Tugas Praktikum 9

A. Dari file 1oei.pdb, jawab pertanyaan berikut:

1. Apakah nama eksperimen untuk mendapatkan struktur itu? (X-ray atau NMR?)
2. Sebutkan referensi artikel yang mempublikasikan struktur itu.
3. Sebutkan urutan asam aminonya.
4. Sebutkan asal peptida tersebut (manusia atau hewan atau bakteri)
5. Sebutkan kegunaan peptida tersebut.
B. Sebutkan jenis-jenis file input dan file output dalam GROMACS
C. Tuliskan perintah untuk mendapatkan file topologi GROMACS, screenshot hasilnya, dan berikan
informasi berikut (screenshot):
1. Semua jenis force field yang ada dalam GROMACS
2. Jenis force field yang digunakan dalam praktikum ini
3. Massa total protein yang disimulasi
4. Muatan total protein yang disimulasi