Infeksi saluran genitourinari termasuk infeksi kandung kemih, ginjal, dan prostat, infeksi vagina,

dan infeksi menular seksual. Infeksi saluran kemih termasuk uretritis, sistitis, pielonefritis, dan
prostatitis. Infeksi ini sangat umum, dan setiap tahun mengakibatkan lebih dari 7 juta kunjungan
ke dokter dan sekitar 1 juta rawat inap. Sebagian besar infeksi saluran kemih disebabkan oleh
kontaminasi uretra dengan organisme yang ditemukan di usus besar. Escherichia coli adalah
penyebab paling umum dari uretritis, sistitis, prostatitis, dan pielonefritis. Penyebab paling umum
dari infeksi saluran kemih (yaitu, uretritis, sistitis, dan pielonefritis) adalah E coli. Staphylococcus
saprophyticus adalah penyebab paling umum kedua dari infeksi ini pada wanita yang aktif secara
seksual antara usia 13 dan 40 tahun. Dalam kasus infeksi saluran kemih yang rumit seperti yang
diakibatkan oleh penghalang anatomi atau dari kateterisasi, penyebab paling umum adalah E coli,
Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Enterococcus, dan Pseudomonas aeruginosa. Urinalisis
harus dilakukan pada pasien dengan gejala uretritis dan sistitis tanpa keterlibatan ginjal untuk
menentukan pH urin dan jika ada piuria (sel darah putih dalam urin) dan bakteriuria (bakteri
dalam urin). PH urin biasanya ditentukan dengan menggunakan tes dipstick. Jika pH 7,9 dan urin
mengandung bakteri dan sel darah putih, pasien biasanya mengalami infeksi saluran kemih
karena spesies Proteus penghasil urease. PH tidak meningkat bila ada bakteri penyebab infeksi
saluran kemih lainnya. Piuria dapat ditentukan dengan menggunakan urinalisis tradisional (yaitu,
pemeriksaan mikroskopis pada urin pintal), teknik ruang hitung sel (yaitu, positif jika 8 sel darah
putih/mm3), atau tes dipstik untuk leukosit esterase. ditentukan menggunakan tes dipstick untuk
memeriksa keberadaan nitrit dalam urin. Banyak uropatogen mengubah nitrat menjadi nitrit
ketika tumbuh dalam urin. Bagian deteksi nitrit dari tes dipstick menunjukkan adanya uropatogen
yang paling umum, E coli, dan sebagian besar bakteri gram negatif berbentuk batang yang dapat
menyebabkan infeksi saluran kemih (misalnya, Proteus). Sayangnya, tidak semua uropatogen
memiliki kemampuan untuk mereduksi nitrat menjadi nitrit. Enterococcus dan S saprophyticus
tidak menghasilkan nitrit dalam urin manusia dan memberikan hasil negatif palsu. Jika pasien
memiliki sistitis nitrit-negatif, urin harus diperoleh dengan menggunakan prosedur tangkapan
aliran tengah (dikenal sebagai spesimen urin bersih), dan spesimen harus diletakkan pada media
pertumbuhan, diinkubasi, dan koloni yang dihasilkan dihitung. Jika lebih dari 10.000 unit
pembentuk koloni per mL diperoleh, pasien menderita bakteriuria. Jika ada manifestasi klinis
seperti demam, nyeri pinggang, dan nyeri tekan costovertebral, pasien mungkin menderita
pielonefritis dan juga sistitis. Tes berikut dapat dilakukan untuk memastikan diagnosis
pielonefritis[1]. Terdapat beberapa cara dalam mengumpulkan spesimen urin yaitu dengan
metode urine midstream, urine pediatric, suprapubic bladder puncture dan spesimen
kateter .Pemeriksaan bakteriologis urin dilakukan terutama ketika tanda atau gejala menunjukkan
infeksi saluran kemih, insufisiensi ginjal, atau hipertensi. Itu harus selalu dilakukan pada orang
dengan dugaan infeksi sistemik atau demam yang tidak diketahui asalnya. Dianjurkan bagi wanita
pada trimester pertama kehamilan untuk dinilai bakteriuria asimtomatik. Urin yang disekresikan
di ginjal steril kecuali ginjal terinfeksi. Urin kandung kemih yang tidak terkontaminasi juga
biasanya steril. Uretra, bagaimanapun, mengandung mikrobiota normal, sehingga urin normal
yang dikeluarkan mengandung sejumlah kecil bakteri. Karena perlu untuk membedakan
organisme pencemar dari organisme yang penting secara etiologis, hanya pemeriksaan urin
kuantitatif yang dapat memberikan hasil yang berarti.
Langkah-langkah berikut sangat penting dalam pemeriksaan urin yang tepat. Pengumpulan
spesimen yang tepat adalah satu-satunya langkah terpenting dalam kultur urin dan yang paling
sulit. Spesimen yang memuaskan dari betina bermasalah.1. Siapkan wadah spesimen tutup ulir
steril dan dua hingga tiga spons kasa yang dibasahi dengan salin nonbakteriostatik (sabun
antibakteri untuk pembersihan tidak disarankan).2. Rentangkan labia dengan dua jari dan jaga
agar tetap menyebar selama proses pembersihan dan pengumpulan. Usap area uretra sekali dari
depan ke belakang dengan masing-masing kasa saline.3. Mulai aliran urin dan, dengan
menggunakan cangkir urin, kumpulkan spesimen aliran tengah. Labeli cangkir dengan benar.
Metode yang sama digunakan untuk mengumpulkan spesimen dari jantan; kulup harus tetap
ditarik pada laki-laki yang tidak disunat. Kateterisasi membawa risiko memasukkan
mikroorganisme ke dalam kandung kemih, tetapi kadang-kadang tidak dapat dihindari. Spesimen
terpisah dari ginjal dan ureter kanan dan kiri dapat diperoleh oleh ahli urologi menggunakan
kateter pada sistoskopi. Ketika kateter menetap dan sistem pengumpulan tertutup dipasang, urin
harus diperoleh dengan aspirasi kateter steril dengan jarum dan spuit, bukan dari kantong
pengumpul. Untuk mengatasi masalah diagnostik, urin dapat disedot secara aseptik langsung dari
kandung kemih penuh melalui tusukan suprapubik dinding perut. Prosedur ini biasanya dilakukan
pada bayi. Untuk sebagian besar pemeriksaan, cukup 0,5 mL urin ureter atau 5 mL urin yang
dikosongkan. Karena banyak jenis mikroorganisme berkembang biak dengan cepat dalam urin
pada suhu kamar atau tubuh, spesimen urin harus dikirim ke laboratorium dengan cepat atau
didinginkan tidak lebih dari semalam. Sebagai alternatif, tabung transportasi yang mengandung
asam borat dapat digunakan jika spesimen tidak dapat didinginkan. Setetes urin segar yang tidak
disentrifugasi ditempatkan pada kaca objek, ditutup dengan kaca penutup, dan diperiksa dengan
intensitas cahaya terbatas di bawah mikroskop klinis biasa dapat menunjukkan leukosit, sel
epitel, dan bakteri jika lebih dari 105 /mL. . Menemukan 105 organisme per mililiter dalam
spesimen urin yang dikumpulkan dan diperiksa dengan benar adalah bukti kuat dari infeksi
saluran kemih aktif. Apusan Gram dari urin aliran tengah yang tidak disentrifugasi yang
menunjukkan batang gram negatif adalah diagnostik untuk infeksi saluran kemih. Sentrifugasi
urin yang singkat dengan mudah mengendapkan sel-sel nanah, yang dapat membawa bakteri dan
dengan demikian dapat membantu dalam diagnosis mikroskopis infeksi. Kehadiran unsur-unsur
lain yang terbentuk dalam sedimen atau adanya proteinuria tidak banyak membantu secara
langsung dalam identifikasi spesifik infeksi saluran kemih aktif. Sel-sel nanah mungkin ada tanpa
bakteri, dan, sebaliknya, bakteriuria mungkin ada tanpa piuria. Kehadiran banyak sel epitel
skuamosa, laktobasilus, atau flora campuran pada kultur menunjukkan pengumpulan urin yang
tidak tepat. Beberapa dipstik urin mengandung leukosit esterase dan nitrit, pengukuran sel
polimorfonuklear dan bakteri, masing-masing, dalam urin. Reaksi positif sangat mengarah pada
infeksi saluran kemih bakteri. Meskipun tidak mudah diterima oleh laboratorium mikrobiologi
klinis, banyak laboratorium kimia telah menerapkan instrumen otomatis atau semi otomatis
untuk kinerja rutin urinalisis. Berbagai teknik digunakan oleh instrumen ini untuk mendeteksi
leukosit dan bakteri. Kinerja sistem ini bervariasi, tetapi membawa tingkat standarisasi untuk
pengujian volume tinggi yang mungkin tidak dapat dicapai dengan menggunakan metode
dipstick. Kultur urin, agar bermakna, harus dilakukan secara kuantitatif. Urin yang dikumpulkan
dengan benar dikultur dalam jumlah terukur pada media padat, dan koloni yang muncul setelah
inkubasi dihitung untuk menunjukkan jumlah bakteri per mililiter. Prosedur yang biasa dilakukan
adalah menyebarkan 0,001-0,05 mL urin murni pada pelat agar darah dan media padat lainnya
untuk kultur kuantitatif. Semua media diinkubasi semalaman pada suhu 37°C; kepadatan
pertumbuhan kemudian dibandingkan dengan foto-foto kepadatan pertumbuhan yang berbeda
untuk bakteri serupa, menghasilkan data semikuantitatif.Pada pielonefritis aktif, jumlah bakteri
dalam urin yang dikumpulkan oleh kateter ureter relatif rendah. Saat terakumulasi di kandung
kemih, bakteri berkembang biak dengan cepat dan segera mencapai jumlah lebih dari 105 /mL—
jauh lebih banyak daripada yang dapat terjadi sebagai akibat kontaminasi oleh mikrobiota uretra
atau kulit atau dari udara. Oleh karena itu, umumnya disepakati bahwa jika lebih dari 105
koloni/mL dibiakkan dari spesimen urin yang dikumpulkan dan dikultur dengan benar, ini
merupakan bukti kuat dari infeksi saluran kemih aktif. Kehadiran 10 5 bakteri atau lebih dari jenis
yang sama per mililiter dalam dua spesimen berturut-turut menetapkan diagnosis infeksi saluran
kemih aktif dengan kepastian 95%. Jika lebih sedikit bakteri yang dibudidayakan, pemeriksaan
urin berulang diindikasikan untuk memastikan adanya infeksi. Adanya kurang dari 10 4 bakteri per
mililiter, termasuk beberapa jenis bakteri yang berbeda, menunjukkan bahwa organisme berasal
dari mikrobiota normal dan merupakan kontaminan, biasanya dari spesimen yang tidak
dikumpulkan dengan benar. Kehadiran 104 /mL dari satu jenis batang gram negatif enterik sangat
sugestif dari infeksi saluran kemih, terutama pada pria. Kadang-kadang, wanita muda dengan
disuria akut dan infeksi saluran kemih akan memiliki 102 -103 /mL. Jika biakan negatif tetapi tanda-
tanda klinis infeksi saluran kemih ada, "sindrom uretra," obstruksi ureter, tuberkulosis kandung
kemih, infeksi gonokokal, atau penyakit lain harus dipertimbangkan [2]. Transportasi Semua
spesimen urin sebaikya dimasukan almari pendingin segera mungkin atau langsung
diperiksa dalam waktu tidak melebihi 2 jam. Jika urin ditransport untuk jarak jauh sebaiknya
dipak dalam lemari es kering atau dipreservasi dengan cara : penambahan 0.5 gr boric acid
pada container streil kemudian diisi dengan urin. Boric acid akan menghambat
pertumbuhan bakteri tanpa menurunkan jumlahnya dan bekerja buffer yang mencegah
kerusakan lekosit.Spesimen urin untuk pemeriksaan mikrobiologi harus ditampung dalam botol
steril bertutup ulir dansesegera mungkin dikirim ke laboratorium (tidak lebih dari2 jamsetelah
pengambilan) untuk pemeriksaanselanjutnya. Bila terjadi penundaan pengiriman, sebaiknya
disimpan pada suhu 4-80C, maksimal 24 jam dan tidak sampai beku atau tambahkan 0,5 mL asam
borat (boric acid-sodiumformat) 1.8%.Diagnosis ISK yang akurat bergantung pada identifikasi
gejala klinis yang dijelaskan di atas dalam hubungannya dengan tes laboratorium yang positif.
Untuk menegakkan diagnosis ISK, tes laboratorium positif meliputi (i) urinalisis yang
menunjukkan adanya infeksi (piuria atau bakteriuria) dan (ii) kultur urin positif yang tumbuh
setidaknya 50.000 unit pembentuk koloni (CFU)/mL uro - patogen dari spesimen urin yang
dikumpulkan dengan tepat. Mendapatkan spesimen urin yang dikumpulkan dengan tepat
sebelum pemberian antibiotik merupakan salah satu hambatan mendasar untuk diagnosis ISK
yang akurat. Secara klinis, ada empat metode pengumpulan urin, masing-masing dengan manfaat
dan tantangannya sendiri. Cara termudah adalah dengan mengumpulkannya dalam kantong
plastik yang menempel pada perineum.Kultur urin adalah metode standar untuk mendiagnosis
ISK. Hasil kultur urin harus dianggap terkontaminasi jika ada pertumbuhan lebih dari satu
organisme, pertumbuhan organisme kulit yang khas atau jumlah CFU yang rendah. Jika keadaan
seperti itu dan jika masih ada kecurigaan ISK yang tinggi, kultur urin harus diulang. Sayangnya,
dibutuhkan setidaknya 18 jam untuk mendeteksi pertumbuhan bakteri dan 48-72 jam untuk
mengidentifikasi antibiotik mana yang sesuai. Jadi, ketika memutuskan apakah akan memulai
terapi antibiotik empiris, dokter secara rutin mengandalkan indeks kecurigaan klinis dan hasil
urinalisis. Hasil dipstick urin yang paling diperhatikan untuk diagnosis ISK adalah tes biokimia
untuk mendeteksi keberadaan nitrit atau esterase leukosit. (sebagai penanda pengganti piuria).
Tes nitrit urin bukanlah penanda ISK yang sensitif pada anak-anak. Konversi nitrat makanan
menjadi nitrit oleh organisme Gram-negatif enterik dalam urin membutuhkan waktu sekitar 4
jam. Oleh karena itu, hasil tes nitrit negatif memiliki nilai yang kecil dalam menyingkirkan ISK.
Selain itu, tidak semua patogen kemih mereduksi nitrat menjadi nitrit. Kehadiran nitrit urin
sangat membantu ketika hasilnya positif, karena sangat spesifik (yaitu beberapa hasil positif
palsu). Berbeda dengan nitrit urin, sensitivitas tes esterase leukosit adalah 94% bila digunakan
dalam konteks dugaan ISK secara klinis. Namun, hasil esterase leukosit positif harus ditafsirkan
dengan hati-hati karena hasil positif palsu sering terjadi. Kondisi lain selain ISK berhubungan
dengan leukosit dalam urin dan termasuk penyakit Kawasaki, hiperkalsiuria, radang usus buntu,
glomerulonefritis atau bahkan olahraga berat. Oleh karena itu, deteksi piuria sama sekali tidak
mengkonfirmasi diagnosis ISK[3]. ISK adalah infeksi bakteri yang paling umum, terhitung lebih dari
1 juta kunjungan gawat darurat setiap tahun di Amerika Serikat, mengakibatkan sekitar 100.000
rawat inap. Lebih lanjut, lebih dari 90% ISK disebabkan oleh Enterobacterales. Dengan demikian,
mengoptimalkan penggunaan agen antimikroba pada pasien dengan ISK sangat penting untuk
mengobati Enterobacterales penghasil ESBL dengan benar. Tes Cica-beta adalah alat yang
berpotensi berguna untuk mengoptimalkan agen antimikroba pada pasien yang diduga terinfeksi
Enterobacterales penghasil ESBL karena dapat mendeteksi ESBL dari koloni bakteri dalam waktu
singkat. Namun, belum divalidasi dengan baik apakah tes Cica-beta dapat mendeteksi ESBL
langsung dari sampel urin. frekuensi Enterobacterales penghasil ESBL telah diremehkan, dan
penyebaran sebenarnya mungkin lebih serius daripada yang diperkirakan sebelumnya. Karena
Enterobacterales adalah salah satu bakteri patogen paling umum yang menyebabkan infeksi
saluran kemih (ISK), penyebaran cepat Enterobacterales yang memproduksi ESBL membuat sulit
untuk memilih terapi antimikroba awal yang tepat pada pasien dengan ISK. Meskipun
pengobatan spektrum luas awal membantu memastikan bahwa infeksi diobati secara efektif,
penggunaan berlebihan agen antimikroba spektrum luas mendorong resistensi antimikroba
tambahan dan efek samping. Meskipun kultur urin adalah standar emas untuk mengkonfirmasi
organisme penyebab ISK, dibutuhkan setidaknya 48-72 jam untuk mendapatkan hasil tes
kerentanan antimikroba. Dengan demikian, tes titik perawatan untuk memprediksi
Enterobacterales penghasil ESBL dan memandu terapi antimikroba awal yang sesuai semakin
diinginkan[4].Sampel urin dikumpulkan dengan metode “tangkapan bersih” aliran tengah standar
dari semua wanita hamil, dalam wadah steril bermulut lebar yang dapat ditutup dengan penutup
yang rapat. Pemeriksaan mikroskopis dari film basah urin yang tidak disentrifugasi dilakukan
untuk mendeteksi keberadaan sel nanah, eritrosit, mikroorganisme, gips, dll. Sampel diproses
menggunakan prosedur mikrobiologi standar. Spesimen dibiakkan pada cawan kering agar
MacConkey, agar Darah Domba dengan atmosfer 5-10% CO2 dan agar-agar Cystine Lactose
Electrolyte Deficient, dengan metode loop standar dan diinkubasi pada suhu 37°C semalaman.
Hasil kultur diinterpretasikan sebagai signifikan dan tidak signifikan, menurut kriteria standar.
Organisme diidentifikasi dengan metode rutin dari sampel yang menunjukkan bakteriuria yang
signifikan. Uji difusi cakram Kirby-Bauer standar dari Institut Standar Klinis dan Laboratorium
(sebelumnya NCCLS) digunakan untuk pengujian kerentanan antibiotik dan interpretasi yang
sesuai dilakukan. Antibiotik yang diuji adalah: imipenem, pipercillin-tazobactum, amikasin,
nitrofurantion, ceftazidime, cefotaxime, kotrimoksazol amoksisilin-asam klavulanat, norfloksasin,
ciprofloxacin, eritromisin, dan dianalisis menggunakan rerata, media ampisilin. ) tes. Nilai P
(predictive) < 0,05 dianggap sebagai hubungan yang signifikan antar variabel yang diuji.
Bakteriuria asimtomatik ditemukan pada 2 sampai 10% wanita hamil dan cenderung berkembang
menjadi pielonefritis akut, ISK postpartum, penyakit hipertensi, anemia, prematuritas, bayi berat
lahir rendah dan kematian prenatal jika tidak diobati. Bakteriuria asimtomatik adalah diagnosis
mikroba berdasarkan isolasi jumlah bakteri kuantitatif tertentu dalam spesimen urin yang
dikumpulkan dengan benar dari wanita hamil tanpa tanda atau gejala ISK. Jadi kultur urin adalah
teknik skrining standar emas untuk bakteriuria asimtomatik selama kehamilan. Organisme yang
paling umum menginfeksi adalah Escherichia coli, yang bertanggung jawab atas 75-90%
bakteriuria selama kehamilan. 40% dari kasus bakteriuria asimtomatik berkembang menjadi ISK
simtomatik akut[5].