Nama : Irene Dhealista

NPM : 200110190238
Kelas :E
Mikrobiologi

RANGKUMAN METABOLISME MIKROORGANISME (CHAPTER 5)

A. Metabolisme

Metabolisme adalah penumpukan dan pemecahan nutrisi dalam sel. Reaksi kimia ini
memberikan energi dan menciptakan zat yang menopang kehidupan. Dua hal yang
terpenting dalam metabolisme adalah enzim dan molekul adenosine triphosphate (ATP).
Enzim mengkatalisasi reaksi untuk molekul tertentu yang disebut substrat. Selama reaksi
enzimatik, substrat adalah diubah menjadi zat baru yang disebut produk. Enzim, yang
umumnya protein, memerlukan molekul nonprotein lain yang disebut kofaktor untuk
bekerja. Kofaktor anorganik termasuk ion logam. Kofaktor organik, atau koenzim,
termasuk pembawa elektron FAD, NAD + dan NADP +. Tanpa energi, reaksi tertentu tidak
akan pernah terjadi, sekalipun enzim hadir. Adenosine triphosphate (ATP) adalah molekul
yang digunakan sel untuk mengatur kebutuhan energi. Jika suatu reaksi menghasilkan
energi berlebih, beberapa dapat ditangkap dalam bentuk obligasi ATP. Sel kemudian dapat
merusaknya menggunakan energi yang dilepaskan untuk memicu reaksi lainnya. Energi
dilepaskan ketika terminal fosfat terbelah dari ATP. Metabolisme dikategorikan menjadi
dua jenis jalur yaitu katabolik dan anabolik. Jalur katabolik memecah makromolekul
menjadi bagian komponen yang sederhana, melepaskan energi dalam proses. Jalur anabolik
membangun makromolekul dengan menggabungkan molekul yang lebih sederhana,
menggunakan energi dalam prosesnya. Bisa disimpulkan, jalur katabolik dan anabolik
dihubungkan oleh energi. Reaksi katabolik menyediakan energi yang dibutuhkan untuk
reaksi anabolik.

Keuntungan dari metabolism mikroorganisme, sebagai berikut.

 Siklus Nitrogen: Nitrogen adalah komponen terpenting dalam protein, DNA dan RNA,
dan klorofil tanaman. Tanpa mikroba, akan ada sedikit nitrogen yang tersedia untuk
 sebagian besar bentuk kehidupan. Bakteri tertentu (seperti Rhizobium ini, dalam nodul
akar kedelai) pada tanah mengubah nitrogen dari atmosfer menjadi bentuk kehidupan lain
yang dapat digunakan.
 Pengolahan limbah: Terkontaminasi air melalui berbagai proses biologis di fasilitas
pengolahan limbah. Banyak bakteri didalam proses ini, termasuk beberapa spesies
cyanobacteria berperan dalam menghilangkan bahan organic berbahaya.
 Minuman dan makanan: Berbagai bakteri dan ragi (seperti Saccharomyces cerevisiae)
melakukan reaksi katabolik yang disebut fermentasi. Bir, anggur, dan makanan seperti
keju, yogurt, acar, asinan kubis, dan kecap menggunakan metabolisme mikroba sebagai
bagian penting dari produksi.
 Obat-obatan: Industri farmasi menggunakan berbagai bakteri dan jamur dalam produksi
antibiotik, seperti penisilin, (berasal dari jamur Penicillium). Bacitracin, erythromycin,
dan perawatan lainnya seperti vaksin, vitamin, dan enzim juga dihasilkan dari
metabolism mikroba.

B. Reaksi katabolik dan anabolik

Metabolisme dapat dibagi menjadi dua kelas reaksi kimia: reaksi yang melepaskan energi
dan reaksi yang membutuhkan energi. Dalam sel hidup, reaksi kimia yang diatur enzim
pelepasan energi umumnya terlibat dalam katabolisme, yang merupakan pemecahan
senyawa organik kompleks menjadi lebih sederhana. Reaksi ini disebut reaksi katabolik,
atau degradatif. Reaksi katabolik pada umumnya adalah reaksi hidrolitik (Reaksi yang
menggunakan air dan di mana ikatan kimia rusak) , dan mereka eksergonik (menghasilkan
lebih banyak energi daripada memakai energi). Contoh katabolisme terjadi ketika sel gula
pecah menjadi karbon dioksida dan air.

Reaksi yang membutuhkan energi diatur enzim yang sebagian besar terlibat dalam
anabolisme. Anabolik adalah pembangunan molekul organik kompleks dari yang lebih
sederhana. Proses anabolik sering melibatkan reaksi dehidrasi sintetis (reaksi yang
melepaskan air), dan endergonik (mengkonsumsi lebih banyak energi daripada yang
menghasilkan). Contoh proses anabolik adalah pembentukan protein dari asam amino, asam
 nukleat dari nukleotida, dan polisakarida dari gula sederhana. Reaksi biosintetik ini
menghasilkan bahan untuk pertumbuhan sel.

ATP menyimpan energi yang berasal dari reaksi katabolik dan melepaskannya nanti untuk
mendorong reaksi anabolik dan melakukan pekerjaan seluler lainnya. Molekul ATP terdiri dari
adenin, ribosa, dan tiga gugus fosfat. Ketika kelompok fosfat dipisahkan dari ATP, adenosin
difosfat (ADP) terbentuk, dan energi dilepaskan untuk menggerakkan reaksi anabolik.

Peran ATP dalam penggabungan reaksi anabolik dan katabolic. Ketika molekul kompleks
terbelah (katabolisme), beberapa energi ditransfer ke ATP dan terperangkap dalam ATP, dan
sisanya diberikan dalam keadaan mati karena panas. Ketika molekul sederhana digabungkan
membentuk molekul kompleks (anabolisme), ATP menyediakan energi untuk sintesis, dan
sebagian energi dilepaskan sebagai panas. Reaksi anabolik digabungkan dengan pemecahan
ATP, dan reaksi katabolik digabungkan dengan sintesis ATP.

C. Enzim
1. Teori Tabrakan

Reaksi kimia terjadi ketika ikatan kimia terbentuk atau rusak. Agar reaksi berlangsung,
atom, ion, atau molekul harus berbenturan. Teori tabrakan menjelaskan bagaimana reaksi
kimia terjadi dan bagaimana faktor-faktor tertentu mempengaruhi laju reaksi tersebut.
Dasar dari teori tabrakan adalah bahwa semua atom, ion, dan molekul terus bergerak dan
bertabrakan satu sama lain. Beberapa faktor yang menentukan apakah tabrakan akan
menyebabkan reaksi kimia: kecepatan partikel bertabrakan, energinya, dan konfigurasi
kimianya. Hingga titik tertentu, semakin tinggi kecepatan partikel, semakin besar
kemungkinan tumbukan mereka akan menyebabkan reaksi.

2. Enzim dan reaksi kimia

Zat yang dapat mempercepat reaksi kimia tanpa secara permanen diubah sendiri disebut
katalis. Di sel-sel hidup, enzim berfungsi sebagai katalis biologis. Sebagai katalis,
masing-masing enzim bekerja pada zat tertentu, yang disebut enzim substrat (atau
substrat, ketika ada dua atau lebih reaktan) dan masing-masing mengkatalisis hanya satu
 reaksi. Misalnya, sukrosa adalah substrat dari sukrase enzim, yang mengkatalisis
hidrolisis sukrosa untuk glukosa dan fruktosa. Sebagai katalis, enzim mempercepat reaksi
kimia biasanya dengan menurunkan energi aktivasi mereka

3. Kekhususan dan efisiensi enzim

Enzim memiliki kekhususan untuk substrat tertentu. Sebagai contoh, enzim tertentu
mungkin dapat menghidrolisis ikatan peptida hanya antara dua asam amino tertentu.
Enzim lain dapat menghidrolisis pati tetapi tidak selulosa; meskipun kedua pati dan
selulosa adalah polisakarida yang terdiri dari subunit glukosa, orientasi dari subunit
dalam dua polisakarida berbeda. Enzim sangat efisien. Dalam kondisi optimum, mereka
dapat mengkatalisis reaksi (hingga 10 miliar kali) lebih tinggi dibandingkan reaksi yang
sebanding tanpa enzim.

4. Penamaan enzim

Nama-nama enzim biasanya berakhir di ase. Semua enzim dapat dikelompokkan menjadi
enam kelas, sesuai dengan jenis reaksi kimia yang dikatalisasi. Kelas diberi nama sesuai
dengan jenis reaksi yang membantu lebih spesifik. Sebagai contoh, oksidoreduktase
adalah kelas yang terlibat dengan reaksi oksidasi-reduksi. Enzim dalam kelas
oksidoreduktase yang menghapus hidrogen (H) dari substrat yang disebut
dehydrogenases; sesuatu yang menambahkan elektron ke molekul oksigen (O2) disebut
oksidase.

5. Komponen Enzim

Beberapa enzim terdiri dari protein, sebagian besar terdiri dari bagian protein, yang
disebut apoenzyme, dan komponen nonprotein, yang disebut kofaktor. Ion besi, seng,
magnesium, atau kalsium adalah contoh kofaktor. Jika kofaktor adalah molekul organik,
itu disebut koenzim. sedangkan, apoenzim tidak aktif sendiri; mereka harus diaktifkan
oleh kofaktor. Bersama-sama, apoenzyme dan kofaktor membentuk holoenzyme, atau
keseluruhan, enzim aktif. Koenzim dapat membantu enzim dengan menerima atom yang
dikeluarkan dari substrat atau dengan menyumbangkan atom yang dibutuhkan oleh
substrat.
 6. Faktor - faktor yang mempengaruhi sistem enzimatik
o Temperatur
o pH
o Konsentrasi substrat,
o Ada atau tidak adanya inhibitor

7. Umpan Balik Penghambatan

Penghambatan umpan balik umumnya bekerja pada enzim pertama dalam jalur
metabolisme (mirip dengan mematikan jalur perakitan dengan menghentikan pekerja
pertama). Karena enzim dihambat, produk dari reaksi enzimatik pertama di jalur tidak
disintesis. Karena produk yang tidak disintesis biasanya akan menjadi substrat untuk
enzim kedua di jalur, reaksi kedua segera berhenti juga. Bakteri E. coli dapat digunakan
untuk menunjukkan umpan balik penghambatan dalam sintesis dari isoleusin asam
amino, yang
diperlukan untuk pertumbuhan sel.
8. Ribozim
Peneliti yang bekerja pada mikroba menemukan jenis RNA unik yang disebut ribozyme.
Seperti enzim protein, ribozim berfungsi sebagai katalis, memiliki situs aktif yang
berikatan dengan substrat, dan tidak digunakan dalam reaksi kimia. Ribozim memotong
dan membelah RNA dan terlibat dalam sintesis protein pada ribosom

D. Produksi Energi
1. Reaksi Oksidasi dan Reduksi

Oksidasi adalah penghilangan elektron (e−) dari atom atau molekul, suatu reaksi yang
sering menghasilkan energi.contoh oksidasi di mana molekul A kehilangan elektron ke
molekul B. Molekul A telah mengalami oksidasi (artinya telah kehilangan satu atau lebih
elektron), sedangkan molekul B telah mengalami reduksi (artinya telah memperoleh satu
atau lebih elektron). Reaksi oksidasi dan reduksi selalu digabungkan setiap kali satu zat
teroksidasi, yang lain berkurang secara bersamaan. Pasangan reaksi ini disebut reaksi
redoks.
 2. Generasi ATP
o Fosforilasi Tingkat-Substrat
Dalam fosforilasi tingkat-substrat, ATP biasanya dihasilkan ketika P berenergi
tinggi langsung ditransfer dari senyawa terfosforilasi (substrat) ke ADP.
o Fosforilasi oksidati
Dalam fosforilasi oksidatif, elektron ditransfer dari senyawa organik ke satu
kelompok pembawa elektron (biasanya ke NAD + dan FAD).
o Fotofosforilasi
Mekanisme ketiga fosforilasi, fotofosforilasi, hanya terjadi pada sel fotosintesis,
yang mengandung pigmen penangkap cahaya seperti klorofil.

3. Jalur Metabolik dari Produksi Energi

Serangkaian reaksi kimia yang dikatalisis secara enzimatik disebut jalur metabolisme
menyimpan energi dan melepaskan energi dari organik molekul. Jika energi dilepaskan
sekaligus sebagai sejumlah besar panas itu tidak dapat dengan mudah digunakan untuk
mendorong reaksi kimia dan pada kenyataannya, akan merusak sel.

E. Karbohidrat Katabolisme
Sebagian besar mikroorganisme mengoksidasi karbohidrat sebagai yang utama sumber
energi sel. Untuk menghasilkan energi dari glukosa, mikroorganisme menggunakan dua
proses umum: respirasi sel dan fermentasi. Dimana respirasi, gula benar-benar dipecah,
dan fermentasi, gula sebagian dipecah.
1. Glikolisis

Jalur paling umum untuk oksidasi glukosa adalah glikolisis. Asam piruvat adalah hasil
akhir dari jalur ini. Glikolisis menghasilkan dua molekul ATP dan dua NADH dari satu
molekul glukosa.

2. Jalur Tambahan Glukosa

 Banyak bakteri memiliki jalur lain selain glikolisis untuk oksidasi glukosa. Alternatif
yang paling umum adalah jalur pentosa fosfat; alternatif lain adalah Jalur Entner-
Doudoroff.

o Jalur pentosa fosfat (atau pirau heksosa monofosfat)

Beroperasi secara bersamaan dengan glikolisis dan menyediakan sarana untuk
pemecahan gula lima karbon (pentosa) juga glukosa.
o Jalur Entner-Doudoroff.
Dari setiap molekul glukosa, jalur Entner-Doudoroff menghasilkan satu NADPH,
satu NADH, dan satu ATP untuk digunakan dalam seluler Reaksi biosintetik.
Bakteri yang memiliki enzim untuk jalur Entner-Doudoroff dapat memetabolisme
glukosa tanpa baik glikolisis atau jalur pentosa fosfat.

3. Respirasi Seluler

Setelah glukosa dipecah menjadi asam piruvat, asam piruvat disalurkan ke langkah
selanjutnya dari fermentasi atau respirasi seluler. Respirasi seluler, atau hanya respirasi,
didefinisikan sebagai proses yang menghasilkan ATP di mana molekul teroksidasi dan
akseptor elektron akhir berasal dari luar sel dan (hampir selalu) anorganik molekul. Fitur
penting dari pernapasan adalah operasi dari rantai transpor elektron. Ada dua jenis
pernapasan, tergantung pada apakah suatu organisme adalah aerob dan anaerob. Respirasi
Aerob adalah reaksi yang menggunakan oksigen, sedangkan anaerob adalah reaksi yang
tidak menggunakan oksigen dan bahkan bisa dibunuh olehnya. Secara respirasi aerob,
akseptor elektron terakhir adalah O2, sedangkan dalam respirasi anaerob, akseptor
elektron terakhir adalah molekul anorganik selain O2 atau, jarang, molekul organik.

4. Fermentasi

Fermentasi didefinisikan sebagai proses itu melepaskan energi dari gula atau molekul
organik lainnya, tidak memerlukan oksigen (tetapi dapat terjadi di hadapanny), tidak
memerlukan penggunaan siklus Krebs atau elektron rantai transportasi, menggunakan
molekul organik yang disintesis dalam sel sebagai akseptor elektron akhir. Fermentasi
hanya menghasilkan sejumlah kecil ATP (hanya satu atau dua molekul ATP untuk setiap
 molekul bahan awal) karena banyak energi asli dalam glukosa tetap masuk ikatan kimia
dari produk akhir organik, seperti laktat asam atau etanol.

F. Katabolisme Lipid dan Protein

Lipase menghidrolisis lemak menjadi gliserol dan asam lemak. Asam lemak dan
hidrokarbon lainnya dikatabolisme oleh betaoksidasi. Produk katabolik dapat lebih lanjut
diuraikan dalam glikolisis dan siklus Krebs. Sebelum asam amino dapat dikatabolisme,
mereka harus dikonversi menjadi berbagai zat yang memasuki siklus Krebs. Reaksi
transaminasi, dekarboksilasi, dan desulfurisasi ubah asam amino menjadi katabolisasi.

G. Tes Biokimia dan Identifikasi Bakteri

Bakteri dan ragi dapat diidentifikasi dengan cara mendeteksi tindakan mereka enzim. Tes
fermentasi digunakan untuk menentukan apakah suatu organisme dapat memfermentasi
karbohidrat untuk menghasilkan asam dan gas.

H. Fotosintesis

Fotosintesis adalah konversi energi cahaya dari matahari menjadi energi kimia, energi
kimia digunakan untuk karbon fiksasi.

1. Reaksi Ketergantungan Cahaya: Fotofosforilasi

Klorofil digunakan oleh tanaman hijau, alga, dan cyanobacteria. Elektron dari klorofil
melewati elektron rantai transportasi, dari mana ATP diproduksi oleh chemiosmosis.
Sistem foto terdiri dari klorofil dan pigmen lainnya dikemas ke dalam membran
tilakoid. Dalam fotofosforilasi siklik, elektron kembali ke klorofil. Dalam fotofosforilasi
non-siklik, elektron digunakan untuk itu kurangi NADP +.

2. Reaksi Cahaya-Independen: Siklus Calvin-Benson

CO2 digunakan untuk mensintesis gula dalam siklus Calvin-Benson.

I. Mekanisme Produksi Energi

Sinar matahari dikonversi menjadi energi kimia dalam reaksi oksidasi dibawa oleh
phototrophs. Chemotroph dapat menggunakan bahan kimia ini energi. Dalam reaksi
penghapusan oksidasi, energi diperoleh dari transfer elektron. Untuk menghasilkan energi,
sel membutuhkan donor elektron (organik atau anorganik), sistem pembawa elektron, dan
elektron akhir akseptor (organik atau anorganik).

J. Keanekaragaman Metabolik antar Organisme

Fotoautotrof mendapatkan energi dengan fotofosforilasi dan memperbaikinya karbon dari

CO2 melalui siklus Calvin-Benson untuk mensintesis organic senyawa. Cyanobacteria
adalah fototrof oksigenik. Photoheterotrophs menggunakan cahaya sebagai sumber energi
dan sebuah senyawa organik untuk sumber karbon dan elektronnya penyumbang.
Kemoautotrof menggunakan senyawa anorganik sebagai sumber energinya dan karbon
dioksida sebagai sumber karbonnya. Chemoheterotroph menggunakan molekul organik
kompleks sebagai karbonnya dan sumber energi.

K. Jalur Metabolik Penggunaan Energi

1. Polisakarida Biosintesis
Glikogen terbentuk dari ADPG. UDPNAc adalah bahan awal untuk biosintesis
peptidoglikan.
2. Biosintesis Lipid
Lipid disintesis dari asam lemak dan gliserol. Gliserol berasal dari
dihidroksiaseton fosfat, dan lemak asam dibangun dari asetil CoA.
3. Asam Amino dan Biosintesis Protein
Asam amino diperlukan untuk biosintesis protein. Semua asam amino dapat
disintesis baik secara langsung maupun tidak langsung dari perantara
metabolisme karbohidrat, terutama dari siklus Krebs.
4. Purin dan Pirimidin Biosintesis
 Gula yang menyusun nukleotida berasal dari baik jalur pentosa fosfat atau jalur
Entner-Doudoroff. Atom karbon dan nitrogen dari asam amino tertentu
membentuk tulang punggung purin dan pirimidin.

L. Integrasi Metabolisme
Reaksi anabolik dan katabolik diintegrasikan melalui sekelompok perantara antara. Jalur
metabolisme terintegrasi tersebut disebut sebagai amfibol jalur yang berarti mempunyai
dua tujuan. Jalur Amphibolic menjembatani reaksi yang mengarah pada pemecahan dan
sintesis karbohidrat, lipid, protein,dan nukleotida.