HALAMAN JUDUL

MANAJEMEN LABORATORIUM
“PEMERIKSAAN WHOLE GENOME SEQUENCING TERKAIT
COVID-19 DI LABORATORIUM KESEHATAN”

Oleh :
dr. Vera Oktaria Putri

Moderator :
dr.Yekti Hediningsih, MSi.Med, Sp.PK
dr. Dwi Retnoningrum, Sp.PK(K)

PROGAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS I PATOLOGI KLINIK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS DIPONEGORO SEMARANG/ RSUP
DR. KARIADI SEMARANG
2022
 LEMBAR PENGESAHAN
TINJAUAN PUSTAKA

“PEMERIKSAAN WHOLE GENOME SEQUENCING

TERKAIT COVID-19 DI LABORATORIUM KESEHATAN”

Penyusun :
dr. Vera Oktaria Putri
22041519320011

Telah disetujui dan disahkan oleh pembimbing :

Tanggal : …………………………………………

Pembimbing I Pembimbing II

dr.Yekti Hediningsih, MSi.Med, Sp.PK dr. Dwi Retnoningrum, Sp.PK(K)

ii
 DAFTAR ISI
Halaman

HALAMAN JUDUL........................................................................................................i

LEMBAR PENGESAHAN............................................................................................ii

DAFTAR ISI..................................................................................................................iii

DAFTAR GAMBAR......................................................................................................v

DAFTAR TABEL..........................................................................................................vi

BAB I PENDAHULUAN...............................................................................................1

BAB II WHOLE GENOME SEQUENCING.................................................................3

2.1 Pengertian WHOLE GENOME SEQUENCING.............................................3

2.2 Varian Covid 19..............................................................................................3
2.3 Ruang lingkup.................................................................................................6
2.4 Standar BSL untuk pemeriksaan sampel Covid-19.........................................7
2.5 Kriteria sampel Covid-19 untuk pemeriksaan WGS.......................................8
2.6 Penerimaan Sampel Covid-19 untuk pemeriksaan WGS..............................11
2.6.1 Tujuan pemeriksaan Whole Genome Sequencing SarsCov2....................13
2.6.2 Kebutuhan reagen......................................................................................13
2.7 Kompetensi personel dan pelatihan...............................................................13
2.7.1 Pengenalan umum dan pelatihan pengetahuan..........................................13
2.7.2 Pelatihan khusus terkait pekerjaan............................................................14
2.7.3 Pelatihan keselamatan dan keamanan.......................................................14
2.8 Desain fasilitas laboratorium.........................................................................14
2.9 Penyimpanan dan persiapan spesimen..........................................................15
2.9.1 Penanganan spesimen................................................................................15
2.9.2 Penyimpanan dan penerimaan spesimen..................................................16
2.10 Dekontaminasi...............................................................................................17
2.11 Alat pelindung diri (APD).............................................................................17
2.11.1 Baju laboratorium......................................................................................18
2.11.2 Sarung tangan............................................................................................18
2.11.3 Pelindung mata..........................................................................................19
2.11.4 Alas kaki....................................................................................................19

iii
 2.11.5 Pelindung pernapasan................................................................................19
2.12 Alat WGS yang digunakan di Indonesia.......................................................19

BAB III WGS DI LABORATORIUM KESEHATAN................................................23

3.1 Peran Laboratorium Kesehatan dalam pemeriksaan WGS...........................23

3.2 Pemeriksaan WGS di Laboratorium..............................................................23
3.2.1 Alur Pemeriksaan WGSdi……………………………………………….23
3.2.2 Lokasi……………………………………………………………………23
3.2.3 Ethical Revie…………………………………………………………….24

3.3 Pelaporan Pemeriksaan Whole Genome Sequencing....................................24

BAB V SIMPULAN.....................................................................................................26

iv
 DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1 Cara Pengambilan Swab........................................................................................8
Gambar 2 Strategi Pemeriksaan Deteksi dan Identifikasi Varian Virus SARS-CoV-2.......10
Gambar 3 BSC kelas II A.....................................................................................................16
Gambar 4 Alur Pemeriksaan WGS......................................................................................23
Gambar 5 Alur......................................................................................................................24

v
 DAFTAR TABEL

Halaman
Tabel 1 Sampel Pemeriksaan SARS-CoV-2........................................................................11
Tabel 2 Daftar Mesin Sequencing di Indonesia...................................................................20
Tabel 3 Keuntungan dan Keterbatasan Mesin WGS di Indonesia.......................................22

vi
 BAB I PENDAHULUAN
BAB I
PENDAHULUAN

Terdapat krisis kesehatan masyarakat baru yang mengancam dunia dengan munculnya
dan penyebaran novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) atau sindrom pernapasan akut parah
coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Virus ini berasal dari kelelawar dan ditularkan ke manusia
melalui hewan perantara yang belum diketahui di Wuhan, provinsi Hubei, China pada
Desember 2019. Ada sekitar 96.000 kasus coronavirus disease 2019 (COVID-2019) yang
dilaporkan dan 3.300 kematian yang dilaporkan hingga saat ini (5/3/2020).
Penyakit ini ditularkan melalui inhalasi atau kontak dengan tetesan yang terinfeksi dan
masa inkubasi berkisar antara 2 hingga 14 d. Gejalanya biasanya demam, batuk, sakit
tenggorokan, sesak napas, kelelahan, malaise antara lain. Penyakit ini ringan pada
kebanyakan orang; pada beberapa (biasanya orang tua dan mereka yang memiliki
komorbiditas), dapat berkembang menjadi pneumonia, sindrom gangguan pernapasan akut
(ARDS) dan disfungsi multi organ.
Diagnosis adalah dengan demonstrasi virus dalam sekresi pernapasan dengan tes
molekuler khusus. Temuan laboratorium umum termasuk jumlah sel putih normal / rendah
dengan peningkatan protein C-reaktif (CRP). Pemindaian dada tomografi terkomputerisasi
biasanya abnormal bahkan pada mereka yang tidak memiliki gejala atau penyakit ringan.
Pengobatan pada dasarnya mendukung; Peran agen antivirus belum ditetapkan.
Pencegahan memerlukan isolasi rumah dari kasus yang dicurigai dan mereka yang memiliki
penyakit ringan dan langkah-langkah pengendalian infeksi yang ketat di rumah sakit yang
mencakup tindakan pencegahan kontak dan tetesan. (1)
Virus seperti SARS-CoV-2 terus berkembang sebagai perubahan dalam kode genetik
(mutasi genetik) terjadi selama replikasi genom. Garis keturunan adalah kelompok varian
virus yang terkait erat secara genetik yang berasal dari nenek moyang yang sama. Varian
memiliki satu atau lebih mutasi yang membedakannya dari varian lain dari virus SARS-CoV-
2. perbedaan antara virus untuk mengidentifikasi varian dan bagaimana mereka terkait satu
sama lain. Varian yang ditemukan salah satunya adalah varian omicron. (2)
Munculnya varian SARS-CoV-2 B.1.1.529, yang sekarang disebut Omicron, membawa
implikasi signifikan pada perjalanan pandemi COVID-19. Sementara pertanyaan tentang
penularan, tingkat keparahan infeksi dan efektivitas vaksin dijawab, strategi pengujian untuk

1
Omicron memegang peran penting dalam respons pandemi, membutuhkan perhatian dan
pengoptimalan yang mendesak. (3,4,5)
Whole genome sequencing (WGS) sangat penting dalam mempelajari evolusi dan
keragaman genetik SARS-CoV-2 selama pandemi. [2] Selanjutnya, WGS juga memainkan
peran penting dalam mengidentifikasi varian baru Omicron yang dikategorikan sebagai
varian perhatian (VOC) oleh WHO. Meskipun whole genome sequencing (WGS) adalah
standar emas untuk pengawasan genomik, tidak mungkin untuk mengurutkan setiap kasus
yang dicurigai atau kontak Omicron. (3,4,5)
Menindaklanjuti Surat Edaran Menteri Kesehatan Nomor HK.02.01/Menkes/18/2022
tentang Pencegahan dan Pengendalian Kasus COVID-19 Varian Omicron (B.1.1.529), serta
untuk meningkatkan dukungan dan kerja sama antara pemerintah pusat, pemerintah daerah,
fasilitas pelayanan kesehatan, dan pemangku kepentingan terkait pelaksanaan pencegahan
dan pengendalian kasus Varian SARS-CoV-2, dibutuhkan penguatan surveilans untuk
kepentingan deteksi kasus varian virus SARS-CoV- 2 dengan mempertimbangkan situasi
epidemiologi dan kapasitas respon yang bersifat dinamis. (6)

2
 BAB II WHOLE GENOME SEQUENCING
BAB II
WHOLE GENOME SEQUENCING SARS COV-2

.1 Definisi WHOLE GENOME SEQUENCING

Whole genome sequencing (WGS) adalah Sekuensing seluruh genom adalah
prosedur laboratorium yang menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme

dalam satu proses.

Langkahnya adalah Pemotongan DNA: Para ilmuwan mulai dengan

menggunakan gunting molekuler untuk memotong DNA, yang terdiri dari jutaan basa:
A, C, T, dan G, menjadi potongan-potongan yang cukup kecil untuk dibaca oleh mesin
pengurutan, Pengkodean batang DNA: Para ilmuwan menambahkan potongan kecil tag
DNA, atau kode batang, untuk mengidentifikasi potongan DNA mana yang dimiliki
bakteri mana. Ini mirip dengan bagaimana kode batang mengidentifikasi produk di toko
kelontong, Sekuensing seluruh genom: DNA berkode batang dari banyak bakteri
digabungkan dan dimasukkan ke dalam sekuenser genom keseluruhan. Sequencer
mengidentifikasi A, C, T, dan G, atau basa, yang membentuk setiap urutan bakteri.
Sequencer menggunakan kode batang untuk melacak basis mana yang dimiliki bakteri
mana, analisis data: Para ilmuwan menggunakan alat analisis komputer untuk
membandingkan urutan bakteri dan mengidentifikasi perbedaan. Jumlah perbedaan
dapat memberi tahu para ilmuwan seberapa dekat hubungan bakteri itu, dan seberapa
besar kemungkinan mereka menjadi bagian dari wabah yang sama. (7)

.2 Varian Covid 19
SARS-CoV-2 berisi genom RNA linier ~ 30.000 nukleotida. Sekuensing
seluruh genom dapat digunakan untuk mengidentifikasi mutasi genetik pada genom
SARS-CoV-2.Pada 30 November 2021, Pemerintah AS SARS-CoV-2 Interagency
Group (SIG) mengklasifikasikan Omicron sebagai Variant of Concern (VOC).
Klasifikasi ini didasarkan pada hal-hal berikut (8) :
 Deteksi kasus yang dikaitkan dengan Omicron di beberapa negara,
termasuk di antara negara-negara yang tidak memiliki riwayat
perjalanan.

3
  Transmisi dan penggantian varian Delta di Afrika Selatan.
 Jumlah dan lokasi substitusi pada protein spike.
 Data yang tersedia untuk varian lain dengan substitusi yang lebih
sedikit pada protein lonjakan yang menunjukkan pengurangan
netralisasi oleh serum dari individu yang divaksinasi atau dalam
pemulihan.
 Data yang tersedia untuk varian lain dengan substitusi lebih sedikit
pada protein lonjakan yang menunjukkan penurunan kerentanan
terhadap perawatan antibodi monoklonal tertentu.
Skema klasifikasi Varian SIG mendefinisikan empat kelas varian SARS-CoV-
2(8):
 Varian Sedang Dipantau (VBM) :Alpha (B.1.1.7 dan Q garis
keturunan), Beta (B.1.351 dan garis keturunan), Gamma (P.1 dan garis
keturunan), Epsilon (B.1.427 dan B.1.429), Eta (B.1.525), Sedikit
(B.1.526), Kappa (B.1.617.1), 1.617.3, Mu (B.1.621, B.1.621.1), Zeta
(P.2)
 Varian Minat (VOI)
 Varian Perhatian (VOC): Delta (B.1.617.2 dan garis keturunan AY),
Omicron (B.1.1.529 dan garis keturunan BA)
 Varian High Consequence (VOHC)

Varian dimana terdapat bukti peningkatan penularan, penyakit yang lebih

parah (misalnya, peningkatan rawat inap atau kematian), pengurangan signifikan dalam
netralisasi oleh antibodi yang dihasilkan selama infeksi atau vaksinasi sebelumnya,
pengurangan efektivitas pengobatan atau vaksin, atau kegagalan deteksi diagnostik (8) .
Kemungkinan atribut dari varian yang menjadi perhatian(8) :
 Selain atribut yang mungkin dari varian minat
 Bukti dampak pada diagnostik, perawatan, atau vaksin
 Gangguan luas dengan target uji diagnostik
 Bukti penurunan kerentanan secara substansial terhadap satu atau lebih
kelas terapi
 Bukti penurunan netralisasi yang signifikan oleh antibodi yang
dihasilkan selama infeksi atau vaksinasi sebelumnya

4
  Bukti berkurangnya perlindungan yang diinduksi vaksin dari penyakit
parah
 Bukti peningkatan transmisibilitas
 Bukti peningkatan keparahan penyakit
Varian kekhawatiran mungkin memerlukan satu atau lebih tindakan kesehatan
masyarakat yang tepat, seperti pemberitahuan kepada WHO berdasarkan Peraturan
Kesehatan Internasional, pelaporan ke CDC, upaya lokal atau regional untuk
mengendalikan penyebaran, peningkatan pengujian, atau penelitian untuk menentukan
efektivitas vaksin dan perawatan terhadap varian. Berdasarkan karakteristik varian,
pertimbangan tambahan dapat mencakup pengembangan diagnostik baru atau
modifikasi vaksin atau perawatan(8) .
Varian Omicron menyebar lebih mudah daripada virus awal yang menyebabkan
COVID-19 dan varian Delta. CDC mengharapkan bahwa siapa pun dengan infeksi
Omicron dapat menyebarkan virus kepada orang lain, bahkan jika mereka divaksinasi
atau tidak memiliki gejala. Orang yang terinfeksi varian Omicron dapat hadir dengan
gejala yang mirip dengan varian sebelumnya. Kehadiran dan tingkat keparahan gejala
dapat dipengaruhi oleh status vaksinasi COVID-19, adanya kondisi kesehatan lainnya,
usia, dan riwayat infeksi sebelumnya. Infeksi Omicron umumnya menyebabkan
penyakit yang kurang parah daripada infeksi dengan varian sebelumnya. Data awal
menunjukkan bahwa Omicron dapat menyebabkan penyakit yang lebih ringan,
meskipun beberapa orang mungkin masih memiliki penyakit parah, perlu rawat inap,
dan bisa meninggal karena infeksi dengan varian ini. Bahkan jika hanya sebagian kecil
orang dengan infeksi Omicron yang membutuhkan rawat inap, volume besar kasus
dapat membanjiri sistem perawatan kesehatan, itulah sebabnya penting untuk
mengambil langkah-langkah untuk melindungi diri Sendiri. Vaksin COVID-19 tetap
menjadi ukuran kesehatan masyarakat terbaik untuk melindungi orang dari COVID-19
dan mengurangi kemungkinan varian baru muncul. Ini termasuk seri primer, suntikan
booster dan dosis tambahan bagi mereka yang membutuhkannya(8).
Label WHO: Omikron
Silsilah Pango: Silsilah B.1.1.529 dan BA (ikon eksternal silsilah Pango)a
Substitusi Protein Lonjakan: A67V, del69-70, T95I, del142-144, Y145D, del211,
L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N,

5
 T478K, E4984A, Q4984A, Q4984A N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K,
P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
Klade regangan berikutnya (ikon eksternal regangan berikutnya)b: 21K
Pertama Diidentifikasi: Afrika Selatan
Atribut:
Potensi peningkatan transmisibilitas
Potensi pengurangan netralisasi oleh beberapa perawatan antibodi monoklonal EUA
Potensi pengurangan netralisasi dengan serum pasca-vaksinasi
.3 Ruang lingkup
Genomic survailance adalah alat yang digunakan untuk memantau perubahan
dari waktu ke waktu pada organisme yang berbeda, termasuk bakteri, jamur dan virus,
dan bagaimana perubahan tersebut dapat mempengaruhi karakteristik penyakit yang
ditimbulkannya. Salah satu metode Genomic survailance adalah WGS. WGS adalah
metode yang menggambarkan urutan asam nukleat (DNA / RNA) suatu organisme
pada suatu waktu tertentu momen dalam waktu.Genome sequencing: ilmuwan
menggunakan proses yang disebut pengurutan genom untuk menguraikan materi
genetik yang ditemukan dalam suatu organisme atau virus. Urutan dari spesimen dapat
dibandingkan untuk membantu para ilmuwan melacak penyebaran virus, bagaimana
perubahannya, dan bagaimana perubahan itu dapat memengaruhi kesehatan
masyarakat. (9)
Rapid genomic sequencing akan memungkinkan para ahli kesehatan
masyarakat untuk:
 Memantau perubahan penting dalam virus karena terus beredar
 Dapatkan wawasan penting untuk mendukung upaya pelacakan kontak
 Memberikan informasi penting untuk membantu mengidentifikasi
target diagnostik dan terapeutik
 Memajukan penelitian kesehatan masyarakat di bidang-bidang tentang
dinamika penularan, respons inang, dan evolusi virus.

.4 Biosafety Laboratorium Pemeriksaan WGS

Penilaian risiko harus selalu dilakukan terkait biosafety dan biosecurity. Setiap
laboratorium harus melakukan penilaian risiko untuk setiap kegiatan yang dilakukan
termasuk kegiatan WGS. Kemudian, hasil yang diperoleh harus diterapkan untuk

6
seluruh aspek kegiatan. Sebagai pedoman pelaksanaan, setiap laboratorium bisa
merujuk pedoman WHO, undang-undang internasional, nasional, maupun lokal.
Laboratorium yang melakukan tes SARS-CoV-2 harus sangat mematuhi
praktik-praktik keamanan biologis yang sesuai. Tes spesimen klinis yang mungkin
mengandung SARS-CoV-2 harus dilakukan di laboratorium dengan perlengkapan yang
cukup oleh staf yang terlatih tentang prosedur-prosedur teknis dan keamanan terkait.
Panduan nasional tentang keamanan biologis laboratorium harus diikuti dalam segala
keadaan. Penanganan spesimen untuk tes molekuler menggunakan rRT-PCR standar
memerlukan fasilitas dengan keamanan biologis tingkat (BSL) 2 atau yang setara
dengan penggunaan kabinet keamanan biologis (BSC) atau wadah utama yang
direkomendasikan untuk manipulasi sampel sebelum sampel diinaktivasi. Upaya
mengisolasi virus pada kultur sel memerlukan fasilitas minimal BSL 3. Saat melakukan
kultur virus pada spesimen klinis yang mungkin positif SARS-CoV-2 untuk tujuan-
tujuan lain, penilaian risiko perlu dilaksanakan dan dilanjutkan dengan langkah dan
prosedur keamanan yang diperlukan.(10)

7
.5 Kriteria sampel Covid-19 untuk pemeriksaan WGS

Gambar 1 Cara Pengambilan Swab

Deteksi dan identifikasi varian virus SARS-CoV-2 dapat dilakukan dengan
beberapa metode. Metode standar utama adalah dengan pemeriksaan whole genome
sequencing (WGS). Proses skrining varian virus dapat dilakukan menggunakan
pemeriksaan NAAT (nucleic acid amplification test) metode RT-PCR (reverse
transcriptase polymerase chain reaction) menggunakan 2 jenis reagen; yaitu (11):
1.Reagen yang dapat mendeteksi mutasi langsung (mutation-detecting NAAT
assays) dengan target deteksi mutasi yang telah diketahui terhadap varian
tertentu;
2.Reagen dengan gene target failure; yaitu reagen RT-PCR yang salah satu gen
targetnya terbukti terdampak mutasi terhadap varian tertentu, namun gen
target lain masih terdeteksi sehingga masih memberi hasil positif

8
 Untuk itu, pemeriksaan skrining ini harus menggunakan reagen NAAT yang
telah diuji atau divalidasi secara resmi terhadap varian yang ada saat ini. Selain itu,
pemeriksaan skrining ini juga tetap harus dikonfirmasi dengan pemeriksaan WGS
untuk menentukan secara spesifik jenis varian SARS-CoV-2 (11) .
Syarat Pemeriksaan WGS Spesimen yang digunakan untuk pemeriksaan WGS
adalah spesimen pasien COVID-19 yang memenuhi persyaratan sesuai dengan
pedoman dari Balitbangkes; yaitu(11):
1.Syarat utama: a. Hasil pemeriksaan RT-PCR positif dengan nilai cycle
threshold (Ct value) rendah (umumnya < 30 pada pemeriksaan menggunakan
reagen dengan cut off sekitar 40); b. Volume spesimen minimal 600 μL.
2.Syarat tambahan: pasien termasuk dalam salah satu dari kriteria kasus berikut:
a. Pelaku perjalanan internasional atau pekerja migran yang tiba di Indonesia;
b. Orang dari daerah perbatasan Indonesia dengan negara tetangga; c. Area
dimana terjadi peningkatan kasus dan kluster/penularan yang cepat; d. Orang
yang berpartisipasi dalam uji coba vaksin dan/atau telah divaksinasi secara
lengkap (full dose); e. Orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang; f.
Orang dengan gangguan kekebalan tubuh (autoimmune disorder) dan
penyakit komorbid (HIV, TB, dll); g. Anak-anak dengan usia < 18 tahun
pada daerah yang terjadi peningkatan kasus pada anak; h. Orang dengan
gejala klinis sakit parah yang berusia < 60 tahun dan tidak memiliki penyakit
penyerta; i. Semua kasus positif SARS-CoV-2 yang kontak dengan kasus
SARSCoV-2 kategori VOC (variants of concern) dan VOI (variants of
interest).
Apabila hanya ada sedikit jumlah kasus positif dengan Ct value rendah, maka
semua spesimen dengan hasil Ct value rendah tersebut dapat dikirimkan untuk
dilakukan WGS tanpa melihat kriteria kasus tersebut di atas, sebagai langkah untuk
tetap memantau varian-varian SARS-CoV-2) (11).

9
Gambar 2 Strategi Pemeriksaan Deteksi dan Identifikasi Varian Virus SARS-CoV-2.

Sampel yang dapat digunakan dalam pemeriksaan WGS (12):

Materi / Kandungan dari RNA Kandungan

bahan Virus non virus

Serum, Darah Terdeteksi sangat jarang Tinggi dalam

kandungan
whole blood,
rendah dalam
serum

Sampel dari Terdeteksi sangat tinggi Tinggi tetapi

saluran nafas dapat menurun
(swab karena
nasofaring, sentrifugasi atau
sputum dam filtrasi
bronchial
lavage)
Tinggi tetapi dapat
Cairan dari Terdeteksi tinggi tergantung menurun karena
mulut, kumur pada proses pengumpulan sentrifugasi atau
atau pencucian dan penanganan, filtrasi
mulut

10
 Tabel 1 Sampel Pemeriksaan SARS-CoV-2
.6 Penerimaan Sampel Covid-19 untuk pemeriksaan WGS
Jumlah pemeriksaan WGS dilaksanakan sesuai target dan kriteria kasus yang
ditentukan berdasarkan penemuan kasus di wilayah, rumah sakit rujukan COVID-19,
pintu masuk negara, dan kondisi khusus sebagai berikut (6):
1)Target pemeriksaan WGS dari hasil penemuan kasus di wilayah dihitung secara
proporsional setiap bulan berdasarkan data kasus konfirmasi COVID-19 di
provinsi bulan sebelumnya dengan rumus sebagai berikut:

Target WGS bulanan = total kasus provinsi x 600

total kasus nasional

Keterangan: Bila pada perhitungan target WGS menunjukkan hasil kurang

dari 5, maka target WGS dibuat menjadi 4.

Untuk target pemeriksaan Bulan Februari ditetapkan oleh Kementerian

Kesehatan sebagaimana tercantum dalam Lampiran II yang merupakan
bagian tidak terpisahkan dari Surat Edaran ini. Untuk target bulan
selanjutnya ditetapkan oleh Dinas Kesehatan Provinsi dengan
menggunakan perhitungan sebagaimana di atas. Spesimen penemuan kasus
di wilayah diambil dari kasus konfirmasi COVID-19 dengan prioritas
sesuai kriteria kasus pada angka 5).
2)Target pemeriksaan WGS dari hasil penemuan kasus di rumah sakit rujukan
penyelenggara COVID-19 yaitu maksimal sebanyak jumlah yang tercantum
dalam Lampiran II yang merupakan bagian tidak terpisahkan dari Surat Edaran
ini. Rumah sakit rujukan penyelenggara COVID-19 dimaksud tercantum
dalam Lampiran Ill yang merupakan bagian tidak terpisahkan dari Surat
Edaran ini.Spesimen diambil dari kasus konfirmasi COVID-19 dengan gejala
sedang, berat dan/atau meninggal dunia yang dirawat.
3)Target pemeriksaan WGS dari hasil penemuan kasus di pintu masuk negara
yaitu maksimal 50 kasus per bulan. Spesimen diambil dari kasus konfirmasi
COVID-19 pada pelaku perjalanan internasional, pelintas batas negara, dan
pekerja migran yang tiba di Indonesia yang berasal dari tempat
karantina/isolasi terpusat bagi Pelaku Perjalanan Luar Negeri (PPLN).

11
4)Target pemeriksaan WGS dari hasil penemuan kasus pada kondisi khusus
yaitu sebanyak 5-10 spesimen per provinsi (spesimen diambil dari
kabupaten/kota yang mengalami peningkatan). Pemeriksaan WGS pada
kondisi khusus dilakukan pada daerah dengan peningkatan indikator
epidemiologi sesuai kriteria:
a) Jumlah kasus absolut meningkat 3x lipat dari kasus minggu
sebelumnya; atau
b) Jumlah kematian lebih dari 3x lipat dari kasus minggu sebelumnya.
Spesimen diambil dari kasus konfirmasi COVID-19 dengan prioritas
sesuai kriteria kasus angka 5).
5)Kriteria kasus untuk pemeriksaan WGS pada angka 1) dan angka 4)
diprioritaskan sebagai berikut:
a) orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang;
b) anak-anak dengan usia <18 tahun pada daerah yang terjadi
peningkatan kasus pada anak; dan/atau
c) orang dengan gangguan kekebalan tubuh (auto immune disorder)
dan penyakit komorbid seperti HIV, TB dan lainnya
d) orang yang berpartisipasi dalam uji coba vaksin dan atau telah
divaksinasi secara lengkap (full dose);
 Pemeriksaan WGS memerlukan spesimen berkualitas baik
dengan titer virus yang tinggi. Oleh karena itu, pemilihan
dan penanganan spesimen untuk pemeriksaan WGS harus
memenuhi kriteria sebagai berikut:
 Spesimen yang telah positif virus SARS-CoV2 dengan Ct
(cycle threshold) gen target (RT-PCR)< 30.
 Spesimen dari kasus-kasus konfirmasi COVID-19 yang
dikirim untuk WGS harus telah dilaporkan ke New All
Record (NAR) TC- 19.
 Spesimen berupa sampel swab di dalam VTM (Viral
Transport Medium) dengan volume c!: 600µL.
 Spesimen yang tersisa untuk pemeriksaan WGS, disimpan
di lemari pendingin suhu 2-8°C selama maksimal 12 hari
sejak hari pengambilan.

12
  Jika pengiriman akan dilakukan lebih dari 7 hari sejak hari
pengambilan, maka spesimen disimpan terlebih dahulu di
lemari pendingin suhu -80°C. Hindari proses beku cair
berulang yang akan menimbulkan kerusakan pada sampel.

.7 Tujuan pemeriksaan Whole Genome Sequencing SarsCov2

Pemeriksaan WGS dilakukan dengan tujuan :
a. Dalam rangka monitoring penyebaran varian virus SARS-CoV-2,
beberapa spesimen kasus konfirmasi COVID-19 perlu dilakukan
pemeriksaan WGS.
b. Untuk pemeriksaaan WGS, spesimen dikirimkan ke laboratorium
jejaring surveilans genom sebagaimana tercantum

.8 Kebutuhan reagen WGS di Indonesias

Kebutuhan reagen untuk pemeriksaan WGS di setiap provinsi disediakan
oleh Kementerian Kesehatan berdasarkan perhitungan kasus konfirmasi COVID-19
yang telah dilaporkan melalui aplikasi New All Record (NAR) TC-19 setiap bulan.

.9 Kompetensi personel dan pelatihan

Penting untuk memastikan bahwa ada staf yang cukup untuk mendukung semua
aspek program pengurutan, mulai dari pengambilan sampel klinis hingga komunikasi hasil
dan pembagian rangkaian dan metadata. Penetapan biaya program pengurutan harus
mencakup biaya personel, serta biaya peralatan pelindung pribadi, bahan habis pakai,
pembelian dan pemeliharaan peralatan lain dan arsitektur komputasi. Jika beberapa
laboratorium atau lembaga terlibat dalam investigasi kolaboratif, mungkin bermanfaat untuk
mendapatkan kesepakatan tertulis tentang tanggung jawab masing-masing laboratorium
(misalnya dalam kaitannya dengan pendanaan, staf yang dapat berkomitmen dan pekerjaan
yang harus dilakukan) dan manfaat yang diharapkan sebelum proyek dimulai. Isi dari
perjanjian tersebut akan bervariasi; perjanjian kerjasama institusional yang ada atau
perjanjian transfer material dapat menyediakan template yang sesuai.
Implikasi sumber daya manusia dari setiap program pengurutan yang direncanakan
harus dipertimbangkan dengan mengacu pada pola kerja yang diharapkan. Secara umum,
pola kerja yang normal harus didorong untuk menghindari kelelahan staf. Kemungkinan sakit
dan tidak tersedianya staf dalam konteks pandemi COVID-19 juga harus diperhitungkan.
13
Upaya untuk membangun kapasitas ekstra ke dalam alur kerja harus dipertimbangkan lebih
awal, sementara menghargai bahwa menghasilkan genom patogen dari sampel klinis
memerlukan tim multidisiplin dengan keahlian yang sangat spesifik. Intensitas beban kerja
dan prediktabilitas akan tergantung pada tujuan proyek.

.10 Pemeriksaan WGS

Whole-genome sequencing (WGS) adalah metode komprehensif untuk
menganalisis seluruh genom. Informasi genomik telah berperan dalam
mengidentifikasi gangguan bawaan, mengkarakterisasi mutasi yang mendorong
perkembangan kanker, dan melacak wabah penyakit. Biaya sekuensing yang menurun
dengan cepat dan kemampuan untuk menghasilkan volume data yang besar dengan
sequencer saat ini membuat sekuensing seluruh genom menjadi alat yang ampuh
untuk penelitian genomik.
Keuntungan dari Whole-Genome Sequencing: Memberikan resolusi tinggi,
pandangan basis-demi-dasar genom, Menangkap varian besar dan kecil yang mungkin
terlewatkan dengan pendekatan yang ditargetkan, Mengidentifikasi varian penyebab
potensial untuk studi tindak lanjut lebih lanjut tentang ekspresi gen dan mekanisme
regulasi, Memberikan volume data yang besar dalam waktu singkat untuk mendukung
perakitan genom baru. Tidak seperti pendekatan terfokus seperti sekuensing exome
atau resequencing yang ditargetkan, yang menganalisis bagian terbatas dari genom,
sekuensing seluruh genom memberikan pandangan komprehensif dari seluruh genom.
Ini sangat ideal untuk aplikasi penemuan, seperti mengidentifikasi varian penyebab dan
perakitan genom baru. Whole-genome sequencing dapat mendeteksi varian nukleotida
tunggal, penyisipan / penghapusan, perubahan nomor salinan, dan varian struktural
besar. Karena inovasi teknologi baru-baru ini, sequencer genom terbaru dapat
melakukan sekuensing seluruh genom lebih efisien dari sebelumnya.
Dalam pemeriksaan WGS terdapat pemeriksaan yang disebut Large Whole
Genome Sequencing dan Small Whole Genome Sequencing. Large WGS adalah
sekuensing genom besar (> 5 Mb), seperti genom manusia, tumbuhan, atau hewan,
dapat memberikan informasi berharga untuk penelitian penyakit dan genetika populasi,
sedangkan Smal WGS adalah Sekuensing genom kecil (≤ 5 Mb) melibatkan sekuensing
seluruh genom bakteri, virus, atau mikroba lainnya. Tanpa memerlukan kultur bakteri,
peneliti dapat mengurutkan ribuan organisme kecil secara paralel menggunakan NGS.
Proses dari pemeriksaan WGS sendiri terdiri dari 3 bagian besar yaitu:
14
1. Library Preparation : Alur kerja yang cepat dan terintegrasi untuk berbagai aplikasi,
mulai dari sekuensing seluruh genom manusia hingga amplikon, plasmid, dan spesies
mikroba.
2. Sequencing : proses sekuensing
3. Analisis Data : Analisis data yang dihasilkan dari pemeriksaan Sekuensing
Metode pada pemeriksaan WGS bisa dilakukan dengan Sanger ataupun Next
Generation Sequensing (NGS). Metode Sekuensing NGS Sars Cov-2 sendiri bisa
dengan 3 cara:
1. Sekuensing Amplicon : Mendeteksi keberadaan virus corona SARS-CoV-2
dengan mengurutkan daerah tertentu dari genom virus. Metode ini melibatkan
analisis daerah genomik yang menarik dengan sekuensing ultra-deep amplicon
PCR.
2. Target Enrichment Sequencing : Mendeteksi dan mengkarakterisasi coronavirus,
virus flu, dan organisme saluran pernapasan patogen lainnya, serta alel resistensi
antimikroba terkait. Wawasan ini dapat membantu peneliti memantau infeksi
pernapasan dan mengoptimalkan strategi pengendalian infeksi. Metode ini
menangkap daerah genomik yang menarik melalui hibridisasi ke probe spesifik
target.
3. Shotgun Metagenomics : Mengurutkan secara komprehensif semua organisme
dalam sampel tertentu dan mengidentifikasi patogen baru seperti coronavirus.
Metode NGS (Next Generation Sequensing) ini dapat membantu mempercepat
penyelidikan wabah dan mendukung pengembangan tes laboratorium baru.
Perbandingan dari ketiga pemeriksaan diatas:

15
Berikut kami gambarkan proses pemeriksaaan WGS

Ekstraksi DNA DNA dipotong

dari sampel menjadi fragmen
Bakteri atau Virus, pendek dengan
di murnikan panjang yang
diketahui, baik

Sampel bakteri atau virus

Para ilmuwan membuat banyak salinan

dari setiap fragmen DNA menggunakan
proses yang disebut polymerase chain
reaction (PCR). Kumpulan fragmen yang
dihasilkan dalam mesin PCR disebut
"perpustakaan DNA"
DNA Library Sequencing

Sequencer menghasilkan jutaan pembacaan DNA dan program

komputer khusus digunakan untuk menyatukannya dalam urutan yang benar
seperti potongan teka-teki jigsaw. Ketika selesai, urutan genom yang
16
 mengandung jutaan nukleotida (dalam satu atau beberapa potongan besar) siap
untuk analisis lebih lanjut.
.10.1 Pemilihan Teknologi Sekuansing
Setelah persiapan sampel awal untuk memperkaya materi genetik SARS-CoV-2,
perpustakaan biasanya dapat disiapkan menggunakan protokol pengurutan standar yang
sesuai untuk virus apa pun. Protokol akan tergantung pada instrumen yang digunakan.
Sebelum berinvestasi dalam kapasitas sequencing untuk pertama kalinya, atau mengadopsi
teknologi alternatif, pertimbangan harus diberikan pada run-time, biaya, kemudahan
penggunaan, pemrosesan data selanjutnya, throughput (laju produksi data) dan akurasi
pengurutan dari berbagai teknologi.
Sequencing konvensional (Sanger sequencing) dapat digunakan untuk mengurutkan
fragmen individu (hingga 1000 bp) dalam reaksi terpisah. Pengurutan seluruh genom SARS-
CoV-2 akan membutuhkan setidaknya 30 amplikon individu untuk diurutkan secara terpisah
per sampel pasien. Oleh karena itu, sekuensing sanger kemungkinan paling berguna untuk
mengurutkan fragmen pendek genom, misalnya, untuk mengisi celah dalam rakitan setelah
pengurutan generasi berikutnya atau untuk menyelidiki keragaman virus di wilayah pendek,
seperti situs pengikatan primer, setelah kegagalan diagnostik pengujian kadar logam.
Platform pengurutan generasi berikutnya lebih sesuai untuk pengurutan seluruh
genom yang rutin. Platform pengurutan yang telah umum digunakan hingga saat ini untuk
SARS-CoV-2 termasuk yang berasal dari Illumina, IonTorrent dan Oxford Nanopore
Technologies. Tidak seperti sekuensing Sanger, di mana semua molekul DNA dalam sampel
harus memiliki sekuens yang sama atau sangat mirip (misalnya mengikuti PCR dari satu
amplikon), teknologi ini memungkinkan pengurutan beberapa fragmen genom SARS-CoV-2
secara bersamaan.
Semua platform pengurutan generasi berikutnya memungkinkan beberapa sampel
untuk diurutkan bersama dalam satu kali proses. Meskipun semua platform sesuai untuk
menghasilkan genom konsensus SARS-CoV-2, beberapa mungkin lebih cocok untuk
memenuhi tujuan program pengurutan tertentu. Misalnya, waktu penyelesaian yang cepat
mungkin penting untuk aplikasi klinis, sementara akurasi tingkat baca mungkin lebih penting
untuk penyelidikan keragaman intra-host.

17
.11 Alat WGS yang digunakan di Indonesia
Alat-alat yang terdapat di Indonesia (13):
No. Institusi Laboratorium
1 Pusat Penelitian dan Pengembangan
Biomedis dan Teknologi Dasar
Kesehatan
2 Balai Penelitian dan Pengembangan
Kesehatan Aceh
3 Balai Penelitian dan Pengembangan
Kesehatan Papua
4 Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan Vektor dan Reservoir
Penyakit Salatiga
5 Lembaga Biologi Molekuler Eijkman
(Eijkman Institute for Molecular Biology)
6 Lembaga Ilmu Pengetahuan
Indonesia
7 Fakultas Kedokteran Universitas
Padjajaran
8 Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati,
Institut Teknologi Bandung
9 Fakultas Kedokteran Universitas
Gadjah Mada
18
Alat Pemeriksaan Sekuensing
1. NGS (MiSeq Illumina)
2. Sanger (3500XL Genetic
Analyzer, ABI)
Sanger (SeqStudio Genetic
Analyzer ABI)
1. NGS (MiSeq Illumina)
2. Sanger (3500 Genetic Analyzer,
ABI)
Sanger (3500 Genetic Analyzer, ABI)
1. NGS (NovaSeq 6000,
NextSeq 550, MiSeq
Illumina, MinION Nanopore,
ION Torrent PGM)
2. Sanger (3500XL Genetic Analyzer,
ABI)
NGS (MinION Nanopore dan
MiSeq Illumina)
NGS (MiSeq Illumina)
NGS (NextSeq Illumina dan
GridION Nanopore, MinION
Nanopore)
NGS (Miseq Illumina)
 10 Fakultas Kedokteran Universitas NGS (MiSeq Illumina dan
Indonesia MinION Nanopore)

Tabel 2 Daftar Mesin Sequencing di Indonesia

Keuntungan dan keterbatasan alat WGS yang tersedia (13):

Nama alat Keuntungan Keterbatasan Waktu Keluaran hasil Ketersedia

Pemeriksaa Sequencing an dan
n Biaya
Sanger Mudah Very low Biasanya 100 kB-2 Mb Tersedia
sequencing throughput beberapa Setiap kali secara luas
diakses,
jam pemeriksaan
Hasil keluaran Keefektif
mudah (running)
yang sangat rendah an dari
digunakan, segi biaya
Amplifikasi dan
jika hanya
kefektifan dari sequencing harus
sedikit
dilakukan secara
segi biaya jika target
individual (tidak
yang
hanya sedikit lebih dari 1000bp)
dilakukan
target yang Mahal apabila pemeriksa
keseluruhan an
dilakukan genome sequencin
pemeriksaan Tidak tepat untuk g
sequencing metagenomics

Hasil Maksimal 10–55 jam, 1.2–6000 Gb, Biaya tinggi

Illumina (e.g. sequencing pembacaan Tergantung Tergantung dalam awal/
iSeq, yang sangat 2x300bp dari alat dari alat pembeliaan
MiniSeq, tinggi dan
MiSeq, Selain Illumina
dimungkinkan pemeliharaan
NextSeq, iSeq sangat mahal
HiSeq, Keakuratan dalam pembelian Biaya
NovaSeq) dan perawatan sedang
yang sangan
dibandingan setiap klai
tinggi dengan alat running
serupa lainnya
Tersedia
dalam bentuk
portabel
Pengolahan
data sudah
sangat baik

19
 Portable, Bertentangan Pembacaan Untuk Flongle Tidak
Oxford dengan langsung flow cell membutuhka
Nanopore tersedia dalam
homopilimer muncul < 2 Gb, n biaya
Technologies bentuk potable hingga 220 perawatan,
(Flongle, Kemungkinan Dapat
Gb untuk biaya
MinION, eror setiap dimonitor
Bisa PromethION awal/pembel
GridION, pembacaan dan
pemeriksaan flow cell
mnyediakan ian murah
PromethION) sekitar 5%
data real time dapat Biaya untuk
Saat ini tidak
Membutuhkan berlangsung sekali
cocok digunakan
biaya rendah beberapa pemeriksaan
untuk
pada awal hari sen
menentukan
pembeliaan tergantung
variasi intra-host
dan perawatan permintaan
kecuali dengan
Dapat replikasi
menghentikan sekuensing
proses
sequencing di
tengah proses
bila data yang
dibutuhkan
sudah cukup
membaca
genomic yang
Panjang
( lebih
Panjang dari
genomic
SARS CoC-2)
Fast Bertentangan Beberapa 30 Mb–50Gb Biaya sedang
Ion Torrent turnaround dengan jam hingga tergantung
once homopolymer 1 hari alat dan chip
sequencing tergantung yang tersedia
Biaya yang
starts alat dan
tinggi dalam
chip yang
Perputaran pembeliaan
tersedia
yang cepat Pembacaan
bila sudah maksimal 400bp
dimulai
sequencing

Tabel 3 Keuntungan dan Keterbatasan Mesin WGS

20
ORATORIUM KESEHATAN
21
 BAB III
WGS DI LABORATORIUM KESEHATAN

.12 Peran Laboratorium Kesehatan dalam pemeriksaan WGS

Peran dan tanggung jawab laboratorium pemeriksa sekuensing genom adalah
sebagai berikut (13):
a. melakukan pemeriksaan sekuensing genom sesuai platform yang tersedia;
b. menganalisis data hasil sekuensing genom;
c. melaporkan hasil pemeriksaan sekuensing genom terhadap spesimen
di wilayah kerjanya ke Kementerian Kesehatan;
d. mempublikasikan hasil pemeriksaan sekuensing genom ke
database publik (GISAID);
e. mendiseminasikan/data sharing ke anggota jejaring laboratorium yang lain; dan
f. menyimpan spesimen sekuensing genom sesuai pedoman yang disepakati.

.13 Pemeriksaan WGS di Laboratorium

3.2.1 Alur Pemeriksaaa Sampel WGS
Dalam rangka monitoring penyebaran varian virus SARS-CoV-2, beberapa
spesimen kasus konfirmasi COVID-19 perlu dilakukan pemeriksaan WGS (13).
Alur yang digunakan:

Spesimen:
sesuai kriteria
prospective surveilans

Whole Genome Sequencing

Gambar 3 Alur Pemeriksaan WGS

22
 Sampel SARS-CoV-2 yang akan diperiksa

Inaktivasi dan ekstraksi asam nukleat virus

PCR

Hasil positif
Ya
Sisa RNA apakah tersedia< Sequencing
Ya Tidak Tidak
Sampling ulang Apabila tidak tersedia Sampling ulang

Gambar 4 Alur Pemeriksaan sampel untuk Sekuensing

Mempertahankan RNA virus penting untuk produksi data sekuens berkualitas
tinggi. Hal ini dapat dicapai dengan mempertahankan rantai dingin antara pengumpulan
sampel dan analisis, mengurangi berapa kali RNA atau sampel dibekukan dan dicairkan, dan
meminimalkan waktu antara pengumpulan sampel dan pengurutan. RNA yang disimpan atau
dikirim pada 4 selama lebih dari beberapa hari tidak mungkin memiliki kualitas yang cukup
tinggi untuk diurutkan kecuali jika pertama kali diawetkan dalam larutan stabilisasi RNA.
Kualitas akan jauh lebih tinggi jika RNA dapat disimpan di –20 atau lebih disukai -80
. Lisis virus biasanya tidak dapat disimpan pada 4 selama RNA yang diekstraksi. Banyak
protokol sekuensing mencakup langkah-langkah yang meningkatkan kemampuan
penyimpanan sampel, termasuk transkripsi balik RNA ke cDNA, atau sintesis untai
kedua/generasi amplikon PCR DNA untai ganda. Amplikon PCR dapat disimpan pada suhu 4
selama berbulan-bulan tanpa mengurangi kualitas sekuensing. Dalam beberapa konteks,
karena itu mungkin tepat untuk melakukan langkah-langkah ini dengan cepat setelah PCR
diagnostik, sehingga bahan dapat disimpan atau dikirim dengan batasan suhu yang lebih
sedikit sebelum persiapan perpustakaan.
1.2.2 Lokasi
Keputusan di mana untuk mendasarkan laboratorium sekuensing harus
dipertimbangkan dengan hati-hati. Pengurutan umumnya harus dilakukan oleh institusi
dengan pengalaman dan infrastruktur yang diperlukan untuk pengurutan generasi berikutnya.
Jika infrastruktur tersebut tidak tersedia, keputusan tempat laboratorium pengurutan harus

23
mempertimbangkan dampaknya terhadap pekerjaan lain yang dilakukan oleh laboratorium .
Misalnya, mengintegrasikan pengurutan di laboratorium diagnostik yang ada memungkinkan
waktu penyelesaian yang lebih singkat, tetapi potensi keuntungan ini harus diimbangi dengan
risiko mengganggu operasi lain di laboratorium, yang mungkin sudah dalam proses
meningkatkan kapasitas diagnostiknya untuk SARS- CoV-2. Pertimbangan yang cermat juga
harus diberikan pada ketersediaan ruang dan peralatan.
Dimana penanganan amplikon PCR diperlukan untuk pengurutan penting untuk
mengurangi potensi kontaminasi amplikon melalui manajemen laboratorium yang tepat.
Pemisahan fisik area yang akan digunakan untuk penanganan pra dan pasca PCR material
SARS-CoV-2, dan aliran personel dan material satu arah dari area pra hingga pasca PCR,
sangat disarankan. Jika area terpisah belum tersedia, laboratorium dapat mengadopsi strategi,
seperti pembelian dan penggunaan glovebox terpisah atau untuk kegiatan sebelum atau
sesudah PCR. Peralatan idealnya dirancang untuk digunakan hanya dengan bahan sebelum
atau sesudah PCR, dan reagen yang diperlukan idealnya disimpan secara terpisah (misalnya
di freezer yang berbeda atau laboratorium yang berbeda) untuk mengurangi risiko
kontaminasi. Untuk semua pengurutan, kontrol negatif berguna untuk mendeteksi
kontaminasi.
1.2.3 Ethical Review
Tinjauan etis harus dilakukan untuk memastikan bahwa pasien telah memberikan
persetujuan yang sesuai untuk sampel yang akan dikumpulkan dan diurutkan, dan untuk
mempertimbangkan penggunaan, penyimpanan, dan publikasi data selanjutnya. Beberapa
pendekatan pengurutan, seperti metagenomik, akan menghasilkan data genom manusia.
Urutan genom manusia apa pun harus dihapus dari kumpulan data virus melalui jalur analisis
otomatis pada tahap sedini mungkin, tanpa operasi manual oleh staf , kecuali persetujuan etis
dan persetujuan pasien secara eksplisit untuk memproses data genetik manusia telah
dilakukan. diperoleh. Jika data pribadi atau manusia harus disimpan, enkripsi yang tepat dari
semua file tersebut sangat dianjurkan. Tinjauan etis harus menentukan metadata relevan
maksimum yang dapat dibagikan tanpa mempertaruhkan kerahasiaan pasien.
1.2.4 Alur Sampel pemeriksaan WGS
Mempertahankan RNA virus penting untuk produksi data sekuens berkualitas
tinggi. Hal ini dapat dicapai dengan mempertahankan rantai dingin antara pengumpulan
sampel dan analisis, mengurangi berapa kali RNA atau sampel dibekukan dan dicairkan, dan
meminimalkan waktu antara pengumpulan sampel dan pengurutan. RNA yang disimpan atau

24
dikirim pada 4 selama lebih dari beberapa hari tidak mungkin memiliki kualitas yang cukup
tinggi untuk diurutkan kecuali jika pertama kali diawetkan dalam larutan stabilisasi RNA.
Kualitas akan jauh lebih tinggi jika RNA dapat disimpan di –20 atau lebih disukai -
80 . Lisis virus biasanya tidak dapat disimpan pada 4 selama RNA yang diekstraksi. Banyak
protokol sekuensing mencakup langkah-langkah yang meningkatkan kemampuan
penyimpanan sampel, termasuk transkripsi balik RNA ke cDNA, atau sintesis untai
kedua/generasi amplikon PCR DNA untai ganda. Amplikon PCR dapat disimpan pada suhu 4
selama berbulan-bulan tanpa mengurangi kualitas sekuensing. Dalam beberapa konteks,
karena itu mungkin tepat untuk melakukan langkah-langkah ini dengan cepat setelah PCR
diagnostik, sehingga bahan dapat disimpan atau dikirim dengan batasan suhu yang lebih
sedikit sebelum persiapan perpustakaan.
3.2.4 Sampel Kontrol
Sampel kontrol negatif, seperti buffer atau air, harus selalu disertakan dalam setiap
rangkaian pengurutan yang berisi banyak sampel. Mereka harus dimasukkan pada tahap
sedini mungkin dan harus dilanjutkan dengan sampel melalui semua tahap pipa pengurutan.
Ini sangat penting untuk menyingkirkan kontaminasi selama proses pengurutan yang terjadi
di laboratorium atau selama pemrosesan bioinformatika.
Sampel kontrol positif dengan urutan genetik yang diketahui dapat berguna untuk
memvalidasi saluran bioinformatika yang baru diadopsi atau diadaptasi untuk panggilan
konsensus, tetapi tidak perlu disertakan dalam setiap proses pengurutan.
.14 Penyimpanan dan persiapan spesimen
.14.1 Penanganan spesimen
1. Spesimen yang diterima oleh laboratorium harus disertai dengan informasi yang
cukup untuk mengidentifikasi jenis spesimen, kapan dan dimana spesimen
diambil atau disiapkan, serta prosedur laboratorium apa yang harus dilakukan.
2. Personil yang menerima spesimen adalah personil yang sudah mendapatkan
pelatihan tentang cara menangani bahan biologis.
3. Dilakukan desinfeksi terlebih dahulu pada bagian permukaan kemasan sebelum
dibawa masuk ke laboratorium.
4. Dilakukan pencatatan terhadap informasi penyerta spesimen tersebut.
5. Spesimen dimasukkan ke dalam kotak pengaman (laboratory transfer box)
sebelum dibawa ke ruang laboratorium.
6. Spesimen harus dibuka di dalam biosafety cabinet (BSC)

25
 Validasi BSC perlu dilakukan secara rutin, minimal setiap tahun sekali oleh
teknisi yang terlatih dengan alat-alat yang sudah dikalibrasi. Validasi tersebut perlu
rutin dilakukan, karena seiring dengan waktu terdapat kemungkinan HEPA Filter
mengalami kebuntuan karena debu atau partikel lain, atau berlubang karena pengaruh
panas (bunsen burner yang dipakai di dalam kabinet) atau motor yang melemah
sehingga aliran udara kurang dari persyaratan. Perlindungan maksimal tidak dapat
diberikan untuk pengguna, jika BSC dalam keadaan tidak prima, terutama jika bekerja
dengan agen bahan biologis berbahaya seperti COVID-19(14).

.14.2 Penyimpanan dan penerimaan spesimen

Spesimen yang diterima oleh laboratorium harus disertai dengan informasi yang
cukup untuk mengidentifikasi apa itu, kapan dan di mana itu diambil atau disiapkan,
dan tes dan / atau prosedur mana (jika ada) yang harus dilakukan (15)
Pertimbangkan untuk membongkar item di BSC. Personel membongkar dan
menerima spesimen harus memadai dilatih tentang bahaya yang terlibat; Cara
mengadopsi yang diperlukan tindakan pencegahan menurut GMPP yang dijelaskan
sebelumnya; Bagaimana caranya menangani kontainer yang rusak atau bocor; dan
bagaimana menangani tumpahan dan menggunakan desinfektan untuk mengelola
kontaminasi apapun(15)
Spesimen harus disimpan dalam wadah dengan kekuatan, integritas, dan volume
untuk mengandung spesimen, dan itu tahan bocor ketika tutup atau stopper benar
diterapkan. Gunakan wadah plastik bila memungkinkan yang bebas dari bahan biologis
apa pun di bagian luar kemasan. Selain itu, kontainer harus benar diberi label, ditandai
dan direkam untuk memfasilitasi identifikasi, dan terbuat dari bahan yang sesuai untuk
jenis penyimpanan perlu (15)
Metode inaktivasi harus divalidasi dengan benar setiap kali langkah inaktivasi
digunakan, sebelum mentransfer spesimen ke daerah lain untuk manipulasi lebih lanjut,
seperti sebagai analisis PCR(15).

.15 Dekontaminasi
Sementara sedikit yang diketahui tentang virus baru ini, yang sebanding
karakteristik genetik antara virus yang bertanggung jawab untuk COVID-19 dan
MERS-CoV menunjukkan bahwa virus COVID-19 mungkin rentan terhadap
desinfektan dengan aktivitas yang terbukti terhadap virus yang diselimuti, termasuk
26
 natrium hipoklorit (pemutih; misalnya, 1000 bagian per juta [ppm] (0,1%) untuk
disinfeksi permukaan umum dan 10.000 ppm (1%) untuk desinfeksi tumpahan sampel);
62–71% etanol; 0.5% hidrogen peroksida; senyawa amonium kuarterner; dan senyawa
fenolik, jika digunakan menurut Rekomendasi. Agen biocidal lainnya seperti 0,05-0,2%
benzalkonium klorida atau 0,02% klorheksidin diglukonat bisa kurang efektif (15)
Setiap permukaan atau bahan yang diketahui, atau berpotensi, terkontaminasi
oleh agen biologis selama laboratorium operasi harus didesinfeksi dengan benar untuk
mengontrol risiko infeksius.Proses yang tepat untuk identifikasi dan pemisahan Bahan
yang terkontaminasi harus diadopsi sebelum dekontaminasi atau pembuangan. Di mana
dekontaminasi tidak mungkin dilakukan di laboratorium area, atau di tempat, limbah
yang terkontaminasi harus dikemas dalam mode tahan bocor, untuk transfer ke fasilitas
lain dengan kapasitas dekontaminasi(15)

.16 Alat pelindung diri (APD)

Alat pelindung diri mengacu pada seperangkat peralatan yang dapat dipakai
dan/atau pakaian yang dikenakan oleh personel untuk memberikan penghalang
tambahan antara individu dengan bahan biologis yang sedang ditangani dan diharapkan
dapat mengendalikan risiko secara efektif dengan mengurangi kemungkinan pajanan
bahan biologis tersebut (14)
Pemilihan jenis APD dan penggunaannya harus melalui penilaian risiko. Alat
pelindung diri apa pun yang digunakan di laboratorium harus dikenakan dan dilepas
dengan benar, untuk mencegah kontaminasi sehingga personel yang mengenakan harus
diberi pelatihan yang memadai untuk memastikan APD digunakan dengan benar dan
efektif. Penggunaan APD yang salah, tidak akan memberikan perlindungan yang
dirancang untuk itu. Semua komponen harus saling melengkapi kombinasi ketika APD
dipakai bersama-sama, sehingga memberi perlindungan penuh (14)
Alat pelindung diri minimum yang digunakan pada laboratorium yang
menangani spesimen suspek COVID-19 untuk uji diagnostik molekuler dan serologis,
bukan untuk kegiatan propagasi virus, antara lain adalah baju laboratorium, sarung
tangan, pelindung mata, alas kaki, dan pelindung pernapasan.

1.3 Pelaporan Pemeriksaan Whole Genome Sequencing

27
Dalam pemeriksaan sekuensing di Indonesia Laboratorium/pelaksana pemeriksaan
harus melaporkan hasil sesuai aturan yang ada (13):
1. Laboratorium surveilans genom virus SARS-CoV-2 harus segera
menyampaikan laporan hasil pemeriksaan dan analisa sekuens genom virus
SARS-CoV-2 kepada Menteri Kesehatan melalui Badan Penelitian dan
Pengembangan Kesehatan Kementerian Kesehatan yang selanjutnya akan
berkoordinasi dengan Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit selaku focal
point International Helath Regulation untuk dilakukan langkah-langkah
penanganan lebih lanjut.
2. Laboratorium surveilans genom virus SARS-CoV-2 harus mengunggah data
pemeriksaan dan analisa sekuens genom virus SARS-CoV-2 ke repository
Global Inisiative on Sharing All Influenza Data (GISAID).
3. Laboratorium surveilans genom virus SARS-CoV-2 menyusun laporan berkala
setiap bulan dan segera melaporkan kepada Kementrian Kesehatan bila
ditemukan kasus baru yang memerlukan perhatian khusus yang berdampak
kedaruratan kesehatan masyarakat.

4. Laboratorium surveilans genom virus SARS-CoV-2 menyusun rekomendasi

terkait epidemiologi molekuler, karakteristik, dampak pada kesehatan, dan
pelacakan kasus untuk manajemen, pencegahan, dan penanggulangan COVID-
19, serta untuk koordinasi di tingkat nasional dan global.

28
 BAB V SIMPULAN
BAB V
SIMPULAN

Sekuensing genom virus yang cepat sekarang dapat dicapai dalam berbagai pengaturan,
dan analisis urutan genom SARS-CoV-2 memiliki potensi besar untuk menginformasikan
upaya kesehatan masyarakat seputar COVID-19. Generasi cepat dan berbagi global urutan
genom virus memberikan informasi yang akan berkontribusi pada pemahaman tentang
penularan dan desain strategi mitigasi klinis dan epidemiologi.
Dialog antara badan kesehatan masyarakat, pembuat data dan analis sangat penting
untuk memastikan bahwa data dihasilkan dan digunakan dengan tepat untuk manfaat
kesehatan masyarakat yang maksimal. Pertimbangan sebelumnya yang cermat tentang
mengapa pengurutan dilakukan diperlukan, karena ini akan memengaruhi pilihan sampel,
pengumpulan metadata, dan analisis selanjutnya. Pengurutan harus dilakukan dengan
mempertimbangkan sumber daya dan kapasitas yang tersedia, dan tidak boleh menarik
kapasitas dari area lain yang sama vitalnya. Saluran komunikasi yang jelas harus dibuat untuk
berbagi hasil, sampel, dan data dengan pemangku kepentingan yang sesuai, sehingga
informasi dapat digunakan untuk meningkatkan kesehatan masyarakat secepat mungkin.
Menerjemahkan urutan genom SARS-CoV-2 menjadi hasil yang informatif adalah
rumit, dan seringkali membutuhkan pelatihan spesialis yang substansial untuk memastikan
bahwa pelanggaran asumsi model tidak mengarah pada pemahaman yang salah tentang
epidemiologi virus. Pemahaman yang jelas tentang manfaat dan keterbatasan analisis genom
akan memungkinkan penilaian yang meyakinkan tentang di mana alat genomik dapat
menambah atau mendukung pendekatan yang ada dan di mana, sebaliknya, pemodelan
epidemiologi atau eksperimen laboratorium mungkin lebih kuat. Kemitraan antara para ahli
dengan keahlian yang berbeda sangat berharga, karena tidak semua laboratorium memiliki
keahlian lokal yang ada di semua bidang.