Machine Translated by Google

J Food Sci Technol

https://doi.org/10.1007/s13197-021-05014-7

ARTIKEL ASLI

Kualitas mikrobiologi tempe dengan pembungkus berbeda: daun

pisang versus plastik
Muhammad Erdiansyah1 • Anja Meryandini2 • Michael Wijaya3 • Antonius Suwanto2,3

Revisi: 30 Desember 2020 / Diterima: 29 Januari 2021

Asosiasi Ilmuwan & Teknologi Pangan (India) 2021

Abstrak Tempe merupakan makanan fermentasi tradisional untuk penetapan, pengesahan, dan peningkatan mutu tempe.
Indonesia yang banyak dikonsumsi dan menjadi makanan
pokok dalam beberapa diet masyarakat Indonesia. Secara
komersial, tempe tersedia dalam bentuk daun pisang atau Kata kunci Tempe Bakteri asam laktat Kuantitatif
bungkus plastik. Bungkus tidak hanya penting untuk fermentasi PCR Terminal-pembatasan panjang fragmen
dan memberikan bentuk akhir tempe, tetapi juga sumber polimorfisme Daun pisang
potensial mikrobioma makanan. Penelitian ini bertujuan untuk
mengetahui pengaruh bahan pengemas yang berbeda terhadap
jumlah bakteri asam laktat (BAL) dan komposisi komunitas pengantar
tempe dari tiga pabrik dengan lingkungan produksi yang
berbeda. Setiap tempe dibungkus dengan daun pisang atau Tempe telah diakui sebagai makanan yang kaya akan nilai gizi
plastik selama proses fermentasi, kemudian LAB dari setiap dan menjadi konsumsi sehari-hari di Indonesia. Tempe
sampel tempe dikuantifikasi menggunakan metode qPCR dan merupakan sumber protein alternatif dengan harga yang murah
plate count. Pembatasan Terminal Panjang Fragmen Analisis (Astuti et al. 2000), yang juga mengandung vitamin B12 (Okada 1989).
polimorfisme dilakukan untuk menetapkan komposisi komunitas Oleh karena itu, dapat menjadi pengganti daging dalam diet vegetarian.
bakteri dari sampel ini. Kuantitas populasi BAL tempe segar Konsumsi tempe juga dikaitkan dengan pencegahan beberapa
dari tiga pabrik pada dasarnya sama yaitu sekitar 10 log CFU/g.
jenis kanker, penyakit kardiovaskular, dan osteo porosis karena
kandungan antioksidannya (Babu et al. 2009).
Namun, ada perbedaan dalam proporsi bakteri yang dikultur Umumnya tempe di Indonesia tersedia dalam bentuk daun
dan tidak dikultur. Analisis Koordinat Utama berdasarkan pisang atau bungkus plastik. Tempe merupakan makanan
matriks kesamaan Bray-Curtis menunjukkan pola pengelompokan fermentasi tradisional yang berasal dari Indonesia dan umumnya
yang jelas untuk sampel tempe menurut produsen tempe. dibuat dari kedelai dengan starter kapang. Berbagai
Sedangkan bahan kemasan tidak berpengaruh nyata terhadap mikroorganisme selain kapang starter, seperti ragi, bakteri
perubahan komposisi komunitas bakteri. Hasil dari pekerjaan asam laktat (BAL), dan beberapa bakteri gram negatif juga
ini dapat digunakan memainkan peran penting dalam proses fermentasi tempe
(Steinkraus et al. 1983). BAL sering diidentifikasi sebagai
bakteri dominan selama fermentasi tempe, dianggap memainkan
& Antonius Suwanto
peran penting dalam membangun rasa, tekstur, dan karakteristik
antoniussuwanto@gmail.com
gizi makanan fermentasi (Douillard dan de Vos 2014). Selain
1
Sekolah Pascasarjana Bioteknologi Pertanian Bogor itu, BAL juga dikaitkan dengan beberapa efek terapeutik, seperti
University (IPB), Bogor 16680, Indonesia memiliki aktivitas antitumor (Hilde et al. 2003), menurunkan
2
Departemen Biologi, Fakultas Sains dan Matematika, kolesterol dalam serum darah (Jackson et al. 2002), merangsang
Bogor Agricultural University (IPB), Bogor 16880, Indonesia sistem kekebalan tubuh (Isolauri et al. 2001), dan memelihara
3
Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi, PT Wilmar Benih
Indonesia, Bekasi 17530, Indonesia

123
Machine Translated by Google

J Food Sci Technol

mikrobioma di saluran pencernaan (Gibson et al. 1997). Bahan dan metode

Keakuratan sangat penting untuk mengestimasi populasi BAL Pengumpulan dan persiapan tempe
yang akan digunakan sebagai faktor standar, identitas, dan
peningkatan mutu tempe. Kuantifikasi berdasarkan pendekatan Tiga produsen tempe (EMP, WJB, dan RTI) terpilih berlokasi di
mikrobiologis atau yang bergantung pada kultur tidak dapat Bogor, Indonesia. EMP dan WJB adalah produsen rumah tangga
mendeteksi bakteri yang tidak dapat dikultur, yang mengakibatkan tradisional yang masih menggunakan
perkiraan jumlah bakteri yang terlalu rendah dan mungkin gagal peralatan sederhana dan hanya memiliki satu area untuk semua
untuk mengungkapkan bakteri yang dominan dalam sampel yang proses produksi. RTI adalah produsen yang lebih modern dengan
diberikan. Keterbatasan metode mikrobiologi konvensional dapat ruang khusus untuk setiap proses produksi, sehingga lingkungan
diatasi dengan menggunakan pendekatan molekuler atau kultur- produksi jauh lebih terkontrol. Kacang kedelai dari tahap inokulasi
independen. PCR kuantitatif (qPCR) telah muncul sebagai teknik starter (200–300 g) untuk setiap produsen tempe dibungkus
spesifik dan sensitif yang mengukur organisme tertentu dalam dengan daun pisang (permukaan daun bagian bawah sebagai
sampel yang berbeda (Ilha et al. 2015; Schwendimann et al. 2015; Pontonio
bidangetkontak
al. langsung) atau plastik dan diinkubasi pada suhu
2017). Komposisi komunitas bakteri tempe diperoleh dengan kamar selama 48 jam. Tempe segar dari tiga produsen dengan
menggunakan Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism bungkus yang berbeda diinterpretasikan sebagai sampel tempe
(T-RFLP), teknik sidik jari berbasis PCR. Reproduksibilitas, (EMP = E, WJB = W, RTI = R; Daun pisang = D, Plastik = P).
keandalan, dan kecepatan analisis T-RFLP memungkinkan peneliti Sampel tempe diambil secara acak sebanyak 50 g dan
menghasilkan sejumlah besar data (dalam ulangan) dalam waktu dihomogenkan dalam 450 mL NaCl (Merck) 0,85% (sebagai
singkat untuk mengonfirmasi hasil dan melakukan analisis statistik. pengenceran awal) menggunakan blender selama 3 menit. Setiap
Analisis T-RFLP juga dapat menangkap tren mayoritas yang sama sampel tempe yang telah dihomogenkan disimpan dalam botol
dari komposisi komunitas bakteri dari Next Generation Sequencing steril dan disimpan pada suhu 4 C sampai analisis.
(NGS) (van Dorst et al. 2014). Oleh karena itu, analisis T-RFLP
adalah alat yang berguna untuk studi ekologi mikroba untuk Kuantifikasi mikrobiologis
mengeksplorasi keragaman potensial dari sampel dinamis dengan
cara throughput yang tinggi dan dengan biaya rendah. Tempe pra-dilusi diencerkan sepuluh kali lipat dalam NaCl 0,85%
dan dicampur selama 1 menit dengan vortexer BR-2000
Pembungkus makanan yang digunakan selama fermentasi (Laboratorium Bio-Rad) dari 10-2 hingga 10-8 . Pengenceran
memperpanjang umur simpan makanan dan sumber potensial mikrobioma serial 10-6 hingga 10-8 dilapisi pada de Man, Rogosa dan Sharpe (MRS)
Agar dilengkapi dengan 1 g/L sikloheksimida (Sigma Aldrich)
makanan, sementara itu dapat bermanfaat dan penting dalam sistem produksi makanan.
Daun tanaman dihuni oleh mikroorganisme dengan bakteri dan kalsium karbonat (CaCO3) (Merck) 1,5% (b/v) untuk
sebagai yang dominan dengan rata-rata 106 –107 per cm2 pencacahan BAL dengan metode cawan tuang. Pelat diinkubasi
permukaan daun (Lindow dan Brandl 2003). Dengan demikian, selama 48 jam pada suhu 30 C di bawah semi-anaerobik
pemanfaatan daun sebagai pembungkus makanan dapat kondisi menggunakan toples lilin untuk LAB. Semua percobaan
memperkaya bioma mikro makanan, khususnya BAL. Adegunloye dilakukan dalam empat ulangan.
dkk. (2006) demonstrated bahwa menggunakan daun sebagai
pembungkus bisa memperkenalkan mikroorganisme ke makanan. Kuantifikasi molekul
Penelitian lain melaporkan bahwa kertas dan bungkus plastik
tidak memberikan perubahan kualitas mikrobiologis yang Ekstraksi DNA mikroba genom
signifikan, khususnya BAL tempe (Santhi rasegaram et al. 2016).
Pemahaman yang lebih mendalam tentang kualitas mikrobiologis Untuk analisis tempe yang tidak bergantung pada kultur, 200 mL
(kuantitas dan komposisi komunitas bakteri) dapat menjadi dasar NaCl 0,85% ditambahkan ke 50 g sampel tempe cincang dan
untuk desain lebih lanjut dan optimalisasi produksi tempe, yang dicampur menggunakan blender selama 3 menit. Setelah
dapat menghasilkan kualitas tempe yang lebih baik dan konsisten. homogenisasi, campuran disentrifugasi pada 1.000 9 g selama 10
Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk menit pada suhu 4 C. Supernatan yang terkumpul (± 150 mL)
mengevaluasi pengaruh pembungkus yang berbeda yang ditambahkan ke dalam tabung dan disentrifugasi lagi pada 5.000
digunakan selama proses fermentasi terhadap kualitas mikrobiologi 9 g selama 10 menit pada suhu 4 C. Pelet disuspensikan kembali
tempe dari tiga produsen yang berbeda dengan lingkungan produksi yang berbeda.
dalam 0,85% NaCl dan disentrifugasi lagi pada 17.000 9 g selama
3 menit pada 4 C. Centrifuge kecepatan rendah (1.000 dan 5.000
9 g) dilakukan menggunakan SorvallTM StratosTM Centrifuge
(Thermo Fisher Scientific) dengan FiberliteTM F10-6 9 250y Fixed
Angle Rotor (Thermo Fisher Scientific) dan SorvallTM LegendTM Micro

123
Machine Translated by Google
J Food Sci Technol
17 Microcentrifuge (Thermo Fisher Scientific) dengan 24 9 Rotor
1.5/2.0 ml dengan ClickSealTM Biocontainment Lid (Thermo
Fisher Scientific) untuk centrifuge kecepatan tinggi (17.000 9 g).
Ekstraksi pelet dilakukan seperti yang dijelaskan dalam instruksi
manual Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega).
Konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi diukur dengan
menggunakan Spektrofotometer Nan odrop2000 (Thermo Fisher
Scientific).
Ekstrak DNA disimpan pada suhu -20 C sampai digunakan lebih lanjut.
Kuantifikasi populasi LAB dengan qPCR
Gen 16 s rRNA diamplifikasi dari ekstrak DNA tempe dengan
primer SKfw (50 -GGGGATAA CAYYTGGAAACAG-30 ) & SKrw
(50 -CTCGGCTACG TATCATTGTCTTG-30 ), yang menghasilkan
produk PCR 178 bp seperti yang dijelaskan oleh Pontonio et al.
2017. Kondisi reaksi PCR untuk kuantifikasi BAL dilakukan
dengan volume reaksi akhir 10 lL terdiri dari 5 lL Fast SYBR
Green Master Mix 2 9 (Applied Biosystems), pasangan primer
SK (5 pmol/lL), DNA template (5–10 ng), dan Air Bebas Nuklease
(NFW) (QIAGEN). Reaksi amplifikasi dilakukan sebanyak 4 kali
ulangan menggunakan CFX96 Real-Time Detection System (Bio-
Rad Laboratories) dengan kondisi siklus yang diterapkan sebagai
berikut: pra-denaturasi pada suhu 95 C selama 3 menit,
dilanjutkan dengan 40 siklus dengan urutan denaturasi pada
suhu 95 C selama 20 detik, anil pada 54 C selama 30 detik,
pemanjangan pada 72 C selama 25 detik, dan pasca pemanjangan
pada 72 C selama 5 menit. Sinyal fluoresensi diukur pada akhir
setiap langkah perpanjangan. Kuantitas BAL (CFU/g) dalam
sampel tempe dihitung dengan persamaan yang dirumuskan
oleh Ilha et al. (2015) sebagai berikut;
ABC
LABkuantitas CFU = g
DARI
dimana A adalah CFU per reaksi yang diperoleh dari Ct sampel
DNA menggunakan kurva standar, B adalah konsentrasi ekstrak
DNA (ng/lL), C adalah total volume DNA yang diekstraksi (lL), D
adalah massa DNA template dalam reaksi PCR (ng), dan E
adalah massa tempe yang digunakan untuk ekstraksi DNA.
Konstruksi kurva standar
Kurva standar disiapkan dengan pengenceran serial DNA genom
dari Lactobacillus fermentum 6.7 koleksi Wilmar Benih Indonesia,
109 hingga 104 eksemplar per 4 lL. Jumlah salinan DNA bakteri
dihitung dengan menggunakan ukuran genom Lactobacillus
fermentum (CP021964.1), konstanta Avogadro (6,023 9 1023),
dan berat molekul DNA (650 Da/bp). Kurva standar dihasilkan
dengan memplot logaritma jumlah salinan DNA bakteri versus
nilai ambang siklus (Ct). Satu salinan gen sama dengan satu
CFU bakteri. Efek matriksnya adalah
ditentukan dengan spiking tempe dengan Lactobacillus fermen
tum sampai kepadatan sel tercapai (dari 8,3-9,6 log CFU/g).
DNA yang diekstraksi dari tempe berduri menjadi sasaran qPCR,
dan kepadatan sel diplot terhadap nilai Ct.
Analisis T-RFLP
Total volume reaksi PCR adalah 60 lL yang mengandung 30 lL
GoTaq Green Master Mix 2 9 (Promega), DNA template (5- 10
ng), 5 pmol/lL primer 63F (50 - AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-30 ),
dan 926R (50 - CCGTCAATTCCTTTRAGTTT-30 ). Reverse
primer fluo baru-baru ini berlabel dengan hexachlorofluorescein
(HEX). PCR dilakukan menggunakan C1000 Thermal Cycler (Bio-
Rad Laboratories) dengan kondisi siklus sebagai berikut; pra-
denaturasi pada suhu 95 C selama 3 menit, dilanjutkan dengan
30 siklus dengan urutan denaturasi pada suhu 95 C selama 30
detik, annealing pada suhu 55 C selama 30 detik, elongasi pada
suhu 72 C selama 90 detik, dan post elongasi pada suhu 72 C
selama 5 menit. Amplikon berlabel dimurnikan dengan QIAquick
PCR Purification Kit (QIAGEN), mengikuti panduan pabrik.
Produk pemurnian ± 70 ng dicerna pada 37 C selama 3 jam
dengan 4 U baik HhaI atau MseI (New England Biolabs).
Komponen lain dalam total volume 7 lL adalah CutSmart Buffer
19 (New England Biolabs) dan NFW. Penonaktifan enzim restriksi
dilakukan pada suhu 65 C selama 20 menit.
Satu produk pencernaan mikroliter dicampur dengan 2 lL
GeneScanTM 500 ROXTM Ukuran Standar (Thermo Fisher
Scientific) dan 7 lL Hi-DiTM Formamide (Thermo Fisher
Scientific). Analisis T-RFLP dilakukan dengan menggunakan ABI
3130 Genetic Analyzer (Thermo Fisher Scientific) dalam empat
ulangan. Profil T-RFLP dianalisis pada perangkat lunak Peak
Scan nerTM v1.0 (Thermo Fisher Scientific). Fragmen restriksi
terminal (T-RFs) diurutkan dengan interval 1 bp, ukuran 35
hingga 500 bp, dan area puncak [1% dari total area puncak yang
digunakan untuk analisis.
Analisis statistik
Data kuantitas BAL yang diperoleh dari qPCR dianalisis dengan
uji-t. Kesamaan antar sampel ditampilkan dengan metode
Principal Coordinate Analyzes (PCoA) dan pengelompokan
berdasarkan matriks kemiripan Bray-Curtis. Perbedaan komposisi
komunitas bakteri di antara sampel diuji dengan ANOSIM satu
arah (9999 permutasi) berdasarkan matriks kesamaan Bray-
Curtis.
Signifikansi statistik diterima ketika nilai-p kurang dari 0,05.
Semua analisis data dilakukan dengan menggunakan perangkat
lunak Past v3.20 (Hammer et al. 2001).
123
Machine Translated by Google
Hasil dan Diskusi
Analisis PCR kuantitatif
Evaluasi efek matriks tempe
Matriks makanan adalah matriks kompleks yang dapat mengandung
komponen inhibitor. Ini dapat mengganggu kemampuan amplifikasi
dan kuantifikasi qPCR untuk mengukur target secara akurat.
Inhibitor hadir dalam makanan dapat menunda Ct dari amplikon,
yang mengarah ke meremehkan kuantitas DNA dalam sampel.
Dalam penelitian ini, efek matriks diperkirakan dengan
membandingkan Ct DNA target yang diekstraksi dari sampel tempe
berduri dengan Ct DNA yang diekstraksi dari kultur murni
Lactobacillus fer mentum kontrol. Levin (2005) menyarankan
penggunaan pengendalian internal sebagai alternatif terbaik untuk penentuan
kehadiran penghambat. Hal ini dilakukan dengan spiking makanan
dengan konsentrasi yang diketahui dari bakteri kontrol dan
melakukan pengujian dalam pengenceran serial makanan ini (Schneider et al.
2009). Pergeseran nilai Ct diamati antara sampel tempe berduri dan
kultur murni. Ct tempe berduri terdeteksi lebih lambat untuk jumlah
bakteri yang sama daripada
budaya murni. Faktor koreksi dihasilkan untuk menghilangkan
pengaruh matriks effect terhadap kemampuan kuantifikasi qPCR.
Persamaan linier yang diperoleh dari plot tersebut dibandingkan,
sehingga menghasilkan persamaan baru untuk mendapatkan faktor
koreksi dari efek matriks. Nilai faktor koreksi akan
mengubah nilai Ct sampel. Dengan bertambahnya jumlah bakteri,
pergeseran nilai Ct berkurang. Hal ini dapat menjadi bukti bahwa
faktor koreksi hanya berlaku sampai jumlah tertentu Ct. Lebih tinggi
dari sekitar Ct = 17, faktor koreksi ini dapat memberikan hasil yang
tidak akurat, setidaknya untuk spesies bakteri dominan berdasarkan
persamaan. 1:9109ð Bab 6:3445ð Bab 221:759
147:281
Efek matriks faktor koreksi
Parameter PCR dan batas deteksi
Untuk melakukan kuantifikasi yang andal, kurva standar yang tepat
sangat penting. Metode pengenceran DNA dipilih untuk membangun
kurva standar untuk analisis selanjutnya karena kesederhanaan
preparasi dan penanganan. Karena dominasi Lactobacillus fer
mentum dalam tempe, kurva standar dibuat menggunakan
Lactobacillus fermentum (Radita et al. 2017). Parameter reaksi
(efisiensi dan koefisien korelasi) qPCR dengan pasangan primer SK
yang menargetkan gen rRNA LAB 16 menunjukkan efisiensi dan
koefisien korelasi yang sesuai, E sebesar 103% dan R2[ 0,98. Nilai
yang diperoleh menunjukkan kuantifikasi yang menargetkan LAB
menggunakan pasangan primer SK menggunakan qPCR
memberikan hasil yang andal dan kuat. peternak
123
J Food Sci Technol
dkk. (2014) kriteria parameter PCR yang diusulkan untuk E dan R2
adalah 90- 110% dan [ 0,98. Batas deteksi didefinisikan sebagai
jumlah sampel terendah yang nilainya terdeteksi.
Data ditentukan dalam 4 log CFU/g untuk BAL dengan pasangan
primer SK. Secara umum limit deteksi yang diperoleh sekitar 3 log
CFU/g, seperti yang dilakukan Ilha et al. (2015) yang terdeteksi
hingga 2,78 log CFU/g Lactobacillus paracasei dalam yogurt dan
Schwendimann et al. (2015) yang menganalisis Lactobacillus
plantarum dan Lactobacillus fermentum dalam biji kakao pada
deteksi batas 2-3 log CFU/g. Nilai yang diperoleh pada penelitian ini
[1 log CFU/g selisih dibandingkan dengan deteksi batas pada
penelitian sebelumnya. Namun demikian, nilai tersebut telah
menutupi dan cocok untuk mengukur BAL pada sampel tempe,
dimana jumlah populasi BAL pada tempe berkisar antara 7-9 log
CFU (Moreno et al. 2002; Efriwati et al. 2013; Nurdini et al. 2015).
Kuantifikasi BAL pada tempe dengan metode mikrobiologi dan
molekuler
BAL dikuantifikasi dalam tempe dengan pembungkus yang berbeda
selama fermentasi melalui pendekatan yang bergantung pada
budaya dan tidak bergantung pada budaya (Tabel 1). Jumlah piring
pada MRS bervariasi di tiga produsen tempe untuk tempe yang
dibungkus dengan daun pisang. Hasil serupa diperoleh dari tempe
yang dibungkus plastik untuk masing-masing produsen (p[0,05).
Santhirasegram dkk. (2016) melaporkan hasil yang sesuai dengan
penelitian ini, tiga bahan yang digunakan untuk pembungkus tempe
tidak memberikan perbedaan kualitas mikrobiologis yang signifikan
dengan metode hitung piring. Daun pisang memberikan jumlah yang
sedikit lebih tinggi dibandingkan dengan plastik untuk kuantifikasi
menggunakan qPCR (Tabel 1). Namun, sesuai dengan hasil hitung
plat, tidak ada perbedaan yang signifikan diamati dari kuantifikasi
BAL menggunakan qPCR tempe dengan pembungkus yang berbeda
(p\0,05). Dari Tabel 1, perbedaan antara metode mikrobiologi dan
molekuler juga terlihat. Perbedaan kuantitas dari jumlah piring dan
qPCR menunjukkan proporsi bakteri yang dikultur dan tidak dikultur
bervariasi di antara produsen tempe. Nilainya, ED:EP (0.07:0.48),
WD:WP (1.91:1.68), dan RD:RP (4.04:3.87) (log CFU/g). Kecuali
tempe EP, semua sampel memberikan hitungan yang lebih tinggi
untuk kuantifikasi qPCR daripada metode hitung piring. Anomali ini
disebabkan oleh EP tempe yang sarat dengan BAL yang melimpah,
menghasilkan nilai Ct yang rendah yang tidak dapat ditutupi oleh
persamaan faktor koreksi. Hitungan lebih tinggi dari metode
kuantifikasi qPCR karena bakteri yang tidak dikultur dan sel-sel mati
juga terdeteksi. Untuk membedakan sel hidup dan sel mati secara
kuantitatif, propid ium monoazide (PMA) (Mace et al. 2013).
Tempe wrap memberikan suplai oksigen yang optimal dan suhu
yang terkontrol selama proses fermentasi (Haron dan Raob 2014).
Pembungkus apa pun yang digunakan selama proses fermentasi
tampaknya memberikan hal yang sama
Machine Translated by Google

J Food Sci Technol

Tabel 1 Jumlah LAB

sampel tempe Jumlah pelat LAB (log CFU/g) LAB qPCR (log CFU/g)
Sampel tempe dibungkus dengan
daun pisang dan plastik dari DAN 10.22 ± 0.22 10.30 ± 0.21
masing-masing produsen tempe
EP 10,52 ± 0,24 10,04 ± 0,28
WD 8,28 ± 0,21 10,19 ± 0,20
WP 8,36 ± 0,28 10,04 ± 0,16
RD 6.56 ± 0.38 10,06 ± 0,38
RP 6,39 ± 0,35 10,02 ± 0,17

kondisi fermentasi (suhu dan suplai oksigen),

populasi bakteri tidak terpengaruh olehnya. Itu
wraps tampaknya hanya memberikan efek kecil pada populasi LAB,
sedangkan kontribusi besar diperoleh dari asal-usulnya
produsen tempe, terkait dengan lingkungan manufaktur dan bahan
baku yang digunakan (Jeong et al. 2014). Faktor terkait penuaan
kemasan dapat memengaruhi fermentasi
mengkondisikan dan mengubah komunitas bakteri. Seperti
metode pengemasan vakum, yang terkait dengan oksigen
dan kehadiran karbon dioksida, dapat menyebabkan pH lebih rendah dan
perubahan metabolit dalam komunitas bakteri (Duval
dkk. 2016).

Analisis T-RFLP

Analisis klaster

Pola komunitas bakteri ditampilkan di PCoA berdasarkan

jumlah dan jumlah T-RF dari setiap sampel tempe.
Plot penahbisan dari pencernaan HhaI dan MseI
tempe yang didemonstrasikan dibagi menjadi tiga kelompok sesuai
dengan masing-masing produsen tempe (Gbr. 1). Ini
hasil yang menunjukkan setiap produsen tempe memiliki keragaman
komposisi komunitas bakteri dan tidak dipengaruhi oleh
jenis pembungkus yang digunakan selama proses fermentasi.
Analisis statistik ANOSIM juga mengkonfirmasi penahbisan tersebut
plot sebagai berbeda nyata (p \ 0,05). Nilai R2 dari
faktor produsen tinggi untuk kedua enzim, 0,79
(HhaI) dan 0,71 (MseI), menunjukkan bahwa setiap produsen
tempe memiliki perbedaan komunitas bakteri yang tinggi.
komposisi. Keanekaragaman mikroorganisme yang ada selama
fermentasi dan produk fermentasi akhir secara signifikan
dipengaruhi oleh proses manufaktur atau lingkungan
kondisi (Liu dan Tong 2017). Gambar 1 PCoA yang diaplikasikan pada sampel tempe yang dibungkus dengan daun pisang
(isi) dan plastik (unfill) dari masing-masing produsen tempe dicerna
Kelimpahan relatif dan keragaman LAB dengan HhaI dan b MseI. (EMP; lingkaran bidang, lingkaran kosong WJB; bidang
persegi, RTI persegi kosong; segitiga bidang, kereta api kosong)

T-RF dengan kelimpahan lebih dari 10% dalam penelitian ini

identifikasi dilakukan karena penggunaan universal
dibandingkan dengan perpustakaan yang tersedia di database menggunakan
Pasangan primer gen 16S rRNA yang akan memberikan T-RF beberapa
Perangkat lunak T-Align (Smith et al. 2005) untuk mendapatkan identitas T-RF.
identitas bakteri. Bokulich dan Mills (2012) menyatakan bahwa
Perpustakaan dari National Center for Biotechnology
batasi penetapan T-RF ke database referensi tertutup
Database informasi (NCBI) yang digunakan dibatasi
hanya terdiri dari spesies yang diharapkan sebelumnya dilaporkan
hanya untuk filum Firmicutes. Pengurangan referensi untuk

123
Machine Translated by Google

J Food Sci Technol

dari lingkungan tertentu dapat memperdalam resolusi hasil T- Sebuah

100%
RFLP dengan pasangan primer gen 16S rRNA. Firmicutes lainnya
90% TRF
merupakan filum yang dominan pada banyak makanan
fermentasi, termasuk tempe dan BAL penutup, yang menjadi 80% 350
fokus penelitian ini. Hasil perbandingan antara T-RF 70%
eksperimental dan T-RF referensi menunjukkan temuan T-RF
60% 346
ditunjukkan pada Tabel 2. Penelitian untuk mengetahui BAL
50%
dominan pada tempe telah dilakukan oleh beberapa peneliti. 332
Efriwati dkk. (2013) dengan metode T-RFLP, mengetahui L. 40%
delbrueckii ssp delbrueckii sebagai BAL dominan pada tempe 30% 330
WJB. Pada penelitian lain, analisis menggunakan High
20%
Throughput Sequencing (HTS) didapatkan profil EMP tempe
10% 164
didominasi oleh genus Lactobacillus dan Enterococcus
(Radita et al. 2017). 0%
Kelimpahan relatif dari BAL yang berbeda di semua sampel ED EP WD WP RD RP
dicerna dengan HhaI ditunjukkan pada Gambar. 2a. Tempe Sampel
EMP didominasi oleh genus Lactobacillus minimal 28,7%
(ED) dan 20,7 (EP). BAL dominan di tempe WJB menyumbang B 100%
lebih dari 50% dari total masyarakat. Namun, pembungkus lainnya
diwakili oleh genera bakteri yang berbeda. Secara khusus, 90% TRF
pada tempe WD, genus Bacillus dan Paenibacillus menjadi 80% 477
bakteri utama dengan 57,6%, sedangkan pada tempe WP 70%
52,6% termasuk dalam genus Lactobacillus dan Lactococcus.
60% 330
Kelimpahan relatif tempe RTI ternyata lebih beragam. T-RF
lainnya memiliki persentase yang tinggi, khususnya di RP 50%
314
tempe, yang memenuhi 100% seluruh masyarakat. 40%
Menyarankan berbagai bakteri yang melekat dalam komunitas 30% 303
bakteri tempe RP. Tempe RD sedikit berbeda dengan tempe
20%
RP dimana T-RF dominan masih ada, 28% terdiri dari genus
Lactobacillus dan Lactococcus. Gambar 2b menunjukkan 10% 51
kelimpahan relatif bakteri dari sampel tempe yang dicerna 0%
oleh MseI. Hasil serupa dengan profil HhaI yang diperoleh ED EP WD WP RD RP
untuk tempe EMP, genus Lactobacillus mendominasi baik Sampel
tempe, ED (44,4%) dan EP (36%). Profil MseI untuk tempe
EMP memberikan gambaran yang lebih jelas tentang Gambar 2 Kelimpahan relatif sampel tempe yang dibungkus dengan daun
pisang dan plastik dari masing-masing produsen tempe yang dicerna dengan
kelimpahan relatif bakteri di tingkat genus. Genera Eubacterium
HhaI dan b MseI. T-RF lainnya mewakili kombinasi T-RF\ 10%
adalah bakteri subdominan di
tempe ED dengan nilai 29,4%, sedangkan tempe EP diwakili
oleh 28,2% dari genus Eubacterium dan 13,1% dari genus
Tabel 2 Identitas Bakteri dari masing-masing T-RF ([10%)
Lactococcus dan Streptococcus. Tren serupa dengan profil
T-RF (bp) Identitas bakteri HhaI terlihat pada tempe WJB, yang diwakili oleh bakteri
dominan yang berbeda antara sampel dengan pembungkus
51 Lactobacillus
yang berbeda. Tempe WD didominasi oleh genus Lactobacillus
164 Bacillus & Paenibacillus
(34,7%), sedangkan Lactococcus dan Streptococcus menjadi
303 Streptokokus & Clostridiales
genus yang dominan pada tempe WP (65,6%). Tidak seperti
314 Eubacterium
dua produsen tempe lainnya, tempe RTI dari pencernaan
330 Lactococcus & Streptococus
MseI tidak berbagi hasil yang sama dengan profil HhaI.
332 Bacillus, Geobacillus, Clostridiales
Mayoritas pada RTI tempe adalah Lac tobacillus, dengan
346 Lactococcus & Lactobacillus
proporsi masing-masing 61,5% dan 51,3% pada RD dan RP.
350 Lactobacillus
477 tidak teridentifikasi
Profil yang diperoleh dari penelitian ini menambah
gambaran baru tentang komposisi komunitas bakteri tempe, selain itu

123
Machine Translated by Google
J Food Sci Technol
genera Lactobacillus masih menjadi bakteri dominan di
sebagian besar sampel yang diuji. Para peneliti telah
melaporkan bahwa Lac tobacillus dapat menghasilkan
beberapa asam organik yang berhubungan dengan metabolisme
asam amino selama proses fermentasi makanan (Leroy dan
De Vuyst 2004). Kelimpahan relatif berdasarkan identitas
genera sulit ditentukan karena satu T-RF dapat mengidentifikasi
banyak genera. Pemanfaatan berbagai enzim restriksi dapat
menjadi alternatif dalam analisis T-RFLP untuk mendapatkan
komunitas bakteri yang lebih baik dan akurat dari lingkungan tertentu.
Kesimpulan
Populasi BAL pada tempe dari tiga produsen yang berbeda
adalah serupa, sekitar 10 log CFU/g, tetapi bervariasi dalam
proporsi bakteri yang dikultur dan tidak dikultur. Keterbatasan
metode mikrobiologi konvensional dapat diatasi dengan
menggunakan pendekatan molekuler seperti metode qPCR.
Gambaran awal komposisi komunitas bakteri dapat diperoleh
dengan menggunakan analisis T-RFLP dengan HhaI dan MseI.
Namun, rincian kelimpahan relatif di tingkat genus tidak
diberikan. Studi ini menegaskan bahwa Lactobacillus bisa
menjadi genus dominan pada tempe. Menyarankan anggota
genus Lacto bacillus mungkin memainkan peran penting dalam
fermentasi tempe. Terakhir, kuantitas tempe dan komposisi
komunitas bakteri dapat dipengaruhi oleh proses manufaktur,
lingkungan produksi, atau bahan baku yang digunakan,
sedangkan pembungkus tempe umumnya tidak memberikan
perubahan yang signifikan. Temuan ini dapat digunakan untuk
penentuan, otentikasi, dan peningkatan kualitas tempe lebih
lanjut.
ketersediaan data
Data yang mendukung temuan penelitian ini tersedia dari
penulis terkait atas permintaan yang wajar.
Ucapan Terima Kasih Studi ini didukung oleh PT Wilmar Benih
Indonesia
Kontribusi penulis ME melakukan eksperimen dan menulis naskah; AM
mengawasi pekerjaan dan mengedit naskah; MW membantu dalam qPCR;
SEBAGAI menyusun, mengawasi pekerjaan, dan mengedit naskah.
Kepatuhan dengan standar etika
Benturan kepentingan Para penulis menyatakan tidak ada benturan
kepentingan sehubungan dengan penerbitan naskah ini.
Referensi
Adegunloye DV, Agarry OO, Adebolu TT, Adetuyi FC (2006) Pengaruh
kemasan daun pada penilaian mikrobiologi beberapa makanan. Afr J
Biotech 5(5):445–447 Astuti M, Meliala A, Dalais FS, Wahlqvist ML
(2000) Tempe, makanan bergizi dan sehat dari Indonesia. Asia Pac J Clin
Nutr 9:322–325
Babu PD, Bhakyaraj R, Vidhyalakshmi R (2009) Makanan bergizi murah ''
tempe '' - ulasan. World J Dairy Food Sci 4(1):22–27
Bokulich NA, Mills DA (2012) Diferensiasi komunitas bakteri asam laktat
campuran dalam fermentasi minuman menggunakan polimorfisme
panjang fragmen restriksi terminal yang ditargetkan. Makanan Mikro
biol 31:126-132
Broeders S, Huber I, Grohmann L, Berben G, Taverniers I, Mazzara M,
Roosens N, Morisset D (2014) Pedoman untuk validasi metode PCR
real-time kualitatif. Trends Food Sci Tech 37:115–126 Douillard FP,
de Vos WM (2014) Genom fungsional bakteri asam laktat: dari
makanan hingga kesehatan. Fakta Sel Mikrob 13:S8
Duval P, Cgatelard-Chauvin C, Gayard C, Rifa E, Bouchard P, Hulin S,
Picque D, Montel MC (2016) Dinamika mikroba dalam keju berurat
biru industri dalam kemasan yang berbeda. Int Dairy J 56:198–207
Efriwati SA, Rahayu G, Nuraida L (2013) Dinamika populasi ragi dan
bakteri asam laktat (BAL) selama produksi tempe.
HAYATI J Biosci 20(2):57–64
Gibson GR, Saveedra JM, Mac Farlane S, Mac Farlane GT (1997)
Probiotik dan infeksi usus. Dalam: Fuller R (ed) Probiotik. 2: Aplikasi
dan Aspek Praktis. Chapman Hall, New York, hlm 10–39
Hammer , Harper DA, Ryan PD (2001) MASA LALU: paket perangkat
lunak statistik paleontologi untuk pendidikan dan analisis data.
Palaeontologia Electronica 4(1):9
Haron H, Raob N (2014) Perubahan kandungan mikronutrien, total fenolik
dan antinutrisi selama persiapan tempe. Ilmu Makanan Nutr. https://
doi.org/10.4172/2155-9600.1000265 Hilde M, Ostile MHH, Judith NA
(2003) Pertumbuhan dan metabolisme strain bakteri probiotik terpilih dalam
susu. Int J Food Microbiol 87(1–2):17–27 Ilha EC, Scarot MC, Treml
D, Pereira TP, Sant'Anna ES, Prudencio ES, Arisi ACM (2015)
Perbandingan uji PCR waktu nyata dan jumlah pelat untuk Pencacahan
Lactobacillus paracasei dalam yoghurt.
Ann Mikrobiol 66 (2): 597–606
Isolauri E, Sutas Y, Kankaapaa P, Arvilommi H, Salminen S (2001)
Probiotik: efek kekebalan. Am J Clin Nutr 73:444-450 Jackson
MS, Bird AR, Mc Orist AI (2002) Perbandingan dua media selektif untuk
deteksi dan penghitungan lactobacilli dalam kotoran manusia. J
Microbiol Meth 51:313–321 Jeong DW, Kim HR, Jung G, Han S, Kim
CT, Lee JH (2014)
Migrasi komunitas bakteri dalam pematangan Doenjang, makanan
kedelai fermentasi tradisional Korea. J Mikrobiol Biotek 24(5):648–660
Leroy F, De Vuyst L (2004) Bakteri asam laktat sebagai kultur starter
fungsional untuk industri fermentasi makanan. Trends Food Sci Tech
15(2):67–78 Levin RE (2005) Penerapan PCR waktu-nyata untuk
sistem pangan dan pertanian. Sebuah rev Food Biotechnol 18:97–133
Lindow SE, Brandl MT (2003) Mikrobiologi filosfer.
Mikrob Lingkungan Appl 69:1875–1883
Liu D, Tong C (2017) Keragaman komunitas bakteri dari sayuran fermentasi
tradisional di Cina. LWT-Food Sci Technol 86:40–48
123
Machine Translated by Google
Mace S, Mamlouk K, Chipchakova S, Prevost H, Joffraud JJ, Dalgaard P,
Pilet MF, Dousset X (2013) Pengembangan metode PCR real-time
yang cepat sebagai alat untuk mengukur bakteri Photobac terium
phosporeum yang layak pada salmon (Salmo salar ) steak.
Mikrob Lingkungan Appl 79:2612–2619
Moreno MRF, Leisner JJ, Tee LK, Ley C, Radu S, Rusul G, Vancanneyt
M, De Vuyst L (2002) Analisis mikroba tempe Malaysia dan
karakterisasi dua bakteriosin yang dihasilkan oleh isolat Enterococcus
faecium. J Appl Microbiol 92(1):789–805 Nurdini AL, Nuraida L,
Suwanto A (2015) Dinamika pertumbuhan mikroba selama fermentasi
tempe di dua industri rumah tangga yang berbeda. Int Food Res J
22(4):1668 Okada N (1989) Peran mikroorganisme dalam pembuatan
tempe.
Isolasi bakteri penghasil vitamin B12 . JARQ 22:310–316
Pontonio E, Di Cagno R, Mahony Jennifer M, Lanera A, De Angelis M,
van Sinderen D, Gobbetti M (2017) Otentikasi penghuni pertama:
PCR kuantitatif untuk mendeteksi mikrobiota bakteri asam laktat
dalam roti. Sci Rep-UK 7:624 Radita R, Suwanto S, Kurosawa N,
Wahyudi AT, Rusmana I (2017)
Analisis metagenom produksi tempe: Dari mana komunitas bakteri
dalam tempe berasal? Malaysia J Microbiol 13(4):280–288
Santhirasegaram V, George DS, Anthony KK, Singh HKB, Saruan
NM, Razali Z, Somasundram C (2016) Efek kedelai
123
J Food Sci Technol
pengolahan dan pengemasan terhadap kualitas tempe kelezatan
lokal yang umum dikonsumsi. J Food Qual 39:675–684 Schneider
S, Enkerli J, Widmer F (2009) Sebuah uji yang berlaku umum untuk
kuantifikasi efek penghambatan pada PCR. J Microbiol Meth 78:351–
353
Schwendimann L, Kauf P, Fieseler L, Gantenbein-Demarchi C,
Schwenninger SM (2015) Pengembangan uji PCR kuantitatif untuk
deteksi cepat Lactobacillus plantarum dan Lactobacillus fermentum
dalam fermentasi biji kakao. J Microbiol Meth 115:94–99 Smith CJ,
Danilowicz BS, Clear AK, Costello FJ, Wilson B, Meijer WG (2005)
T-Align, alat berbasis web untuk perbandingan beberapa profil polimorfisme
panjang fragmen restriksi terminal. FEMS Microbiol Ecol 54(3):375–
380 Steinkraus KH, Cullen RE, Pederson CS, Nellis LF, Gavitt BK
(1983)
Tempe Indonesia dan fermentasi terkait. Dalam: Steinkraus K (ed)
Handbook of Indigenous Fermented Foods. Marcel Dekker, New
York, hlm 1–94
Van Dorst J, Bissett A, Palmer AS, Brown M, Snape I, Stark JS, Raymond
B, McKinlay J, Ji M, Winsley T, Ferrari BC (2014)
Sidik jari komunitas di dunia pengurutan. FEMS Microbiol Ecol
89:316–330
Catatan Penerbit Springer Nature tetap netral sehubungan dengan klaim
yurisdiksi di peta yang diterbitkan dan afiliasi institusional.