Untuk memperjelas prevalensi HIV-1

di provinsi Papua di Indonesia, penelitian

sero-epidemiologis tentang HIV-1 di antara
157 orang sehat dilakukan di Paniai, Papua.
Selain itu, studi epidemiologi molekuler pada
genom virus yang berasal dari 17
Vol 49 • Nomor 3 • Juli 2017 Sero- dan molekul epidemiologi HIV-1 di Provinsi Papua, Indonesia
individu yang terinfeksi HIV-1 juga dilakukan untuk mengidentifikasi saat ini subtipe HIV-1 dan CRF yang beredar di Papua.
METODE
Penelitian ini dilakukan dengan persetujuan dari Etika Komite Kelembagaan dari Institut Penyakit Tropis dan Lembaga Penelitian dan
Pengabdian Masyarakat, Universitas Airlangga pada tanggal 2 September nd,2013 dengan nomor referensi dari 25-995 / UN3.14 / PPD /
2013 dan Fakultas Kedokteran Universitas Kobe pada 20 September 2012, serta dengan persetujuan tertulis dari peserta penelitian.
Partisipan Studi dan Pengumpulan Sampel
Dalam penelitian ini, kami mengumpulkan dua set sampel darah. Set pertama dikumpulkan dari sampel darah dari populasi umum
untuk studi sero-epidemiologis HIV-1, sedangkan set kedua dikumpulkan sampel dari orang yang terinfeksi HIV untuk studi
epidemiologi molekuler HIV-1 (Gambar 1). Dalam studi sero-epidemiologis HIV-1, 157 orang sehat terdaftar dari populasi umum
dengan bantuan dari Pusat Kesehatan Masyarakat Enarotali dan Rumah Sakit Umum Paniai pada Agustus 2014. Sampel dari populasi
umum diperoleh secara acak dari beberapa pasien yang sebelumnya didiagnosis dengan virus hepatitis atau beberapa pasien umum
yang datang ke Pusat Kesehatan Umum Enarotali dan Rumah Sakit Umum Paniai. Lima belas orang yang sebelumnya didiagnosis
dengan seropositif HIV-1 juga terdaftar di Rumah Sakit Umum Paniai untuk studi epidemiologi molekuler HIV-1. Sebagian besar
peserta berasal dari suku asli Papua, sementara 12 peserta berasal dari provinsi lain di Indonesia. Informasi pribadi peserta penelitian,
termasuk usia dan jenis kelamin serta status antigen permukaan Hepatitis B (HBs Ag), antibodi anti-HCV dan ART dikumpulkan
dengan kuesioner atau dari catatan medis. Sepuluh mililiter darah perifer anti-koagulasi asam ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)
dikumpulkan dari masing-masing peserta. Plasma adalah
207 kemudian diisolasi dari sampel darah perifer dengan sentrifugasi pada 2.000 rpm selama 10 menit. Selain itu, sel mononuklear
darah perifer (PBMC) diisolasi dengan sentrifugasi gradien kepadatan menggunakan Histopaque 1077 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO,
USA). RNA dan DNA kemudian diekstraksi dari plasma dan PBMC menggunakan QIAamp Viral RNA Mini kit (Qiagen, Hilden,
Germany) dan GenElute Mammalian Genomic DNA Miniprep kit (Sigma-Aldrich).
Sero-epidemiologi
Sampel plasma diuji untuk antibodi anti-HIV menggunakan kit diagnostik cepat yang tersedia secara komersial [ABON HIV 1/2 / O
Triline Human Immunodeficiency Virus Rapid Test Devices; Abon Biopharm (Hangzhou) Co, Ltd, Hangzhou, Cina]. Jika hasil rapid
diagnostic kit positif, fragmen genomik HIV-1 diperkuat oleh reaksi berantai polimerase (PCR) untuk mengkonfirmasi diagnosis
infeksi HIV-1.
Amplifikasi Fragmen Genomik HIV-1
RNA dan DNA diekstraksi dari plasma dan PBMC diisolasi dari sampel HIV-1-positif. Viral RNA dalam sampel RNA plasma
ditranskrip mundur menjadi cDNA menggunakan kit SuperScript III First-Stand Synthesis (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) dengan
primer terbalik, K-env-R1, 5'-CCAATCAGGGAAGAAGCCTTG-3 '[sesuai dengan nukleotida (nt) 9168 hingga 9148 dari jenis
rujukan HIV-1, HXB2 (aksesi GenBank no. K03455)]. Gen pol virus yang mengkode protease (PR) (gen PR) dan reverse transcriptase
(RT) (gen RT) serta fragmen parsial dari gen gag dan env kemudian diamplifikasi dari cDNA oleh nested polymerase chain reaction
(PCR) menggunakan Ex Taq polimerase (Takara Bio, Shiga, Jepang) dan primer berikut. Dalam amplifikasi gen PR, primer untuk
PCR pertama adalah DRPR05, 5'-AGACAGGYTAATTTTTTAGGGA-3 '(nt 2074 hingga 2095) dan DRPR02L, 5'-
TATGGATTTTCAGGCCCAATTTTTTTGA-3' (nt 2716 ke 2691 untuk 2691, sementara untuk pri91) PCR bersarang adalah
DRPR01M, 5'-AGAGCCAACAGCCCCACCAG-3 '(nt 2148 hingga 2167) dan DRPR06,

METODE
Penelitian ini dilakukan dengan persetujuan dari Etika Komite Kelembagaan dari Institut Penyakit Tropis dan Lembaga Penelitian dan
Pengabdian Masyarakat, Universitas Airlangga pada tanggal 2 September nd,2013 dengan nomor referensi dari 25-995 / UN3.14 / PPD /
2013 dan Fakultas Kedokteran Universitas Kobe pada 20 September 2012, serta dengan persetujuan tertulis dari peserta penelitian.
Partisipan Studi dan Pengumpulan Sampel
Dalam penelitian ini, kami mengumpulkan dua set sampel darah. Set pertama dikumpulkan dari sampel darah dari populasi umum
untuk studi sero-epidemiologis HIV-1, sedangkan set kedua dikumpulkan sampel dari orang yang terinfeksi HIV untuk studi
epidemiologi molekuler HIV-1 (Gambar 1). Dalam studi sero-epidemiologis HIV-1, 157 orang sehat terdaftar dari populasi umum
dengan bantuan dari Pusat Kesehatan Masyarakat Enarotali dan Rumah Sakit Umum Paniai pada Agustus 2014. Sampel dari populasi
umum diperoleh secara acak dari beberapa pasien yang sebelumnya didiagnosis dengan virus hepatitis atau beberapa pasien umum
yang datang ke Pusat Kesehatan Umum Enarotali dan Rumah Sakit Umum Paniai. Lima belas orang yang sebelumnya didiagnosis
dengan seropositif HIV-1 juga terdaftar di Rumah Sakit Umum Paniai untuk studi epidemiologi molekuler HIV-1. Sebagian besar
peserta berasal dari suku asli Papua, sementara 12 peserta berasal dari provinsi lain di Indonesia. Informasi pribadi peserta penelitian,
termasuk usia dan jenis kelamin serta status antigen permukaan Hepatitis B (HBs Ag), antibodi anti-HCV dan ART dikumpulkan
dengan kuesioner atau dari catatan medis. Sepuluh mililiter darah perifer anti-koagulasi asam ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)
dikumpulkan dari masing-masing peserta. Plasma adalah
207 kemudian diisolasi dari sampel darah perifer dengan sentrifugasi pada 2.000 rpm selama 10 menit. Selain itu, sel mononuklear
darah perifer (PBMC) diisolasi dengan sentrifugasi gradien kepadatan menggunakan Histopaque 1077 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO,
USA). RNA dan DNA kemudian diekstraksi dari plasma dan PBMC menggunakan QIAamp Viral RNA Mini kit (Qiagen, Hilden,
Germany) dan GenElute Mammalian Genomic DNA Miniprep kit (Sigma-Aldrich).
Sero-epidemiologi
Sampel plasma diuji untuk antibodi anti-HIV menggunakan kit diagnostik cepat yang tersedia secara komersial [ABON HIV 1/2 / O
Triline Human Immunodeficiency Virus Rapid Test Devices; Abon Biopharm (Hangzhou) Co, Ltd, Hangzhou, Cina]. Jika hasil rapid
diagnostic kit positif, fragmen genomik HIV-1 diperkuat oleh reaksi berantai polimerase (PCR) untuk mengkonfirmasi diagnosis
infeksi HIV-1.
Amplifikasi Fragmen Genomik HIV-1
RNA dan DNA diekstraksi dari plasma dan PBMC diisolasi dari sampel HIV-1-positif. Viral RNA dalam sampel RNA plasma
ditranskrip mundur menjadi cDNA menggunakan kit SuperScript III First-Stand Synthesis (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) dengan
primer terbalik, K-env-R1, 5'-CCAATCAGGGAAGAAGCCTTG-3 '[sesuai dengan nukleotida (nt) 9168 hingga 9148 dari jenis
rujukan HIV-1, HXB2 (aksesi GenBank no. K03455)]. Gen pol virus yang mengkode protease (PR) (gen PR) dan reverse transcriptase
(RT) (gen RT) serta fragmen parsial dari gen gag dan env kemudian diamplifikasi dari cDNA oleh nested polymerase chain reaction
(PCR) menggunakan Ex Taq polimerase (Takara Bio, Shiga, Jepang) dan primer berikut. Dalam amplifikasi gen PR, primer untuk
PCR pertama adalah DRPR05, 5'-AGACAGGYTAATTTTTTAGGGA-3 '(nt 2074 hingga 2095) dan DRPR02L, 5'-
TATGGATTTTCAGGCCCAATTTTTTTGA-3' (nt 2716 ke 2691 untuk 2691, sementara untuk pri91) PCR bersarang adalah
DRPR01M, 5'-AGAGCCAACAGCCCCACCAG-3 '(nt 2148 hingga 2167) dan DRPR06,
M. Qushai Yunifiar Acta Med Indonesia-Indonesia J Intern Med
5'-ACTTTTGGGGCCATCCATTCC-3' (nt
6973) dan M8, 5'- TCCTTCCATGGGA 2611 hingga 2592). Dalam amplifikasi RT
GGGGCATACATTGC-3 '(nt 7547 hingga 7521). gen, primer untuk PCR pertama adalah RT1L,
kondisi PCR tersedia berdasarkan permintaan. Jika 5'-ATGATAGGGGGAATTGGAGGTTT-3 '(nt
fragmen gen virus gagal diamplifikasi dari 2388 menjadi 2410) dan GPR2M,5'-GGACTACAGTCY
cDNAdihasilkan dari sampel RNA plasma bahkan ACTTGTCCATG-3' (setelah 4402 hingga 4380), sementara
setelah beberapa upaya, itu diperkuat bukan primer untuk PCR bersarang adalah RT7L,
dari DNA yang diekstraksi dari sampel PBMC. 5'-GACCTACACCTGTCAACATAATTGG-3 '
Untuk memeriksa fragmen genomik (nt 2485 hingga 2509) dan GPR3L, 5'-
populasi virus utama dalam sampel, produk PCR TTAAAATCACTARCCATTGYTCTCC-3'
diamplifikasi pada titik akhir pengenceran ( nt 4309 hingga 4285). Dalam amplifikasi dari
template DNA menjadi sasaran gen gag sekuensing yang mengkode Gag p24, yang utama untuk
analisis. PCR pertama adalah H1G777, 5'- TCACCTAGAAC TTTGAATGCATGGG-3 '(nt 1231 hingga 1255) dan
Analisis Sekuensing, Subtipe HIV-1 dan Deteksi Narkoba yang terkait dengan H1P202, 5'-CTAATACTGTATCATCTGCT
Mutasi GCTCCT-3 2325), sementara
analisis sekuensing dari primer HIV yang diperkuat untuk PCR bersarang adalah H1Gag1584,
1 fragmen genomik dilakukan dengan menggunakan 5'-AAAGATGGATAATCCTGGG-3 '(nt
BigDye Terminator v3.1 Kit Siklus Sequencing kit 1577 hingga 1595) dan G17 , 5'-TCCACATTTC
dengan ABI PRISM 3500 xl penganalisis genetik CAACAGCCCTTTTT-3 '(nt 2040 hingga
(Biosystems Terapan, Foster City, CA, USA). 2017). Dalam amplifikasiC2-V3
data Sequencingkemudian dikumpulkan dan daerah gen env, primer untuk
disejajarkan menggunakan PCR software Genetyx versi 10 pertama adalah M5, -CCAATTCCCATACAT
(Genetyx, Tokyo, Jepang). Subtipe HIV-1 adalah TATTGTGCCCCAGCTGG-3 '(nt 6858
dilakukan dengan menggunakan identifikasi rekombinan ke 6889) dan M10,5'-CCAATTGTCCCT
program(RIP), yang tersedia di situs web CATATCTCCTCCTCCTCCAGG-3' (nt 7661
dari database urutan HIV (www.hiv.lanl. ke 7632), sedangkan primer untuk nested
gov /). Selain itu, pohon tetangga-bergabung (NJ) PCR adalah M3, 5'-GTCAGCACAGTAC
dengan model dua parameter Kimura adalah AATGIACACATGG-3 '(nt 6948 untuk
dibangun menggunakan perangkat lunak MEGA6.0611 dengan
individu yang terinfeksi HIV yang datang ke rumah sakit umum Paniai (n = 15)
208
pasien yang sebelumnya didiagnosis menjadi hepatitis virus (n = 21) atau pasien umum (n = 136) yang datang ke pusat kesehatan
masyarakat Enarotali (n = 115) atau umum
Informedpersetujuan

rumah sakitdari Paniai (n = 42) Amplifikasi fragmen genomik HIV-1

penarikan darah
Positif
(n = 2) Tes serogis HIV HIV-1 Subtipealur
Negatif (n = 155)
Analisis resistansi obat ART
Gambar 1. Diagrampengumpulan sampel dan eksperimental rencana
Vol 49 • Nomor 3 • Juli 2017 Epidemiologi sero dan molekul HIV-1 di Provinsi Papua,Indonesia
nilai bootstrap(1.000 ulangan) untuk node yang relevan dilaporkan pada pohon yang representatif. Subtipe virus dilakukan
berdasarkan PR yang berhasil diurutkan, RT, muntah dan / atau gen env, dan jika ada w sebagai ketidakcocokan dalam subtipe atau
CRF di antara gen, gen virus dianggap berasal dari bentuk rekombinan HIV-1. Selain itu, penentuan mutasi resistansi obat pada gen
RT yang berasal dari orang yang memakai ART didasarkan pada pedoman yang diterbitkan oleh International AIDS Society Amerika
Serikat (IAS-USA).12 Urutan nukleotida dari fragmen gen virus telah disimpan dalam database GenBank di bawah nomor aksesi
KX639349-KX639352, KX639354-KX639358, KX639360-KX639368, KX639370-KX639387 dan KX639389-KX639389-
KX639387
HASIL
Studi sero-epidemiologis HIV-1 di Provinsi Papua
Seratus lima puluh tujuh sampel darah tepi dikoreksi dari populasi umum provinsi Papua di Indonesia. Empat puluh dua dan 115
sampel dikumpulkan di rumah sakit umum Paniai dan pusat kesehatan masyarakat Enarotali, masing-masing (Gambar 1). Tes
serologis mengungkapkan bahwa 2 dari 157 sampel (1,27%) positif untuk antibodi anti-HIV. Dua orang yang terinfeksi HIV adalah
laki-laki berusia 16 tahun dan perempuan berusia 36 tahun, yang keduanya menikah.
Informasi Demografis tentang Peserta Studi
Selain 157 peserta penelitian, termasuk 2 orang yang terinfeksi HIV-1, dari populasi umum, 15 orang yang terinfeksi HIV-1 terdaftar
dari rumah sakit umum Paniai untuk analisis genotip HIV-1 (Gambar 1). Informasi demografis dari semua peserta penelitian, yang
terdiri dari 17 orang yang terinfeksi HIV 1- dan 155 orang yang tidak terinfeksi HIV, ditunjukkan pada Tabel 1. Sepuluh dari 17
(58,8%) orang yang terinfeksi HIV-1 adalah perempuan, dan 3 dari 17 (17,6%) adalah HBs Ag-positif, menunjukkan koinfeksi virus
hepatitis B (HBV) dan HIV-1. Sebaliknya, tidak ada dari
209 orang yang terinfeksi HIV-1 yang positif untuk antibodi anti-hepatitis C virus (HCV), menunjukkan tidak ada koinfeksi HCV dan
HIV-1 di antara peserta penelitian yang terinfeksi HIV. Tidak ada perbedaan signifikan yang diamati pada tingkat infeksi HBV dan
HCV antara orang yang terinfeksi dan tidak terinfeksi. Usia rata-rata orang yang terinfeksi HIV adalah 25 tahun, dengan kelompok
usia yang paling dominan adalah 20-29 dan 30-39 tahun. Lima belas dari 17 (88,2%) orang yang terinfeksi HIV menikah (Tabel 1).
Tabel 1. Informasi demografis peserta studi HIV-positif dan negatif
HIV (+) HIV (-)
Jenis Kelamin (n)
- Perempuan 10 108
- Laki-laki 7 47
HBs Ag, n (%)
- (+) 3 (17,64) 19 (12.25)
- (-) 14 (82.35) 136 (87.74)
Anti-HCV, n (%)
- (+) 0 (0.0) 2 (129)
- (-) 17 (100.0) 153 (98.7)
Usia (n ) - <20 tahun 5 17
- 20-29 tahun 6 92
- 30-39 tahun 6 37
- ≥40 tahun 0 9
Status perkawinan (n)
- Menikah 15 NA
- Belum menikah 2 NA
HIV-1 Subtipe Subtipe
virus dilakukan dengan menggunakan analisis pohon filogenetik dari fragmen gen PR, RT, gag dan env yang berhasil diurutkan
(Gambar 2). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa 8 dari 16 sampel (50%) diklasifikasikan sebagai subtipe B, enam (37,5%)
diklasifikasikan sebagai CRF01_AE, satu sampel (6,25%) diklasifikasikan sebagai subtipe A1, dan satu sampel (6,25%) adalah bentuk
rekombinan yang mengandung fragmen genomik CRF01_AE dan subtipe B (CRF01_AE / B) (Tabel 2). Sebaliknya, fragmen
genomik HIV-1 gagal diamplifikasi dari sampel, HIP 1 (Tabel 2). Subtipe virus juga dilakukan dengan menggunakan RIP, dan hasil
yang diperoleh konsisten dengan analisis pohon filogenetik (data tidak ditampilkan).
M. Qushai Yunifiar Acta Med Indones-Indonesi J Intern Med
M. Qushai Yunifiar Acta Med Indonesia-Indonesia J Intern Med
5'-ACTTTTGGGGCCATCCATTCC-3' (nt
6973) dan M8, 5'- TCCTTCCATGGGA 2611 hingga 2592). Dalam amplifikasi RT
GGGGCATACATTGC-3 '(nt 7547 hingga 7521). gen, primer untuk PCR pertama adalah RT1L,
kondisi PCR tersedia berdasarkan permintaan. Jika 5'-ATGATAGGGGGAATTGGAGGTTT-3 '(nt
fragmen gen virus gagal diamplifikasi dari 2388 menjadi 2410) dan GPR2M,5'-GGACTACAGTCY
cDNAdihasilkan dari sampel RNA plasma bahkan ACTTGTCCATG-3' (setelah 4402 hingga 4380), sementara
setelah beberapa upaya, itu diperkuat bukan primer untuk PCR bersarang adalah RT7L,
dari DNA yang diekstraksi dari sampel PBMC. 5'-GACCTACACCTGTCAACATAATTGG-3 '
Untuk memeriksa fragmen genomik (nt 2485 hingga 2509) dan GPR3L, 5'-
populasi virus utama dalam sampel, produk PCR TTAAAATCACTARCCATTGYTCTCC-3'
diamplifikasi pada titik akhir pengenceran ( nt 4309 hingga 4285). Dalam amplifikasi dari
template DNA menjadi sasaran gen gag sekuensing yang mengkode Gag p24, yang utama untuk
analisis. PCR pertama adalah H1G777, 5'- TCACCTAGAAC TTTGAATGCATGGG-3 '(nt 1231 hingga 1255) dan
Analisis Sekuensing, Subtipe HIV-1 dan Deteksi Narkoba yang terkait dengan H1P202, 5'-CTAATACTGTATCATCTGCT