31S1402 – Mikrobiologi Industri

QUIZ 3
Bioprocessing II dan Bioprocessing (DSP)

1. Jelaskan strategi awal yang harus dilakukan sebuah industri dalam menentukan
mikroba yang akan digunakan (“producer microorganism”) pada tahapan Upstream
Processes (USP) dan kendala apa saja yang harus ditangani dalam strategi awal
tersebut.
2. Apa yang harus diperhatikan pada saat melakukan scale up bioprocessing dari skala
laboratorium ke skala pilot dan skala komersial
3. Jelaskan tahapan umum pemurnian protein bakteria setelah harvesting
4. Jelaskan prinsip kerja gel chromatography

Jawab :

1. Pada tahapan upstream proses, mikroorganisme perlu dilakukan persiapan diantaranya yaitu,
dilakukan pengisolasian mikroba, sampling strain yang potensional, screening dengan metode
isolasi, dan dilakukan strain improvement dengan cara gen rekombinan atau cara lainnya. Syarat
starter yang baik ialah murni, unggul, stabil dan tidak pathogen selain itu juga aman digunakan
dan mampu menghambat bakteri pathogen. Kendala yang mungkin dihadapi yaitu proses
penentuan yang memerlukan waktu lama dalam proses penelitian di laboratorium dalam
penentuan formula optimum dalam penentuan mikroba, nutrient dan kondisi operasi yang
optimal dan juga kesulitan dalam scale up produksi karena mikroba akan terpengaruh pada
kondisi llingkungan yang baru.

2. Factor factor yang diperhatikan selama scale-up diantaranya :

1) Factor internal : jenis dan galur mikroba pemroses, hal ini karena dalam scale-up
otomatis volume bioreactor akan berubah atau bertambah besar, sehingga memberikan
area permukaan yang luas dan kemungkinan transfer oksigen akan sukar terjadi. Dan
juga perlu media yang kaya sehingga terjadi peningkatan bimassa. Oleh karena itu
diperlukan strain mikroba yang optimal dalam aplikasi skala besar.
2) Factor eksternal : suhu inkubasi, ph medium, agitasi, aerasi, konsentrasi inoculum,
konsentrasi substrat, tipe bioreactor, pre-treatment substrat. Factor eksternal tersebut
akan berubah apabila terjadi peningkatan skala produksi, oleh kerena itu harus
dilakukan optimalisasi factor eksternal agar hasil yang diinginkan tercapai.
3) Hilir produksi : dalam pemisahan, pemurnian, dan pengemasan harus dilakukan
teknologi yang tepat guna, dimana proses hilir tersebut tidak memakan biaya yang
banyak, aman digunakan, serta menghasilkan yield tertinggi.

3. Setelah dilakukan harvesting (pemanenan) maka akan dilakukan proses hilir yang pada
umumnya yaitu pemisahan, pemurnian dan finishing/packaging :
1) Jika protein mikroba berada di intrasel, maka dilakukan pemecahan sel untuk
mengeluarkan protein yang berada di dalam sel, dapat dengan cara mekanis dan non
31S1402 – Mikrobiologi Industri

mekanis. Salah satu contohnya yaitu dengan tambahan larutan deterjen. Apabila protein
berada di larutan medium maka akan langsung dilakukan sentrifuga untuk pemisahan
sel dan medium.
2) Selanjutnya setelah sel dipecah , dilakukan centrifuge untuk pemisahan sel dengan
larutan media nya.
3) Selanjutnya larutan tersebut diekstrak dengan menggunakan ammonium sulfat, dimana
ammonium sulfat digunakan untuk mengendapkan protein, karena mempunyai
keunggulan dalam fraksinasi protein yaitu mampu mempertahankan kestabilan protein
dan mengendapkan protein.
4) Selanjutnya protein dimurnikan lagi disentrifuga, dimana sentrifuga menggunakan gaya
sentripetal untuk memisahkan larutan berdasarkan berat molekul atau densitas.
5) Selanjutnya untuk kebutuhan komersial dimana dibutuhkan protein yang high quality
dengan kemurnian tinggi dilakukakn proses kromatografi gel dengan menggunakan
matriks berupa polimer untuk mengikat moleku berukuran kecil.
6) Selanjutnya tahap akhir yaitu persiapan bahan baku untuk dipasasrkan. Pada kasus
molekul protein, untuk mengurangi kadar air dan mudah dalam distribusi produk
dilakukan pengeringan beku (freeze drying). Proses nya yaitu dengan penghilangan air
dengan sublimasi dibawah tekana vakum.

4. Kromatografi gel merupakan teknik pemisahan protein dan makromolekul biologi lain
berdasarkan ukuran molekul. Matriks gel berupa gel yang berpori seperti dekstran, agarosa atau
poliakrilamida. Contoh matriks komersial tersebut adalah Sepharose, Sephadex, dan Biogel,
kemudian dikemas didalam kolom dan dielusi dengan fase cair. Pori-pori matriks dapat
menampung molekul berukuran lebih kecil. Molekul berukuran lebih kecil akan memasuki
poripori matriks, namun molekul yang besar tidak terperangkap kedalam pori kolom. Hasil yang
dicapai adalah molekul besar akan keluar dari kolom lebih dulu dibanding molekul yang lebih
kecil (Hong et al., 2012).