Perkembangan agama Islam tdak lepas dari perembangan ilmu pengetahuan dunia/ umum. Tepatnya pada akhir periode madinah sampai dengan 4 H, fase pertama pendidikan islam masih di masjid- masjid dan rumah-rumah, dengan ciri hafalan. Namun sudah diperkenalkan logika matematika, ilmu alam, kedokteran, kimia, musik, sejarah dan geografi. Selama abad ke-5 H, selama periode Khalifah Abbasyiah, sekolah-sekolah didirikan di kota-kota dan mulai menempati gedung-gedung besar, bukan lagi masjid, dan mulai yang bersifat intelektual, ilmu alam dan ilmu sosial. Berdirinya sistem madrasah adalah di abad 5 H/akhir abad 11 M,justru menjadi titik balik kejayaan. Sebab madrasah dibiayai dan diprakarsai negara. Kemudian madrasah menjadi alat penguasa untuk mempertahankan doktrin-doktrin terutama oleh Kerajaan Fatimah di Kairo. Sebelumnya di sekolah ini diajarkan kimia,kedokteran, filsafat, diganti hanya mempelajari tafsir, kalam fiqih dan bahasa. Matematika hilang dari kurikulum Al-Azhar tahun 1748 M. Memang pada masa kekhalifahan Abbasyiah Al-Ma’mun (198-218 H/813-833 M), sebelum hancurnya aliran Mu’tazilah, ilmu-ilmu umum yang bertitik tolak dari nalar dan kajian-kajian empiris dipelajari di madrasah. Pengaruh Al-Ghazali (1085-1111 M) disebut sebagai awal pemisahan ilmu agama dengan ilmu umum. Ada beberapa kota yang menjadi pusat kajian islam di zamannya, yaitu Nisyapur, Baghdad,Kairo, Damaskus dan Jerussalem. Ada empat perguruan tinggi tertua di dunia muslim, yaitu (1) Nizhamiyah di Baghdad (2) Al-Azhar di Kairo Mesir (3) Cordova (bagian barat) dan (4) Kairwan Amir Nizam Al-Muluk di Maroko. Sejarah singkat masing-masing pusat studi islam di gambarkan sebagai berikut: a. Nizhamiyah di Baghdad Perguruan tinggi Nizhamiyah di Baghdad ini berdiri pada tahun 445 H/1063 M.[1] Perguruan tinggi ini dilengkapi dengan perpustakaan yang terpandang kaya raya di baghdad, yakni Bait Al- Hikmah yang dibangun oleh Khalifah Al-Makmun (813-833 M), salah seorang ulama besar yang pernah mengajar di sana, adalah ahli pikir islam terbesar, Abu Hamid Al-Ghazali (1058-1111 M), yang kemudian terkenal dengan sebutan Imam Ghazali.[2] Di lembaga ini ada empat unsur pokok, yakni (1) seorang mudarris (guru besar) yang bertanggung jawab terhadap pengajaran di lembaga pendidikan, muqri’ (ahli Al-Qur’an) yang mengajar Al-Qur’an di masjid, muhaddis (ahli hadis) yang mengajar hadis lembaga pendidikan, dan seorang pustakawan (Bait Al-Maktub) yang bertanggung jawab terhadap perpustakaan, mengajar bahasa dan hal-hal yang terkait. Perguruan tinggi tertua di Baghdad ini hanya sempat hidup hampir dua abad. Yang akhirnya hancur akibat penyerbuan bangsaMongol di bawah pimpinan Hulaghu Khan pada tahun 1258 M. b. Al-Azhar di Kairo Mesir Panglima besar Juhari Al-Siqili pada tahun 362 H/972 M membangun Perguruan Tinggi Al-Azhar dengan kurikulum berdasarkan ajaran sekte Syiah. Pada masa pemerintahan Khalifah Al-Hakim Biamrillah (966-1020), khalifah keenam dari Daulat Fathimiyah, ia pun membangun perpustakaan terbesar di Al-Qahirah untuk mendampingi Perguruan Tinggi Al-Azhar, yang diberi nama Bait Al- Hikmah (Balai ilmu pengetahuan), seperti nama perpustakaan terbesar di Baghdad. Pada tahun 567 H/1171 M Daulat Fathimiyah di tumbangkan oleh Sultan Salahuddin Al-Ayyubi yang mendirikan Daulat Ayyubiyah (1171-1269 M) dan menyatakan tunduk kembali kepada Daulat Abbasyiah di Baghdad. Kurikulum pada perguruan tinggiAl-Azhar lantas mengalami perombakan total, dari aliran Syi’ah kepada aliran Sunni. Ternyata perguruan tinggi al-Azhar ini mampu hidup terus sampai sekarang, yakni sejak abad ke-10 M sampai abad ke-20 M dan tampaknya akan tetap selama hidupnya.[3] Universitas al-Azhar dapat dibedakan menjadi dua periode :pertama, periode sebelum tahun 1961 dan kedua, periode setelah 1961, dimana fakultas-fakultasnya sama seperti yang ada di IAIN sekarang, dan periode setelah tahun 1961, dimana fakultas-fakultas dan ilmu-ilmu yang dikaji telah meliputi seluruh cabang ilmu pengetahuan umum dan agama. Kalau peride pertama kita sebut periode Qadim (lama), dan kedua sebagai periode Jadid (baru), maka yang dicontoh IAIN selama ini ialah Al-Azhar periode Qadim. c. Perguruan Tinggi Cordova Adapun sejarah singkat Cordova dapat digambarkan demikian, bahwa di tangan Daulat Ummayah, semenanjung Liberia yang berabad-abad sebelumnya terpandang daerah minus, berubah bagaikan disulap menjadi daerah yang makmur dan kaya raya akan pembangunan bendungan-bendungan irigasi di sana sini menuruti contoh lembah Nil dan lembah Ephrate. Bahkan pada masa berikutnya, Cordova menjadi pusat ilmu dan kebudayaan yang gilang gemilang sepanjang zaman tengah. The Historians’ History of the World menulis tentang peri keadaan pada masa pemerintahan Amir Abdurrahman I (756-788 M) itu, sebagai berikut, demikian tulis buku sejarah terbesar tersebut tentang perikeadaan Andalusia waktu itu, yang merupakan pusat intelektual di eropa dan dikagumi kemakmurannya. Sejarah mencatat, sebagai contoh, bahwa Aelhoud dari Bath (Inggris) belajar ke Cordova pada tahun 1120 M, dan pelajaran yang dituntunnya adalah geometri, algebra (aljabar), matematik. Gerard dari Cremona belajar di Toledo seperti halnya Aelhoud ke Cordova. Begitu pula tokoh-tokoh lainnya. d. Kairawan Nizam al-Muluk di Maroko Perguruan tinggi Kairwan ini berada di kota Fez (Afrika Barat). Perguruan tinggi ini bermula dibangun pada tahun 859 M oleh puteri seorang saudagar hartawan di kota Fez, yang berasal dari Kairawan (Tunisia). Pada tahun 305 H/918 M perguruan tinggi ini diserahkan kepada pemerintah dan sejak saat itu menjadi perguruan tinggi resmi, yang perluasan dan perkembangannya berada di bawah pengawasan dan pembiayaan negara. Seperti halnya perguruan tinggi Al-Azhar, perguruan tinggi Kairawan masih tetap hidup sampai sekarang. Di antara sekian banyak alumninya adalah pejuang nasionalis muslim terkenal, diantaranya adalah Allal Al-Fasi, dan Mahdi Ben Barka, yang berhasil mencapai kemerdekaan Maroko dari penjajahan Perancis sehabis perang Dunia kedua, lalu pejabat PM Maroko di bawah Sultan Muhammad V. Sedangkan ilmuan termasyhur yang pernah menjadi maha gurunya antara lain Ibnu Thufail (1106-1185 M) dan Ibnu Rusyd (1126-1198 M), pada masa Daulat Almuwahhidin dari Eropa, maka nama Avenbacer (Abu bakar Ibnu Thufail) dan Averroes (Ibnu Rusyd) dan Avempas (Ibnu Bajah) dan Alhazem (Imnu Hazmi) dan lainnya, amat populer dan harum di Eropa. Sebagai catatan, perguruan tinggi Al-Azhar (972 M) di Mesir, dan perguruan tinggi Kairwan (859 M) di Maroko, adalah lebih tua dibandingkan dengan perguruan tinggi Oxford (1163 M) dan perguruan tinggi Cambridge (1209 M) di Inggris, dan perguruan tinggi Sorbonne (1253 M) di Perancis, perguruan tinggi Tubingen (1477 M) di Jerman, dan perguruan tinggi Edinburg (1582 M) di Skotlandia. Penyebab utama kemunduruan dunia muslim, khususnya di bidang ilmu pengetahuan adalah terpecahnya kekuatan politik yang digoyang oleh tentara bayaran Turki. Kemudian dalam kondisi demikian datang musuh dengan membawa bendera perang salib.Akhirnya, Baghdad sebagai pusat ilmu pengetahuan ketika itu dihancurkan Hulaghu Khan tahun 1258 M. Pusat-pusat studi termasuk yang dihancurkan Hulaghu Khan. Dapat di simpulkan dari berbagai perguruan tinggi yang telah muncul di dunia timur tersebut itu membuktikan bahwasannya dunia islam pernah menguasai dunia ilmu pengetahuan khususnya di dunia timur.dan ini juga membuktikan bahwa ajaran agama islam merupakan ajaran yang sempurna baik dari segi ilmu ketuhanan maupun ilmu yang berkaitan dengan dunia.