Pengendalian organisasi adalah terkait dengan pengintegrasian aktivitas fungsional ke dalam sistem organisasi secara keseluruhan. Pengendalian organisasi diperlukan untuk menjamin bahwa organisasi tidak menyimpang dari tujuan dan strategi organisasi yang telah ditetapkan. Alat pengendalian organisasi bisnis lebih bertumpu pada mekanisme negosisasi, karena sifatnya yang berorientasi pada perolehan laba. Sementara itu, alat pengendalian organisasi sektor publik berupa peraturan birokrasi, karena sifatnya yang tidak mengejar laba dan adanya pengaruh politik yang besar.
D. Proses Perencanaan dan Pengendalian Managerial Organisasi Sektor Publik
Perencanaan dan pengendalian sebaiknya dipertimbangkan secara bersama – sama. Proses perencanaan dan pengendalian managerial pada organisasi sektor publik dibagi menjadi lima tahap, yaitu: 1. Perencanaan tujuan dan sasaran dasar Perencanaan jangka panjang atau menengah yang dilakukan untuk menentukan tujuan dan sasaran strategis organisasi. 2. Perencanaan operasional Perencanaan yang memuat target dan kegiatan yang akan dilakukan organisasi. 3. Penganggaran operasional Penganggaran yang menunjukkan alokasi sumber daya untuk hasil pelaksanaan tugas yang menjadi tanggung jawab organisasi. 4. Pengendalian dan pengukuran Kegiatan membandingkan antara target yang ditetapkan dengan hasil yang dicapai. 5. Pelaporan, analisis, dan umpan balik Kinerja organisasi akan dilaporkan dan dianalisis. Berdasarkan analisis dapat diketahui tingkat pencapaian kinerja dan penyebab tercapai atau tidaknya target yang telah ditetapkan. Hasil analisis ini akan digunakan sebagai umpan balik untuk memperbaiki perencanaan sebelumnya.