MOH. KAMAL IBRAHIM H.P.

20200340007

Nama Jurnal Dalmat et al. Malaria Journal

=
Judul Jurnal Use cases for genetic epidemiology in malaria elimination
=
Tahun 2019
=
Penulis Ronit Dalmat, Brienna Naughton, Tao Sheng Kwan-Gett, Jennifer Slyker dan
= Erin M. Stuckey

Tujuan National Malaria Control Programs (NMCPs), yang bertujuan untuk

Penelitian menampung dan memperkirakan beban infeksi di dalam perbatasannya. Namun,
informasi beresolusi lebih tinggi yaitu, lebih detail, komprehensif, akurat, dan
informatif tentang parasit.
Metode Tinjauan literatur menggunakan strategi pencarian eksplorasi di database
Penelitian literatur yang diterbitkan dan abu-abu seperti pusat penelitian MESA.
menginformasikan dan melengkapi tinjauan pustaka, antara Maret dan
September 2017
wawancara mendalam individu dilakukan dengan 15 pemangku kepentingan
internasional yang diidentifikasi melalui tinjauan termasuk
 ahli penyakit malaria
 peneliti laboratorium dan lapangan
 pelaksana program
 pemodel matematika
 pembuat kebijakan
 donor
Pengembangan daftar kasus penggunaan diinformasikan oleh tinjauan kritis
literatur dan wawancara informasi dengan para ahli.
Kasus penggunaan diselaraskan dengan kegiatan yang secara khusus dijelaskan
dalam Pilar 2 dan 3 dari Kerangka Kerja WHO 2017 untuk Eliminasi Malaria
yang Diperbarui.
Kedua pilar ini terdiri dari aktivitas yang aplikasi epidemiologi genetiknya
paling menjanjikan:
 Surveilans
 investigasi kasus
 stratifikasi area untuk intervensi yang ditargetkan untuk mengurangi
MOH. KAMAL IBRAHIM H.P.
20200340007

penularan dan mempercepat eliminasi.

Kegiatan yang berada di luar kerangka WHO, misalnya menggunakan teknik
genetik untuk memandu pengembangan produk seperti tes diagnostik cepat
(RDT)
Hasil Tujuh kasus penggunaan disajikan di mana pendekatan epidemiologi genetik
Penelitian informatif untuk pengambilan keputusan dalam upaya NMCP.
Komponen kasus penggunaan malaria
Struktur use case menggambarkan kondisi di mana metode atau alat akan
dapat diterapkan dan berguna. Isi dari setiap use case, yang disajikan di sini,
disusun menjadi tiga komponen: deskripsi, pra-kondisi, dan pasca-kondisi.
Prakondisi menggambarkan jenis deteksi kasus (aktif, pasif, atau reaktif),
prevalensi infeksi (tinggi, sedang, rendah, dan sangat rendah), dan jenis fokus
(aktif, residual non-aktif, dan bersih).
Kasus penggunaan 1: Deteksi resistensi
Kasus penggunaan ini menjelaskan metode yang mengidentifikasi parasit
resisten obat dalam individu dengan sensitivitas dan spesifisitas tinggi, terlepas
dari adanya gejala atau kegagalan pengobatan, dalam pengaturan prevalensi
tinggi hingga sangat rendah.
Metode baru lainnya yang masih dalam pengembangan meliputi: pengujian
resistensi titik perawatan dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop dan
sekuensing generasi berikutnya (NGS) dari polimorfisme nukleotida tunggal
(SNPs). Setiap pendekatan memiliki kelebihan dan keterbatasan yang
dijelaskan dalam literatur
Kasus penggunaan 2: Nilai aliran gen resistensi obat
Metode untuk analisis genetik populasi telah digunakan untuk memahami
interaksi antara aliran gen dan pola prevalensi penanda resisten di beberapa
geografi termasuk Ethiopia dan Kamboja, serta penyebaran haplotipe resistensi
di Afrika Timur dan Republik Demokratik Kongo.
Agregasi informasi yang dikumpulkan oleh Use case 1, bersama dengan
analisis tambahan untuk memprediksi kemunculan atau penyebaran resistensi
obat ke area baru.
Kasus penggunaan 3: Kaji intensitas penularan
Kasus penggunaan ini menjelaskan metode yang memungkinkan pengambil
keputusan untuk membuat stratifikasi wilayah menurut intensitas penularan
MOH. KAMAL IBRAHIM H.P.
20200340007

dalam pengaturan prevalensi rendah dan sangat rendah dan memantau efek
intervensi.
Metode saat ini menggunakan survei dan penghitungan kasus mingguan
untuk mengukur perubahan prevalensi dan insiden, metode tersebut tidak dapat
mengukur tanda genetik yang menunjukkan perubahan intensitas penularan
pada tingkat prevalensi rendah, seperti perubahan struktur populasi parasit.
Kasus penggunaan 4: Identifikasi fokus
Kasus penggunaan ini mendefinisikan metode yang memungkinkan
identifikasi dan stratifikasi fokus menurut penerimaan dan intensitas transmisi,
seperti yang direkomendasikan oleh WHO.
Metode ini mengukur seberapa dekat parasit terkait satu sama lain dan
memperkirakan penularan parasit dalam kelompok yang berbeda. Saat ini,
fokus dapat disimpulkan menggunakan bukti dari surveilans geospasial dan
investigasi kasus, tetapi hanya metode genetik yang dapat secara definitif
menghubungkan kasus berdasarkan keterkaitan genetik parasit dan oleh karena
itu memvalidasi metode saat ini untuk identifikasi fokus.
Kasus penggunaan 5: Tentukan konektivitas populasi parasit
Metode yang dijelaskan dalam kasus penggunaan ini menentukan
bagaimana populasi parasit dihubungkan di berbagai wilayah geografis dengan
prevalensi tinggi hingga sangat rendah dan memungkinkan penilaian kuantitatif
tentang seberapa banyak penularan di satu wilayah disebabkan oleh kontribusi
transmisi di wilayah lain.
Metode ini bervariasi dalam resolusinya untuk menegaskan konektivitas
dan bukti tambahan diperlukan untuk memvalidasi hubungan antara pola
genetik struktur populasi dan migrasi manusia. Perkiraan konektivitas populasi
parasit merupakan parameter penting untuk model epidemiologi malaria, yang
mungkin berguna untuk mengoptimalkan strategi eliminasi.
Kasus penggunaan 6: Identifikasi kasus yang diimpor
Kasus penggunaan ini menjelaskan metode untuk membedakan antara
kasus asli dan impor di daerah dengan prevalensi rendah atau nol dengan
mengukur seberapa mirip parasit dengan populasi parasit yang saat ini atau
sebelumnya endemik di wilayah yang relevan secara geografis.
Metode yang dijelaskan dalam kasus penggunaan ini memberikan
penentuan yang lebih pasti daripada yang dapat ditawarkan melalui
MOH. KAMAL IBRAHIM H.P.
20200340007

penggunaan survei perjalanan dan investigasi kasus.

Kasus penggunaan #7: Mengkarakterisasi rantai transmisi lokal
Metode yang dijelaskan oleh use case ini akan dikaitkan dengan yang
diusulkan dalam Use case 6, tetapi dengan resolusi yang lebih tinggi untuk
membedakan kontribusi sumber spesifik terhadap transmisi yang sedang
berlangsung atau berulang di area dengan prevalensi rendah hingga sangat
rendah.
Metode ini akan memberikan gambaran resolusi tinggi tentang bagaimana
kasus-kasus terkait satu sama lain, hasil yang pasti hanya dapat dicapai melalui
metode genetik. Selain itu, metode ini perlu menggabungkan informasi
epidemiologis dan genetik, serta metode pemodelan yang kompleks untuk
memberikan gambaran tentang apa yang berkontribusi terhadap penularan yang
sedang berlangsung.
Kesimpula Kasus penggunaan yang disajikan dalam artikel ini merupakan aplikasi baru
n dari teknik bisnis umum, diterapkan di tempat lain di bidang kesehatan masyarakat
dan perangkat lunak, dan di sini untuk mengatasi kesenjangan implementasi
penelitian pada malaria.
Perlu dicatat bahwa karena kerangka kerja ini berfokus pada kasus
penggunaan yang berlaku untuk pertanyaan yang akan ditanyakan oleh NMCP, ada
lebih banyak aplikasi epidemiologi genetik untuk agenda penelitian daripada kasus
penggunaan yang tercantum di sini.