Polimerfisme MTHFR terjadi karena adanya kerusakan secara genetik terlebih dahulu.

Pada gen MTHFR

ada beberapa titik/SNIPs yakni pada titik C677T yakni polimerfisme pada sitosin di nomor urutan basa
677 digantikan oleh timidin sehingga mengakibatkan adanya perubahan konversi protein, yang
seharusnya alanin menjadi valin. Kemudian apabila terdapat SNIPs pada yg lain seperti A1298C yakni
polimerfisme pada basa adenin di urutan 1298 menjadi sitosin yang mengakibatkan perubahan konversi
protein yang seharusnya alanin menjadi asam glutamat. Adanya mutasi ini memiliki hubungan dengan
reduksi ekspresi dari enzim MTHFR, sehingga menurunkan aktiktivitas enzim MTHFR dan merusak
akumulasi asam folat. Jadi, meskipun asupan folat individu tersebut baik, namun apabila individu tersebut
mengalami SNPs pada gen MTHFR maka aktivitas dari enzim MTHFR akan menurun dan tidak dapat
berfungsi.
Selanjutnya, pada SNPs mutasi hanya terjadi pada 1 basa nukleotida saja sedangkan pada polimorfisme
mutasi terjadi pada lebih dari 1 basa nukleotida dan terjadi perubahan asam amino. Polimerfisme pada
gen MTHFR adalah Ala222Val yakni alanin pada nomor asam amino 222 bermutasi menjadi valin, yang
mempengaruhi metabolisme folat. Hal ini disebabkan karena rusaknya enzim MTHFR sehingga siklus
reaksi folat dari 5, 10- methylentetrahydrofolat tidak bisa keatas (menjadi 5-Methyltetrahydrofolayt) tetapi
asupan folat akan mengarah kebawah dan meningkat konversi dUMP menjadi dTMP dan menyebabkan
DNA sintesisnya lebih banyak biosintesis timidin yang mana bisa meningkatkan faktor risiko aborsi
spontan dan penurunan kelangsungan hidup janin.