Biologi Molekuler Setiap organisme terdiri dari sel

Sekumpulan sel jaringan

Biologi Molekuler
Bios = hidup
Logos : logic = science : ilmu
Molekuler = molekul
Biologi Molekuler
 Cakupan bio-mol sangat luas
 Perkembangannya sangat cepat
 Biomol berakat dari : ilmu genetika &
ilmu biokimia
 Awal biomol :
1. Penemuan DNA (1953) oleh
Watson dan Grick
2. Penemuan Gen (1853) oleh
Mendel
3. Pembuktian gen terdapat dalam
kromosom oleh Morgan (1910-
1915)
4. Penemuan bahwa gen adalah
DNA (1944) oleh Avery, Mc
Leod dan Mc Carty
Crick (1958)merumuskan :
Urutan nukleotida dalam biologi molekuler
menentukan urutan nukleotida dalam RNA dan
selanjutnya menentukan urutan asam
Sekumpulan jaringan organ
Tubuh manusia mempunyai 7,5 x 1012 sel (diluar
sel-sel darah)
“sel merupakan unit terkecil yang bila dipisahkan
masih memiliki kemungkinan untuk hidup secara
mandiri”
“Didalam sel terdapat sejumlah besar molekul ini
disebut : Bio-Molekuler (molekul hidup)
Purin dan Pirimidin
 Purine base : inti purin
Pirimidine base : inti pirimidin
 Adalah induk dari :
 Molekul nukleosida
 Molekul nukleotida
 Molekul DNA, RNA, ATP dll
 Adalah senyawa heterosiklik (cincin yang
mempunyai atom carbon cc) dan non
carbon (seperti N)
Purin

Biomolekul (molekul hidup)

 Di dalam sel terdapat sejumlah besar Biosintesa Purin
molekul dan ini yang disebut 1N = berasal dari asam aspartat

“Biomolekul” = molekul-molekul yang -2C = berasal dari asam format

mempunyai sifat –sifat apa yang kita sebut -8C

kehidupan 3N = berasal dari asam glutamin

 Biomolekul dapat didefenisikan sebagai 9N

molekul (senyawa kimia) yang secara 4C

alami hanya dijumpai pada tubuh 5C = berasal dari asam glycin

organisme 7C

 Biomolekul terdiri dari : 6C = berasal dari asam CO2

1. Senyawa sederhana dan Purin-Termetilasi memiliki sifat farmakologis

2. Tiga jenis makromolekul Cth :
 Polisakarida (karbohidrat),  Trimetil Xantin pada kopi (kafein) = kuat
cth :  Dimetil Xantin pada teh (teofilin)
 Polipeptida (protein), cth :  3,7 Dimetil Xantin pada coklat
 Polinukleotida (DNA,RNA), (teobromin)
cth :
Kafein
Sel Hidup
Sel dari organisme yang mati dibedakan dengan sel
hidup adalah “adanya fungsi kehidupan pada sel
hidup”
1. Reproduksi
2. Tumbuh dan kembang
3. Metabolisme Hipoxantin
4. Pertahanan terhadap pengaruh luar

Sel Hidup dan Molekular

 Nukleosida (Pyrimidine Base)
Xantin

Pirimidin

Beberapa jenis Nukleosida

1. ~ Ribonukleosida adenosin
~ Ribonukleosida guanosim
~ Ribonukleosida sitidin
Biosintesa Pirimidin ~ Ribonukleosida uridin
1N
6C = berasal dari asam format 2. -Deoksi Ribomukleosida
5C  Deoksi adenosin
4C  Deoksi guanin
3N = berasal dari NH3  Deoksi sitidin
2C = berasal dari asam CO2  Deoksi uridin
 Deoksi timin
 Purin dan pirimidin mempunyai sistem
penomoran berbeda Singkatan pada Nukelosida
 Pirimidin : arah jarum jam A = Adenin
 Purin : berlawanan jarum jam G = Guanin
 Sebagian besar purin dan pirimidin C = Citosin
terdapat dalam sel sebagian nukleotida T = Timin
 Purin dan pirimidin membentuk U = Urasil
nukleosida dan nukleotida
d GTP artinya
Nukleosida d = 2’-deoksi-D-Ribosa
Nukleosida terdiri dari : G = Guanosin
1. Basa purin atau pirimidin TP = Trifosfat
2. D-Ribosa atau
2-Deoksi-D-Ribosa Nukleotida
(base + Ribosa fosfat)
 Terikat kovalen antara
B-N-Glikosidat ke N9 basa purin atau N1
basa pirimidin
 Penomoran atom ribosa dengan : 3’atau5’
untuk membedakan dengan penomoran
basa purin dan pirimidin

Nukleosida (Purine Base)

Nukleosida Trifosfat memiliki potensi tinggi

pemindahan gugus
ATP menghasilkan 7kkal/mol (Nukleosida
Trifosfat)

A. Derivat Adenosin
1. ATP, ADP
 Untuk fosforilasi oksidatif Acids (RNA) Acids (DNA)
2. CAMP (Adenosit Monofosfat) Acid Asam fosfat Asam fosfat
 Terbentuk dari ATP Gula D-Ribose D-2. Deoxy Ribose
 Fungsi pengaturan dalam sel Inti :
3. Adenosin 3’-fosfat-5’-fosfo sulfat Purin Adenin Guanin Adenin Guanin
Donos sulfat untuk pembentukan
Pirimidin Cytosine Uracil Cytosine Thymin
protein dengan sulfat
4. S-Adenosil Metionin
Donor metil untuk reaksi metilasi Struktur dasar DNA
B. Derivat Guanosin
1. Konversi :  Double helix
Suksinil Ko.A suksinat  Diikat oleh ikatan hidrogen antara inti
Terangkai GDP GTP purin dan pirimidin pada satu sisi dengan
GTP sumber energi sintesa bahagian hidropobic sisi lainnya
protein  DNA mengandung :
2. CGMP sinyal intra sel Basa purin : (A) Adenin
Relaksasi otot polos (G) Guanin
C. Derivat Hipoxantin Basa pirimidin : (C) Cytosin
Bekerja pada metabolisme purin (T) Timin
D. Derivat Urasil  RNA mengandung :
1. UDP epimerisasi gula Basa (U) urasil menggantikan (T) timin
(Glukosa 1 P Galaktosa 1 P)  DNA - Deoksi ribosa (gula)
2. UDP – Glukosa donor glukosil RNA – Ribosa (gula)
Untuk pembentukan glikogen
E. Derivat Sitosin Untai DNA dan Anti Paralel
Sintesa fosfogliserida
Sintesa spingomielin

Molekul-molekul dengan struktur Nukleotda

1. Struktur inti DNA, RNA
2. ATP GTP GTP UTP TTP
ADP GDP energi GDP UDP TDP
AMP GMP GMP UMP TMP
3. Ko.enzim
 Pyrimidine Nucleotide
 FAD, FMN
 Co. Enzyme A
 NAD, NADP Oksigen dari setiap cincin gula adalah di atas
4. Intermediate dalam carbon sehingga carbon 5’ berada di atas karbon 3’
 Metabolisme karbohidrat untai ini dikatakan berjalan dari arah C-5’ ke C-3’.
 Metabolisme lemak Pada untai lainnya oksigen dari setiap cincin gula
 Metabolisme protein di bawah karbon sehingga carbon 3’ di atas karbon
5’. Jadi berjalan dari 3’ ke 5’.
Asam Nukleat (Nukleat Acids)
 Asam nukleat adalah Letak DNA
Makromolekul yang terdiri dari :  DNA berfungsi sebagai bahan genetik
 Purin dan pirimidin dalam sel
 Fosfat  DNA terletak dalam inti sel
 Ribosa (RNA)  DNA terikat ke protein dan membentuk
 Deoksi Ribosa (DNA) suatu kompleks yang disebut Kromatin
 Asam Nukleat mengandung 5 basa  Selama tidak membelah (interfase)
heterosiklik mayor kromatin berbentuk padat (hetero
Purin : adenin, guanin kromatin) tidak dapat dilihat
Pirimidin : sitosin, timin, urasil  Selama pembelahan sel (mitosis) kromatin
DNA : adenin, guanin, sitosin dan timin memadat membentuk kromosom yang
RNA : adenin, guanin, sitosin, urasil dapat dilihat mempunyai dua kromatid
bersaudara (sisten chromatide)
Bila RNA dan DNA dihidrolisa !  Virus juga mengandung DNA sebagai
bahan genetiknya
Ribonucleic Deoxy Ribonucleic
  Tetapi virus tidak punya kemampuan
replikasi, transkripsi, translasi
 Akibatnya virus harus menyerbu masuk
kedalam inti sel dan menyita perangkat
untuk mensintesa DNA, RNA, protein
agar dapat berkembangbiak
 Plasmid adalah molekul DNA yang
sirkular dan kecil, dapat masuk kedalam
bakteri dan melakukan replikasi secara
autonom. Plasmid tidak menular.
Struktur kromosom
 DNA kromosom manusia yang paling
panjang berukuran 7cm
 DNA dari 46 kromosom pada 1 sel
manusia diploid, apabila disambung ujung
ke ujung akan terentang dengan jarak 2m
. DNA manusia mengandung 6 x 109
pasangan basa
 DNA berintegrasi dengan protein yang
banyak mengandung asam amino arginin
dan lisin protein tersebut “HISTON”
 Ada 5 kelas Histon
 H1
 H2A
 H2B
 H3
 H4
 Apabila kromatin (kompleks DNA dan
protein yang terdapat di inti) di ekstrasi
dari sel
“kromatin tampak seperti manik-manik
pada benang”
“Manik-manik ini dikenal sebagai
Nukleosom lebih jelasnya sebagai inti
Nukleosom”
 Kompleks DNA dan Histon membentuk
struktur “Nukleosom kromatin”’
 Di inti sel juga terdapat protein jenis lain
disebut : Protein Kromosomal Non-Histon
 Sel dan jaringan memiliki protein Non-
Histon ini dalam jumlah dan jenis berbeda
seperti :
 Enzim
 Faktor pengatur transkripsi
Genom Manusia
 Genom atau kandungan genetik total pada
1 sel manusia
 23 kromosom (1 sel telur/sperma)
 3 x 109 pasangan basa
 Laki-laki : 22 kromosom (1 kromosom x,
1 kromosom y) (xy)
 Perempuan : 22 kromosom (2 kromosom
x) (xx)
 Jumlah total kromosom per sel diploid
adalah 46
 DNA manusia mempunyai : 50.000-
100.000 gen
RNA
 RNA mirip DNA
 Polinukleotida
Ikatan fosfodiester -3’ ke fosfodiester -5’
 RNA
Basa purin : adenin, guanin
Basa pirimidin : sitosin, urasil
Gula : ribosa
 Untai tunggal
 Pasangan : adenin-urasil
guanin-sitosin
 3 jenis utama RNA : mRNA, rRNA, tRNA
ikut dalam sintesa protein
 Sebahagian RNA berfungsi seperti
“enzim” mengkatalisir reaksi dirinya
sendiri disebut : Ribozim
 Sebahagian RNA berfungsi sebagai
katalisator sejati disebut ribonuklease
Sintesa Protein dan Kode Genetik
 Untuk paham sintesa protein atau mutasi
harus paham kode genetik
 Kumpulan kodon menyusun kode genetik
 Kodon tersusun dari kode 3 huruf
 Huruf A, G, T dan C adalah kode huruf
nukleotida yang terdapat dalam DNA
Kodon (kode 3 huruf)
(DNA)
Kode genetik
Sintesa protein
 A, G, U dan C untuk RNA
Informasi genetik dialirkan dari DNA RNA
Protein
Informasi genetik dalam rangkaian nukleotida
DNA
Dicetak (Transkripsi)
Rangkaian nukleotida RNA (dalam nukleus)
I. Terbentuk hnRNA (RNA nuklear heterogen)
Ekson (regio pengkode)
II. mRNA mature
masuk ke sitoplasma
Translasi
 Adalah proses menerjemahkan secara
akurat dan efisien informasi genetik yang
 dibawa oleh mRNA kedalam rangkaian
asam amino dalam protein
“rangkaian nukleotida mRNA terdri
serangkaian kodon yang menspesifikan
rangkaian asam amino dalam protein yang
di kodekan”
 Molekul penyelaras (adaptor) berfungsi
untuk mentranslasikan informasi didalam
mRNA menjadi rangkaian asam amino
suatu protein
 Molekul penyelaras yang mentranslasikan
kodon ke dalam rangkaian asam amino
dari sebuah protein adalah molekul RNA
transfer (tRNA)
 Ribosom adalah komponen sel yang
berfungsi merakit molekul protein
 Poliribosom merupakan kumpulan
ribosom yang bergabung secara bersama-
sama mentranslasikan suatu molekul
mRNA tunggal
 Retikulum endoplasmik kasar merupakan
kompartemen poliribosom yang terikat
membran membantu sintesa protein yang
akan dikirim keluar
 Struktur poliribosom juga ditemukan
bebas dalam sitoplasma dan fungsinya
sintesa protein untuk tetap berada dalam
sel sendiri
 Ada 20 jenis asam amino dalam protein
 Harus ada sedikitnya 20 macam kodon
berbeda yang menyusun kode genetik
 Karena hanya ada 4 nukleotida yang
berbeda dalam mRNA maka kini diketahui
setiap kodon terdiri atas 3 buah nukleotida
(kode triplet). Sehingga dapat
menghasilkan 64 (43) kodon spesifik
Kode Genetik (Penugasan Kodon di dalam
mRNA)
Daftar Kode Genetik
 Istilah nukleotida pertama, kedua dan
ketiga menunjukkan nukleotida-nukleotida
dalam kodon triplet
 U : uridine nucleotide
C : cytosine nucleotide
A : adenine nucleotide
G : guanin nucleotide
 MET : metionine
Kodon inisiator (pemula) rantai nukleotida
 TERM : terminator
Kodon terminator (pengakhir) rantai
nukleotida
 AUG : kode genetik untuk metionin
merupakan kodon initiator dalam sel
mamalia
Ciri khas Kode Genetik
1. Berdegenerasi
2. Tidak ambigu
3. Tidak tumpang tindih
4. Tanpa pungtuasi
5. Universal
 3 kodon dari 64 kemungkinan kodon tidak
mengkode asam amino disebut kodon tak
bermakna (non sense codon)
 Nonsense codon ini berfungsi untuk signal
terminasi didalam sel
 GI
1. Berdegenerasi
~ Kodon mengkode asam amino yang
sama
Contoh : serine 6 kodon UCU UCC
UCA UCG
AGU ACG
~ Nukleotida ketiga dalam kodon tidak
terlalu penting dari kedua dan pertama
untuk susunan asam amino. Tetapi paling
penting untuk degenerasi
2. Tidak ambigu
Sebuah kodon spesifik hanya menunjuk
satu asam amino tunggal
3. Tidak tumpang tindih (non everlapping)
Pembacaan kode genetik selama proses
sintesa protein tidak mengikutsertakan
kodon yang tumpang tindih
4. Tanpa Pungtuasi
Begitu pembacaan dimulai pada suatu
kodon spesifik, pesan dibaca dalam satu
rangkaian triplet nukleotida tidak terputus
sama kodon terminasi (non sense kodon)
tercapai
5. Bersifat universal
Penggunaan setiap kodon asam amino
bervariasi antara spesies dan antara
berbagai jaringan berbeda pasa stu spesies
tRNA
 Molekul yang menerjemahkan kodon
kedalam urutan asam amino suatu protein
 Pengenalan kodon spesifik dalam mRNA
oleh tRNA tergantung pada regio
antikodon dan pasangan basa
 Setiap molekul tRNA mengandung sebuah
rangkaian molekul spesifik yang
komplementer terhadap kodon disebut
antikodon
 Setiap molekul tRNA memiliki antikodon
yang tepat dan spesifik
  Setiap molekul tRNAhanya dapat memua
satu asam amino spesifik dan dengan
demikian setiap kodon spesifik untuk satu
asam amino
 Sitoplasma mempunyai 31 mol tRNA
DNA dan RNA
 Setiap molekul RNA adalah cetakan
sebahagian kecil dari bahagian DNA
 Sebagai perbandingan
 Molekul terkecil dari DNA dalam
sel manusia mempunyai 50.000
basa (nukleotida)
 Beberapa molekul RNA malah
mempunyai 120 nukleotida
 rRNA dibentuk di nukleolus dari cetakan
sebahagian DNA
 mRNA dan tRNA dibentuk di
nucleoplasma dibagian DNA
 Amantin terdapat pada jamur (sayur)
menghambat pembentukan mRNA, dan
bila dikonsumsi banyak juga menghambat
tRNA
 Rifampicin obat TBC paru mencegah
pembentukan RNA pada kuman, binatang
dan tumbuhan tetapi tidak pada manusia
Ribosom
 Tempat protein disintesa merupakan
molekul protein berbagai ukuran dan
sedikit mengandung molekul RNA yang
ukurannya besar
 Molekul rRNA mempunyai tempat untuk
mengikat tRNA dan mRNA, sehingga
memungkinkan untuk sintesa polipeptida
 rRNA diameter  30mm, 80 s (svedberg)
 Saat sintesis rRNA dapat berasosiasi dan
berdisosiasi menjadi
80 s 60 s dan 40 s
Half-life ribosom 130 jam
104 mol rRNA disintesa perjam dalam sel
 Fungsi spesifik dari ribosom :
1. Memberikan titik perlekatan mRNA
2. Memberikan tempat perlekatan
TRNA-A-A
3. Menyediakan protein utuk
mengkatalisasi pembentukan ikatan
peptida dan ATP yang diperlukan
4. Sintesa protein selengkapnya
Fase Sintesa Protein
1. Inisiasi
2. Elongasi
3. Terminasi
1. Fase inisiasi
 Tahap permulaan sintesa protein
memerlukan suatu mRNA yang telah
dipilih untuk ditranslasikan oleh suatu
ribosom
 mRNA berikatan dengan ribosom dan
proses translasi dimulai
 Proses itu mengikutkan :
 tRNA
 rRNA
 mRNA dan
 sekurang-kurangnya 10 macam
faktor inisiasi (Eukaryotic Initiation
factors (eIFS)
 GTP, ATP
 Asam amino
 Proses inisiasi ada 4 langkah :
1. Disosiasi ribosom
2. Pembentukan kompleks preinisiasi 43
s
3. Pembentukan kompleks inisiasi 43 s
4. Pembentukan kompleks inisiasi 80 s
2. Fase Elongasi
 Merupakan proses dengan banyak tahap
(multi tahap)
 Merupakan proses siklik
 Tahap-tahapnya :
1. Pengikatan amino asil-tRNA ketapak
2. Pembentukan ikatan peptida
3. Translokasi
1. Pengikatan amino asil-tRNA
 Ribosom 80 s lengkap terbentuk
pada proses inisiasi mempunyai
tapak (template) yang berupa
tapak akseptor atau amino asil
yang masih bebas
 Pengikatan amino asil-tRNA
tepat di dalam tapak memerlukan
pengenalan kodon yang tepat pula
3. Fase Terminasi
 Proses terminasi relatif sederhana
 Setelah beberapa kali siklus elongasi dan
semua AA spesifik telah di polimerisasi
menjadi protein spesifik
 Kodon tanpa nama ( nonsense kodon
muncul pada tapak
 Normal, tidak ada tRNA yang memiliki
antikodon yang mampu mengenali sinyal
terminasi semacam itu
 Faktor pelepas (RF) releasing factors
 Protein dilepaskan dari tapak
tRNA dilepaskan dari tapak
ribosom 80 s berdisosiasi menjadi 40 s dan
60 s
 Kemudian proses berulang kembali
 mRNA dilepas oleh ribosom
 siklus lain baru dapat berulang
Skema Sintesa Protein

1. Rantai DNA dinukleus dipisahkan

 Template diaktifkan
 ATP mRNA
 Mrna mature masuk sitoplasma
 Ribosom bergabung dengan mRNA
 Gabungan ini sebagai tapak (template
untuk pembentukan ikatan polipeptida
2. tRNA dalam sitoplasma bergabung dengan A-A
spesifik dibantu ATP. tRNA TRNA AA +
AMP +PP1