NAMA : ISWANTO (472017417).

HOMO SAPIENS SREBP 2

1. Deskripsi Singkat Nama Gen (Nama resmi di NCBI, nomor, aliases nya, desripsikan fungsi
hayati dan sejarah penemuannya.

Gen SREBF merupakan gen yang disediakan oleh HGNC dengan nama resmi sterol regulatory element
binding transcription factor 2 yang disediakan oleh HGNC. Sumber utama gen ini adalah HGNC:11290.
Gene ini memiliki tipe dan fungsi untuk mengkode protein yang terdapat pada organisme Homo sapiens.
Silsilah Eukaryota terdiri dari Metazoa, Chordata, Craniata, Vertebrata, Euteleostomi, Mamalia, Eutheria,
Euarchontoglires, Primata, Haplorrhini, Catarrhini, Hominidae, Homo juga dikenal sebagai SREBP2,
bHLHd2, SREBP-2. Gen ini mengkode anggota dari faktor transkripsi yang mengontrol homeostasis
kolestrol dengan mengatur transkripsi gen yang diregulasi sterol. Protein yang dikodekan mengandung
domain ritsleting helix-loop-helix-leucine (bHLH-Zip) berfungsi mengikat motif elemen pengatur sterol.
Fungsi SREBP salah satunya mengaktifkan asam lemak dan sintesis kolestrol. Ekspresi gen di otak
(RPKM 36.5), esofagus (RPKM 27.8) dan 25 jaringan lainnya.

Sejarah penemuan heliks ganda adalah temuan Watson dan Crick tentang heliks ganda. Teknik
kristalografi sinar-X menunjukan sebuah citra sinar X-DNA yang dibuat oleh rekan Wilkins, Rosalin
Franklin. Penelitian saksama terhadap citra itu memungkinkan Watson mengetahui bahwa bentuk dasar
DNA adalah heliks (spiral) dengan diameter seragam. Ketebalan heliks itu menunjukan bahwa tampaknya
DNA terbuat dari dua untai polinukleotida, dengan kata lain, heliks ganda[2]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6721

2. Memetakan struktur genom dari gen yang diberikan (setiiap gen memiliki lokus:posisinya
dimana dan dikromosom nomor berapa, pada pita psikogenetika keberapa (lengan p atauq >>
alosentrik atau telosentrik atau lainnya)?) dan Peta enzime restriction jika ada ditunjukan (berapa
ukuran gen dalam genom) deskripsikan konteks struktur genom (contoh : SLC29 pada genom 22).
Gen SREBF 2 merupakan gen yang terletak pada lokus NC_000022 74230 bp DNA linear CON, gen ini
berfungsi mengkode protein di lokus NC_000022 serta memiliki pasangan basa sebanyak 74230 bp. Gen
ini terletak pada kromosom homo sapiens 22, GRCh38.P12 dan terletak pada lokasi 22q12.2 di ekson 25.
Distribusi panjang semua celah (membentang ‘N’ dalam urutan genom) dalam GRCh38. Distribusi
panjang semua celah dapat ditutup sepenuhnya atau sebagian. Plot biola menunjukan distribusi LINE,
SINE, LTR, terjadi pengulangan sederhana dalam GRCh38. Titik dot menunjukan bagaimana celah pada
17p13.3 ditutup pleh contig di HX1. Plot menunjukan perbandingan dua sekuens dan setiap titik
menunjukan wilayah yang hampir sama. Genom dipicu oleh dua contig yang baru di GRCh37 (tidak
dibawa dari GRCh37), namu contig terkait dengan HX1 (000850f-001-01) dapat sepenuhnya sejajar
dengan wilayah pasangan, oleh karena itu celah perakitan ini direvisi panjang nya dari 718 ke 781 bp.
SNV pada HX1 (3.852.118 SNV) pada GRCh38, menunjukan beberapa SV mengandung elemen
genomik fungsional. Genom referensi khusus Asia mengurango jumlah yang spesifik dari etnis yang
disebut SNV. Dari elemen genom yang tidak ada dari genom referensi SNV adalah HX1, 30.713 (B1%)
berada di dalam GRCh38 perakitan baru. Secara total, genom ini mengidentifikasikan urutn 12,8 Mb
dalam urutan HX1. Institut Standar dan Teknologi (NIST) sebagai standar beberapa penelitian
menerbitkan sebelum melaporkan dan benchmarking baru. Dari 907 didapatkan tingkat pemetaan 99,56%
untuk GRCh38 diantara elemen urutan dari analisisKemudian ditemukan dari 7.330 urutan komparatif
novel yang belum dipetakan dan tidak terbaca. Mereka menemukan bahwa 7,8% dapat dipetakan ke (4,9
Mb) absen dari GRCh37.Analisis ulang data menunjukan urutan novel di HX1 mengkonfitmasi urutan
spesifik bahwa 3.440 (5.7 Mb) dapat di sejajarkan dengan GRCh38. Pada urutan 4.1715 (4.4 Mb) dapat di
sejajarkan dengan HX1. Di antara sekuens ini dilakukan varian panggilan pada genom NIST. Pada urutan
3154 (3.5 Mb) dapat disejajarkn dengan GRCh38 dan HX1 dibagi antari HX1 dan GRCh38 dapat di
identifikasi 3.157.818[3]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6721

3. Deskripsikan struktur gen. (NCBI>gene>SLC2A9>homosapiens>spesific data>klik GEN Bank).

Gen SREBF 2 memiliki 6 jumlah mRNA, mRNA pertama gen SREBF2 produk ATP mengikat varian
transkip 1 dengan transkip id : NM 004599.3”, gen id : 6721, HGNC : 11290, MIM : 600481. Pada
mRNA kedua berfungsi mengikat varian transkip X2 dengan transkip id : NM 011530347.2, genw id :
HGNC : 6721, HGNC : 11290 dan MIM : 600481. Pada mRNA 3 berfungsi mengikat varian transkip X3
metode ini dibuktikan dari analisis komputer menggunakan metode prediksi gen: Gnom, dengan bukti
pendukung dari cakupan 100% genomik, dengan transkip id : XM 017028921.2, geneID : 6721, HGNC :
11290, MIM : 600481. Pada bHLHd2 merupakan sinonim dari SREBF 2 dimana mRNA keempat
berfungsi mengikat varian transkip X5, diketahui melalui metode analisis komputasi otomatis
menggunakan metode prediksi gen. Transkip id mRNA 4 : XM 017028922.2, gene ID : 6721, HGNC :
11290, MIM : 600481. SREBF 2 pada mRNA 5 produk ATP berfungsi mengikat varian transkip X1
dengan transkip id : XM 006724310.3, gene ID : 6721, HGNC : 11290, MIM 600481, dan SREBF 2 pada
mRNA 6 produk ATP mengikat varian transkip X2 dengan transkip id : XM 006724256.4, gene ID :
440829, HGNC : 18351 dan MIM 617329. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6721

Pada gen SREBF 2 urutan kromosom 22 termasuk buatan P1 chromosome (PAC) (RP1-267120,
AL021878) yang mengandung alel dari penghapusan umum dari gen CYP2D6. Penulis mengidentifikasi
dari peta klon RPCI-4 PAC berisi salinan lengkap CYP2D6 (RP4-669P10, BX247885). Pada kromosom
22 (LCR 22) terdapat 7 celah yang tersisa terletak di wilayah kaya G + C 22q13.3 dan tidak jelas terkait
dengan variasi jumlah salinan (CNV) dalam data CNV terbari. Pada wilayah 22q13.3 yang merupakan
tanggung jawab kelompok konsorsium sequencing kromosom 22[4].
4. Pola Ekspresi, Transkripsi, Sintesis dikendalikan

Pada gen SREBF 2 RNA-seq penelitian ekspresinya dilakukan terhadap sampel jaringan organ dari 95
individu manusia yang mewakili 27 jaringan. Pola ekspresi pada seluruh organ dan jaringan sangat
penting untuk studi biologi dan menentukan penyakit pada manusia. Pada peneleitian ekspresi gen ini
digunakan RNA-seq untuk mengklasifikasi ekspresi gen terhadap jaringan dan organ yang ada. Metode
yang digunakan adalah analisis transkipomik kuantitatif. Setiap gen memiliki ekspresi yang berbeda-beda
disetiap organ nya. Protein atlas telah mengintegrasikan data RNA dan ekspresi protein sebanyak 80%
gen pengkode protein manusia dengan akses data primer untuk RNA.
Ekpresi gen terjadi di adrenal (RPKM 27.6), appendix (RPKM 15.29), Colon (RPKM 21.5), duodenum
(RPKM 16), brain (RPKM 37), endometrium (RPKM 13.4), esophagus (RPKM 27.8), fat (RPKM 9), gall
blader (RPKM 14), heart (RPKM 16.4), kidney (RPKM 13.3), liver (RPKM 8), lung (RPKM 23.5),
lymph node (RPKM 16), ovary (RPKM 13.2), pancreas (RPKM 5), placenta (RPKM 12.9), prostate
(RPKM 19.3), salivary gland (RPKM 8.8), skin (RPKM 18), small instestine (RPKM 14), spleen (RPKM
13), stomach (RPKM 18), testis (RPKM 16), thyroid (RPKM 12), dan uinary bladder (RPKM 10). Gen
SREBF 2 terekspresi terbanyak pada brain dengan (RPMK 37) ini merupakan pengaruh yang besar
terhadap kerja otak manusia. Otak manusia sangat fungsional untuk berpikir, mentransfer sinyal,
menterjemahkan sinyal. Gen ini sangat berpengaruh pada fungsi otak karena ekspresinya terjadi diotak
dengan jumlah yang besar, fungsi gen ini untuk mensitesis sterol yang akan berdampak pada otak.
Ekspresi juga banyak pada adrenal dengan (RPKM 27.6) dan paling sedikit terjadi pada pancreas dengan
(RPKM 5). Ekspresi gen sangat berpengaruh terhadap suatu penyakit, tergantung dari fungsi gen. Jika gen
berfungsi mensintesis kolestrol tetapi ekspresinya banyak di kuku atau rambut kemungkinan dampak nya
tidak besar. Gen memiliki fungsi masing-masing dalam tugas dan tanggu jawab nya untuk mengkode
protein didalam tubuh kita.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6721

5. Fungsi Molekuler Protein Dari Faktor Transkripsi & Deskripsi

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6721 (Struktur protein 3D).

mTORC1 dikenal untuk mengaktifkan protein pengikat elemen pengatur sterol (SREBPs) termasuk SREBP-3,
regulator utama sintesis kolestrol. Hubungan antara kedua gen ini tidak sepenuhnya dipahami tetapi mTORC1
aktif untuk memicu transklokasi SREBP-2, protein residen endoplasma (ER), ke golgi dimana SREBP- 2
dibelah untuk mentranslokasi ke nuleus dan mengaktifkan ekspresi gen untuk sintesis kolestrol. Kolestrol ER
rendah menjadi pemicu untuk aktivitas SREBP-2. Aktivitas mTORC1 mengakibatkan kolestrol ER rendah dan
terjadi peningkatan aktivitas SERBP-2 sedangkan penurunan aktivitas mTORC1 mengakibatkan peningkatan
kolestor ER dan penurunan aktivitas SREBP-2. Peningkatan kolestrol ER diakibatkan SREBP-2 diaktifkn tanpa
aktivsi mTORC1, sehingga mTORC1 rendah, kolestrol kemudian di kirim ke lisosom melalui 2 jalur
perdagangan membran, authophagy dan pengalihan rute endosom ke lisosom. Selanjutnya mTORC1 secara
aktif menekan autophagy dan mempertahankan daur ulang endosom, sehingga mencegah endosom dan
autophagosomes dari mencapai lisosom yang menghasilkan pengurangan kolestrol dan aktivasi SREBP-2.[5].

6. Deskripsikan semua SNP pada gen (dilihat ke peta SNP)?

Pada gen SREBFs salah satu (SNP, rs2228314) dan varian SCAP 2386A > G (rs12487736) berpengaruh
dan berkaitan dengan Miokar Infark (MI). SNP ini mengakibatkan kematian jantung mendadak pada pria
paruh baya. Penelitian yang dilakukan di Cina dengan 431 pasien termasuk 197 dengan stenosis koroner
> 50% atau MI dan 234 kontrol sebelumnya tanpa CAD yang terdokumentasi (pria <55 tahun dan wanita
<65 tahun). Pada penelitian di China tiga genotipe GG, GC, dan CC hadir di rs2228314. Regresi logistik
menyatakan hubungan dari dua SNP ini dengan CAD prematur, bisa dikatakan tidak ada hubungan dari
kedua SNP diantara kelompok pasien dengan penyakit 0, 1, 2, dan 3. Tidak teridentifikasi hubungan SNP
dan CAD dini tigkat lesi koroner pada populasi China.[5]

7. Apa implikasi kesehatan & Gizi dari SNIP berdasarkan Jurnal > NCBI
  Berpengaruh terhadap kolestrol

 Pengaruh gen SREBF 2 terhadap gizi dapat menyebabkan faktor obesitas dan kolestrol.Transkripi yang
terjadi dalam satu penelitian Gen SREBP2 jika aktif akan mensintesis kolestrol, ini berhubungn dengan
mTORC1 yang memainkan peran penting. Aktivitas mTORC1 dapat memainkan perdagangan
membran, menekan autophagy, mempertahankan daur ulang endomal ke membran plasma, pada
akhirnya membran dan sel tidak sampai kelisosom. Apabila mTORC1 rendah dapat mengarahkan
authopagy untuk menuntun kolestrol pada membran sel ke lisosom dan pengalihan endosom yang kaya
kolestrol menjadi lisosom. Lisosom akan kaya kolestrol dan menekan SREBP2. SREBP 2 adalah
isoform dominan dalam sel yang dikultur dan mereka mengaktifkan asam lem dan sintesis kolestrol[6].
 Berimplikasi pada jantung koroner.

 Transkriptome sel kanker ovarium epitelial A2780 yang resisten terhadap cisplatin dan sensitif
diperoleh dari GSE15372 dan TCGA. Dua belas faktor transkripsi dan target nyata terlibat dalam
resistensi cisplatin. Di antara faktor-faktor ini, target EZH2 dan SREBP2 yang diungkapkan oleh
hubungan regulasi transkripsional terurai oleh penambangan teks berbasis, kalimat juga diperkaya
dalam gen yang diekspresikan secara berbeda. Target mereka diperkaya terutama dalam siklus sel
dan proses metabolisme kolesterol. Tiga target SREBP2, yaitu LDLR, FDFT1, dan HMGCR
meningkat pada garis sel yang resisten A2780 dan ditemukan meningkat dalam sel hidup setelah
pengobatan cisplatin melalui qPCR. RNAi dari SREBP2 dalam garis sel A2780 menghasilkan
penurunan viabilitas sel setelah pengobatan cisplatin. SREBP2 memainkan peran penting dalam
resistensi cisplatin dan mungkin menjadi target baru untuk terapi kanker.[5].

DAFTAR PUSTAKA

[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6721

[2] Eric, J, Simon., Jean, L, Dickey., Kelly, A, Hogan,. Jane, B, Reece. 2015. Intisari Biologi. Edisi 6.
Penerbit : Erlangga. Jakarta.

[3]Lingling, Shi., et. al. 2016. Long-read sequencing and de novo assembly of a Chinese genome.
NATURE COMMUNICATIONS | DOI: 10:1038/ncomms12065.
[4](Charlotte, G, Cole., Owen, T, McCann., John, E, Collins., et.al. 2008. Finishing the finished human
chromosome 22 sequence. Genome Biology 2008, 9 : R78 (doi : 10.1186/gb-2008-9-5-r78). Volume 9,
Issue 5, Article R78).

[5]Eid, W., Dauner, K., Kevin, C, Courtney., et.al. 2017. mTORC1 activates SREBP-2 by suppresing
cholestrol trafficking to lysosomes in mammalian cells. PNAS. Vol 114. No 30. 7999-8004.
[6]Eid, W., Dauner, K., Kevin, C, Courtney. 2017. mTOCR1 activates SREBP-2 by suppressing
cholesterol trafficking to lysosomes in mammalian cells. PNAS. Vol 114. no. 30. 7999-8004.