Berdasarkan struktur tubuh dan cara infeksi terhadap inang mikoriza dapat dibedagan menjadi

tiga jenis yaitu:

a. Ektomikoriza

Perakaran ektomikoriza tidak memiliki rambut akar dan tertutup oleh selaput hifa yang mirip
dengan jaringan inang. Ektomikoriza merupakan jamur yang pendek, bercabang dua, dan
terkadang mirip tandan yang rapat. Ektomikoriza mempunyai sifat antara lain akar yang terkena
infeksi membesar, bercabang, rambut-rambut akar tidak ada, hifa menjorok keluar dan berfungsi
sebagai alat yang efektif untuk menyerap air dan unsur hara, hifa tidak masuk ke dalam jaringan
tetapi hanya berada di dinding jaringan korteks.

b. Ektendomokoriza

Merupakan jamur yang mempunyai ciri-ciri: adanya selubung jaringan yang tipis berupa Hartiq,
hifa juga dapat menginfeksi dinding sel korteks dan juga sel-sel korteksnya.

c. Endomikoriza

Jamur ini tidak membentuk selubung yang padat melainkan membentuk miselium yang tersusun
longgar di permukaan akar. Selain itu jamur juga membentuk vasikular dan arbuskular. Menurut
Siti dalam Wikipedia (2011), vesikular merupakan suatu struktur berbentuk lonjong atau bulat
yang mengandung cairan lemak dan berfungsi sebagai organ penyimpanan makanan atau
berkembang menjadi klamisdospora yang berfungsi sebagai organ reproduksi dan struktur tanah.
Sedangkan arbuskular adalah struktur hifa yang bercabang-cabang seperti pohon kecil yang
mirip haustorium ( membentuk pola dikotom) yang berfungsi sebagai tempat pertukaran nutrisi
antara tanaman inang dengan jamur.