Alpha (B.1.1.

7)

Varian Alpha (B.1.1.7) memiliki kemampuan transmisi 43-82% lebih tinggi, namun tidak memengaruhi
keparahan gejala penyakit. Gejala yang lebih sering dijumpai pada varian ini adalah batuk, nyeri
tenggorokan, kelelahan (fatigue), dan mialgia. Sedangkan anosmia lebih jarang ditemukan. Secara
epidemiologis, varian Alpha banyak ditemukan pada pasien berusia muda, namun tidak menutup
kemungkinan bahwa virus ini ditemukan pada pasien berusia 40 tahun keatas.

Varian Beta (B.1.351)

memiliki kemampuan transmisi 1,5 kali lebih tinggi dari strain referensi dan berpotensi meningkatkan
laju fatalitas. Belum ada data terkait gejala yang dijumpai pada varian ini. Secara demografis, varian ini
dijumpai pada pasien berusia muda. Varian ini mempunyai 12 mutasi [L18F, D80A, D215G, LAL 242−244
del, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G, dan A701V] [K1655N], [P71L], [T205I]. Vaksin AstraZeneca
dilaporkan tidak efektif melawan varian Beta, oleh karena itu distribusi vaksin ini dihentikan sementara
di Afrika Selatan.

Gamma (P.1)

Varian ini memiliki 17 mutasi: [L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y,
T1027I, dan V1176F] [S1188L, K1795Q, dan E5665D], [E92K [P80K] [SGF 3675-3677del] Gamma adalah
varian SARS-CoV-2 yang mengakumulasi jumlah mutasi (12 mutasi). Varian ini diprediksi meningkatkan
laju reinfeksi, dan menurunkan efikasi dari terapi dan vaksin yang sudah tersedia sekarang. 15 Varian
Gamma (P.1) mempunyai kemampuan transmisi 2,6 kali dan kelipatannya lebih tinggi. Varian ini
dilaporkan meningkatkan mortalitas namun hal ini bisa dikarenakan faktor kelebihan beban layanan
kesehatan yang terjadi bersamaan. Belum ada data publikasi terkait gejala, persebaran demografi, laju
reinfeksi, muatan viral, maupun deteksi oleh tes cepat antigen yang dipengaruhi oleh varian ini.

Delta (B.1.617.2)

Omicron (B.1.1.529)

Varian Omicron memiliki lebih dari 50 mutasi

Lambda (C.37)

Mu (B.1621)
KARAKTERISTIK VARIANTS OF CONCERNS (VOC) DARI SARS-COV-2 DAN KEMAKNAAN KLINIS Variants of
Concern (VoC) virus SARS-CoV-2 mengacu pada virus yang mengalami peningkatan mutasi spike protein
secara drastis. Peningkatan afinitas dalam kompleks domain protein RBD dengan reseptor ACE2 pada
manusia berkaitan dengan kecepatan penularan.34 Alpha (B.1.1.7) Sebanyak 47% dari perubahan
genetik varian Alpha yang dilaporkan terjadi pada protein S, termasuk RBD. Mutasi ini berperan dalam (i)
mengubah interaksi dengan reseptor ACE2 di manusia sehingga meningkatkan laju infeksi; (ii)
membahayakan efikasi dari antibodi penetralisir dan sel T spesifik yang dikeluarkan saat infeksi maupun
vaksinasi; atau (iii) mengubah sensitivitas terhadap netralisasi oleh antibodi monoklonal atau serum dari
pasien yang sembuh, dan membahayakan efikasi dari pengobatan. Tiga mutasi varian Alpha yang paling
berpotensi memengaruhi karakter biologis dari virus adalah H69-V70del, N501Y, dan P681H.15 Varian
Alpha (B.1.1.7) memiliki kemampuan transmisi 43-82% lebih tinggi, namun tidak memengaruhi
keparahan gejala penyakit.6 Pendapat berbeda disampaikan oleh studi lain, yaitu varian Alpha
berpotensi meningkatkan keparahan dan mortalitas COVID-19.7 Gejala yang lebih sering dijumpai pada
varian ini adalah batuk, nyeri tenggorokan, kelelahan (fatigue), dan mialgia. Sedangkan anosmia lebih
jarang ditemukan. Secara epidemiologis, varian Alpha banyak ditemukan pada pasien berusia muda,
namun tidak menutup kemungkinan bahwa ini merupakan artefak statistik. Tidak ada pengaruh
signifikan dari varian ini terhadap kecepatan reinfeksi, muatan viral, dan deteksi oleh tes cepat
diagnostik antigen. Namun pada tes RT-PCR, varian ini berpotensi tak terdeteksi karena gen S
meloloskan diri (S-gene dropout).6 Sebuah artikel pracetak terbitan Departemen Kesehatan Masyarakat
Inggris menunjukkan vaksin Pfizer 93% efektif terhadap varian B.1.1.7 pada dua minggu setelah dosis
kedua dan vaksin AstraZeneca 66% efektif terhadap B.1.1.7 pada dua minggu setelah dosis kedua.
Namun kedua merek vaksin hanya 50% efektif terhadap gejala dari varian B.1.1.7 tiga minggu setelah
dosis pertama.35 Studi in vitro menunjukkan efikasi vaksin Moderna terhadap varian Alpha, namun
terdapat penurunan level antibodi penetralisir secara signifikan terhadap varian ini, dikarenakan mutasi
E484.36 Beta (B.1.351) Varian Beta (B.1.351) memiliki kemampuan transmisi 1,5 kali lebih tinggi dari
strain referensi dan berpotensi meningkatkan laju fatalitas. Belum ada data terkait gejala yang dijumpai
pada varian ini. Secara demografis, varian ini dijumpai pada pasien berusia muda. Satu studi
menunjukkan reinfeksi oleh varian ini tidak tergantung terhadap status serologi. Kemampuan
mendeteksi materi virus oleh RT-PCR maupun tes cepat diagnostik antigen tidak dipengaruhi oleh varian
ini, namun dilaporkan muatan viral varian ini cenderung tinggi.6 Fitur signifikan dari varian tersebut
adalah laju transmisi yang lebih tinggi. Varian ini mempunyai 12 mutasi non-sinonim dan satu delesi
dibandingkan dengan strain referensi dari Wuhan. Sekitar 77% dari mutasi berlokasi di protein S [L18F,
D80A, D215G, LAL 242−244 del, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G, dan A701V] dan sisanya berlokasi
di ORF1a [K1655N], protein E [P71L], dan protein N [T205I]. Kebanyakan mutasi berada pada area
imunodominan, yaitu NTD dan RBD sehingga varian ini diperkirakan dapat menghindar dari antibodi
penetralisir dan membahayakan efikasi vaksin.15 Jurnal Penyakit Dalam Indonesia | Vol. 9, No. 1 |
Maret 2022 | 65 Mutasi dan Varian Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Tinjauan Literatur Terkini
Varian B.1.351 tidak hanya refrakter terhadap netralisasi antibodi monoklonal kebanyakan melawan
NTD, namun juga oleh antibodi monoklonal individual melawan RBD, yang disebabkan oleh mutasi
substitusi E484K. Lebih lanjut, dibandingkan dengan SARS-CoV-2 tipe liar, B.1.351 lebih resisten
terhadap plasma konvalesen dan serum orang yang telah divaksin. B.1.351 dan berbagai varian yang
muncul dengan mutasi serupa di protein S menghadirkan tantangan bagi terapi antibodi monoklonal
dan mengancam efikasi dari vaksin yang tersedia saat ini.37 Vaksin AstraZeneca dilaporkan tidak efektif
melawan varian Beta, oleh karena itu distribusi vaksin ini dihentikan sementara di Afrika Selatan.36
Gamma (P.1) Varian ini memiliki 17 mutasi non-sinonim: [L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T,
E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, dan V1176F] pada protein S, [S1188L, K1795Q, dan E5665D] di
ORF1ab, [E92K] di ORF8, dan [P80K] di protein N; 1 delesi: [SGF 3675-3677del] di ORF1ab; dan empat
mutasi sinonim. Gamma adalah varian SARS-CoV-2 yang mengakumulasi jumlah mutasi di protein S
terbanyak (12 mutasi). Varian ini diprediksi meningkatkan laju reinfeksi, dan menurunkan efikasi dari
terapi dan vaksin yang sudah tersedia sekarang.15 Varian Gamma (P.1) mempunyai kemampuan
transmisi 2,6 kali dan kelipatannya lebih tinggi. Varian ini dilaporkan meningkatkan mortalitas namun hal
ini bisa dikarenakan faktor kelebihan beban layanan kesehatan yang terjadi bersamaan. Belum ada data
publikasi terkait gejala, persebaran demografi, laju reinfeksi, muatan viral, maupun deteksi oleh tes
cepat antigen yang dipengaruhi oleh varian ini. Tes deteksi oleh RT-PCR mampu mengenali varian
Gamma, tanpa efek berarti.6 Varian ini menunjukkan penurunan sensitivitas terhadap antibodi
monoklonal, plasma atau serum dari pasien sembuh atau orang yang sudah divaksin.38 Delta (B.1.617.2)
Alur virus yang diekstraksi di India mempunyai dua substitusi asam amino penting (L452R dan E484Q) di
RBD pada protein S. Varian “bermutasi ganda” ini memiliki tiga subvarian (B.1.617.1, B.1.617.2, dan
B.1.617.3), yang dibagi berdasarkan mutasi di protein S. Subvarian B.1.617.2 dinamakan varian Delta
oleh WHO.2,15 Terdapat mutasi D614G, substitusi pada posisi 614, yaitu substitusi asam aspartat
menjadi glisin, yang juga dimiliki oleh varian Alpha, Beta, dan Gamma. Mutasi ini dikaitkan dengan angka
transmisi yang tinggi. Mutasi L452R meningkatkan afinitas protein S kepada reseptor ACE2 dan
menurunkan kemampuan sistem imun dalam mengenali virus. Mutasi P681R dapat meningkatkan
infektivitas dari varian.15,39 Di Maret 2021, deteksi varian ini sementara sesuai dengan kondisi
peningkatan kasus, dan varian ini dilaporkan pada 15-20% sampel pasien. Belum ada data tentang
pengaruh varian ini terhadap gejala klinis, keparahan penyakit, perubahan pada inang, dan dampak
terhadap diagnosis.6 Sebuah artikel pracetak terbitan Departemen Kesehatan Masyarakat Inggris
menunjukkan vaksin Pfizer 88% efektif terhadap varian B.1.617.2, dua minggu setelah dosis kedua dan
vaksin AstraZeneca 60% efektif terhadap B.1.617.2 pada dua minggu setelah dosis kedua. Namun kedua
merek vaksin hanya 33% efektif terhadap gejala dari varian B.1.617.2 tiga minggu setelah dosis
pertama.35 Omicron (B.1.1.529) Varian Omicron ditetapkan sebagai VoC karena Omicron memiliki
beberapa mutasi yang mungkin berdampak pada kecepatan penyebaran atau tingkat keparahan
penyakit yang ditimbulkan. Variasi protein spike ditentukan oleh 30 mutasi (15 diantaranya terjadi di
RBD), 3 delesi, dan 1 minor insersi.40 Varian Omicron memiliki lebih dari 50 mutasi termasuk mutasi
pada protein spike 26-32, substitusi asam amino, penghapusan, dan penyisipan kode gen [1,7]. Dari
berbagai mutasi yang dicatat, hanya sekitar 12 yang sudah pernah terjadi pada varian sebelumnya.
Mutasi kritis pada protein spike adalah G339D, S371L, S373P, S375F, K417 N, N440K, G446S, S477 N,
T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, dan Y505H.41 Substitusi asam amino ini terjadi di regio
RBD. Menariknya, Varian Omicron membawa mutasi yang ditemukan pada VoC lain yaitu Varian Alpha
yang mengalami delesi pada protein spike posisi 69–70 yang mengarah pada dropout gen S atau
kegagalan target gen S. Varian Omicron memiliki tiga mutasi kunci yang mirip dengan yang ditemukan di
Beta dan Gamma yang dapat menetralisir kekebalan. Selain itu, varian Omicron mengalami mutasi dekat
dengan situs pembelahan seperti pada varian Delta. Berdasarkan mutasi ini, diperkirakan bahwa Varian
Omicron mungkin memiliki karakteristik yang mirip dengan semua varian lainnya, setidaknya pada
tingkat molekuler.41,42 Mutasi yang lebih banyak terjadi di protein S pada varian Omicron dibandingkan
Delta mengindikasikan bahwa Varian Omicron mungkin resisten secara imunologis terhadap antibodi
(Tabel 1).40 Namun, studi yang dilakukan oleh Fratev, dkk. menunjukkan bahwa efek total mutasi klaster
pada interaksi permukaan hACE2 mungkin serupa dengan varian Alpha

Pencegahan

Pencegahan COVID-19 bertujuan untuk menjaga keselamatan kita sendiri dan orang lain. Tindakan
pencegahan merupakan kunci penerapan di pelayanan kesehatan dan masyarakat. Langkah-langkah
pencegahan yang paling efektif di masyarakat meliputi: melakukan kebersihan tangan menggunakan
hand sanitizer jika tangan tidak terlihat kotor atau cuci tangan dengan sabun jika tangan terlihat kotor,
menghindari menyentuh mata, hidung dan mulut, terapkan etika batuk atau bersin dengan menutup
hidung dan mulut dengan lengan atas bagian dalam atau tisu, lalu buanglah tisu ke tempat sampah,
pakailah masker medis jika memiliki gejala pernapasan dan melakukan kebersihan tangan setelah
membuang masker, menjaga jarak (minimal 1 m) dari orang yang mengalami gejala gangguan
pernapasan

. Beberapa langkah pencegahan yang direkomendasikan oleh World Health Organization (WHO)
yaitu24 : 1. Secara teratur dan menyeluruh bersihkan tangan dengan usapan alkohol (alcohol rub) atau
cuci dengan sabun dan air. Mencuci tangan dengan sabun dan air atau menggunakan alcohol rub akan
membunuh virus yang mungkin ada ditangan.

2. Menjaga jarak setidaknya 1 meter antar individu. Ketika seseorang batuk, bersin, atau berbicara,
droplet akan disemprotkan dari hidung atau mulut yang mungkin mengandung virus. Jika terlalu dekat,
droplet tersebut dapat terhirup, termasuk virus COVID-19 didalamnya

3. Hindari pergi ke tempat yang ramai di mana orang-orang berkumpul bersama, kita lebih mungkin
untuk melakukan kontak dengan seseorang yang terjangkit COVID-19 dan lebih sulit untuk menjaga
jarak fisik 1 meter.

4. Hindari menyentuh mata, hidung, dan mulut. Tangan menyentuh banyak permukaan dan secara tidak
sengaja virus dapat melekat kepadanya. Setelah terkontaminasi, tangan dapat memindahkan virus ke
mata, hidung, atau mulut. Dari poin tersebut, virus dapat masuk ke tubuh dan menginfeksi.

5. Pastikan mengikuti kebersihan pernapasan yang baik, seperti menutupi mulut dan hidung dengan siku
saat batuk atau bersin, kemudian segera buang tisu bekas (jika digunakan) dan cuci tangan. Dengan
mengikuti kebersihan pernapasan yang baik, kita akan melindungi orang-orang sekitar dari virus.

6. Tetap di rumah dan isolasi diri. Jika harus meninggalkan rumah, menggunakan masker untuk
menghindari kontak dengan orang lain. Menghindari kontak dengan orang lain akan melindungi kita dan
orang lain dari kemungkinan terjangkit COVID-19.

7. Jika mengalami demam, batuk, dan sulit bernapas, cari bantuan medis, tetapi dianjurkan untuk
menelepon terlebih dahulu jika memungkinkan dan ikuti petunjuk dari otoritas kesehatan setempat.
Menelepon terlebih dahulu akan memungkinkan penyedia layanan kesehatan dengan cepat
mengarahkan ke fasilitas kesehatan yang tepat. Hal ini juga akan melindungi dan membantu mencegah
penyebaran virus.

8. Senantiasa mencari informasi terbaru dari sumber terpercaya, seperti dari laman situs WHO atau
otoritas kesehatan lokal dan nasional. Otoritas lokal dan nasional paling baik ditempatkan untuk
memberi nasihat tentang apa yang harus dilakukan orang di setiap daerah.