MENDIAGNOSA COVID-19 MENGGUNAKAN THERMAL CYCLE UNTUK

PROSES PCR
 Erwin Dhanuasmoro
Teknik Rekayasa Elektro-medis
Politeknik Kesehatan Kementrian Kesehatan Jakarta II

 
 

ABSTRAK : COVID-19 merupakan virus baru yang ditemukan di akhir

tahun 2019. Kasus pertama terjadi di kota Wuhan, Cina, pada akhir
Desember 2019. Setelah itu, COVID-19 menular antarmanusia dengan
sangat cepat dan menyebar ke berbagai negara, termasuk Indonesia,
hanya dalam beberapa bulan. Orang yang memiliki virus ini didalam
tubuhnya sulit dideteksi karena gejalanya hampir sama dengan
penyakit lain sehingga harus dilakukan pemeriksaan lebih lanjut di
laboratorium. Keberadaan laboratorium jarang diketahui lokasinya
secara jelas oleh masyakarat. Laboraturium dibutuhkan untuk
menemukan hasil penelitian yang penting, terutama disaat masalah
kesehatan menjadi prioritas utama yang dapat berdampak besar untuk
masyarakat banyak. Untuk mendapatkan hasil penelitian yang baik dan
menjadi laboratorium yang berkualitas dibutuhkan peneliti yang handal
dan alat-alat laboratorium yang lengkap dan berkualitas. Salah satu
alat alat laboratorium yang berguna dan memiliki berbagai macam
fungsi adalah alat thermal cycler.

Kata Kunci: covid-19,laboratorium,thermalcycler

COVID-19 merupakan virus jenis baru dari coronavirus

(kelompok virus yang menyerang sistem pernapasan). virus ini dapat

menyebabkan infeksi pernapasan ringan sampai sedang, seperti flu,

atau infeksi sistem pernapasan dan paru-paru, seperti pneumonia.

COVID-19 dapat membahayakan bagi orang lanjut usia, ibu hamil,

perokok, penderita penyakit tertentu, dan orang yang daya tahan

tubuhnya lemah apabila terinfeksi oleh virus ini. Orang yang terinfeksi

COVID-19 biasanya menimbulkan gejala awal seperti gejala flu, yaitu

demam, pilek, batuk kering, sakit tenggorokan, dan sakit kepala.

Kemudian gejala dapat hilang atau sembuh atau gejala menjadi tambah

berat. Penderita dengan gejala yang berat bisa mengalami demam

tinggi, batuk berdahak atau berdarah, sesak napas, dan nyeri dada.

Metode pemeriksaan medis untuk mengidentifikasi virus

COVID-19 dalam tubuh seseorang dilakukan dengan cara RapidTest,

Swab, dan PCR. Rapid test merupakan metode pemeriksaan

menggunakan catridge untuk menganalisa antibodi didalam tubuh

ketika terinfeksi oleh virus yang hasilnya bisa didapatkan dengan cepat.

Jika hasilnya non reaktif, maka dapat melakukan pemeriksaan ulang

setelah 7 -14 hari kemudian untuk mengetahui apakah tubuh sudah

terpapar virus. Swab merupakan metode pemeriksaan yang dilakukan

dengan menggunakan alat khsusus pada nasofaring dan atau

osofaring. PCR(Polymerase Chain Reaction) merupakan metode

pemeriksaan yang dilakukan dengan cara mendeteksi DNA virus.

Metode ini adalah metode yang paling akurat untuk mendeteksi COVID-

19 didalam tubuh dan hasil pemeriksaan membutuhkan waktu yang

lebih lama daripada rapid test.

PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu proses sintetis

enzimatik untuk menggandakan urutan DNA dari yang berjumlah ribuan

atau jutaan menjadi 106 – 107 kali lebih banyak dari jumlah

sebelumnya. Metode ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi

penyakit seperti AIDS, Biologi Evolusi, Genetic Profiling in Forensic,

COVID-19, dll. PCR memiliki siklus yang berulang, yaitu: denaturasi,

annealing, dan ekstesi.

 Denaturasi

Denaturasi adalah langkah yang penting dalam proses PCR

dimana temperatur tinggi pada suhu sekitar 92 oC - 95 oC (94

o
C merupakan pilihan standar) menyebabkan pemisahan

untai ganda DNA. Pada tahap ini biasanya membutuhkan

waktu sekitar 15 – 30 detik.

 Annealing

Annealaing adalah pengenalan suatu primer kepada DNA

target berdasarkan dengan panjang untaian, konsentrasi

primer, dan kandungan GC. Temperatur pada tahap annealing

sekital 50oC - 65oC. Pada tahap ini biasanya membutuhkan

waktu sekitar 10 – 30 detik.

 Ekstensi

Ekstensi adalah proses pemanjangan untai baru DNA. Dimulai

dari posisi primer di urutan basa nukleotida DNA target akan

bergerak dari ujung 5’ ke ujung 3’ dari untau tunggal DNA.

Proses ini disesuaikan dengan panjang urutan basa

 nukleotida yang ditargetkan. Temperatur pada tahap ekstensi

sekitar 72 oC dan waktu yang dibutuhkan tergantung dengan

panjang DNA yang digandakan tetapi biasanya membutuhkan

waktu 1 menit untuk menyalin 1000 base DNA.

Ketiga proses ini diulang sebanyak 20 - 40 kali untuk

memproduksi duplikasi DNA.

Alat yang digunakan untuk menjalankan proses PCR adalah

themal cycler. Thermal Cycler adalah alat laboratorium yang biasa

digunakan untuk memperbanyak segmen DNA dengan proses PCR

dan juga dapat digunakan terkait dengan reaksi kimia yang sensitif

terhadap suhu. Thermal cycler dioperasikan dengan cara mengontrol

suhu sesuai dengan program yang sudah dimasukkan sehingga proses

PCR terjadi. Alat ini dilengkapi blok thermal dengan lubang yang

digunakan untuk menampung tabung reaksi. Fitur thermal cycler

tertentu memiliki pengaruh yang signifikan berpengaruh pada hasil dan

reaksi instrumen sukses, yang pada akhirnya mempengaruhi

penghematan waktu dan biaya. Waktu reaksi keseluruhan penting

dalam menentukan hasil perangkat. Tingkat ramp (di perangkat itu

melakukan ramping) dan keseragaman suhu blok sampel atau ruang

sebagian besar bertanggung jawab untuk waktu siklus secara

keseluruhan. Jika sampel membutuhkannya menit pada 95 ° C, menit

tidak akan dimulai sampai semua sampel di blok atau ruang bersuhu 95

° C. Keseragaman suhu harus diukur dengan suhu sampel, bukan suhu

blok atau ruang - akan ada jeda waktu sebelum sampel mencapai suhu

yang sama dengan blok atau ruang. Tinggal waktu bisa menjadi fitur

penting dari sebuah instrumen; jika reaksi akan dilakukan semalaman,

lamanya waktu perangkat dapat menyimpan sampel pada suhu tertentu

menjadi penting. Sebelum membeli perangkat, berbagai metode siklus

harus diperiksa dengan cermat sehubungan dengan efeknya tentang

waktu dan hasil reaksi. Termal udara kapiler thermal cycler

diperkenalkan terutama untuk mengurangi total siklus waktu reaksi

dengan meningkatkan laju ramp dan keseragaman dan mengurangi

waktu penahanan yang diperlukan di setiap langkah dalam siklus PCR.

Perangkat ini umumnya bisa melakukan reaksi dalam 10 sampai 30

menit, sedangkan siklus blok panas konvensional biasanya

membutuhkan tiga sampai lima jam untuk menyelesaikan reaksi.

Namun, satu studi (Liu dan Shearn 1995) menunjukkan bahwa hal itu

mungkin untuk dicapai waktu reaksi yang sama dalam thermar cycler

blok panas dengan secara signifikan mengurangi waktu penahanan

pada masing-masing dari tiga siklus langkah dan masih mendapatkan

hasil yang dapat diterima. Untuk mencegah penguapan, sampel

mungkin memerlukan minyak hamparan. Proses ini dapat menambah

waktu ekstra untuk proses persiapan sampel dan seringkali berantakan.

Sebagian besar perangkat sekarang menawarkan tutup yang

dipanaskan, yang mencegah penguapan dan menghilangkan

kebutuhan untuk menambahkan oli ke sampel. Dengan meningkatnya

otomatisasi laboratorium, kemampuan beradaptasi thermar cycler

termal terhadap robotika sistem dapat menjadi pertimbangan bagi

banyak laboratorium. Perangkat yang tersedia dapat dengan mudah

disesuaikan untuk aplikasi robotika, yang dapat menghemat waktu dan,

dalam dalam beberapa kasus, kurangi jumlah hasil positif palsu

disebabkan oleh kontaminasi manusia.

Prinsip Kerja Thermal Cycler

DNA PCR biasanya membutuhkan campuran reaksi template DNA, dua

primer oligonukleotida, deoxynucleotide triphosphates (dNTPs),

konsentrasi spesifik dari buffer MgCl2, dan DNA termostabil polimerase

(biasanya Taq polimerase). Reaksinya kapal kemudian ditempatkan di

termal cycler, dan program yang sesuai dijalankan. Umumnya, sebuah

siklus melibatkan memanaskan sampel hingga suhu sekitar 95°C

selama beberapa menit untuk denaturasi template, dinginkan hingga

50° hingga 65°C selama 30 detik hingga 3 menit untuk anil primer, dan

panaskan hingga suhu 72°C selama 30 detik hingga 3 menit untuk

perpanjangan. Sampel PCR dimasukkan melalui 25 hingga 40 siklus

untuk menyelesaikan proses. Waktu reaksi total bervariasi dengan

perangkat, seringkali tergantung pada metodenya pemanasan dan

pendinginan. Metode konvensional untuk pemanasan dan pendinginan

siklus termal, yang digunakan oleh sebagian besar perangkat yang

tersedia saat ini, menggunakan blok logam yang dikendalikan oleh

pemanasan dan pendinginan Peltiereffect (termoelektrik). Bloknya

memiliki sumur sampel yang menampung berbagai macam jumlah

tabung microcentrifuge, dan beberapa unit bisa juga mengakomodasi

pelat mikrotiter, tabung berdinding tipis, atau pelat in situ. Siklus suhu

yang ditentukan pengguna program dapat dimasukkan ke dalam

perangkat sesuai protokol reaksi spesifik. Sebagian besar unit memiliki

kisaran suhu sekitar 0°C hingga 100°C. Menaikkan dan menurunkan

suhu balok ke suhu siklus terprogram (ramp) dilakukan oleh sebagian

besar perangkat pada kecepatan 1°C/detik hingga 3°C/detik. Beberapa

perangkat menggunakan empat yang dikontrol secara independen

sampel blok daripada merampingkan satu blok. Tiga dari blok masing-

masing disetel ke suhu tertentu - satu blok untuk denaturasi, satu untuk

anil, dan satu untuk perpanjangan. Sebuah lengan robotik

memindahkan sampel dari satu blok ke blok lain, memutar DNA

menurut program. Blok keempat didinginkan dan digunakan untuk

penyimpanan sampel. Baru-baru ini, thermar cycler termal kapiler

udara telah telah diperkenalkan. Unit ini menerima mikrokapiler tabung

atau tabung microcentrifuge berdinding tipis. Sebuah halogen bohlam

(sebagai lawan dari balok logam) memanaskan udara yang diisi ruang

reaksi, dan solenoid yang diaktifkan secara elektrik bertanggung jawab

untuk pendinginan. Ruangan itu berisi kipas yang mengalirkan udara

melalui ruang sampel untuk memanaskan dan mendinginkan sampel

individu. Beberapa model saat ini lebih lembut dan dapat mendeteksi

jumlah urutan target selama amplifikasi.

Masalah yang sering muncul

Salah satu masalah yang paling sering dihadapi dengan proses PCR

adalah kontaminasi bawaan. Ini dapat dicegah dengan teknik

laboratorium yang tepat dan bukan masalah dengan perangkat thermal

cycler. Aerosol dibuat saat tabung reaksi terbentuk dibuka dapat

mencemari sampel lain dengan DNA yang salah, menghasilkan tes

positif palsu. Oleh karena itu, penting bagi laboratorium untuk

memisahkannya area untuk tahapan tertentu dari proses PCR.

Berdedikasi area untuk persiapan sampel, siklus PCR, dan analisis

pasca PCR harus ditetapkan. Semua perlengkapan digunakan harus

tetap di lokasinya masing-masing, dan pekerja laboratorium harus

mengganti sarung tangan dan mantel jika mereka harus pindah dari

kamar ke kamar. Metode untuk mengurangi risiko kontaminasi telah

dikembangkan, termasuk memaparkan campuran reaksi ke sinar

ultraviolet atau menggunakan iradiasi sinar gamma untuk

menonaktifkan produk sisa yang mungkin ada. Satu studi (Wilke dkk.

1995) menunjukkan bahwa penggunaan sistem robotik untuk

penanganan sampel dan prosedur reaksi sangat membantu dalam

mengurangi laju kontaminasi. Karena thermal cyclers adalah alat listrik

itu mencapai suhu tinggi, panas berlebih bisa menjadi perhatian,

terutama karena reaksi sering terjadi dalam semalam, ketika tidak ada

teknisi yang hadir di laboratorium. Karena alasan ini, banyak perangkat

menawarkan perlindungan panas berlebih atau fitur mematikan.

Keseragaman suhu di berbagai termal blok cycler dan antara berbagai

model perangkat adalah a perhatian. Sebagian besar perangkat yang

tersedia menunjukkan keseragaman blok yang baik, tetapi laboratorium

harus memantau suhu blok secara teratur untuk pengendalian kualitas

alasan. Perangkat yang lebih baru tampaknya memiliki keseragaman

yang meningkat dibandingkan perangkat generasi pertama; Namun,

variasi telah dilaporkan di antara perangkat yang berbeda karena untuk

perbedaan desain. Standarisasi multipel thermar cycler termal dapat

membantu mengurangi variasi suhu di antara perangkat.

Kesimpulan

COVID-19 merupakan virus jenis baru dari coronavirus

(kelompok virus yang menyerang sistem pernapasan). virus ini dapat

menyebabkan infeksi pernapasan ringan sampai sedang, seperti flu,

atau infeksi sistem pernapasan dan paru-paru, seperti pneumonia.

Metode pemeriksaan medis untuk mengidentifikasi virus COVID-19

dalam tubuh seseorang dilakukan dengan cara RapidTest, Swab, dan

PCR.

PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu proses sintetis

enzimatik untuk menggandakan urutan DNA dari yang berjumlah

ribuan atau jutaan menjadi 106 – 107 kali lebih banyak dari jumlah

sebelumnya. PCR memiliki siklus yang berulang, yaitu: denaturasi,

annealing, dan ekstensi.

 Alat yang digunakan untuk menjalankan proses PCR adalah

themal cycler. Thermal Cycler adalah alat laboratorium yang biasa

digunakan untuk memperbanyak segmen DNA dengan proses PCR

dan juga dapat digunakan terkait dengan reaksi kimia yang sensitif

terhadap suhu.

DAFTAR PUSTAKA

[1] “COVID-19 - Gejala, penyebab dan mengobati - Alodokter.” [Daring].

Tersedia pada: https://www.alodokter.com/covid-19. [Diakses: 25-Okt-

2020].

[2] “Hermina Hospitals | Perbedaan Rapid Test, Swab Test, dan PCR.”

[Daring]. Tersedia pada:

https://herminahospitals.com/id/articles/perbedaan-rapid-test-swab-

test-dan-pcr.html. [Diakses: 25-Okt-2020].

[3] “DNA amplification (PCR) – Fatchiyah - Molecular Genetics.” [Daring].

Tersedia pada: http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/teaching-

responsibility/general/bbbb/. [Diakses: 25-Okt-2020].

[4] “Alat laboratorium Thermal Cycler (PCR) - Biozatix News : Biozatix

Newsletter.” [Daring]. Tersedia pada: http://www.biozatix-

news.com/alat-laboratorium-thermal-cycler-pcr/. [Diakses: 25-Okt-

 2020].

[5] “Fungsi Alat Thermal Cycler Dalam Laboratorium | IBS -.” [Daring].

Tersedia pada: https://ibs.co.id/id/fungsi-alat-thermal-cycler/. [Diakses:

25-Okt-2020].

[1]–[5]

Pengecekan Plagiarism per 1000 kata oleh :

https://plagiarismdetector.net/ dan https://www.duplichecker.com/

 1000 kata pertama

 1000 kata kedua