaranya: Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP),
Inverse-PCR, Nested-PCR, Quantitative-PCR, Reverse Transcriptase (RT-PCR) dan Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD) (Mahardika, 2005).
IV. ALAT DAN BAHAN :

NO Nama Alat Jumlah

1 Alat elektroforesis agarose 1 buah
2 Tabung mikrosentrifus (1,5 ml) 1 buah
3 Erlenmeyer flask 1 buah
4 Pipet Mohr 2 buah
5 Beaker glass 1buah
6 Mikrosentrifus 1 buah
7 Pipet otomatik 2 buah
8 pH meter 1 buah
9 Thermal Cycler PCR. 1 buah
10 UV reader. 1 buah

NO Nama Bahan Jumlah

1 Sampel DNA epitel dan DNA darah 30 μL
2 Pewarna DNA (crystal violet dalam 20 %
20% gliserol)
3 Tris 10,8 g
4 NHCl 5,5 g
5 Agar 2%
6 Biru bromfenol 12μL
7 Na2HPO4 12μL
8 Gliserol secukupnya
9 EDTA 0,74 g
10 Vortex secukupnya
11 Larutan pewarna secukupnya
12 Larutan pencuci secukupnya
13 Aquades 900 ml
V. PROSEDUR KERJA :
NO PROSEDUR KERJA

1 Disiapkan larutan untuk beberapa orang sekaligus atau disebut dengan larutan
Mix Solution (untuk memudahkan pekerjaan dan memperoleh ketepatan
volume).
2 Diperhatikan penyimpanan larutan-larutan diatas, ada yang harus pada
temperature -20°C (Primer, dNTP’s, Buffer, Taq dan bila perlu larutan DNA),
oleh karena itu pada saat bekerja harus diletakkan yang berisi es.
3 Selalu digunakan tabung dan tips yang telah disterilisasi.
4 Diletakkan gel didalam elektrovoresis yang sudah berisi laruta 1 x TBE.
5 Ditambahkan larutan 1X TBE secukupnya sampai gel-gel terbenam seluruhnya.
6 Digunakan mikropipet untuk menghisap 20μL sampel DNA dan secara hati-
hati dimasukkan ke dalam “well”/sumur tertentu. Dicatat posisi dan urutan
sampel grup Anda pada halaman hasil praktikum ini.
7 Untuk mewarnai DNA manusia, dicampur 10μl DNA dari sel epitelial dengan
10μl perwarna DNA di atas parafilm dan langsung masukan semuanya (20μl)
ke sumur gel. Kemudian, dengan parafilm baru lagi, campur 10μl DNA dari sel
darah dengan 10μl perwarna DNA di atas parafilm dan langsung dimasukan
semuanya (20μl) ke sumur gel. dicatat posisi dan urutan sampel grup anda pada
halaman hasil praktikum ini.
8 Dinyalakan mesin elektroforesis selama 30 menit dengan tegangan 90V.
Sampel- sampelnya akan mulai bergerak ke katode, (DNA bermuatan negatif).
9 Dimatikan mesin elektroforesis secara sempurna.
10 Dengan sangat hati-hati dikeluarkan gel dan letakan pada tray yang disediakan.
Digambarkan pada halaman hasil praktikum ini hasil yang diperoleh.
11 Dipindahkan ke alat “UV reader” supaya hasilnya lebih jelas lagi. Difoto
hasilnya.

VI. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN :

Band yang terbentuk dari Hasil elektroforesis adalah marker yang panjangnya 100bp
hingga 1000 bp. Untuk menentukan panjang basepair band sampel yang terbentuk, maka kita
buat rumus persamaan antara jarak band dengan panjang basepair marker. Perumusan
persamaan untuk menghitung panjang bp sampel. Untuk mengukur panjang band yang
terbentuk, titik acuan pengukuran dimulai dari batas lubang well. Setelah diperoleh
persamaannya maka dapat dihitung panjang basepair tiap sampel dengan memasukkan
besarnya jarak dari well ke band yang terbentuk, ke dalam persamaan. Untuk hasil isolasi DNA
darah, pada kolom ke 9 atau sampel ke 7 tidak terbentuk band. Hal ini dikarenakan kegagalan
dalam proses isolasi DNA, begitu pula dengan hasil elektroforesis sampel epitel pada kolom
ke 4 dan 5 atau sampel 2 dan 3. Band juga dapat gagal terbentuk bila kurang tepat dalam
memasukkan sampel ke dalam well. Hasil band yang terbentuk pada elektroforesis sampel
darah tampak lebih tebal dibandingkan dengan hasil sampel epitel. Hal ini dapat terjadi
mungkin akibat konsentrasi sel yang diperoleh dari sampel darah lebih banyak dibandingkan
dari epitel rongga mulut. Adanya band yang muncul pada negative control dapat terjadi
mungkin akibat kontaminasi dari micropipette yang digunakan untuk memasukkan bahan ke
dalam tabung pcr. Walaupun setiap sampel manggunakan tip yang baru, namun tip yang
digunakan tidak terdapat pembatas di bagian pangkalnya sehingga memungkinkan kontaminasi
cairan/sel walaupun dalam jumlah yang sangat kecil.

Sebelum dilakukan elektroforesis, teknologi PCR dilakukan terlebih dahulu terhadap

sampel. Perlakuan yang dilakukan pada sampel saat pada PCR:
 Hot Start pada suhu 94°C selama 5 menit sebanyak 1 siklus.
 Denaturasi pada suhu 94°C selama 30 detik sebanyak 35 siklus (DNA
memisah).
 Annealing pada suhu 61°C selama 30 detik sebanyak 35 siklus (pimer
menempel).
 Extensi pada suhu 72°C selama 1 menit sebanyak 35 siklus (DNA diperpanjang).
 Extensi pada suhu 72°C selama 7 menit sebanyak 1 siklus.
 Soaking pada suhu 4°C (dilakukan untuk menurunkan suhu).

Pada penggunaan agar-agar untuk eletroforesis agarose, agar-agar yang digunakan tidak
boleh terlalu panas saat dituang ke dalam cetakan karena jika terlalu panas cetakan akan retak
dan juga tidak boleh terlalu dingin karena agar-agar akan mengeras dan tidak dapat menjadi
sumur. Saat menuangkan agar-agar ke dalam cetakan yang harus diperhatikan adalah
gelembung udara karena tidak boleh ada gelembung udara pada saat mencetak agar-agar.
 Pada saat melakukan elektroforesis tahap pertama yang dilakukan adalah mengisi
masing- masing sumur, dimana setiap agar-agar harus diisi dengan marker, negatif dan sampel.
Setelah marker, negatif dan sampel DNA diisi pada setiap sumur, arus dijalankan pada
elektroforesis. Adanya arus dapat diketahui dari gelembung gas yang keluar dan arus
berlangsung dari positif ke negatif. Hasil elektroforesis terlihat jelas band DNA yang berasal
dari darah sedangkan dari sel epitel tidak begitu jelas ataupun tidak muncul. Hal ini
menunjukkan bahwa pada pengerjaan untuk mendapatkan sampel DNA dari sel epitel kurang
teliti, mungkin pada saat menggosok bagian dalam pipi tidak tepat atau pada saat memperoleh
endapannya yang kurang baik pengerjaannya.

VII. KESIMPULAN

Teknologi PCR digunakan untuk memperbanyak sampel DNA. DNA yang diperoleh
dari darah lebih banyak daripada DNA dari hasil isolasi sel epitel. Pada saat memanen sel dari
sel epitel, mulut dalam keadaan bersih dan saat menggosok bagian dalam pipi harus tepat, jika
tidak tepat DNA tidak akan diperoleh. Marker hasil dari elektroforesis apabila bertumpuk
diakibatkan karena saat memasukkan marker ke dalam sumur kurang hati-hati dan mungkin
diakibatkan karena kurangnya waktu saat elektroforesis.
VIII. DAFTAR PUSTAKA :

Handoyo, Darmo dan Ari Rudiretna. 2001. Prinsip Umum Dan Pelaksanaan Polymerase
Chain Reaction (Pcr). Unitas. Vol. 9. No. 1.
Mahardika, I.G. Ngurah K. 2005. Polymerase Chain Reaction. Jurnal Veteriner Vol.4 No. 1.
Suryo, 2004. Genetika Srata I. Yogyakarta: UGM Press.
Yowono, Tribowo. 2006. Teori dan Aplikasi PCR. Penerbit Andi. Yogyakarta.
Zuhriana, 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Gorontalo: Jurusan Kesehatan Masyarakat
FIKK Universitas Negeri Gorontalo.

Medan, Juli 2021

Praktikan

(Fauziah Elfani)

NIM: 0704183157
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI
Mata Kuliah: G E N E T I KA

JUDUL PRAKTIKUM

ANALISIS DNA DENGAN ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

OLEH:
NAMA : FAUZIAH ELFANI
NIM : 0704183157
Jurusan / Prodi : BIOLOGI
Kelas / Semester : BIOLOGI-4/V
Kelompok : - _____
Tgl. Pelaksanaan : FEBRUARI 2021 _____

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUIMATERA UTAR
 PERCOBAAN V
I. JUDUL PRAKTIKUM : Analisis DNA Dengan Elektroforesis Gel Agarosa

II. TUJUAN PRAKTIKUM :

1. untuk mengamati hasil DNA dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa

III. TINJAUAN TEORITIS :

DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua,
yaitu sentrifugasi dan presipitasi.Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan
berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian
atas dan pelet pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran. DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi
secara sederhana. Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi.
Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu
tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik
dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun
cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel
yang berisi DNA (Albert, 1994).

DNA mempunyai muatan negatif dan mempunyai rasiomuatan/massa yang konstan,

sehingga kecepatan migrasi DNA selama elektroforesistergantung pada berat molekul DNA
tersebut.Grafik log berat molekul DNAterhadap jarak migrasi untuk kisaran berat molekul
tertentu akan menghasilkan garis lurus. Untuk pemisahan DNA berukuran kecil (< 200 pasang
basa) digunakan gelpoliakrilamida sedangkan untuk pemisahan DNA berukuran besar
digunakan gelagarosa. DNA dalam gel agarosa dapat terlihat dengan penambahan red gel yang
akan berikatan dengan DNA dan akan bersifat fluorescens dibawah sinar UV. Penambahan
loading dye dilakukan bertujuan sebagai penanda pergerakan DNA dalam gel agarose.

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan yang memanfaatkan medan listrik

yang dihasilkan dari elektroda-elektroda untuk memisahkan senyawa-senyawa yang memiliki
muatan berupa kation ataupun anion. Memiliki perbedaan yang cukup jelas dengan sel
elektrokimia, elektroforesis memanfaatkan medan listrik. Sedangkan elektrokimia
memanfaatkan elektroda untuk melakukan reaksi reduksi dan oksidasi. Teknik elektroforesis
sudah sangat lama ditemukan sekitar abad ke 19 hanya saja pengembangannya secara
signifikan dimulai tahun 1956 oleh Hunter dan Moller melakukan penelitian tentang sifat-sifat
enzim sebagai katalisator untuk melihat pengaruh kimia pada perkembangannya (harahap,
2018).

Agarosa atau galaktosa polimer merupakan senyawa polisakarida yang diisolasi dari
makroalga. Agarosa telah banyak diisolasi dari makroalga seperti Gracilaria fisheri,
Gracilaria edulis, Gracilaria sp. Sifat agarosa yang tidak bermuatan, membuat agarosa banyak
diaplikasikan dalam bidang bioteknologi, baik sebagai media kultur ataupun media
elektroforesis. Dalam elektroforesis, agarosa digunakan untuk mendeteksi kompleks-
kompleks antigen-antibodi, dan untuk analisis molekul DNA, RNA dan molekul protein
(Praibon, 2006).

Biasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih besar
(lebih dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil (kurang dari 200 bp).
Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan berdasarkan konsentrasi
matriks agarose. Mobilitas/pergerakan DNA relatif tergantung pada faktor-faktor tertentu,
terutama pada konsentrasi agarosa dalam gel, kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik
dari larutan buffer, dan konformasi fragmen DNA itu sendiri. Molekul DNA bermigrasi
melalui pori-pori kecil yang terbentuk dalam padatan gel agarosa. Secara umum, molekul yang
lebih kecil bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki
gesekan yang lebih rendah saat bergerak menuju elektroda positif. Konsentrasi yang rendah
pada gel agarosa memberikan resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar, dengan
memberikan pemisahan yang lebih besar antara band yang secara ukuran tidak terlalu jauh
berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi, di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan migrasi
fragmen panjang yang sementara itu dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada
fragmen DNA kecil.

Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi secara lebih cepat daripada fragmen
yang lebih kecil, karena tegangan pada gel yang ditingkatkan. Selain itu, DNA memiliki
muatan yang konsisten untuk rasio massa, sehingga ukuran molekul DNA merupakan faktor
utama yang mempengaruhi migrasi melalui matriks gel. Terlepas dari kenyataan bahwa
penerapan tegangan tinggi dapat meningkatkan kecepatan migrasi fragmen DNA, tetapi juga
dapat menurunkan resolusi pemisahan (di atas sekitar 5 sampai 8 V/cm). Untuk alasan itu,
resolusi terbaik dari fragmen yang lebih besar dari 2 kb dicapai dengan menerapkan tidak lebih
dari 5 V/cm pada gel (Lee & Bahaman, 2010).

IV. ALAT DAN BAHAN :

A. Alat
No. Alat Jumlah
1. Mikropipet 1
2. Elektroforesis Agarosa 1
3. Elemeyer 200 ml 1
4. Mikrotube 0,5 ml 1
5. UV iluminasi 1

B. Bahan

No. Bahan Jumlah

1. DNA hasil Isolasi -
2. DNA hasil PCR baik NAT 2 maupun GAPDH -
3. DNA hasil digesti -
4. DNA yang tidak di-digesti -
5. DNA markar 100 bp -
6. Gel red 2,5 mikroliter
7. DNA sampel buffer -
8. 5X TBE buffer 250 ml
9. Gel agarosa 0,8 % 0,2 gram

V. PROSEDUR KERJA :

No. Prosedur Kerja

1. Dibuat 250 ml larutan buffer TAE 1x dengan cara dicampurkan 5 ml TAE 50x
ke dalam 245 ml akuades
2. Dibuat gel agarosa 1% dengan cara ditimbang agarosa 0,2 g untuk dilarutkan ke
dalam buffer TAE 1x hingga volume 20 ml. Larutan agarosa dididihkan hingga
larut sempurna.
3. Disiapkan baki gel agarosa, dilekatkan selotip di tiap ujung baki gel agarosa.

4. Dipasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki gel agarosadengan posisi
hamper menyentuh dasar baki.
5. Diperiksa suhu larutan agarosa sampai hangat-hangat kuku, ditambahkan 1µl
etidium bromid.
6. Dihomogenkan larutan agarosa, kemudian dituangkan ke dalam baki gelc
agarosa. Dibiarkan hingga padat.

7. Diambil sisir dengan hati-hati dan dilepaskan selotip dari ujung baki.
8. Dimasukkan baki yang berisi agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang telah
diisi larutan buffer TAE 1x.
9. Dimasukkan 12 µl sampel DNA buah dan bakteri ditambahkan loading dye 6x
dengan perbandingan 2: 8 untuk bakteri dan 4 : 8 untuk buah ke dalam sumuran
gel agarosa yang sebelumnya telah dihomogenkan antara loading dye dan smapel
DNA.
10. Dihubungkan tangki elektroforesis dengan power supply sesuai kutub yang ada
dalam tangki dan diatur waktu running untuk V=100V, ma= 400 ma, dan waktu
30 menit.
11. Setelah waktu running selesai, gel diambil dan direndam dalam larutan EtBr
selama 30 menit. 12. Diamati dalam UV transiluminator.
VI. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN :

Hasil yang didapat pada penelitian analisis DNA dengan menggunakan elektroforesis
gel agarosa adalah DNA tidak terfragmentasi secara sempurna.
No. Gambar Keterangan
1. Terlihat pada gambar
yang dimabil
menggunakan kamera
digital dengan hasil
dari 6 DNA yang di
coba

Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan

memurnikan fragmen DNA. Pergerakan molekul terutama tergantung di muatan yang ada pada
permukaan partikel, tanda dan besarnya muatan pembawa oleh variasi group ionogenik.
Tergantung kepada kekuatan molekul listrik dan ph dari medium dalam mengkateristik,
sehingga pemisahan molekul dapat terjadi karena efek seleksi dan medium yang sesuai. Macam
elektroforesis antara lain yaitu elektroforesis kertas dan elektroforesis gel. Elektroforesis kertas
adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase diam dan partikel bermuatan
yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat
adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas
tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan,
konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, ph, viskositas, dan adsorpsivitas zat terlarut. Elektroforesis
gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk memisahkan molekul-
molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam)
untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein. Kemudian
elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel
media.

Metoda Elektroforesis Gel Agarosa didasarkan pada pergerakan mulekul bermuatan

dalam media penyangga matriks stabil di bawah pengaruh medan listrik. Media yang umum
digunakan adalah gel agarosa atau poliakrilamid. Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk
memisahkan fragmen DNA yang berukuran lebih besar dari 100 pb dan dijalankan secara
horizontal, sedangkan elektroforesis poliakrilamid dapat memisahkan 1 pb dan dijalankan
secara vertikal. Elektroforesis poliakrilamid biasanya digunakan untuk menentukan urutan
DNA (sekuensing) (Sumitro, 1996). Larutan DNA yang bermuatan negatif dimasukkan ke
dalam sumur-sumur yang terdapat pada gel agarosa dan diletakkan di kutup negatif, apabila
dialiri arus listrik dengan menggunakan larutan buffer yang sesuai maka DNA akan bergerak
ke kutup positif. Laju migrasi DNA dalam medan listrik berbanding terbalik dengan massa
DNA. Migrasi DNA terutama ditentukan oleh ukuran panjang dan bentuk DNA. Fragmen
DNA yang berukuran kecil akan bermigrasi lebih cepat dibanding yang berukuran besar,
sehingga elektroforesis mampu memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran panjangnya.
Untuk visualisasi maka ditambahkan larutan etidium bromida yang akan masuk diantara ikatan
hydrogen.

pada DNA, sehingga pita fragmen DNA akan kelihatan dibawah lampu UV. Panjang
amplikon bisa diperkirakan dengan membandingkannya dengan pita DNA standar. Molekul
DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel
menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran molekulnya, makin rendah laju migrasinya.
Berat molekul suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan membandingkan laju
migrasinya dengan laju migrasi fragmen-fragmen molekul DNA standar (DNA marker) yang
telah diketahui ukurannya. Visulisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar
ultraviolet setelah terlebih dahulu gel dalam pembuatannya ditambahkan larutan etidium
bromid. Cara lain untuk melihat visualisasi DNA adalah gel direndam di dalam larutan etidium
bromid sebelum dipaparkan di atas sinar ultraviolet.

Elektroforesis gel agarosa dapat dipakai secara efektif untuk mendeteksi dan
mempersiapkan karakterisasi plasmid DNA yang muncul pada isolasi klinis dan pewarnaan
laboratoris dari mikroorganisme gram negatif. Metode ini sangat sensitif dan tidak memerlukan
radioisotop atau ultrasentrifugasi. Selanjutnya, untuk mendeteksi potongan-potongan DNA
berupa bands-dna pada gel agarosa digunakan pewarna yang mengandung fluoresen dengan
konsentrasi rendah, seperti intercalating agent etidium bromide (EtBr). Setelah elektroforesis,
gel diwarnai dengan EtBr selama kurang lebih 30 menit. Hanya sedikit DNA dapat dideteksi
secara langsung dengan cara gel diletakkan pada media UV-transilluminator.
VII. KESIMPULAN

Hasil praktikum DNA dengan menggunakan elektroforesis menunjukkan bahwa DNA

tidak terfragmentasi secara sempurna. Hal ini disebabkan oleh berbagai faktor diantaranya
kemungkinan DNA mengalami kerusakan, penyimpanan DNA hasil PCR yang terlampau
lama, maupun pemotongan yang kurang sempurna pada saat melakukan PCR, hingga
kesalahan pada saat memasukkan DNA ke dalam sumuran.

VIII. DAFTAR PUSTAKA :

Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. Jakarta: PT. Gramedia Pustaka Utama.
Harahap. Muhammad, Ridwan. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia
Genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro. Aceh.
Lee, S.V., Bahaman, A.R. 2010. Modified gel preparation for distinct DNA fragment analysis
in agarose gel electrophoresis. Tropical Biomedicine 27(2): 351-354 (2010)
Praiboon, J. Et al. 2006. Physical and Chemical Characterization of Agar Polysaccharides
Extracted from the Thai and Japanese Species of Gracilaria. Japan.

Medan, Juli 2021

Praktikan

(Fauziah Elfani)

NIM: 0704183157
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI
Mata Kuliah: G E N E T I KA

JUDUL PRAKTIKUM

MARKA MOLEKULER SSR (Simple Sequence Repeats)

OLEH:
NAMA : FAUZIAH ELFANI
NIM : 0704183157
Jurusan / Prodi : BIOLOGI
Kelas / Semester : BIOLOGI-4/V
Kelompok : - _____
Tgl. Pelaksanaan : FEBRUARI 2021 _____

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUIMATERA
 PERCOBAAN VI

I. JUDUL PRAKTIKUM : Marka Molekuler SSR (Simple Sequence Repeats)

II. TUJUAN PRAKTIKUM :

1. Untuk memperoleh informasi keragamaan genetik tanaman kacang Bogor asal Jawa
Barat berdasarkan marka molekuler SSR.

III. TINJAUAN TEORITIS :

Pemanfaatan bioteknologi secara biomolekuler (DNA, protein, enzim) tidak hanya

digunakan pada cara-cara perbanyakan benih dan pemuliaan tanaman tetapi juga dapat
diterapkan untuk evaluasi kemurnian genetik. Melalui metode elektroforesis diharapkan dapat
dilakukan pengujian yang lebih cepat dan akurat dalam mengidentifikasi suatu varietas.
Berbagai metode menggunakan marka molekuler telah banyak diterapkan untuk pengujian
varietas, salah satunya adalah marka mikrosatelit atau marka simple sequence repeats (SSR).
Berbagai studi genetika menunjukkan beberapa keunggulan dari marka SSR diantaranya adalah
memiliki tingkat polimorfisme tinggi, bersifat kodominan, akurasi yang tinggi, berlimpah
dalam genom dan diwariskan mengikuti hukum Mendel (Mulsanti 2011).

Kacang bambara merupakan tanaman yang berpotensi sebagai sumber pangan alternatif
penghasil protein dan karbohidrat. Pada biji kering tanaman ini memiliki kandungan protein
yang cukup tinggi yaitu 16 – 21%, karbohidrat 50 – 60% dan lemak yang rendah 4,5 – 6,5%,
serta mengandung kalsium, fosfor, zat besi, dan vitamin B1 (Purseglove, 1968; Suwanprasert
et al., 2006). Polong muda kacang bambara biasanya dikonsumsi dengan cara direbus,
sedangkan biji kering biasanya diproses dahulu menjadi tepung dan sebagai bahan utama
pembuatan susu di Harare (Hampson et al. 2000).

Selain kandungan nutrisi yang sangat baik, tanaman ini juga dilaporkan dapat
berproduksi baik pada lahan-lahan marginal. Madamba (1995) melaporkan bahwa produktifitas
kacang bambara pada kondisi lingkungan tumbuh yang marjinal di Zimbabwe dapat
menghasilkan 300 kg/ha biji kering, namun pada kondisi lingkungan tumbuh optimal akan
menghasilkan 4 ton/ha biji kering. Penelitian kacang bambara di Indonesia belum banyak
dilakukan, karena namanya kurang dikenal sehingga kacang bambara dinilai kurang komersial.
Hal ini menyebabkan belum tersedianya varietas unggul kacang bambara. Varietas unggul yang
dimaksud antara lain mempunyai hasil tinggi, toleran terhadap hama penyakit, umur genjah,
nutrisi tinggi dll. Program pengembangan atau perakitan varietas unggul kacang bambara perlu
segera dilakukan. Program pengembangan pemuliaan kacang bambara dapat diawali dengan
upaya penyediaan informasi tentang keragaman dan struktur genetik plasma nutfah kacang
bambara. Keragaman genetik berperan penting dalam pemuliaan tanaman karena informasi dan
pemahaman tentang keragaman genetik dapat membantu keberhasilan program pemuliaan
tanaman.

Estimasi keragaman genetik dengan menggunakan marka morfologi banyak digunakan

karena praktis, cepat, dan mudah, pengamatan dilakukan dengan cara visual dan bersifat
kuantitatif. Namun, marka morfologi kurang akurat untuk menganalisis keragaman dan struktur
genetik tanaman karena dipengaruhi oleh lingkungan (Oumouloud et al., 2009).

Marka molekular adalah pelengkap yang bermanfaat bagi karakter morfologi dan
fenologi karena tidak dipengaruhi oleh lingkungan. Setiyo (2001) menjelaskan bahwa marka
molekuler merupakan teknik yang efektif dalam analisis genetik dan telah diaplikasikan secara
luas dalam program pemuliaan tanaman.

Skoring. Skoring dilakukan untuk menentukan profil hasil karakterisasi pita produk
hasil amplifikasi PCR. Pita tersebut ditunjukkan oleh hasil elektroforesis pada gel akrilamid.
Selanjutnya, ukuran pita ditentukan dengan software PhotoCapMw sedangkan skoring alel dari
marka SSR dilakukan dengan menggunakan elektroforegram yang dihasilkan. Penilaian
muncul tidaknya pita genetik dilakukan secara manual.

Profil DNA merupakan data alel yang teramati dengan ketentuan adanya pita DNA
berdasarkan ukuran produk PCR pada satu lokus yang sama dari beberapa contoh yang
digunakan. Alel-alel tersebut diterjemahkan menjadi data biner. Setiap alel dianggap mewakili
satu karakter dan diberi nilai berdasarkan ada tidaknya suatu alel. Nilai (+) diberikan apabila
alel ada dan nilai (-) bila tidak ada alel. Analisis data molekular dilakukan berdasarkan hasil
skoring pita DNA yang muncul pada gel. Setiap pita DNA pada marka SSR yang muncul
merepresentasikan posisi alel pada lokus, dimana 1 marka SSR merupakan satu lokus (Mulsanti
2011).

IV. ALAT DAN BAHAN :

ALAT
NO Nama Alat Jumlah
 Primer SSR 15 pasang
1

BAHAN
NO Nama Bahan Jumlah
Kacang bambara asal Jawa 70 aksesi
1
Barat
Senyawa CTAB secukupnya
2

V. PROSEDUR KERJA :

NO PROSEDUR KERJA
1 Isolasi DNA dengan metode menggunakan senyawa CTAB yang berguna
untuk mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan
karbohidrat dan merusak membran sel dan melarutkan DNA.
2 Dilakukan proses amplifikasi dengan menggunakan mesin PCR (Polymerase
Chain Reaction).
Proses PCR dilakukan dengan kondisi:
 Denaturasi awal pada 94oC selama 3 menit
 Selanjutnya diulang sebanyak 35 siklus dengan kondisi 94 oC
selama 15 detik ;45-60oC (sesuai Tm primer) selama 1 menit; 72oC
selama 1 menit; diakhiri dengan ekstensi akhir pada suhu 72 oC
selama 10 menit.
3 Dilihat hasil PCR dielektroforensis pada agarose 2% dengan tegangan 80
volt selama 70 menit.
4 Dilakukan analisis data berdasarkan hasil scoring pola pita DNA yang
muncul pada plate. Hasil scoring dalam bentuk data biner, jika ada pita diberi
skor satu dan jika tidak adapita diberi skor 0. Jumlah alel (Na),
heterozigositas yang diharapkan (HO), keragaman genetik (heterozigositas
yang diamati = HE) dihitung dengan menggunakan software POPGENE
sedangkan polymorphic information content (PIC) dihitung formula:
PICi = 1- Σj Pij2
VI. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN:

Dari hasil POPGENE 32 menunjukkan bahwa jumlah alel (Na) yang dihasilkan dari
lima belas primer SSR yang digunakan adalah 1 sampai 3 dengan rata-rata 2 alel per lokus.
Jumlah alel yang dihasilkan tidak jauh berbeda dengan yang menghasilkan 1 sampai 2 alel
dengan rata-rata 1,1 alel per lokus, namun hasil tersebut lebih rendah dari penelitian Somta et
al. (2011) yang mampu menghasilkan 4 sampai 10 alel dengan rata-rata 7,75 alel per lokus.

Teknologi PCR berdasarkan 15 primer marka SSR yang telah digunakan pada
penelitian ini bersifat polimorfik sedang untuk membedakan semua aksesi kacang bambara asal
Jawa Barat yang telah diteliti. Nilai rata-rata polymorphic information content (PIC)
berdasarkan marka SSR ini adalah sebesar 0,33. Nilai PIC terkecil adalah primer 7 dengan nilai
-0,17. sedangkan primer 1 dan primer 19 merupakan primer yang bersifat polimorfik dan
informative dikarenakan memiliki nilai PIC yang tinggi. Nilai polymorphic information
content (PIC) dijadikan standar untuk mengevaluasi marka genetik berdasarkan pita DNA hasil
amplifikasi PCR, oleh karena itu nilai PIC dibagi menjadi tiga kelas yaitu PIC > 0,5 = sangat
informatif, kemudian 0.25 > PIC > 0,5 = sedang, dan PIC < 0,25 = rendah .

Keragaman genetik dapat pula ditunjukan dari nilai heterosigositas actual (HO) dan
heterosigositas harapan (HE). Pada Tabel 1 menunjukan bahwa primer 1 dan primer 19 bersifat
informative karena lokus ini memiliki nilai HE dan PIC tertinggi jika dibandingkan dengan
lokus-lokus lainnya. Semakin tinggi nilai HE dan PIC yang dihasilkan maka primer tersebut
semakin informatif dalam membedakan individu antar genotip dalam populasi. Boer (2007)
menyatakan bahwa nilai HE yang tinggi dapat mengindikasi keragaman yang tingi pada lokus
tersebut. Selanjutnya, Sajib et al. (2012) menyatakan bahwa nilai PIC adalah ukuran
polimorfisme suatu lokus antar genotip dengan menggunakan informasi jumlah alel.
VII. KESIMPULAN :

Dari hasil pembahasan diatas maka didapat kesimpulan bahwa dari lima belas primer,
primer 1 dan primer 19 merupakan primer yang bersifat polimorfik dan informatif karena lokus
tersebut memiliki nilai HE dan PIC yang tinggi dibandingkan dengan primer-primer lainnya.
Semakin tinggi nilai HE dan PIC yang dihasilkan maka primer tersebut semakin informative
dalam membedakan individu antar genotip dalam populasi.

VIII. DAFTAR PUSTAKA :

Hampson, K, SH Azam-Ali, A Sesay, SM Mukwaya, and SN Azam-Ali. 2000. Assessing

Opportunities for Increased Utilisation of Bambara Groundnut In Southern Africa.
Tropical Crops Research Unit, School of Biosciences, University of Nottingham.
Madamba, R. 1995. Breeding bambara groundnut varieties suitable for Zimbabwean
condisions. Proceedings of the workshop on Conservation and Improvement of
Bambara Groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdc.) 14-16 November 1995, Harare,
Zimbabwe. 128-134.
Mulsanti IW. 2011. Identifikasi dan evaluasi kemurnian genetik benih padi hibrida
menggunakan marka mikrosatelit [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Oumouloud A, MS Arnedo-Andrés, R González Torres, and JM Álvarez. 2009. Morphological
and molecular characterization of melon accession resistant to Fusarium wilts.
Euphytica 169: 69-79.
Setiyo, IE. 2001. Pemetaan dan keragaman genetik RAPD pada kelapa sawit sungai pancur
(RISPA). Tesis S2. Program Pasca Sarjana. IPB. Bogor.

Medan, Juli 2021

Praktikan

(Fauziah Elfani)

NIM: 0704183157