Kuliah ke 8

Dasar Molekuler Hereditas (Ch.16)

Ekspresi Gen: Dari Gen ke Protein-1
(Ch.17)

21 Oktober 2019
 Tujuan Pembelajaran (8)
K56: mahasiswa mampu menggambarkan struktur DNA
K57: mahasiswa mampu meneragkan replikasi DNA
K58: mahasiswa mampu menerngkan kerja atau fungsi DNA
polymerase, primer, primase, helicase, topoisomerase, single-
strand binding proteins, and DNA ligase
K59: mahasiswa mampu menerangkan DNA proofreading and
repairing
K60: mahasiswa mampu menggambarkan packing atau pengepakan
kromatin dalam sel eukariot
K61: mahasiswa mampu menerangkan aliran informasi genetik
K62: mahasiswa mampu membandingkan transkripsi dan translasi
pada prokariot dari yang terjadi pada sel eukariot
K63: mahasiswa mampu menggambarkan transkripsi menggunakan
istilah mRNA, RNA polymerase, promotor, terminator, unit
transkripsi, inisiasi, elongasi, terminasi dan intron
Dasar Molekuler Hereditas
(Chapter 16)

Apa struktur DNA?

 Sugar–phosphate Nitrogenous
backbone bases
5 end

Struktur Untai DNA

Thymine (T)

Monomer Struktur DNA : Nukleotida

- basa nitrogen
- gula deoksibosa
- gugus fosfat
Adenine (A)

Gugus fosfat satu nukelotida berikatan dengan gula

nukleotida sebelahnya, membentuk suatu “tulang
punggung” gugus fosfat dan gula bergantian
Cytosine (C)

Arahnya :
dari ujung 5’ (ujung dengna gugus fosfat) ke ujung 3’
(dengan gugus —OH dari gula). Phosphate DNA nucleotide

Sugar (deoxyribose)
3 end
Guanine (G)
K56
 Ujung 5

Ikatan Hidrogen ujung3

1 nm

3.4 nm

Ujung 3
0.34 nm
Ujung 5
(a) Kunci gambaran struktur DNA (b) Sebagian Struktur Kimia (untai
antiparallel)
K56
 Purine + purine: terlalu lebar
Adenine and Guanine are purines

Pyrimidine + pyrimidine: terlalu sempit

Cytosine and Thymine are pyrimidines

Purine + pyrimidine: lebarnya

konsisten sesuai data sinar -X

K56: Students should be able to describe the structure of DNA

 Pasangan Basa pada DNA
Adenine (A) Thymine (T)
Pasangan basa nitrogen dalam
Untai dobel DNA diikat oleh ikatan
hidrogen, ditunjukkan di gambar
samping dengan garis titik titik.

Guanine (G) Cytosine (C)

K56
 Konsep 1. Beberapa protein bekerja bersama dalam replikasi dan
reparasi DNA

A T A T A T A T
C G C G C G C G
T A T A T A T A
A T A T A T A T
G C G C G C G C

(a) Molekul orangtua (b) Untai berpisah (c) Molekul DNA “anakan”,
masing2 mengandung satu
untai orangtua dan satu
untai baru

Model Replikasi DNA : Konsep dasar

K57: Students should be able to describe DNA replication
 Replikasi DNA : Lebih Detail
Origin of
a. Memulai replication Parental (template) strand

Daughter (new) strand

Double-stranded Replication fork

DNA molecule
Replication bubble

0.5 µm
Two
daughter
DNA
molecules

(a) Asal replikasi pada E. coli

K57: Students should be able to describe DNA replication

 Origin of replication Double-stranded DNA molecule

Parental (template) strand

Daughter (new) strand

0.25 µm

Bubble Replication fork

Two daughter DNA molecules

(b) Asal replikasi pada eukariot

K57: Students should be able to describe DNA replication

 • Helicase adalah enzim yang membuka untai double helix pada garpu replikasi
memisahkan dua untai parental dan membuat mereka bisa sebagai untai template
• Single-strand binding protein berikatan dan menstabilkan untai-single DNA
sampai dia digunakan sebagai template (berikatan dengan untai DNA tak
perpasangan, mencegah mereka dari berpasangan kembali)

Single-strand binding
proteins

3
5 3

5
5
3
Helicase
K58
 • Topoisomerase mengkoreksi “overwinding” di depan garpu replikasi
dengan cara memecah, swiveling, dan menggabungkan lagi untai DNA
• Untai inisiasi nukleotida adalah RNA primer yang pendek

Single-strand binding
proteins

Topoisomerase 3
5 RNA 3
primer

5
5
3
Helicase
K58
 Enzim disebut primase dapat memulai dengan rantai pendek RNA
dari scratch dan menambahkan satu nukleotida RNA pada satu
waktu menggunakan DNA parental sebagai template
Primase
Single-strand binding
proteins

Topoisomerase 3
5 RNA 3
primer

5
5
3
Helicase
K58
b. Sintesis Untai Baru
DNA

K58
 Pengecekan dan Reparasi DNA (selama
dan setelah replikasi)
Selama perbaikan model Eksisi
nukleotida, enzim nuklease
memotong dan mengganti untai DNA Nuclease

yang rusak
DNA polimerase mengecek untai DNA
baru DNA yang terjadi, polymerase

menggantikan nukleotida yang tidak

benar

DNA ligase menseal ujung bebas dari DNA ligase

untai baru DNA ke DNA lama,
menjadikannya untai komplet

K59: Students should be able to describe DNA proofreading and repairing

 5
Ends of parental Leading strand
Replikasi Ujung akhir Molekul DNA DNA strands Lagging strand
3

Last fragment Previous fragment

• Mesin replikasi umumnya Lagging strand RNA primer

memfasilitasi jalan tak dapat 5

3

melengkapi ujung 5 , jadi Parental strand

Removal of primers and
replacement with DNA
ronde/putaran berulang replikasi where a 3 end is
available
menghasilkan molekul DNA yang 5

lebih pendek 3

Second
round of
replication
5
New leading strand 3
New lagging strand5
3
Further
rounds of
replication
Shorter and shorter daughter molecules
• Molekul DNA kromosom Eukariot memiliki urutan
nukleotida di ujungnya uang dikenal sebagai telomeres
(TTAGGG)
• Telomeres tidak mencegah pemendekan molkeul DNA,
tetapi mereka memang menunda erosi gen gen dekat
ujung molekul DNA
• Dihopotesiskan bahwa pemendekan telomeres
berhubungan dengan penuaan
• Jika kromosom sel gamet menjadi memendek di setiap
siklus sel, gen-gen esensial akan secara bertahap hilang
dari gamet yang dihasilkan
• Enzim disebut telomerase menkatalisa pemanjangan
telomeres dalam sel gamet
 Konsep 2. Kromosom mengandung molekul DNA yang
dipacked bersama dengan protein

• Kromosom bakteri adalah untai ganda, sirkuler molekul

DNA nya berhubungan dengan sejumlah sedikit protein
• Kromosom Eukariot dicirikan linear, molekul DNA
berasosiasi dengan sejumlah besar protein
• Pada bakteri, DNA nya adalah “supercoiled” dan
ditemukan pada area sel yang disebut nucleoid

K60: Students should be able to describe chromatin packing in eukaryotic cell

 Histones adalah protein yang bertanggunggjawab untuk tigkat pertama
packing DNA ke dalam in kromatin
Kromatin adalah kompleks DNA dan protein, dan ditemukan dalam inti
sel eukariot

Nucleosome
(10 nm in diameter)
DNA double
helix (2
nm in diameter)

H1
Histone tail
Histones

DNA, the double helix Histones Nucleosomes, or “beads

on a string” (10-nm fiber)

K60: Students should be able to describe chromatin packing in eukaryotic cell

 Kromatin disusun ke dalam serabut-serabut atau fibers
a. Fiber berukuran 10-nm
– DNA winds around histones to form nucleosome “beads”
– Nucleosomes are strung together like beads on a string by linker DNA

Nucleosome
(10 nm in diameter)
DNA double
helix (2
nm in diameter)

H1
Histone tail
Histones

DNA, the double helix Histones Nucleosomes, or “beads on

a string” (10-nm fiber)

K60: Students should be able to describe chromatin packing in eukaryotic cell

 Kromatin disusun ke dalam serabut-serabut atau fibers
b. Serabut atau Fiber 30-nm
– Interactions between nucleosomes cause the thin fiber to coil or fold into
this thicker fiber
Chromatid
(700 nm)

30-nm fiber

Loops Scaffold

300-nm fiber

Replicated
chromosome (1,400
nm)

30-nm fiber Looped domains (300-nm Metaphase chromosome

fiber)

K60: Students should be able to describe chromatin packing in eukaryotic cell

 Kromatin disusun ke dalam serabut-serabut atau fibers
c. Fiber 300-nm
The 30-nm fiber forms looped domains that attach to proteins
Chromatid
(700 nm)

30-nm fiber

Loops Scaffold

300-nm fiber

Replicated
chromosome (1,400
nm)

30-nm fiber Looped domains (300- Metaphase chromosome

nm fiber)

K60: Students should be able to describe chromatin packing in eukaryotic cell

 Kromosom pada Metaphase
The looped domains coil further
Lebar chromatid yaitu 700 nm
Chromatid
(700 nm)

30-nm fiber

Loops Scaffold

300-nm fiber

Replicated
chromosome (1,400
nm)

30-nm fiber Looped domains (300-nm Metaphase chromosome

fiber)

K60: Students should be able to describe chromatin packing in eukaryotic cell

Ekspresi Gen: Dari Gen ke Protein
Gene expression is the process by which DNA directs the synthesis of protein

How does a single faulty gene result in the dramatic

appearance of an albino animal?
 Konsep 1. Gen menentukan protein melalui
transkripsi dan translasi

Prinsip Dasar Transkripsi dan Translasi

• Transkripsi adalah sintesis RNA atas arahan DNA

• Transkripsi menghasilkan messenger RNA (mRNA)
• Translasi adalah sintesis polipeptida, yang terjadi atas
arahan mRNA
• Ribosom adalah tempat berlangsunya translasi

K61: Students should be able to explain the flow of genetic information

 DNA
TRANSCRIPTION

mRNA

Pada prokariota, mRNA yang

dihasilkan dari transkripsi secara
segera ditranslasi tanpa
memprosesnya lebih lanjut
DNA
TRANSCRIPTION

mRNA
Ribosome
TRANSLATION

Polypeptide
(a) Bacterial cell

K62: Students should be able to compare prokayotic transcription and translation to those of eukaryotic cells
 Nuclear
Nuclear
envelope
envelope

DNA
TRANSCRIPTION DNA
TRANSCRIPTION
Pada sel eukariotik, bungkus inti
memisahkan transkripsi dari translasi RNA PROCESSING
Pre-mRNA
Pre-mRNA
RNA PROCESSING

Trankripsi RNA Eukariot dimodifikasi mRNA

mRNA
melalui RNA processing untuk
menghasilkan molekul mRNA

TRANSLATION Ribosome

Polypeptide
(b) Eukaryotic cell
K62: Students should be able to compare prokayotic transcription and (b) Eukaryotic cell
translation to those of eukaryotic cells
 Gene 2
DNA
Kode Genetika molecule
Gene 1

Gene 3
Codons: Triplets of Bases
DNA
template
strand
Aliran informasi dari gen ke
protein didasarkan pada yang
dikenal sebagai triplet code: TRANSCRIPTION

suatu seri non-overlapping,

mRNA
tiga kata nukleotida
Codon
TRANSLATION

Protein

Amino acid
K61: Students should be able to explain the flow of genetic information
 Second mRNA base

end of codon)
end of codon)
Kamus Kode Genetik

Third mRNA base (3

First mRNA base (5
K61: Students should be able to explain the flow of genetic information
 Konsep 2. Transkripsi adalah sintesis RNA atas arahan DNA

Molecular Components of Transcription

Bagian Untai DNA yang ditranskripsi disebut unit

transkripsi

Untai DNA di mana enzim RNA polimerase

menempel disebut promotor; pada bakteri, urutan
yang mengkode ujung akhir transkripsi disebut
terminator

K63: Students should be abe to describe transcription using terminology of mRNA, RNA polymerase, promoter,
terminator, transcription unit, inisiation, elongation, termination dan intron
 Promoter Transcription unit

5 3
3 DNA 5
Start point
RNA polymerase
1 Initiation Elongation Nontemplate
strand of DNA
RNA nucleotides
5 3 RNA
3 5
polymerase
Sintesis RNA Unwound
RNA Template strand
transcript of DNA
dikatalisa oleh RNA DNA
2 Elongation 3
3 end
polimerase
Rewound
5
DNA
5 3 3
3 5
5
5 Direction of
RNA transcription
transcript (“downstream”) Template
3 Termination
strand of DNA
Newly made
5 3 RNA
3 5
5 3
Completed RNA transcript

K63: Students should be abe to describe transcription using terminology of mRNA, RNA polymerase, promoter, terminator,
transcription unit, inisiation, elongation, termination dan intron
 Konsep 3. Sel Eukariot memodifikasi RNA pasca transkripsi
a. Perubahan Ujung akhir mRNA
Protein-coding segment Polyadenylation signal

5’
3’
G P P P AAUAAA AAA …AAA

5’ Cap 5’ UTR Start codon Stop codon 3’ UTR Poly-A tail

• Tiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan cara

tertentu:
– Ujung 5 menerima modifikasi nukleotida 5 cap/topi
– ujung 3 memperoleh ekor poli-A atau poly-A tail
K63: Students should be abe to describe transcription using terminology of mRNA, RNA polymerase, promoter, terminator,
transcription unit, inisiation, elongation, termination dan intron
 Konsep 3. Sel Eukariot memodifikasi RNA pasca transkripsi
a. Perubahan Ujung akhir mRNA
Protein-coding segment Polyadenylation signal

5’
3’
G P P P AAUAAA AAA … AAA

5’ Cap 5’ UTR Start codon Stop codon 3’ UTR Poly-A tail

• Modifikasi di atas memiliki beberapa fungsi:

– memfasilitasi export atau keluarnya molekul mRNA
– melindungi mRNA dari enzim-enzim hidrolitik
– membantu ribosom menempel pada ujung 5
K63: Students should be abe to describe transcription using terminology of mRNA, RNA polymerase, promoter, terminator,
transcription unit, inisiation, elongation, termination dan intron
 b. Split Genes and RNA Splicing

5’ Exon Intron Exon Intron Exon 3’

Pre-mRNA 5’ Cap Poly-A tail
1 30 31 104 105 146

Introns cut out and

Coding exons spliced together
segment

mRNA 5’ Cap Poly-A tail

1 146
5’ UTR 3’ UTR

RNA splicing memindahkan introns dan menggabungkan exons, menghasilkan

molekul mRNA dengan urutan koding continuous
• Introns adalah daerah noncoding
• Exons adalah daerah yang secara bertahap diekspresikan, biasanya
ditranslasi menjadi urutan-urutan asam amino
K63: Students should be abe to describe transcription using terminology of mRNA, RNA polymerase, promoter, terminator,
transcription unit, inisiation, elongation, termination dan intron
 Ringkasan

1. Beberapa protein bekerja bersama dalam replikasi dan

reparasi DNA
2. Kromosom terdiri atas molekul DNA yang dipacked
dengan protein
3. Gen menentukan protein melalui transkripsi dan translasi
4. Transkripsi adalah sintesis RNA atas arahan DNA
5. Sel Eukaroot memodifikasi RNA pasca transkripsi
 Minggu Depan

• Topik Kuliah ke-9

– Ekspresi Gen: Dari Gen ke Protein -2
– Pengaturan Ekspresi Gen
• Quiz 3
– Dasar moleculer hereditas – Pengaturan ekspresi gen