Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di: https://www.researchgate.net/publication/228017458

Koenzim dan Kofaktor

Bab · April 2001

DOI: 10.1038/npg.els.0000631

KUTIPAN BACA
19 29.373

1 penulis:

Joan B. Broderick
Universitas Negeri Montana

126 PUBLIKASI 5.795 KUTIPAN

LIHAT PROFIL

Semua konten yang mengikuti halaman ini diunggah oleh Joan B. Broderick pada 10 Februari 2014.

Pengguna telah meminta peningkatan file yang diunduh.

Koenzim dan Kofaktor Artikel sekunder

Joan B Broderick, Universitas Negeri Michigan, Lansing Timur, Michigan, AS Isi Artikel
. Gugus Fungsional dalam Protein

Koenzim dan kofaktor adalah molekul atau ion yang digunakan oleh enzim untuk membantu . Peran Katalitik untuk Kelompok Fungsional Protein

mengkatalisis reaksi. Koenzim biasanya adalah molekul organik yang mengandung fungsionalitas yang . Keterbatasan Kelompok Fungsional Protein dalam
Biokatalisis
tidak ditemukan dalam protein, sedangkan kofaktor adalah molekul atau ion esensial katalitik yang
. Reaksi Enzimatik yang Memerlukan Koenzim Reaksi
terikat secara kovalen dengan enzim.
. Enzimatik yang Memerlukan Kofaktor Ion Logam

. Ringkasan
Gugus Fungsional dalam Protein
20 asam amino umum yang menyusun blok pembangun
protein dicirikan oleh rantai sampingnya, yang dapat berkisar
contoh pada titik ini adalah reduktase ribonukleotida yang
dari gugus alifatik sederhana seperti yang ditemukan di alanin
ditemukan dalam aerobik Escherichia coli, yang
hingga gugus samping yang lebih kompleks dan fungsional
mengandung radikal tirosin esensial yang stabil dan
seperti histidin. Semua asam amino memainkan peran
katalitik (Jordan dan Reichard, 1998). Enzim lain telah
penting dalam menentukan struktur tiga dimensi protein
terbukti membutuhkan radikal tirosil yang stabil untuk
melalui interaksi hidrofobik dan hidrofilik, interaksi ionik dan
aktivitas katalitik, termasuk kompleks fotosintesis
pembentukan ikatan disulfida. Hanya sebagian kecil dari
fotosistem II yang berkembang dengan oksigen (Barry
rantai samping asam amino ini, bagaimanapun, telah terlibat
dan Babcock, 1987) serta galaktosa oksidase (Babcockdkk.,
dalam peran langsung dalam katalisis enzimatik. Asam amino
1992). Enzim lain, termasuk ribonukleotida reduktase dari
yang terlibat langsung dalam katalisis enzimatik adalah asam
anaerobikE.coli (Mulliezdkk., 1993) dan piruvat format-
amino yang memiliki gugus fungsi pada rantai sampingnya.
liase (Unkrig dkk.,1989) mengandung radikal glisil esensial
Gugus fungsi protein termasuk hidroksil (serin [SAYA], treonin
katalitik dalam bentuk aktifnya. Karena radikal berbasis
[II], tirosin [AKU AKU AKU]),sulfhidril (sistein [IV]), amonium
protein ini memiliki sifat kimia dan fungsi yang berbeda
(lisin [V] dan arginin [VI]), imidazolium (histidin [VII]),
relatif terhadap asam amino nonradikal mitranya, mereka
karboksilat (aspartat [VIII] dan glutamat [IX]), amida
dapat dianggap sebagai gugus fungsi protein yang
(asparagin)
berbeda dari rantai samping asam amino yang khas.
[X] dan glutamin [XI]), dan tioeter (metionin [XII])kelompok.
Kelompok-kelompok ini dapat berfungsi dalam berbagai cara
dalam katalisis enzimatik.
Pekerjaan dalam beberapa tahun terakhir telah menunjukkan
Peran Katalitik untuk Kelompok Fungsional
adanya jenis baru dari kelompok fungsional protein: radikal asam Protein
amino. Sejumlah enzim sekarang telah diidentifikasi yang
mengandung radikal protein katalitik esensial (Stubbe dan van der Katalisis reaksi mungkin merupakan proses paling sentral
Donk, 1998). Yang paling menonjol dan berkarakter terbaik dalam biologi, karena sebagian besar reaksi dibutuhkan oleh

HO
OH NS

NH
H2n HN
HAI
H NH2

[Saya] [II] [AKU AKU AKU] [IV] [V] [VI]

HAI HAI
nH HO HAI H2n HAI S
n
OH NH2

[VII] [VIII] [IX] [x] [XI] [XII]

ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net 1

 Koenzim dan Kofaktor

sistem kehidupan akan berkembang sangat lambat menjadi
salah satu organisme hidup. Dari hidrolisis sederhana ikatan
peptida hingga sintesis purin dan pirimidin yang kompleks
dan bertingkat, ini akan menjadi dunia yang lambat tanpa
enzim! Reaksi tanpa katalis berlangsung lambat karena
substrat relatif tidak reaktif, dan/atau karena satu atau lebih
zat antara yang dihasilkan sepanjang jalur reaksi akan
berenergi tinggi (yaitu tidak stabil). Peran katalis, oleh karena
itu, adalah untuk membuat substrat lebih reaktif, dan/atau
untuk menstabilkan intermediet reaktif sehingga reaksi akan
terjadi lebih cepat.
Gugus fungsi protein berpartisipasi dalam katalisis
dengan menyediakan gugus nukleofilik, elektrofilik, asam,
atau basa untuk membantu katalisis. Jenis gugus fungsi
protein yang lazim adalah nukleofil (gugus hidroksil dalam
[AKU AKU AKU], dan [AKU AKU AKU], dan gugus sulfhidril di [IV], adalah semua
nukleofil yang baik), dan katalisis nukleofilik umumnya
diamati pada enzim. Contoh klasik katalisis nukleofilik terjadi
pada protease serin(Gambar 1). Perhatikan dalam mekanisme
ini bahwa peran hidroksil serin adalah untuk membentuk,
melalui serangan nukleofilik, intermediet enzim asil yang lebih
mudah dihidrolisis daripada ikatan amida substrat. Perhatikan
juga peran aspartat dan histidin sebagai katalis asam-basa
umum dalam mekanisme ini: (1) mereka berfungsi untuk
mendeprotonasi serin, membuatnya lebih nukleofilik; (2)
mereka memprotonasi amina, menjadikannya gugus pergi
yang lebih baik; (3) mereka mendeprotonasi air,
menjadikannya nukleofil yang lebih baik; dan (4) mereka
mereprotonasi serin, menjadikannya gugus pergi yang lebih
baik. Mekanisme ini adalah contoh sempurna bagaimana
gugus fungsi protein dapat membantu dalam katalisis reaksi
enzimatik baik melalui asam nukleofilik maupun asam umum.

Miliknya

asp HAI Ser

H n n H HAI
HAI
HO R'
H
n R'
H HAI R
n R' HAI
R 5
1
HAI

Miliknya Miliknya

asp HAI Ser asp HAI

n H Ser
n n NH
OH HAI HAI
OH H
R' n R'
HAI R
H
HAI- HAI-

4 2

Miliknya Miliknya

asp Ser asp Ser

HAI HAI
H n n HAI H n n HAI
HAI R' 3 HAI R'
HAI HAI
H
HAI
NH2 NH2
H R R

Gambar 1 Mekanisme protease serin. Perhatikan peran katalisis asam-basa umum dalam setiap langkah mekanisme. Langkah 1, serangan nukleofilik
hidroksil serin pada substrat. Langkah 2, runtuhnya intermediet tetrahedral ke intermediet enzim asil. Langkah 3, pelepasan produk amina. Langkah 4,
deailasi yang dihasilkan dari serangan nukleofilik air untuk membentuk intermediet tetrahedral. Langkah 5, runtuhnya intermediet tetrahedral dan
pelepasan produk karboksil.

2 ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net


katalisis basa. Gugus fungsi karboksilat, histidin, dan amonium
semuanya dapat berpartisipasi dalam katalisis asam-basa umum,
dan rantai samping amina dapat berpartisipasi dalam katalisis
elektrofilik melalui pembentukan basa Schiff.
Radikal asam amino, jenis terakhir dari gugus fungsi
protein yang dibahas pada bagian sebelumnya,
tampaknya berfungsi dalam inisiasi kimia radikal melalui
transfer elektron jarak jauh dan/atau abstraksi atom
hidrogen. Contohnya termasuk radikal tirosin yang ada
dalam bentuk aktif dariE. coli ribonukleotida reduktase,
yang telah diusulkan untuk menghasilkan radikal di situs
aktif melalui transfer elektron jarak jauh. Radikal situs aktif
ini, pada gilirannya, memulai reduksi ribonukleotida
dengan abstraksi hidrogen 3' dari substrat untuk
menghasilkan radikal substrat perantara (Stubbe dan van
der Donk, 1998). Radikal protein stabil lainnya, misalnya
radikal glisil dari piruvat format-liase (Knappedkk., 1993)
dan radikal tirosil dari kompleks fotosintesis oksigen-
evolving (Hoganson dan Babcock, 1997), telah diusulkan
untuk memulai katalisis dengan cara yang sama, melalui
abstraksi atom H awal dari substrat.
Keterbatasan Kelompok Fungsional
Protein dalam Biokatalisis
Gugus fungsi dalam protein sangat cocok untuk
katalisis asam-basa umum, katalisis nukleofilik dan
elektrofilik, dan tidak sedikit reaksi inisiasi radikal,
tetapi tentu saja tidak menjelaskan semua jenis reaksi
katalitik enzim. Misalnya, kelas penting dari reaksi
enzimatik adalah reaksi redoks, dan secara umum
gugus fungsi protein tidak cocok untuk kimia redoks.
Satu pengecualian penting adalah sistein, yang dapat
dioksidasi oleh satu elektron per residu sistein untuk
membentuk ikatan disulfida, dan ikatan disulfida dapat
direduksi kembali oleh dua elektron untuk membentuk
dua sistein sulfhidril. Satu-satunya pengecualian
lainnya adalah beberapa contoh di mana radikal asam
amino telah diidentifikasi sebagai gugus fungsi protein,
dalam hal ini radikal asam amino sangat cocok untuk
melakukan kimia satu elektron.
Molekul atau ion yang digunakan oleh enzim untuk membantu
mengkatalisis reaksi dikenal sebagai koenzim atau kofaktor.
Kebanyakan koenzim adalah molekul organik yang mengandung
fungsi yang tidak ditemukan dalam protein, dan oleh karena itu
menambah gugus fungsi dan mekanisme yang tersedia untuk
katalisis enzim. Seperti yang akan dibahas di bawah, koenzim
digunakan dalam katalisis elektrofilik, kimia redoks, penataan
ulang, transfer grup, dan jenis reaksi lainnya. Beberapa koenzim,
seperti asam lipoat, mengandung
ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net
Koenzim dan Kofaktor
kelompok fungsional analog dengan yang ditemukan dalam protein,
tetapi menawarkan sifat lain, seperti translokasi lancar, yang tidak
mungkin untuk kelompok fungsional protein. Koenzim biasanya
merupakan turunan dari vitamin atau faktor pertumbuhan bakteri;
misalnya, thiamin pyrophosphate (TPP) adalah turunan dari vitamin B1
(tiamin), dan koenzim B12 merupakan turunan dari vitamin B12.
Sementara koenzim berpartisipasi langsung dalam katalisis enzimatik,
mereka biasanya tidak terikat secara kovalen dengan enzim yang
berfungsi. Koenzim mungkin, sebenarnya, hanya terkait secara
longgar dengan enzim selama katalisis, atau dalam kasus lain mungkin
terikat erat, tetapi secara nonkovalen, terikat pada enzim.
Istilah kofaktor biasanya digunakan untuk katalitik molekul
esensial atau ion yang terikat secara kovalen dengan enzim.
Contoh-contoh kofaktor enzim termasuk topa quinone terikat
peptida yang tidak biasa dalam amina oksidase, di mana
residu tirosin telah dioksigenasi dan dioksidasi untuk
menghasilkan kofaktor esensial dan terikat kovalen yang
ditemukan di banyak kofaktor. protein dan enzim, termasuk
sitokrom C oksidase. Selain itu, ion logam yang ditemukan
dalam metaloenzim, yang biasanya terikat pada protein
melalui koordinasi rantai samping asam amino, adalah
kofaktor dalam katalisis metaloenzim. Metallocofactors ini
dapat memberikan karakteristik penting untuk enzim,
termasuk situs untuk mengikat substrat melalui koordinasi,
pusat elektrofilik untuk membantu dalam katalisis, dan
beberapa keadaan oksidasi tersedia yang memfasilitasi
keterlibatan dalam kimia transfer redoks dan elektron.
Reaksi Enzimatik yang Memerlukan
Koenzim
Koenzim nikotinamida
Koenzim nikotinamida termasuk nikotinamida adenin
dinukleotida (NAD1, [XIII]) dan nikotinamida adenin
dinukleotida fosfat (NADP1), yang berbeda hanya
dalam kehadiran atau tidak adanya gugus fosfat pada
2'-C dari bagian adenosil. Keduanya NAD1 dan NADP1
berfungsi sebagai pembawa reversibel dari ekuivalen
pereduksi dalam sel, dan digunakan dalam berbagai
reaksi enzimatik termasuk, misalnya, alkohol
dehidrogenase dan dihidrofolat reduktase. Bagian aktif
redoks adalah basa nikotinamida, yang dapat direduksi
oleh dua elektron untuk menghasilkan NADH atau NADPH
[XIV]. Akibatnya, nikotinamida menerima ion ahidrida yang
setara dari substrat. Reaksi semacam itu membutuhkan
pusat elektrofilik yang kuat, sesuatu yang kurang di antara
gugus fungsi protein, tetapi ada dalam koenzim
nikotinamida karena cincin piridinium yang teroksidasi.
Koenzim tereduksi, NADH dan NADPH, pada gilirannya
berfungsi sebagai reduktor dalam reaksi lain, termasuk
proses transfer elektron kritis yang menghasilkan O2.2
reduksi dan sintesis ATP.
3
 Koenzim dan Kofaktor

H HAI HAI
H H
NH2 NH2

n+ n
HAI HAI HAI HAI
HAI HAI
P P
NH2 2e-, H + NH2
HAI OH OH HAI OH OH
HAI HAI
n n
n n
P HAI 2e-, H + P HAI
-
HAI HAI n n
-
HAI HAI n n
HAI HAI

OH OH(PO2-3 ) OH OH(PO2-3 )

[XIII] [XIV]

Dalam banyak kasus, seperti yang baru saja dibahas,
koenzim nikotinamida sebenarnya berfungsi sebagai
kosubstrat, tetapi mereka berfungsi sebagai koenzim sejati
dalam beberapa reaksi, misalnya S-adenosilhomosisteinase.
Di sini koenzim NAD1 memiliki fungsi umum yang sama
dengan reaksi yang dibahas di atas, yaitu menerima ekuivalen
hidrida dari substrat, tetapi dalam hal ini koenzim tereduksi
merupakan zat antara yang dioksidasi ulang menjadi NAD1
dalam menghasilkan produk.
Koenzim Flavin
Koenzim flavin, flavin-adenin dinukleotida (FAD
[XV]) dan flavin mononukleotida (FMN, yang tidak memiliki
fosfat kedua dan bagian adenosil dari [XV]), merupakan
turunan dari riboflavin (vitamin B2). Ujung bisnis
koenzim flavin adalah bagian flavin, dan FMN dan FAD
melayani fungsi analog dalam reaksi enzimatik. Seperti
koenzim nikotinamida, koenzim flavin berpartisipasi
dalam reaksi redoks; koenzim flavin, bagaimanapun,
lebih fleksibel karena mereka dapat berpartisipasi
dalam kimia redoks satu atau dua elektron. Koenzim
flavin ada dalam bentuk teroksidasi (FMN dan FAD),
bentuk semikuinon tereduksi satu elektron (FMN. dan
FAD. [XVI]), dan bentuk tereduksi dua elektron (FMNH2
dan FADH2 [XVII]).Karena keadaan oksidasi yang fleksibel ini,
koenzim flavin dapat berpartisipasi dalam variasi reaksi
redoks yang lebih luas, dengan variasi reaksi yang lebih luas.

NH2 NH2 NH2

n n n
n n n

n n n n n
HAI HAI HAI HAI HAI HAI HAI HAI HAI
n

HAI P HAI P HAI P

HAI HAI OH OH HAI HAI OH OH HAI HAI OH OH
HAI P HAI P HAI P
e-, H+ e-, H+
HAI HAI HAI

OH OH OH
e-, H+ e-, H+
HO HO HO
OH OH OH

H3C n n HAI H3C n n HAI H3C n n HAI

NH NH NH
H3C n H3C n+ H3C n
HAI H HAI H HAI
[XV] [XVI] [XVII]

4 ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net

 Koenzim dan Kofaktor

mitra redoks, daripada koenzim nikotinamida. Enzim yang
memanfaatkan koenzim flavin (sering disebut
flavoprotein) termasuk dehidrogenase, oksidase dan
oksigenase. Mitra redoks langsung dari protein offflavo
dapat mencakup dua akseptor elektron seperti NAD1 dan
NADP1 atau akseptor satu elektron seperti hem besi,
gugus besi-sulfur dan kuinon.
B12 koenzim
B12 koenzim, adenosilkobalamin [XVIII] dan methylcobalamin,
terdiri dari kobalt(AKU AKU AKU) terikat pada cincin corrin
tersubstitusi dan gugus alkil (baik adenosil atau metil) (Frey,
1990). Koenzim ini sering terlibat dalam katalisis reaksi
penataan ulang. Berdasarkan ikatan langsung antara karbon
tanda kobal dari gugus alkil, B12 koenzim adalah koenzim
organologam, dan merupakan satu-satunya spesies
organologam dalam biologi. B12 koenzim berfungsi dalam
penataan ulang melalui pembelahan reversibel dari ikatan
kobaltkarbon untuk menghasilkan kobalt (II)–zat antara
radikal organik [XIX]. Zat antara radikal organik kemudian
mengabstraksi atom hidrogen dari substrat, yang mengatur
ulang dan mengabstraksi kembali atom hidrogen dari zat
antara 5'-deoksiadenosin untuk meregenerasi zat antara
radikal 5'-deoksiadenosil. Zat antara radikal ini kemudian
dapat membentuk kembali ikatan ke kobalt.II) untuk
meregenerasi koenzim. Salah satu cara untuk memikirkan
peran B12
koenzim adalah sebagai generator radikal reversibel, koenzim yang
dapat menghasilkan radikal sesuai dengan permintaan situs aktif
enzim untuk membantu dalam katalisis. Dalam pengertian ini, B12
koenzim adalah versi radikal asam amino yang lebih elegan yang
dibahas di atas.
Sementara radikal asam amino selalu ada dalam enzim
aktif dan dengan demikian tunduk pada reaksi samping
yang berpotensi merusak, B12 radikal koenzim 'disimpan'
dalam bentuk yang relatif tidak berbahaya, kompleks
organologam, dan dihasilkan hanya ketika dan di mana
diperlukan melalui pembelahan ikatan kobalt-karbon
homolitik. Lisin 2,3-aminomutase menggunakan koenzim
lain,S-adenosylmethionine, untuk memulai kimia radikal
melalui generasi intermediet radikal anadenosyl (Baraniak
dkk., 1989). Dalam hal ini, tidak diperlukan kobalt untuk
reaksi, tetapi enzim mengandung kofaktor gugus besi-
sulfur. Mekanisme pembentukan radikal adenosil dalam
sistem ini belum dapat dijelaskan.
Tiamin pirofosfat
Tiamin pirofosfat (TPP [XX]), bentuk pirofosforilasi tiamin
(vitamin B1), memainkan peran sentral dalam sejumlah
reaksi enzimatik yang melibatkan pemutusan ikatan
karbon-karbon, termasuk A-dekarboksilasi asam keto
seperti yang dikatalisis oleh piruvat dekarboksilase. Reaksi
dekarboksilasi membutuhkan akseptor elektron untuk
menghilangkan muatan negatif yang

H2n
H2n
n
n n
n
n n
n n

OH HAI OH
HAI H
H
H H OH
C OH C
R2 - R2
R2 R2
R1 R1
H3C H3C
n CH3 n CH3
n n
Bersama Bersama

n R2 n R2
n n
CH3 CH3
R2 R1 R2 R1
HAI CH3 HAI CH3
H3C H3C
NH n NH n
H3C H3C
H3C H3C
n n

H3C HAI H3C HAI H3C HAI H3C HAI

HAI
H OH
HAI HAI
OP OP
HAI HAI

[XVIII] [XIX]

ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net 5

 Koenzim dan Kofaktor

dibangun di atas A-karbon, tapi A-asam keto tidak memiliki akseptor Koenzim fosfopantetein
elektron intrinsik seperti itu. Dalam kasus sebagian besar enzim yang
dikatalisisA-dekarboksilasi asam keto, TPP berfungsi sebagai akseptor
Koenzim phosphopantetheine termasuk koenzim A
elektron untuk mendorong dekarboksilasi.
(CoA [XXIII]), di mana 4'-phosphopantetheine melekat
pada bagian adenosil, dan protein pembawa asil (ACP [
C2 H NH2 XXIV]), di mana 4'-phosphopantethiene melekat pada
protein kecil melalui gugus hidroksil serin. Seperti yang
S n n terlihat dari [XXIII] dan [XXIV],fitur kunci dari koenzim
CH3 fosfopantetein adalah panjang, rantai fleksibel yang
n CH3 berakhir pada kelompok sulfhidril, dan kelompok
sulfhidril ini adalah kelompok fungsional kunci dari
HAI koenzim. Fungsi utama koenzim phosphopantetheine
HAI
P adalah transfer gugus asil dan aktivasi karboksilat,
HAI HAI meskipun fungsi lain telah diidentifikasi juga. Koenzim
P HAI ini berfungsi sebagai mata uang intraseluler dari gugus
HAI
asil aktif, dan dengan demikian merupakan pusat
HAI
banyak reaksi, termasuk biosintesis asam lemak.
[XX]
Hal ini ditunjukkan oleh Breslow (1958) bahwa proton
tiazolium C2 dari TPP sangat asam, melibatkan karbanion C2 NS NS
dari cincin tiazolium dalam mekanisme katalitik.
Dekarboksilasi tergantung TPP, misalnya pada piruvat
dekarboksilase, berlangsung dengan serangan karbanion HN HN
tiazolium C2 padaA karbon substrat untuk menghasilkan HAI HAI
intermediet tetrahedral. Dekarboksilasi kemudian berlanjut,
dengan delokalisasi muatan negatif yang dihasilkan pada
cincin tiazolium. Produk dekarboksilasi kemudian diproduksi
HN HN
dan tiazolium karbanion diregenerasi.
HO HAI HO HAI

Piridoksal 5'-fosfat H H

Seperti thiamin pyrophosphate, peran pyridoxal 5'-phosphate (PLP

[XXI]) Katalisis inenzim berfungsi sebagai penyimpan elektron, HAI HAI HAI HAI
untuk menghilangkan muatan negatif yang menumpuk selama P NH2 P
pergantian. PLP memainkan peran ini dalam hubungannya HAI HAI
HAI n HAI
dengan sejumlah besar enzim yang mengkatalisis beragam reaksi n
P
yang melibatkana, b atau G karbon dari A-asam amino. Juga Protein
HAI
OO n n
seperti TPP, PLP menghilangkan muatan negatif melalui zat
HAI
antara kovalen, dalam hal ini aldimina terbentuk antara amina
substrat asam amino dan aldehida PLP
OH OH
[XXII]. Dengan cara ini, PLP berpartisipasi dalam katalisis
dekarboksilase, transaminase, aldolase, dehidrasi dan enzim [XXIII] [XXIV]
lain yang memanfaatkan A-asam amino sebagai substrat.

HAI
Asam lipoat
R HAI
Asam lipoat [XXV], seperti koenzim panteteinil, berfungsi dalam
HAI H n
C HC H transfer gugus asil aktif, dengan perbedaan utama adalah bahwa
asam lipoat secara bersamaan bertindak sebagai mediator dalam
OH OH
HAI3PO HAI3PO
transfer elektron. Gugus fungsi katalitik yang penting dalam asam
lipoat adalah disulfida, yang dapat menerima dua elektron dan
n CH3 n CH3 dua proton untuk direduksi menjadi keadaan dihidrolipoat. Dalam
keadaan tereduksi inilah asam lipoat dapat menerima gugus asil
H H
teraktivasi. Dengan cara ini, asam lipoat menggabungkan transfer
[XXI] [XXII] gugus elektronandasil yang dikatalisis olehA-kompleks multienzim
ketoacid dehydrogenase.

6 ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net

 Koenzim dan Kofaktor

Salah satunya, kompleks piruvat dehidrogenase, merupakan enzim

HAI
kunci dalam metabolisme glukosa.

S HN NH OH
S H H
S HAI
H
[XXVII]

HAI
HO
[XXV]
Koenzim folat
Tetrahidrofolat (FH4 [XXVI]) dan molekul terkait berfungsi
sebagai koenzim kunci dalam biosintesis purin dan
pirimidin dengan memasok unit satu karbon untuk
berbagai langkah sintetik. Satuan karbon yang disuplai
olehn10- formil-FH4, n5,N10-metenil-FH4, n5,N10-metilen-FH4
dan n5-metil-FH4 pada dasarnya adalah suplai formate dan
formaldehyde bagi sel, disimpan dalam formasanFH . yang
relatif tidak berbahaya4tambahan yang diperlukan. Selain
fungsi biosintetik purin dan pirimidin kritis yang dilakukan
oleh tetrahidrofolat, n5-methyltetrahydrofolate adalah
donor gugus metil dalam biosintesis metionin.
H hingga transfer elektron. Logam menambah fungsionalitas
H2n n n
n yang dapat memfasilitasi reaksi transfer edoks dan elektron.
n Sebagian besar logam transisi baris pertama (satu-satunya
OH H HN
HAI
C enzimatik. Biasanya, kofaktor ion logam ini terikat pada enzim
HN (Glu)n
[XXVI]
Biotin
Biotin [XXVII] memainkan peran sentral dalam reaksi karboksilasi
yang dikatalisis enzim, yang sebagian besar memanfaatkan
bikarbonat dan ATP sebagai substrat. Biotin terikat secara kovalen
dengan enzim karboksilase yang berfungsi melalui ikatan amida
antara biotin karboksil dan lisil.e-NH2
kelompok di situs aktif protein. Peran biotin dalam reaksi
karboksilase ini adalah bertindak sebagai mediator
dengan menerima karboksil aktif yang dihasilkan dari
bikarbonat dan ATP dan kemudian mentransfer karboksil
ini ke substrat yang sesuai.
Kofaktor organik
Sejumlah enzim telah diidentifikasi mengandung asam amino
termodifikasi kovalen yang berfungsi sebagai koenzim dalam
katalisis. Ini termasuk amina oksidase, yang mengandung
satopaquinonecofactor (TPQ, residu tirosin yang dimodifikasi
secara akovalen; Janesdkk., 1990), dan methylamine
dehydrogenase, yang mengandung tryptophan
tryptophylquinone (TTQ; McIntire dkk., 1991), serta contoh
lainnya. Kuinoprotein ini biasanya merupakan katalis redoks
seperti oksidase dan dehidrogenase.
Reaksi Enzimatik yang Membutuhkan
Kofaktor Ion Logam
Ribuan reaksi fenzimatik, mungkin sepertiga dari semua yang
diketahui, memerlukan kofaktor ion logam dalam berbagai
fungsi mulai dari katalisis asam Lewis hingga katalisis redoks
enzim dengan menyediakan pusat elektrofilik yang kuat, dan
dalam beberapa kasus beberapa keadaan oksidasi tersedia
pengecualian adalah skandium, titanium, dan mungkin
kromium) serta molibdenum, tungsten, dan magnesium
diketahui berfungsi sebagai kofaktor dalam katalisis
melalui koordinasi rantai samping asam amino, meskipun
dalam beberapa kasus logam terikat pada ligan nonprotein,
gugus egahem, dan kompleks logam-ligan terikat pada enzim
melalui logam atau ligan atau keduanya. Dalam kebanyakan
kasus, logam cukup terikat erat pada enzim, sehingga
metalloenzim dapat diisolasi dengan ion logam utuh,
memungkinkan pengamatan aktivitas enzimatik tanpa adanya
ion logam tambahan. Enzim dengan kofaktor ion logam yang
terikat lebih longgar, biasanya disebut enzim yang diaktifkan
logam, memerlukan keberadaan ion logam yang sesuai dalam
buffer untuk mengamati aktivitas katalitik maksimal.
Besi
Besi adalah logam transisi yang paling melimpah di kerak bumi, dan
oleh karena itu mungkin tidak mengherankan bahwa itu adalah

ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net 7

 Koenzim dan Kofaktor

ada di mana-mana dalam sistem biologis. Besi adalah pemain kombinasi menjembatani sulfida anorganik dan rantai samping
kunci dalam beberapa proses paling sentral dari sistem asam amino, biasanya sistein [XXX].
biologis, termasuk transportasi dan pemanfaatan oksigen,
transfer elektron, metabolisme asam nukleat dan banyak S S cys
cys
molekul biologis kunci lainnya, degradasi polutan biologis, S Fe
Fe S
dan banyak reaksi lainnya. Sejumlah proses enzimatik yang
memerlukan kofaktor anion dibahas di bawah ini; ini cys Fe S
memanfaatkan aksesibilitas beberapa keadaan redoks S S Fe
S
besi(keduanyaFe(II)dan Fe(AKU AKU AKU)mudah diakses
dalam kondisi fisiologis) serta keasaman Lewis Fe(AKU AKU cys
AKU) untuk membantu dalam katalisis enzimatik. Kofaktor [XXX]
besi dapat terikat langsung ke rantai samping asam amino, Metalloenzim yang mengandung besi mengkatalisis berbagai macam reaksi, sebagian besar memanfaatkan
misalnya dalam katekol dioksigenase intradiol, di mana besi sifat redoks besi dan banyak yang melibatkan reaksi dengan oksigen dan/atau spesi tereduksinya,
terikat pada dua tirosin, dua histidin, dan satu hidroksida superoksida dan peroksida. Contoh umum dari reaksi enzimatik yang bergantung pada besi adalah
untuk memberikan koordinat5 lingkungan.XXVIII] (QueandHo, oksigenasi, di mana satu atau kedua atom dari oksigen molekuler digabungkan ke dalam substrat organik
1996). Besi juga sering ditemukan terikat pada kelompok (reaksi [XXXI]). Oksigenase merupakan pusat banyak proses metabolisme penting, termasuk degradasi
heme, misalnya pada enzim sitokrom yang ada di mana- senyawa aromatik, metabolisme lipid, pembentukan kolagen, degradasi toksin dan fungsionalisasi alkana.
mana. Dalam sitokrom P450, misalnya, besi dikoordinasikan Oksigenase juga mencakup jenis perwakilan pusat besi dalam protein, dengan beberapa yang mengandung
oleh empat nitrogen pirol dari protoporforin IX dalam pusat mononuklear nonhaemiron, beberapa pusat besi binuklir, beberapa pusat besi hem, dan beberapa
susunan planar persegi, dan juga dikoordinasikan di salah gugus besi-sulfur. Dalam banyak dari enzim ini, diyakini atau telah ditunjukkan dengan jelas bahwa peran
satu posisi aksialnya oleh sistein sulfhidril dan di yang lain utama besi adalah mengaktifkan oksigen molekuler untuk reaksi dengan substrat. Ada gaya pendorong
oleh air, untuk memberikan keseluruhan lingkungan termodinamika yang kuat untuk reaksi sebagian besar molekul organik dengan dioksigen, namun reaksi
koordinasi oktahedral terdistorsi [XXIX] (sono dkk.,1996). semacam itu tidak terjadi secara spontan karena sifat reaksi terlarang antara triplet dioksigen dan molekul

organik singlet. Salah satu cara di mana pembatasan putaran ini dapat dilonggarkan adalah melalui interaksi

dioksigen dengan pusat logam sedemikian rupa sehingga oksigen direduksi menjadi keadaan superoksida

atau peroksida oksidasi; jenis 'aktivasi oksigen' ini tampaknya merupakan peran utama besi dalam sistem

biologis. Ada gaya pendorong termodinamika yang kuat untuk reaksi sebagian besar molekul organik dengan

dioksigen, namun reaksi seperti itu tidak terjadi secara spontan karena sifat reaksi terlarang antara triplet

dioksigen dan molekul organik singlet. Salah satu cara di mana pembatasan putaran ini dapat dilonggarkan

HAI adalah melalui interaksi dioksigen dengan pusat logam sedemikian rupa sehingga oksigen direduksi menjadi

n OH keadaan superoksida atau peroksida oksidasi; jenis 'aktivasi oksigen' ini tampaknya merupakan peran utama
HN Fe
HAI besi dalam sistem biologis. Ada gaya pendorong termodinamika yang kuat untuk reaksi sebagian besar

n molekul organik dengan dioksigen, namun reaksi semacam itu tidak terjadi secara spontan karena sifat reaksi

terlarang antara triplet dioksigen dan molekul organik singlet. Salah satu cara di mana pembatasan putaran
NH ini dapat dilonggarkan adalah melalui interaksi dioksigen dengan pusat logam sedemikian rupa sehingga

oksigen direduksi menjadi keadaan superoksida atau peroksida oksidasi; jenis 'aktivasi oksigen' ini tampaknya

[XXVIII] merupakan peran utama besi dalam sistem biologis.

H H
HAI
RH + O 2+ 2H+ ROH + H2HAI [XXXI]
Monooksigenase
n n Besi juga berfungsi sebagai kofaktor dalam oksidase, di mana
Fe
n n kekuatan pengoksidasi oksigen digunakan untuk reaksi
redoks, tetapi oksigen tidak dimasukkan ke dalam produk.
Salah satu oksidase sentral yang paling menarik dan
S fungsional adalah sitokrom C oksidase, yang memainkan
MENDEKUT -
peran sentral dalam fosforilasi oksidatif, proses di mana
MENDEKUT-
kekuatan pengoksidasi oksigen dimanfaatkan untuk
mensintesis ATP, mata uang energi sel. Sitokrom Coksidase
[XXIX]
mengandung kofaktor tembaga dan besi dan merupakan
Beberapa kofaktor besi ditemukan terikat pada kombinasi tempat reduksi oksigen menjadi air. Aksesibilitas siap keadaan
rantai samping asam amino dan ligan eksogen, nonsolvent. dua oksidasi untuk tembaga dan besi digunakan oleh
Contoh yang paling luas dari ini adalah protein besi-sulfur, di sitokrom oksidase dalam mentransfer elektron ke oksigen.
mana atom besi ada dalam kelompok dua, tiga, empat atau Besi juga merupakan kofaktor sentral dalam reaksi yang dikatalisis
lebih, dikoordinasikan oleh oleh superoksida dismutase (SOD).XXII] dan katalase. Keduanya

8 ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net


dari enzim ini berfungsi untuk melindungi sistem
kehidupan dari potensi efek merusak spesies oksigen
tereduksi reaktif. Besi juga baru-baru ini terbukti
memainkan peran sentral dalam generasi radikal asam
amino esensial katalitik dan dalam inisiasi mekanisme
radikal dalam enzim tertentu (Stubbe dan van der Donk,
1998). Contoh terbaik dari jenis metaloenzim besi ini
adalah ribonukleotida reduktase, di mana besi binuklir (II)
pusat bereaksi dengan oksigen untuk menghasilkan besi
binuklir (AKU AKU AKU) pusat dan radikal tirosin, yang
terakhir menjadi persyaratan mutlak untuk aktivitas
katalitik. Besi, dalam bentuk gugus besi-sulfur, juga
terlibat secara sentral dalam pembentukan radikal glisil
dalam ribonukleotida reduktase dari proses anaerobik.
E.coli (Mulliezdkk., 1993) dan radikal glisil dari piruvat
formatelyase (Broderick dkk., 1997); lagi, kedua radikal ini
secara katalitik penting. Besi, sekali lagi dalam bentuk
gugus besisulfur, juga terlibat dalam inisiasi kimia radikal
dalam lisin 2,3-aminomutase (Liederdkk., 1998).
HAI2 HAI2
[XXXII]
Fe3+-MERUMPUT Fe2+-MERUMPUT
HAI
2 2 HAI2
Tembaga
Tembaga, seperti besi, memiliki dua keadaan oksidasi (Saya
dan II) yang tersedia dalam kondisi fisiologis, dan karena itu
dapat berpartisipasi dalam katalisis reaksi redoks dengan cara
yang sama seperti besi. Salah satu contohnya adalah dalam
dismutase superoksida, yang mengkatalisis disproporsi
superoksida menjadi peroksida dan oksigen [XXXII]. Sebuah
alternatif untuk Fe-SOD adalah Cu/Zn-SOD, yang
mengandung situs inabinuklear tembaga dan seng. Dalam hal
ini tembaga yang mengikat superoksida dan berperan dalam
mekanisme redoks, sedangkan peran seng tampaknya hanya
struktural.
Ada analogi lain dalam kimia biologis tembaga dan besi,
yang paling menonjol adalah prevalensi keduanya dalam
kimia oksigenase dan oksidase. Tembaga adalah kofaktor
kunci dalam dopaminB-monooksigenase dan peptidilglisin A-
enzim amidating, yang keduanya mengkatalisis
monooksigenasi (Klinman, 1996). Seperti besi dalam oygenase
besi, tembaga diyakini mengaktifkan dioksigen, melalui kimia
redoks, untuk reaksi dengan substrat organik.
HAI
R NH+3 + O2 + H2HAI R H
ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net
Koenzim dan Kofaktor
Tembaga juga merupakan komponen oksidase yang lazim,
termasuk sitokrom C oksidase yang disebutkan di atas, serta
berbagai macamofaminoksidase [XXXIII], dan galaktosa
oksidase. Oksidase amina juga mengandung kofaktor
topaquinone kovalen katalitik penting, seperti yang dibahas di
bagian sebelumnya dari artikel ini. Kesamaan antara sistem
biologis besi dan tembaga melampaui perannya sebagai
kofaktor enzim hingga perannya dalam transpor dioksigen
dan dalam transfer elektron, peran yang tidak akan dibahas
dalam artikel ini. Apa yang jelas dari penelitian hingga saat ini
tentang metaloenzim adalah bahwa sifat kimia yang unik dari
besi dan tembaga, termasuk karakter elektrofiliknya yang
kuat dan ketersediaan beberapa keadaan redoks,
membuatnya secara unik cocok sebagai kofaktor untuk
berbagai reaksi biokimia kritis.
Seng
Di antara logam transisi yang memainkan peran kunci dalam
sistem biologis, seng adalah yang kedua setelah besi dalam
prevalensi biologis. Tidak seperti besi dan tembaga, seng
hanya memiliki satu keadaan oksidasi (12) dapat diakses
dalam kondisi fisiologis, dan karena itu tidak berpartisipasi
dalam katalisis kimia redoks atau reaksi transfer elektron.
Seng, bagaimanapun, cukup fleksibel dalam preferensi untuk
ligan. Fleksibilitas ini sebagian disebabkan oleh afinitas seng
untuk ligan protein lunak (dapat terpolarisasi), seperti sistein
tiol, dan ligan yang lebih keras (kurang terpolarisasi), seperti
karboksilat, histidin imidazol, dan air. Selain itu, seng dapat
dengan mudah mengadopsi bilangan koordinasi 4, 5, atau 6.
Sifat ini memberikan seng fleksibilitas yang luar biasa dalam
mengikat berbagai rantai samping asam amino dan substrat
dalam berbagai geometri. Lingkup koordinasi seng dalam
karboksipeptidase [XXXIV] mengandung dua ligan histidin
imidazol, dua oksigen dari karboksilat glutamat bidentat, dan
satu air.
HN
n
n
HN Zn
HAI
H HAI HAI
H
[XXXIV]
Seng berfungsi secara luas dalam katalisis asam Lewis dan
juga ditemukan memainkan peran struktural penting dalam
enzim dan protein. Jenis reaksi enzimatik di mana seng
+ H2HAI2 + NH+ 4 [XXXIII]
9
 Koenzim dan Kofaktor
HAI R-
C + H2HAI
R n 2
BERSAMA-
ditemukan memainkan peran termasuk peptidase dan amidase
(reaksi [XXXV]), fosfatase, fosfolipase, fosfotriesterase, deaminase
dan alkohol dehidrogenase, antara lain (Lipscomb dan Sträter,
1996). Salah satu mekanisme dimana seng diyakini memfasilitasi
beberapa reaksi ini adalah melalui pengikatan dan dengan
demikian menurunkan pKA
air, menghasilkan konsentrasi tinggi hidroksida terikat logam
yang terlokalisasi di situs aktif, yang dapat bertindak sebagai
nukleofil dalam reaksi hidrolitik.
logam lainnya
Meskipun kita telah menyentuh kofaktor ion logam yang
paling umum untuk reaksi enzimatik, sejumlah lainnya telah
diidentifikasi. Nikel telah ditemukan sebagai kofaktor yang
diperlukan untuk urease dan hidrogenase tertentu. Baik
vanadium dan molibdenum telah diidentifikasi sebagai
kofaktor dalam nitrogenase dan oksidase, dan molibdenum
juga telah ditemukan sebagai kofaktor yang diperlukan untuk
reaksi transfer atom oksigen tertentu. Gugus empat mangan
adalah tempat pengikatan air dan oksidasi menjadi O2 dalam
kompleks fotosintesis oksigen-evolving. Sangat menarik untuk
dicatat bahwa evolusi oksigen fotosintesis ini membutuhkan
radikal tirosin selain gugus mangan, dan radikal tirosil ini
telah diusulkan untuk berfungsi dalam abstraksi atom
hidrogen dari air (Hoganson dan Babcock, 1997). Mangan juga
merupakan kofaktor dalam kimia oksidase, sedangkan
magnesium telah terbukti diperlukan dalam hidrolase dan
isomerase tertentu. Tungsten telah ditemukan menjadi
kofaktor dalam dehidrogenase tertentu.
Ringkasan
Enzim bertanggung jawab atas berbagai macam reaksi dalam
sistem kehidupan, dari hidrolisis ikatan yang relatif sederhana
yang dikatalisis oleh karboksipeptidase hingga pembentukan O
yang sangat kompleks.2 dari H2Mematuhi kompleks oksigen-
evolving fotosintesis. Dengan beragam jenis reaksi yang
diperlukan untuk kehidupan, dan terbatasnya jumlah rantai
samping asam amino untuk memberikan sifat katalitik pada
enzim, mungkin tidak mengherankan bahwa banyak reaksi
enzimatik bergantung pada komponen nonprotein untuk
membantu dalam katalisis. Koenzim dan kofaktor yang digunakan
oleh enzim menambah fungsionalitas yang beragam pada enzim,
termasuk gugus fungsi baru, kemampuan redoks, pusat
elektrofilik, dan tempat koordinasi substrat.
10 ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net
HAI R-
C + [XXXV]
+ H3N -
R HAI- CO2
Referensi
Babcock GT, El-Deeb MK, Sandusky PO, Whittaker MM dan
Whittaker JW (1992) Resonansi paramagnetik elektron dan
spektroskopi resonansi ganda inti elektron dari situs radikal
galaktosa oksidase dan senyawa model fenol tersubstitusi tioeter.
Jurnal American Chemical Society 114: 3727–3734. Baraniak J, Moss
ML dan Frey PA (1989) Lisin 2,3-aminomutase.
Dukungan untuk mekanisme transfer hidrogen yang melibatkan S-
adenosilmetionin. Jurnal Kimia Biologi 264: 1357-1360. Barry BA dan
Babcock GT (1987) Radikal tirosin terlibat dalam
sistem evolusi oksigen fotosintesis. Prosiding National Academy of
Sciences Amerika Serikat 84: 7099–7103.
Breslow R (1958) Tentang mekanisme kerja tiamin. IV. Bukti
dari studi tentang sistem model. Jurnal American Chemical Society
80: 3719–3726.
Broderick JB, Duderstadt RA, Fernandez DC, Wojtuszewski K,
Henshaw TF dan Johnson MK (1997) Enzim pengaktif format-liase
piruvat adalah protein besi-sulfur. Jurnal American Chemical Society
119: 7396–7397.
Frey PA (1990) Pentingnya radikal organik dalam pembelahan enzimatik
ikatan C-H yang tidak aktif. Ulasan Kimia 90: 1343–1357.
HogansonCWandBabcockGT(1997)Mekanisme logamloradikal untuk
pembentukan oksigen dari air dalam fotosintesis. Sains 277:1953–
1956.
Janes SM, Mu E, Wemmer P dkk. (1990) Sebuah kofaktor redoks baru di
enzim eukariotik: 6-hidroksidopa di situs aktif oksidase amina serum
sapi. Sains 248: 981–987.
Jordan A dan Reichard P (1998) ribonukleotida reduktase. Tahunan
Ulasan Biokimia 67: 71-98.
Klinman J (1996) Mekanisme dimana protein tembaga mononuklear
memfungsikan substrat organik. Ulasan Kimia 96: 2541–2561.
Knappe J, Elbert S, FreyMandWagnerAFV (1993) format piruvat-
mekanisme liase yang melibatkan radikal glisil berbasis protein. Transaksi
Masyarakat Biokimia 21: 731–734.
Lieder KW, Booker S, Ruzicka FJ dkk. (1998) S-adenosilmetionin-
reduksi dependen dari lisin2,3-aminomutase dan pengamatan dari pusat
besi-sulfur yang berfungsi katalitik dengan resonansi paramagnetik
elektron. Biokimia 37: 2578–2585.
Lipscomb WN dan Sträter N (1996) Kemajuan terbaru dalam seng
enzimologi. Ulasan Kimia 96: 2375–2433. McIntireWS,WemmerDE,
Christo-serdovAandLidstromME (1991)
Kofaktor baru dalam enzim prokariotik: triptofan triptofilkuinon
sebagai gugus prostetik redoks dalam metilamin dehidrogenase.
Sains 252: 817–822.
Mulliez E, Fontecave M, Gaillard J dan Reichard P (1993) Sebuah besi–
pusat belerang dan radikal bebas dalam reduktase ribonukleotida
anaerobik aktif dari Escherichia coli. Jurnal Kimia Biologi268:2296–
2299.
Que L Jr dan Ho RYN (1996) Aktivasi dioksigen oleh enzim dengan
situs aktif besi non-heme mononuklear. Ulasan Kimia 96: 2607–
2624.
Sono M, Roach MP, Coulter ED dan Dawson JH (1996) Heme-
mengandung oksigenase. Ulasan Kimia 96: 2841–2887. Stubbe J dan
van der Donk W (1998) Radikal protein dalam enzim
katalisis. Ulasan Kimia 98: 705–762.
Unkrig V, Neugebauer FA dan Knappe J (1989) Radikal bebas dari
piruvat format-liase. Karakterisasi dengan spektroskopi EPR dan

keterlibatan dalam katalisis seperti yang dipelajari dengan
hypophosphite substrat-analog. Jurnal Biokimia Eropa 184: 723–728.
Bacaan lebih lanjut
Bertini I, Gray HB, Lippard SJ dan Valentine JS (1994) Bioanorganik
Kimia. Sausalito, CA: Buku Sains Universitas. FershtA(1999)Struktur
dan Mekanisme dalam Ilmu Protein. New York:
WH Freeman & Co.
ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES / & 2001 Nature Publishing Group / www.els.net
Lihat statistik publikasi
Koenzim dan Kofaktor
Ludwig ML dan Matthews RG (1997) Perspektif berbasis struktur tentang
enzim yang bergantung pada B12. Ulasan Tahunan Biokimia 66: 269–313.
Reedijk J (1993)Katalisis Bioanorganik. New York: Marcel Dekker.
SigelTanganSigelA(1994)Metalloenzymes Melibatkan Asam Amino-Residu
dan Radikal Terkait. New York: Marcel Dekker. WalshCT(1979)
Mekanisme Reaksi Enzimatik. San Fransisco: WH
Freeman & Co.
11