Zumrotul Mukaffa telah menerbitkan sembilan jurnalnya dengan judul:
https://lecturer.uinsby.ac.id/index.php/example/detaildosen/424 a. Pengembangan Model Madrasah Inklusif (Studi atas Kesiapan dan Model Pengembangan Kurikulum Madrasah Inklusif MI AL-Hidayah Margorejo Surabaya; b. A New Account On The Potrait Of Ibrahim Asmarakandi And His Sufism Approach In Islamization Of Java; c. Ulama Hijaz-Jawa Pertengahan Abad Xix M; Syeikh Nawawi Al-Bantani Dan Pendidikan Tasawuf; d. Existentialism in the Development of Islamic Education Institutions: A Portrait of Excellent School Development of Yapita Primary School Surabaya; e. DEPRIVASI RELATIF KOMPETENSI KEPEMIMPINAN GURU PAI: Kajian Komparatif Guru Akidah Akhlak Berkuali kasi S1 dan Guru Tugas Pesantren Lulusan MA; f. Transformasi Negasi Dimensi Kehambaan Pengamal Shalawat Wahidiyah dan Implementasinya pada Lembaga Pendidikan Formal ; g. Sunan Ampel dan Nilai Etis Islam Nusantara: Dari Tantra Bhairawa kepada Praktik Keagamaan Niir-Kekerasan; h. Peranan Ulama'''' Pesantren Salam Pendidikan Masyarakat: Potret Keulamaan KH.M.A. Sahal Mahfudz; i. Madrasah Diniyah Sebagai Pola Diseminasi Islam Moderat di Pesantren Mahasiswa Darussalam Keputih Surabaya. 2. Beliau menempuh program sarjananya di Universitas Islam Malang, dan untuk program magister dan doktoralnya dari IAIN Sunan Ampel