Judul: Role of Epigenetics in Developmental Biology and Transgenerational Inheritance

Volume: Birth Defects Research (Part C) 93:51–55

Tahun: 2011
Penulis: Skinner, Michael K.

Epigenetik didefinisikan sebagai faktor dan proses molekuler di sekitar DNA yang mengatur aktivitas
genom, tidak tergantung pada urutan DNA, dan stabil secara mitosis atau meiotik (Skinner et al., 2010).
Istilah yang diwariskan telah digunakan, tetapi didefinisikan sebagai pewarisan generasi menurut definisi
sehingga tidak mencakup semua elemen epigenetik. Oleh karena itu, stabil secara mitosis lebih tepat dan
menjelaskan bahwa ketika sel mengalami mitosis epigenom direplikasi. Perubahan stabil yang diinduksi
lingkungan dalam epigenom dapat secara permanen mengubah regulasi aktivitas genom selama
diferensiasi dan proses perkembangan sel.

Asal usul penggunaan istilah epigenetik oleh Conrad Waddington pada 1940-an ketika ia mempelajari
lingkungan—interaksi gen untuk mempromosikan fenotipe (Van Speybroeck, 2002; Waddington, 1940,
1956). Faktor epigenetik molekuler pertama yang diidentifikasi adalah metilasi DNA (Holliday dan Pugh,
1975) pada 1970-an yang kemudian terbukti mempengaruhi proses seperti inaktivasi kromosom X dan
ekspresi gen (Chen dan Riggs, 2005). Pada akhir 1980-an gen yang dicetak diidentifikasi dan terbukti diatur
oleh metilasi DNA juga (Chen dan Riggs, 2005). Pada tahun 1990-an modifikasi histone dan struktur
kromatin diidentifikasi dan ditunjukkan untuk mengatur aktivitas promotor dan ekspresi gen (Turner,
1998). Di dalam 2000, RNA noncoding kecil ditemukan memiliki aktivitas epigenetik dan mengatur
ekspresi gen (Berdasco dan Esteller, 2010). Sekitar tahun 2005 pemetaan luas genom pertama dari
epigenom muncul (Pokholok et al., 2005). Oleh karena itu, karakterisasi molekuler epigenetik relatif baru
dan tanda epigenetik tambahan kemungkinan akan diidentifikasi di masa depan (misalnya,
hidroksimetilsitosin) (Kriaucionis dan Heintz, 2009).

Fungsi dari berbagai tanda dan faktor epigenetik berbeda. Metilasi DNA memiliki peran dalam
perkembangan awal untuk membantu membangun garis keturunan sel awal (misalnya, sel induk) dan
dapat mengatur aktivitas promotor dan daerah umum genom (misalnya, elemen berulang) (Kazazian,
2004). Banyak peristiwa metilasi DNA jauh dari promotor, tetapi dapat mempengaruhi ekspresi gen
(Illingworth dan Bird, 2009). Modifikasi histone terutama dilokalisasi di promotor dan daerah gen dan
menyempurnakan regulasi spesifik gen (Turner, 1998). Modifikasi histon ini umumnya tidak terlibat dalam
menetapkan tidak adanya atau adanya ekspresi gen tertentu, tetapi ekspresi berikutnya dan responsif
terhadap kontrol transkripsi (Turner, 1998). Struktur kromatin dapat memodulasi gen ekspresi di kejauhan
melalui perulangan, asosiasi matriks nuklir dan penentuan posisi nukleosom (Biddie, 2011). SRNA
noncoding dapat bertindak pada jarak jauh untuk mengatur ekspresi gen melalui modulasi promotor dan
dapat mempengaruhi faktor epigenetik lainnya (Wan dan Bartolomei, 2008). Kombinasi semua elemen ini
menciptakan epigenom dan regulasi kompleks aktivitas genom. Semua faktor ini sangat penting dan
memainkan peran yang berbeda dalam prosesnya. Dalam hal pengembangan, metilasi DNA diperkirakan
memiliki peran pemrograman awal diikuti oleh struktur kromatin dan modifikasi histon untuk
menyempurnakan regulasi ekspresi gen pada berbagai tahap diferensiasi dan perkembangan.
Aspek penting dari epigenetik, pertama kali dijelaskan oleh Arthur Riggs (Russo et al., 1996), adalah bahwa
tanda epigenetik stabil secara mitosis dan meiotik. Referensi awal adalah untuk diwariskan, tetapi istilah
diwariskan paling sering didefinisikan sebagai transmisi generasi (yaitu, warisan). Oleh karena itu, istilah
yang lebih akurat adalah '' stabil secara mitosis '' dan menyiratkan sebagai sel membelah atau
berkembang biak tanda epigenetik yang merupakan epigenom direplikasi. Jika suatu tanda atau
perubahan epigenetik tidak stabil secara mitosis, maka tanda tersebut hanya akan relevan dalam sel
individu dan tidak akan menjadi penting di luar fungsi sel tersebut. Ketika tanda epigenetik stabil secara
mitosis, maka semua sel yang berasal dari sel awal tersebut akan memiliki epigenom yang sama. Oleh
karena itu, di awal kehidupan, sinyal lingkungan dapat memodifikasi tanda epigenetik sel yang kemudian
akan stabil secara mitosis dan muncul kemudian dalam perkembangan di jaringan tempat sel berada. Oleh
karena itu, epigenom diprogram dan dipertahankan dalam populasi sel karena selanjutnya berdiferensiasi
dan dikaitkan dengan perkembangan jaringan atau organisme apa pun. Karena epigenom mengatur
ekspresi gen, perubahan lingkungan atau perkembangan dalam epigenom dapat menjadi elemen penting
yang mempengaruhi proses perkembangan. Proses stabilitas mitosis untuk metilasi DNA dipahami, tetapi
bagaimana modifikasi histon dan struktur kromatin direplikasi dan ditransmisikan melalui pembelahan
seluler tidak dipahami dengan baik. Misalnya, selama replikasi DNA yang terkait dengan mitosis, untai
DNA induk memiliki nukleotida termetilasi dan ketika untai DNA baru disintesis, metiltrasferase terkait
metilat DNA hemimetilasi untuk mereplikasi tanda epigenetik untai induk asli. Penelitian lebih lanjut
diperlukan untuk untai DNA induk memiliki nukleotida termetilasi dan ketika untai DNA baru disintesis,
metiltrasferase terkait metilat DNA hemimetilasi untuk mereplikasi tanda epigenetik untai induk asli.
Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk untai DNA induk memiliki nukleotida termetilasi dan ketika untai
DNA baru disintesis, metiltrasferase terkait metilat DNA hemimetilasi untuk mereplikasi tanda epigenetik
untai induk asli. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk menjelaskan bagaimana epigenom lengkap
direplikasi dan stabil secara mitosis. Aspek epigenetik ini sangat penting dan memungkinkan pengaruh
dramatis pada perkembangan dan biologi.

Karena tanda epigenetik yang membentuk epigenom stabil secara mitosis, perubahan epigenom di awal
selama diferensiasi atau perkembangan sel ditransmisikan melalui garis keturunan sel tersebut ke tahap
perkembangan jaringan atau organisme selanjutnya. Oleh karena itu, faktor lingkungan yang dapat
mengubah epigenom mempromosikan program abnormal yang secara permanen mengubah
perkembangan sel, jaringan atau organisme dan fungsi. Epigenetik lingkungan ini akan berdampak kritis
pada proses perkembangan dan fungsi sel atau jaringan di kemudian hari setelah paparan lingkungan
dihilangkan. Faktor lingkungan dapat mencakup faktor nutrisi, senyawa lingkungan atau stres (Jirtle dan
Skinner, 2007; Skinner et al., 2010). Faktor eksternal apa pun yang dapat memodulasi perkembangan
normal dan epigenom dapat dianggap sebagai gangguan lingkungan yang berdampak pada aktivitas
genom tanpa mengubah DNA urutan. Stabilitas mitosis epigenom menunjukkan gangguan lingkungan,
bahkan setelah dihilangkan, akan memiliki efek yang bertahan lama pada diferensiasi dan perkembangan
sel untuk mendorong perubahan fisiologi di kemudian hari. Ini memberikan mekanisme molekuler untuk
dasar janin penyakit onset dewasa atau dasar perkembangan penyakit (Barker et al., 2009; Bruce dan
Hanson, 2010). Selain itu, ini menyediakan mekanisme untuk toksikologi lingkungan yang sebelumnya
tidak dipertimbangkan, dan menjelaskan bagaimana paparan kehidupan awal dapat meningkatkan efek
fisiologis kehidupan selanjutnya. Epigenetik lingkungan akan menjadi konsep penting untuk
dipertimbangkan dalam biologi perkembangan, serta sebagian besar bidang biologi (Jirtle dan Skinner,
2007; Skinner et al., 2010).