Evolusi molekuler (molecular evolution) pada dasarnya menjelaskan dinamika daripada

perubahan evolusi pada tingkat molekuler, disamping itu untuk mendukung pemahaman tentang
proses evolusi dan efek-efek berbagai macam mekanisme molekuler, termasuk di dalamnya
adalah evolusi genom, gen-gen, dan produk-produknya (Graur & Hsiung Li, 2000). Lebih lanjut
dikatakan bahwa studi tentang evolusi molekuler berakar pada dua disiplin ilmu yang berbeda
yaitu “genetika populasi “ dan “ biologi molekuler “.

Pendekatan evolusi molekuler (molecular evolution) sebagai salah satu pendekatan yang
digunakan dalam mengkaji evolusi biologi pada saat ini (masa evolusi modern) sangat banyak
digunakan (Waluyo, 2005). Pendekatan molekuler ini mengkaji dan memandang evolusi dari
sejarah rekaman urutan DNA dan protein (Stearn & Hoekstra, 2003). Dua area pembahasan :

1. pada objek pertama adalah menjelaskan tentang pembentukan, penyebab dan efek dari
perubahan evolusi molekul dan

2. pada objek kedua menggunakan molekul hanya sebagai alat untuk merekontruksi sejarah
biologi organisme dan konstituen genetikanya.

Meskipun sebagai cabang ilmu pengetahuan tergolong relatif masih baru, Biologi Molekuler
telah mengalami perkembangan yang sangat pesat semenjak tiga dasawarsa yang lalu.
Kebanyakan dari kemajuan-kemajuan itu pada awalnya adalah berkat kerja yang baik para
peneliti yang memberi perhatian pada jasad renik. Menurut Francois Jacob dan James D. Watson
penemuan sukses di tahun 1950-an dan 960-an yang dapat digunakan dalam mempelajari sel dan
organ pada organisme tingkat tinggi adalah berupa :

1. Penemuan struktur DNA

2. Peranan RNA (sintesis protein)

3. Kode genetic

4. Cara pengaturan gen pada bakteri