Tersedia secara online di www.sciencedirect.
com
ScienceDirect
Biorefinisi berbasis ragi untuk produksi oleokimia
Yiming Zhang 1 , Jens Nielsen 1 , 2 , 3 dan Zihe Liu 1
Biosintesis oleokimia memungkinkan produksi berkelanjutan dari alternatif alami
dan tidak alami dari bahan baku terbarukan. Pabrik sel ragi telah dipelajari dan
direkayasa secara ekstensif untuk menghasilkan berbagai oleokimia, dengan fokus
pada metabolisme karbon pusat dan metabolisme lipid. Di sini, kami meninjau
kemajuan baru-baru ini menuju sintesis oleokimia dalam biorefinisi berbasis ragi,
serta pemanfaatan bahan baku alternatif yang dapat diperbarui, seperti xilosa dan L-
arabinose. Kami juga meninjau studi terbaru tentang pemanfaatan senyawa C1
atau coutilization dan membahas bagaimana studi ini dapat mengarah pada
biorefinisi berbasis ragi generasi ketiga untuk produksi oleokimia.
Alamat
1 Beijing Advanced Innovation Center for Soft Matter Science and Engineering, College of Life
Science and Technology, Beijing University of Chemical Technology, Beijing, 100029, Cina
2 Departemen Biologi dan Teknik Biologi, Universitas Teknologi Chalmers, Gothenburg, Swedia
3 Institut Bioinovasi, Ole Maaløes Vej 3, DK2200 Copenhagen N, Denmark
Penulis terkait:
Nielsen, Jens ( nielsenj@chalmers.se ), Liu, Zihe ( zihe@mail.buct.edu.cn )
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34
Ulasan ini berasal dari masalah bertema di Bioteknologi energi
Diedit oleh Huimin Zhao dan Yasuo Yoshikuni
https://doi.org/10.1016/j.copbio.2020.11.009
0958-1669 / Sebuah 2020 Penulis. Diterbitkan oleh Elsevier Ltd. Ini adalah artikel akses
terbuka di bawah lisensi CC BY ( http: // creativecommons. org / lisensi / oleh / 4.0 / ).
pengantar
Asam lemak dan turunannya, juga disebut oleokimia, digunakan sebagai
bahan bakar drop-in, pelumas, aditif dalam makanan, polimer, kosmetik,
dan obat-obatan, mulai dari bahan kimia curah hingga bahan kimia halus.
Produksi oleokimia tradisional bergantung pada bahan baku minyak nabati
dan lemak hewani, tetapi sintesis mikroba menawarkan produksi
berkelanjutan dari berbagai sumber terbarukan [ 1 ]. Selain itu,
memungkinkan untuk produksi oleokimia non-alami yang memiliki fitur kimia
baru. Sintesis oleokimia telah dipelajari dengan baik dan direkayasa secara
intensif di banyak mikroorganisme, termasuk bakteri, ragi dan mikroalga [ 2 ].
Ulasan ini hanya akan fokus pada produksi oleokimia berbasis ragi,
sedangkan kami mengacu pada ulasan terbaru lainnya tentang produksi
oleokimia dari pabrik sel mikroba lainnya [ 3 , 4 ].
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34
Host ragi berminyak, seperti Yarrowia lipolytica, Rhodosporidium toruloides dan
Cryptococcus curvatus, sering dipilih sebagai tempat kerja industri untuk
produksi oleokimia, karena sintesis dan akumulasi lipid yang efisien [ 5–9 ].
Ragi non-oleaginous, seperti Saccharomyces cerevisiae, juga dipilih karena
alat metabolisme sel dan rekayasa regangannya telah dipelajari dengan
baik. Sejauh ini, berbagai oleokimia telah disintesis dalam ragi, termasuk
asam lemak bebas [ 10 ], alkohol berlemak, triasilgliserol (TAG) [ 11 ], alkana,
alkena [ 12 ], asam lemak metil-ester (FAME), asam lemak etil-ester (FAEEs)
[ 13 ], oleoylethanolamide [ 14 ] dan ester lilin [ 15 , 16 ]. Upaya rekayasa
deregulasi metabolisme lipid, mengarahkan fluks karbon menuju sintesis
lipid dan menyeimbangkan kembali faktor redoks sitosol telah dilakukan
untuk meningkatkan titer, laju dan hasil oleokimia. Sementara itu,
penemuan enzim yang mampu mensintesis oleokimia alami atau tidak
alami dengan panjang rantai terkontrol semakin mendapat perhatian lebih [ 17
, 18 , 19 ].
Pabrik biorefinis berbasis ragi dapat mengandalkan penggunaan berbagai
bahan baku terbarukan, misalnya, glukosa dari tanaman pangan (bahan baku
generasi pertama), xilosa dan L- arabinose dari biomassa tanaman dan tanaman
energi (generasi ke-2
bahan baku), dan mungkin senyawa C1 seperti CO 2, metana atau metanol
(bahan baku generasi ke-3) [ 20 ]. Glukosa
adalah sumber karbon yang disukai untuk ragi, tetapi penggunaan bahan
baku generasi pertama untuk produksi oleokimia mengancam pasokan
makanan. Pemanfaatan xilosa, monosakarida terbanyak kedua dalam
lignoselulosa setelah glukosa, telah dipelajari selama bertahun-tahun untuk
menghindari persaingan makanan [ 21 ]. Pemanfaatan L- arabinose dari bahan
baku generasi ke-2 juga telah dipelajari untuk produksi oleokimia [ 1 , 22 ].
Baru-baru ini, pemanfaatan bahan baku generasi ke-3 mulai
dipertimbangkan meskipun merupakan alternatif yang menantang untuk
sintesis mikroba dan produksi oleokimia [ 23 ]. Ulasan ini menyoroti
kemajuan terbaru dalam biorefinisi berbasis ragi menuju produksi asam
lemak dan turunannya dan diakhiri dengan prospek pemanfaatan senyawa
C1 untuk sintesis mikroba oleokimia ( Gambar 1 ).
Rekayasa sintesis oleokimia
Bahan baku dapat diasimilasi ke dalam metabolisme karbon pusat,
termasuk Embden – Meyerhof – Parnas
Jalur (EMP), jalur pentosa fosfat (PP) dan siklus asam trikarboksilat (TCA),
untuk menyediakan blok pembangun asetil-KoA dan faktor redoks NADPH
untuk sintesis asam lemak. Asetil-KoA diubah menjadi malonil-KoA oleh
asetil-KoA karboksilase (ACC), yang secara langsung digunakan untuk
sintesis asam lemak dan elongasi yang dikatalisis oleh asam lemak sintase
secara siklik. Teknik untuk
www.sciencedirect.com

Gambar 1
Bahan baku berkelanjutan digunakan dalam biorefiner berbasis ragi untuk produksi berbagai oleokimia. Pabrik sel ragi dieksploitasi dan dioptimalkan untuk produksi oleokimia melalui pipa siklus
Design-Build-Test.
produksi oleokimia telah ditinjau secara komprehensif di [ 5 , 24 , 25 ], dan oleh
karena itu kami di sini fokus pada poin-poin penting terbaru dari minat
tertentu untuk ragi oleaginous dan non-oleaginous, seperti yang dirangkum
dalam Tabel 1 .
Kumpulan asetil-KoA dan pasokan NADPH
Generasi asetil-KoA sitosol bervariasi antara ragi oleaginous dan
non-oleaginous. Pada khamir non-oleaginous, asetil-KoA sitosol disintesis
melalui bypass dehidrogenase piruvat, yang merupakan cabang jalur
fermentasi dengan persaingan yang kuat dengan jalur etanol. Dalam ragi
oleaginous, asetil-KoA sitosol dibawa dari kolam mitokondria asetil-KoA
melalui siklus antiport sitrat-malat, dan di bawah kelaparan nitrogen,
aktivitas TCA menurun dan kelebihan sitrat dipindahkan ke dalam sitosol,
yang diubah menjadi asetil-KoA melalui ATP sitrat lyase. Oleh karena itu,
dalam ragi oleaginous di bawah kelaparan nitrogen, fluks tinggi melalui
prekursor asetil-KoA memungkinkan akumulasi lemak yang tinggi dan
memajukan produksi oleokimia, dibandingkan dengan ragi non-oleaginous.
Ketika jalur serupa direkayasa menjadi S. cerevisiae, yaitu, konstruksi siklus
bolak-balik asetil-KoA dan penghapusan jalur fermentasi, metabolisme sel
dilaporkan mengubah dari fermentasi alkohol menjadi lipogenesis [ 26 ].
Apalagi meningkatkan asetil-KoA
www.sciencedirect.com
Produksi oleokimia dalam ragi Zhang, Nielsen dan Liu 27
Opini Saat Ini di Bioteknologi
kumpulan ragi oleaginous selanjutnya meningkatkan produksi lipid dalam kondisi
dengan rasio C / N yang tinggi dan rendah, yang menegaskan bahwa pasokan
yang efisien dari asetil-KoA sitosol diperlukan untuk sintesis lipid tingkat tinggi [ 27–29
, 30 ].
NADPH sitosol sebagian besar dihasilkan dari jalur PP oksidatif di sebagian
besar ragi, atau terutama melalui enzim malat sitosol (ME) di beberapa ragi
oleaginous [ 25 ]. Meningkatkan ketersediaan NADPH telah berhasil
mendorong sintesis asam lemak di keduanya S. cerevisiae dan Y. lipolytica melalui
peningkatan jalur PP fluks, penurunan glikolisis fluks, mengekspresikan
NADPH + -tergantung gliseraldehida 3-fosfat dehidrogenase atau enzim
malat, atau rekayasa jalur pertahanan oksidatif [ 26 , 31 , 32 ].
Sintetase asam lemak
Sintetase asam lemak ragi (FAS), FAS Tipe I, adalah protein besar dengan
banyak modul asetil transferase (AT), malonyl-palmitoyl transferase (MPT),
keto sintase (KS), ketoacyl reductase (KS), dehydratase (DH), enoyl
reduktase (ER), enoyl reduktase (ER) dan protein pembawa asil (ACP) [ 33 ].
Dalam ragi, FAS mengkatalisis sintesis berbagai asil-ACP (terutama C16
dan C18) dari asetil-KoA dan malonil-KoA, dan disarankan bahwa panjang
rantai
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34
28 Bioteknologi energi

Tabel 1

Strategi rekayasa metabolik untuk produksi oleokimia dalam ragi

Bahan baku Produk Host Tujuan dan modifikasi genetik Titer, hasil, Referensi
produktifitas

Glukosa Membangun rute ACL AnACL ", MmusACL", RtME ", MDH3 '", CTP1 "

Asam lemak Sc FB 33,4 g / L, 0,1 g / g [ 26 ]

Meningkatkan sintesis asam lemak D pox1, D faa1, D faa4, FAS "
Mengoptimalkan fluks karbon pusat PGI1 #, IDH2 #
Glukosa Berlemak Mengaktifkan sintesis oleokimia MmarCAR ", BsSfp", EcAHR ", SF, 205,4 mg / L
Yl [ 30 ]
alkohol EcFadD " B, 2,15 g / L
Glukosa Meningkatkan kadar asam lemak: AnACL ", MmusACL", RtME ". MDH3 '",
Berlemak
Sc CTP1, D
" pox1, FAS * " SF, 252 mg / L [ 19 ]
alkohol
Mengaktifkan sintesis oleokimia D hfd1, D tpo1, MmarCAR * "
Glukosa Alkana / Sc Menargetkan peroksisom untuk produksi oleokimia Per- SF: 3,55 mg / L [ 59 ]
alkena MmarCAR, Per-SeADO
" ", Per-SeFd / FNR"
Glukosa Alkana / Yl Menargetkan ER untuk produksi oleokimia ER-AbFAR ", ER- SF: 23,3 mg / L [ 30 ]
alkena PmADO "
Glukosa Meningkatkan asam lemak, ux, ACC ", DGA" FB, 98,9 g / L, 0,269 g /
Lemak Yl [ 31 ]
Meningkatkan pasokan NADPH, CaGapC ", McMCE2" g, 1,3 g / L / jam
Xilosa Meningkatkan aliran asam lemak ACC, FAS, "D rpd3 "
Berlemak B, 1,2 g / L, 0,1 g / g,
Sc Mengaktifkan sintesis oleokimia TaFAR " [ 40 ]
alkohol 0,02 g / L / jam
Meningkatkan pemanfaatan xylose: CsXR ", CtXDH", PpXK "
Xilosa Meningkatkan aliran asam lemak D pox1-6, D tgl4, GDP1 ", DGA2", FB, 20,1 g / L, 0,08 g / g,
Lemak Yl [ 44 ]
Meningkatkan pemanfaatan xilosa SsXR, SsXDH," YlXK " " 0,19 g / L / jam
Xilosa Meningkatkan pemanfaatan xilosa SsXR ", SsXDH", SsXK " B, 15,0 g / L, 0,08 g / g,
Lemak Yl [ 43 ]
Evolusi adaptif yang mendukung kelaparan 0,19 g / L / jam
Agave ampas tebu Meningkatkan aliran asam lemak D pox1-6, D tgl4, GDP1 ", DGA2", FB, 16,5 g / L, 0,34 g / g,
Lemak Yl [ 45 ]
hidrolisat Meningkatkan pemanfaatan xilosa YlXR, YlXDH, YlXK, AnXPKA, AnACK 0,19 g / L / jam

Contoh yang terdaftar melaporkan titer tertinggi untuk produk yang sesuai dengan publikasi yang ditinjau. Simbol dan prefiks: ", ekspresi berlebih; #, regulasi turun; ', versi terpotong; *, versi
mutasi. Singkatan umum: SF, shake- fl ask; FB, bioreaktor fed-batch; B, bioreaktor batch. Singkatan spesies: Ab, Acinetobacter baylyi; Sebuah, Aspergillus nidulans; Bs, Bacillus subtilis; Ca, Clostridium
acetobutylicum; Cs, Candida shehatae; Ct, Candida tropicalis; Ec, E. coli; Mmar, Mycobacteriummarinum; Mmus, Mus musculus; Mc, Mucor circinelloides; Sore, Prochlorococcus marinus; Pp, Pichia
pastoris; Rt, Rhodosporidium toruloides; Sc, Saccharomyces cerevisiae; Se, Synechococcus elongatus; Ss, Syarat Scheffersomyces; Ta, Tyto alba; Yl, Yarrowia lipolytica. Singkatan Gen / Enzim:
ACC, acetyl-CoA carboxylase; ACK, asetat kinase; ADO, lemak-aldehida deformilasi oksigenase; AHR, reduktase aldehida; CAR, reduktase asam karboksilat; DGA, diacylglycerol acyltransferase;
JAUH, lemak asil-KoA-ACP atau lemak asil-ACP reduktase; FAA, lemak asil-CoA sintetase; FAS: sintase asam lemak; Fd / FNR, ferredoxin dan ferredoxin / NADP + reduktase; GPD,
gliserol-3-fosfat dehidrogenase; ME, enzim malat; POX, koenzim lemak-asil A oksidase; Sfp, phosphopantetheinyl transferase; XR, reduktase xilosa; XDH, xylitol dehydrogenase tergantung NADH;
XK, xylulokinase; XPKA, fosfoketolase.

oleokimia terutama dikontrol melalui FAS. Berdasarkan mekanisme
biokimia dan analisis struktural kompleks FAS, rekayasa protein rasional
pada FAS dari Y. lipolytica, S. cerevisiae, R. toruloides,
Mycobacteriumvaccae dan
Aplanochytrium kerguelense memungkinkan produksi asam lemak rantai pendek /
menengah (S / MCFAs, C6-C12) di S. cerevisiae [ 18 , 34 , 35 ], dengan beberapa mutasi
yang dimasukkan ke dalam domain KS, AT dan MPT atau heterologous thioesterase
(TE) yang diperkenalkan ke FAS. FAS jamur dan bakteri yang direkayasa dengan
domain KS dan TE yang dimutasi bersama-sama diekspresikan dalam suatu regangan
dengan toleransi MCFA yang ditingkatkan dan pengalihan fluks karbon yang
dioptimalkan, sehingga menghasilkan produksi dari
2,87 0,06 g L 1 MCFA dalam budidaya kelompok pakan [ 18 ].
Selain itu, FAS heterolog dari R. toruloides dan M. vaccae telah diekspresikan
secara berlebihan S. cerevisiae untuk menghasilkan asam lemak rantai panjang
dan alkohol lemak [ 36 ], atau meningkatkan sintesis asam lemak [ 26 ].
(TAG), sterol ester (SEs) dan fosfolipid (PLs), atau dilepaskan sebagai asam
lemak bebas (FFA), atau terdegradasi menjadi asetilCoA melalui b- oksidasi,
seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2 . Metabolisme lipid diatur dengan ketat
di timur melalui beberapa simpul pengatur [ 5 , 37 ]. Strategi dengan pemblokiran b-
oksidasi dan downregulating aktivasi asam lemak dan penyimpanan
pembentukan lipid di S. cerevisiae mengakibatkan akumulasi FFA dan PL [ 37 ],
yang memastikan aliran tinggi ke dalam sintesis oleokimia hilir, termasuk
alkohol berlemak, alkana, alkena andoleoyletanolamida (OEA) [ 14 , 21 , 26 ]. Di Y.
lipolytica,
pemblokiran b- oksidasi juga dilakukan untuk meningkatkan sintesis lipid,
dan dalam kombinasi dengan mengekspresikan enzim heterolog untuk
sintesis asam lemak, lemak asil-ACP diarahkan ke sintesis FFA alih-alih
TAG, seperti yang berhasil ditunjukkan dalam produksi asam
omega-3-eicosapentaenoic (EPA) [ 25 ]. Interkonversi antara FFA dan
kumpulan lipid yang berbeda menawarkan peluang yang bervariasi untuk
sintesis berbagai oleokimia.

Metabolisme lipid Toleransi oleokimia dan kesesuaian sel

Asil-ACP lemak yang disintesis dari FAS diesterifikasi untuk membentuk Toleransi yang tinggi terhadap oleokimia diperlukan untuk galur produksi
tiga kelas lemak utama, termasuk triasilgliserol. yang efisien. Rekayasa transporter dan

Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34 www.sciencedirect.com

 Produksi oleokimia dalam ragi Zhang, Nielsen dan Liu 29

Gambar 2 Pemanfaatan xylose

Xilosa dapat diubah menjadi xilulosa-5-fosfat (Xu5P) melalui dua jalur
Ekspresi Berlebih / Pengaturan Lebih Tinggi asimilasi yang berbeda. Satu terdiri dari NAD (P) H-dependent xylose
Bahan baku
Penghapusan / Downregulation reductase (XR), NADHdependent xylitol dehydrogenase (XDH) dan
Jalur heterologis untuk
sintesis oleokimia xylulokinase (XK), dan yang lainnya bergantung pada xylose isomerase (XI)
dan XK. Xu5P kemudian disalurkan melalui jalur PP atau jalur fosfoketolase
Piruvat Asetil-KoA Malonyl-CoA
(PK) ke dalam metabolisme karbon pusat untuk pertumbuhan sel dan
Garam sitrat sintesis biokimia ( Gambar 3 ).

TCA FAS
Peroksisom

Baru-baru ini, upaya rekayasa telah dilakukan pada ragi yang

Mitokondria β-oksidasi memetabolisme non-xilosa untuk memungkinkan produksi oleokimia [ 1 , 39 ].
Misalnya, dalam galur penghasil alkohol berlemak S. cerevisiae, ekspresi
Asil lemak-ACP / CoA
XR dari Candida shehatae, XDH dari Candida tropicalis dan XDH dari
Rantai Pendek
Alkana Asam lemak bebas C6 - C8
Alkena
Pichia pastoris menghasilkan hasil yang lebih tinggi pada xilosa dibandingkan
Rantai Sedang
Fosfolipid C8 - C12 dengan glukosa selama budidaya batch dan fed-batch [ 40 ].
Ester
(KETENARAN, Rantai yang panjang
FAEE, Triacylglycerols C14 - C18
dll.)
Di Y. lipolytica, metabolisme pentosa yang tidak aktif mengakibatkan
Ester steroid Rantai Sangat Panjang
pemanfaatan xilosa yang buruk dan tidak stabil [ 41 , 42 ]. Ekspresi XR, XDH
Alkohol berlemak C20 - C26
dan XK dari Ketentuan Scheffersomyces bersama dengan adaptasi kelaparan
Opini Saat Ini di Bioteknologi
memungkinkan pemanfaatan xilosa yang efisien dan produksi lipid 15 g / L [ 43
]. Dalam studi lain, ekspresi XR, XDH dari S. ketentuan dan XK asli dalam
Biorefineries berbasis ragi untuk produksi oleokimia yang menggunakan glukosa bahan baku
strain penghasil lipid yang direkayasa menghasilkan produksi lipid 20,1 g / L [ 44
generasi pertama. Fluks karbon diarahkan ke sintesis asam lemak dengan merekayasa
]. Dengan mengekspresikan enzim xilosa heterolog dan asli secara
metabolisme karbon pusat dan metabolisme lipid dengan reaksi yang diatur (seperti yang
ditunjukkan dalam panah tebal) dan diatur ke bawah (seperti yang ditunjukkan dalam panah berlebihan, Y. lipolytica dilaporkan menghasilkan lipid dengan produktivitas
abu-abu putus-putus), dan berbagai oleokimia disintesis dengan ekspresi jalur heterolog ( seperti tinggi (0,185 g / L / jam) dan hasil tinggi (0,344 g lipid / g gula) dalam
yang ditunjukkan pada panah biru). hidrolisat ampas tebu agave yang kaya xilosa [ 45 ]. Sebuah penelitian terbaru
menunjukkan hal itu Y. lipolytica dapat menggabungkan fenotipe pemanfaatan
xilosa dengan fenotipe produksi berlebih metabolit melalui pendekatan kawin,
dan diperbolehkan
evolusi adaptif biasanya diadopsi untuk meningkatkan toleransi regangan
terhadap biokimia beracun. Misalnya ekspresi transporter asam lemak FATP1
dari manusia dalam S. cerevisiae memediasi penyerapan asam lemak dan 1,42 g / L Sebuah- produksi asam linolenat pada xilosa [ 46 ].
memfasilitasi ekspor alkohol lemak, yang mengarah ke peningkatan produksi
alkohol berlemak dan pertumbuhan sel yang lebih baik [ 38 ]. Selain itu, Ragi oleaginous yang dapat tumbuh secara alami pada xilosa tampaknya
rekayasa protein pada transporter membran Tpo1 yang terlibat dalam menjadi calon inang yang menjanjikan untuk biorefinisi generasi ke-2
toleransi terhadap asam lemak C10 meningkatkan produksi MCFA sebesar produksi oleokimia, termasuk
1,3 kali lipat, sementara evolusi adaptasi meningkatkan produksi MCFA R. toruloides [ 47 ] dan C. curvatus [ 48 ]. Namun, pengetahuan terbatas
sebesar 1,7 kali lipat [ 18 ]. Sementara itu, evolusi adaptif diadopsi dalam tentang metabolisme xilosa dan alat teknik telah membatasi aplikasinya
menyeimbangkan produksi oleokimia dan kesesuaian sel, yang berhasil dalam produksi oleokimia. Sebuah studi terbaru tentang analisis komparatif R.
meningkatkan produksi asam lemak bebas [ 26 ]. toruloides mengungkapkan bahwa sel-sel yang tumbuh pada xilosa
mencapai tingkat pertumbuhan dan konsumsi gula hampir 50% lebih
rendah, hasil biomassa akhir yang lebih rendah sedangkan kandungan lipid
seluler akhir yang serupa [ 49 ]. Analisis proteom kemudian mengidentifikasi
sejumlah pengangkut gula putatif untuk xilosa dan glukosa dan
Bahan baku alternatif untuk produksi oleokimia menyarankan bahwa impor xilosa mungkin menjadi langkah pembatas
selama konversi xilosa menjadi lipid. Regenerasi NADPH terutama
Dibandingkan dengan biorefine generasi pertama, penyerapan dan bergantung pada jalur PP, dan mungkin juga melibatkan enzim malat,
pemanfaatan bahan baku yang efisien biasanya merupakan masalah utama alkohol dehidrogenase, dan aldehida dehidrogenase. Jalur PK dengan
untuk biorefine generasi ke-2, khususnya karena kebanyakan ragi tidak secara efisiensi yang lebih tinggi dan konservasi karbon, bagaimanapun,
alami menggunakan pentosa dan komponen lain dari biomassa. Oleh karena itu tampaknya memiliki peran terbatas dalam konversi xilosa menjadi lipid,
ada banyak pekerjaan pada ragi rekayasa untuk pemanfaatan pentosa dan mungkin karena xilosa yang tidak efisien.
baru-baru ini bahan baku C1 seperti metanol dan karbon dioksida.

www.sciencedirect.com Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34

30 Bioteknologi energi

Gambar 3

Format Metanol
Xilosa L-Arabinose BERSAMA 2

AOX
XR AR AI

Formaldehida RuBP
Xylitol L-Arabitol Ribulose
XI RubisCo
XDH LXR LAD PRK
RK
Xu5P Ru5P Ru5P
Xilulosa L-Xylulose Ru5P DAS HPS 3PG
XK RPE
PHI
Xu5P Xu5P Jalur PP
CELAH DHA EMP
F6P

Jalur PP Jalur PP EMP Jalur PP

Jalur XR-XDH-XK
Asimilasi arabinose Siklus XuMP Siklus RuMP Siklus Calvin
Jalur XI-XK

Opini Saat Ini di Bioteknologi

Jalur pemanfaatan senyawa pentosa dan C1. Singkatan yang digunakan: XR, xylose reductase; XDH, xylitol dehydrogenase; XK, Xylulokinase; XI, xilosa isomerase; AR, reduktase Arabinose; LAD,
L-arabinitol 4-dehidrogenase, LXR, L-xylulose reduktase; AI, L- isomerase arabinosa, RK, Lribulokinase; RPE, L-ribulosa-5-P-4-epimerase; DAS, dihydroxyacetone synthase; AOX, alkohol oksidase;
HPS, sintase 3-heksulosa-6-fosfat; PHI, 6-phospho-3-hexuloisomerase; Xu5P, xylulose-5-phosphate; Ru5P, ribulosa-5-fosfat; GAP, gliseraldehde-3-fosfat; DHA, dihydroxyacetone.

serapan. Penemuan ini sangat berharga untuk mengembangkan proses
produksi lipid pada substrat yang mengandung xilosa dan optimalisasi
penggunaan xilosa lebih lanjut.
Rute alternatif lain untuk katabolisme xilosa, seperti jalur XI, jalur Dahms,
jalur Weimberg, dan jalur sintetis, mungkin juga berguna untuk
pengoptimalan masa depan dalam produksi oleokimia [ 21 , 50 ]. Selain itu,
strategi rekayasa untuk memfasilitasi konversi xilosa menjadi etanol S.
cerevisiae, seperti meningkatkan serapan xilosa, menyeimbangkan faktor
redoks, serta rekayasa evolusi dan rekayasa faktor transkripsi, juga dapat
berkontribusi untuk merekayasa ragi untuk produksi oleokimia dari xilosa [ 51
, 52 ].
L- pemanfaatan arabinose
L- arabinosa adalah pentosa melimpah lainnya dalam bahan baku
lignoselulosa, dan dapat berasimilasi ke dalam metabolisme karbon pusat
melalui dua rute berbeda pada prokariota dan eukariota ( Gambar 3 ). Rute
prokariotik melibatkan arabinose isomerase (AI), L-ribulokinase (RK) dan
Lribulose-5-P4-epimerase (RPE), dan eukariotik melibatkan arabinose
reductase (AR), L-arabitol dehydrogenase (LDH), L-xylulose reductase
(LXR), XDH dan XK [ 53 ].
Ekspresi jalur pemanfaatan heterolog dengan rekayasa evolusi selanjutnya
di S. cerevisiae memungkinkan asimilasi yang efisien dari L- arabinosa, serta
co-fermentasi xilosa dan L- arabinose [ 54 ]. Sebuah studi baru-baru ini
menemukan bahwa mekanisme yang mendasari fast co-
kapasitas fermentasi L- arabinose dan xylose adalah salinan dalam jumlah
besar L- jalur pemanfaatan arabinose, yang akan menguntungkan produksi
oleokimia [ 55 ]. Di Y. lipolytica, yang tidak aktif L- jalur asimilasi arabinosa
diidentifikasi melalui analisis transkriptomik dan metabolik, dan dapat
diaktifkan dengan ekspresi berlebih transporter pentosa, XDH dan LAD,
menjelaskan produksi oleokimia pada bahan baku generasi ke-2 [ 22 ].
Pemanfaatan metanol
BERSAMA 2 dan metanol semakin diminati sebagai bahan baku generasi ke-3
untuk bioproduksi, karena kandungan tersebut
kelimpahan di alam dan harga yang murah, serta kebutuhan mendesak
untuk mengurangi ancaman pemanasan global dan ketergantungan
manusia pada bahan bakar fosil [ 20 , 56 , 57 ]. Namun, produksi biokimia
dengan senyawa C1 ini masih menantang karena rendahnya efisiensi jalur
pemanfaatan dan tingginya kebutuhan energi serta pengurangan daya.
Saat ini, jalur pemanfaatan senyawa C1 masih dalam evaluasi dengan dan
tanpa jalur pemanfaatan bahan baku lainnya.
Pichia pastoris dapat tumbuh dengan metanol sebagai satu-satunya karbon
dan sumber energi. Selama penanaman metanol, peroksisom
mengamplifikasi dan mendominasi volume sel P. pastoris [ 58 ], yang
menjadikannya sebagai inang pemanfaatan metanol yang menjanjikan untuk
produksi oleokimia, karena titer alkana yang ditingkatkan dicapai ketika jalur
biosintesis ditargetkan ke peroksisom S. cerevisiae [ 59 ]. Dalam studi
terbaru, P. pastoris juga dapat diubah menjadi autotrof
saring dengan CO 2 sebagai sumber karbon dan metanol sebagai

Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34 www.sciencedirect.com


sumber energi, dengan merekayasa jalur asimilasi metanol, siklus xilosa
monofosfat (XuMp) ( Gambar 3 )
atau disebut sebagai siklus dihydroxyacetone (DHA), menjadi CO 2
jalur perbaikan [ 60 ]. Dengan CRISPR-Cas9 yang efisien
toolkit pengeditan genom yang dimediasi dikembangkan di Hansenula
polymorpha [ 61 ], ragi metilotrofik termotoleran ini juga bisa menjadi sasis yang
menjanjikan untuk produksi oleokimia yang menggunakan metanol.
Untuk langsung memanfaatkan metanol di S. cerevisiae, siklus XuMP dari P.
pastoris dibangun kembali S. cerevisiae, dan strain yang dihasilkan dapat
mengkonsumsi 1,04 g / L metanol, dengan pertumbuhan yang lambat dan
produksi piruvat 0,26 g / L [ 62 ]. Sementara itu, ekspresi siklus
ribulosemonofosfat (RuMP), jalur asimilasi metanol lain yang teridentifikasi
pada prokariota metilotrofik ( Gambar 3 ), gagal menghasilkan penggunaan
metanol untuk pertumbuhan sel di keduanya S. cerevisiae
dan Y. lipolytica [ 62 , 63 ]. Jelasnya, pertumbuhan sel yang buruk dan
pemanfaatan metanol yang lambat memerlukan lebih banyak pekerjaan
rekayasa. Ini mungkin memerlukan peningkatan ekspresi subseluler untuk
mengurangi toksisitas formaldehida antara atau membangun regenerasi
xilosa-5-fosfat yang efisien.
BERSAMA 2 pemanfaatan
Enzim ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase (RuBisCO) dan fosforibulokinase
(PRK) dari siklus Calvin telah diekspresikan dalam S. cerevisiae, dan
meningkatkan hasil etanol pada glukosa dan xilosa. Selain itu, penurunan
akumulasi produk sampingan glik-
erol dan xylitol menyarankan CO itu 2 dapat digunakan sebagai akseptor elektron
eksternal untuk menyeimbangkan redoks sitosol
faktor [ 64 , 65 ].
Jalur glisin reduktif sintetis juga telah dibuktikan berfungsi dalam S.
cerevisiae dengan mengekspresikan enzim endogen secara berlebihan
untuk mensintesis glisin dari format
dan CO 2. Jalur dengan aktivitas tinggi, afinitas tinggi, dan toleransi format
disarankan S. cerevisiae mungkin
sangat cocok untuk penggunaan format [ 66 ]. Baru
studi menemukan bahwa CO 2 dapat secara efisien diubah menjadi format
dengan metode elektrokimia dan fotokimia
ods [ 67 ], dan temuan ini memungkinkan biorefinisi ke-3 berbasis ragi untuk
produksi oleokimia.
Kesimpulan dan perspektif
Banyak kemajuan telah dicapai baik pada ragi oleaginous dan ragi
non-oleaginous yang menggunakan glukosa, termasuk peningkatan
produksi dan perluasan portofolio oleokimia. Namun, titer, laju, dan hasil
sebagian besar oleokimia curah saat ini tidak dapat memenuhi persyaratan
produksi komersial. Strain yang menjanjikan untuk produksi komersial
adalah rekayasa Y. lipolytica, yang dapat menghasilkan FAME dengan titer
tinggi, hasil dan laju masing-masing 98,9 g / L, 1,3 g / L / jam dan 0,27 g / g
glukosa [ 31 ]. Dengan produksi omega-3 Y. lipolytica dikomersialkan oleh
DuPont [ 68 ], biosintesis
www.sciencedirect.com
Produksi oleokimia dalam ragi Zhang, Nielsen dan Liu 31
oleokimia bernilai tinggi telah menarik lebih banyak perhatian, dan lebih
banyak enzim serta jalur untuk oleokimia baru telah dievaluasi, termasuk
asam lemak tak jenuh ganda [ 10 , 69 ], fl rasa lakton [ 16 ], ester lilin seperti
jojoba [ 15 ], dan oleoylethanolamide [ 14 ].
Pemanfaatan xilosa yang efisien akan menjadi satu langkah lebih jauh untuk
produksi oleokimia secara komersial. Sebuah rekayasa
Y. lipolytica telah menunjukkan kapasitas potensinya untuk menggunakan hidrolisat
ampas tebu kaya xilosa sebagai bahan baku yang menghasilkan hasil lipid yang
tinggi sebesar 0,344 g / g gula, titer
16,5 g / L dan laju 1,85 g / L / jam [ 45 ]. Ragi non-konvensional, seperti R.
toruloides dan C. curvatus, juga bisa menjadi sasis yang menjanjikan untuk
produksi oleokimia generasi ke-2. Sebagai contoh, C. curvatus dapat
mengakumulasi lipid hingga 69,5% dari berat sel kering ketika tumbuh pada
substrat aromatik, yang merupakan salah satu pabrik sel ragi yang
menjanjikan untuk produksi oleokimia dari lignin depolimerisasi [ 70 ].
Meskipun alat rekayasa genetika terbatas membatasi penggunaannya,
analisis multi-omics mengungkap kemampuan metabolik sintesis lipid dan
kemungkinan mekanisme regulasi pada bahan baku yang berbeda, yang
dapat memandu kinerja regangan masa depan pada produksi oleokimia [ 71 ,
72 ].
Sejauh ini telah dibuktikan S. cerevisiae dapat memperluas jangkauan
oleokimia yang dapat diproduksi, dan karena itu merupakan sasis yang siap
digunakan untuk pengembangan sintesis oleokimia baru. Y. lipolytica juga
tampaknya menjadi sasis yang menarik untuk kilang generasi pertama dan
generasi kedua untuk produksi oleokimia karena fluksnya yang lebih tinggi
dari asetil-KoA sitosol menuju sintesis asam lemak. Kapasitas dapat
ditingkatkan lebih lanjut dengan memperkenalkan siklus Calvin untuk
digunakan
BERSAMA 2 sebagai akseptor elektron, seperti yang sebelumnya digunakan untuk
meningkatkan produksi etanol dan hasil dengan car-
konversi bon dan konversi energi dalam S. cerevisiae
[ 64 , 65 ]. Selain itu, jalur PP sangat terlibat dengan jalur pemanfaatan
senyawa xilosa dan C1, dan studi sebelumnya menemukan bahwa ekspresi
berlebih dari enzim PP non-oksidatif untuk memastikan kumpulan
ribulosa-5-fosfat yang mencukupi diperlukan untuk implementasi siklus
Calvin. [ 65 ]. Oleh karena itu, rekayasa jalur PP untuk menyeimbangkan
fluks karbon dan energi diinginkan untuk produksi oleokimia pada bahan
baku generasi ke-2 dan generasi ke-3.
Pernyataan konflik kepentingan
Tidak ada yang diumumkan.
Ucapan Terima Kasih
Pekerjaan ini didukung oleh National Natural Science Foundation of China [hibah no. 21908004,
2019; 21808008, 2018]; Dana Penelitian Fundamental untuk Universitas Pusat [hibah no.
buctrc201801, 2018], Novo Nordisk Foundation [NNF10CC1016517], dan Knut and Alice
Wallenberg Foundation.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34
32 Bioteknologi energi

18. Zhu Z, Hu Y, Teixeira PG, Pereira R, Chen Y, Siewers V, Nielsen J:

Referensi dan bacaan yang direkomendasikan
Rekayasa multidimensi Saccharomyces cerevisiae
Makalah dengan minat tertentu, yang diterbitkan dalam periode tinjauan, telah disorot
untuk sintesis asam lemak rantai menengah yang efisien. Nat Catal
sebagai:
2020, 3: 64-74
Dengan rekayasa rasional FAS dan evolusi terarah melawan toksisitas produk, produksi MCFA
minat khusus
ditingkatkan menjadi 2,87 g / L, dan ini merupakan titer tertinggi yang dilaporkan pada mikroba
bunga yang luar biasa
eukariotik.

1. Yaguchi A, Spagnuolo M, Blenner M: Ragi rekayasa untuk 19. Hu Y, Zhu Z, Gradischnig D, Winkler M, Nielsen J, Siewers V:
pemanfaatan bahan baku alternatif. Curr Opin Biotechnol 2018, Rekayasa reduktase asam karboksilat untuk sintesis selektif alkohol lemak rantai
53: 122-129. menengah dalam ragi. Proc Natl Acad Sci AS
SEBUAH 2020, 117: 22974-22983.

2. Yan Q, P fl eger BF: Meninjau kembali strategi rekayasa metabolik untuk sintesis
mikroba oleokimia. Metab Eng 2020, 20. Liu Z, Wang K, Chen Y, Tan T, Nielsen J: Generasi ketiga
58: 35-46. biorefine sebagai alat untuk menghasilkan bahan bakar dan bahan kimia
dari CO 2. Nat Catal 2020, 3: 274-288.
3. Alishah Aratboni H, Rafi ei N, Garcia-Granados R, Alemzadeh A,
JR Morones-Ramirez: Strategi induksi biomassa dan lipid pada mikroalga untuk 21. Zhao Z, Xian M, Liu M, Zhao G: Rute biokimia untuk penyerapan
produksi biofuel dan aplikasi lainnya. dan konversi xilosa oleh mikroorganisme. Biotechnol
Fakta Sel Mikrob 2019, 18: 178. Biofuel 2020, 13: 21.

4. Sun T, Li S, Lagu X, Diao J, Chen L, Zhang W: Kotak alat untuk 22. Ryu S, CT Trinh: Memahami peran fungsional native
cyanobacteria: kemajuan terkini dan arah masa depan. transporter pentosa-spesifik untuk mengaktifkan metabolisme pentosa yang tidak aktif di Yarrowia
Biotechnol Adv 2018, 36: 1293-1307. Lazar Z, Liu N, Stephanopoulos G: Pendekatan lipolytica. Mikrobiol Lingkungan Appl 2018,
84
5. holistik dalam lipid Para penulis mengungkapkan pemahaman mendasar tentang metabolisme pentosa yang tidak
produksi oleh Yarrowia lipolytica. Tren Biotechnol 2018, aktif Yarrowia lipolytica, yang memandu rekayasa metabolisme masa depan untuk produksi
36: 1157-1170. oleokimia pada bahan baku generasi ke-2.

6. Kamineni A, Shaw J: Rekayasa produksi triasilgliserol dari gula dalam ragi oleaginous. Curr
Opin Biotechnol 2020,
62: 239-247.
7. Spagnuolo M, Yaguchi A, Blenner M: Ragi berminyak untuk
produksi biofuel dan oleokimia. Curr Opin Biotechnol
2019, 57: 73-81.
8. Sreeharsha RV, Mohan SV: Ragi oleaginous yang tidak jelas namun menjanjikan untuk
bahan bakar dan produksi kimia. Tren Biotechnol
2020, 38: 873-887.
9. Park YK, Nicaud JM, Ledesma-Amaro R: Teknik
potensi Rhodosporidium toruloides sebagai pekerja keras untuk aplikasi bioteknologi. Tren
Biotechnol 2018, 36: 304-
317.
10. Gemperlein K, Dietrich D, Kohlstedt M, Zipf G, Bernauer HS,
Wittmann C, Wenzel SC, Muller R: Lemak tak jenuh ganda
produksi asam oleh Yarrowia lipolytica menggunakan sintase PUFA myxobacterial yang
dirancang. Nat Commun 2019,
10: 4055.
11. Bergenholm D, Gossing M, Wei Y, Siewers V, Nielsen J:
Modulasi saturasi dan panjang rantai asam lemak dalam
Saccharomyces cerevisiae untuk produksi seperti mentega kakao
lemak. Biotechnol Bioeng 2018, 115: 932-942.
12. Zhou YJ, Hu Y, Zhu Z, Siewers V, Nielsen J: Rekayasa 1-alkena
biosintesis dan sekresi dengan regulasi dinamis dalam ragi.
ACS Synth berbagai 2018, 7: 584-590.
13. Zhang Y, Nielsen J, Liu Z: Rekayasa metabolik
Saccharomyces cerevisiae untuk produksi turunan asam lemak
hidrokarbon. Biotechnol Bioeng 2018, 115: 2139-2147.
14. Liu Y, Liu Q, Krivoruchko A, Khoomrung S, Nielsen J: Teknik
metabolisme fosfolipid ragi untuk produksi oleoylethanolamide de novo. Nat Chem
berbagai 2020, 16: 197-
205.
15. Wenning L, Ejsing CS, David F, Sprenger RR, Nielsen J, Siewers V:
Meningkatkan produksi wax ester seperti jojoba di
Saccharomyces cerevisiae dengan meningkatkan sintesis asam lemak tak jenuh
tunggal rantai panjang. Fakta Sel Mikrob 2019,
18: 49.
16. ER Marella, Dahlin J, MI Dam, Ter Horst J, Christensen HB,
Sudarsan S, Wang G, Holkenbrink C, Borodina I: Tunggal-
proses fermentasi inang untuk produksi lakton rasa dari asam lemak non-hidroksilasi. Metab
Eng 2020,
61: 427-436.
23. MOBIL Kapas, Claassens NJ, Benito-Vaquerizo S, Bar-Even A:
Metanol terbarukan dan format sebagai bahan baku mikroba.
Curr Opin Biotechnol 2020, 62: 168-180.
24. Hu Y, Zhu Z, Nielsen J, Siewers V: Teknik Saccharomyces
cerevisiae sel untuk produksi biofuel yang diturunkan dari asam lemak
dan bahan kimia. Buka Biol 2019, 9 190049.
25. Abdel-Mawgoud AM, Markham KA, Palmer CM, Liu N,
Stephanopoulos G, Alper HS: Rekayasa metabolik dalam inang
Yarrowia lipolytica. Metab Eng 2018, 50: 192-208.
26. Yu T, Zhou YJ, Huang M, Liu Q, Pereira R, David F, Nielsen J:
Pemrograman ulang metabolisme ragi dari fermentasi alkohol ke lipogenesis. Sel 2018,
174: 1549-1558 e14
Para penulis pertama kali mendemonstrasikan Sacharomyces cerevisiae rekayasa dari fermentasi
alkohol ke lipogenesis, dan melaporkan produksi asam lemak bebas tingkat tinggi sebesar 33,4 g /
L.
27. Donzella S, Cucchetti D, Capusoni C, Rizzi A, Galafassi S,
Chiara G, Compagno C: Rekayasa sintesis asetil-KoA sitoplasma memisahkan produksi
lipid dari kelaparan nitrogen dalam ragi oleaginous Rhodosporidium azoricum. Sel
mikrob
Fakta 2019, 18: 199.
28. Yang X, Sun W, Shen H, Zhang S, Jiao X, Zhao ZK: Ekspresi dari
fosfotransasetilase dalam Rhodosporidium toruloides mengarah ke peningkatan
pertumbuhan sel dan produksi lipid. RSC Adv 2018,
8: 24673-24678.
29. Marella ER, Holkenbrink C, Siewers V, Borodina I: Teknik
Metabolisme asam lemak mikroba untuk biofuel dan biokimia.
Curr Opin Biotechnol 2018, 50: 39-46.
30. Xu P, Qiao KJ, Ahn WS, Stephanopoulos G: Teknik
Yarrowia lipolytica sebagai platform untuk sintesis bahan bakar transportasi drop-in dan
oleokimia. Proc Natl Acad Sci AS
SEBUAH 2016, 113: 10848-10853
Yarrowia lipolytica direkayasa untuk produksi lipid, FAEE, alkana, alkohol berlemak, dan asam
lemak, yang menunjukkan potensi besarnya dalam produksi oleokimia.
31. Qiao K, Wasylenko TM, Zhou K, Xu P, Stephanopoulos G: Lipid
produksi di Yarrowia lipolytica dimaksimalkan dengan teknik
metabolisme redoks sitosol. Nat Biotechnol 2017, 35: 173-177
Makalah ini mencapai titer lipid 98,9 g / L dan hasil yang hampir teoritis melalui optimalisasi
pasokan asetil-KoA sitosol dan pasokan NADPH.
32. Xu P, Qiao K, Stephanopoulos G: Rekayasa stres oksidatif
jalur pertahanan untuk membangun platform produksi lipid yang kuat
di Yarrowia lipolytica. Biotechnol Bioeng 2017, 114: 1521-1530.

17. Liu K, Li S: Biosintesis hidrokarbon yang diturunkan dari asam lemak: 33. Singh K, Graf B, Linden A, Sautner V, Urlaub H, Tittmann K,
perspektif tentang enzim dan rekayasa enzim. Curr Stark H, Chari A: Penemuan subunit peraturan ragi
Opin Biotechnol 2020, 62: 7-14. sintase asam lemak. Sel 2020, 180: 1130-1143 e20.

Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34 www.sciencedirect.com


34. Zhu Z, Zhou YJ, Krivoruchko A, Grininger M, Zhao ZK, Nielsen J:
Memperluas portofolio produk asam lemak tipe I jamur
sintase. Nat Chem berbagai 2017, 13: 360-362.
35. Gajewski J, Pavlovic R, Fischer M, Boles E, Grininger M:
Rekayasa sintesis asam lemak jamur de novo untuk rantai pendek
produksi asam lemak. Nat Commun 2017, 8: 14650.
36. Yu T, Zhou YJ, Wenning L, Liu Q, Krivoruchko A, Siewers V,
Nielsen J, David F: Rekayasa metabolik Saccharomyces cerevisiae untuk produksi
turunan asam lemak rantai sangat panjang
bahan kimia. Nat Commun 2017, 8: 15587.
37. Ferreira R, Teixeira PG, Siewers V, Nielsen J: Pengalihan lipid
Fluks terhadap fosfolipid dalam ragi meningkatkan asam lemak
pergantian dan sekresi. Proc Natl Acad Sci AS 2018,
115: 1262-1267
Para penulis menyederhanakan metabolisme lipid Saccharomyces cerevisiae dengan regulasi umpan
balik yang berkurang dan fluks karbon yang dialihkan ke asam lemak bebas dan fosfolipid,
memberikan wawasan tentang biorefine berbasis ragi untuk produksi oleokimia.
38. Hu Y, Zhu Z, Nielsen J, Siewers V: Transporter heterolog
ekspresi untuk peningkatan sekresi alkohol berlemak dalam ragi.
Metab Eng 2018, 45: 51-58.
39. Kwak S, Jo JH, Yun EJ, Jin YS, Seo JH: Produksi biofuel
dan bahan kimia dari xylose menggunakan ragi asli dan rekayasa
strain. Biotechnol Adv 2019, 37: 271-283.
40. Guo W, Sheng J, Zhao H, Feng X: Rekayasa metabolik
Saccharomyces cerevisiae untuk menghasilkan 1-hexadecanol dari
xilosa. Fakta Sel Mikrob 2016, 15: 24.
41. Ryu S, Hipp J, Trinh CT: Mengaktifkan dan menjelaskan metabolisme
gula kompleks di Yarrowia lipolytica. Mikrobiol Lingkungan Appl
2016, 82: 1334-1345.
42. Rodriguez GM, Hussain MS, Gambill L, Gao D, Yaguchi A,
Blenner M: Rekayasa pemanfaatan xilosa di Yarrowia lipolytica
dengan memahami jalur xilosa samar-samar nya. Biotechnol
Biofuel 2016, 9: 149.
43. Li H, Alper HS: Mengaktifkan pemanfaatan xilosa di Yarrowia lipolytica
untuk produksi lipid. Biotechnol J 2016, 11: 1230-1240.
44. Ledesma-Amaro R, Lazar Z, Rakicka M, Guo Z, Fouchard F,
Coq AC, Nicaud JM: Rekayasa metabolik Yarrowia lipolytica untuk menghasilkan bahan
kimia dan bahan bakar dari xilosa. Metab
Eng 2016, 38: 115-124.
45. Niehus X, Crutz-Le Coq AM, Sandoval G, Nicaud JM, Ledesma-
Amaro R: Teknik Yarrowia lipolytica untuk meningkatkan produksi lipid dari bahan
lignoselulosa. Biofuel Biotechnol
2018, 11: 11.
46. Li H, Alper HS: Memproduksi biokimia di Yarrowia lipolytica
dari xilosa melalui pendekatan kawin regangan. Biotechnol J
2020, 15 1900304.
47. Lopes HJS, Bonturi N, Kerkhoven EJ, Miranda EA, Lahtvee PJ: C /
Rasio N dan produksi lemak bergantung pada sumber karbon yang masuk Rhodotorula
toruloides. Appl Microbiol Biotechnol
2020, 104: 2639-2649.
48. Koivuranta K, Castillo S, Jouhten P, Ruohonen L, Penttila M,
Wiebe MG: Meningkatkan produksi triasilgliserol dengan modifikasi genetika Trichosporon
oleaginosus. Depan
Mikrobiol 2018, 9: 1337.
49. Tiukova IA, Brandenburg J, Blomqvist J, Sampels S, Mikkelsen N,
Skaugen M, Arntzen MO, Nielsen J, Sandgren M, Kerkhoven EJ:
Analisis proteome dari metabolisme xilosa di Rhodotorula toruloides selama produksi
lipid. Biofuel Biotechnol 2019,
12: 137
Penulis melakukan analisis komparatif Rhodotorula toruloides
pada glukosa dan xilosa, dan data proteomik sangat berharga untuk pengembangan produksi
oleokimia pada xilosa di masa depan.
50. Li X, Chen Y, Nielsen J: Memanfaatkan jalur xylose untuk biofuel
produksi. Curr Opin Biotechnol 2019, 57: 56-65.
51. Lee M, Rozeboom HJ, Keuning E, de Waal P, Janssen DB:
Evolusi terarah berbasis struktur meningkat S. cerevisiae
pertumbuhan xilosa dengan mempengaruhi kinerja enzim in vivo.
Biofuel Biotechnol 2020, 13: 5.
www.sciencedirect.com
Produksi oleokimia dalam ragi Zhang, Nielsen dan Liu 33
52. de Paula RG, Antonieto ACC, Ribeiro LFC, Srivastava N,
O'Donovan A, Mishra PK, Gupta VK, Silva RN: Direkayasa
seleksi inang mikroba untuk bioproduk bernilai tambah dari
lignoselulosa. Biotechnol Adv 2019, 37 107347.
53. Lane S, Dong J, Jin YS: Biotransformasi nilai tambah dari
gula selulosa dengan rekayasa Saccharomyces cerevisiae.
Technol Bioresour 2018, 260: 380-394.
54. Gao M, Ploessl D, Shao Z: Meningkatkan pemanfaatan bersama
gula campuran yang diturunkan dari biomassa oleh ragi. Microbiol depan 2018,
9: 3264.
55. Wang X, Yang J, Yang S, Jiang Y: Mengurai dasar genetik
konsumsi cepat l-arabinose di atas xylosefermenting rekombinan Saccharomyces
cerevisiae. Biotechnol Bioeng
2019, 116: 283-293.
56. Zhang W, Lagu M, Yang Q, Dai Z, Zhang S, Xin F, Dong W, Ma J,
Jiang M: Kemajuan saat ini dalam biokonversi metanol menjadi
bahan kimia. Biofuel Biotechnol 2018, 11: 260.
57. Cotton CA, Edlich-Muth C, Bar-Even A: Memperkuat karbon
fiksasi: CO 2 pengurangan menggantikan dan mendukung
karboksilasi. Curr Opin Biotechnol 2018, 49: 49-56.
58. Pena DA, Gasser B, Zanghellini J, Steiger MG, Mattanovich D:
Rekayasa metabolik Pichia pastoris. Metab Eng 2018,
50: 2-15.
59. Zhou YJ, Buijs NA, Zhu Z, Gomez DO, Boonsombuti A, Siewers V,
Nielsen J: Memanfaatkan ragi peroksisom untuk biosintesis biofuel yang diturunkan
dari asam lemak dan bahan kimia dengan kompetisi jalur samping yang lega. J Am
Chem Soc 2016, 138: 15368-
15377.
60. Gassler T, Sauer M, Gasser B, Egermeier M, Troyer C,
Causon T, Hann S, Mattanovich D, Steiger MG: Industri
ragi Pichia pastoris diubah dari heterotrof menjadi autotrof yang mampu tumbuh pada
CO 2. Nat Biotechnol 2020,
38: 210-216
Untuk pertama kalinya Pichia pastoris direkayasa untuk tumbuh di atas CO 2 sebagai satu-satunya sumber
karbon dengan metanol sebagai sumber energi, dengan menggantinya
jalur asimilasi metanol dengan siklus Calvin – Benson-Bassham.
61. Wang L dkk .: Multipleks yang dimediasi CRISPR-Cas9 yang efisien
pengeditan genom dalam ragi. Biofuel Biotechnol 2018, 11: 277.
62. Dai Z, Gu H, Zhang S, Xin F, Zhang W, Dong W, Ma J, Jia H,
JiangM: Strategi konstruksi metabolik untuk pemanfaatan metanol langsung di Saccharomyces
cerevisiae. Technol Bioresour
2017, 245: 1407-1412.
63. Vartiainen E, Blomberg P, Ilmen M, Andberg M, Toivari M,
Penttila M: Evaluasi jalur asimilasi formaldehida dan metanol sintetik pada PT Yarrowia
lipolytica. Berbagai jamur
Biotechnol 2019, 6: 27.
64. Xia PF, Zhang GC, Walker B, Seo SO, Kwak S, Liu JJ, Kim H,
Ort DR, Wang SG, Jin YS: Daur ulang karbon dioksida selama fermentasi xilosa
dengan direkayasa Saccharomyces
cerevisiae. ACS Synth berbagai 2017, 6: 276-283.
65. Papapetridis I, Goudriaan M, Vazquez Vitali M, de Keijzer NA, van
den Broek M, van Maris AJA, Pronk JT: Mengoptimalkan
laju pertumbuhan anaerobik dan kinetika fermentasi dalam
Saccharomyces cerevisiae strain yang mengekspresikan enzim siklus Calvin untuk
meningkatkan hasil etanol. Biofuel Biotechnol 2018,
11: 17.
66. Gonzalez de la Cruz J, Machens F, Messerschmidt K, Bar-Even A:
Katalisis inti dari jalur glisin reduktif ditunjukkan
dalam ragi. ACS Synth berbagai 2019, 8: 911-917.
67. Claassens NJ, MOBIL Katun, Kopljar D, Bar-Even A: Membuat
pengertian kuantitatif dari produksi elektromikroba. Nat Catal
2019, 2: 437-447.
68. Xie D, Miller E, Sharpe P, Jackson E, Zhu Q: Produksi Omega-3
dengan fermentasi Yarrowia lipolytica: dari fed-batch ke
kontinu. Biotechnol Bioeng 2017, 114: 798-812.
69. Ji XJ, Ledesma-Amaro R: Bioteknologi lipid mikroba untuk
menghasilkan asam lemak tak jenuh ganda. Tren Biotechnol 2020,
38: 832-834.
Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34
34 Bioteknologi energi

70. Yaguchi A, Robinson A, Mihealsick E, Blenner M: Metabolisme produksi di Yarrowia lipolytica oleh metabolisme skala genom
aromatik oleh Trichosporon oleaginosus saat tersisa pemodelan. Biofuel Biotechnol 2019, 12: 187.
berminyak. Fakta Sel Mikrob 2017, 16: 206.
72. Dahlin J dkk .: Analisis multi-omics produksi alkohol berlemak
71. KimM, Park BG, KimEJ, Kim J, KimBG: Identifikasi in silico dalam ragi yang direkayasa Saccharomyces cerevisiae dan Yarrowia
strategi rekayasa metabolik untuk meningkatkan lipid lipolytica. Genet Depan 2019, 10: 747.

Opini Saat Ini di Bioteknologi 2021, 67: 26–34 www.sciencedirect.com