9/23/2020

Struktur Protein

Primary Secondary Tertiary Quaternary

 Struktur Primer

H R O H R O H R O H R O

N C C N C C N C C N C C
H H H H

Rantai peptida yang dihubungkan oleh ikatan amida

(peptida)

1
 9/23/2020

1. Struktur primer adalah struktur dari asam amino yang saling berikatan
dengan asam amino yang lain melalui ikatan peptida.
2. Ikatan yang terjadi dalam pembentukan struktur primer adalah ikatan
kovalen
3. Tiap protein mempunyai komposisi dan urutan residu asam amino
tertentu
4. Polipeptida yang memiliki komposisi dan urutan residu asam amino
tertentu dirujuk sebagai struktur primer protein

Lanjutan Struktur Primer…

Berikan Contoh protein dengan struktur primer !

2
 9/23/2020

Sickle cell anemia

• Replacement of single
glutamine with valine
in one polypeptide
chain of hemoglobin
alters structure and
function

Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry

(International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p301

 Struktur Sekunder

Struktur sekunder ditandai dengan adanya putaran-

putaran/belokan dari rantai peptida. Dengan adanya
putaran ini dapat terjadi interaksi di dalamnya karena
dangat berdekatan, interaksi umumnya ikatan
hidrogen

3
 9/23/2020

 Asam amino yang saling terikat dengan ikatan amida. Gugus amida harus tetap planar
dan dalam konfigurasi trans. Akibatnya: rotasi hanya mungkin pada ikatan-ikatan yang
berhubungan dengan atom Ca.
 Putaran ini bertujuan untuk menghindari halangan sterik yang terjadi
seperti Gambar di bawah

Struktur sekunder ditentukan

oleh ikatan hidrogen

Rotasi sekitar
ikatan

Struktur sekunder protein teridiri atas :

1. a-helix flat (rata/datar/tidak ada gulungan)
2. b-sheet (b-barrel, b-strand)
3. Turn

Penjelasan Struktur Sekunder

4
 9/23/2020

Contoh protein dengan struktur sekunder antara lain :

 Protein filamen
 Protein otot
 Fibrinogen

a-heliks
 Struktur dari a-heliks mirip seperti kabel telefon
 Struktur ini ditopang oleh ikatan hidrogen antara karbonil dari amida yang
satu dengan gugus amina dari amida yang lain.
 Simbol dari a-heliks biasanya ditulis :

Arah helix ada yang searah jarum jam

dan berlawanan jarum jam

5
 9/23/2020

Protein serat
 Protein serat berbentuk seperti filamen yang panjang. Protein serat mayoritas berada dalam
bentuk serat α termasuk protein filamen (terdapat di wool, neuron, kulit), protein otot (miosin,
paramiosin, and tropomiosin, dan fibrinogen
 Rantai protein serat terbentuk dari struktur α-heliks dan distablikan dengan ikatan hidrogen
pararel dengan α-heliks lainnya
 Protein serat pada manusia biasanya merupakan komponen jaringan konektif, tendon, matrik
tulang, ligamen dan serat otot. Bersifat tidak larut dalam air. Protein serat sebagai komponen
jaringan konektif fungsinya membantu menghubungkan 2 jaringan dalam organ tubuh

β-sheet
 Struktur b-sheet struktur terlipat yang terdiri dari polipeptida samping
menyamping yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen
 Struktur b-sheet bersifat fleksibel namun tidak elastis
 Struktunya biasanya disimbolkan seperti tanda panah yang
 menunjukkan arah dari ujung N ke C
 Ada 2 jenis b-sheet yaitu: antipararel dan pararel

6
 9/23/2020

Fibroin
• Strukutur fibroin tersusun atas beta sheet yang berposisi antipararel (Pengulangan struktur sekunder)
• Fibroin terdapat pada jaring laba-laba, sutra.
• Ciri-cirinya bahwa residu asam amino kebanyakan adalah glisin yang berada diantara alanin atau serin.
Urutan seperti ini ternyata menghasilkan sifat serat yang kuat, elastis dan fleksibel.
• Walaupun begitu tidak semua protein fibroin berada dalam bentuk betasheet. Tiap spesies memiliki
struktur fibroin yang berbeda
• Bahan dasar kevlar

 Struktur tersier
Dalam struktur tersier, ikatan yang paling berperan adalah ikatan nonkovalen, seperti ikatan ionik, ikatan hidrogen
(untuk menstabilkan struktur tersier), ikatan hidrofobik (dalam potein globular) dan ikatan disulfida (S-S)
antar residu sistein

• Hasil struktur tersier dibagi menjadi 2 jenis yaitu protein globular dan serat (fibrous)

myoglobin

7
 9/23/2020

Gambar kiri diibaratkan struktur sekuder yaitu heliks sedang gambar kanan
merupakan gabungan struktur sekunder. Dengan demikian merupakan
struktur tersier

Bagian rel roller coaster yang

Keseluruhan lintasan rel roller coaster
mirip Alfa Heliks
(struktur tersier)
(struktur sekunder)

Tertiary structure - disulfide bond

– Covalent bond between

sulfur atoms on two cysteine
amino acids

From: Elliott, WH. Elliott, DC. (1997) Biochemistry

and Molecular Biology. Oxford: Oxford University
Press. p32

8
 9/23/2020

Tertiary structure - ionic bond

• Ions on R
groups form salt
bridges through
ionic bonds

From: Summerlin, LR. (1981) Chemistry for the Life Sciences. New York:
Random House, p459

Tertiary structure - H bond

 H bonds weak allowing to be

broken and reformed easily

Hydrogen bond
 Allows structural change
 Produces ‘functional’ molecules

9
 9/23/2020

Tertiary structure - hydrophobic forces

 Close attraction of non-polar

R groups through dispersion
forces
 Very weak but collective
interactions over large area
stabilise structure
 Repel polar and charged
molecules/particles
Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry
(International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p302

 Struktur kuartener
1. Struktur kuartener merupakan penggabungan dari 2 atau lebih rangkaian polipeptida
2. Ikatan yang berpengaruh terhadap interaksi dalam multimer ini adalah sama dengan pada
struktur sekunder dan tersier yaitu ikatan nonkovalen ikatan hidrogen, vander walls, ikatan ion
bahkan ikatan disulfida
3. Keaktifan dan fungsi biologi dari protein ditentukan oleh struktur kuartener ini namun tidak
semua protein dapat membentuk struktur kusrtener
4. Struktur kuartener dibagi menjadi 2 yaitu :
– Homotypic: bila subunit-subunit identik atau hampir identik Biasanya membentuk molekul simetris
– Heterotypic: bila subunit-subunit berbeda struktur

Struktur kuartener

Simetri-2 (dimer) Simetri-4 (tetramer)

Protein Cro bakteriofaga a hemoglobin

10
 9/23/2020

Ciri-ciri hemoglobin :
1. Struktur protein kuarterner
2. Tersusun dari tetrameric protein
3. Merupakan protein kompleks
(memiliki 4 heme)

Berbentuk Globular-terlihat
secara fisik bulat pipih

Struktur kuarterner di
dalam—tidak terlihat dari luar

Ciri-ciri mioglobin:
1. Struktur protein kuarterner
2. Tersusun dari monomeric protein
3. Merupakan protein kompleks (memiliki 4 heme)

11
 9/23/2020

Penggolongan Protein

Berdasarkan bentuknya, protein dibagi menjadi :

 Protein Fibrous (Serat)
Protein yang terdapat pada hewan, tidak larut dalam
air. Misal : keratin, kolagen, sutra (Fibroin)
 Proterin Globular
Protein yang larut dalam air. Misal : enzim, hormon,
hemoglobin, mioglobin, ovalbumin (pada putih telur)

Berdasarkan bentuknya, protein terdiri dari :

1. Protein fiber/fibrous/fibrosa
Molekul fiber (serat) yang panjang/spiral panjang yang
terikat satu dengan yang lainnya. Sifatnya :
Banyak terdapat dalam protein hewan, tidak larut
dalam air, tahan terhadap enzim proteolitik.

Klasifikasi protein fiber (serat) :

 Kolagen,
 Elastin,
 Keratin

12
 9/23/2020

Kolagen
• Kolagen merupakan protein serat yang tidak larut dalam air yang
merupakan bagian dari jaringan konektif dan disebut juga fibroblast.
Protein ini jumlahnya paling melimpah dibandingkan dengan protein lain
• Kolagen merupakan protein yang panjang, rapat dan berpilin. Konfigurasi
ini sangat ideal bagi tubuh
• Kolagen terdapat di tulang ligamen, tendon, dermis, jaringan luka
• Terdiri dari hidroksi lisin dan prolin, tidak mengandung undur S (tidak
memiliki sistein,sistin, dan triptofan)

• Gelatin Jello = protein yang sama dengan kolagen tapi hanya satu
untaian
• Gelatin is made of hydrolyzed collagen from cow and pig hides,
hooves, bones, and connective tissue'. The protein in these materials is
broken down by treatment with an alkaline solution and then extracted
with hot water.

Elastin

 Ditemukan dalam organ atau

jaringan yang elastis dan dapat
direnggangkan seperti urat darah,
arteri, kulit, alveoli paru-paru

 Tidak seperti kolagen yang

terorganisasi teratur, elastin bersifat
amorf. Jika molekul elastin ditarik
maka akan mulur, dan jika dilepas
maka akan kembali lagi ke bentuk
semula seperti karet

13
 9/23/2020

• Keratin dibagi jadi 2 yaitu alfa dan beta keratin. Sebetulnya urutan asam
amino dan fungsinya mirip. Struktur keratin seperti filamen yang memanjang
• alfa Keratin adalah komponen utama dari Rambut dan kuku serta beberapa
fraksi dari kulit hewan.
• struktur alfa keratin dalam rambut tampak seperti pada gambar. Setiap rantai
individu molekul memiliki panjang 300 residu yang kesemuanya membentuk
alfa heliks. Tiap rantai ini terikat dengan rantai yang lain menjadi bentuk
berpilin.

Keratin

• Beta keratin seperti namanya strukturnya tersusun atas bentuk beta sheet, biasanya terdapat pada
bangsa aves, reptil

Berdasarkan bentuknya, protein terdiri dari :

2. Protein globular
Molekul yang berbentuk bulat/lonjong. Rantai
polipeptida lipatan dan berbelit.
Sifatnya :
Mudah larut dalam air, garam, asam, basa, dan
alkohol.

Klasifikasi protein globular :

 Allbumin (Telur, serum darah)
 Globulin (mengandung glisin)---ovoglobulin
 Histon (larut dalam air, asam, garam, alkali)

14
 9/23/2020

Protein globular
• Dalam organisme terdapat protein dalam jumlah yang melimpah. Protein ini
kebanyakan dalam wujud fraksi kecil yaitu protein globular
• Peranan dari protein globular adalah membantu sintesis, transport dan metabolisme
dalam tubuh
• Ciri dari protein globular adalah
– terjadi lipatan polipeptida (folded) menjadi struktur yang kompak, tidak seperti
protein serat yang memanjang. Lipatan 3 dimensi inilah yang dimaksud dengan
struktur tersier
– Umumnya memiliki gugus proostetik yaitu yaitu memiliki kemampuan untuk
berikatan nonkovalen dengan molekul lainnya dalam menjalankan fungsinya
• Dalam protein globular rantai polipeptida melipat sedemikian rupa sehinga bagian
nonpolar asam amino berada di dalam sedangkan bagian permukaannya merupakan
bagian asam amino yang polar (gambar)
• Poin penting adalah bahwa protein globular memiliki sturktur tersier yang
unik yang terbuat dari struktur sekunder (helik, beta-sheet)

Contoh protein globular sederhana: mioglobin

• Mioglobin terdiri dari 70 % alfa

heliks yang melipat (keratin juga
tersusun dari alfa heliks tapi
karena protein serat maka tidak
melipat seperti mioglobin)
• Contoh sederhana adalah BPTI
(bovine pancreatic trypsin Contoh lain protein albumin pada telur
inhibitor) yang terdapat di
pankreas sapi yang berfungsi
untuk mengikat dan menghambat
kinerja tripsin
• Beda BPTI dengan mioglobin
adalah kalau mioglobin terdiri dari
alfa heliks, sedang BPTI memiliki
daerah heliks dan daerah lembar
(sheet)

15
 9/23/2020

Albumin
 Terdapat dalam serum darah
 Mudah larut dalam air,
 Mudah diakoagulasi bila dipanaskan
 Dapat diendapkan dengan penambahan amonium sulfat
jenuh

Globulin
 Terdapat dalamprotein hewani, terdiri atas glisin
 Mudah larut dalam garam netral
 Mudah diakoagulasi bila dipanaskan
 Dapat diendapkan dengan penambahan amonium sulfat jenuh
 Ovoglobulin (kuning telur) dapat diekstraks dengan NaCl dan
diendapkan
Histon
 Larut dan air, asam, alkali, dan garam

Berdasarkan sifatnya, Protein dibagi menjadi 2 golongan :

 Protein sederhana, hanya mengandung asam amino saja.
Contoh: kolagen,protein kontraktil.
 Protein kompleks, terdiri asam amino dan non asam amino.
Contoh: hem, glikoprotein, lipoprotein.

Pembagian lain Protein dilihat dari Kelarutanya, yakni :

 Mudah/tidak larut dalam air
 Mudah/tidak larut dalam asam/basa
 Mudah/tidak larut dalam larutan garam
 Mudah/tidak larut dalam etanol encer/absolut

16
 9/23/2020

Denaturasi protein
 Protein terdiri dari polipeptida yang melipat dalam bentuk tertentu
 Ada beberapa hal yang menyebabkan rusaknya lipatan dalam
protein sehingga protein kehilangan fungsinya (hal ini disebut
Denaturasi) :
– Suhu yang tinggi : merebus telur
– Suasana terlalu asam atau basa : susu + cuka
– Deterjen
– Radiasi
– Oksidator seperti Ion logam

Pelipatan Polipeptida/Folding
 Apa yang menyebabkan lipatan (folding) dalam protein?? Sampai dengan saat ini jawaban yang
paling masuk akal adalah karena urutan asam amino dalam polipeptida.
 Jika suhu dan pH dalam suatu protein diubah, maka struktur protein akan terurai
(terdenaturasi), akibatnya adalah protein tidak lagi memiliki sifat yang dimiliki saat protein
tersebut masih dalam bentuk melipat. Akhirnya protein membentuk rantai yang terbuka yang
disebut random coil
 Jika enzim ribonuklease dipanaskan atau pH nya diubah maka akan mengalami denaturasi
sehingga tidak dapat menjalankan fungsinya lagi. Tetapi jika keadaan dikembalikan ke suhu
dan pH fisiologis, maka akan protein itu dapat kembali ke lipatan semula sebelum dipanaskan
(disebut renaturasi)
 Jadi protein “tahu” konformasi / lipatan
yang paling baik bagi dirinya, luar biasa….

A protein’s function is determined by its shape.

17
 9/23/2020

Fungsi Protein

Why is papain an effective

meat tenderizer?

 Papain is a protein-cleaving enzyme derived from

papaya and certain other plants.

 How does papain tenderize meat? Papain cuts

the protein chains in the fibrils and also in the
connective tissue, disrupting the structural integrity of
the muscle fiber, and tenderizing the meat.

18
 9/23/2020

Why can't you put pineapple chunks in Jello?

 Pineapple contains a plant enzyme called bromelin that

breaks down proteins. Bromelin is used in many meat
tenderizers for this purpose
 Jello is a protein mesh with trapped pockets of liquid; the
bromelin cuts the protein chains and keeps the gelatin
from jelling properly.

19