Makalah Dasar-Dasar Rekayasa Genetik

PENGANTAR KROMOSOM, GEN DAN DNA

ISOLASI DAN PEMURNIAN DNA DAN RNA

KELOMPOK I

NINING FIDIANTI H031 18 1004

SRI RESTYATI M H031 19 1018
WILDAN MUBARAQ H031 19 1064

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan

hidayah-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan tugas makalah yang berjudul

“Pengantar Kromosom, Gen, DNA dan Isolasi dan Pemurinian DNA dan RNA”

ini tepat pada waktunya. Adapun tujuan dari penulisan dari makalah ini adalah

untuk memenuhi tugas dosen pada mata kuliah Dasar-dasar Rekayasa Genetik.

Selain itu, makalah ini juga bertujuan untuk menambah wawasan tentang

transformasi isolasi dan pemurnian DNA dan RNA bagi para pembaca dan juga

bagi penulis. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ayahanda Prof. Ahyar

Ahmad, M.Si yang telah memberikan tugas ini sehingga dapat menambah

pengetahuan dan wawasan sesuai dengan bidang studi yang kami tekuni. Kami

juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membagi

sebagian pengetahuannya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini. Kami

menyadari, makalah yang kami tulis ini masih jauh dari kata sempurna. Oleh

karena itu, kritik dan saran yang membangun akan kami nantikan demi

kesempurnaan makalah ini.

 DAFTAR ISI

SAMPUL ............................................................................................................ i

KATA PENGANTAR .......................................................................................... ii

DAFTAR ISI ........................................................................................................ iii

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang .......................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah ..................................................................................... 2

1.3 Tujuan ....................................................................................................... 2

BAB II PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Kromosom, Gen dan DNA ..................................................... 3

2.2 Isolasi dan Pemurnian DNA dan RNA...................................................... 6

BAB III PENUTUP .............................................................................................. 15

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 16

DAFTAR LIST PERTANYAAN ......................................................................... 17

 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Istilah gen diciptakan oleh W. Johannsen pada tahun 1909. Gen adalah

unit instruksi untuk menghasilkan atau mempengaruhi suatu sifat herediter

tertentu. Gen terdiri dari DNA yang diselubungi dan diikat oleh protein. Gen yang

menentukan sifat suatu makhluk hidup dibawa oleh struktur pembawa gen yang

mirip benang dan terdapat di dalam inti sel (nukleus).

DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua kelompok

basa yang berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimdin.

Dua purin yang paling banyak terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin,

dan pirimidin yang umum adalah sitosin dan timin. Purin dan pirimidin

berisi beberapa ikatan ganda yang berhubungan. Molekul molekul yang

berisi ikatan demikian itu mempunyai potensi untuk hadir dalam sejumlah

struktur kimia yang berbeda, karena atom hidrogennya mempunyai

kebebasan tertentu.

Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh

makhluk hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Isolasi DNA dapat

dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenus maupun bagian

tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda. Seperti adanya senyawa polifenol

dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian

DNA. Oleh karena itu, disusunlah makalah ini untuk mengetahui bagaimana cara

mengisolasi dan memurnikan DNA serta mengidentifikasinya dengan

menggunakan beberapa alat instrumen.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa yang dimaksud dengan kromosom, gen dan DNA?

2. Bagaimana perbedaan kromosom, gen dan DNA pada organisme eukariotik

dan prokariotik?

3. Apa yang dimaksud dengan isolasi dan pemurnian DNA/RNA?

4. Bagaimana prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA/RNA?

5. Bagaimana prinsip-prinsip dalam melakukan pemurnian DNA/RNA?

6. Bagaimana teknik isolasi DNA/RNA?

7. Bagaimana teknik pemurnian DNA/RNA?

8. Bagaimana cara Uji Kualitas dan Kemurnian DNA?

1.3 Tujuan

1. Untuk mengetahui pengertian kromosom, gen dan DNA

2. Untuk mengetahui perbedaan kromosom, gen dan DNA pada organisme

eukariotik dan prokariotik

3. Untuk mengetahui isolasi dan pemurnian DNA dan RNA

4. Untuk mengetahui prinsip-prinsip dalam isolasi DNA dan RNA

5. Untuk mengetahui prinsip-prinsip dalam pemurnian DNA dan RNA

6. Untuk mengetahui teknik isolasi DNA dan RNA

7. Untuk mengetahui teknik pemurnian DNA dan RNA

8. Untuk mengetahui cara uji kualitas dan kemurnian DNA dan RNA
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Kromosom, Gen, dan DNA

2.1.1 Kromosom

Kromosom adalah suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana

informasi genetik dalam sel disimpan. Kata kromosom berasal dari kata khroma

yang berarti warna dan soma yang berarti badan Kromosom terdiri atas dua

bagian, yaitu sentromer / kinekthor yang merupakan pusat kromosom berbentuk

bulat dan lengan kromosom yang mengandung kromonema & gen berjumlah dua

buah (sepasang).  Kromosom adalah pembawa gen yang terdapat di dalam inti sel

(nukleus). Kromosom terdiri dari DNA, RNA (asam ribo nukleat) dan protein.

Kromosom homolog (2n) adalah kromosom yang terdapat berpasangan dan

memiliki struktur dan komposisi yang sama. sel yang memiliki 2n kromosom

(kromosom homolog) disebut sel diploid. Bila tidak berpasangan kromosom

diberi simbol n kromosom. Sel dengan n kromosom adalah sel haploid, misalnya

sel kelamin jantan saja atau sel kelamin betina saja.

Struktur kromosom pada organisme prokariotik dan eukariotik berbeda.

Struktur kromosom prokariotik berbentuk lingkar sehingga hanya terdiri dari

sebuah kromosom tunggal. Sedangkan struktur kromosom eukariotik berbentuk

linier dengan panjangyang melibihi dari nucleus itu sendiri sehingga harus

dipadatkan dalam pengemasannya.

2.1.2 Gen

Gen adalah bagian kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA)

dalam kromosom, yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri genetis suatu
makhluk hidup. Gen diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya melalui

suatu proses reproduksi. Dengan demikian, informasi yang menjaga keutuhan

bentuk dan fungsi kehidupan suatu organisme dapat terjaga. Gen terdapat

berpasangan dalam satu lokus pada kromosom homolog. masing-masing gen

dalam pasangan itu disebut alel. Kedua alel dapat membawa ciri sifat yang sama

atau berbeda, misalnya sifat tangkai panjang dan tangkai pendek.

Pengertian Gen (gene) itu sendiri adalah unit dasar dari hereditas, yang

terletak pada kromosom (chromosome), yaitu suatu struktur yang bentuknya

seperti tongkat dan terletak ditengah-tengah (nucleus) setiap sel tubuh. GEN

merupakan “substansi hereditas” yang terletak di dalam kromosom, yang memilik

sifat-sifat: Sebagai materi tersendiri yang terdapat dalam kromosom, Mengandung

informasi genetika dan Dapat menduplikasikan diri pada peristiwa pembelahan

sel.

Gambar 1. Struktur gen

Struktur gen pada organisme prokariotik dan eukariotik berbeda. Sruktur

gen prokariotik terdiri atas promoter, operator, coding region, terminator.

Sedangkan struktur gen eukariotik secara umum sama hanya perbedaan terletak

pada bagian struktural terdapat intron dan ekson.

2.1.3 DNA (Deoxyribonucleic Acid = Asam Deoksiribo Nukleat)

DNA adalah pembawa sebagian besar atau seluruh sifat-sifat genetik di

dalam kromosom. DNA terdapat di dalam nukleus dan bersama senyawa protein

membentuk nukleo protein. Selain di dalam nukleus, molekul DNA juga terdapat

dalam mitokondria, plastid, dan sentriol. DNA memiliki beberapa fungsi di

antaranya membawa informasi genetik, membentuk RNA, dan mengontrol

aktivitas sel baik secara langsung maupun tidak langsung. DNA juga berperan

penting dalam proses sintesis protein.

Molekul DNA pertama kali diisolasi oleh F. Miescher pada tahun 1869

dari sel spermatozoa. Ia tidak dapat mengenali sifat zat kimia tersebut secara pasti,

kemudian menyebutnya sebagai nuklein. Nuklein ini berupa senyawa kompleks

yang mengandung unsur fosfor sangat tinggi. Nuklein selanjutnya dikenal sebagai

gabungan asam nukleat dan protein sehingga sering disebut nukleoprotein. Dalam

kedua jenis asam nukleat ini (DNA dan RNA) terdapat dua basa nitrogen yaitu

purin dan pirimidin. Keduanya ditemukan oleh Fischer pada tahun 1880. Pada

penelitian selanjutnya, Kossel menemukan dua jenis pirimidin, yaitu sitosin dan

timin serta dua jenis purin, yaitu adenin dan guanin. Selain basa purin dan

pirimidin, dalam asam nukleat Levine pada tahun 1990 mengenali gula berkarbon

lima, yaitu ribose dan deoksiribosa. Ia juga menyatakan adanya asam fosfat dalam

asam nukleat.

W. T. Atsbury merupakan orang pertama yang mengemukakan gagasan

tentang struktur tiga dimensi DNA. Ia menyimpulkan bahwa DNA sangat padat,

polinukleotida penyusunnya berupa timbunan nukleosida pipih yang teratur tegak

lurus terhadap sumbu memanjang. Susunan kimia DNA adalah sebuah

makromolekul yang kompleks. Molekul DNA disusun oleh dua rantai

polinukleotida yang amat panjang. Satu rantai polinukleotida terdiri atas

rangkaian nukleotida. Sebuah nukleotida tersusun atas:

 Gugus gula deoksiribosa (gula dengan lima atom karbon atau pentose

 Gugus asam fosfat (fosfat terikat pada C kelima dari gula)

 Gugus basa nitrogen (gugus ini terikat pada C pertama dari gula)

Basa nitrogen dapat digolongkan menjadi dua, yaitu basa purin dan basa

pirimidin. Basa purin terdiri atas adenin (A) dan Guanin (G), sedangkan basa

pirimidin terdiri atas sitosin (S) dan timin (T). Rangkaian kimia antara

deoksiribosa dengan basa purin dan basa pirimidin disebut dengan nukleosida

(deoksiribonukleosida). Nukleosida tersebut akan berikatan dengan fosfat

membentuk nukleotida (deoksiribonukleotida). Gabungan dari nukleotida akan

membentuk suatu DNA. Jadi, molekul DNA merupakan polimer panjang dari

nukleotida yang dinamakan polinukleotida.

Gambar 2. Struktur purin dan pirimidin

2.2 Isolasi dan Pemurnian DNA dan RNA

2.2.1 Pengertian Isolasi dan Pemurnian DNA dan RNA

Isolasi DNA merupakan proses untuk mendapatkan DNA murni dari

makhluk hidup untuk keperluan bioteknologi. Isolasi DNA merupakan suatu

proses untuk mendapatkan DNA murni yang dapat digunakan untuk keperluan
pemeriksaan atau diagnosa (Chawla, 2000). Secara spesifik untuk mengisolasi

DNA yang mencakup gen tertentu dapat dilakukan dengan beberapa teknik, yaitu:

 Isolasi DNA genom dan dilanjutkan pemotongan DNA genom menggunakan

enzim endonuklease retriksi.

 Mengisolasi mRNA yang merupakan hasil transkripsi gen yang dimaksud

kemudian dilanjut dengan membuat turunan (Complementery DNA/cDNA),

 Mensintesis nukleotida yang menyusun gen tersebut (membuat gen sintetik)

dengan teknik sintesis kimiawi.

 Melakukan implifikasi DNA dengan teknik (Polimerase Chain Reaction).

Isolasi DNA merupakan suatu proses untuk mendapatkan DNA murni

yang dapat digunakan untuk keperluan pemeriksaan atau diagnosa. DNA dapat di

isolasi dari berbagai sal yang memiliki inti sel, karena DNA terletak di dalam inti

sel. beberapa sumber DNA yang dapat dipergunakan dalam isolasi DNA adalah

urine, darah, biopsi,rambut, gigi kuku dan lainya (Adityawarman, 2010).

2.2.2 Prinsip Isolasi DNA/RNA

Isolasi DNA merupakan tahap penting dalam setiap eksperimen. Isolasi

DNA merupakan pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel,

membran sel, dan membran inti sehingga dapat dilihat strukturnya. Molekul DNA

dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam keperluan

seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis. Isolasi DNA

dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein,

lemak, dan karbohidrat.

Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),

ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal yang perlu

diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA

tanpa adanya kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan

bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah

struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya harus sederhana dan cepat.

2.2.3 Langkah-Langkah Isolasi DNA/RNA

1. Isolasi dan Purifikasi DNA Genom

Molekul DNA yang sering digunakan dalam teknologi DNA rekombinan

adalah DNA plasmid dan DNA genom yang berasal dari sel bakteri.

Pada dasarnya isolasi DNA genom total dari sel bakteri terdiri dari beberapa

tahap yaitu:

1.Kultivasi sel dalam media yang sesuai

2.Pemecahan dinding sel

3.Ekstraksi DNA genom

4.Purifikasi DNA

Pemecahan dinding sel bakteri dilakukan secara fisik misalnya

dengan cara sonikasi, maupun dengan cara kimia yaitu dengan menggunakan

enzim lisozim, etilen diamin tetra asetat (EDTA), atau kombinasi dari

keduanya. Pada kondisi tertentu pemecahan dinding sel cukup dilakukan

dengan lisozim dan EDTA, akan tetapi sering ditambahkan bahan lain yang

dapat melisiskan dinding sel antara lain deterjen triton X-100 atau sodium

dedosil sulfat (SDS). Setelah sel mengalami lisis, tahap selanjutnya adalah

memisahkan debris sel dengan cara sentrifugasi. Komponen sel yang tidak

larut diendapkan dengan sentrifugasi sehingga meninggalkan ekstrak sel dalam

supernatan yang jernih (Radji, 2011; Thermo Scientific, 2009).

 Tahap akhir dari isolasi DNA adalah proses pemurnian DNA. Disamping

DNA, ekstrak sel mengandung protein dan RNA dalam jumlah yang cukup

besar. Umumnya cara pemurnian DNA dilakukan dengan penambahan larutan

fenol atau campuran fenol dan kloroform dengan perbandingan 1:1, untuk

mengendapkan protein dengan cara di sentrifugasikan dan dihancurkan secara

enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah dibersihkan dari protein masih

tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan RNAse untuk membersihkan

DNA dari RNA. Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut kemudian

dimurnikan dengan cara “presipitasi etanol”. Dengan adanya larutan garam

(kation monovalen seperti Na+), pada suhu -20oC etanol absolut dapat

mengendapkan DNA dengan baik sehingga mudah dipisahkan dengan cara

sentrifugasi (Radji, 2011; Thermo Scientific, 2009).

Pada isolasi dan purifikasi DNA sel total yang berasal dari sel eukariot,

misalnya sel tanaman atau sel hewan, walaupun pada dasarnya tahapan isolasi dan

purifikasinya sama, namun memerlukan suatu modifikasi cara isolasi sehubungan

dengan sifat-sifat khusus dari sel yang digunakan. Modifikasi yang sering

dilakukan adalah pada proses pemecahan sel eukariot. Senyawa kimia yang

digunakan untuk memecah sel bakteri tidak selalu dapat digunakan untuk

memecah sel tanaman maupun sel hewan. Untuk memecah sel tanaman

dibutuhkan ezim-enzim degeneratif yang spesifik dan sering dikombinasi dengan

cara pemecahan dinding sel secara fisik antara lain menggunakan butiran-butiran

gelas. Sedangkan untuk mengisolasi DNA total dari sel hewan yang tidak

memiliki dinding sel umumnya hanya digunakan deterjen untuk memecah

membran sel dan membran nukleusnya (Radji, 2011).

2. Isolasi dan Purifikasi DNA Plasmid

Isolasi dan purifikasi DNA plasmid dari sel bakteri pada dasarnya

sama dengan cara isolasi DNA genom. Sel bakteri yang mengandung DNA

plasmid dibiakkan dan dipanen. Sel bakteri dilisiskan dengan penambahan

deterjen dan enzim lisozim, kemudian disentrifugasi untuk memisahkan debris sel

dengan ekstraksel.

Proses selanjutnya adalah memisahkan protein dan RNA dari DNA

plasmid. Namun demikian terdapat perbedaan penting dalam isolasi DNA

plasmid dengan isolasi DNA genom. Isolasi DNA plasmid memperhatikan

keberadaan DNA genom yang berasal dari sel bakteri. Pemisahan antara DNA

plasmid dengan DNA genom sangat penting untuk dilakukan apabila DNA

plasmid akan digunakan sebagai Vektor kloning. Adanya sedikit kontaminasi

DNA genom bakteri dalam jumlah kecil pun dapat mempengaruhi keberhasilan

kloning DNA (Radji, 2011; Thermo Scientific, 2009).

Beberapa cara untuk menghilangkan DNA genom pada pemurnian DNA

plasmid telah banyak dikembangkan. Cara pemisahan DNA plasmid dengan DNA

genom pada prinsipnya berdasarkan ukuran dan konformasinya. Ukuran DNA

plasmid sangat kecil bila dibandingkan dengan ukuran DNA genom. Ukuran

DNA plasmid yang terbesar, kurang dari 8% ukuran DNA genom bakteri, dan

sebagaian besar DNA plasmid berukuran lebih kecil daripada ukuran tersebut.

Dengan demikian teknik yang dapat memisahkan molekul DNA yang kecil

dengan DNA yang berukuran besar akan sangat efektif untuk memisahkan DNA

plasmid (Radji, 2011).

Salah satu cara yang lazim digunakan untuk memisahkan DNA plasmid

dengan DNA genom adalah dengan menggunakan cara sentrifugasi gradient

densitas. Teknik sentrifugasi gradient densitas etidium Bromida sesium klorida,

yang berkecepatan tinggi, merupakan cara yang sangat efektif untuk memperoleh

DNA plasmid murni. Dengan teknik tersebut DNA plasmid akan membentuk pita

pada titik tertentu yang terpisah dengan pita genom, dimana protein akan

mengapung pada permukaan gradient, dan RNA akan berada pada dasar tabung.

Posisi pita-pita DNA dalam tabung bisa terlihat melalui pendaran etidium bromida

yang disinari dengan ultra violet. DNA plasmid dapat diambil dengan

menusukkan jarum suntik pada dinding tabung dimana pita DNA plasmid terlihat

dan menyedotnya. Sedangkan etidium bromida yang terikat pada DNA plasmid

dapat diekstraksi dengan n-butanol, dan CsCl dihilangkan dengan cara dialisis.

Teknik pemisahan ini dapat memperoleh DNA plasmid murni yang dapat

digunakan sebagai vektorkloning (Radji, 2011).

2.2.4 Uji Kualitas dan Kemurnian DNA

Kuantifikasi dan analisa kualitas DNA/RNA diperlukan untuk mengetahui

kemurnian dan jumlah konsentrasi DNA/RNA yang diisolasi. Kualitas DNA/RNA

terbaik menunjukkan keadaan DNA/RNA bebas dari kontaminasi seperti

kontaminasi protein dan garam yang terdapat pada DNA/RNA yang diisolasi.

Kuantitas DNA/RNA menunjukkan konsentrasi DNA/RNA.

1. Elektroforesis

Elektoforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik . Medan

listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan

dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang

ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul

yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus

listrik dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul

tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak

molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta

tergantung pula pada bentuk molekulnya. Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan

gaya Lorentz, yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati dan

kondisi elektris lingkungan. Secara umum, elektroforesis digunakan untuk

memisahkan, mengidentifikasi, dan memurnikan fragmen DNA. Ada dua jenis

elektroforesis yaitu :

a. Elektroforesis kertas

Elektoforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas

sebagai fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak,

terutama ialah ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi
konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas

tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang

digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorpsivitas

zat terlarut.

b. Elektroforesis gel

Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai

fase diam untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel

dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan

biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein. Kemudian elektroforesis gel

berkembang dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media.

2. Spektrofotometri

DNA yang mengandung basa-basa purin dan pirimidin dapat menyerap

cahaya UV. Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada λ 260 nm, sedang

kontaminan protein atau phenol dapat menyerap cahaya pada λ 280 nm. Dengan

adanya perbedaan penyerapan cahaya UV ini, sehingga kemurnian DNA dapat

diukur dengan menghitung nilai absorbansi λ 260 nm dibagi dengan nilai

absorbansi λ 280 (Å260/Å280), dan nilai kemurnian DNA berkisar antara 1.8-2.0

(Fatchiyah, 2011). Jika nilai melebihi 2,0 maka larutan yang diuji masih

mengandung kontaminan dari protein membran / senyawa lainnya sehingga kadar

DNA plasmid yang didapat belum murni. Jika kurang dari 1,8 maka ddH 2O yang

diambil terlalu banyak sedangkan DNA yang diambil terlalu sedikit.

BAB III
 PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Dalam makalah ini dapat disimpulkan bahwa gen adalah unit molekul

DNA atau RNA yang membawa informasi mengenai urutan asam amino lengkap

dan kromosom adalah suatu struktur makromolekul yang berisi DNA yang

menyimpan informasi genetik sel. Dari makalah juga diperoleh bhwa isolasi DNA

dapat dilakukan berdasarkan prinsip sentrifugasi dan presipitasi dengan langkah-

langkah yaitu ekstraksi sel, pemurnian, dan pemekatan yang kemurniannya dapat

dilihat dengan menggunakan spektrofotometer dan elektroforesis.

3.2 Saran

Adapun saran yang dapat penulis berikan yaitu pembava dapat menambah

dan memperoleh informasi lebih mendetail dari referensi lainnya mengenai teknik

isolasi dan pemurnian DNA dan RNA.

 DAFTAR PUSTAKA

Adityawarman, 2010, Definisi Isolasi DNA,

Chawla, H. S., 2003. Plant Biotechnology: A Practical Approach. Science

publisher.Inc Plymouth.

Juwita dan Sinaga, R. N., 2012, Laporan Praktikum Isolasi DNA dan Teknik PCR

Radji, M. (2011). Rekayasa Genetika; Pengantar untuk Profesi Kesehatan.

Sagung Seto, Jakarta.

Ramlawati, Hamkal, Saenab, S., dan Yunus, S.R., 2017, Pewarisan Sifat
Makhlusk Hidup, Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan.

Restu, M., Mukrimin, Gusmiati, 2012, Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi
DNA Tanaman Suren (Toona Sureni Merr.) untuk Analisis Keragaman
Genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD),
Jurnal Natur Indonesia, 14 (2); 138-142.

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Berlin, Heidelberg,

New York: Springer-Verlag.

Thermo Science. (2009). Thermo Scientific Pierce Cell Lysis Technical

Handbook; Featuring Cell Lysis Reagent and Detergents, Ver.2.
 DAFTAR LIST PERTANYAAN

1. Feni Sari Afriani (H031181029): Tadi sempat dijelaskan terkait

elektroforesis gel dan elektroforesis kertas. Bisa mungkin dijelaskan

terkait apa saja yang menjadi kelebihan dan kekurangan dari kedua

elektroforesis tersebut?

Jawab:

Dijawab oleh Wildan Mubaraq (H031191064):

Kelebihan Elektroforesis Kertas:

• Proses migrasi lebih cepat

• Pemisahan spot menjadi lebih kecil

• Mudah memisahkan sampel dengan spektrofotometri

• Mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit.

Kekurangan Elektroforesis Kertas

• adanya gangguan yang disebabkan oleh adanya gugus OH- yang terdapat

pada selulosa yang dapat berinteraksi dengan molekul polar sehingga daya

migrasi molekul tersebut terganggu dan menjadi lebih rendah

Kelebihan Elektroforesis Gel

• Mudahnya mengamati reaksi kimia selama proses berlangsung

• Sampel dapat ditangani dengan baik dan cepat

 Gel dari hasil percobaan dapat disimpan dalam kantong plastik dan

didinginkan setelah percobaan,sehingga dapat dipakai untuk dokumentasi

penting yang dapat dipelajari lebih lanjut di lain waktu, dan beberapa

kelebihan lainnya.
Kekurangan Elektroforesis Gel

 Rawan terjadi kesalahan pada proses pemindahan campuran sampel ke

dalam slot gel, karena slot gel ukurannya sangat kecil.

2. Ismi Sri Rahayu (H031191019): Mungkin bisa dijelaskan lebih lanjut

mengenai cara pemisahan dna plasmid dan dna genom? terima kasih.

Jawab:

Dijawab oleh Sri Restyati (H031191018):

Jadi dalam proses isolasi DNA genom dan DNA plasmid pada dasarnya

sama, namun terdapat perbedaan. Isolasi DNA plasmid memperhatikan

keberadaan DNA genom yang berasal dari sel bakteri. Adapun prinsip dari isolasi

DNA genom dan plasmid berdasarkan ukuran dan konformasinya. Ukuran DNA

plasmid sangat kecil bila dibandingkan dengan ukuran DNA genom. Ukuran

DNA plasmid yang terbesar, kurang dari 8% ukuran DNA genom bakteri, dan

sebagaian besar DNA plasmid berukuran lebih kecil daripada ukuran tersebut.

Dengan demikian teknik yang dapat memisahkan molekul DNA yang kecil

dengan DNA yang berukuran besar akan sangat efektif untuk memisahkan DNA

plasmid. Salah satu cara yang digunakan untuk memisahkan DNA plasmid

dengan DNA genom adalah dengan menggunakan cara sentrifugasi gradient

densitas. Pada teknik ini DNA plasmid akan membentuk pita pada titik tertentu

yang terpisah dengan pita genom, dimana protein akan mengapung pada

permukaan gradient, dan RNA akan berada pada dasar tabung. Posisi pita-pita

DNA dalam tabung bisa terlihat melalui pendaran etidium bromida yang disinari

dengan ultra violet. DNA plasmid dapat diambil dengan menusukkan jarum suntik

pada dinding tabung dimana pita DNA plasmid terlihat dan menyedotnya.
3. Ahmad Faisal Darwis (H031191051): Manakah metode uji kualitas dan

kemurnian DNA yg lebih umum di gunakan ? Metode elektroforesis atau

metode spektrofotometri

Jawab:

Dijawab oleh Nining Fidianti (H031181004):

Jadi baik metode elektroforesis maupun metode spektrofotometri

sebenarnya keduanya sama-sama umum digunakan, bahkan dari beberapa

referensi yang kami dapatkan mereka rata² menggunakan kedua metode tersebut

sebagai bahan perbandingan dalam uji kualitas dan kemurnian DNA.

4. Reza Suliana (H031191050): Tadi teman-teman telah memaparkan proses

atau metode dari isolasi dan purifikasi DNA plasmid dan genom. nah yang

ingin saya tanyakan yaitu apakah ada hambatan khusus yang dapat membuat

proses tersebut tidak berjalan dengan baik atau sebagaimana mestinya?

terimakasih

Jawab:

Dijawab oleh Nining Fidianti (H031181004):

Jadi adapun hambatan yang dapat membuat proses isolasi dan purifikasi

DNA tidak berjalan dengan baik yaitu larutan yang diuji masih mengandung

kontaminan dari protein membran atau senyawa lainnya sehingga kadar DNA

yang didapat tidak murni. Kemurnian DNA dipengaruhi oleh faktor teknis dalam

melakukan isolasi DNA. Misalnya pada proses pengeringan dari etanol karena

etanol dapat menjadi salah satu kontaminan yang dapat mempengaruhi hasil

isolasi dan purifikasi DNA.

5. Muh Takbir (H031191030): Bisa saudara jelaskan kelebihan dan kekurangan

metode elektroforesis dan spektrofotometri dalam analisis kualitas dan

kemurnian DNA

Jawab:

Dijawab oleh Wildan Mubaraq H031191064:

Kelebihan Elektroforesis:

 Proses migrasi lebih cepat

 Pemisahan spot menjadi lebih kecil

 Mudah memisahkan sampel dengan spektrofotometri

 Mudah dilarutkan dalam pelarut dalam jumlah sedikit.

 Mudahnya mengamati reaksi kimia selama proses berlangsung

 Sampel dapat ditangani dengan baik dan cepat

 Gel dari hasil percobaan dapat disimpan dalam kantong plastik dan

didinginkan setelah percobaan,sehingga dapat dipakai untuk dokumentasi

penting yang dapat dipelajari lebih lanjut di lain waktu, dan beberapa

kelebihan lainnya

Kekurangan Elektroforesis:

 Adanya gangguan yang disebabkan oleh adanya gugus OH- yang terdapat

pada selulosa yang dapat berinteraksi dengan molekul polar sehingga daya

migrasi molekul tersebut terganggu dan menjadi lebih rendah

 Rawan terjadi kesalahan pada proses pemindahan campuran sampel ke

dalam slot gel

Kelebihan Spektrofotometri:

 spektrofotmetri UV memungkinkan penghitungan konsentrasi asam

nukleat berdasarkan absorbansi sampel pada 260 nm. Absorbansi 280 nm

 dan 230 nm dapat digunakan untuk menilai tingkat kontaminasi protein

atau bahan kimia masing-masing.

 Rasio absorbansi asam nukleat terhadap kontaminan memberikan

perkiraan kemurnian sampel dan dapat digunakan sebagai kriteria

penerimaan untuk memasukkan atau mengecualikan sampel dalam aplikasi

downstream

Kelemahan Spektrofotometri:

 Spektrofotometer klasik tidak dapat membedakan jenis asam nukleat.

Untuk itu, perhitungan penentuan konsentrasi hanya bergantung pada

absorbansi 260 nm.

 Kedua molekul DNA dan RNA, yang terdapat dalam sampel akan

berkontribusi pada nilai absorbansi. Akan tetapi, metode tersebut

sebenarnya digunakan untuk mengukur seluruh asam nukleat dalam

sampel dan mengakibatkan perkiraan konsentrasi RNA atau DNA terlalu

tinggi.

 Selanjutnya, rasio A260/A230 dapat merugikan ketika molekul penyerap

UV lainnya berada dalam buffer elusi. Pengukuran sampel kosong dan

mengurangi background untuk mencegah molekul-molekul tersebut

mengganggu pembacaan daya serap, namun kehadirannya dalam sampel

masih memengaruhi aplikasi downstream

6. Putri Khairunnisa Ramli (H031191059): Pada proses lisis sel, dikatakan dapat

dilakukan dengan cara mekanik dengan teknik sonikasi. Bisa dijelaskan lebih

lanjut mengenai teknik sonikasi tersebut

Jawab:
Dijawab oleh Sri Restyati M (H031191018):

Pemecahan dinding sel dapat dilakukan dengan cara mekanik dengan

teknik sonikasi. Teknik ini merupakan teknik yang memanfaatkan gelombang

ultrasonik. Adapun alat yang digunakan yaitu ultrasonicator. Proses sonikasi lisis

sampel di laboratorium akan memakan waktu antara 15 detik dan 2 menit. Karena

intensitas sonikasi sangat mudah disesuaikan dengan pengaturan amplitudo waktu

sonication dan juga dengan memilih peralatan yang tepat. Contohnya sonikasi

pada protein 30 detik kemudian dihentikan selama 30 detik dan selanjutnya

sonikasi dilakukan kembali dengancara yang sama selama 10 kali dengan suhu

dingin. Prosedur ini dimaksudkan agar protein yang keluar dari sel tidak rusak

ataupun terdenaturasi.