BLOK 1.2-2019-DOGMA SENTRAL 1-HELSY - Compressed

Dogma Sentral
dr. Helsy Junaidi, M.Biomed

BLOK 1.2
dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

28/10/19 1
BLOK 1.2 FK GUNADARMA - 2019
PRE-TEST
1. Sebutkan dan jelaskan komponen-komponen penyusun DNA
2. Jelaskan serta gambarkan bagaimana struktur DNA
3. Jelaskan apa yang dimaksud dengan ikatan phosphodiester dan ikatan hydrogen dalam
struktur DNA
4. Jelakan apa yang dimaksud dengan replikasi semi konservatif
5. Jelaskan apa yang dimaksud dengan dogma sentral

28/10/19 2
Human Genome: GENOM
Gene Structure Keseluruhan informasi genetik
dalam suatu organisme
KROMOSOM
Struktur materi genetik suatu organisme
yang terlihat di dalam inti sel pada siklus
sel tahap metafase
KROMATIN
Materi genetik berupa benang-benang
pada saat sel tidak membelah
DNA
Struktur kimia asam nukleat yang terdiri GEN
dari gugus gula deoksiribosa, fosfat, Bagian DNA yang
dan basa nitrogen mengkode suatu
informasi genetik
28/10/19 3
Komponen jasad hidup
Protein
Protein merupakan polimer asam—asam amino
Mikromolekul
(polisakarida) dengan berbagai fungsi:
Molekul kecil dengan berat molekul • Biokasalisator
<1000 • Pengangkut molekul kecil dan ion
Cth : Asam animo leusin • Sistem pergerakan yang terkoordinasi
Nukleotida (ATP) • Sistem kekebalan Tubuh
Monosakarida (glukosa) • Pengatur ekspresi genetic
• Penerus impuls saraf
Jumlah asam amino adlh 20 macam
Makromulekul
Asam Nukleat
Molekul dengan berat molekul sangat
tinggi ( 104 - 1012 ) Asam Nukleat merupakan polimer nukleotida yang
Cth : Protein berperan dalam penyimpanan serta pemindahan informasi
Asam Nukleat Penting genetiK.
Polisakarida (amilum)
Tersusun atas 3 komponen
1. Cincin Purin atau Pirimidin
2. Molekul gula dengan 5 atom C (pentosa)
3. Gugus fosfat terikat pada atom C no 5
28/10/19 4
20 asam
amino beserta
singkatan

28/10/19 5
Struktur DNA
•DNA merupakan polimer asam

nukleat yang tersusun secara
sistematis dan merupakan pembawa
informasi genetic yang diturunkan
kepada generasi berikutnya.
•Informasi genetic disusun dalam

bentuk kodon
•kodon terdiri dari 3 pasang basa

James Watson and Francis Crick , 1953 struktur DNA
nukleotida yang menentukan untai ganda (double helix)
bentuk, struktur fungsi suatu MH

28/10/19 6
DNA

28/10/19 7
Struktur DNA

28/10/19 8
Struktur DNA
Tiga Ikatan
Dua Ikatan Hidrogen
Hidrogen
Ikatan A-T berupa dua ikatan hydrogen,
G-C berupa 3 ikatan hydrogen sehingga
lebih kuat à komplementaritas
Proporsi basa A-T, G-C selalu sama,

sehingga komposisi DNA dinyatakan
dengan :
Komposisi G+C (G+C content)
Hukum Chargoff
Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat à

bagian luar molekul
Basa purin pirimidin à bidang datar dan

tegal lurus dengan aksis
28/10/19 9
Kedua rantai DNA tersusun secara
antiparallel à konversi dalam
penulisan orientasi DNA
Masing-masing rantai DNA ada:

• Ujung 5’-fosfat (5’P)
• Ujung 3’-OH
ATGCAATTCCGG
P-5’-ATGCAATTCCGG-3’-OH

28/10/19 10
Struktur DNA

28/10/19 11
Definisi gen, codon, asam amino,
mutasi, mRNA, tRNA, rRNA CODON
Deretan nukleotida pada mRNA yg terdiri
atas kombinasi 3 nukleotida berurutan yg
menyandi suatu asam amino
mRNA
Merupakan hasil transkripsi DNA. Tugas utama
mRNA adl “pembawa pesasn” kode dari DNA ke
rRNA untuk ”dibaca” dan diterjemahkan
(translasi) menjadi urutan protein. tRNA
tRNA merupakan molekul RNA khusus dengan
tujuan yang sangat spesifik untuk membawa
subunit protein ke ribosom
rRNA
rRNA merupakan bagian dari ribosom GEN
terdiri dari subunit kecil dan subunit besar.
Bagian DNA yang
Kemudian bergabung membentuk ribosom
mengkode suatu
28/10/19
informasi genetik12
ASAM AMINO
Senyawa organic yang memiliki gugus karboksil
fungsional (-COOH) dan amina (-NH2)
MUTASI
Perubahan yang terjadi pada bahan genetic
(DNA maupun RNA), mutasi bisa terjadi pada
taraf gen maupun kromosom,

28/10/19 13
28/10/19 14
Central Dogma
From DNA to RNA to Protein
DNA T T C A G T C A G DNA
template
Transcription strand
A A G U C A G U C Messenger
RNA
mRNA
Codon Codon Codon
Translation
Polypeptide
Protein Lysine Serine Valine (amino acid
dr. Helsy Junaidi, M.Biomed. sequence)
28/10/19 15
Central Dogma
From DNA to RNA to Protein
RNA dapat digunakan sebagai template untuk sintesis DNA

28/10/19 16
28/10/19 17
28/10/19 18
PROTEIN YANG BERPERAN DALAM REPLIKASI DNA
Topoisomerase, Helicase unwinds Binding proteins Primase adds

strat to unwind parental double helix stabilize separate short primer
DNA double helix strands to template strand
ks
DNA polymerase III DNA polymerase I Ligase joins Okazaki

binds nucleotides (Exonuclease) removes fragments and seals
to form new strands RNA primer and inserts other nicks in sugar-
the correct bases phosphate backbone
28/10/19 19
Enzim-enzim dalam replikasi DNA
• bertanggung jawab dimulainya pembukaan

Topoisomerase double heliks DNA
• Menghilangkan gulungan supercoil.
• Menyempurnakan proses pembukaan double heliks.
Helicase • Aktivitas helicase memerlukan energi dalam bentuk

ATP untuk memisahkan untai DNA menjadi 2

28/10/19 20
DNA Polymerase
Mengkatalisis pembentukan ikatan hydrogen antara nukleotida baru dengan

nukleotida lama yang bertindak” sebagai “template strand”
Mengkatalisis reaksi antara 5’ phosphate pada nukleotida baru dan 3 OH’ bebas
pada polinukleotida yang akan dibentuk (ikatan phosphodiester)
Untai DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah 5' ke 3'
ikatan phosphodiester dibentuk antara gugug 3'OH pada gula dengan gugus 5'
Phosphate dari nukleotida baru
28/10/19 21
• Berrfungsi menempelkan primer RNA pendek ke untai tunggal.

Primase • Primer RNA akan dibuang oleh RNase à terdapat gap/ bolong
• Mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3’OH dan 5’
Ligase phosphate yang berdekatan.

• Berfungsi menyambungkan gap akibat primer RNA dibuang oleh RNase
• Menjaga kestabilan dari replication fork

Singgle stranded binding
• Singgle stranded DNA sangat labil à sehingga perlu diikat oleh
protein (SSB) protein agar stabil.
28/10/19 22
28/10/19 23
PROTEIN YANG BERPERAN DALAM REPLIKASI DNA

28/10/19 24
Replikasi bahan genetic ditentukan oleh beberapa komponen utama,
yaitu :
1. DNA Template, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan di replikasi.
2. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP dan dGTP.
Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga komponen, yaitu : basa purin
atau pirimidin, gula 5-karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.
3. Enzim DNA polymerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis
proses polimerasi nukleotida menjadi untaian DNA.

28/10/19 25
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer
untuk memulai replikasi DNA.
5. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helicase dan
enzim lain yang membantu proses tersebut, yaitu enzim gyrase.
6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah
terbuka, yaitu protein SSB (single strand binding protein)
7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk
menyambung fragmen-fragmen DNA.

28/10/19 26
Tiga macam DNA polymerase :
DNA polimerasi I
DNA polymerase II
DNA polymerase III

28/10/19 27
Kapan sintesis DNA dimulai?
• Ketika molekul tersedia molekul primer-->
suatu molekul yang digunakan untuk
mengawali proses polimerisasi untai DNA
• Kemudian rantai DNA terpisah membentuk
garpu reprikasi (replication fork)
• Garpu replikasi akan membuka secara
bertahap dimulai open reading frame (ORI)
• Pemisahan untai ganda DNA dilakukan oleh
enzim DNA helicase à masing2 untai DNA
menjadi template DNA baru
• Orientasi sintesis DNA 5’P à 3’OH

28/10/19 28
Kapan sintesis DNA dimulai?
• Untai DNA menjadi 2 à leading strand
dan lagging strand
• Lagging strand à berlawanan dengan
arah geometris dengan arah ORI ,
sehingga sintesis dilakukan bertahap
(diskontinu)
• Leading strand à searah ORI, sintesis
berjalan tanpa terputus.
• Sintesis DNA bertahap à fragmen
okazaki à ligase

28/10/19 29
28/10/19 30
Replication
3’
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’
5’
Helicase protein binds to DNA sequences called

origins and unwinds DNA strands.
Binding proteins prevent single strands from rewinding.
Primase protein makes a short segment of RNA

complementary to the DNA, a primer.

28/10/19 31
Replication
Overall direction
3’
of replication
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’
5’
DNA polymerase enzyme adds DNA nucleotides

to the RNA primer.

28/10/19 32
Replication
Overall direction
3’
of replication
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’
5’
DNA polymerase enzyme adds DNA nucleotides

to the RNA primer.
DNA polymerase proofreads bases added and

replaces incorrect nucleotides.

28/10/19 33
Replication
Overall direction
3’
of replication
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’
5’
Leading strand synthesis continues in a

5’ to 3’ direction.

28/10/19 34
Replication
Overall direction
3’
of replication
3’ 5’
5’
Okazaki fragment
3’
5’ 3’ 5’ 3’
5’

Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA

segments called Okazaki fragments.

28/10/19 35
Replication
3’
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’ 5’ 3’5’ 3’
5’



28/10/19 36
Replication
3’
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’5’ 3’5’ 3’
5’



28/10/19 37
Replication DNA polymerase I (Exonuclease)
removes RNA primer and inserts the
correct bases
DNA polymerase III binds
nucleotides
to form new strands 3’
3’ 5’
5’
3’
5’ 3’5’ 3’5’ 3’
5’
Exonuclease activity of DNA polymerase I removes RNA primers.

28/10/19 38
Replication
3’
3’
5’
3’
5’ 3’5’ 3’
5’
Polymerase activity of DNA polymerase I fills the gaps. Ligase joins Okazaki
Ligase forms bonds between sugar-phosphate backbone. fragments and seals
other nicks in sugar-
phosphate backbone

28/10/19 39
DNA Repair – Perbaikan DNA
Dalam replikasi mungkin terjadi kesalahan. Kesalahan hanya terjadi sekitar satu dalam 10 -100 milyars DNA
Dua jalur perbaikan DNA
Base excision : memperbaiki DNA dengan cara membuangnya à enzyme DNA

glycosylase
Nucleotide excision : nukleotida disekitar daerah yang rusak dibuang sebagai

oligonucleotida

28/10/19 40
28/10/19 41
• DNA polymerases proofread newly made
DNA, replacing any incorrect
nucleotides
• In mismatch repair of DNA, repair
enzymes correct errors in base pairing
• In nucleotide excision DNA repair
nucleases cut out and replace damaged
stretches of DNA

28/10/19 42
28/10/19 43
Tugas
1. Jelaskan apa yang dimaksud dengan replikasi?
2. Enzim apa saja yang terlibat dalam proses replikasi? Jelaskan
fungsinya
3. Jelaskan apa yang dimaksud dengan replikasi discontinue
4. Bagaimana replikasi discontinue dapat terjadi? Jelaskan
mekanismenya
5. Jelaskan yang dimaksud dengan :
vFragmen okazaki
vReplikasi semikonservatif
vLeading strand
vBase excision

28/10/19 44

BLOK 1.2-2019-DOGMA SENTRAL 1-HELSY - Compressed

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

BLOK 1.2-2019-DOGMA SENTRAL 1-HELSY - Compressed

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Dogma Sentral

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

•DNA merupakan polimer asam

•Informasi genetic disusun dalam

•kodon terdiri dari 3 pasang basa

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Proporsi basa A-T, G-C selalu sama,

Komposisi G+C (G+C content)

Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat à

Basa purin pirimidin à bidang datar dan

Masing-masing rantai DNA ada:

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

RNA dapat digunakan sebagai template untuk sintesis DNA

Topoisomerase, Helicase unwinds Binding proteins Primase adds

DNA polymerase III DNA polymerase I Ligase joins Okazaki

• bertanggung jawab dimulainya pembukaan

• Menyempurnakan proses pembukaan double heliks.

Helicase • Aktivitas helicase memerlukan energi dalam bentuk

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Mengkatalisis pembentukan ikatan hydrogen antara nukleotida baru dengan

• Berrfungsi menempelkan primer RNA pendek ke untai tunggal.

• Mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3’OH dan 5’

Ligase phosphate yang berdekatan.

• Menjaga kestabilan dari replication fork

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

DNA polymerase III

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Helicase protein binds to DNA sequences called

Binding proteins prevent single strands from rewinding.

Primase protein makes a short segment of RNA

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

DNA polymerase enzyme adds DNA nucleotides

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

DNA polymerase enzyme adds DNA nucleotides

DNA polymerase proofreads bases added and

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Leading strand synthesis continues in a

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Leading strand synthesis continues in a

Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Leading strand synthesis continues in a

Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Leading strand synthesis continues in a

Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Exonuclease activity of DNA polymerase I removes RNA primers.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.

Dua jalur perbaikan DNA

Base excision : memperbaiki DNA dengan cara membuangnya à enzyme DNA

Nucleotide excision : nukleotida disekitar daerah yang rusak dibuang sebagai