2.

Pengendapan dengan Alkohol

Berisi sampel+NaOH 0,1=

Larut dan terdapat gelembung-
gelembung kecil
Berisi sampel+HCl 0,1
N = tidak larut dan
terdapat endapan diatas.

Berisi sampel+buffer asam =

larut dan terdapat gumpalan
diatas tabung,
 3. Denaturasi Protein

Semua hasil terjadi penggumpalan secara merata, yang menandakan bahwa protein pada putih
telur mengalami denaturasi (perubahan struktur pada protein akibat pemanasan pada suhu yang
tinggi) dan didapati warna kuning lemah.
BIOMOLEKUL SEL
Karbohidrat, Protein, dan Enzim

Minda Azhar

UNP PRESS
2016
 Minda Azhar
BIOMOLEKUL SEL
Karbohidrat, Protein, dan Enzim
editor, Tim editor UNP Press
Penerbit UNP Press Padang, 2016
1 (satu) jilid; 14 x 21 cm (A5)
258 hal.

BIOMOLEKUL SEL
Karbohidrat, Protein, dan Enzim
ISBN: 978-602-1178-12-6
1. Karya Ilmiah 2.Teori dan Terapan
1. UNP Press Padang

BIOMOLEKUL SEL
Karbohidrat, Protein, dan Enzim
Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang pada penulis
Hak penerbitan pada UNP Press
Penyusun: Dr. Minda Azhar, M.Si
Editor isi : Dr. Yuni Ahda, M.Si.
Editor Bahasa: Dra. Elfia Sukma, M.Pd
Layout & Desain Sampul Nasbahry Couto & Khairul
 BAB IV
PROTEIN

I
stilah protein berasal dari bahasa Yunani “protos” yang berarti
‘yang paling utama’. Protein di dalam sel mempunyai peranan
penting sehingga diartikan ‘yang paling utama’. Seberapa
penting peranan protein di dalam sel? Pada kenyataannya protein
adalah makromolekul paling melimpah di dalam sel. Protein
melakukan paling banyak pekerjaan di dalam sel. Fungsi protein
antara lain : perlindungan terhadap infeksi, katalis reaksi metabolik,
dukungan dan kekuatan mekanik. Semua fungsi protein tersebut
adalah essensial untuk kehidupan sel. Protein merupakan
kelompok molekul makanan yang penting karena protein
menyediakan organisme tidak hanya karbon dan hidrogen, tetapi
juga nitrogen dan sulfur. Nitrogen dan sulfur tidak tersedia pada
lemak dan karbohidrat yang merupakan kelompok molekul
makanan utama lainnya.
Protein dapat digambarkan sebagai untaian sederetan residu
asam amino dengan urutan spesifik. Residu asam amino tersebut
dihubungkan oleh ikatan peptida. Istilah “residu” menandakan
bahwa air telah hilang ketika satu asam amino bergabung dengan
asam amino lainnnya. Untaian deretan residu asam amino pada
suatu protein, sesungguhnya tidak linear tetapi melipat membentuk
struktur yang kompleks seperti coils, zikzaks, turns dan loops.
Lebih dari 50 tahun yang lalu, bentuk tiga dimensi (konformasi)
protein telah ditentukan. Konformasi adalah penataan ruang atom-
atom yang tergantung pada rotasi dari sebuah ikatan. Konformasi
suatu molekul seperti protein dapat berubah tanpa memutus ikatan
kovalen, sedangkan konformasi bermacam molekul dapat berubah
hanya oleh pemutusan dan pembentukan kembali ikatan kovalen.

Minda Azhar 125

Perhatikanlah bentuk L dan D asam amino ditunjukkan oleh
konformasi yang berbeda.
Setiap protein mempunyai sejumlah bentuk potensial
konformasi karena setiap residu asam amino mempunyai sejumlah
kemungkinan konformasi dan ada banyak residu asam amino pada
suatu protein. Kebanyakan protein melipat membentuk struktur
stabil yang dikenal sebagai konformasi native. Fungsi biologi suatu
protein tergantung pada bentuk konformasi nativenya. Oleh sebab
itu, setiap protein mempunyai struktur tiga dimensi yang
merefleksikan fungsinya. Suatu protein mungkin untai polipeptida
tunggal atau mungkin tersusun dari beberapa untai polipeptida
yang berikatan satu dengan lainnya melalui interaksi lemah.
Beberapa polipeptida mengandung hanya 100 residu asam amino
dengan Mr sekitar 11.000. Protein lainnya mengandung untai
polipeptida yang sangat besar yang ukurannya lebih dari pada 2.000
residu asam amino dengan Mr sekitar 220.000.
Protein bervariasi bentuknya. Walaupun demikian bentuk
protein dapat dikelompokkan dua yaitu protein globular dan
protein fibrous. Protein globular merupakan protein yang larut di
dalam air. Makromolekul ini berbentuk seperti ’bola’ dengan
karakteristik pada bahagian dalam protein hidrofobik dan pada
permukaan protein hidrofilik. Oleh sebab itu, protein globular larut
di dalam air. Kebanyakan protein globular adalah enzim. Protein
fibrous adalah protein struktural yang menyediakan dukungan
mekanik pada sel dan organisme. Protein fibrous dirancang khusus
seperti ‘kabel besar’ atau ‘lembaran’. Sebagai contoh adalah α-
keratin, komponen utama rambut dan kuku; collagen, komponen
utama tanduk, kulit, tulang dan gigi. Contoh lain protein struktural
adalah komponen protein virus, bacteriophage, spora dan pollen.
Pada bab ini dijelaskan arsitektur protein, seperti struktur α-
helix dan β-sheet yang merupakan struktur dari semua klas protein.
Kedua struktur ini termasuk struktur sekunder. Struktur yang lebih
tinggi yaitu pelipatan suatu protein dikenal dengan struktur tersier.
Interaksi suatu protein dengan protein lainnya membentuk struktur
quartener. Apakah setiap protein selalu mempunyai struktur
quartener? Protein yang terdiri dari hanya satu untai polipetida
tidak akan membentuk struktur quartener. Struktur quartener
126 BIOMOLEKUL SEL
terbentuk pada protein yang terdiri dari dua atau lebih untai
polipeptida.
Pada bab ini juga dijelaskan asam amino protein alami,
pengelompokan protein berdasarkan fungsinya, pengaruh suhu,
pH, pelarut organik, detergen, logam berat dan tekanan mekanik
pada struktur protein, denaturasi, koagulasi protein, tingkatan
struktur protein, protein fibrous: struktur rambut, dan collagen,
protein globular: struktur myoglobin dan hemoglobin serta protein
pada basis data CAZY (Carbohydrate-Active enZYmes), PDB (Protein
Data Bank) dan GenBank.

A. Asam Amino Protein Alami

Protein adalah polimer dari asam amino. Semua organisme
menggunakan 20 asam amino yang sama sebagai unit pembangun
suatu molekul protein. Kedua puluh asam amino ini adalah asam
amino normal yang terdapat pada protein alami. Asam amino
pertama yang ditemukan adalah asparagin pada tahun 1806,
sedangkan asam amino yang terakhir ditemukan adalah treonin
yang belum teridentifikasi sampai tahun 1938. Protein alami terdiri
dari kombinasi keduapuluh asam amino. Kedua puluh asam amino
ini adalah α-amino acid. Struktur umum asam amino diperlihatkan
pada Gambar 75. Sembilan belas dari duapuluh asam amino yang
umumnya diisolasi dari protein alami mempunyai struktur umum
yang sama dengan amina primer pada α-karbon. Asam amino
lainnya adalah prolin yang merupakan amina sekunder.

Gambar 75. Struktur Umum Asam Amino Kecuali Prolin

Minda Azhar 127

 Semua asam amino kecuali glisin, pada α-karbon terikat
empat gugus yang berbeda yaitu gugus karboksilat (gugus
karboksil yang kehilangan sebuah proton, -COO-) dan gugus amino
terprotonasi (gugus amino yang memperoleh sebuah proton, -
NH3+), gugus rantai samping (R) dan atom hidrogen. Atom α-
karbon demikian dinamakan kiral. Penataan gugus yang terikat
pada α-karbon adalah tetrahendral. Empat gugus ini dapat
melingkupi dua penataan ruang terpisah yang unik yaitu
stereoisomer L dan D. Pada Gambar 76 dimuat stereoisomer alanin.
Hampir semua asam α-amino yang diisolasi dari protein alami
mempunyai stereoisomer L.

L-Alanin D-Alanin
Gambar 76. Dua Stereoisomer Alanin

Pada pH 7, kondisi yang diperlukan untuk fungsi hidup, kita

tidak akan menemukan asam amino yang gugus karboksilatnya
diprotonasi (-COOH) dan gugus aminonya tidak terprotonasi (-
NH2). Pada kondisi ini, gugus karboksil membentuk basa konjugate
(-COO-) dan gugus amina membentuk asam konjugate (-NH3+).
Molekul netral dengan jumlah muatan positip dan negatif sama
dinamakan zwitterion. Dengan demikian, asam amino dalam air
berada sebagai ion dipolar yang dinamakan zwitterion. Pada α-
karbon setiap asam amino juga terikat atom hidrogen dan sebuah
rantai samping, atau gugus R. Pada protein, gugus R berinteraksi
dengan R lainnya melalui interaksi yang lemah yang bervariasi.
Interaksi ini perpartisipasi dalam pelipatan rantai protein
membentuk struktur tiga dimensi yang menentukan fungsinya.

128 BIOMOLEKUL SEL

peptida lebih kuat dari pada ikatan tunggal karena stabililisasi
resonansinya. Tetapi ikatan peptida tidak dapat berotasi.
Ini berarti bahwa hanya dua rotasi bebas dari tiga ikatan
tunggal dari backbone peptida yang membatasi jumlah kemungkinan
konformasi peptida. Rotasi bebas terdapat pada ikatan antara α-
karbon dari residu asam amino dan karbon karbonil dan nitrogen
amino dari residu itu. Rotasi bebas tersebut adalah ikatan N-Cα ()
dan C- Cα (). Konformasi ikatan peptida didefinisikan oleh nilai 
dan  (-180º sampai 180º). Plot nilai  sebagai sumbu x dan 
sebagai sumbu y menghasilkan Ramachandran plot. Kekakuan
ikatan peptida mengakibatkan gugus R pada residu asam amino
berdekatan berlawanan sepanjang rantai peptida (Gambar 82).
Gambaran struktur ini mempunyai implikasi penting untuk
konformasi tiga-dimensi dari peptida dan protein. Stereokimia ini
memainkan peranan penting dalam penentuan bagaimana backbone
protein dapat melipat.

Gambar 82. Ikatan Peptida adalah Planar dan Kaku

(Nelson et al., 2008:116)

B. Pengelompokan Protein Berdasarkan Fungsinya

Protein adalah polipeptida. Apakah perpedaan suatu protein
dengan protein lainnya? Pada prinsipnya perbedaan suatu protein
dengan protein lainnya terletak pada jumlah dan urutan residu
asam amino penyusunnya. Seberapa banyak protein dapat
terbentuk dari kombinasi 20 asam amino? Kombinasi asam amino
ini menghasikan protein dengan urutan residu asam amino tertentu
yang akan menentukan sifat dan fungsinya.
Protein mempunyai bermacam fungsi biologi yaitu
1. Enzim
136 BIOMOLEKUL SEL
 Enzim adalah katalis biologi. Enzim mengkatalisis hampir
semua reaksi yang terjadi di dalam mahluk hidup. Kebanyakan
enzim yang telah dipelajari adalah protein. Reaksi akan
berlangsung berhari-hari atau berminggu-minggu atau
membutuhkan suhu yang tinggi tanpa enzim. Sebagai contoh
enzim pencernaan, pepsin, trypsin, dan chymotrysin yang
mendegradi protein pada diet kita agar asam amino dapat
diserap untuk digunakan oleh sel kita.
2. Protein Pertahanan
Protein pertahanan termasuk antibodi (juga dinamakan
immunoglobulin) yang merupakan molekul protein yang
mempunyai spesifik tinggi. Protein ini dihasilkan oleh sel
khusus dari sistem immun dan berperan merespon antigen
asing. Antigen asing ini termasuk bakteri dan virus yang
menginfeksi tubuh.
3. Protein Transport
Protein transport membawa material dari satu tempat ke tempat
lainnya di dalam tubuh. Protein transport transfferin membawa
besi dari liver ke sum-sum tulang dimana besi digunakan untuk
mensintesa gugus heme untuk hemoglobin. Hemoglobin
merupakan protein yang berikatan dan pembawa O2 dan CO2 di
dalam sel darah merah, sedangkan myoglobin merupakan
protein penyimpan oksigen.
4. Protein Pengatur
Protein pengatur mengontrol banyak aspek dari fungsi sel
termasuk metabolisme dan reproduksi. Suhu tubuh, pH darah,
kadar glukosa darah harus diatur dengan hati-hati. Banyak
hormon yang mengatur fungsi tubuh seperti insulin, glucagon
adalah protein.
5. Protein Struktur
Protein struktur menyediakan pendukung mekanik untuk
sebagian besar binatang dan menyediakan penutup luar.
Rambut dan kuku kita adalah sebagian besar tersusun dari
protein keratin. Protein lainnya menyediakan kekuatan mekanik
untuk tulang kita, urat (tendon), dan kulit.
6. Movement Proteins

Minda Azhar 137

 Protein pergerakan adalah perlu untuk semua bentuk
pergerakan. Otot kita yang termasuk otot yang paling penting
adalah jantung, berkontraksi dan berekspansi melalui interaksi
dari protein actin dan myosin. Sperma dapat berenang karena
mempunyai flagela yang panjang yang terbuat dari protein.
7. Nutrien protein
Protein nutrien menyediakan asam amino untuk embrio dan
janin. Albumin telur dan kasein susu adalah contoh protein
penyimpan makanan.
Beberapa protein berfungsi sebagai poros atau saluran pada
membran yang memungkinkan lewatnya molekul bermuatan
dan kecil.
8. Protein pada permukaan sel dapat bertindak sebagai reseptor
untuk berbagai macam ligan dan sebagai modifier interaksi sel
dengan sel.

C. Tingkatan Struktur Protein

Sifat protein sebagian besar ditentukan oleh struktur tiga
dimensinya. Bagaimanapun juga protein native (melipat secara
alami) dispesifikasi oleh struktur primernya sehingga struktur
primer suatu protein mempunyai karakteristik yang unik.
Mempelajari struktur protein merupakan dasar untuk mengerti
hubungan struktur dan fungsi protein yang diperlukan pada sistem
biologi. Hubungan antara struktur dan fungsi protein adalah bagian
fundamental dari biokimia. Hal ini akan terlihat jelas sekali pada
enzim. Pada BAB V dijelaskan bagaimana enzim bekerja dan
bagaimana struktur enzim berkontribusi pada mekanisme aksi
enzim. Enzim dapat aktif atau tidak aktif adalah akibat perubahan
strukturnya. Hubungan fungsi biomolekul protein hanya dapat
dimengerti dengan mempelajari struktur protein. Dengan
demikian, pengetahuan struktur tiga dimensi protein adalah
bahagian yang penting untuk mengerti bagaimana protein
berfungsi. Variasi fungsi protein juga tergantung pada interaksinya
dengan molekul lain.
Molekul protein memiliki empat tingkatan struktur yaitu
struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier, dan struktur
quartener. Struktur primer menggambarkan sekuens linier dari
138 BIOMOLEKUL SEL