Tersedia secara online di www.sciencedirect.
com
ScienceDirect
Produksi mikroba asam lemak dan bahan kimia turunannya
Dalam Jin Cho 1 , Kyeong Rok Choi 1 , 2 dan Sang Yup Lee 1 , 2 , 3
Produksi mikroba asam lemak dan turunannya dari biomassa tidak dapat dimakan
telah menarik banyak perhatian sebagai alternatif dari produksi mereka dari minyak
nabati dan lemak hewani. Asam lemak dan beberapa turunannya adalah metabolit
yang ada di mana-mana yang disintesis untuk biosintesis membran dan tujuan
metabolisme lainnya dalam mikroorganisme. Senyawa ini, bagaimanapun, jarang
diproduksi di luar kebutuhan seluler, seringkali menghasilkan titer yang rendah
bahkan setelah rekayasa metabolik. Baru-baru ini, strategi rekayasa metabolik
yang lebih maju termasuk rekayasa sistem metabolik memungkinkan peningkatan
produksi asam lemak dan turunannya dengan menggunakan mikroorganisme
non-oleaginous dan oleaginous. Sini,
Alamat
1 Laboratorium Riset Nasional Teknik Metabolik dan Biomolekuler, Sistem Metabolik Teknik dan
Sistem Laboratorium Kolaborasi Lintas Generasi, Departemen Teknik Kimia dan Biomolekuler
(Program BK21 Plus), Institut BioCentury, Institut Sains dan Teknologi Lanjutan Korea (KAIST),
291 Daehak- ro, Yuseong-gu, Daejeon 34141, Republik Korea
2 Pusat Penelitian Rekayasa BioProcess, KAIST, 291 Daehak-ro, Yuseong-gu, Daejeon
34141, Republik Korea
3Pusat Penelitian BioInformatika, KAIST, 291 Daehak-ro, Yuseong-gu, Daejeon 34141, Republik
Korea
Penulis korespondensi: Lee, Sang Yup ( leesy@kaist.ac.kr )
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
Ulasan ini berasal dari masalah bertema di Bioteknologi Kimia
Diedit oleh Christoph Wittmann dan Sang Yup Lee
Untuk gambaran lengkapnya, lihat Isu dan Tajuk rencana
Tersedia online 23 Maret 2020
https://doi.org/10.1016/j.copbio.2020.02.006
0958-1669 / Sebuah 2020 Elsevier Ltd. Semua hak dilindungi undang-undang.
pengantar
Asam lemak (FAs) adalah metabolit esensial di semua organisme. FA dan
zat antara biosintetik / kataboliknya adalah prekursor fosfolipid yang
dibutuhkan untuk biosintesis membran sel dan juga berfungsi sebagai
prekursor triasilgliserol (TAG) dan polihidroksialkanoat (PHA), yang
merupakan molekul penyimpanan karbon dan energi [ 1–3 ]. FA dan
turunannya (misalnya biodiesel) sebagian besar bersumber dari minyak
nabati dan lemak hewani. Menghindari
www.sciencedirect.com
penggunaan minyak nabati (misalnya minyak sawit) untuk produksi bahan
kimia dan biofuel dan juga membangun sistem ramah lingkungan untuk
produksi senyawa penting tersebut, produksi mikroba FA dari biomassa
lignoselulosa non-dimakan telah dipelajari [ 4 ] ( Tabel 1 ). Mikroorganisme
adalah inang yang lebih menguntungkan daripada organisme yang lebih
tinggi (misalnya tumbuhan dan sel mamalia) untuk produksi FA karena
mikroorganisme memiliki metabolisme yang relatif lebih sederhana, lebih
mudah untuk direkayasa, dan tumbuh lebih cepat. Namun, rendahnya
efisiensi produksi FA merupakan salah satu tantangan utama, yang
disebabkan oleh ketatnya kontrol dan regulasi metabolisme FA.
Banyak penelitian telah melaporkan rekayasa mikroorganisme
non-oleaginous untuk menghasilkan FA dan turunannya dengan
meningkatkan fluks metabolik menuju metabolisme FA yang diatur secara
ketat [ 1 , 5 ]. Di sisi lain, beberapa penelitian telah melaporkan rekayasa
mikroorganisme oleaginous, yang mengakumulasi sejumlah besar lipid
sebagai bahan penyimpanan karbon dan energi [ 2 ]. Untuk kedua kelompok
mikroorganisme, strategi rekayasa sistem metabolik dan teknologi
fermentasi yang canggih telah berkontribusi untuk meningkatkan efisiensi
FA dan produksi turunan [ 6 , 7 , 8 ].
Dalam makalah ini, kami meninjau kemajuan terbaru dalam produksi
mikroba FA dan bahan kimia turunannya. Karakteristik metabolik dari
mikroorganisme yang berbeda dan strategi rekayasa sistem metabolik yang
digunakan untuk mengembangkan produsen FA yang kompetitif dijelaskan.
Secara khusus, rekayasa mikroorganisme non-oleaginous dan oleaginous
untuk menghasilkan FA dan turunannya dari berbagai bahan baku
dibandingkan ( Gambar 1 ). Selanjutnya, strategi rekayasa metabolik untuk
menghasilkan turunan FA yang beragam dibahas.
Produksi asam lemak menggunakan mikroorganisme
nonoleaginous
Kebanyakan mikroorganisme tidak memungkinkan biosintesis FA berlebih di
luar kebutuhan metabolik mereka melalui serangkaian mekanisme pengaturan
[ 1 , 5 ]. Produksi FA berlebih dengan deregulasi biosintesis FA dalam
mikroorganisme tersebut telah dibuktikan [ 9 ]. Pada bagian ini, strategi
rekayasa metabolik yang dikembangkan dalam beberapa tahun terakhir untuk
menghasilkan FA menggunakan bakteri dan ragi non-oleaginous dibahas.
Untuk jalur metabolisme terperinci yang relevan dengan FA ( Gambar 2 ),
beberapa artikel ulasan komprehensif direkomendasikan untuk dibaca [ 1 , 9 , 10 ].
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
130 Bioteknologi kimiawi
Bakteri non-oleaginous
Escherichia coli telah sering digunakan untuk produksi FA, termasuk FA
rantai pendek (SCFA; C2-C5), FA rantai menengah (MCFA; C6-C12), dan
FA rantai panjang (LCFAs; C13-C21). Untuk SCFA, modulasi spesifikasi
substrat dari thioesterase menuju lemak asil-ACP rantai pendek
meningkatkan produksi mereka [ 11 ]. Selain itu, menghambat siklus
perpanjangan FA dengan suplementasi cerulenin (kurang dari 1 mg / L) dan
membatasi fosfat dalam medium yang memungkinkan produksi 14,3 g / L
asam butirat dan 17,5 g / L dari total FA bebas (FFA), yang sesuai dengan
28% dari hasil maksimum teoritis [ 12 ]. MCFA diproduksi dengan membalik
b- jalur oksidasi dan rekayasa tingkat sistem berikutnya [ 13 , 14 , 15 , 16 ].
Secara khusus, peningkatan reassimilasi asetat dan peningkatan aktivitas
tiolase menghasilkan produksi MCFA campuran 3,8 g / L melalui
kebalikannya.
b- jalur oksidasi [ 15 ]. Juga, produksi MCFA yang memiliki panjang karbon
yang diinginkan dimungkinkan. Misalnya, produksi selektif asam dekanoat
dari gliserol telah dicapai dengan menggunakan tiolase ( Ralstonia eutropha
BktB) dan enoyl-CoA reductase ( Euglena gracilis
TER) untuk menghasilkan C10 asil-KoA, yang kemudian diubah menjadi
asam dekanoat oleh tioesterase ( E. coli FadM) yang lebih menyukai
decanoyl-CoA dan asil-CoA rantai panjang sebagai substrat. Dengan
fermentasi dua fase dari strain yang direkayasa ini menggunakan n- Dodecane untuk mencegah konversi FFA menjadi asilCoAs dan meningkatkan
sebagai ekstraktan selama fermentasi, 2,1 g / L asam dekanoat diproduksi [ 16 produksi FFA [ 33 , 34 ]. Selain itu, mengarahkan fluks metabolik yang relevan
]. Untuk produksi LCFA, yang merupakan prekursor utama fosfolipid
bakteri, optimalisasi kombinatorial suplai asetil-KoA dan konsumsi
malonil-KoA / ACP cukup untuk meningkatkan produksi LCFA menjadi 8,6 g
/ L melalui jalur biosintesis FA endogen ( Gambar 2 ) [ 17 ]. Seperti yang
ditunjukkan dalam produksi SCFA [ 11 ], fraksi FA yang diinginkan memiliki
panjang rantai yang diinginkan dalam kumpulan FA heterogen telah
berhasil dimodulasi dengan secara rasional merekayasa spesifitas substrat
dari thioesterase [ 18 , 19 ]. Perlu dicatat juga bahwa pengayaan terus
menerus varian non-genetik berkinerja tinggi selama penggunaan
fermentasi in vivo sistem kontrol kualitas populasi (PopQC) secara signifikan
meningkatkan produksi FA menjadi 21,5 g / L [ 20 ]. Selain itu, rekayasa
pengangkut FA [ 21 ] dan pengenalan metabolisme mikro-aerobik sintetis
yang hemat energi / karbon [ 22 ] telah ditunjukkan untuk meningkatkan
produksi FA di
E. coli. FA diproduksi oleh rekayasa E. coli strain dapat disimpan dalam
bentuk TAG juga dengan memperkenalkan jalur biosintesis TAG (yaitu jalur
Kennedy;
Gambar 2 ) [ 23 ].
Sebagai tambahannya E. coli, Corynebacterium glutamicum telah
direkayasa untuk menghasilkan FA dan bahan kimia turunan karena
keunggulannya dalam fermentasi skala industri dan alat yang mapan untuk
rekayasa genetika. Mirip dengan kasus E. coli, produksi kedua FFA (0,28 g /
L) [ 24 ] andTAGs (upto3 g / LtotalFAs) [ 25 , 26 ] telah ditunjukkan dalam
bakteri ini. Cupriavidus necator ( sebelumnya disebut R. eutropha),
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
merupakan overproducer yang alami dari PHA dan konsumen CO 2 / H. 2, adalah pekerja keras lain
yang menarik untuk secara efisien menghasilkan FA dan
turunan. Gangguan phaC1 gen pengkodean sintase PHA sudah cukup untuk
memungkinkan C. necator untuk menghasilkan FA, meskipun dengan titer rendah
sebesar 29,1 mg / g berat sel kering (DCW)
[ 27 , 28 ]. Sejak C. necator dapat memanfaatkan CO 2 sebagai satu-satunya sumber karbon, phaC1-
kekurangan C. necator ketegangan direkayasa
dengan mengekspresikan endogen secara berlebihan acc dan terpotong ltes gen
(masing-masing mengkodekan kompleks asetil-KoA karboksilase dan sitoplasma
tioesterase) dan C. glutamicum fas
dan acpS gen (masing-masing menyandikan sintase poliketida tipe I dan
sintase holo-ACP) untuk produksi FA
dari CO 2. Akibatnya, 60,64 mg / g DCW FA diproduksi [ 28 ] ( Tabel 1 ). Sebagai
tambahannya C. necator, beberapa yang lain
spesies bakteri yang tergolong dalam methanobacteria dan clostridiah telah diuji
untuk menghasilkan FA dengan menggunakan satu senyawa karbon (C1) sebagai
sumber karbon [ 29–31 ] ( Gambar 1 dan
Tabel 1 ).
Ragi non-oleaginous
Selain bakteri non-oleaginous, ragi non-oleaginous telah dieksploitasi untuk
menghasilkan FA. Di Saccharomyces cerevisiae, konsentrasi FFA
sitoplasma dipertahankan pada tingkat yang relatif rendah karena sintetase
asil-CoA lemak segera mengubah FFA menjadi asil-Koas untuk
metabolisme [ 32 ]. Dengan demikian, dua sintetase asil-KoA telah dihapus
dengan FA ke fosfolipid meningkatkan produksi FFA sebanyak 40 kali lipat
(mis.
10,4 g / L) dibandingkan dengan tipe liar [ 35 ]. Selanjutnya, pengayaan
asetil-KoA, malonil-KoA, NADPH, dan kolam ATP dan pencegahan
produksi etanol diikuti oleh evolusi laboratorium adaptif untuk memulihkan
pertumbuhan sel menghasilkan produksi 33,4 g / L FFA [ 36 ]. Panjang
rantai FA juga bisa dimodulasi. Sebagai contoh, rekayasa rasional dari
enzim sintase asam lemak endogen memungkinkan produksi spesifik C6
atau C8 FAs [ 37 ]. Sebagai alternatif, pengenalan sistem sintase FA tipe I
(FASI) dari Mycobacterium vaccae dan ekspresi berlebih dari elongase
endogen meningkatkan produksi FA rantai sangat panjang (VLCFAs; C22
dan lebih lama) [ 38 ]. Mirip dengan kasus bakteri non-oleaginous, gen
biosintetik TAG berlebih dan penghapusan gen pendegradasi TAG dan gen
transporter asil-CoA lemak peroksisom memungkinkan akumulasi TAG
(254 mg / g DCW) di S. cerevisiae [ 39 ].
Produksi asam lemak menggunakan mikroorganisme
oleaginous
Mikroorganisme oleaginous memiliki kapasitas yang melekat untuk
menghasilkan jumlah FA berlebih dan menyimpannya di dalam sel dalam
bentuk lipid, seperti TAG. Namun, rekayasa metabolisme mikroorganisme
oleaginous untuk produksi FA dan turunannya relatif jarang, karena
kurangnya alat yang efisien untuk manipulasi genetik. Kemajuan terbaru
dalam teknik metabolisme
www.sciencedirect.com
 n Sebuah
llu d p p s tiv
Hai e Hai Hai Hai
s riv u u u e
e n n rc s
e d d
d s s e mondar-mandir

X S G G F M C C S C m

1
4
1
-
9
2
:1
5
6
,
0
2
0
2
y
g
lo
Hai
n
h
c
te
io
B
di
n
io
di
p
HAI
t
n
rre
u
C

m
Hai

tc
c
kemarahan
d
e
c
n
yaitu
c
.s
w
w
w
y u lu Sebuah ru
e HAI HAI y HAI
lo c la c n d
s ro c th 2
Hai g 2
iv
e Hai c untuk
Sebuah r Sebuah
s s untuk s n s e
e e e e s rs
s y
e n e
g fe
Sebuah
s e
d
Y b M s S C C aC M n C H. s
Sebuah u p yn h lo u e u untuk
e . tloo e c
Hai
rro rya th lo th p s c
P.e langkah
Est Sebuah
ria t
w yl C c kembali Sebuah untuk k
te tr s
ia n Hai C h
Hai
lla h id n r vid
m iu Sebuah Hai
bibir
se
ic 6 c vu m n om
iu b u
8 ystis g
Sebuah
c s
Hai ro 0 lg klu e te
litik b 3 Sebuah n
iu ris ya u ria

Sebuah m m le
ri , s

L Fa C 1 L LH B C B N F SEBUAH P.
aku p Ac 4 -O aku p ip e u u
Sebuah SEBUAH F lk ro
Indo Md saya Indo id x ta p ty SEBUAH Sebuah d
c c ro s
s Es Sebuah ta s sa n n ric (e u
s rb Hai Hai ic )n c
n l l t
Hai Hai Sebuah e
x l c
Sebuah s
y c Indo
lic Indo

1965 3 5 0 g0 0 0g0 N 0 NNNN N 0 0 (g T

6 .1. .2 .5 .9 .1 . A .3 AAAA .0 .0 / i te
.5 5 5 7 1 .2 D .1 SEBUAH
2 1 6 5 9 D .3 8 6 0 L
C1 0C4 5 0 4 )r
Wg 5W5 6 4
Sebuah

/ g 4
/
3 0 NN 0 N N N N N 0 (gambar 4 NNNNN N N N (g Y
. 4 .2 AA .0 SEBUAH SEBUAH SEBUAH SEBUAH SEBUAH . 0 lm / m 1 . 9 AAAAA SEBUAH SEBUAH A/i
46 5 0 ge
2 6 3 ) 25 ) ld
6
Sebuah

1000 0 0 0 N 0 0 0 N00000 N N N (g P.
. 8 .0 .0 .0 .0 .0 .0 SEBUAH . 0 .0 .0 A .0 .0 .0 .0 .0 0 0 1 1 3 SEBUAH SEBUAH SEBUAH
/L ro
5954 3 4 1 0 0 0 /h d
513 3 5 3 0 4 1 01121 u
b b 9 5 9 4 1 7 7 49 1 )
b b b 6 b 76 Sebuah c
tiv
b b
ity

u HAI Fs O ge O s O c U afuvanvu oKu R fe b In p F e im O sc C Ff v BO pp FC o T pp F o io naoa D

tiliza v e vo tidak vns ff oa Ae r O nwao Sebuah e
e rm g e la degens l eoied io ntrr d sodekijang c hlm ur. lSebuah et
h ly tty s
a re co Sebuah ved lo sore 2 fr o th ly tt
kembali re r re eo F w re cgid re uy nduf yaitu rt
o im rb Sebuahu
c ro e tc oswh uswhy c
tio x e r
n v eo t n bohong n ce tay meninggal dunia
x ke gx
upsepup io w x rs f A exk
p n ta ti r t sdpor ruetn c ri tuca
hct tt iy c e iza sn Hai
me
dt a F v te ay c untuk pyri da c
tio
n kembali en o re il r yaitu tvi e Hai getountuksaya n y gt t ci ut A epyda r Indo Hai d
li e lsaya di jadilah , ri r
Hai sf
e s tiHai zsebagai z n d o rs o n kembali
Hai h
ti n os s ef x ee x ( n
n s n
s
suu ti ssaso - tystt
s
s f t saya
h cn c oo n Sebuah saya yF ( yF s
zy io iiHai Hai liz L o saya io io f ty
Hai
ci c Hai wn Hai n Hai atau AA sayar AA
ta y n untuk nob lk) ne
li p A en F ho hlfepo.dllc ynm
x Hai lk
MN
Hai
nnaennn.dll e b ac af c timahHF e dn
f pe t s ldi
Indo g bf ap p )
Sebuah
eo Sebuah Hai ti
lo
Hai od M mo oruh u rc e e n yamo f n n di n r
sf b f Hai saya f fis st Sebuah - b l wn y g au c e t
Sebuah Hai
ro
la oo
c c xot saya
v di Hai te lti Hai u tss iklan kt iklan
e Hai hnr p e h r E jika t
Indo n u ti
a io
n v e n eaasah ksaya l e ga ayh untuk
s av Sebuah
r m Sebuah s iv aoy pgon t
ec u
(en te u
d e
Sebuah s
x xnn t ke t e te ha n c
Hai s
t
h zy d Sebuah Hai c c et fl illu n yay b ti )nb : bo ti
n io xn u io
Hai Hai Sebuah ic saya m
g tra wm d tio nnnd th d ili s Hai io n
k k nc en c g saya
di e io
e di ae di F n v untuk o1 p m laku pn w
c ( s s
n saya
n Sebuah ys a A dsc e SEBUAHap n - rHai Sebuah C e
s t yb sore y
Hai s tidi s rB n w
vo v
di
ic . ic aa Cl ny ro a nb y
u di e dalam h s melakukan sk O
saya C daa th r
e ec t Sebuah Sebuah
s Sebuah t v Hai
e tio pn d s klu c te aa th
d ds s th
Sebuah u
im o untukomte nD w d rt
laku p ldi n e saya ed
x b Hai
l oo
n
n ro itu c y Hai se d ti r s c p t adalah
y io pv og ac Sebuah v - cu r ic u r
lo saya m im F i kamu c l Indo d io rb e c u ul
ti
Hai Hai
kembali
od A c Sebuah fe t ta un ri d
H. p
nd u
p
s kembali p p Ml ln pe g y c Hai
lt
g 2) timah tdi
e Sebuah r v ro
aku e lC n tt nuusr oc
c Hai e dalam E aku s n Hai io e untuk g g
v v d e
Hai
yaitu n ti
untuk e es s
Sebuah n n Hai
begituSEBUAH te Pergilah n
r f
[5 [5 [5 [5 [5 [4 [5 [7 [4 [7[6 [3 [2 [2 [2 R
4 2 3 2 0 9 1 9 8 07 0 9 8 7 e
] ] ] ] ] ] ] ] ] ], 6 ] ] ] ] fe
8 kembali
] n
c
e
 n
ra re u
wp n s
Hai d Hai
di rt s u
rc
fo s . e
rm
N F wD c SEBUAH X G M G C

m
Hai

tc
c
kemarahan
d
e
c
n
yaitu
c
.s
w
w
w

1
4
1
-
9
2
:1
5
6
,
0
2
0
2
y
g
lo
Hai
n
h
c
te
io
B
di
n
io
di
p
HAI
t
n
rre
u
C
Sebuah P. SEBUAH
tio h Sebuahlu n AA Hai ro y lu Hai lu e
e p Hai th s saya m lo llo
n n h ra tr m s c la c
ra ey p Hai s Hai b
p
Sebuah
th w Hai e
Sebuah s s s
n n c u tic e e io
ro th Sebuah
th e Sebuah e
le n n s s
v kembali e te d e
Indo n n e r s
n e e
e e
d
di R untukR Hai R H.
. ru h
p h Hai
th Hai Hai Sebuah
Hai s
e p lo d c d t
SebuahIndo Hai u Hai
Hai c untuk s c
rig u e Hai
s s ru c
di la c
Sebuah u
l s
kembali
p
Hai
rts

L L L L L LFFT L P.
aku p aku p aku p aku p aku p CAFA aku p ro
Indo Indo Indo Indo Indo HEAG Indo d
s s s s s CE ss s u
ss c
t

00000 3 NNN 3 5258 N (g T

. 0 .0 .0 .0 .0 .0 .1 AAA .6 .2102 A/i
44349 6 b
. 3 .2 .9 L te
15945 )r
Sebuah

00000 N N00 N 0000 N (g Y

. 2 .2 .2 .2 .6 SEBUAH A .1 .1 SEBUAH. 0 .1 .2 .2 A/i
66678 59 2058 ge
b b b b b 7599 ) ld
Sebuah

00000 0 NNN 0 0000 N (g P.

. 0 .0 .0 .0 .0 .0 .0 AAA .0 . 0 .1 .4 .8 SEBUAH
/L ro
00000 5 3 5777 /h d
00000 3 1680 u
23236 b )
81716 Sebuahc
tiv
b b b b b
ity

hah UD w C di G U 3 U (5 ke tr a OpI D
yn saya C ioed e s 5 ia p pancitt e
dtgshhe W ld nge n e % se 0 . f s
ro rco - ttrn t Hai 2 re c y H im t h ro
wd c
ca c e fcy in d i fi
Sebuah
m Hai
(o el - meninggal dunia
f wfg z au
Sebuah wopu e w ly Hai yc
rb ne lli neoac u tsaya Sebuah -
/ww / L rgs Sebuah
tty ectijika
io t
Sebuah tio
tio
c ld t s sn io Hai t b ild saya )
oeo ) ld n n
n -e
n t c n Sebuah
s - lp
i -ty arnn s
san ne tt y t ra eo e ty gigi l Hai
p f nsaya f Hai p id asf Hai
f
f d
d n saya
dp
e rHai ll-r
Sebuah e e
sn tr c
Hai t s rg e
t ( tm untuk e Hai e Sebuahn s s
t todaf te llo
h r c Sebuah tra r
Sebuah Sebuah g se rm
e 7 a saya dpymn ly u b
r 0 na ro cae s di
saya
n selamat tinggal n
l ts io
p %t saya d
ry saya ic dalam aku s Sebuah hs; t s
Hai Hai un g yaitu e A a
CV
n
vqc tio e
ly D p toilete fo d
c C ro f
Sebuah eoo m lv
e uc u
r Sebuah
th eun m tiliza
y l c
c W ds ip rmt th n c
lic) u e Indo e pe od e
c
u
etuo
u
c w ui m hhan l tio
se
Sebuah Sebuahwn t nn aku gy ti i d
ro di bibir t e saya Sebuah
ttd
u
l
h d Hai saya n
mgi Hai os Sebuah erntHai Hai
dr t s
Sebuah w 7 n io teruskan
t 8 Hai n ti sfw
saya
c saya
t
% f Hai
te adalah saya t
h f r h
[4[4 [4 [4 [1 [1 [8 [4 R
76 4 5 1 0 2 e
]] ] ] 0 9 ] ] fe
] ] kembali
n
c
e

Gambar 1
Produksi mikroba asam lemak (FAs) dan bahan kimia turunan dalam organisme non-oleaginous dan oleaginous. Jalur utama untuk biosintesis FAs pada organisme non-oleaginous dan oleaginous
dibandingkan. Selain itu, jalur biosintesis bahan kimia berharga yang berasal dari FA dijelaskan. Enzim biosintetik yang terlibat dalam jalur ini diberi label dengan warna biru.
alat dan strategi telah mengubah mikroorganisme oleaginous menjadi strain
platform untuk produksi FA dan turunannya [ 6 , 8 ]. Pada bagian ini, strategi
untuk meningkatkan produksi FA dan lipid menggunakan mikroorganisme
oleaginous dan meningkatkan pemanfaatan sumber karbon yang kurang
berharga dan terbarukan dibahas.
Bakteri oleaginous
Rhodococcus spp., termasuk Rhodococcus
Rhodococcus jostii, dan Rhodococcus wratislaviensis, mengakumulasi
sejumlah besar TAG di bawah kondisi yang membatasi nitrogen
menggunakan sumber karbon terbarukan yang beragam, seperti turunan
lignoselulosa dan limbah industri [ 40 , 41 ] ( Gambar 1 dan Tabel 1 ).
Khususnya, R. opacus paling sering digunakan untuk produksi turunan TAG,
FA, dan FA. Baru-baru ini, fermentasi kelompok pakan
R. opacus telah dioptimalkan dengan strategi perubahan pH setelah fase
lag, menghasilkan produksi 82,9 g / L TAG dari glukosa [ 8 ]. Ekspresi
berlebih berikutnya dari
www.sciencedirect.com
Produksi asam lemak dan turunannya Cho, Choi dan Lee 133
Opini Saat Ini di Bioteknologi
gen endogen yang menyandikan TAG lipase, dua lipase monoasilgliserol
(MAG), dan lipase khusus lipase bersama dengan knockout dari enam lipase
utama. iseng genesoutof37endogenous
iseng gen (pengkodean sintetase asil-CoA) memungkinkan menghasilkan
50,2 g / L LCFA dan VLCFA [ 8 ] ( Gambar 3 Sebuah). Selain itu, beragam
bahan baku terbarukan, termasuk biomassa lignoselulosa [ 42 , 43 ], air
limbah susu (yaitu limbah) [ 44 ], dan hidrokarbon aromatik (yaitu pencemar
lingkungan) [ 45–47 ], telah dimanfaatkan oleh R. opacus untuk produksi
opacus, TAG, FA, dan turunan lainnya ( Tabel 1 ).
Beberapa bakteri oleaginous lainnya seperti cyanobacteria [ 48 ] dan Methylomicrobium
buryatense [ 49–51 ] dapat menghasilkan FA dan turunannya menggunakan
senyawa C1 seperti karbondioksida
(BERSAMA 2) dan metana, masing-masing ( Gambar 1 dan Tabel 1 ).
Ragi berminyak
Ragi oleaginous adalah kandidat menarik lainnya untuk produksi lipid, FA,
dan turunan FA karena
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
134 Bioteknologi kimiawi

Gambar 2

Opini Saat Ini di Bioteknologi

Skema metabolisme asam lemak dan prekursor biosintesis turunan. Jalur metabolik yang terlibat dalam biosintesis dan jalur degradasi diulas. Selain itu, metabolit yang digunakan sebagai prekursor
bahan kimia turunan asam lemak diindikasikan. Enzim metabolik yang terlibat dalam biosintesis asam lemak: acetyl-CoA carboxylase (ACC), 3HA-ACP dehydrase (FabA), b- ketoasil-ACP sintase I
(FabB), malonyl-CoA: ACP transacylase (FabD), b- ketoasil-ACP sintase II (FabF), b- ketoasil-ACP reduktase (FabG), b- ketoasil-ACP sintase III (FabH), enoyl-ACP reduktase (FabI), thioesterase (TesA).
Enzim metabolik yang terlibat dalam jalur degradasi asam lemak (mis b- oksidasi): 3-ketoasil-KoA tiolase (FadA), 3-hidroksiasil-KoA dehidrogenase (FadB), asil-CoA sintetase (FadD), asil-KoA
dehidrogenase (FadE). Enzim metabolik yang terlibat dalam biosintesis polihidroksialkanoat: sintase polihidroksialkanoat (PhaC), ( R) - enoyl-CoA hydratase (PhaJ). Enzim metabolik yang terlibat dalam
jalur Kennedy: gliserol-3-fosfat asil transferase (GPAT), asam lisofosfatidat asil transferase (LPAAT), asam fosfatase fosfatidat (PAP), diasilgliserol asil transferase (DGAT). Enzim metabolik yang
terlibat dalam jalur biosintesis etanol: asetaldehida / alkohol dehidrogenase (AdhB), piruvat dekarboksilase (PDC). Enzim metabolik yang terlibat dalam biosintesis Sebuah- olefin: terminal dekarboksilase
asam lemak pembentuk olefin (OleT).

kapasitas lipogenesisnya yang tinggi, ketahanannya, dan berbagai sumber
karbon yang dapat digunakan [ 52–56 ]. Di antara beragam ragi oleaginous, Yarrowia
pada ragi oleaginous lainnya Cryptococcus curvatus [ 59 ] dan mungkin juga
lipolytica telah paling sering digunakan untuk produksi oleokimia [ 57 ].
Sementara R. opacus telah direkayasa untuk menghasilkan FFA dengan
menghidrolisis TAG intraseluler setelah diakumulasikan [ 8 ], baik produksi
langsung FFA (tanpa mengakumulasi TAG intraseluler) maupun produksi
tidak langsung (dua langkah) (melalui akumulasi TAG diikuti dengan
hidrolisis) telah dibuktikan di Y. lipolytica [ 58 ] ( Gambar 3 Sebuah). Menarik
untuk mengamati bahwa adanya lapisan alkana rantai menengah (misalnya
dekan dan dodekan) selama fermentasi meningkatkan sekresi FFAs oleh
Y. lipolytica ke media. In situ pemisahan FFA yang disekresikan
memungkinkan rekayasa Y. lipolytica regangan untuk menghasilkan (yaitu
melalui hidrolisis TAG) 10,4 g / L LCFA ekstraseluler dari glukosa, yang
sesuai dengan lebih dari 120% (wt / wt) DCW [ 58 ]. Pendekatan lain dari
menggunakan surfaktan non-ionik untuk meningkatkan sekresi lipid ditunjukkan
meningkatkan produksi sekretori FFA sebesar Y. lipolytica dan strain jamur
berminyak lainnya.
Selain itu, rekayasa metabolisme redoks sitosol untuk meningkatkan suplai
NADPH untuk biosintesis lipid [ 60 ] dan menggunakan media minimal
dengan gliserol sebagai sumber karbon dan rasio C / N tinggi [ 61 ] juga
meningkatkan produksi lipid dan FA. Beberapa studi melaporkan modulasi
panjang karbon FA yang dihasilkan. Misalnya, strategi memperkenalkan
mutasi (I1220W) ke sintase FA multifungsi raksasa [ 62 ] dan menurunkan
ekspresi gen elongase ELO1 [ 63 ] digunakan untuk meningkatkan fraksi
C14 FA. Dalam studi lain, produksi FA rantai ganjil ditingkatkan dengan
melumpuhkan PHD1 gen untuk secara tidak langsung mengamankan
kumpulan propionil-CoA yang diperlukan untuk biosintesis FA rantai ganjil [ 64
].

Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141 www.sciencedirect.com

 Produksi asam lemak dan turunannya Cho, Choi dan Lee 135

Gambar 3

(Sebuah)

(b)

Opini Saat Ini di Bioteknologi

Produksi langsung dan tidak langsung asam lemak bebas dan konversinya menjadi biofuel. ( Sebuah) Jalur biosintetik asam lemak. Untuk produksi langsung asam lemak bebas, lemak asil-ACP dihidrolisis
secara langsung menjadi asam lemak bebas. Untuk produksi tidak langsung asam lemak bebas, lemak asil-ACP yang diperpanjang melalui siklus biosintetik asam lemak pertama-tama digabungkan ke
triasilgliserol. Hidrolisis triasilgliserol selanjutnya melepaskan asam lemak bebas.
(b) Asam lemak bebas yang dihasilkan melalui rute langsung atau tidak langsung diubah menjadi senyawa biofuel melalui bentuk CoA-nya. Sebagai alternatif, asam lemak bebas dapat langsung
diubah menjadi alkali (e) nes. ACC, asetil-KoA karboksilase; ADH, alkohol dehidrogenase; ADO, aldehida deformilasi oksigenase; ALR, reduktase aldehida; CAR, reduktase asam karboksilat; DGAT,
diasilgliserol asiltransferase; DH, dehidratase; ER, reduktase enoyl; FACR, lemak asil-CoA reduktase; FACS, lemak asil-CoA sintetase; FAP, fotodekarboksilase asam lemak; GPAT, gliserol-3-fosfat
asiltransferase; KR, 3-ketoasil-ACP reduktase; KS, b- ketoasil-ACP sintase; LPAAT, transferase asil asam liso-fosfatidat; Lipase MAG, lipase monoasilgliserol; PAP, asam fosfatase fosfatidat; TAG
lipase, lipase triasilgliserol; TE, thioesterase; WS, sintase ester lilin.

Mikroalga Produksi bahan kimia turunan asam lemak

Mikroalga telah digunakan untuk menghasilkan FA dan
TAG dari CO 2 dengan fotosintesis ( Gambar 1 dan
Tabel 1 ). Selain itu, mikroorganisme tersebut telah
dibudidayakan dalam air limbah untuk menghasilkan lipid, menghadirkan
manfaat ganda dalam menghasilkan bahan kimia yang berharga sambil
mengonsumsi limbah [ 65 , 66 ] ( Tabel 1 ). Di antara spesies mikroalga yang
beragam, Chlorella vulgaris telah sering digunakan untuk produksi TAG dan
FA [ 67 , 68 ]. Meskipun tingkat pertumbuhan yang rendah merupakan
kelemahan utama dari produksi mikroalga FA dan TAG, suplementasi
giberelin [ 69 ], pertumbuhan biofilm fotoautotrofik yang dibantu oleh
heterotrofik dengan penambahan glukosa [ 70 ], dan optimalisasi parameter
budidaya lainnya (misalnya suhu, komposisi mineral, intensitas cahaya, pH,
dan salinitas) [ 71 ] telah dieksploitasi untuk mendorong pertumbuhan dan
meningkatkan produksi lipid dan FA.
Overproduser FA alami dan rekayasa telah digunakan sebagai strain
platform untuk produksi biofuel, biopolimer, bahan kimia blok bangunan,
biosurfaktan, kosmetik, dan farmasi. Pada bagian ini, strategi rekayasa
metabolik baru-baru ini dikembangkan untuk menghasilkan alkohol lemak,
alkil ester asam lemak (FAAEs), hidrokarbon, PHA, dan produk alami
dibahas. Untuk jalur biosintesis rinci dari senyawa ini ( Angka 1, 2 dan 3 b),
beberapa artikel review komprehensif tersedia [ 3 , 4 , 9 , 10 ].
Alkohol berlemak
Alkohol berlemak (alkohol C4 linier atau lebih panjang) memiliki beragam
aplikasi seperti biofuel, deterjen, kosmetik, dan bahan tambahan makanan.
Untuk menghasilkan 1-butanol, Clostridium spp. dan fermentasi
aseton-butanol-etanol (ABE)

www.sciencedirect.com Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141

136 Bioteknologi kimiawi
jalur paling sering digunakan [ 72–77 ]. Untuk produsen heterolog 1-butanol,
termasuk
E. coli, cyanobacteria, S. cerevisiae, dan Y. lipolytica, fermentasi ABE
sintetis [ 72–76 ] atau 2-ketoacid [ 76 , 77 ], bukan jalur biosintesis FA mereka,
telah dieksplorasi juga. Sebaliknya, alkohol berlemak yang lebih panjang
diproduksi secara lebih efisien melalui proses sebaliknya
b- oksidasi atau jalur biosintetik FA [ 16 , 78 , 79–82 ] ( Gambar 2 ). Misalnya,
fermentasi anaerobik dari suatu rekombinan E. coli saring mengekspresikan
gen pengkodean secara berlebihan trans- 2-enoyl-CoA reduktase, tiolase,
dan
b- ketoreduktase yang berasal dari berbagai mikroorganisme menghasilkan
alkohol lemak C6-C14 secara terbalik
b- oksidasi bersama dengan jumlah yang relatif kecil dari 1-butanol dan
1-heksadekanol [ 78 ]. Selain itu, pengenalan reduktase asam karboksilat
heterolog (CAR) atau reduktase asil-CoA / ACP ke cyanobacteria
memungkinkan produksi 1-oktanol dan 1-dekanol.
dari CO 2 melalui jalur biosintetik FA yang melekat [ 79 , 80 ]
Angka 1, 2 dan 3 b). Sebuah rekombinan E. coli ekspresi regangan
menyanyikan gen reduktase asil-ACP heterolog juga menghasilkan alkohol
lemak C14-C18 (total 12,5 g / L) melalui jalur biosintetik FA aslinya [ 81 ] ( GambarProduksi alkali linier berbasis bio, yang merupakan komponen utama bahan
3 b). Demikian pula pengenalan CAR bersama dengan sintase FA yang
mampu menghasilkan oktanoil-KoA berkemampuan S. cerevisiae untuk
menghasilkan 1-oktanol melalui jalur biosintesis FA [ 82 ] ( Gambar 3 b). Untuk
mengurangi toksisitas alkohol berlemak pada konsentrasi intraseluler yang
tinggi dan akibatnya untuk meningkatkan produksi alkohol berlemak,
ekspresi heterolog manusia FATP1 gen pengkodean transporter alkohol
berlemak dalam S. cerevisiae memfasilitasi sekresi alkohol lemak intraseluler
ke medium, yang menyebabkan peningkatan lima kali lipat dalam produksi
alkohol berlemak [ 83 ]. Selain itu, analisis multiomik terbaru dari penghasil
alkohol berlemak S. cerevisiae dan
Y. lipolytica strain mengungkapkan bahwa produksi alkohol lemak memicu
respon stres dinding sel dan meningkatkan ekspresi transporter asam organik [ 84
]. Analisis tingkat sistem yang mendalam dari strain penghasil alkohol berlemak
diharapkan dapat memberikan target teknik yang menjanjikan untuk lebih
meningkatkan produksi alkohol berlemak.
Ester alkil asam lemak
FAAE, seperti asam lemak metil ester (FAME) dan etil ester asam lemak
(FAEEs), diproduksi dengan esterifikasi FA yang relatif panjang (sering
C16-C22) dengan alkohol rantai pendek (kebanyakan metanol atau etanol)
( Angka 1 dan 3 b). Mendominasi pasar biodiesel global, mayoritas FAAE
diproduksi oleh esterifikasi kimiawi FA atau TAG transesteri fi kasi yang
berasal dari biomassa yang dapat dimakan (misalnya minyak nabati dan
lemak hewani) dengan alkohol rantai pendek. Untuk menghasilkan FAAE
dari biomassa yang tidak dapat dimakan, Y. lipolytica telah direkayasa
secara metabolik untuk meningkatkan pasokan NADPH untuk biosintesis
FA dan memaksimalkan akumulasi lipid dari glukosa [ 60 ]. Transesterifikasi
berikutnya dari lipid yang diekstraksi dari sel dengan metanol menghasilkan
98,9 g / L FAME [ 60 ]. C. curvatus dan Rhodosporidium toruloides punya
juga
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
telah dieksplorasi untuk menghasilkan lipid pertama diikuti oleh reaksi
transesterifikasi kimia berikutnya untuk menghasilkan FAME [ 85 ]. Dalam
studi lain, Y. lipolytica telah direkayasa untuk menghasilkan FAME dari
minyak goreng bekas. Untuk ini, Thermomyces lanuginosus lipase
ditampilkan pada permukaan sel [ 86 ]. Di hadapan metanol, direkayasa Y.
lipolytica mengubah gliserida dan FFA dalam minyak goreng bekas menjadi
FAME dengan hasil 91%, sedangkan gliserol yang dihasilkan digunakan
untuk pertumbuhan sel [ 86 ].
R. opacus strain yang disebutkan di atas (lihat 'Bakteri oleaginous') juga
direkayasa untuk menghasilkan FAEE dengan fermentasi satu langkah
langsung dari glukosa [ 8 ]. Knockout dari 7 mayor luntur gen (dari 69
endogen luntur
gen) dan ekspresi berlebih dari gen yang mengkode lipase, lipase khusus
lipase, aldehida / alkohol dehidrogenase, dan sintase wax ester di R.
opacus memungkinkan produksi 21,3 g / L FAEEs dari glukosa tanpa
suplementasi etanol [ 8 ].
Hidrokarbon
bakar fosil cair konvensional, telah dibuktikan dengan menggunakan
beberapa mikroorganisme. Cyanobacterial aldehyde deformylating
oxygenases (ADOs), yang mengubah lemak aldehida menjadi alka (e) nes ( Gambar
3 b), adalah enzim biosintetik hidrokarbon yang pertama kali ditemukan [ 87 ]
dan telah diperkenalkan ke berbagai mikroorganisme, termasuk E. coli [ 11 ],
C. necator [ 28 ],
R. opacus [ 8 ], dan S. cerevisiae [ 87 ], untuk menghasilkan alka (e) ns.
Misalnya, ekspresi berlebih dari gen ADO di atas direkayasa R. opacus regangan
memungkinkan produksi
5.2 g / L hidrokarbon C12-C27 langsung dari glukosa [ 8 ].
Inefisiensi ADO sering mengakibatkan konversi aldehida lemak yang tidak
diinginkan menjadi alkohol berlemak. Untuk meminimalkan pembentukan
lemak alkohol sebagai produk sampingan dari produksi hidrokarbon,
kompartementalisasi enzim biosintetik hidrokarbon menjadi peroksisom
telah diteliti dalam ragi [ 88 , 89 ]. Selain itu, meningkatkan pasokan koenzim
(yaitu ferredoksin tereduksi) [ 90 , 91 ] dan rekayasa sistematis ADO untuk
meningkatkan kelarutan dan aktivitas spesifiknya [ 92 ] telah dilaporkan.
Sebaliknya, identifikasi baru-baru ini dari fotodekarboksilase enzim FA baru Chlorella
variabilis membuka rute baru untuk secara langsung mengubah FA menjadi
alka (e) nes [ 93 , 94 ] ( Gambar 3 b). Juga, dekarboksilase P450 FA dari Macrococcus
caseolyticus
baru-baru ini diidentifikasi dapat langsung mengubah FA menjadi 1-alkena
(alias Sebuah- ole fins) [ 95 ] ( Gambar 2 ), yang merupakan bahan kimia blok
bangunan penting untuk pembuatan bahan berharga, seperti plastik,
plasticizer, pelumas, dan surfaktan.
Polihidroksialkanoat
PHA, poliester biologis yang dihasilkan oleh beragam mikroorganisme
untuk penyimpanan energi, karbon, dan reduksi
www.sciencedirect.com
 Produksi asam lemak dan turunannya Cho, Choi dan Lee 137
listrik, dianggap sebagai kandidat menjanjikan dari plastik ramah
lingkungan. Berbagai asam hidroksia telah dieksplorasi untuk menghasilkan
PHA dengan sifat yang unggul, seperti kekakuan, fleksibilitas, dan
biokompatibilitas [ 3 ]. Di antara hidroksiasil-KoA yang digunakan sebagai
substrat sintase PHA, 3-hidroksiasil-KoA dengan rantai yang relatif panjang
(yaitu lebih panjang dari C6) dapat diturunkan dari siklus biosintesis atau
degradasi FA [ 3 ] ( Angka 1 dan 2 ). Baru-baru ini, perubahan transkriptomik
di Pseudomonas putida selama produksi PHA dengan panjang rantai
menengah (MCL-PHA) telah dipelajari untuk memahami efek dari beragam
sumber karbon dan tekanan nitrogen pada produksi PHA [ 96 ]. Strategi
fermentasi tentunya sangat penting. Misalnya fermentasi P. putida dilakukan
pada FAs sambil menemukan strategi optimal dari sel tumbuh pertama
(fase pertumbuhan) diikuti oleh produksi MCL-PHA (fase produksi) secara
signifikan meningkatkan produksi MCL-PHA menjadi 67,7 g / L [ 97 ]. Juga,
modulasi morfologi sel (yaitu meningkatkan panjang dan lebar sel) dan
pembelahan sel (yaitu mempercepat pembelahan atau menginduksi
filamen) telah dilakukan untuk meningkatkan akumulasi MCL-PHA [ 98 ].
Saat ini, semakin banyak mikroorganisme yang secara aktif dieksploitasi
untuk menghasilkan MCL-PHA dari beragam bahan baku [ 3 ]. Sebagai
contoh, Rhodospirillum rubrum direkayasa untuk menghasilkan MCL-PHA
dari syngas [ 99 ].
Produk alami
FA juga berfungsi sebagai prekursor produk alami, seperti rhamnolipid,
sophorolipid, dan N- acylethanolamines. Pada bagian ini, strategi untuk
memproduksi senyawa alami turunan lipid dibahas. Untuk produksi
isoprenoid, poliketida, fenilpropanoid, dan alkaloid, pembaca didorong
untuk membaca ulasan terbaru secara komprehensif yang membahas
produksi beragam produk alami [ 100 ].
Rhamnolipid, surfaktan alami yang tersusun dari asam lemak 3-hidroksi HAI-
diglikosilasi dengan L- unit rhamnose, adalah produk alami berharga yang
digunakan dalam industri kosmetik dan medis untuk memproduksi
pelembab, sampo, pelumas, dan obat-obatan [ 101 ]. Selain itu, mereka
memfasilitasi bioremediasi tanah yang tercemar limbah organik dan logam
berat. Mirip dengan biosintesis MCL-PHA, unit asam lemak 3-hidroksi
rhamnolipid berasal dari perantara biosintesis atau degradasi FA ( Angka 1
dan 2 ). Rhamnolipids dapat dikategorikan menjadi empat kelompok
berbeda berdasarkan jumlah L- unit rhamnose dan asam lemak 3-hidroksi
(baik satu atau dua untuk setiap unit) yang terdiri dari sebuah molekul [ 101 ].
Rute biosintesis lengkap menuju berbagai kelompok rhamnolipid dan
mekanisme enzim biosintetik telah diperkenalkan beberapa tahun yang lalu
[ 102 ]. Baru saja, Pseudomonas aeruginosa
rhamnolipid diproduksi secara heterologis P. putida
dan sifat fisikokimia dari setiap kelompok rhamnolipid dikarakterisasi [ 103 ].
Selain itu, produksi Burholderia glumae rhamnolipids yang terdiri dari
www.sciencedirect.com
Asam lemak 3-hidroksi dengan rantai yang lebih panjang (C10-16)
dibandingkan asam lemak P. aeruginosa rhamnolipid (C8 – C14) telah
dibuktikan [ 104 ]. Selain rhamnolipid, sophorolipid, yang dapat digunakan
sebagai surfaktan, pelumas dan prekursor polimer, diproduksi dengan
mengoksidasi FAs diikuti oleh glikosilasi [ 105 ]. Selanjutnya, v- 1
Hydroxylated FAs, yang dapat digunakan sebagai pelumas, diproduksi
menggunakan 3-hydroxybutyryl-CoA dalam kondensasi awal biosintesis FA
dengan sintase III 3-ketoasil-ACP baru dari Alicyclobacillus acidocaldarius
[ 106 ].
N- acylethanolamines adalah produk alami yang berasal dari fosfolipid ( Gambar
1 ) dan memiliki aplikasi farmasi yang luas. Namun, produksi N- acylethanolamines
dan turunan fosfolipid lainnya tidak efisien karena biosintesis dan degradasi
fosfolipid diatur dengan ketat. Baru saja, S. cerevisiae telah direkayasa
untuk meningkatkan produksi fosfolipid dengan meningkatkan biosintesis
asil-KoA lemak dan memblokir konversi asam fosfatidat menjadi
diasilglacerol (DAG) ( Gambar 3 ) [ 107 ]. Ekspresi berlebih selanjutnya dari
gen yang mengkode lysophospholipid acyltransferase, CDP-DAG synthase,
phosphatidylserine decarboxylase, N- acyltransferase, dan fosfolipase D,
dan juga menyempurnakan gen phosphatidylethanolamine
methyltransferase dan melumpuhkan gen FA amide hydrolase yang
memungkinkan produksi 8,1 mg / L N- acylethanolamines [ 107 ].
Meskipun titernya agak rendah, ini memberikan landasan untuk
memproduksi produk alami berharga yang berasal dari fosfolipid.
Alih-alih digunakan sebagai prekursor produk alami, FA dan lipid juga telah
digunakan kembali sebagai media antar sel untuk penyimpanan produk
alami hidrofobik. Sebagai contoh, produksi likopen dan lokalisasinya pada
TAG tak jenuh intraseluler menghasilkan titer likopen yang tinggi (2,37 g / L)
dalam proses rekayasa. S. cerevisiae
[ 108 ]. Strategi ini mungkin juga berguna untuk produksi produk alami
hidrofobik beracun untuk meningkatkan titer.
Kesimpulan
Selama beberapa dekade, sistem mikroba telah secara aktif dieksploitasi untuk
menghasilkan bahan kimia dan bahan bakar dari sumber karbon terbarukan
yang tidak dapat dimakan ( Gambar 1 ). Dilengkapi dengan banyak alat dan
strategi teknik, mikroorganisme model non-oleaginous, seperti E. coli dan S.
cerevisiae,
telah berubah menjadi produsen berlebih FA dan bahan kimia turunannya.
Baru-baru ini, kemajuan dalam biologi sintetik dan pengembangan alat
teknik yang efisien telah mempercepat transformasi mikroorganisme
oleaginous, seperti R. opacus dan Y. lipolytica, ke dalam strain platform FA
dan produksi turunannya. Di sisi lain, kemajuan dalam penemuan /
rekayasa enzim, desain jalur dan sirkuit sintetis, dan analisis / rekayasa
tingkat sistem host produksi telah berkembang.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
138 Bioteknologi kimiawi
daftar produk berharga yang berasal dari FA dan pemanfaatan yang
difasilitasi dari sumber karbon yang kurang berharga. Meskipun FA dan
turunannya dapat diproduksi lebih efisien dari sebelumnya, titer,
produktivitas dan hasil perlu lebih ditingkatkan untuk membuat produksi
oleokimia berbasis bio kompetitif secara ekonomi. Meskipun nilai target dari
tiga indeks kinerja yang diperlukan untuk kelayakan ekonomi akan berbeda
di antara produk target, titer di atas 100 g / L, produktivitas di atas 3 g / L /
jam, dan hasil yang mendekati nilai maksimum teoritis harus dikejar secara
umum. produksi komersial.
Pernyataan konflik kepentingan
Tidak ada yang diumumkan.
Pernyataan kontribusi kepenulisan CRediT
Dalam Jin Cho: Menulis - draf asli, Menulis - meninjau & mengedit. Kyeong
Rok Choi: Menulis - draf asli, Menulis - meninjau & mengedit. Sang Yup
Lee: Konseptualisasi, Akuisisi pendanaan, Penulisan - draf asli, Menulis
tinjauan & mengedit.
Ucapan Terima Kasih
Pekerjaan ini didukung oleh Program Pengembangan Teknologi untuk Memecahkan Perubahan
Iklim pada Rekayasa Metabolik Sistem untuk Biorefineries dari Kementerian Sains dan TIK
(MSIT) melalui National Research Foundation of Korea (NRF) (NRF-2012M1A2A2026556 dan
NRF-2012M1A2A2026557).
Referensi dan bacaan yang direkomendasikan
Makalah dengan minat tertentu, yang diterbitkan dalam periode tinjauan, telah disorot
sebagai:
minat khusus
bunga yang luar biasa
1. Zhu J, Thompson CB: Regulasi metabolisme pertumbuhan sel dan
proliferasi. Nat Rev Mol Sel Berbagai 2019, 20: 436-450. Alvarez HM,
2. Hernández MA, Herrero OM, Lanfranconi MP,
Silva RA, Villalba MS: Lilin ester dan triasilgliserol
biosintesis pada bakteri. Di Biogenesis Asam Lemak, Lipid dan Membran. Buku
Pegangan Hidrokarbon dan Mikrobiologi Lipid.
Diedit oleh Geiger O. Cham: Springer; 2019.
3. Choi SY, Rhie MN, KimHT, Joo JC, Cho IJ, Son J, Jo SY, Sohn YJ,
Baritugo KA, Pyo J. dkk .: Rekayasa metabolik untuk sintesis poliester: Perjalanan 100
tahun dari polihidroksialkanoat ke poliester mikroba non-alami.
Metab Eng 2020, 58: 47-81.
4. Zhao C, Zhang Y, Li Y: Produksi bahan bakar dan bahan kimia dari sumber daya
terbarukan menggunakan rekayasa Escherichia coli.
Biotechnol Adv 2019, 37: 107402.
5. Zhang Y, Batu C: Homeostasis lipid membran pada bakteri. Nat
Rev Microbiol 2008, 6: 222-233.
6. Chae TU, Choi SY, Kim JW, Ko YS, Lee SY: Kemajuan terbaru di
sistem alat dan strategi rekayasa metabolik. Curr Opin
Biotechnol 2017, 47: 67-82.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
7. Choi KR, Jang WD, Yang D, Cho JS, Park D, Lee SY: Sistem
strategi rekayasa metabolik: mengintegrasikan sistem dan biologi sintetik dengan
rekayasa metabolik. Tren
Biotechnol 2019, 37: 817-837.
8. Kim HM, Chae TU, Choi SY, Kim WJ, Lee SY: Rekayasa dari sebuah
bakteri oleaginous untuk produksi asam lemak dan
bahan bakar. Nat Chem berbagai 2019, 15: 721-729.
Penerapan rekayasa sistem metabolik pada Rhodococcus opacus
PD630 menyarankan pembentukan platform biorefinery yang berkelanjutan. Optimasi kondisi
kultur menghasilkan 82,9 g / L triasilgliserol dari glukosa, dan rekombinan. R. opacus PD630
diproduksi
50,2 g / L asam lemak bebas dengan menghapus sintetase asil-koenzim A (CoA) dan
mengekspresikan tiga lipase secara berlebihan dengan lipase khusus lipase. Rekombinan lain R.
opacus PD630 berhasil memproduksi
21,3 g / L etil asam lemak melalui penghapusan dehidrogenase asil-KoA, ekspresi berlebih
lipase, lipase, sintetase asil-KoA dan aldehida / alkohol dehidrogenase heterolog, dan sintase
ester lilin. Rekombinan ketiga R. opacus PD630 menghasilkan 5,2 g / L hidrokarbon rantai
panjang dengan menghapus dehidrogenase asil-KoA dan alkana-1 monooksigenase, ekspresi
berlebih, lipase, sintetase asil-CoA dan reduktase asil-CoA heterolog, reduktase asil-ACP, dan
oksigenase deformilasi aldehida.
9. Marella ER, Holkenbrink C, Siewers V, Borodina I: Teknik
Metabolisme asam lemak mikroba untuk biofuel dan biokimia.
Curr Opin Biotechnol 2018, 50: 39-46.
10. Yan Q, P fl eger BF: Meninjau kembali strategi rekayasa metabolik
untuk sintesis mikroba oleokimia. Metab Eng 2020,
58: 35-46.
11. Choi YJ, Lee SY: Produksi mikroba alkana rantai pendek.
Alam 2013, 502: 571-574.
12. Rahang K, Mattam AJ, Fatma Z, Wajid S, Abdin MZ, Yazdani SS:
Produksi asam lemak rantai pendek yang direkayasa dalam Escherichia coli menggunakan
jalur sintesis asam lemak. PLoS One 2016, 11 :
e0160035 http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0160035 .
13. Kim SG, Jang S, Lim JH, Jeon BS, Kim J, Kim KH, Sang BI,
Jung GY: Optimalisasi produksi asam heksanoat dalam rekombinan Escherichia
coli dengan keseimbangan fl ux yang tepat.
Technol Bioresour 2018, 247: 1253-1257.
14. Clomburg JM, Contreras SC, Chou A, Siegel JB, Gonzalez R:
Kombinasi enzim biosintetik asam lemak tipe II dan tioloase mendukung fungsi b- pembalikan
oksidasi. Metab
Eng 2018, 45: 11-19.
15. Wu J, Zhang X, Xia X, Dong M: Pengoptimalan sistematis
biosintesis asam lemak rantai menengah melalui siklus betaoksidasi terbalik di Escherichia
coli. Metab Eng 2017, 41: 115-124.
Untuk produksi yang efisien dari asam lemak rantai sedang di Escherichia coli,
pembalikan direkayasa dari b- oksidasi diusulkan. Mempertimbangkan karakterisasi enzim inti
terbalik b- siklus oksidasi, penilaian kuantitatif dari bottleneck dalam siklus ini dilakukan dan
informasi tentang node bottleneck secara terbalik b- oksidasi telah diperbarui.
16. Kim S, Gonzalez R: Produksi selektif asam dekanoat dari
pembalikan berulang dari b- jalur oksidasi. Biotehnol Bioeng
2018, 115: 1311-1320.
17. Xu P, Gu Q, Wang Q, Wong L, Bower AG, Collins CH, Koffas MA:
Optimalisasi modular jalur multi-gen untuk asam lemak
produksi di E. coli. Nat Commun 2013, 4: 1409.
18. Grisewood MJ, Hernández-Lozada NJ, Thoden JB, Gifford NP,
Mendez-Perez D, Schoenberger HA, Allan MF, Floy ME, Lai RY,
Holden HM dkk .: Desain ulang komputasi asil-ACP thioesterase dengan peningkatan
selektivitas menuju rantai-menengah-
panjang asam lemak. ACS Catal 2017, 7: 3837-3849.
19. Feng Y, Wang Y, Liu J, Liu Y, Cao X, Xue S: Wawasan struktural tentang
asil-ACP thioesterase menuju desain spesifikasi substrat.
ACS Chem berbagai 2017, 12: 2830-2836.
20. Xiao Y, BowenCH, LiuD, Zhang F: Memanfaatkan sel-ke-
variasi sel untuk biosintesis ditingkatkan. Nat Chem berbagai 2016,
12: 339-344.
Dalam studi ini, in vivo Sistem kontrol kualitas populasi (PopQC) dikembangkan untuk terus
memperkaya populasi sel yang terdiri dari varian isoklonal, non-genetik dengan varian berkinerja
tinggi selama penggunaan fermentasi. Titer asam lemak rantai sedang meningkat tiga kali lipat (i.
e. 21,5 g / L) setelah menerapkan sistem PopQC.
www.sciencedirect.com
 Produksi asam lemak dan turunannya Cho, Choi dan Lee 139
21. WuJ, WangZ, ZhangX, ZhouP, XiaX, DongM: Meningkatkan media
rantai produksi asam lemak di Escherichia coli dengan beberapa teknik
transporter. Kimia Makanan 2019, 272: 628-634.
22. Wu J, Wang Z, Duan X, Zhou P, Liu P, Pang Z, Wang Y, Wang X,
Li W, Dong M: Konstruksi metabolisme mikro-aerobik buatan untuk sintesis hemat
energi dan karbon dari asam lemak rantai menengah di Escherichia coli. Metab Eng 2019,
53: 1-13.
23. Xu L, Wang L, Zhou XR, Chen WC, Singh S, Hu Z, Huang FH,
Wan X: Rekayasa metabolik bertahap Escherichia coli untuk menghasilkan triasilgliserol
yang kaya akan asam lemak rantai menengah.
Biofuel Biotechnol 2018, 11: 177.
24. Takeno S, Manami Takaskai, Urabayashi A, Mimura A,
Muramatsu T, Mitsuhashi S, Ikeda M: Perkembangan asam lemak-
memproduksi Corynebacterium glutamicum strain. Lingkungan Appl
Mikrobiol 2013, 79: 6776-6783.
25. Plassmeier J, Li Y, Rueckert C, Sinskey AJ: Metabolik
teknik Corynebacterium glutamicum untuk menghasilkan
triasilgliserol. Metab Eng 2016, 33: 86-97.
26. Takeno S, Murata N, KuraM, Takasaki M, Hayashi M, IkedaM: Itu
gen accD3 untuk biosintesis asam mikolat sebagai target peningkatan produksi
asam lemak dengan cara memproduksi asam lemak
Corynebacterium glutamicum strain. Appl Microbiol
Biotechnol 2019, 102: 24.
27. Crepin L, Lombard E, Guillouet SE: Rekayasa metabolik
Cupriavidus necator untuk heterotrofik dan autotrofik alka (e)
produksi ne. Metab Eng 2016, 37: 92-101.
28. Li Z, Xiong B, Liu L, Li S, Xin X, Li Z, Zhang X: Pengembangan sebuah
teknik fermentasi autotrofik untuk produksi asam lemak menggunakan suatu rekayasa Ralstonia
eutropha pabrik sel. J
Ind Microbiol Biotechnol 2019, 46: 783.
29. Rao Y, Wan J, Liu Y, Angelidaki I, Zhang S, Zhang Y, Luo G: SEBUAH
proses baru untuk produksi asam lemak volatil dari syngas dengan mengintegrasikan
dengan fermentasi alkali mesofilik limbah
lumpur aktif. Res air 2018, 139: 372-380.
30. Diender M, Stams AJM, Sousa DZ: Produksi rantai menengah
asam lemak dan alkohol yang lebih tinggi dengan kultur bersama sintetis yang ditanam
pada karbon monoksida atau syngas. Biofuel Biotechnol
2016, 9: 82.
31. Richter H, Molitor B, Diender M, Sousa DZ, Angenent LT: Sebuah panah
Kisaran pH mendukung produksi butanol, heksanol, dan oktanol dari syngas dalam
kultur bersama berkelanjutan Clostridium ljungdahlii dan Clostridium kluyveri dengan
produk in-line
ekstraksi. Microbiol depan 2016, 7: 1773.
32. PN Hitam, CC DiRusso: Sintetase asil-CoA ragi di
persimpangan metabolisme asam lemak dan regulasi. Biochim
Biophys Acta 2007, 1771: 286-298.
33. Zhou YJ, Buiis NA, Zhu Z, Qin J, Siewers V, Nielsen J: Produksi
dari oleokimia dan biofuel yang diturunkan dari asam lemak oleh sintetis
pabrik sel ragi. Nat Commun 2016, 7: 11709.
34. Teixeira PG, Ferreira R, Zhou YJ, Siewers V, Nielsen J: Dinamis
regulasi kolam asam lemak untuk meningkatkan produksi alkohol berlemak di Saccharomyces
cerevisiae. Fakta Sel Mikrob 2017,
16: 45.
35. Ferreira R, Teixeira PG, Siewers V, Nielsen J: Pengalihan lipid
Fluks terhadap fosfolipid dalam ragi meningkatkan asam lemak
pergantian dan sekresi. Proc Natl Acad Sci AS 2018,
115: 1262-1267.
36. Yu T, Zhou YJ, Huang M, Liu Q, Pereira R, David F, Nielsen J:
Pemrograman ulang metabolisme ragi dari fermentasi alkohol ke lipogenesis. Sel
2018, 174: 1549-1558.
Pengalihan aliran ke arah fermentasi etanol ke metabolisme lipogenesis menunjukkan
peningkatan yang signifikan pada produksi FFA. Pengayaan kumpulan asetil-KoA, malonil-KoA,
NADPH, dan ATP serta pencegahan produksi etanol yang diikuti oleh evolusi laboratorium
adaptif untuk memulihkan pertumbuhan sel menghasilkan produksi 33,4 g / L FFA.
37. Gajewski J, Pavlovic R, Fischer M, Boles E, Grininger M:
Rekayasa sintesis asam lemak jamur de novo untuk produksi asam lemak rantai
pendek. Nat Commun 2017, 8: 1-8.
www.sciencedirect.com
38. Yu T, Zhou YJ, Wenning L, Liu Q, Krivoruchko A, Siewers V,
Nielsen J, David F: Rekayasa metabolik Saccharomyces cerevisiae untuk produksi
turunan asam lemak rantai sangat panjang
bahan kimia. Nat Commun 2017, 8: 15587.
Produksi tingkat tinggi dari bahan kimia yang berasal dari asam lemak rantai sangat panjang
(VLCFA) dicapai dalam konstruksi Saccharomyces cerevisiae
ketegangan platform. Pemberian kembali sistem perpanjangan asam lemak asli dan menerapkan
secara heterolog Mikobakteri Sistem FAS I menyebabkan peningkatan biosintesis VLCFA di S.
cerevisiae. VLCFA bisa selektif
dimodifikasi menjadi docosanol alkohol berlemak (C 22 H. 46 O) dengan menggunakan reduktase
asam lemak spesifik. Dengan tambahan menerapkan dinamika
strategi kontrol untuk memisahkan pertumbuhan sel dari produksi docosanol,
83,5 mg / L produksi docosanol berhasil dalam ragi.
39. Ferreira R, Teixeira PG, Gossing M, David F, Siewers V, Nielsen J:
Rekayasa metabolik Saccharomyces cerevisiae untuk kelebihan produksi triasilgliserol. Metab
Eng Commun 2018,
6: 22-27.
40. Alvarez HM, Herrero OM, Silva RA, Hernández MA,
Lanfranconi MP, Villalba MS: Wawasan tentang metabolisme
berminyak Rhodococcus spp. Mikrobiol Lingkungan Appl 2019, 85
e00498-19.
41. Chatterjee A, DeLorenzo DM, Carr R, Moon TS: Biokonversi dari
bahan baku terbarukan oleh Rhodococcus opacus. Curr Opin
Biotechnol 2020, 64: 10-16.
42. Hetzler S, Steinbüchel A: Pembentukan pemanfaatan selobiosa
untuk produksi lipid di Rhodococcus opacus PD630. Appl
Mikrobiol Lingkungan 2013, 79: 3122-3125.
43. Li X, He Y, Zhang L, Xu Z, Ben H, Gaffrey MK, Yang Y, Yang S,
Yuan JS, Qian WJ, Yang B: Penemuan jalur potensial untuk konversi biologis kayu
poplar menjadi lipid melalui kofermentasi Rhodococci strain. Biofuel Biotechnol
2019, 12: 60.
44. Gupta N, Manikandan NA, Pakshirajan K: Lipid waktu nyata
produksi dan pengolahan air limbah susu menggunakan
Rhodococcus opacus dalam bioreaktor di bawah mode daur ulang sel fed-batch,
kontinyu dan kontinu untuk potensi
aplikasi biodiesel. Biofuel 2018, 9: 239-245.
45. Di Canito A, Zampolli J, Orro A, D'Ursi P, Milanesi L, Sello G,
Steinbüchel A, Di Gennaro P: Analisis berbasis genom untuk identifikasi gen yang
terlibat di dalamnya Hai- degradasi xylene di
Rhodococcus opacus R7. BMC Genomics 2018, 19: 587.
46. Goswami L, Kumar RV, Manikandan NA, Pakshirajan K,
Pugazhenthi G: Biodegradasi antrasen oleh oleaginous
Rhodococcus opacus untuk produksi biodiesel dan nya
karakterisasi. Polycycl Aromat Compd 2019, 39: 207-219.
47. Goswami L, Manikandan NA, Taube JCR, Pakshirajan K,
Pugazhenthi G: Biochar baru yang diturunkan dari limbah dari pengaruh gasasifikasi
biomassa: persiapan, karakterisasi, estimasi biaya, dan aplikasi dalam biodegradasi
hidrokarbon aromatik polisiklik dan akumulasi lipid oleh
Rhodococcus opacus. Res pencemaran lingkungan Sci 2019,
26: 25154-25166.
48. Eungrasmaee K, Miao R, Incharoensakdi A, Lindbald P, Jantaro S:
Peningkatan produksi lemak melalui biosintesis asam lemak dan daur ulang asam lemak
bebas dalam rekayasa Synechocystis sp. PCC6803.
Bioetechnol Biofuel 2019, 12: 8.
49. Demidenko A, Akberdin IR, Allemann M, Allen EE,
Kalyuzhnaya MG: Jalur biosintesis asam lemak masuk
Methylomicrobium buryatense 5G (B1). Microbiol depan 2017,
7: 2167.
50. Dong T, Fei Q, Genelot M, Smith H, Laurens LML, Watson MJ,
Pienkos P: Proses biorefilter baru yang terintegrasi untuk produksi bahan bakar diesel
dengan menggunakan lipid dari metanotrof, Methylomicrobium buryatense. Energi
Manajer Percakapan 2017, 140: 62-70.
51. Garg S, Wu H, Clomburg JM, Bennett GN: Biokonversi dari
metana menjadi asam karboksilat C-4 menggunakan fluks karbon melalui asetil-KoA
secara direkayasa Methylomicrobium buryatense
5GB1C. Metab Eng 2018, 48: 175-183.
52. Lazar Z, Dulermo T, Neuveglise C, Crutz-Le Coq AM, Nicaud JM:
Hexokinase: faktor pembatas dalam produksi lipid dari fruktosa dalam Yarrowia
lipolytica. Metab Eng 2014, 26: 89-99.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
140 Bioteknologi kimiawi
53. Lazar Z, Gamboa-Melendez H, Le Coq AC, Neuveglise C,
Nicaud JM: Membangkitkan jalur leloir endogen untuk pemanfaatan galaktosa yang
efisien oleh Yarrowia lipolytica. Biotechnol
Biofuel 2015, 8: 185.
54. Niehus X, Le Coq AC, Sandoval G, Nicaud JM: Teknik
Yarrowia lipolytica untuk meningkatkan produksi lipid dari
bahan lignoselulosa. Biofuel Biotechnol 2018, 11: 11.
55. Shi S, Zhao H: Rekayasa metabolik ragi oleaginous untuk
produksi bahan bakar dan bahan kimia. Microbiol depan 2017,
8: 2185.
56. Ledesma-Amaro R, Lazar Z, RakickaM, Guo Z, Fouchard F, Crutz-
Le Coq AM, Nicaud JM: Rekayasa metabolik Yarrowia lipolytica untuk menghasilkan
bahan kimia dan bahan bakar dari xilosa. Metab
Eng 2016, 38: 115-124.
57. Darvishi F, Fathi Z, Ariana M, Moradi H: Yarrowia lipolytica sebagai
pekerja keras untuk produksi biofuel. Biochem Eng J 2017,
127: 87-96.
58. Ledesma-Amaro R, Dulermo R, Niehus X, Nicaud J – M:
Menggabungkan rekayasa metabolik dan optimalisasi proses untuk meningkatkan
produksi dan sekresi asam lemak. Metab Eng
2016, 38: 38-46.
59. Huang XF, Wang YH, Shen Y, Peng KM, Lu LJ, Liu J: Menggunakan non-
surfaktan ionik sebagai akselerator untuk meningkatkan produksi lipid ekstraseluler oleh
oleaginous yeast Cryptococcus curvatus
MUCL 29819. Technol Bioresour 2019, 274: 272-280.
60. Qiao K, Wasylenko TM, Zhou K, Xu P, Stephanopoulos G: Lipid
produksi di Yarrowia lipolytica dimaksimalkan dengan teknik
metabolisme redoks sitosol. Nat Biotechnol 2017, 35: 173-177.
Jalur sintetik yang mengubah glikolitik NADH menjadi prekursor biosintetik lipid NADPH atau
asetil-KoA diperkenalkan di Yarrowia lipolytica
untuk memaksimalkan penangkapan elektron dari katabolisme substrat dan meningkatkan hasil
substrat ke produk. Strain berkinerja tertinggi menghasilkan produktivitas 1,2 g / L / jam dan hasil
proses 0,27 g-metil ester asam lemak / g-glukosa, meningkatkan hasil 25% dari strain yang
direkayasa sebelumnya. Juga, itu menyebabkan pengurangan kebutuhan oksigen dengan
penurunan oksidasi NADH dengan respirasi aerobik.
61. Yun EJ, Lee J, Kim DH, Kim J, Kim S, Jin YS, Kim KH:
Penjelasan metabolomik dari efek media dan sumber karbon pada produksi asam
lemak oleh Yarrowia lipolytica. J
Bioteknologi 2018, 272-273: 7-13.
62. Rigouin C, Gueroult M, Croux C, Dubois G, Borsenberger V,
Barbe S, Marty A, Daboussi F, Andre I, Bordes F: Produksi
asam lemak rantai menengah oleh Yarrowia lipolytica: menggabungkan desain
molekuler dan TALEN untuk merekayasa asam lemak
sintase. ACS Synth berbagai 2017, 6: 1870-1879.
63. Rigouin C, Croux C, Borsenberger V, Khaled MB, Chardot T,
Marty A, Bordes F: Meningkatkan produksi asam lemak rantai sedang di Yarrowia
lipolytica dengan teknik metabolisme.
Fakta Sel Mikrob 2018, 17: 142.
64. Park YK, Dulermo T, Ledesma-Amaro R, Nicaud JM:
Optimalisasi produksi asam lemak rantai ganjil sebesar Yarrowia
lipolytica. Biofuel Biotechnol 2018, 11: 158.
65. Fernández-Linares LC, Guerrero-Barajas C, Durán-Páramo E,
Badillo-Corona JA: Penilaian Chlorella vulgaris dan biomassa mikroalga asli dengan air
limbah yang diolah sebagai
media kultur pertumbuhan. Technol Bioresour 2017, 244: 400-406.
66. De Francisci D, Su Y, Iital A, Angelidaki I: Evaluasi
produksi mikroalga ditambah dengan pengolahan air limbah.
Lingkungan Technol 2018, 39: 581-592.
67. Luangpipat T, Chisti Y: Biomassa dan produksi minyak oleh Chlorella
vulgaris dan empat mikroalga lainnya - efek salinitas dan
faktor lain. J Biotechnol 2017, 257: 47-57.
68. Sakarika M, Kornaros M: Chlorella vulgaris sebagai biofuel hijau
pabrik: Perbandingan antara biodiesel, biogas dan produksi biomassa yang mudah
terbakar. Technol Bioresour 2019,
273: 237-243.
69. Jusoh M, Loh SH, Aziz A, Cha TS: Gibberellin mempromosikan sel
pertumbuhan dan menginduksi perubahan dalam biosintesis asam lemak dan
meningkatkan gen biosintesis asam lemak di Chlorella vulgaris
UMT-M1. Appl Biochem Biotechnol 2019, 188: 450-459.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141
70. Ye Y, Huang Y, Xia A, Fu Q, Liao Q, Zeng W, Zheng Y, Zhu X:
Mengoptimalkan kondisi kultur untuk pertumbuhan biofilm fotoautotrofik yang
dibantu oleh heterotrofik Chlorella vulgaris untuk secara bersamaan
meningkatkan biomassa dan lipid mikroalga
produktifitas. Technol Bioresour 2018, 270: 80-87.
71. Khan MI, Shin JH, Kim JD: Masa depan mikroalga yang menjanjikan:
status saat ini, tantangan, dan optimalisasi industri berkelanjutan dan terbarukan untuk
biofuel, pakan, dan produk lainnya.
Fakta Sel Mikrob 2018, 17: 36.
72. Abdelaal AS, Jawed K, Yazdani SS: CRISPR / Cas9-dimediasi
rekayasa Escherichia coli untuk n- produksi butanol dari
xilosa dalam media yang ditentukan. J Ind Microbiol Biotechnol 2019,
46: 965-975.
73. Yu A, Zhao Y, Pang Y, Hu Z, Zhang C, Xiao D, Chang MW,
Leong SSJ: Platform ragi oleaginous untuk sintesis 1butanol terbarukan berdasarkan
jalur heterolog yang bergantung CoA dan jalur endogen. Fakta Sel Mikroba 2018,
17: 166.
74. Higo A, Ehira S: Produksi butanol anaerobik didorong oleh
fotosintesis yang mengembangkan oksigen menggunakan cyanobacterium
multiseluler heterocystforming Anabaena sp. PCC
7120. Appl Microbiol Biotechnol 2019, 103: 2441-2447.
75. Shabestary K, Anfelt J, Ljungqvist E, Jahn M, Yao L, Hudson EP:
Represi yang ditargetkan dari gen penting untuk menghentikan pertumbuhan dan
meningkatkan partisi karbon dan titer biofuel
cyanobacteria. ACS Synth berbagai 2018, 7: 1669-1675.
76. Swidah R, Ogunlabi O, Grant CM, Ashe MP: n-Butanol
produksi di S. cerevisiae: mengoordinasikan penggunaan endogen
dan jalur eksogen. Appl Microbiol Biotechnol 2018,
102: 9857-9866.
77. Ferreira S, Pereira R, Liu F, Vilaca P, Rocha I: Penemuan dan
implementasi jalur baru untuk produksi n-butanol
melalui 2-oxoglutarate. Biofuel Biotechnol 2019, 12: 230.
78. Mehrer CR, Incha MR, Politz MC, P fl eger BF: Anaerobik
produksi alkohol lemak rantai menengah melalui a b- pengurangan
jalan. Metab Eng 2018, 48: 63-71.
Produksi n-alkohol rantai menengah dari glukosa dicapai melalui strategi rekayasa metabolik
yang seimbang redoks dan pertumbuhan. Menggunakan reduktase trans-2-enoyl-CoA yang
teridentifikasi (TER) dan mengekspresikan tiolase (FadA) dan b- hidroksi-asil-KoA reduktase
(FadB) meningkatkan titer alkohol lemak rantai menengah dan panjang rantai asam lemak yang
berbeda diproduksi tergantung pada identitas kompleks FadBA. Juga, promotor VHb yang
diinduksi secara anaerob dari Vitreoscilla hemoglobin digunakan untuk menghilangkan
kebutuhan akan penginduksi kimiawi dalam ekspresi yang kuat. Ketegangan berkinerja tertinggi
dengan mundur otomatis b- jalur oksidasi mencapai 1,8 g / L titer n-alkohol dalam medium kaya
dengan 52% hasil teoritis.
79. Yunus IS, Jones PR: Biosintesis yang bergantung pada fotosintesis
asam lemak dan alkohol dengan panjang rantai sedang. Metab Eng
2018, 49: 59-68.
80. Kaczmarzyk D, Cengic I, Yao L, Hudson EP: Pengalihan
kolam asil-ACP rantai panjang masuk Synmechocystis untuk alkohol berlemak melalui
represi CRISPRi dari fosfat asiltransferase PlsX esensial. Metab Eng 2018, 45: 59-66.
81. Fatma Z, Hartman H, Poolman MG, Jatuh DA, Srivastava S,
Shakeel T, Yazdani SS: Rekayasa metabolik dengan bantuan model Escherichia coli untuk
alkana rantai panjang dan alkohol
produksi. Metab Eng 2018, 46: 1-12.
82. Ishii J, Morita K, Ida K, Kato H, Kinoshita S, Hataya S, Hiroshi S,
Kondo A, Matsuda F: Strategi menarik fluks karbon piruvat untuk meningkatkan
produksi 2,3-butanediol dan mengurangi subgenerasi etanol dalam ragi Saccharomyces
cerevisiae.
Biofuel Biotechnol 2018, 11: 150.
83. Hu Y, Zhu Z, Nielsen J, Siewers V: Transporter heterolog
ekspresi untuk peningkatan sekresi alkohol berlemak dalam ragi.
Metab Eng 2018, 45: 51-58.
84. Dahlin J, Holkenbrink C, Marella ER, Wang G, Liebal U, Lieven C,
Weber D, McCloskey D, Ebert BE, Herrgård MJ, LM Kosong,
Borodina I: Analisis multi-omics dari produksi alkohol berlemak dalam ragi yang
direkayasa Saccharomyces cerevisiae dan Yarrowia
lipolytica. Genet Depan 2019, 10: 747.
www.sciencedirect.com
 Produksi asam lemak dan turunannya Cho, Choi dan Lee 141
85. Nogue VS, Black BA, Kruger JS, Singer CA, Ramirez KJ, ReedML,
Cleveland NS, Penyanyi ER, Yi S, Yeap RY, Linger JG, Beckham GT:
Produksi diesel terintegrasi dari gula lignoselulosa melalui
ragi berminyak. Green Chem 2018, 20: 4349.
86. Qiao Y, Yang K, Zhou Q, Xu Z, Yan Y, Xu L, Madzak C, Yan J:
Teknik Yarrowia lipolytica untuk produksi berkelanjutan metil ester asam lemak dengan
menggunakan gliserol siklis sendiri sebagai a
sumber karbon. ACS Mempertahankan Chem Eng 2018, 6: 7645-7651.
87. Schirmer A, MA Kasar, Li X, Popova E, del Cardayre SB: Mikroba
biosintesis alkana. Ilmu 2010, 329: 559-562.
88. Zhu Z, Zhou YJ, Kang M – K, Krivoruchko A, Buijs NA, Nielsen J:
Mengaktifkan sintesis alkana rantai menengah dan 1-
alkena dalam ragi. Metab Eng 2017, 44: 81-88.
Rekayasa enzim lemak aldehida deformilasi oksigenase (ADO) menyebabkan peningkatan
produksi alkana. Selain itu, pengelompokan jalur biosintesis alkana menjadi peroksisom
membantu mencapai titer alkana yang lebih tinggi. Pengurasan zat antara aldehida dirancang
untuk didaur ulang dengan memasukkan dekarboksilasi asam lemak satu langkah ke 1 alkena,
yang menghasilkan titer 1-alkena 3 mg / L, 25 kali lipat lebih tinggi daripada alkana yang
diproduksi melalui aldehida.
89. Zhou YJ, Buijs NA, Zhu Z, Gomez DO, Boonsombuti A, Siewers V,
Nielsen J: Memanfaatkan ragi oeroksisom untuk biosintesis biofuel turunan asam lemak
dan bahan kimia dengan sisi lega-
kompetisi jalur. J Am Chem Soc 2016, 138: 15368-15377.
Pengelompokan penargetan jalur sintetik ke dalam peroksisom menyebabkan peningkatan
produksi bahan kimia turunan asam lemak. Alkohol berlemak, alkana, dan hidrokarbon hingga
tujuh kali lipat. Selain itu, kompartementalisasi jalur biosintetik di peroksisom menghasilkan lebih
sedikit akumulasi produk sampingan yang dihasilkan oleh enzim yang bersaing. Produksi juga
dapat ditingkatkan lebih lanjut hingga tiga kali lipat melalui peningkatan populasi peroksisom.
90. Crépin L, Barthe M, Leray F, Guillouet SE: Sintesis Alka (e) ne dalam
Cupriavidus necator didorong oleh ekspresi ferredoxin-ferredoxin endogen
dan heterolog
sistem reduktase. Biotechnol Bioeng 2018, 115: 2576-2584.
91. Jaroensuk J, Intasian P, Kiattisewee C, Munkajohnpon P,
Chunthaboon P, Buttranon S, Trisrivirat D, Wongnate T,
Maenpuen S, Tinikul R: Penambahan format dehidrogenase meningkatkan produksi
alkana terbarukan dari jalur metabolisme yang direkayasa. J berbagai Chem 2019,
294: 11536-11548.
92. Kudo H, Hayashi Y, Arai M: Identifikasi non-konservasi
residu penting untuk meningkatkan aktivitas produksi hidrokarbon dari cyanobacterial
aldehyde-deformylating oxygenase.
Biofuel Biotechnol 2019, 12: 89.
93. Sorigue D, Legeret B, Cuine S, Blangy S, Moulin S, Billon E,
Richaud P, Brugiere S, Coute Y, Nurizzo D dkk .: Seekor alga
fotoenzim mengubah asam lemak menjadi hidrokarbon. Ilmu
2017, 357: 903-907.
Enzim baru dari Chlorella variabilis yang secara langsung mengubah asam lemak menjadi alkali (senyawa)
yang menyerap energi dari cahaya biru telah diidentifikasi.
94. Bruder S, Moldenhauer EJ, Lemke RD, Ledesma-Amaro R,
Kabisch J: Produksi biofuel drop-in menggunakan fotodekarboksilase dari asam
lemak Chlorella variabilis dalam ragi oleaginous Yarrowia lipolytica. Biofuel
Biotechnol
2019, 12: 202.
Fotodekarboksilase asam lemak yang digerakkan cahaya dari Chlorella variabilis
diperkenalkan ke Y. lipolytica untuk langsung mengubah asam lemak menjadi C15 dan C17 alka (e) nes.
95. Lee J – W, NP Niraula, CT Trinh: Memanfaatkan asam lemak P450
dekarboksilase dari Macrococcus caseolyticus untuk biosintesis mikroba dari alkena
terminal rantai ganjil. Metab Eng
Komun 2018, 7: e00076.
96. Mozejko-Ciesielska J, Pokoj T, Ciesielski S: Transcriptome
renovasi Pseudomonas putida KT2440 selama sintesis mcl-PHAs: efek dari berbagai
sumber karbon dan respons terhadap
stres nitrogen. J Ind Microbiol Biotechnol 2018, 45: 433-446.
97. Andin N, Longieras A, Veronese T, Marcato F, Molina-Jouve C,
Uribelarrea JL: Meningkatkan distribusi karbon dan energi dengan menggabungkan
pertumbuhan dan panjang rantai sedang
www.sciencedirect.com
produksi polihidroksialkanoat dari asam lemak oleh
Pseudomonas putida KT2440. Biotechnol Bioprocess Eng 2017,
22: 308-318.
98. Zhao F, Gong T, Liu X, Fan X, Huang R, Ma T, Wang S, Gao W,
Yang C: Rekayasa morfologi untuk meningkatkan produksi polihidroksialkanoat dengan
panjang rantai sedang di
Pseudomonas mendocina NK-01. Appl Microbiol Biotechnol
2019, 103: 1713-1724.
99. Heinrich D, Raberg M, Fricke P, Kenny ST, Morales-Gamez L,
Babu RP, O'Connor KE, Steinbuchel A: Gas sintesis (syngas) -
turunan polihidroksialkanoat dengan panjang rantai sedang
sintesis dalam rekayasa Rhodospirillum rubrum. Lingkungan Appl
Mikrobiol 2016, 82: 6132-6140.
100. Yang D, Park SY, Park YS, Eun HM: Rekayasa metabolik
Escherichia coli untuk biosintesis produk alami. Tren
Biotechnol 2020 http://dx.doi.org/10.1016/j.tibtech.2019.11.007 . di tekan.
101. Wittgens A, Rosenau F: Di jalan menuju tailor-made
rhamnolipids: keadaan dan perspektif saat ini. Appl Microbiol
Biotechnol 2018, 102: 8175-8185.
102. Wittgens A, Kovacic F, Muller MM, Gerlitzki M, Santiago-
Schubel B, Hofmann D, Tiso T, LM Kosong, Henkel M, Hausmann R
dkk .: Wawasan baru tentang biosintesis dan penyerapan rhamnolipid dan
prekursornya. Appl Microbiol Biotechnol
2017, 101: 2865-2878.
103. Tiso T, Zauter R, Tulke H, Leuchtle B, Li WJ, Behrens B,
Wittgens A, Rosenau F, Hayen H, LM Kosong: Perancang
rhamnolipid oleh pengurangan keragaman kongener: produksi
dan karakterisasi. Fakta Sel Mikrob 2017, 16: 225.
104. Wittgens A, Santiago-Schubel B, Henkel M, Tiso T, LM Kosong,
Hausmann R, Hofmann D, Wilhelm S, Jaeger KE, Rosenau F:
Produksi heterologi rhamnolipid rantai panjang dari
Burkholderia glumae di Pseudomonas putida —Langkah maju
untuk rhamnolipid yang dibuat khusus. Appl Microbiol Biotechnol 2018,
102: 1229-1239.
105. Jezierska S, Claus S, Ledesma-Amaro R, Bogaert IV: Mengarahkan
metabolisme lipid ragi Starmerella bombicola dari glikolipid hingga produksi asam
lemak. J Ind Microbiol Biotechnol
2019, 46: 1697-1706.
106. Garg S, Rizhsky L, Jin H, Yu X, Jing F, Yandeau-Nelson MD,
Nikolau BJ: Produksi mikroba dari molekul bi-fungsional melalui diversifikasi jalur asam
lemak. Metab Eng 2016,
35: 9-20.
107. Liu Y, Liu Q, Krivoruchko A, Khoomrung S, Nielsen J: Teknik
metabolisme fosfolid ragi untuk de novo oleoylethanolamide
produksi. Nat Chem berbagai 2020, 16: 197-205.
108. Ma T, Shi B, Ye Z, Li X, Liu M, Chen Y, Xia J, Nielsen J, Deng Z,
Liu T: Rekayasa lipid dikombinasikan dengan rekayasa metabolik sistematis Saccharomyces
cerevisiae untuk hasil tinggi
produksi likopen. Metab Eng 2019, 52: 134-142.
Metabolisme lipid baru disarankan untuk meningkatkan akumulasi produk alami lipofilik di dalam
sel. Gen kunci yang terkait dengan sintesis asam lemak dan produksi triasilgliserol diekspresikan
secara berlebihan untuk meningkatkan akumulasi triasilgliserol. Selain itu, tekanan berlebih
desaturase asam lemak (OLE1) untuk memodulasi komposisi triasilgliserol dan menghapus
Seipin (FLD1) untuk mengatur ukuran tetesan lipid menyebabkan produksi 70,5 mg-likopen / g
berat sel kering, peningkatan 25% dibandingkan sebelumnya strain direkayasa di goyang fl tanya
budidaya, dan
73,3 mg-likopen / g berat sel kering dalam budidaya batch-makan.
109. Saisriyoot M, Thanapimmetha A, Suwaleerat T, Chisti Y,
Srinophakun P: Produksi biomassa dan lipid oleh Rhodococcus opacus PD630 di media
berbasis molase dengan dan tanpa
stres osmotik. J Biotechnol 2019, 297: 1-8.
110. Tiukova IA, Brandenburg J, Blomqvist J, Sampels S, Mikkelsen N,
Skaugen M, Arntxen MØ, Nielsen J, Sandren M, Kerkhoive EJ:
Analisis proteome dari metabolisme xilosa di Rhodotorula toruloides selama produksi
lipid. Biofuel Biotechnol 2019,
12: 137.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2020, 65: 129–141