Materi Perkuliahan Genetika

VIb. ANALISA KARAKTER KUANTITATIF

1. Rata-rata, Variasi & Deviasi
Contoh 1 :
Data berikut adalah data tinggi 13 tanaman kacang polong yang diambil secara random :
161 183 177 157 181 176 180
162 163 174 179 169 187
Hitunglah :
a. Nilai rata-rata
b. Median
c. Variance
d. Standar deviasi

Jawaban 1 :
a. Rata-rata (Mean) sampel = X = jumlah total semua sampel ( ΣX)
jumlah sampel (n)
X = 2249/ 13 = 173 cm

b. Median adalah nilai tengah dari sekelompok angka-angka yang disusun dalam suatu
ordo. Dari data di atas, maka diperoleh median = 176 cm.
Catatan : jika data terdiri dari 12 tanaman maka, tidak akan dapat ditemukan titik data
tengah karena tidak ada nilai tengahnya, maka nilai ini akan terletak antara data ke-6
dan ke-7. Untuk kasus ini maka penghitungan nilai tengah menjadi :
X = (174 + 176) : 2 = 175 cm
c. Variance (S2) menggambarkan variasi atau dispersal dalam sampel. Misal seberapa
jauh perbedaan antar tanaman dalam sampel.
Variance sampel = S2 = ∑ (Xn -X )2
(n – 1)

Keterangan : X1 = tinggi individu tanaman

X = 173 cm
n = jumlah sampel
S2 = 1.108/12 = 92. 33 cm
d. Standar deviasi (S) = √ S2 = √ 92.33 = 9.61 cm

1
 Materi Perkuliahan Genetika

Contoh 2 :
25 Drosophila betina diamati jumlah telurnya selama 24 jam, maka didapatkan data sbb :
97 79 88 91 88 86 104
89 91 92 103 96 101 94
92 92 94 95 88 89 90
93 84 87 93

Hitunglah :
a. Jumlah rata-rata telur yang dikeluarkan
b. Variance dan standar deviasi
c. Standar eror rata-rata

Jawaban 2 :
a. X = Σ X
n
X = 2.295/ 25 = 91,8 = 92 telur/betina
b. S2 = Σ (X1-X)2 = X2 – (Σ X))2 : (n - 1)
n–1 n

= 211. 453 – (2.295)2 : 24

25

= 31, 17
Standar deviasi (S) = √ S2 = √ 31,17 = 5,58
c. Standar eror rata-rata : SE = S / n = 5,58 / 25 = 1,11

Latihan: Soal 11.1, 11.2 dan 11.5

2
 Materi Perkuliahan Genetika

2. Komponen dari Variasi Fenotip

2.1. Variasi Penotipe
Variasi-variasi yang diamati diantara individu dapat terjadi karena perbedaan genetik antara
individu dan/atau karena perbedaan lingkungan, G E P atau interaksi a dan b.
Interaksi terjadi jika fenotip-fenotip bekerja secara berbeda pada lingkungan yang berbeda
sehingga ramalan kuantitatif yang akurat tidak dapat dengan hanya memperhatikan genotip
dan lingkungan secara terpisah saja. Pemisahan variasi-variasi pengamatan ke dalam
komponen-komponennya biasanya dilakukan dengan metoda analysis of variance (ANOVA).

Variasi penotip yang diamati = VP. Variasi fenotip terdiri dari 3 sumber variasi pokok yaitu
Genotip, Lingkungan dan Interaksi. Sehingga VP = VG + VE + VGE.
 Varian Environment (VE), dapat melibatkan faktor variabel seperti pertumbuhan pada
lahan yang berbeda, waktu/tahun yang berbeda, lingkungan induk yang berbeda,
urutan lahir yang berbeda, kondisi tubuh yang berbeda. Semuanya termasuk kedalam
variasi yang tidak disebabkan oleh perbedaan genotip.
 Varian Genotip Environment (VGE) : Interaksi genotip, disebabkan karena perbedaan
ekspresi genotip yang sangat tergantung kepada dimana genotip tersebut berada.
 Varian Genotip (VG), menyebabkan perbedaan fenotip, dapat ditimbulkan oleh
berbagai sumber. Beberapa gen, misalnya menghasilkan efek aditif, dengan demikian
substitusi dari satu alel tunggal dalam 1 pasang gen berhubungan dengan peningkatan
atau penurunan nilai fenotip.
Misal : A1A1 = 4
A1 A2 = 5
A2 A2 = 6

Dalam hal ini, jumlah pengukuran yang tepat dimana penambahan alel A 2
menyebabkan kenaikan sebesar 1. Kontribusi alel-alel yang lebih dari 1 pasang juga
bersifat aditif seperti dalam percobaan Nilsson-Ehle dalam warna merah (bab
sebelumnya). Di pihak lain, alel-alel yang berinteraksi satu sama lain dalam pasangan
yang sama dapat memberikan efek dominan. Dalam hal ini, kehadiran hanya 1
pasang alel dapat menyebabkan fenotip tertentu akan muncul.
Misal : A1A1 = 4
A1 A2 = 5
A2 A2 = 6

3
 Materi Perkuliahan Genetika

Penambahan yang disebabkan oleh substitusi alel pada gen-gen ini tidak dapat diinterfensi
(diganggu) oleh pasangan lain.

2.2. Tipe-tipe Kerja Gen

Alel-alel dapat saling berinteraksi dalam sejumlah cara untuk menghasilkan variabilitas dalam
ekspresi fenotipnya. Ada beberapa model, antara lain :
1. Dengan pengurangan dominansi → misal : gen-gen aditif
Setiap alel A1 diasumsikan tidak menyumbangkan apa-apa terhadap fenotip (alel nol)
sementara tiap-tiap alel A2 mengkontribusikan satu unit terhadap fenotip (alel aktif).

2. Dengan dominansi partial/ tidak sempurna.

Heterozigot A1A2 mendekati nilai homozigot A2A2

3. Dominansi sempurna : fenotip yang sama akan dihasilkan oleh heterozigot dan
homozigot.

4. Overdominan : heterozigot melebihi nilai homozigot.

4
 Materi Perkuliahan Genetika

Jika interaksi alel merupakan aditif yang sempurna, maka akan dihasilkan efek fenotip yang
linier dengan suatu peningkatan yang konstan (i) yang ditambahkan pada tiap-tiap alel A2
dalam genotip

Sebagai hasilnya maka,

Variasi genotip adalah :
VG = VA (additif) + VD (dominansi) + Vi (interaksi)
Variasi penotip :
VP = VA + VD + Vi + VE + VGE

Nilai-nilai komponen variant ini dapat dihitung dalam design experimental yang cocok. Misalnya
: genotip -- genotip semua individu dalam suatu eksperimen adalah identik, hanya variabilitas
yang disebabkan oleh lingkungan yang berbeda.

Clayton – Moris mengukur jumlah bristle abdominal pada populasi Drospohila melanogaster
yang secara genetik bercampur. Ditemukan bahwa variansi fenotip berkurang 61% dalam
populasi yang seragam. Nilai 61% tersebut merupakan komponen yang dieliminasi oleh
genetik yang uniform, maka variance genetiknya menjadi :100%-61% = 39%. Nilai 39% ini
dapat dianggap sebagai kandungan varian yang disebabkan oleh lingkungan dan interaksi
G-E.

Jika turunan murninya (pure line) dapat diisolasi maka komponen adisional dari variansi dapat
dihitung dengan mengukur varian pada parental dan generasi filial seperti pada persilangan
back cross. Misal, pada persilangan berikut :

5
 Materi Perkuliahan Genetika

Variansi parental dan F1 ini digunakan untuk menghitung variansi environment (= variansi
sisa). Jika F1 : intermediate parental, maka efek genetiknya aditif.

Nilai midparental dapat menginduksikan efek dominan

3 kemungkinan genotip pada single locus

F1 (A1A2)
d

-a +a

(d) adalah hasil dari nilai midparental yang disebabkan oleh dominansi.

Dapat disimpulkan bahwa,

 Efek dominan dapat meningkatkan fenotip (A2A2) atau menurunkan fenotip (A1A1).
 Mulai nilai midparental ke depan, masing-masing homozigot memberi kontribusi
sebesar a (secara aditif) sehingga perbedaan fenotip antara kedua parental = 2a.

Jika dominan sempurna, d = a

Nilai fenotip untuk heterozigot sama dengan A1A1 atau A2A2.
Derajat dominansi = d/a = 1

Jika tidak ada dominansi, d = 0

Dominansinya dihalangi oleh hubungan alel-alel dan bukan karena pengaruh genotip.
Derajat dominansi = d/a = 0
Nilai rata-rata A1A2 = nilai midparental. Nilai a dapat dianggap sebagai efek aditif yang
disebabkan oleh substitusi satu alel tunggal. F2 disegregasikan untuk perbedaan-perbedaan
genetik diantara anggotanya. Variansi komponen F2 menerima kontribusi dari masing-masing

6
 Materi Perkuliahan Genetika

genotip dan juga tetap mempertahankan variansi environment. Jika yang disegregasikan
adalah sepasang gen tunggal (A1 dan A2), maka pada
F2 akan ada : ¼ A1A1 : ½ A1A2 : ¼ A2A2

Contoh 1 :
Diketahui nilai A1A1 = -a, A1A2 = d, A2A2 = a maka,
Rata-rata F2 = ¼ (-a) + ½ (d) + ¼ (+a) = ½ d
Variansi genetik F2 :
= ¼ (-a-1/2d) 2 + ½ (d-1/2d)2 + ¼ (a-1/2d)2
= ¼ (a2+ad+1/4d2) + ½ (1/4 d2) + ¼ (a2-ad-1/4d2)
= ½ a 2 + ¼ d2

Jika a2 = A, d2 = D, Envir.comp = E
maka total varian F2 = ½ A (VA) + ¼ D(VD) + ½ E (VE)
Komponen-komponen varian yang diukur pada generasi berbeda :
VP1 = E
VP2 = E
VF1 = E
VF2 = ½ A + ¼ D + E
VB1 = ¼ A + ¼ D + E
VB2 = ¼ A + ¼ D + E
VB1 + VB2 = ½ A + ½ D + 2E
Dimana :
P1 dan P2 = parental stock
F1 = resultan progeni
F2 = F1 x F1
B1 = F1 x P1
B2 = F1 x P2

7
 Materi Perkuliahan Genetika

Contoh 2 :
Panjang bunga Nicotiana sanderae (S) dan N. langsdorfi (L)

Σindividu Pengukuran Varian

P1 (N.s) (S) 47 1292 48 E
P2 (N.l) (L) 62 37 32 E
F1 (S x L) 38 724 46 E
24 1045 99
B1 (F1 x S) (85.5)
91 1085 72
159 317 90
B2 (F1 x L) (98.5)
120 312 107
139 568 125
F2 (F1 x F1) (130.5)
238 729 136

Jika variansi environmen merupakan satu-satunya komponen yang ada pada variansi parental
dari F1, maka :
E = nilai rata-rata ketiga varian ini
= 48 + 32 + 46 = 42
3
VF2 – E = (½ A + ¼ D+ E) – E = ½ A + ¼ D
= 130.5 – 42 = 88.5
½ A + ¼ D = 88.5

(VB1 + VB2) – 2E = (½ A + ½ D + 2E) - 2E = ½ A + ½ D

= 184 - 84 = 100
½ A + ½ D = 100

(½ A + ¼ D) x 2 = (88.5 x 2) = 177.0
A+ ½ D = 177
½ A+ ½ D = 100
½A = 77.0
A = 154.0

VA =½A = 77
VD =¼D = 11.5 D = 11.5 x 4 = 46
VE =E = 42
VP = 130.5

8
 Materi Perkuliahan Genetika

Jadi : D = 46, D = d2, A = a2

Derajat dominansi = d/a = √ D/A = √ 46/154 = 0.55

3. Heritabilitas
Heritabilitas adalah ukuran dari kemiripan hubungan relatif yang digunakan untuk memprediksi
derajat kemiripan. Variansi genetik (VA + VD) adalah penting dalam mengevaluasi dan
memprediksi derajat kemiripan antara satu generasi dengan generasi yang lain. Untuk sifat
yang memperlihatkan variansi genetik yang kecil tetapi variansi environment relatif tinggi, maka
prediksinya rendah dimana lingkungan parental sedikit berbeda dengan anak sehingga
pengamatan anak tergantung pengukuran parental. Sedangkan variansi environmen rendah;
variansi genetik tinggi maka diartikan perbedaan lingkungan hanya berpengaruh sedikit pada
sifat dan perbedaan genetik memberi pengaruh yang besar pada sifat.

Heritabilitas = h2 = VA / VP
Catatan : simbol untuk heritabilitas bukan pangkat 2
Untuk contoh soal terdahulu :
VA = ½ A = 77
VP = (VA+VD+VE) =130.5
maka h2 = 77/130.5 = 0.590 = 59%
d. p .l : 59% variabilitas yang diamati dari sifat dalam percobaan ini disebabkan oleh perbedaan
genetik additif.

Contoh Soal :
Total variasi genetik dari 180 hari pengukuran berat badan dalam suatu populasi babi adalah
250 lb2 = VG. Variasi masing-masing efek dominan = 50 lb2 (VD), variasi efek epistatik = 20 lb2
(Vi) dan variasi environment = 350 lb2 (VE).Berapa h2 ??

Jawaban :
VP = VG + VE
= 250 + 350 = 600
VG = VA + VD + Vi
250 = VA + 50+20
VA = 180
h2 = VA/VP

9
 Materi Perkuliahan Genetika

= 180/600
= 0,3

10
 Materi Perkuliahan Genetika

Latihan Soal-soal:

Soal 11- 1
Tiga stock inbreed (A, B, C) dari satu jenis diukur besarnya dengan cm dan hasilnya seperti
berikut :
Stock Rata-rata Varian
A 70 49
B 193 841
C 315 3969

Hitunglah :
a) Koefisien variasi ?
b) Tentukan tipe gen yang menyebabkan perbedaan ukuran pada stock ini ?

Soal 11-2
Masing-masing 10 individu dari dua strain (strain A dan B) suatu jenis (sp) tertentu diukur salah
satu sifatnya pada lingkungan yang sama, hasilnya seperti berikut :
Strain A 10 12 8 14 12 9 7 7 13 6
Strain B 13 9 14 12 10 13 15 11 14 12
Apakah signifikan perbedaan sifat ini diantara kedua strain ?.

Soal 11-3
Dua strain mencit (A dan B) hidup di bawah kondisi lingkungan yang sama dan rasio makanan
yang sama. Dua puluh mencit dewasa dari masing masing strain yang umur dan sex sama
ditimbang berat badannya (dalam gram) hasilnya adalah sebagai berikut :
StrainBerat rata-rata Varian
A 16 16
B 28 25
Apakah perbedaan berat badan diantara kedua strain ini signifikan ?

Soal 11-4
Dua anggota masing-masing dari 19 pasang kembar identik yang dipelihara terpisah. Dicatat
perbedaan dalam IQ dan perbedaan dalam pendidikan, hasilnya seperti berikut. Ditanyakan :
a) Apakah signifikan korelasi antara pendidikan dan inteligen dalam bentuk ini ?
b) Bila kedua anggota dari pasangan kembar identik ini tidak menampilkan perbedaan
dalam kesempatan pendidikan dan perbedaan antara mereka dalam IQ, apakah anda
mengharapkannya sesuai dengan data ini ?

Soal 11- 5
Rata-rata ukuran diameter dari 100 biji kacang, anak dari 7(tujuh) galur berbeda (satuan
ukuran 1/100 inc.) adalah seperti :
Ukuran biji galur tetua 15 16 17 18 19 20 21
Ukuran biji rata-rata anak 15,5 16,2 15,8 16,5 16,2 17,5 17,7

a) Pakai ukuran biji anak sebagai variabel Y, hitunglah koefisien regresi Y terhadap X ?
b) Berapa ukuran biji anak diharapkan dari ukuran biji induk = 23 dan ukuran biji induk v =
12 ?

11
 Materi Perkuliahan Genetika

Soal 11- 6
Dilakukan silang antara dua strain tanaman berbeda dalam ukuran, secara kuantitatif ukuran
masing-masingnya 14 cm dan 20 cm. F1 dari silang ini ukurannya 18 cm. Hitunglah derajat
dominansinya !

Soal 11-7
Populasi breeding secara random dari Drosophila melanogaster menampilkan varian panjang
thorak = 0,366 diukur dengan satuan 0,01 mm. Disamping itu diketahui F1 dari silang diantara
strain inbred lalat jenis ini menampilkan varian = 0,186 untuk karakter yang sama. Ditanyakan :
a) Komponen varian apa yang dapat diperkirakan dari hasil ini ?
b) Berapa proporsi varian pada populasi breeding secara random itu yang mungkin
disebabkan oleh perbedaan genetik diantara individu ?
Soal 11-8
Rata-rata dan varian saat berbunga dua varitas gandum dan turunannya adalah sbb.
rata-rata varian
P1 (ramona) 12,99 11,031
P2 (baart ) 27,61 10,315
F1 (P1 x P2) 18,45 5,237
F2 (F1 x F1) 21,20 40,350
B1 (F1 x P1) 15,63 17,352
B2 (F1 x P2) 23,88 34,288
Gunakanlah komponen varian ini dan hitunglah :
a) Derajat dominansi !
b) Heritabilitas !

Soal 11-9
Sejenis mamal diukur panjang tungkai bawah dan leher, dari hasilnya didapatkan varian
karakter ini seperti :
panjang tungkai panjang.leher
Varian phenotip 310,2 750,4
Varian lingkungan 103,4 365,2
Varian additif 103,4 182,6
Varian dominan 103,4 182,6

Jelaskan yang mana yang mana dari kedua karakter ini yang akan lebih cepat berubah dengan
cara seleksi ?

Soal 11-10
Heritabilitas berbagai sifat pada ternak diperkirakan dari data derajat kemiripan diantara
kembar identik yang biasanya jauh lebih tinggi dari perkiraan heritabilitas menggunakan
kemiripan tetua dan anak. Ditanya, faktor apa yang anda anggap bertanggung jawab terhadap
perbedaan yang dimaksudkan ?

12