BAB 2

BIOMOLEKUL SEL

1. PENDAHULUAN

Molekul yang menyusun sel organisme disebut biomolekul. Pada modul ini dibahas tentang
makromolekul dan mikromolekul sel dan fungsinya serta kemajuan IPTEKS bidang biologi.sel dan
molekuler.

Setelah mempelajari modul ini diharapkan mahasiswa dapat :

1.Menjelaskan perbedaan makromolekul dan mikromolekul sel beserta fungsinya.
2. Memberi contoh dua jenis biomolekul yang khas pada tiap spesies atau organism hidup.
3. Menjelaskan kemajuan IPTEKS bidang biologi sel dan molekuler.

2. URAIAN MATERI BIOMOLEKUL SEL

Media cair tempat organel berada di dalam sel disebut dengan sitoplasma atau sitosol. Pada sitosol
terdapat enzim, protein pengikat, penyimpan, pengangkut zat makanan, biomolekul kecil dalam bentuk
terlarut seperti asam amino, nukleotida dan molekul organic kecil (metabolit) yang merupakan senyawa
antara pada biosintesis atau degradasi makromolekul, koenzim seperti ATP, ADP dan berbagai ion
mineral seperti K+, Mg2+, Ca2+, Cl-, HCO3- dan HPO42-.

Molekul yang menyusun sel organisme disebut biomolekul. Biomolekul yang mempunyai berat molekul
sangat besar dan dibutuhkan tubuh dalam jumlah banyak disebut dengan makromolekul. Biomolekul di
dalam sel berhubungan satu sama lain. Ukuran, bentuk, dan reaktivitas kimiawi biomolekul
memungkinkan biomolekul bukan hanya sebagai unsur pembentuk struktur sel, tetapi juga berperan
dalam transformasi energi yang berlangsung secara dinamis dan berkesinambungan yang disebut dengan
logika molekul keadaan hidup. Untuk mengatur kelangsungan hidup, sel mengandung berbagai zat kimia,
mulai dari tingkat terendah berupa monomer monomer pembentuk makromolekul hingga supra molekul
membentuk organel sel. Organisasi molekul ini disebut sebagai biomolekul yang disintesis dalam sel
sebagaimana dilihat pada Gambar 2.1.

Gambar 2.1. Organisasi Biomolekul Dalam Sel (Lehninger, 1985)

Ada 3 biomolekul utama yang disintesis oleh sel yaitu 1) asam nukleat (DNA dan RNA), yang
disusun oleh monomer nukleotida dan terdapat dalam kromosom inti sel sebagai supramolekulnya, 2)
protein yang disusun oleh monomer asam amino, terdapat sebagian besar dalam plasma membrane, 3)
karbohidrat seperti selulosa yang disusun monomer glukosa, terdapat dalam dinding sel tumbuhan.

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 9

Semua biomolekul mempunyai fungsi spesifik di dalam sel. Tiap spesies atau organism hidup mengadung
biomolekul yang khas bagi setiap organisme seperti asam nukleat dan protein. Tiap makromolekul
dibangun oleh unit-unit atau monomer yang lebih kecil, sehingga disebut dengan mikromolekul. Tiap
mikromolekul tersebut menjalankan lebih dari satu fungsi. Misalnya asam-asam amino tidak hanya
berfungsi sebagai penyusun protein, tetapi juga berfungsi sebagai penyusun hormone, alkaloid, pigmen.
Nukleotida bukan hanya sebagai penyusun asam nukleat, ternyata juga berfungsi sebagai koenzim
(misalnya NAD) dan molekul pembawa energi (misalnya ATP). Semua organisme hidup menggunakan
mikromolekul (unit pembangun) yang sama. Pemahaman tentang biomolekul dan sel sangat penting
untuk mendukung kemajuan IPTEK bidang biologi sel dan molekuler untuk memecahkan permasalahan
masyarakat antara lain mengidentifikasi jenis penyakit, misalnya virus HIV dan SARS ataupun virus flu
burung dan penyakit lainnya.

Makromolekul Sel dan Fungsinya

Makromolekul yang terdapat di dalam sel adalah lipida, karbohidrat (polisakarida), protein, dan asam
nukleat.

1. Molekul lipida
Molekul lipida mengandung sejumlah besar atom karbon, hydrogen, serta oksigen, dan kadang-kadang
ditambah nitrogen dan posfor. Di dalam sel terdapat banyak jenis lipid yaitu lemak (trigliserda), fosfolipid
dan steroid. Lemak, baik lemak jenuh maupun lemak tak jenuh merupakan sumber cadangan energi bagi
organisme hidup. Fosfolipid merupakan bagian penting penyusun membrane sel. Perhatikan Gambar 2.2.
struktur membrane sel.

Gambar 2.2. Membran Sel ((Biologipedia.com).

Struktur membran sel, dibangun oleh fosfolipid, protein dan karbohidrat.
2. Molekul Karbohidrat
Molekul karbohidrat mengandung atom karbon, hidrogen, dan oksigen. Contoh karbohidrat adalah
glukosa. Glukosa merupakan sumber energi atau bahan bakar terpenting bagi organisme hidup. Glukosa
merupakan monomer atau unit/satuan penyusun polimer karbohidrat seperti pati dan selulosa. Pati yang
merupakan polimer dari glukosa, ada 2 jenis yaitu amilosa dan amilopektin. Pati tidak dapat larut dalam
air jadi dapat dimanfaatkan sebagai depot penyimpanan glukosa. Tumbuhan yang kelebihan glukosa akan
merubahnya menjadi pati sebagai makanan cadangan. Pati banyak terdapat dalam kentang, padi, jagung,
dan gandum. Selain pati, polisakarida lain yang juga ditemukan pada tumbuhan adalah selulosa. Selulosa
adalah suatu polisakarida dengan glukosa sebagai monomernya. Tetapi bentuk ikatan antar glukosanya

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 10

berbeda dengan ikatan antar glukosa pada pati. Ikatan antar glukosa pada pati adalah ikatan glikosida α(1-
4) (amilosa) dan ikatan glikosida α(1-4) dan α(1-6) (amilopektin). Pada selulosa, ikatan antar glukosanya
adalah ikatan glikosida β(1-4), yang menghasilkan molekul yang panjang, lurus, kaku dan rapat sehingga
selulosa berbentuk rangkaian serat yang panjang dan kaku, suatu bahan baku penyusun dinding sel
tumbuhan. Perhatikan perbedaan pati dengan selulosa sel tumbuhan pada Gambar 2.3 dan 2.4.

Gambar 2.3.Butir-butir Pati dalam Sel-sel Gambar : 2.4.Serat (Fibril) Selulosa dalam Dinding Sel
Cadangan Makanan. Alga Hijau

3. Molekul Protein
Molekul protein tersusun dari unsur-unsur karbon (C), hidrogen (H), oksigen (O) dan Nitrogen (N), dan
kadang-kadang disertai unsur sulfur (S), dan posfor (P). Kira-kira 50% dari berat kering organisme hidup
adalah protein. Protein dalam organisme hidup ini ada yang berperan sebagai enzim, sebagai sumber
energi misalnya untuk pergerakan otot, yang bertanggungjawab atas pengangkutan materi melalui
peredaran darah misalnya hemoglobin dan zat anti bodi serta yang berperan sebagai cadangan makanan
misalnya ovalbumin pada putih telur dan kasein pada susu. Protein juga merupakan bahan untuk
perbaikan, pertumbuhan dan pemeliharaan struktur sel dari organ tubuh. Terdapat 20 jenis asam amino
penyusun berbagai protein dalam tubuh.

4. Molekul Asam Nukleat

Molekul asam nukleat merupakan molekul pembawa informasi genetik organisme hidup. Terdapat dua
golongan besar asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Kedua
asam ini adalah polimer polinukleotida linier yang tidak bercabang, dengan nukleotida sebagai
monomernya (Gambar 2.5).
Satu nukleotida tersusun atas 3 bagian yaitu (a) sebuah gula berkarbon 5 (pentosa) yaitu ribosa dan
deoksiribosa; (b) suatu basa yang berstruktur cincin dan mengandung nitrogen. Basa ini adalah
adenine,guanine,sitosin, dan timin atau urasil dan (c) satu,dua, atau tiga gugus fosfat yang terikat pada
atom karbon gula pentosa.

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 11

 Gambar 2.5. Polinukleotida DNA dan RNA (CHE 172.1:Organische Chemie fur die Biologie)
Mikromolekul Sel dan Fungsinya
Mikromolekul yang terdapat di dalam sel antara lain asam amino, asam lemak, nukleotida dan glukosa
1. Asam Amino
Asam amino adalah monomer pembangun molekul protein. Rumus umum asam amino terdiri dari gugus
amina dan gugus karboksilat (Gambar 2.6).

Gambar 2.6. Rumus Umum Asam Amino (CHE 172.1:Organische Chemie furndie Biologie)

Struktur asam amino secara umum adalah satu atom C yang mengikat empat gugus yaitu gugus
amina(NH2), gugus karboksil (COOH), atom hidrogen (H), dan satu gugus sisa (R, dari residue) atau
disebut juga gugus atau rantai samping yang membedakan satu asam amino dengan asam amino lainnya.
Asam amino diklasifikasikan berdasarkan sifat kimia rantai sampingnya menjadi empat kelompok. Rantai
samping (R) dapat membuat asam amino bersifat asam lemah, basa lemah, hidrofilik jika polar dan
hidrofilik jika nonpolar. Karena atom C pusat mengikat empat gugus yang berbeda, maka asam amino
(kecuali glisin) memiliki isomer optik L dan D. Cara sederhana mengidentifikasi isomer ini dari gambar
dua dimensi adalah dengan “mendorong” atom H ke belakang pembaca (menjauhi pembaca). Jika searah
putaran jam (putar ke kanan) terjadi urutan karboksil-residu-amina, maka ini adalah tipe D. Jika urutan
terjadi dengan arah putaran berlawanan jarum jam, maka itu adalah tipe L. Aturan ini dikenal dengan
istilah CORN dari singkatan COOH-R-NH2. Pada umumnya, asam amino alami yang dihasilkan
eukariota merupakan tipe L, meskipun beberapa siput laut menghasilkan tipe D. Dinding sel bakteri
banyak mengandung asam amino tipe D.
Protein merupakan polimer dari monomer asam amino. Monomer monomer ini bergabung dengan ikatan
peptida, yang mengikat gugus karboksil milik satu monomer dengan gugus amina milik monomer kedua.
Reaksi penyambungan ini disebut translasi, yang secara alami terjadi di sitoplasma dengan bantuan
ribosom dan tRNA. Pada polimerisasi asam amino, gugus–OH yang merupakan bagian gugus karboksil
satu asam amino dan gugus–H yang merupakan bagian gugus NH2 dari asam amino lainnya akan terlepas

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 12

dan membentuk air (Gambar 2.7). Oleh sebab itu, reaksi ini termasuk dalam reaksi dehidrasi atau
kondensasi. Molekul asam amino yang telah melepaskan molekul air disebut dalam bentuk residu asam
amino.

Gambar 2.7. Reaksi Pembentukan Ikatan Peptida

2. Asam Lemak
Asam lemak adalah asam monokarboksilat berantai lurus yang terdapat di alam sebagai ester di dalam
molekul lemak atau trigliserida. Hidrolisis trigliserida akan menghasilkan asam lemak.

Gambar 2.8. Hidrolisis Trigliserida

Asam lemak jenuh atau tak jenuh dibedakan bedasarkan ada tidaknya ikatan rangkap rantai karbon di
dalam molekulnya. Asam lemak tidak jenuh (memiliki ikatan rangkap) yang terdapat di dalam minyak
dapat berada dalam dua bentuk yakni isomer cis dan trans. Asam lemak tak jenuh alami misalnya
biasanya berada sebagai asam lemak cis, hanya sedikit bentuk trans. Jumlah asam lemak trans (trans fatty
acids = TFA) dapat meningkat, di dalam makanan berlemak terutama margarine akibat proses pengolahan
yang diterapkan seperti hidrogenasi, pemanasan pada suhu tinggi.

3. Nukleotida
Nukleotida adalah molekul yang tersusun dari gugus basa heterosiklik, gula, dan satu atau lebih gugus
fosfat. Basa penyusun nukleotida biasanya adalah berupa purin atau pirimidin sementara gulanya adalah
pentosa (ribosa), baik berupa deoksiribosa ataupun ribosa. Nukleotida adalah monomer penyusun RNA,
DNA, dan beberapa kofaktor, seperti CoA, FAD, FMN, NAD, dan NADP. Dalam sel, kofaktor ini
berperan dalam fiksasi energi (misalnya fotosintesis), metabolisme, dan biosignalling.

Gambar 2.9. Struktur Nukleotida

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 13

4. Glukosa
Glukosa (C6H12O6 berat molekul 180.18) adalah gula heksosa-monosakarida yang digunakan sebagai
sumber tenaga bagi hewan dan tumbuhan. Glukosa merupakan salah satu hasil utama fotosinesis dan awal
bagi respirsi. Bentuk alami (D-glukosa) disebut juga dekstrosa, terutama pada industri pangan. Glukosa
merupakan gula aldosa (mengandung gugus –CHO aldehid). Lima karbon dan satu oksigennya
membentuk cincin yang disebut “cincin piranosa”, bentuk paling stabil untuk aldosa berkarbon enam.
Dalam cincin ini, tiap karbon terikat pada gugus samping hidroksil dan hidrogen kecuali atom kelimanya,
yang terikat pada atom karbon keenam di luar cincin, membentuk suatu gugus CH2OH (Gambar 2.10).
Stuktur cincin ini berada dalam kesetimbangan dengan bentuk yang lebih reaktif, yaitu proporsinya
0.0026% pada pH 7.

Gambar 2.10. Struktur Glukosa

Glukosa merupakan sumber tenaga yang terdapat dalam biologi. Glukosa dapat dibentuk dari
formaldehida pada keadaan abiotik, sehingga akan mudah tersedia bagi sistem biokimia primitive. Hal
yang lebih penting bagi organisme tingkat atas adalah kecenderungan glukosa dibandingkan dengan gula
heksosa lainnya, yang tidak mudah bereaksi secara nonspesifik dengan gugus amino suatu protein. Reaksi
ini (glikolisasi) mereduksi atau bahkan merusak fungsi berbagai enzim. Rendahnya laju glikolisasi ini
dikarenakan glukosa yang kebanyakan berada dalam isomer siklik yang kurang reaktif. Meski begitu,
komplikasi akut seperti diabetes, kebutaan, gagal ginjal dan kerusakan saraf peripheral kemungkinan
disebabkan oleh glikosilasi protein. Dalam respirasi, melalui serangkain reaksi enzimatik, glukosa
teroksidasi hingga akhirnya membentuk karbondioksida dan air, menghasilkan energi, terutama dalam
bentuk ATP.

KEMAJUAN IPTEK BIDANG BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

Kemajuan IPTEK bidang biologi sel dan molekuler saat ini telah dapat memecahkan banyak masalah di
masyarakat. Misalnya melalui serangkaian penelitian, ahli-ahli biologi telah dapat mengidenifikasi jenis
virus HIV, virus SARS, ataupun virus flu burung yang pada akhir-akhir ini mewabah dan merisaukan
masyarakat. Setelah diidentifikasi, para ahli kemudian melakukan serangkaian penelitian dalam upaya
pencarian vaksin atau obatnya. Para ahli biologi juga telah mengetahui susunan DNA dalam sel dengan
alat PCR (Polymerase Chain Reaction), dan berhasil mengidentifikasi gen-gen yang bertanggungjawab
untuk pertumbuhan organ tubuh tertentu pada mamalia. Akhir-akhir ini juga telah banyak beredar
tanaman transgenik yaitu tanaman yang mengandung gen sisipan dari organism lain untuk tujuan tertentu.
Sebagai contoh, dengan teknik transgenik, tanaman dapat direkayasa memiliki kemampuan mengikat
nitrogen bebas dari udara tanpa harus diberikan pupuk. Melalui transgenik, tanaman mampu
menghasilkan insektisida dalam tubuhnya sendiri, sehingga tidak perlu lagi diberikan insektisida.
Demikian juga dengan hewan/ternak transgenik telah dihasilkan ayam petelur, ayam pedaging, sapi
pedaging maupun domba yang mampu memproduksi air susu yang komposisinya mirip dengan ASI
manusia. Masih banyak lagi penemuan di bidang biologi sel dan molekuler lainnya yang bermanfaat bagi
manusia.

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 14

3. RANGKUMAN

Molekul yang menyusun sel organisme disebut biomolekul. Biomolekul yang mempunyai berat molekul
sangat besar dan dibutuhkan tubuh dalam jumlah banyak disebut dengan makromolekul. Ukuran, bentuk
dan reaktivitas kimiawi biomolekul memungkinkan biomolekul sebagai pembentuk struktur sel dan juga
berperan dalam transformasi energi yang berlangsung secara dinamis dan berkesinambungan dalam sel
hidup. Tiap makromolekul dibangun oleh unit-unit atau monomer yang lebih kecil, disebut dengan
mikromolekul. Makromolekul yang terdapat didalam sel adalah lipida, karbohidrat (polisakarida), protein
dan asam nukleat. Di dalam sel terdapat berbagai jenis lipid, diantaranya adalah lemak (trigliserida),
fosfolipid dan steroid. Fosfolipid merupakan bagian penting penyusun membran sel.
Glukosa merupakan unit penyusun polimer karbohidrat seperti pati dan selulosa. Glukosa
merupakan sumber energi terpenting bagi organisme hidup. Protein dalam organisme hidup berperan
sebagai enzim, sebagai sumber energi misalnya untuk pergerakan otot, pengangkut seperti hemoglobin,
sebagai zat anti bodi, sebagai persediaan makanan seperti ovalbumin pada putih telur dan kasein pada
susu. Protein juga merupakan bahan untuk perbaikan, pertumbuhan dan pemeliharaan struktur sel dari
organ tubuh. Terdapat 20 jenis asam amino penyusun berbagai protein tubuh.
Molekul asam nukleat merupakan molekul pembawa informasi genetik organisme hidup .
Terdapat dua golongan besar asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat
(RNA). Asam nukleat merupakan senyawa polinukleotida. Satu nukleotida terdiri atas 3 bagian yaitu (a)
sebuah gula berkarbon 5 (pentosa) yaitu ribosa atau deoksiribosa, (b) satu basa nitrogen dan (c) satu, dua
atau tiga gugus fosfat yang terikat pada atom karbon gula pentosa. Sebuah sel dibangun oleh komponen
air, ion-ion anorganik, makromolekul (protein, lipid, asam nukleat, karbohidrat/polisakarida) dan
mikromolekul (asam amino, asam lemak, nukleotida dan glukosa). Kemajuan IPTEK bidang biologi sel
dan molekuler saat ini telah dapat memecahkan banyak persoalan di masyarakat, misalnya melalui
penelitian ahli-ahli biologi telah dapat mengidentifikasi jenis virus HIV, virus SARS dan lain-lain..

4. LATIHAN
1. Apa yang dimaksud dengan biomolekul sel sebagai logika molekul keadaan hidup.
2. Jelaskan dengan memberi contoh dua jenis biomulekul yang khas pada setiap spesies atau
organisme hidup.
3. Tuliskan 4 jenis mikromolekul sel dan fungsinya masing-masing.
4. Berikan contoh kemajuan atau penemuan di bidang biologi sel dan molekuler lainnya.

Bahan Diskusi : Catat konsep yang belum dikuasai sebagai bahan diskusi teman kelompok, tutor/dosen.

Murniaty Simorangkir – Biokimia I 15