LIST PERTANYAAN PASIFIC FESTIVAL

1. Saat ini penelitian tentang biomarker metabolomika ini sudah masuk tahap uji
klinik ke berapa? Saat ini penelitian tentang identifikasi biomarker metabolomika
sudah memasuki uji klinis tahap ke-2.
- Penelitian pertama dilakukan oleh xie jeng et al pada pasien usia 30-59 tahun pada
92 pasien PSD dengan 89 pasien stroke tanpa depresi. Identifikasi metabolomika
menggunakan GC-MS dengan analisis menggunakan OPSL-DA. Pada pemeriksaan
ditemukan adanya 12 metabolit urin. Sampai akhirnya teridentifikasi 7 metabolit
yaitu asam palmitat, hydroxylamine, asam miristat, asam gliserat, asam laktat,
tirosin, dan asam azelat. Pada subjek yang mengalami depresi ini di diagnositik
dengan menggunakan kriteria fourth national conference on cerebrovascular
disease. Sedangkan gejala stroke didiagnostik dengan menggunakan Hamilton
depression rating scale (HRDS). Pada penelitian ini kelompok sample dibagi 2 yaitu
training set terdiri dari 58 pasien PSD dengan 59 pasien stroke tanpa depresi training
set digunakan untuk mencari perbedaan metabolit dalam urin. Yang kedua adalah
kelompok testing set yang terdiri dari 34 pasien depresi dengan 30 pasien stroke
tanpa depresi. Testing set ini bertujuan untuk memvalidasi dari metabolit yang
ditemukan
- Studi klinik yang kedua dengan menggunakan subjek yang berasal dari kontrol
sehat dan pasien stroke. yang terdiri dari training set ( 43 HC, 45 stroke dan 62 PSD)
dan test set (31 HC, 33 stroke, 32 PSD) teridentifikasi lima metabolit yang paling
potensial yaitu alpha hydroxybutiratem phenylalanine, format, arabinitol dan laktat)
dengan AUC >94%. Jadi total menggunakan 94 pasien PSD dan 78 pasien stroke
serta 72 orang sehat. diagnosis stroke ditegakan berdasarkan kriteria dari WHO
dan MRI sedangkan depresi ditegakan berdasarkan kriteria DSM IV dan tingkat
keparahannya dengan menggunakan Hamilton depression rating scale. Diagnosis
PSD jika skore >8. Pada penelitian ini menggunakan urin antara jam 8 am-10.am
setelah semalaman berpuasa.
- Studi ke-3 oleh zhang w et al dengan menggunakan training set (72 PSD dan 146
non PSD) dan blinded sampel ( 58 PSD dan 109 non PSD) dengan AUC >94 %
menunjukan terdapat enam metabolit potensial yaitu asam azelat, asam gliserat,
pseudouridine, 5-hydroxyhexanoidc acid, tyrosine dan phenylalanie.
 - PSD patients as compared to non-PSD patients showed significantly lower levels
of uric acid at baseline (237.02 ± 43.43 vs. 309.10 ± 67.44 mmol/L, P < 0.001). In
multivariate analyses, uric acid levels (239.0 and 328.1 mmol/L) were
independently associated with the development of PSD (OR:7.76, 95% CI:2.56–
23.47, P < 0.001 and OR:0.05, 95% CI:0.01–0.43, P = 0.01)
- Penelitian ke 4 identifikasi biomarker metabolomika dalam plasma darah
berbasis NMR. Dengan menggunakan sample 32 pasien PSD, 35 pasien stroke dan
35 pasien sehat hasil penelitian menunjukan terdapat 5 mrtabolit potensial sebagai
biomarker yaitu phenylalanie, tyrosine, I methylhistidine, 3-methylhistidine dan
LDL dengan sensitivitas 100% dan spesifitas 95,5 %.
2. Apa keunggulan alat diagnostic ini dibandingkan dengan alat diagnostic yang
telah ada saat ini
- Pada saat ini belum terdapat diagnosis depresi pasca stroke berbasis labolatorium.
Pengembangan terapi saat ini hanya bersifat subjektif dengan kriteria seperti
DSM atau PPDGJ sehingga menimbulkan misdiagnosis atau underdiagnosis.
Diagnosis objektif ini memiliki keunggulan karena dapat mengidentifikasi kadar
metabolik tubuh secara pasti berdasarkan hasil labolatorium pemeriksaan pada
urin.
3. Pengobatan presisi adalah model medis yang mengusulkan perawatan medis
berdasarkan individual pasien, jadi misalkan dalam pengembangan obat bukan
berdasarkan prisip obat untuk semua. Dalam pengobatan presisi pengujian diagnostic
sering digunakan untuk memilih terapu yang tepat mencakup diagnostic molekuler,
pencitraan dan analitik . pengobatan presisi seringkali melibatkan penerapan analisis
panomik dan sistem biologi untuk menganalisis penyebab penyakit pasien individu
pada tingkat molekuler dan kemudian memanfaatkan pengobatan yang ditargetkan
untuk mengatasi proses penyakit pada pasien individu tersebut.
4. Mengapa pengambilan sampel harus dalam spesimen urin? Apakah kadarnya
sama dengan plasma darah dan csf ?
Penelitian sebelumnya menyatakan bahwa terdapat persamaan kadar metabolit dalam
urin dengan plasma darah atau CSF. Selain itu pengambilan sampel pada otak atau csf
perlu Tindakan yang invasive yang harus dilakukan oleh seorang yang professional.
Begitu pula dengan pengambilan sampel dalam plasma darah , sedangkan pengambilan
urin merupakan Tindakan non invasive yang dapat dilakukan sendiri oleh pasien tanpa
 bantuan tenaga kesehatan sehingga dapat menghemat biaya akibat pengambilan sampel
dan pasien lebih kooperatif.

5. Identifikasi biomarker metabolomika dapat menggunakan LC-MS, GC-MS,

NMR. Mana alat diagnostic tersebut yang lebih baik digunakan untuk
idemtifikasi biomarker metabolomika
- LC-MS : tekni kimia analitik yang digunakan dalam proses yang membutuhkan
identifikasi zat dan elemen. Metode ini sering diterapkkan pada proses yang
membutuhkan sensitivitas tinggi dan seletivitas bahan terdeteksi. Digunakan untuk
molekul rapuh dan tidak mudah menguap Teknik ini dapat diguhnakan untuk
membedakan berbagai senyawa organic dari metabolit menjadi protein.
Keuntungan throughput sampel yang tinggi, pengembangan metode yang lebih
pendek, sensitivtas dan identifikasi yang akurat
- GC-MS : untuk memisahkan molekul yang stabil yang bersifat secara termal. Lebih
disukai karena dapat menguji zaat tertentu bukan konten yang umum atau
identifikasi, lebih mudah dioperasikan, lebih sedikit masalah kesehatan dan murah

Metode Kelebihan Kekurangan

GC-MS - Volume sampel 0,1-0,2 ml - Destruktif
- Sensitifitas baik - Untuk analisis senyawa
- Database dan software yang tertentu perlu dilakukan
dibutuhkan sudah banyak derivatisasi
tersedia - Tidak dapat dilakukan pada
- Pemisahan senyawa baik sampel yang tidak stabil dan
- Reprodusibilitas data baik suhu tinggi
- Waktu Analisa 10-40 menit
LC-MS - Volume sampel 10-100 uL - Destruktif
- Sensitifitas tinggi - Waktu Analisa 15-40 menit
- Dapat digunakan untuk
Analisa senyawa organic dan
beberapa molekul anorganik
NMR - Waktu Analisa cepat - Sensitifitas rendah
- Tidak destruktif - Tidak dapat mengidentifikasi
- Volume sampel 10-100 uL senyawa anorganik dan
- Tidak memerlukan derivatisasi garam
- Volume sampel 0,1-0,5 ml

Saat ini metode yang paling baik digunakan untuk identifikasi metabolomika
adalah NMR. Metode ini bersifat non destruktif sehingga sampel dapat digunakan
Kembali untuk Analisa campuran kompleks. Selain itu penggunaan NMR bersifat non
selektif sehingga semua senyawa dapat teridentifikasi dan informasi terkait struktur
senyawa nya pun dapat diperoleh. Tetapi metode ini memiliki sensitifitas yang rendah
dibandingkan dengan metode MS. Oleh karena itu beberapa penelitian menunjukan
identfikasi biomarker metabolomika dalam spesimen urin yang menggunakan 2
platforn indentifikasi yaitu NMR dan GC-MS memiliki cakupan identifikasi lebih
tinggi dan komprehensif dibandingkan dengan hanya menggunakan 1 platform analisis
saja. Selain itu penggunaan 2 platform memiliki cakupan metabolomic yang
 teridentifikasi. Hal ini disebabkan sifat fisiokimia yang beragam dan rentang
konsentrasi metabolit yang luas menyebabkan satu teknologi analitik saja tidak
memberikan cakupan yang lengkap dari metabolomic pada manusia. Dengan
mengggunakan platform ganda dapat menghasilkan akurasi rata-rata yang meningkat
lebih dari 90% pada training set dan >80% pada testing set.
Banyaknya data yang dihasilkan dari profil kimia menyebabkan analisis statistic
pada studi metabolomic harus menggunakan analisis data multivariat. Salah satu cara
analisis dengan menggunakan orthogonal projection to latent structure (OPLS).
Analisis ini akan mengelompokan sampel berdasarkan bioaktivitasnya dalam bentuk
score plot.
6. Apa keterbatasan penelitian saat ini mengenai identifikasi biomarker
metabolomika untuk diagnostik DPS
- Sampel yang digunakan saat ini masih terbilang sedikit, uji klinik baru memasuki
tahap ke 2 dengan sampel 100-300 orang dengan atau tanpa kelompok kontrol
penelitian
- Sebagian besar penelitian ini belum dapat mempertimbangkan karakteristik umur,
jenis kelamin, etnik, wilayah tertentu sampel yang digunakan sebagian besar dalam
satu karakteristik
- Perlu penelitian lebih lanjut untuk membedakan kadar metabolomika dalam
spesimen urin depresi pasca stroke dengan depresi yang diakibatkan oleh etiologic
yang lain seperti gangguan depresi mayor, depresi post partum, depresi yang timbul
akibat penyakit lainnya
- Pada umumnya menggunakan single flatform sehingga jangkauan metabolomika
yang teridentifikasi menjadi terbatas
- Saat ini belum terdapat cukup bukti kuat untuk membedakan kadar biomarker
metabolomika dalam spesimen urin depresi pasca stroke dengan depresi yang
disebabkan oleh etiologic lain
- Saat ini studi pada manusia sejauh yang saya temukan belum terdapat studi yang
mengkaji kadar metabolomika dalam cairan serebrospinal atau CSF dari pasien
PSD. Oleh karena itu mungkin dimasa yang akan datang perlu penelitian untuk
memastikan biomarker serum/plasma/urin yang disebutkan sebelumnya memiliki
nilai yang relevan

7. Berapa angka mortalitas akibat PSD?

 - Menurut Morris et all menyatakan pasien stroke dengan depresi memiliki risikp
3,4 kali lebih tinggi dalam 10 terakhir
- 30% dari seluruh pasien stroke mengalami depresi dalam tahun pertama
setelah stroke dengan meningkatnya angka mortalitas sampai dengan 50 %
8. Mekanisme penurunan tyrosine dan peningkatan pheynilalanine

Besides, tyrosine hydroxylase which catalyzes the conversion of tyrosine to

dopa could be inhibited by high levels of phenylalanine. Therefore, in the present case,
the increased plasma levels of Phe in PSD subjects relative to stroke patients result in
decreased CNS levels of both Tyr and its downstream catecholamines (DA, NA), since
the initial Tyr hydroxylation step in the catecholamine synthesis pathway is rate-
limiting and thus controls the rate of catecholamine synthesis
9. Metabolomika yang teridentifikasi
- asam urat → antioksidan
- asam azelat → antioksidan
- DHA → antioksidan
- I-methylhistidin dan 3-methylhistidine → antioksidan
- LDL : akibat radikal bebas
- Asam palmitat → peningkatan peroksidasi asam lemak bebas akibat penurunan
glukosa
- Asam laktat → akibat penurunan glikolisis
- Alpha-hydrokxybutirate : alpha hydroxybutyrate dilepaskan sebagai produk
sampingan Ketika sitationin dibelah menjadi sistein yang dimasukan kedalam
glutathione.
- Asam miristat : merupakan asam lemak jenuh meningkat seiring dengan tingginya
kolesterol dalam plasma darah
- Formate → peningkatan formate disebabkan karena peningkatan kebutuhan
terhadap sintesis purin. Karena pada stroke terjadi kerusakan jaringan, maka
aktivasi dari jalur format meningkat
- Phenylalanine→ asam amino
- Arabinitol
- Hydroxylamine : sebagai antioksidan dan meningkat pada pasien depresi pasca
stroke
- Asam gliserat : produk metabolisme energi
 - Thyrosine → asam amino prekursor
Penelitian sebelumnya melaporkan tidak ada perubahan yang signifikasn
kadar laktat, alpha hydroxybutyrate, dan phenylalanie pada pasien gangguan
depresi mayor. Tetapi studi pada depresi pasca stroke mengalami penurunan dan
peningkatan phenylalanine yang signifikan
10. Apa keunggulan metabolomika dibandingkan dengan kaskade omics lainnya
Metabolomika memiliki keunggulan dibandingkan dengan genomic dan proteomic.
Hal ini disebabkan metabolomika merupakan hasil metabolisme sel yang bersifat
dinamis yang dipengaruhi oleh faktor dari host, lingkungan, maupun faktor biologi.
Sedangkan untuk genomic lebih bersifat statis dan tidak dapat dipengaruhi oleh hal lain,
begitu pula dengan proteomic. Dimana metabolomic ini dapat mengidentifikasi
kaskade persinyalan, interaksi sel pada fase akhir.
Metabolomika ada;ah senyawa subtract dan produk sampingan dari hasil reaksi
enzimatik dan memiliki efek langsung pada fenotipe sel. Jadi metabolomika bertujuan
untuk menentukan profil sampel dari senyawa ini pada waktu tertentu dengan kondisi
lingkungan tertentu. Sedangkan genomic dan proteomic telah memberikan informasi
yang lengkap mengenai genotype tetapi menyampaikan informasi terbatas tentang
fenotipe.
Fenotipe adalah suatu karakteristik yang diamati oleh suatu organisme yang diatur oleh
genotype dan lingkungan serta interaksi keduanya. Fenotipe ini mencakup berbagai
tingkat dalam ekpresi den dari suatu organisme. Pada tingkat organisme, fenotipe
adalah sesuatu yang dapat dilihat, diamati, dan diukur serta dipengaruhi oleh faktor
lingkungan tempat individu hidup. Misalnya adalah warna mata, berat badan, atau
ketahanan terhadap suatu penyakit
11. Kaskade omic terdiri dari
- Genomic : memberikan gambaran umum tentang set lengkap instruksi genetic yang
disediakan oleh DNA
- Transkriptomik : melihat pola ekspresi gen
- Proteomic : mempelajari produk protein dinamis dan interaksinya
- Metabolomic : Langkah perantara dalam memahami seluruh metabolisme
organisme
12. Mengapa menggunakan urin midstream pagi
Pengumpulan sampel pada pagi hari setelah bangun tidur dilakukan sebelum makan
atau menelan cairan apapun. Urin satu malam mencerminkan periode asupan cairan
 yang lama, sehingga unsur-unsur yang terbentuk mengalami pemekatan sehingga
baik untuk pemeriksaan sedimen, berat jenis, protein, dll. Selain itu urin pagi
merupakan spesimen pilihan untuk urinalisis dan analisiss mikroskopik karena urin
umumnya lebih terkonsentrasi dan mengandung elemen seluler dan analit yang relative
lebih tinggi. Konstituen abnormal pun jauh lebih tinggi terkonsentrasi dalam urin pagi
yang lebih mungkin untuk terdeteksi.
13. Apa keunggulan identifikasi biomarker metabolomika dengan menggunakan GC-
MS dibandingkan dengan NMR dan LC-MS
GC-MS merupakan salah satu Teknik yang paling banyak digunakan untuk studi
metabolomic urin karena sensitivitas, resolusi, reprodusibilitas, keandalan yang lebih
tinggi, biaya yang relative rendah dan kemudahan dalam pengoperasioan dibandingakn
dengan LC-MS dan NMR
NMR juga salag satu analisis utama yang dapat digunakan dengan mengesamping hal
biaya. NMR memiliki keunggualan seperti tingkat reproduktifitas (pengulangan
pengukuran dengan hasil yang sama) yang relative tinggi, metabolit uang mudah
teridentfikasi , throughput (Kecepatan) yang tinggi dan pengolahan sampel yang tidak
merusak
Namun terdapat kelemahan dengan menggunakan satu jenis flatform untuk analisis
metabolomic. Hal ini disebabkan cakupan analisis yang lebih rendah. Sebagai contoh
terdapat sebuah studi sebanyak 102 metabolit terdeteksi ( 82 oleh GC-MS dan 20 oleh
NMR dan 22 oleh kedua Teknik. Dari 47 metabolit yang teridentfikasi, dimana 14
metabolit diidentifikasi secara unik oleh NMR dan 16 metabolit diidentifikasi secara
unik oleh GC-MS. Sebanyak 17 metabolit teridentfikasi oleh NMR dan GC-MS. Secara
umum, metabolit yang teridentifikasi oleh kedua Teknik menunjukan perubahan yang
sama. Akibatnya, NMR mengidentifikasi metabolit utama yang terlewat oleh GC-MS
dan meningkatkan cakupan keseluruhan jalur oksidatif, siklus asam sitrat, dan jalur
metabolisme asam amino yang mengarah ke hasil yang lebih kompleks. Saat ini hanya
sekitar 8 % artikel ilmiah yang diterbitkan di pubmed yang mengidentifikasi
metabolomic dengan menggunakan gabungan GC-MS dan NMR. Hal ini dapat
dijelaskan oleh kepercayaan yang salah bahwa MS adalah Teknik analitik optimal
untuk metabolisme . perspektif yang salah ini mulai berdampak negative terhadap
bidang penelitian dan kemungkinan membatasi metabolomic yang berpotensi
menurunakn kualitas penelitian dan menghambat kemajuan. Secara sederhana NMR
mendeteksi metabolit yang paling melimpah sedangkan MS mendeteksi metabolit yang
mudah terionisasi NMR mengidentifikasi sampel yang ringan sedangkan MS
mendeteksi sampel lebih berat. Selain itu metode kromatografi diganggu oleh non
derivatisasi metabolit seragam, dekomposisi selama derivatisasi dan dipengaruhi oleh
suhu yang menyebabkan molekul kecil hilang/tidak terdeteksi. Sedangkan NMR tidak
memiliki kepekaan terhadap metabolit dalam kisaran > 1um dan telah terbatas resolusi.
Sedangkan MS memiliki resolusi lebih tinggi