Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biology Direct (2016) 11:28

DOI 10.1186/s13062-016-0131-8

RISET Akses terbuka

Konsekuensi evolusioner poliploidi pada

prokariota dan asal usul mitosis dan
meiosis
Alexander V. Markov* dan Ilya S. Kaznacheev

Abstrak
Latar belakang: Asal usul sifat spesifik eukariota seperti mitosis dan reproduksi seksual masih diperdebatkan. Ada bukti yang berkembang bahwa
mitosis dan seks eukariotik (yaitu, pergantian syngamy dan meiosis) mungkin sudah ada di eukariota basal. Sistem perkawinan archaeon halophilic
Haloferax volcanii mungkin mewakili tahap peralihan antara jenis kelamin prokariotik dan eukariotik yang khas. H. volcanii sangat poliploid, serta
banyak Archaea lainnya. Di sini, kami menggunakan simulasi komputer untuk mengeksplorasi hasil genetik dan evolusi poliploid pada prokariota
amitotik dan kemungkinan perannya dalam asal usul mitosis, meiosis, dan jenis kelamin eukariotik.

Hasil: Pemodelan menunjukkan bahwa poliploidi dapat memberikan keuntungan evolusioner jangka pendek yang kuat bagi prokariota amitotik.
Namun, itu juga mendorong akumulasi mutasi resesif yang merusak dan risiko kepunahan dalam jangka panjang, terutama di lingkungan yang sangat
mutagenik. Ada beberapa kemungkinan strategi yang dapat digunakan poliploid amitotik untuk mengurangi biaya genetik poliploidi sambil tetap
mempertahankan manfaatnya. Menariknya, sebagian besar strategi ini mirip dengan komponen atau aspek seks eukariotik yang berbeda. Mereka
termasuk siklus ploidi aseksual, pemerataan salinan genom dengan konversi gen, transfer gen lateral frekuensi tinggi antar kerabat, pertukaran
kromosom ditambah dengan rekombinasi homolog, dan evolusi distribusi kromosom yang lebih akurat selama pembelahan sel (mitosis).

Akuisisi mitosis oleh poliploid amitotik menghasilkan diversifikasi dan spesialisasi kromosom. Pada akhirnya, itu mengubah sel poliploid menjadi
sel monoploid fungsional dengan banyak kromosom unik dan sangat berlebihan.
Spesialisasi kromosom membuat mode pengocokan kromosom promiscuous yang berevolusi sebelumnya merusak.
Hal ini dapat mengakibatkan tekanan selektif untuk mengembangkan mekanisme pemasangan homolog yang akurat, dan, akhirnya, meiosis.

Kesimpulan: Munculnya mitosis dan langkah evolusioner pertama menuju seks eukariotik dapat terjadi pada poliploid leluhur, proto-eukariotik
amitotik, karena mereka berjuang untuk bertahan hidup di lingkungan yang sangat mutagenik komunitas mikroba air dangkal Proterozoikum Awal,
melalui suksesi dari tahapan berikut: (1) perolehan pertukaran genetik antar individu berfrekuensi tinggi digabungkan dengan rekombinasi homolog;
(2) akuisisi mitosis, diikuti oleh diversifikasi dan spesialisasi kromosom yang cepat; (3) evolusi sinapsis homolog dan meiosis.

Bukti tambahan yang sesuai dengan skenario ini termasuk akuisisi massal keluarga baru gen paralog oleh eukariota basal, dan baru-baru ini
ditemukan korelasi antara poliploidi dan keberadaan histon di Archaea.

Reviewer: Artikel ini direview oleh Eugene Koonin, Uri Gophna dan Armen Mulkidjanian. Untuk ulasan lengkap, silakan buka bagian komentar
Peninjau.

Kata kunci: Evolusi seks, Asal eukariota, Mitosis, Meiosis, Transfer gen lateral, Rekombinasi, Poliploidi

* Korespondensi: markov_a@inbox.ru
Fakultas Biologi, Departemen Evolusi Biologi, Universitas Negeri MV
Lomonosov Moscow, Leninskie Gory, 1, Bldg. 12, Moskow 119991, Rusia

© 2016 Penulis. Akses Terbuka Artikel ini didistribusikan di bawah ketentuan Lisensi Internasional Creative Commons
Attribution 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), yang mengizinkan penggunaan, distribusi, dan reproduksi
tanpa batas dalam media apa pun, asalkan Anda memberikan kredit yang sesuai untuk penulis asli dan sumbernya, berikan
tautan ke lisensi Creative Commons, dan tunjukkan jika ada perubahan. Pengesampingan Dedikasi Domain Publik Creative
Commons (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) berlaku untuk data yang disediakan dalam artikel ini, kecuali dinyatakan lain.
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 2 dari 22

Latar risiko degradasi mutasi karena lingkungan yang sangat

Belakang Sistem Perkawinan Archaea dan Asal-usul mutagenik dari habitat air dangkal selama Peristiwa Oksigenasi
Seks Eukariotik Seks Eukariotik, atau amfimiksis (yaitu Hebat [4], invasi intron self splicing tipe II [15], dan peningkatan
adanya syngamy dan meiosis dalam siklus hidup), komplemen gen dan ukuran genom fungsional yang
merupakan ciri sebagian besar eukariota. Asal usul seharusnya cepat selama eukaryogenesis [ 8, 16]; (2) dalam
amphimixis masih bisa diperdebatkan. Beberapa penulis kondisi tertentu, seks adalah cara yang efektif untuk
telah mendalilkan keberadaan eukariota apomiktik mengurangi tingkat akumulasi mutasi yang merugikan [17,
leluhur [1-3]. Namun, ada bukti yang berkembang bahwa 18]; (3) risiko degradasi genetik mungkin lebih tinggi pada
clades eukariotik apomictic diturunkan dari nenek prokariota amitotik poliploid dibandingkan dengan monoploid
moyang amfimictic, dan bahwa evolusi seks terkait erat (seperti dibahas di bawah), sehingga yang pertama mungkin
dengan munculnya ciri-ciri eukariota utama lainnya. Jadi berada di bawah tekanan selektif yang lebih kuat untuk
mungkin saja beberapa bentuk awal dari amphimixis mengembangkan beberapa mekanisme analog dengan seks
telah ada pada eu kariota basal dan bahkan mungkin eukariotik (atau beberapa komponennya). ) sebelum, atau
pada nenek moyang prokariotiknya [4-8]. selama, eukaryogenesis; (4) redundansi genetik poliploid
Dari sudut pandang ini, menarik untuk mencari kemungkinan menghasilkan epistasis negatif di antara alel-alel yang
bentuk peralihan seks di Archaea yang masih ada. Saat ini, bermanfaat (yaitu, mutasi resesif yang merusak memiliki efek
kasus yang paling menjanjikan adalah sistem transfer genetik kecil sampai banyak atau semua salinan gen rusak, di mana
dari archaeon halofilik Haloferax volcanii (Eur yarchaeota: kebugaran menurun dengan cepat), dan epistasis negatif
Halobacteriales). Haloferax mampu mentransfer genetik yang diketahui meningkatkan kemampuan seks untuk meningkatkan
melibatkan pembentukan beberapa jembatan sitoplasma antar efisiensi seleksi terhadap alel dele terious [17, 18].
sel (dan bahkan jaringan sel yang saling berhubungan),
transfer plasmid dan DNA genomik, dan kemampuan setiap
sel untuk menjadi donor dan penerima. materi genetik [9, 10]. Poliploidi pada prokariota: biaya dan manfaat
Fusi sel dapat terjadi dalam kondisi laboratorium ketika Prokariota umumnya diasumsikan hanya memiliki satu
jembatan sitoplasma menjadi tidak stabil (hal ini dapat dicapaikromosom sirkular per sel, dan faktanya banyak prokariota
dengan menurunkan konsentrasi Mg2+ untuk menghilangkan adalah monoploid. Namun, penelitian terbaru menunjukkan
selubung sel [9]), dan mungkin di alam [10]. bahwa poliploidi umum terjadi pada Bakteri dan Archaea
[11]. Secara khusus, poliploid tampaknya menjadi fitur
karakteristik dari sebagian besar clade dalam Euryarchaeota
Gross dan Bhattacharya [4] baru-baru ini meninjau (misalnya, Halobacteriales, Methanosarcinales,
kesejajaran molekul antara meiosis eukariotik dan sistem Thermococcales, dan Methanococcales). Banyak
transfer genetik archaeal dan menyarankan skenario yang Euryarchaeota memiliki 10 hingga 50 salinan genom per
masuk akal dan terperinci untuk transisi evolusioner bertahap sel dalam fase eksponensial dan sekitar dua kali lebih
dari sistem kawin tipe Haloferax ke amphimixis. Satu detail sedikit dalam fase stasioner, sedangkan Crenarchaeota biasanya monoplo
penting yang belum mendapat perhatian dalam konteks ini Kemungkinan keuntungan dari poliploidi pada prokariota
adalah fakta bahwa H. volcanii sangat poliploid, dengan 17 termasuk perbaikan pemecahan DNA untai ganda yang
(rata-rata) salinan genom per sel selama fase eksponensial efisien dengan rekombinasi homolog ([11, 21], tetapi lihat:
dan 10 selama fase stasiun ary [11, 12 ]. Banyak Archaea [22]), tingkat sintesis protein yang lebih tinggi di lingkungan
lainnya juga poliploid (lihat di bawah). Fakta ini meragukan yang terbatas, menahan ekspresi fenotipik dari resesif yang
gagasan bahwa seks eukariotik awalnya berevolusi untuk merusak mutasi, dan penggunaan DNA genom berlebihan
mempromosikan perbaikan kerusakan DNA untai ganda sebagai polimer penyimpanan fosfat [23].
dengan rekombinasi homolog [4, 13, 14], karena sel poliploid Ada juga biaya untuk poliploidi, salah satu yang paling
memiliki cukup salinan genomnya sendiri dan tidak memerlukan penting adalah risiko akumulasi alel resesif (atau resesif
DNA asing untuk ini. tujuan. sebagian) yang merusak. Hasil evolusi di sini sangat
bergantung pada cara di mana salinan genom dipisahkan
Secara teoritis, poliploidi pada prokariota dapat memiliki selama pembelahan sel. Monoploid Bakteri dan Archaea,
hasil genetik dan evolusi yang menarik, terutama jika serta banyak plasmid, memiliki mekanisme yang efektif (secara
mekanisme distribusi kromosom selama pembelahan sel tidak fungsional analog dengan mitosis eukariotik) segregasi DNA
terlalu akurat dan tepat (yaitu, tidak ada mitosis). Dalam yang akurat selama pembelahan sel [24-26]. Namun, tidak
makalah saat ini, kami mengeksplorasi kemungkinan bahwa ada bukti untuk mekanisme seperti itu (atau siklus sel yang
poliploid pada proto-eukariota leluhur dapat berperan dalam diatur secara ketat) di Archaea poliploid. Archaea halofilik dan
asal usul jenis kelamin eukariotik. Kemungkinan ini berasal Euryarchaeota poliploid lainnya mungkin bergantung pada
dari empat pertimbangan hipotetis: (1) proto-eukariota mungkin distribusi kromosom yang kurang lebih stokastik,
mengalami peningkatan
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
yang cukup untuk memastikan bahwa setiap sel anak akan
memiliki cukup kromosom untuk bertahan hidup asalkan jumlah
salinan genom induknya tinggi [11, 27, 28]. Hal yang sama
berlaku untuk beberapa plasmid nomor salinan tinggi yang tidak
memiliki kontrol nomor salinan [29]. Namun, dalam beberapa
Archaea poliploid, nomor salinan genom tampaknya diatur lebih
atau kurang ketat [12], meskipun tampaknya tidak ada mekanisme
yang mampu memasok setiap sel anak dengan tepat satu salinan
dari setiap kromosom orang tua. Hal yang sama mungkin berlaku
untuk mekanisme distribusi mitokondria selama pembelahan sel
eukariotik [30].
Seharusnya tidak adanya distribusi kromo beberapa yang
akurat dan tepat (mitosis atau analognya) menyiratkan bahwa
archaea poliploid mungkin rentan terhadap akumulasi beban seg
regation. Ini berarti bahwa sel-sel yang hidup seringkali
menghasilkan keturunan yang tidak hidup. Misalnya, sebuah sel
poliploid dengan satu salinan utuh dari masing-masing dari
beberapa gen esensial, tetapi dengan salinan lain yang rusak
akibat mutasi, mungkin dapat hidup sempurna, tetapi peluangnya
untuk menghasilkan keturunan yang hidup dapat diabaikan
asalkan gen utuh tersebar di berbagai tempat. kromosom, dan
bahwa setiap keturunan mendapatkan satu set kromosom selama pembelahan
Selain itu, poliploid amitotik lebih kecil kemungkinannya, dalam diseleksi [35]. Kedua, evolusi pemisahan kromosom saudara
jangka panjang, untuk mendapat manfaat dari redundansi
genetiknya seperti yang terkadang dilakukan eukariota setelah
duplikasi seluruh genom. Dalam poliploid amitotik, sulit bagi dua memungkinkan sel dengan banyak salinan gen berlebihan yang
salinan gen yang terletak pada salinan kromosom yang berbeda
untuk memperoleh fungsi yang berbeda karena tidak ada
mekanisme untuk memastikan pewarisan bersama yang stabil.
Di laboratorium, kendala ini sebagian dapat diatasi dengan seleksi
kuat yang berkelanjutan terhadap homozigot [12, 31], meskipun
seleksi tersebut cenderung menjadi sangat boros dengan
meningkatnya jumlah lokus heterozigot di bawah seleksi.
Pemodelan menyiratkan bahwa spesialisasi parsial salinan genom poliploid dan untuk meminimalkan risiko degradasi genetik. Kami
dimungkinkan dalam poliploid amitotik, tetapi hanya dengan biaya
beban segregasi yang tinggi (lihat di bawah).
Telah dikemukakan bahwa prokariota poliploid, amitotik,
aseksual mungkin sangat rentan terhadap degradasi genetik
melalui ratchet Muller (beroperasi pada tingkat kromosom individu
daripada seluruh genom poliploid, yang tidak dipertahankan
selama pembelahan sel) sehingga mereka mungkin tidak ada.
sama sekali kecuali mereka mengembangkan adaptasi khusus
untuk menghindari akumulasi ireversibel dari alel resesif yang
merusak [12]. Dua adaptasi semacam itu telah dibahas dalam
konteks Archaea poliploid: transfer gen lateral frekuensi tinggi
(LGT) menjadi tween sel yang mirip secara genetik (sejenis)
diikuti oleh rekombinasi homolog [32] dan pemerataan salinan
genom melalui konversi gen [12] .
Ada bukti eksperimental yang kuat bahwa Archaea halofilik
menggunakan kedua strategi tersebut secara ekstensif. Misalnya,
populasi alami gen pertukaran Halorubrum demikian
Halaman 3 dari 22
seringkali tingkat kesetimbangan hubungan dalam genom mereka
mendekati populasi seksual [32].
Dua spesies Haloferax, H. volcanii dan H. mediterra nei, yang
genomnya memiliki sequence identity sebesar 86,6 %, mampu
melakukan pertukaran genetik interspesifik yang menghasilkan
hibrida dari spesies induknya. Seluruh genom sequencing
mengungkapkan pertukaran fragmen DNA hingga 530Kb panjang
(13% dari genom) [33]. Konversi gen (yaitu, rekombinasi homolog
asimetris menghasilkan satu alel "menimpa" yang lain) digunakan
oleh Archaea metanogenik dan halofilik untuk menyamakan
salinan gen, sehingga heterozigot dengan cepat menghilang dari
populasi tanpa adanya seleksi [12, 31]. Menariknya, tanaman
plastida, yang poliploid dan mempertahankan banyak fitur
fisiologis dan genetik nenek moyang bakteri siano mereka, juga
menggunakan konversi gen untuk menyamakan salinan genom,
mungkin untuk menghindari ratchet Muller [34].
Setidaknya ada dua strategi lain yang dapat digunakan
prokariota poliploid untuk memperlambat akumulasi alel yang
merusak. Pertama, siklus ploidi aseksual dapat membantu
mengurangi beban mutasi dengan memproduksi sel monoploid
sel. dan dengan demikian membuka alel resesif untuk
secara berkala
yang akurat dan tepat selama pembelahan sel (mitosis) akan
memindahkan semua beban pemisahan dalam poliploid aseksual,
rusak oleh mutasi untuk hanya menghasilkan keturunan yang
layak.
Di sini, kami menyelidiki urutan evolusi poliploidi jangka
pendek pada prokariota melalui simulasi komputer. Kami
mengeksplorasi efisiensi beberapa kemungkinan strategi (dan
kombinasinya) untuk meningkatkan potensi evolusi prokariota
mencatat bahwa hampir semua adaptasi yang dapat dibayangkan
dari jenis ini tampaknya merupakan komponen penting atau
prasyarat untuk evolusi seks eukariotik pada akhirnya. Kami
melanjutkan untuk berhipotesis, sejalan dengan pekerjaan
sebelumnya [4, 36], bahwa tahap awal eukaryogenesis distimulasi
oleh kondisi yang sangat mutagenik dari habitat perairan dangkal
Proterozoikum Awal pada permulaan Peristiwa Oksigenasi Hebat,
dan bahwa beberapa poliploid Archaea berjuang untuk bertahan
hidup dalam kondisi terbatas ini akhirnya mengembangkan
mitosis, yang merupakan cara paling radikal untuk mengurangi
biaya genetik poliploidi. Kami lebih lanjut berspekulasi bahwa
munculnya mitosis pada Archaea poliploid ami totik awalnya
menghasilkan diversifikasi kromosom, yang, pada gilirannya,
menjadi konflik dengan mode LGT yang berevolusi sebelumnya
dan kombinasi kromosom yang tidak beraturan. Evolusi syngamy
dan meiosis tampaknya merupakan cara logis untuk menyelesaikan
konflik ini.
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
Metode
Kami menyusun model komputer yang mensimulasikan
evolusi populasi organisme uniseluler yang terbatas.
Model ini dirancang untuk mensimulasikan berbagai mode
pertukaran genetik, rekombinasi, dan distribusi kromosom
selama pembelahan sel, dan untuk memungkinkan
perbedaan yang jelas antara biaya evolusi jangka pendek
dan manfaat dari sifat-sifat tersebut (dan kombinasinya).
Dalam model kami, hasil evolusi suatu sifat diungkapkan
oleh dinamika kebugaran rata-rata atau 'kualitas gen' dari
populasi model, yang dapat menunjukkan, misalnya,
pertumbuhan yang melambat, fluktuasi acak di sekitar rata-
rata, penurunan yang stabil, pertumbuhan awal diikuti oleh
penurunan. , atau sebaliknya, tergantung parameternya.
Untuk informasi teknis tentang program komputer, lihat
bagian “Ketersediaan bahan”.
Pada awalnya terdapat N individu dalam populasi model, dan
jumlah ini tidak dapat dilampaui pada generasi selanjutnya. Setiap
sel memiliki kromosom sirkular P yang awalnya identik (salinan
genom). Setiap kromosom mengandung lokus G (gen). Setiap gen
dicirikan oleh 'kualitas kinerja' fg yang berkisar dari 0 hingga 1 dan
dapat turun karena mutasi yang merusak atau meningkat karena
mutasi yang menguntungkan. Awalnya, semua gen memiliki fg = f0
yang sama.
Kemampuan kompetitif ('potensi kebugaran') F sel monoploid dihitung
sebagai produk fs yang dinormalisasi dari semua gennya: F = (fg1/
f0)•(fg2/f0) •…• (fgG/f0). Oleh karena itu, penurunan 5% dalam kinerja
gen apa pun menyebabkan penurunan 5% dalam kemampuan
kompetitif individu. Untuk sel poliploid, salinan terbaik dari setiap gen
digunakan untuk menghitung F. Ini berarti bahwa semua alel
menguntungkan bersifat dominan, semua alel merugikan bersifat
resesif. Awalnya F = 1 untuk semua sel dalam populasi. Sel dengan
F < 0,5 dianggap tidak dapat hidup dan dikeluarkan secara permanen
dari populasi pada awal setiap langkah (generasi).
Pada setiap langkah, sel bereproduksi dengan pembelahan biner
(menghasilkan 2 N individu) dan kemudian menjalani seleksi
(kelangsungan hidup selektif). Kelangsungan hidup sebuah sel dalam
setiap generasi bergantung pada 'kesesuaian efektif'-nya, Fe, yang,
pada gilirannya, bergantung pada kombinasi F relatifnya dan peluang
acaknya. Sejauh mana peluang acak memengaruhi kelangsungan
hidup ditentukan oleh parameter S:
Fe ¼ ð Þ 1ÿS •ð Þ FÿFmin =ð Þ þ FmaxÿFmin S•Rnd;
di mana Fmin, Fmax – F minimum dan maksimum dalam populasi,
Rnd – pecahan acak dari 0 hingga 1. N sel dengan Fe tertinggi
bertahan, yang lain mati. Dengan demikian, kelangsungan hidup
suatu sel bergantung pada F-nya relatif terhadap Fs sel lain dalam
populasi, kecuali sel dengan F < 0,5 dihilangkan secara independen
dari posisinya dalam peringkat.
Batas bawah F ini memungkinkan populasi menurun di bawah N
dan akhirnya mati.
Halaman 4 dari 22
Parameter S dapat digunakan untuk mengatur intensitas drift. Jika
S = 0, tidak ada penyimpangan, dan separuh 'terbaik' dari populasi
(yaitu sel N dengan Fs tertinggi) selalu bertahan (kecuali beberapa
sel dari separuh terbaik memiliki F < 0,5). Jika 0 < S < 0,5, ada
beberapa penyimpangan, tetapi masih ada sebagian individu dengan
Fs tertinggi yang tidak dapat dihilangkan (dan oleh karena itu ratchet
Muller tidak dapat beroperasi pada tingkat individu), dan sebagian
individu dengan terendah Fs yang tidak bisa bertahan. Jika S < 0,5,
perilaku model hampir tidak bergantung pada N, dan hasil yang
diperoleh untuk populasi kecil dapat diekstrapolasi ke populasi yang
lebih besar. Jika S > 0,5, simpangan kuat, dan nasib evolusi populasi
sangat bergantung pada N.
Cara seleksi pemodelan ini meniru persaingan yang intens dalam
populasi untuk mendapatkan sumber daya. Kelangsungan hidup
individu bergantung pada 'kualitas genom' relatifnya, bukan absolut.
Jika S < 0,5, terdapat epistasis negatif antara alel-alel yang
bermanfaat (kasus ekstrim dari epistasis seperti itu, pemilihan
pemotongan, dimodelkan ketika S = 0), yang membuat seks
bermanfaat dalam jangka panjang bahkan dalam populasi yang tak
terbatas [17, 18, 37] .
Pada setiap generasi, setiap gen bermutasi dengan probabilitas
M (laju mutasi per kromosom Uchr = M•G; laju mutasi per genom
poliploid Ugenome = M•G•P). Mutasi bisa merugikan atau
menguntungkan; rasio ditentukan oleh parameter B (tingkat mutasi
yang merugikan: M•(1-B); tingkat mutasi yang menguntungkan: M•B).
Mutasi netral tidak relevan untuk tujuan kita, jadi kita tidak
memodelkannya. Efek merugikan dari mutasi yang merugikan diatur
oleh parameter Kd: fg new = fg old•(1 – Kd); efek positif dari mutasi
menguntungkan ditentukan oleh parameter Kb: fg new = 1 – (1 – fg
old)•(1 – merugikan,
Kb). Jadi, semua
dan semua
mutasimutasi
yang merugikan
yang menguntungkan
sama-samasama-
sama menguntungkan; percobaan kami dengan efek mutasi variabel
mengungkapkan tidak ada perbedaan substansial (data tidak
ditampilkan).
Sebelum pembelahan sel, dalam kasus ploidi konstan (default)
yang paling sederhana, setiap kromosom direplikasi, urutan
kromosom 2P yang dihasilkan dikocok secara acak, dan kemudian
salah satu dari dua sel anak mendapatkan kromosom P pertama,
dan yang lainnya mendapatkan kromosom yang tersisa. Jika
perubahan ploidi diperbolehkan, maka probabilitas distribusi
kromosom yang tidak sama (Q) dan pembelahan sel tanpa replikasi
kromosom sebelumnya (D) ditentukan. Dalam kasus sebelumnya,
setelah replikasi kromosom, satu sel anak menerima kromosom P +
1 (tetapi tidak lebih dari Pmax, batas atas ploidi dalam kondisi ploidi
variabel), dan yang lainnya menerima kromosom P-1 (tetapi tidak
kurang dari 1 ). Dalam kasus terakhir, setiap sel anak menerima
kromosom P/2 (ketika ploidi orangtua genap), atau (P + 1)/2 dan
(P-1)/2 kromosom (ketika ploidi orangtua ganjil). Jika mitosis
diaktifkan, setiap keturunan menerima satu replika
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
setiap kromosom induk. Mitosis saling eksklusif dengan
perubahan ploidi.
Model ini memungkinkan dua mode rekombinasi dalam-
individu dalam sel poliploid: 'konversi gen' dan 'menyeberang'.
Konversi gen ditentukan oleh parameter Rconv (rasio konversi).
Pada setiap generasi, terjadi konversi gen P•N•Rconv . Selama
setiap peristiwa tersebut, panjang kromosom yang dipilih secara
acak dari individu yang dipilih secara acak yang mengandung 1
+ G/20 + Ri(G/10 + 1) gen yang berdekatan digantikan oleh
salinan dari bagian homolog dari gen lain yang dipilih secara
acak. kromosom individu yang sama (di mana Ri(X) adalah
bilangan bulat acak, 0 ÿ Ri(X) < X). Cross ing over (parameter
Rcross) disimulasikan dengan cara yang sama, kecuali bahwa
bagian kromosom ditukar.
Model ini juga memungkinkan tiga mode antara pertukaran
genetik individu: 'transfer gen lateral', 'pertukaran kromosom
rocal resiprokal' dan 'pertukaran kromo resiprokal ditambah
dengan persilangan'. Ketiga proses tersebut dipengaruhi oleh
homologi parameter, yang dapat dihidupkan atau dimatikan
(benar atau salah). Ketika homologi = salah, kromosom acak
dari dua individu dipilih. Ketika homologi = benar, kromosom
pertama dipilih secara acak dari genom sel pertama, sedangkan
yang kedua adalah kromosom sel kedua yang paling mirip (berisi
jumlah maksimum gen identik) dengan kromosom pertama.
Dalam percobaan yang dijelaskan di bawah ini, homologi
dimatikan kecuali secara eksplisit dinyatakan lain.
LGT ditentukan oleh parameter Rlgt dan disimulasikan dengan
cara yang sama seperti konversi gen, kecuali bahwa dua
kromosom yang berpartisipasi adalah milik dua individu berbeda
yang dipilih secara acak. Hal ini berhubungan dengan perolehan
DNA asing melalui konjugasi atau transformasi alami, diikuti
oleh rekombinasi homolog yang menghasilkan penggantian
fragmen kromosom oleh bentangan DNA asing yang homolog.
Mode LGT ini telah terbukti memiliki urutan evolusi yang mirip
dengan seks eukariotik [8, 38].
Pertukaran kromosom resiprokal ditentukan oleh parameter
Rex. Pada setiap generasi, P•N•Rex terjadi pertukaran
kromosom. Selama pertukaran kromosom, dua kromosom yang
dipilih dari dua individu yang berbeda, secara berurutan dipilih
bertukar tempat.
Pertukaran kromosom resiprokal ditambah dengan pindah
silang ditentukan oleh parameter Rpair. Ini disimulasikan sebagai
pertukaran kromosom timbal balik yang diikuti dengan
persilangan antara dua kromosom yang berpartisipasi.
Kromosom dipilih seperti yang ditentukan di atas. Pada setiap
generasi, P•N•Rpair terjadi pertukaran kromosom dengan pindah
silang.
Dalam hasil yang dibahas di bawah ini, kami menganggap
dominasi penuh alel menguntungkan. Dalam kasus dominasi
tidak lengkap (ketika sel poliploid heterozigot untuk a
Halaman 5 dari 22
alel perusak memiliki F lebih rendah daripada sel homozigot
untuk alel menguntungkan) hasil pemodelan agak sepele. Dalam
hal ini, poliploidi setara dengan memiliki genom ger yang lebih
besar dan Ugenom yang lebih tinggi. Oleh karena itu, jika nilai
maksimum M yang dapat ditoleransi oleh monoploid adalah M1,
maka M tertinggi yang dapat diterima untuk poliploid adalah
sekitar M1/P (data tidak ditampilkan). Dalam hal ini, hasil evolusi
poliploidi tidak terlalu menarik. Karena alasan inilah, dan juga
untuk kesederhanaan, kami membatasi analisis kami hanya
pada gen-gen yang satu salinan utuhnya cukup untuk memastikan
kelangsungan hidup sel.
Kami menggunakan kumpulan parameter 'default' yang sama
di sebagian besar percobaan (N = 4000, f0 = 0,99, G = 100, M
= 0,007, B = 0,01, Kd = 0,05, Kb = 0,1, S = 0,3). Kombinasi
parameter ini sesuai dengan populasi lokal yang kecil, tingkat
mutasi yang tinggi, kemungkinan mutasi menguntungkan yang
cukup rendah (yang terakhir, pada kenyataannya, mungkin
cukup sering terjadi pada populasi mikroba di lingkungan baru
[39]), dan intens dalam populasi. persaingan (misalnya, untuk
sumber daya) yang menghasilkan epistasis negatif antara alel
menguntungkan [18], seleksi yang sangat efisien, penyimpangan
genetik yang lemah, dan manfaat seks yang menonjol.
Eksperimen tambahan telah menunjukkan bahwa tren umum
yang ditunjukkan oleh model pada dasarnya sama dalam
spektrum kombinasi parameter yang luas, meskipun detailnya
mungkin berbeda. Adalah di luar cakupan makalah ini untuk
merekonstruksi kondisi yang tepat dari beberapa komunitas
mikroba pra-Kambrium tertentu; kami menggunakan model
terutama untuk mengilustrasikan kemungkinan teoretis dari efek yang dibahas.
Hasil
Poliploidi pada prokariota meningkatkan risiko degradasi
dan kepunahan genetik Kecuali tingkat mutasi (M) cukup
rendah untuk memastikan keberadaan populasi yang stabil
terlepas dari ploidi, monoploid lebih layak daripada poliploid
dalam jangka panjang. Namun, monoploid tidak menguntungkan
dalam jangka pendek (misalnya, selama beberapa ratus
generasi pertama). Misalnya, ketika M cukup tinggi (M = 0,007,
G = 100, Uchr = 0,7), populasi monoploid mencapai
keseimbangan mutasi-seleksi yang stabil dan bertahan tanpa
batas waktu, sementara populasi poliploid menunjukkan
kebugaran yang meningkat selama beberapa ratus generasi
pertama, tetapi kemudian dengan cepat merosot dan mati (Gbr.
1).
Keuntungan jangka pendek dari poliploid adalah karena: (1)
keterlambatan ekspresi fenotipik dari alel resesif yang merusak
yang terakumulasi secara bebas sementara frekuensinya cukup
rendah untuk mencegah produksi keturunan homozigot, dan (2)
peningkatan tingkat mutasi menguntungkan per genom, yang
sama dengan G•M•B pada monoploid dan G•M•B•P pada
poliploid.
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 6 dari 22

Gambar 1 Rata-rata F pada populasi model dengan ploidi (P) berbeda. Parameter: N = 4000, f0 = 0,99, G = 100, M = 0,007, B = 0,01, Kd = 0,05, Kb = 0,1, S = 0,3, ploidi konstan, tanpa LGT, tanpa
rekombinasi

Degenerasi akhirnya disebabkan oleh efisiensi seleksi yang
lebih rendah terhadap alel yang merusak yang menghasilkan
akumulasi beban segregasi yang tinggi. Juga penting adalah fakta
bahwa dalam populasi poliploid, kromosom terbaik yang tersisa
dapat dengan mudah hilang melayang (ratchet Muller pada tingkat
kromosom individu), karena pembawanya dapat memiliki viabilitas
(F) yang sama atau bahkan lebih rendah daripada sel dengan
beberapa kromo yang lebih buruk dalam kombinasi yang lebih
beruntung. Dalam monoploid, kromosom terbaik tidak dapat hilang
melayang (ratchet Muller tidak beroperasi) ketika S <0,5.
Pemodelan menunjukkan bahwa poliploid cenderung kehilangan
kromosom terbaiknya (dengan sebagian besar gen utuh), dan
bertahan untuk selanjutnya karena retensi kuasi-stabil dari
berbagai kombinasi kromosom yang rusak komplementer.
Biasanya ada beberapa jenis kromosom seperti itu di setiap sel,
dengan set gen yang rusak dan utuh yang kurang lebih unik di
setiap jenis (Gbr. 2).
Sel-sel tersebut mungkin memiliki F tinggi dan dapat hidup
sempurna, tetapi beban segregasinya (kemungkinan menghasilkan
keturunan yang tidak hidup) juga tinggi. Ini karena setidaknya satu
kromosom dari setiap jenis harus masuk ke setiap anak perempuan

Gambar 2 Genom dari dua sel yang dipilih secara acak dari generasi ke-500 dari populasi 6-ploid (parameter seperti pada Gambar 1). Angka mewakili fgs (perhatikan bahwa 'kualitas' awal setiap gen f0

sama dengan 0,99); kolom mewakili gen (23 dari 100 gen pertama ditampilkan). Untuk kejelasan, kromosom diurutkan berdasarkan kemiripannya satu sama lain. Alel terbaik di setiap lokus diarsir. Perhatikan
bahwa sel cenderung memiliki dua atau tiga jenis kromosom yang rusak secara komplementer dengan kumpulan gen yang berbeda (hampir) utuh; setiap jenis kromosom diwakili oleh 1-3 salinan
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
sel untuk memastikan kebugaran keturunannya tidak jauh lebih
rendah dari induknya. Kemungkinan distribusi kromosom
keberuntungan tersebut bervariasi menurut tingkat ploidi, jumlah
jenis kromosom, dan jumlah masing-masing jenis kromosom dalam
genom induk.
Populasi dengan ploidi yang lebih tinggi umumnya lebih baik
daripada diploid dan oligoploid karena beberapa alasan.
Pertama, ukuran populasi efektif (jumlah kromosom per populasi)
lebih tinggi pada populasi poliploid, asalkan N konstan. Kedua,
oligoploid tidak sebaik poliploid dalam mengumpulkan mutasi
menguntungkan yang langka, sementara alel yang merusak mulai
diekspresikan dalam fenotipnya segera. Di sisi lain, seleksi terhadap
alel yang merusak menjadi lebih lemah dengan meningkatnya ploidi.
Hasil evolusi poliploidi jangka panjang juga tergantung pada jumlah
tipikal jenis kromosom yang rusak komplementer yang terbentuk
pada usia garis sel selama evolusi (Gbr. 2), yang bergantung pada
parameter, sehingga hubungan yang dihasilkan antara ploidi dan
ketahanan terhadap kepunahan mungkin cukup rumit.
Yang penting, meskipun M cukup rendah untuk memastikan
kelangsungan hidup poliploid, monoploid masih memiliki keunggulan
kebugaran jangka panjang (Gbr. 3).
Poliploidi sebagai 'perangkap evolusioner'
Hasil yang dijelaskan pada bagian sebelumnya menyiratkan bahwa
poliploidi dapat menghadirkan jebakan evolusioner, pertama 'memikat'
Gambar 3 Monoploid menunjukkan pertumbuhan F yang lebih cepat daripada poliploid pada tingkat mutasi yang rendah. M = 0,005; parameter dan sebutan lainnya seperti pada Gambar 1
Halaman 7 dari 22
populasi dengan keuntungan jangka pendek, dan kemudian
membawanya ke kepunahan. Memang, inilah yang terjadi dengan
populasi model ketika ploidi dibiarkan berfluktuasi sesekali, M cukup
rendah untuk bertahan hidup monoploid, tetapi terlalu tinggi untuk
poliploid (Gbr. 4). Dalam kasus ini, sel-sel poliploid dengan cepat
mengungguli sel-sel dengan ploidi yang lebih rendah, mendorong
monoploid wajib menuju kepunahan meskipun kemampuan
evolvabilitas jangka panjang mereka unggul, dan kemudian
melanjutkan untuk mengakumulasi beban genetik dan akhirnya mati.
Hal ini terjadi bahkan jika proporsi awal sel yang mampu distribusi
kromosom tidak sama sangat kecil (data tidak ditampilkan). Poliploidi
menyebar seperti infeksi dan mendorong populasi menuju kepunahan.
Hasil ini menyiratkan bahwa poliploidi adalah strategi evolusi
yang berisiko, dan keberadaan prokariota poliploid yang stabil,
terutama di lingkungan yang sangat mutagenik, memerlukan adaptasi
khusus untuk meningkatkan evolvabilitas dan mengurangi risiko
akumulasi beban genetik yang tidak dapat diubah. Adaptasi tersebut,
bahkan jika tidak menguntungkan pada tingkat individu, dapat
berkembang melalui seleksi kelompok atau seleksi orde kedua untuk
evolvability [40].
Kami menjelajahi efisiensi empat jenis yang mungkin
adaptasi seperti itu.
Siklus ploidi sebagai cara untuk mengurangi beban mutasi
Siklus ploidi aseksual adalah produksi musim semi periodik dengan
ploidi yang lebih rendah, misalnya dengan cara pembelahan sel
tanpa replikasi atau penghancuran kromosom sebelumnya.
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 8 dari 22

Gambar. 4 Proporsi sel dengan ploidi berbeda dalam populasi sel yang mampu distribusi kromosom yang tidak sama selama pembelahan sel. Sel dengan ploidi tertinggi mengalahkan yang lainnya.
Ploidi rata-rata karenanya mendekati maksimum yang diizinkan (dalam hal ini, Pmax = 6), bahkan jika ini akhirnya mengakibatkan kepunahan. Dalam hal ini, populasi awalnya terdiri dari 2000 monoploid
obligat (M) dan 2000 sel ploidi variabel. Yang terakhir awalnya monoploid (V1). Kadang-kadang (dengan probabilitas Q = 0,2) mereka menghasilkan keturunan dengan satu kromosom ekstra (V2 … V6);
jika ploidi induk P > 1, salah satu keturunannya dengan probabilitas 20% mendapat kromosom P-1, dan yang lain mendapat P + 1 (lihat 'Deskripsi model' untuk detail teknis lebih lanjut). Semua parameter
lain seperti pada Gambar. 1. Populasi model ini mati setelah 677 generasi, meskipun akan bertahan tanpa batas waktu jika perubahan ploidi tidak diperbolehkan dan semua sel tetap monoploid

kromosom yang berlebihan, ditambah dengan lipatan ploidi
secara periodik melalui replikasi yang lebih sering atau
pembelahan sel yang lebih jarang. Siklus ploidi telah terbukti
mengurangi beban mutasi pada eukariota aseksual (apomictic)
uniseluler dengan memproduksi sel monoploid dan dengan
demikian mengekspos alel resesif untuk seleksi [35]. Model
kami menunjukkan bahwa siklus ploidi mungkin memiliki efek
menguntungkan yang serupa pada prokariota amitotik poliploid,
tetapi hanya jika divisi reduksi cukup sering untuk memastikan
adanya proporsi substansial sel monoploid dalam populasi.
Pembagian reduksi yang langka bisa jadi tidak berguna atau
bahkan merugikan. Misalnya, jika batas atas ploidi dalam
populasi sel dengan variabel ploidi Pmax = 6, dan probabilitas
reduksi D = 0,2, maka diploid dan triploid, bukan monoploid,
yang akan mendominasi populasi. Akibatnya, populasi akan
merosot dan mati bahkan lebih cepat daripada tanpa
pembagian reduksi, karena dalam kasus terakhir populasi
akan didominasi oleh heksaploid yang umumnya lebih baik
daripada diploid. Alasan lain mengapa pembelahan reduksi
dapat merusak adalah bahwa mereka mendorong gangguan
kombinasi keberuntungan dari kromosom yang rusak sebagian
yang sering menjadi dasar kelangsungan hidup jangka panjang
populasi poliploid.
Namun, jika D cukup tinggi untuk menghasilkan banyak
monoploid di setiap generasi, populasinya dapat diselamatkan
(Gbr. 5). Produksi monoploid sangat penting untuk efek
menguntungkan dari siklus ploidi karena keberadaan monoploid
memungkinkan seleksi pemurnian untuk bertindak secara
efisien melawan alel perusak resesif.
Penyetaraan salinan genom dengan konversi gen sebagai
cara untuk mengurangi beban mutasi Pada Euryarchaeota
poliploid dan plastida tanaman, konversi gen yang sering
(rekombinasi asimetris bagian homolog dari salinan kromosom
yang berbeda) menghasilkan pemerataan salinan genom yang
efektif dan hilangnya salinan genom dengan cepat. heterozigot
dari populasi bahkan tanpa seleksi [12, 31, 34]. Agaknya,
mekanisme ini memungkinkan poliploid amitotik aseksual
untuk melarikan diri ratchet Muller, karena konversi gen
memungkinkan untuk menghasilkan kromosom fungsional dari
dua yang rusak [31, 41].
Model kami menunjukkan bahwa pemerataan salinan
genom dengan konversi gen dapat menyelamatkan populasi
poliploid, tetapi hanya jika proses ini cukup sering untuk
meningkatkan homozigositas secara radikal. Ini relatif mudah
dilakukan pada populasi di- dan oligoploid, tetapi sangat sulit
jika tingkat ploidi tinggi. Jika konversi gen gagal menghasilkan
tingkat homozigositas yang tinggi, itu bisa menjadi tidak
berguna atau bahkan merugikan (Gbr. 6).
Efek positif dari konversi gen berasal dari membawa alel ke
keadaan homozigot dan dengan demikian memaparkannya
pada seleksi, serta dari kemungkinan konstruksi kromosom
yang lebih baik dari dua yang rusak, sehingga ratchet Muller
dapat dihindari. Efek negatifnya disebabkan oleh penghancuran
kombinasi menguntungkan dari kromosom komplementer
yang rusak sebagian (Gbr. 2). Pernyataan terakhir
membutuhkan penjelasan.
Bayangkan sel triploid yang layak (fitness F = 1) dengan
kromosom berikut: (1) 1100101, (2) 1100101, (3)
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 9 dari 22

Gambar 5 Siklus Ploidi dapat merugikan jika jarang terjadi, tetapi menguntungkan jika sering terjadi. Populasi sel monoploid awalnya dengan variabel ploidi, Pmax = 6, tanpa divisi reduksi (D = 0),
didominasi oleh heksaploid dan mati setelah 440 generasi (6-ploid). Dengan 20% divisi reduksi (D = 0,2, 6-ploid_D20%), populasi yang sama mati setelah 290 generasi, karena populasi didominasi oleh
diploid, dan diploid lebih rentan terhadap kepunahan daripada heksaploid (lihat Gambar 1). Namun, divisi reduksi yang lebih sering (D = 0,5, 6-ploid_D50%) menyelamatkan populasi, karena dalam kasus
ini sebagian besar (35-40%) sel dalam setiap generasi adalah monoploid. Parameter lainnya seperti pada Gambar 1

0011010, di mana 1 s mewakili lokus fungsional dan 0 s
mewakili mematikan resesif. Pemodelan menunjukkan bahwa
sel-sel tersebut dengan beberapa salinan dari masing-masing
beberapa jenis kromosom yang rusak komplementer cenderung
mendominasi populasi poliploid (Gbr. 2). Setelah replikasi
kromosom, genom sel akan menjadi: 11'22'33'. Ketika sel
membelah, salah satu dari sepuluh pasang pegas berikut
dapat dihasilkan dengan probabilitas yang sama: 11'2 + 2'33',
11'2' + 233', 11'3 + 22'3', 11'3 ' + 22'3, 122' + 1'33', 123 +
1'2'3', 123' + 1'2'3, 12'3+1'23', 12'3' + 1'23, 133' +1'22'.
Dari 20 keturunan potensial ini, 16 layak dan 4 tidak (beban
segregasi 4/20 = 0,2).
Sekarang bayangkan konversi gen terjadi pada sel induk,
sehingga alel dari kromosom 3 disalin ke posisi homolog pada
kromosom 2 (atau sebaliknya). Jika alel yang disalin berfungsi,
kromosom penerima dapat meningkat, tetapi beban segregasi
tidak akan menjadi lebih kecil kecuali semua alel yang merusak
pada kromosom diganti dengan yang fungsional, yang tidak
mungkin terjadi. Misalnya, untuk genom 1100101, 1100111,
0011010 (satu lokus pada kromosom 2 ditingkatkan dengan
konversi gen), beban segregasi masih 0,2 (fitness juga tetap
sama: F = 1). Namun, jika alel yang disalin merusak, beban
segregasi akan meningkat. Misalnya, untuk genom 1100101,
1100001, 0011010 (satu lokus pada kromosom 2 rusak akibat
konversi gen),
beban segregasi menjadi dua kali lipat (0,4). Jika alel resesif
yang mematikan disalin ke kromosom 3 'unik' (non-redundan),
ini akan mengakibatkan kematian sel secara langsung. Contoh
ini menunjukkan bahwa sulit bagi konversi gen untuk
mengurangi beban seg regasi sel poliploid dengan banyak alel
resesif yang merusak, dan sangat mudah untuk
mengembangnya. Namun, jika laju konversi gen jauh lebih
tinggi daripada laju mutasi, mutasi baru akan dengan cepat
'ditimpa', atau dibawa ke keadaan homozigot dan dengan demikian terpapar s
Rekombinasi resiprokal simetris (persilangan) tidak
memberikan manfaat substansial dan sering merusak poliploid
(misalnya, dengan parameter yang tercantum pada Gambar.
6, rekombinasi simetris, jika digunakan sebagai pengganti
konversi gen, tidak menyelamatkan populasi model dan
merusak sebagian besar kasus). Ini karena persilangan tidak
dapat membawa alel ke keadaan homozigot dan
memaparkannya pada seleksi, meskipun secara efisien
menghancurkan kombinasi kuasi-stabil dari kromosom yang rusak komplemen
Transfer gen lateral diikuti oleh rekombinasi
homolog sebagai cara untuk mengurangi beban mutasi
Dalam model kami, LGT disimulasikan sebagai penggantian
sebagian kromosom dengan salinan bagian homolog kromosom
mikroba lain [38]. Pemodelan menyiratkan bahwa LGT adalah
cara yang efisien untuk meningkatkan evolusi dan
menyelamatkan populasi yang akan hancur
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 10 dari 22

Gambar 6 Konversi gen menyelamatkan populasi oligoploid, tetapi dapat merugikan jika tingkat ploidi tinggi dan konversi tidak cukup sering untuk memastikan homozigositas. a Dalam populasi
diploid, bahkan konversi gen yang jarang pun bermanfaat. 2-ploid_conversion01: Rconv = 0,1, setiap gen mengalami konversi dengan probabilitas rata-rata 0,011 per generasi, yang sebanding
dengan tingkat mutasi (M = 0,007); 2-ploid_conversion1: Rconv = 1, probabilitas konversi adalah 0,11 per gen, yang 1 urutan besarnya lebih tinggi dari tingkat mutasi; populasinya diselamatkan. b
Dalam populasi 6-ploid, tingkat konversi Rconv = 0,1 dan 1 merugikan, dan hanya pada Rconv = 4 (probabilitas konversi 0,44, yang 63 kali lebih tinggi dari tingkat mutasi) populasi diselamatkan. c
Pada populasi 18-ploid, bahkan Rconv = 8 (tingkat konversi 0,88) tidak cukup untuk menyelamatkan populasi

menuju kepunahan (Gbr. 7). Tampaknya menjadi obat yang
jauh lebih efisien terhadap degradasi genetik daripada konversi
gen (bandingkan Gambar 6 dan 7).
Menariknya, persilangan, yang umumnya tidak berguna atau
merusak tanpa LGT (lihat di atas), bekerja secara sinergis
dengan LGT, meningkatkan efek positifnya secara kuat (Gbr. 8a).
Hal yang sama berlaku untuk kombinasi 'konversi gen LGT +':
bahkan jika kedua proses tidak cukup sering untuk berguna
sendiri, kombinasinya dapat menyelamatkan populasi (Gbr. 8b).
Efek sinergis dari negara-negara kombinasi ini tampaknya
disebabkan oleh fakta bahwa mereka meningkatkan produksi
kromosom yang lebih baik dari fragmen-fragmen yang rusak
dan secara efisien memisahkan seleksi positif alel-alel yang
menguntungkan dari seleksi negatif melawan yang merusak
dengan memungkinkan rekombinasi antara dan dalam sel.
Kombinasi 'melintasi + konversi gen' tidak memiliki efek sinergis
(data tidak ditampilkan), tampaknya karena kedua jenis
rekombinasi hanya beroperasi di dalam sel.
Pertukaran kromosom, ditambah dengan rekombinasi,
membantu mengurangi beban mutasi Tidak diketahui
apakah Archaea poliploid halofilik dapat bertukar kromosom
lengkap, tetapi ini tampaknya masuk akal dari apa yang
diketahui tentang sistem perkawinan mereka [9, 10, 33]. Kami
memodelkan pertukaran timbal balik dari masing-masing
kromosom (satu kromosom yang dipilih secara acak dari sel
pertama digantikan oleh kromosom acak dari sel kedua, dan
sebaliknya). Kami menemukan bahwa perubahan pertukaran
semacam itu pada dasarnya tidak berguna, tetapi sangat
menguntungkan bila dikombinasikan dengan pengocokan
fragmen kromosom di dalam sel melalui versi konversi gen atau
persilangan (Gbr. 9).
Mitosis sebagai cara paling radikal untuk
meningkatkan evolvabilitas poliploid Pemodelan
menunjukkan bahwa mitosis (pemisahan kromosom saudara
yang akurat) segera menghilangkan semua kerugian poliploidi
jangka panjang. poliploid mitosis
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
Gambar 7 LGT meningkatkan evolvabilitas dan menyelamatkan populasi poliploid dari kepunahan. monoploid (1-ploid: tanpa LGT (Rlgt = 0), 1-ploid-lgt01: Rlgt = 0,1, 1- ploid-lgt1: Rlgt = 1). bd 2-,
6-, dan 18-ploid; parameter dan penunjukan lain seperti pada Gambar. 6 ac kecuali bahwa LGT dimodelkan alih-alih konversi gen
awalnya lebih baik daripada monoploid, tetapi akhirnya
mereka menyatu ke tingkat kebugaran yang sama karena
hanya satu salinan utuh dari setiap gen yang tersisa dalam
genomnya (Gbr. 10a). Selain itu, poliploid mitosis
mempertahankan semua manfaat LGT (Gbr. 10b). Pertukaran
kromosom dan rekombinasi dalam genom (menyeberang)
dalam poliploid mitosis tidak berguna atau bahkan merusak
dengan sendirinya, tetapi memberikan keuntungan yang kuat
ketika digabungkan (Gbr. 10c). Namun, keuntungan yang
kuat ini pun agak lebih kecil dibandingkan dengan poliploid
amitotik (bandingkan Gambar 9c dan 10c). Ini karena
pengocokan DNA secara acak bertentangan dengan proses
spesialisasi dan diversifikasi kromosom yang merupakan
karakteristik poliploid mitosis (lihat di bawah).
Akuisisi mitosis oleh poliploid mengarah pada spesialisasi
dan diversifikasi kromosom Pada poliploid mitosis, masalah
beban segregasi benar-benar dihilangkan, dan dengan
demikian salinan genom (kromosom) menjadi bebas untuk
diversifikasi. Jika setiap sel anak dengan andal menerima
tepat satu salinan dari setiap orang tua
Halaman 11 dari 22
kromosom, maka setiap kromosom bebas untuk
mengakumulasi sejumlah mutasi resesif yang merusak
selama setidaknya satu salinan utuh dari setiap gen
dipertahankan pada kromosom lainnya. Dengan tidak adanya
pengocokan DNA, ini pasti akan mengarah pada diversifikasi
dan spesialisasi kromosom yang cepat, sehingga setiap
kromosom akan memiliki kumpulan gen utuh yang unik.
Meskipun model kami tidak memungkinkan sub-fungsionalisasi
('pembagian kerja' di antara paralog) atau neo-fungsionalisasi
(evolusi fungsi baru) dari salinan gen yang berlebihan, proses
ini akan menjadi sangat masuk akal jika amitotik nyata,
mikroba poliploid diperoleh. mitosis. Dengan kata lain,
akuisisi mitosis mengubah sel poliploid amitotik menjadi sel
multikromosom monoploid yang efektif, yang materi
genetiknya telah mengalami amplifikasi seluruh genom.
Konsekuensi evolusioner dari transformasi semacam itu
mungkin sangat luar biasa (lihat 'Diskusi').
Pemodelan menegaskan bahwa perolehan mitosis
mengarah pada spesialisasi kromosom (Gbr. 11).
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 12 dari 22

Gambar. 8 LGT bertindak secara sinergis dengan pindah silang dan konversi gen untuk meningkatkan evolvabilitas poliploid. a Dalam 6-ploid, persilangan yang cukup sering (Rcross = 1) merugikan

(6-ploid-crossing1), dan LGT yang cukup sering (Rlgt = 0.2) hampir tidak berguna (6-ploid-lgt02). Namun, dalam kombinasi, kedua proses ini menyelamatkan populasi (6-ploid-lgt02-crossing1). Hal
yang sama berlaku untuk kombinasi LGT dan konversi gen b Parameter dan penunjukan lain seperti pada Gambar 1

Gbr. 9 Pertukaran kromosom tidak berguna dengan sendirinya, tetapi memberikan keuntungan yang kuat bila dikombinasikan dengan persilangan. 2-ploid (2-ploid: Rex = 0, Rcross = 0; 2-ploid-chr-
exchange05: Rex = 0,5, Rcross = 0; 2-ploid-crossing1: Rex = 0, Rcross = 1; 2-ploid -chr-exchange05-crossing1: Rex = 0,5, Rcross = 1). b 6-ploid. c 18-ploid. Parameter lainnya seperti pada Gambar 1
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 13 dari 22

Gambar 10 Efek evolusi mitosis pada poliploid. a Mitosis menghilangkan kerugian dari poliploidi. b Efek positif dari LGT dipertahankan. c Persilangan dan pertukaran kromosom tidak berguna
atau merusak dengan sendirinya, tetapi sangat bermanfaat dalam kombinasi. Parameter dan sebutan seperti pada gambar sebelumnya

Spesialisasi kromosom mendorong evolusi sinapsis dapat berevolusi bahkan dalam poliploid amitotik, sejauh
homolog Saat kromosom menjadi terspesialisasi, mereka juga cenderung memiliki beberapa tipe kromosom
pengocokan acaknya menjadi kurang menguntungkan. yang berbeda (Gbr. 2). Ini pada akhirnya dapat
Dalam hal ini, seleksi mungkin mendukung mekanisme menghasilkan evolusi mekanisme khusus sinapsis homolog.
yang membatasi rekombinasi homolog hanya pada Untuk mengilustrasikan keuntungan rekombinasi 'pilih-
pasangan kromosom yang sangat mirip. Tahap awal pilih' antara kromosom serupa dalam ploid poli mitosis,
transisi evolusioner ke "perkawinan assortatif positif" kami memodelkan situasi berikut: dua sel yang dipilih
dari kromosom mungkin sederhana, karena secara acak bertemu, satu kromosom acak dari sel pertama
rekombinasi homolog umumnya dipandu oleh dan kromosom paling mirip dari sel kedua dipilih. ; kedua
homologi. Selain itu, beberapa mekanisme vestigial kromosom bergabung kembali dengan menyilang;
dari pasangan kromosom berbasis kesamaan kromosom rekombinan dari

Gambar 11 Genom dari sel yang dipilih secara acak dari generasi ke-1000 dari populasi 6-ploid mitosis (sama seperti pada Gambar 10a). Angka mewakili fgs; kolom mewakili 23 gen pertama dari 100

(G = 100). Alel terbaik di setiap lokus diarsir. Perhatikan bahwa setiap kromosom memiliki seperangkat gen unik yang terpelihara dengan baik (atau ditingkatkan, mengingat bahwa f0 = 0,99) gen;
setiap gen terawetkan dengan baik hanya pada satu kromosom
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 14 dari 22

sel pertama masuk ke sel kedua dan sebaliknya; sel terpisah
(Rpair > 0, homologi = benar, lihat Metode).
Kami menemukan bahwa jika tingkat pertukaran dan rekombinasi
kromosom tinggi, maka pengocokan yang intens melarang
spesialisasi kromosom. Dalam hal ini tidak masalah apakah
rekombinasi itu pemilih atau tidak, dan rekombinasi promis cuous
memberikan keuntungan dengan cara yang sama seperti pada
populasi amitotik (seperti yang diilustrasikan pada Gambar 10c).
Namun, jika rekombinasi lebih jarang, kromosom melakukan
spesialisasi, dan dalam hal ini ternyata hanya rekombinasi pemilih
yang menguntungkan, sedangkan rekombinasi promiscuous
mungkin merugikan (Gbr. 12).
Rupanya, efek ini akan jauh lebih jelas jika model kami
memungkinkan akuisisi fungsi baru oleh salinan gen yang
berlebihan.
Pembahasan
Eukaryogenesis mungkin terjadi pada komunitas mikroba perairan
dangkal Proterozoik Awal, ketika konsentrasi O2 mulai meningkat,
tetapi lapisan ozon belum terbentuk, sehingga menghasilkan
konsentrasi spesies oksigen reaktif yang tinggi [4]. Ini, bersama
dengan faktor mutagenik lainnya seperti invasi intron self-splicing
tipe II dari alphaproteobacteria yang selanjutnya memunculkan
mitokondria, mungkin menciptakan tekanan selektif yang
merangsang perubahan radikal dalam arsitektur genetik dan
genetik.
strategi pertukaran proto-eukariota. Risiko tambahan disediakan
oleh peningkatan kandungan gen esensial dan ukuran genom
yang menyertai eukaryogenesis, karena genom yang lebih besar
(G) bersama dengan tingkat mutasi per-situs (M) yang konstan
juga menghasilkan Ugenome (tingkat mutasi per-genom) yang
lebih tinggi.
Kami berhipotesis bahwa eukariota diturunkan dari Archaea
poliploid yang secara bertahap mengembangkan serangkaian
adaptasi yang bertujuan untuk mempertahankan tingkat mutasi
per-genom yang meningkat. Adaptasi ini akhirnya digabungkan
menjadi apa yang dikenal sebagai seks eukariotik.
Poliploid itu sendiri, untuk memulai, mungkin merupakan
adaptasi seperti itu, karena adanya salinan genom tambahan
sangat penting untuk memperbaiki banyak kerusakan DNA untai
ganda (misalnya, [21]). Namun, belum tentu demikian, karena: (1)
poliploidi juga memberikan manfaat lain (misalnya, [23]); (2)
korelasi antara ploidi dan kemampuan untuk memperbaiki
kerusakan DNA untai ganda tidak mutlak, misalnya, H. volcanii
sangat poli ploid, tetapi tidak terlalu tahan terhadap radio [11]; (3)
perbaikan pemutusan DNA untai ganda dengan rekombinasi
homolog mungkin rumit dalam sel yang sangat poliploid karena
setiap ujung DNA akan memiliki banyak pasangan [22].
Di sisi lain, poliploidi menunda ekspresi fenotipik dari mutasi
yang merusak, dan dengan demikian dapat dipilih dalam lingkungan
yang sangat mutagenik. Pemodelan

Gambar. 12 Dalam poliploid mitosis, pertukaran kromosom promiscuous (acak) ditambah dengan persilangan dapat merusak (pasangan mitosis 6-ploid004: Rpair = 0,04, homologi = salah),

sedangkan proses yang sama antara kromosom yang serupa (mitosis 6-ploid homologous- pairing004: Rpair = 0,04, homologi = benar) memberikan keuntungan jangka panjang. Selain itu,
pertukaran kromosom 'pilih-pilih' memberikan beberapa keuntungan bahkan tanpa pindah silang (mitosis 6-ploid homologous-chr-exchange004: Rex = 0,04, homologi = benar). Persilangan tanpa
pertukaran kromosom (persilangan mitosis 6-ploid04: Rcross = 0,4) adalah netral. Parameter lain seperti pada Gambar 10a (mitosis 6-ploid)
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
menunjukkan bahwa poliploidi dapat memberikan keunggulan kompetitif
jangka pendek yang kuat, terutama ketika tingkat mutasi tinggi, karena:
(1) menahan ekspresi fenotipik dari mutasi baru yang merusak resesif,
(2) mempercepat akumulasi mutasi menguntungkan dominan yang
langka.
Dengan demikian poliploidi dapat menyebar dalam populasi meskipun
kemungkinan efek merusak jangka panjangnya.
Kami selanjutnya menyarankan bahwa proto-eukariota poliploid
mampu mengontrol jumlah salinan genom mereka yang kurang lebih
tepat, tetapi pada awalnya tidak memiliki mekanisme seperti mitosis
untuk memastikan bahwa setiap sel anak menerima tepat satu salinan
dari setiap kromosom orang tua. Ini mungkin terjadi dengan poliploid
yang masih ada Euryarch aeota [11, 27]. Dengan tidak adanya mitosis,
poliploidi menghasilkan akumulasi beban segregasi. Pemodelan
menunjukkan bahwa ini benar-benar terjadi pada populasi poliploid
amitotik yang karenanya lebih rentan terhadap kepunahan pada tingkat
mutasi yang tinggi, dibandingkan dengan monoploid. Oleh karena itu,
agar poliploidi mempertahankan keunggulannya, prokariota poliploid
yang hidup di lingkungan yang sangat mutagenik harus mengembangkan
beberapa cara untuk meningkatkan kemampuan berevolusi dan
mengurangi beban mutasinya. Dalam populasi mikroba, adaptasi
semacam itu dapat berevolusi, meskipun tidak segera bermanfaat bagi
individu, melalui apa yang disebut 'seleksi orde kedua untuk evolusi'.
Efisiensi seleksi jenis ini ditunjukkan dalam eksperimen evolusioner
jangka panjang pada E. coli [40].
Ada beberapa cara yang mungkin di mana tujuan ini dapat dicapai
oleh poliploid amitotik, dan, yang mengejutkan, semuanya menyerupai
komponen atau aspek seks eukariotik yang berbeda.
Kemungkinan pertama adalah rekombinasi homolog dalam individu
yang dapat berupa asimetris (konversi gen) atau simetris (persilangan).
Versi con gen mungkin berguna karena pada akhirnya membawa alel
ke keadaan homozigot, sehingga mengekspos mereka untuk seleksi.
Polyploid Archaea (serta plastida tanaman) secara luas menggunakan
konversi gen, mungkin untuk menyamakan salinan gen dan menghindari
degradasi genetik melalui ratchet Muller [12, 20, 31, 34]. Pemodelan
menunjukkan bahwa konversi gen, dengan sendirinya, hanya berguna
jika sangat sering; namun, ini berguna meskipun jarang jika
dikombinasikan dengan pertukaran genetik antar individu. Menyeberang,
dengan sendirinya, tidak berguna untuk poliploid karena tidak dapat
memberikan homozigositas; namun, ini sangat menguntungkan jika
digabungkan dengan LGT atau pertukaran timbal balik kromosome
(lihat di bawah).
Kemungkinan kedua adalah siklus ploidi aseksual yang secara
periodik dapat menghasilkan sel monoploid dan dengan demikian
mengekspos alel untuk seleksi [35]. Namun, pemodelan menyarankan
bahwa siklus ploidi dapat mengurangi beban genetik hanya ketika
pembagian reduksi cukup sering untuk menghasilkan proporsi
monoploid yang substansial. Tidak ada
Halaman 15 dari 22
indikasi bahwa Archaea poliploid pernah melangkah sejauh itu,
meskipun mereka memiliki siklus ploidi: beberapa spesies telah terbukti
mengurangi ploidi mereka kira-kira setengahnya pada transisi dari fase
eksponensial ke fase stasioner [11, 19]; mereka juga dapat menanggapi
ketersediaan fosfat dengan mengubah tingkat ploidi [23]. Rupanya,
siklus ploidi ini memiliki signifikansi adaptif yang tidak terkait dengan
pengurangan beban mutasi.
Kemungkinan ketiga adalah LGT frekuensi tinggi antara kerabat
(sejenis atau anggota spesies yang berkerabat dekat). Polyploid
Archaea menggunakan opsi ini secara ekstensif [9, 10, 32, 33].
Penggabungan materi genetik asing yang diperoleh selama perkawinan
yang melibatkan pembentukan jembatan sitoplasma atau fusi sel
sementara [10] dapat dicapai baik dengan penyisipan ke dalam
kromosom penerima selain gen penerima sendiri, atau dengan
rekombinasi homolog yang menghasilkan rekombinasi. penempatan
alel penerima oleh alel donor.
Tampaknya, hanya opsi kedua (yang disimulasikan dalam model kami)
yang dapat digunakan secara reguler (misalnya, di setiap generasi)
tanpa perluasan genom yang tidak semestinya dan gangguan arsitektur
genetik.
Efek positif LGT pada evolvabilitas meningkat dengan frekuensi
LGT. Namun, telah ditunjukkan bahwa tipe LGT yang sering kami
simulasikan dalam model kami, yang melibatkan penggantian alel
penerima dengan fragmen DNA asing, dapat menjadi tidak stabil secara
evolusioner.
Ini karena alel pengubah yang mendorong kombinasi ulang seperti itu
akan cenderung 'ditimpa' oleh alel pesaing yang melarang rekombinasi,
sedangkan alel yang terakhir tidak akan ditimpa oleh alel lain justru
karena alel tersebut melarang rekombinasi. Akibatnya, alel pengubah
yang memblokir LGT dapat berperilaku sebagai 'gen egois' dan
menyebar di kumpulan gen meskipun LGT bermanfaat bagi populasi
dan individu [8]. Ini mungkin salah satu alasan mengapa LGT prokariotik
tidak dapat memberikan intensitas rekombinasi antar-individu yang
sebanding dengan jenis kelamin eukariotik (walaupun dapat cukup
sering untuk memastikan tingkat keseimbangan hubungan yang
sebanding [32]). Alasan lain untuk frekuensi rendah LGT prokariotik pro
miscuous termasuk risiko akuisisi gen yang tidak kompatibel, elemen
transposabel yang agresif dan profag [42].
Secara teoritis mungkin bagi prokariota poliploid untuk menghindari
batasan ini dengan menukar kromosom lengkap (bukan fragmen
kromosom) dan dengan mengocoknya secara simetris (dengan
menyilang) daripada secara asimetris (dengan konversi gen). Dalam
hal ini, tidak ada alel yang ditimpa, semua gen mempertahankan
peluangnya untuk diteruskan ke generasi berikutnya, dan dengan
demikian tidak ada prasyarat untuk penyebaran pengubah egois.
Tampaknya masuk akal, meski tidak terbukti secara langsung, bahwa
Euryarchaeota poliploid yang mampu terbentuk
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
jembatan sitoplasma antar sel (atau bahkan fusi sel sementara
[10]) dapat bertukar kromosom lengkap.
Pemodelan menunjukkan bahwa pertukaran semacam itu
bisa sangat menguntungkan ketika digabungkan dengan
pengocokan kromosom melalui rekombinasi homolog asimetris
atau simetris. Kedua mekanisme rekombinasi homolog hadir
dalam Archaea poliploid, meskipun konversi gen metrik asim
tampaknya berlaku [31, 43]. Seperti disebutkan di atas, opsi
terakhir (pertukaran kromosom + persilangan) lebih stabil
secara evolusioner dan dapat sering digunakan tanpa bahaya
penyebaran alel pengubah egois yang melarang rekombinasi.
Persilangan yang sering akan membutuhkan kromosom
linier, bukan sirkular, karena dua kromosom sirkular tidak
dapat berpisah dengan baik setelah rekombinasi jika jumlah
persilangannya ganjil [7, 44]. Menariknya, meskipun kromosom
sirkular H. volcanii mengandung empat asal replikasi DNA,
galur rekayasa yang semua asalnya telah dihapus tumbuh
lebih cepat daripada tipe liar. Strain ini memulai replikasi di
tempat yang tersebar melalui rekombinasi homolog dan
membutuhkan RadA rekombinase untuk pertumbuhan [28]. Ini
berarti bahwa mekanisme inisiasi replikasi di Archaea ploid
poli mungkin berlebihan dan dengan demikian mampu
perubahan evolusioner yang cepat. Implikasi lainnya adalah
bahwa fungsi rekombinasi homolog pada Archaea poliploid
cukup beragam.
Kami berhipotesis bahwa proto-eukariota leluhur adalah
Archaea poliploid amitotik yang menggunakan kombinasi
strategi untuk meningkatkan evolvabilitasnya dan mengurangi
beban genetiknya di lingkungan yang sangat mutagenik.
Kombinasi ini termasuk LGT frekuensi tinggi dalam bentuk
perkawinan disertai dengan pembentukan jembatan sitoplasma
(atau fusi sel sementara), pertukaran (mungkin timbal balik)
dari kromosom lengkap, rekombinasi homolog simetris
(menyeberang) antara kromosom, dan mungkin juga siklus
ploidi. (pembagian reduksi periodik).
Harus ditekankan bahwa sebagian besar strategi ini masuk
akal hanya untuk poliploid, dan tidak berguna atau sulit diakses
untuk monoploid; dan bahwa semuanya menyerupai (dan
mungkin terkait dengan) berbagai komponen atau tahapan
seks eukariotik. Juga harus diingat bahwa poliploid pada
dasarnya lebih rentan terhadap kepunahan (karena akumulasi
muatan mutasi) daripada monoploid, dan dengan demikian
lebih mungkin mengembangkan adaptasi tambahan semacam
ini, terutama ketika tingkat mutasinya tinggi.
Strategi keempat (dan yang paling radikal) yang dapat
digunakan prokariota amitotik poliploid untuk mempertahankan
tingkat mutasi yang tinggi adalah mengembangkan mitosis,
yaitu mekanisme pemisahan kromosom yang akurat yang
memastikan bahwa setiap sel anak menerima tepat satu
salinan dari setiap individu. kromosom induknya. Mekanisme
seperti itu (analog mitosis prokariotik) ada di monoploid
Halaman 16 dari 22
Bakteri dan Archaea [25, 26], tetapi diduga tidak ada di
Euryarchaeota poliploid yang tampaknya mengandalkan
pemisahan acak dari banyak salinan genom antara sel anak.
Nomor salinan genom, tidak seperti identitas kromosom yang
tepat, mungkin lebih atau kurang tepat dikontrol [11, 27, 28].
Akuisisi mitosis segera menghilangkan semua risiko yang
terkait dengan akumulasi beban segregasi.
Namun, ia mempertahankan, setidaknya pada awalnya,
keuntungan poliploidi yang diharapkan, termasuk keuntungan
jangka pendek yang muncul dari tingkat akumulasi mutasi
menguntungkan dominan yang lebih tinggi.
Konsekuensi yang tak terhindarkan dari inovasi evolusioner
dalam poliploid aseksual ini adalah diversifikasi dan spesialisasi
kromosom yang kurang lebih cepat. Jika setiap kromosom
induk dijamin untuk meneruskan salinannya ke setiap sel
anak, maka mutasi resesif yang merusak dapat terakumulasi
dengan bebas (tanpa membuat beban segregasi) selama
setidaknya satu salinan dari setiap gen, yang terletak pada
kromosom mana pun, tetap ada. utuh. Selain itu, sangat
masuk akal bahwa beberapa (atau banyak) salinan gen
redundan akan memperoleh fungsi baru (neo-fungsionalisasi),
atau bahwa salinan gen yang berbeda akan berspesialisasi
pada aspek berbeda dari fungsi aslinya (subfungsionalisasi). .
Dengan demikian, akuisisi mitosis akhirnya mengubah sel
poliploid menjadi sel monoploid fungsional dengan banyak
kromosom yang unik, saling tak tergantikan, dan sangat
redundan.
Pertukaran kromosom antar-individu ditambah dengan
rekombinasi homolog (persilangan) mempertahankan efek
positifnya pada proto eukariota poliploid mitosis, setidaknya
pada awalnya. Jadi tampaknya tidak mungkin proto-eukariota
akan melepaskan mekanisme yang berguna ini setelah
memperoleh mitosis. Namun kemudian, masalah akan muncul,
karena pertukaran dan rekombinasi kromosom acak akan
bertentangan dengan proses diversifikasi dan spesialisasi
kromosom yang sedang berlangsung.
Awalnya, sementara semua kromosom serupa dan, sebagian
besar, saling menggantikan, tidak masalah yang mana (dan
berapa banyak) dari mereka yang ditukar dan shuf melarikan
diri di setiap putaran perubahan genetik antar-individu.
Belakangan, ketika kromosom menjadi lebih beragam dan
unik, dan ketika sel tumbuh beradaptasi dengan jumlah
kromosom konstan, menjadi tidak menguntungkan untuk
menukar atau mengocoknya secara acak. Beberapa langkah
harus diambil untuk mencegah pertukaran kromosom yang
berbeda (yang saling tak tergantikan), dan untuk memastikan
bahwa setiap kromosom mengambil bagian di antara
pertukaran genetik individu dengan frekuensi yang wajar.
Kami berhipotesis bahwa akuisisi adaptasi bertujuan untuk
menyelesaikan konflik antara spesialisasi kromosom
(dipromosikan oleh akuisisi mitosis) dan pertukaran dan
pengocokan kromosom (diwarisi dari
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
nenek moyang amitotik) adalah kunci evolusi seks eukariotik.
Jika setiap kromosom unik dan penting untuk kelangsungan
hidup, maka sel tidak dapat hanya melewati satu atau dua dari
mereka, dipilih secara acak, ke sel lain melalui jembatan
sitoplasma dan menerima satu atau dua kromosom asing, juga
dipilih secara acak, sebagai gantinya. Ini akan menghasilkan
genom yang tidak dapat hidup atau, paling banter, aneuploidi,
yang mungkin juga akan merugikan, mengingat bahwa sel
sudah beradaptasi dengan kandungan kromosom yang konstan.
Masalah lain dengan pertukaran kromosom individu adalah
tidak dapat memastikan bahwa setiap kromosom akan
mengambil bagian dalam rekombinasi dengan frekuensi optimal.
Rupanya, cara terbaik dan paling sederhana untuk memecahkan
masalah ini adalah dengan mengembangkan fusi sel (mungkin
sudah ada di Archaea poliploid leluhur), untuk rekombinasi ketat
(menyeberang) ke pasangan kromosom yang sangat mirip
(sangat homolog), dan untuk melakukan pembelahan reduksi
segera setelah rekombinasi, sementara kromosom masih
berpasangan dan dengan demikian siap untuk dipisahkan
secara akurat ke dalam sel anak. Pembagian reduksi semacam
itu penting untuk memastikan bahwa setiap sel anak menerima
tepat satu kromosom dari setiap pasangan homolog. Oleh
karena itu mekanisme mitosis yang sudah ada tampaknya
menjadi dasar yang sangat baik (pra-adaptasi) untuk pengembangan divisi
Memang, studi molekuler sangat menyarankan bahwa
meiosis berevolusi dari mitosis [45, 46]. Wilkins dan Holliday [3] eukariota pada tahap evolusi mereka pasti mengalami perluasan
telah menyarankan skenario evolusi meiosis dari mitosis yang
masuk akal dan didukung dengan baik, yang sangat cocok
dengan gagasan kami. Mereka berargumen bahwa
perkembangan pasangan kromosom homolog adalah peristiwa
awal kunci dalam asal usul meiosis, dan bahwa pasangan
tersebut berevolusi bukan karena mempromosikan kombinasi
ulang yang intens, melainkan karena mengurangi kemungkinan
pasangan ektopik dan rekombinasi konsekuen non-homolog.
(berbeda) kromosom. Inilah yang seharusnya terjadi menurut
gagasan kami bahwa meiosis berevolusi untuk mempertahankan eukariotik dan mitosis dan bukan sifat eukariotik esensial
manfaat rekombinasi antar-individu setelah perolehan mitosis
dan spesialisasi konsekuensial kromosom dari nenek moyang
poliploid amitotik asli.
Memang, hipotesis kami memberikan penjelasan untuk
"tekanan seleksi untuk membatasi rekombinasi ektopik dan
mempromosikan akurasi rekombinasi" yang disarankan oleh
Wilkins dan Holliday [3].
Beberapa bentuk sinapsis homolog primitif mungkin telah
berevolusi sebelum akuisisi mitosis, karena tahap awal
spesialisasi kromosom mungkin sudah ada dalam poliploid
amitotik (Gbr. 2). Rekombinasi pemilih, pada gilirannya,
mendorong evolusi pilihan pasangan, karena berbahaya untuk
menukar dan mengocok kromosom dengan pasangan dengan
komplemen kromosom yang berbeda. Ini pada akhirnya akan
mengarah pada munculnya "spesies biologis" dengan campuran tingkat mutasi yang lebih rendah pada poliploid dibandingkan
yang baik dan wajar
Halaman 17 dari 22
kolam gen terisolasi. Namun, sebelum mekanisme pemilihan
pasangan yang efektif berevolusi, proto-eukariota mungkin telah
memperoleh banyak gen baru dan kompleks gen dari garis
keturunan yang jauh.
Dukungan tambahan untuk gagasan bahwa eukariota
berevolusi dari poliploid Archaea berasal dari fakta yang baru
ditemukan bahwa poliploidi di Archaea tampaknya berkorelasi
kuat dengan keberadaan histon. Tampaknya masuk akal bahwa
histon berperan dalam memungkinkan poliploidi di Archaea
karena mereka mempromosikan pengemasan yang kompak
dari banyak salinan genom dalam satu sel prokariotik [19].
Memang, keberadaan histon di beberapa Archaea telah lama
dianggap sebagai argumen kuat yang mendukung sifat archaea
dari nenek moyang eukariotik; data baru membatasi argumen
ini ke Archaea poliploid.
Yang penting, skenario hipotetis kami, di mana perolehan
mitosis oleh proto eukariota poliploid amitotik adalah peristiwa
kunci dalam evolusi seks eukariotik, segera menyarankan
penjelasan historis untuk beberapa fitur kunci arsitektur genetik
dan evolusi awal eukariota, termasuk kehadiran dari beberapa
kromosom, redundansi genetik tingkat tinggi, dan akuisisi
massal keluarga baru gen paralo gous oleh eukariota basal [16,
47].
Usulan
neo- dan
reduksi sub-fungsionalisasi ekstensif dari salinan
tersebut.
gen redundan setelah akuisisi mitosis menyiratkan bahwa proto-
ukuran genom fungsional mereka. Ini berarti bahwa tingkat
mutasi merusak per genom mereka harus meningkat (mengingat
tingkat mutasi per-nukleotida tetap konstan). Dengan demikian
pengembangan adaptasi baru yang bertujuan untuk
mempertahankan rekombinasi antar-individu yang sering (yang
merupakan obat yang efisien terhadap degradasi genetik) akan
tetap disukai melalui seleksi.
Dalam tulisan ini, kita hanya membahas asal usul seks
lainnya seperti mitokondria, selubung inti atau retikulum
endoplasma. Model kami tidak ditujukan untuk memberikan
argumen yang mendukung (atau menentang) salah satu dari
banyak skenario hipotetis eukaryogenesis yang ada dalam
literatur. Namun, sangat menggoda untuk menyarankan bahwa
akuisisi mitosis dan seks eukariotik oleh leluhur archaeal
poliploid, yang memberikan tingkat redundansi genetik yang
luar biasa tinggi ditambah dengan mode efisien kombinasi
ulang antar-individu yang sering dan akurat, adalah di antara
yang pertama dan yang pertama. peristiwa mental paling
mendasar yang membuka jalan bagi banyak hal baru evolusioner
lainnya.
Ada beberapa keterbatasan simulasi komputer kita yang
harus diketahui. Poliploidi dapat meningkatkan efisiensi
perbaikan DNA dengan rekombinasi homolog [21], menghasilkan
dengan monoploid. Model kami melakukannya
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
tidak memperhitungkan efek ini, yang dapat, setidaknya sekutu
teoretis, membuat kerugian poliploidi jangka panjang menjadi kurang
menonjol. Namun, tampaknya tidak ada korelasi yang ketat antara
poliploidi dan resistensi terhadap pemutusan DNA untai ganda [11];
Selain itu, perbaikan pemutusan DNA dengan rekombinasi homolog
mungkin berisiko pada organisme poliploid karena setiap ujung DNA
akan memiliki banyak pasangan [22]. Keterbatasan lain yang tampak
adalah bahwa kami hanya mempertimbangkan mutasi menguntungkan
yang dominan, dan hanya mutasi yang merusak yang bersifat resesif
(yang mungkin berlaku untuk sebagian besar mutasi hilangnya
fungsi). Mempertimbangkan mutasi dominan yang merusak dan
resesif yang menguntungkan akan mengurangi keuntungan poliploidi
jangka pendek; selain itu, dalam hal ini, efek evolusi poliploidi akan
serupa dengan yang memiliki genom lebih besar dan Ugenom lebih
tinggi, seperti yang dibahas di bagian Metode.
Kesimpulan
Kami berpendapat bahwa seks eukariotik berevolusi dalam poliploid
ami totik nenek moyang Archaeal sebagai hasil dari evolusi bertahap
adaptasi yang bertujuan untuk meminimalkan biaya genetik poliploidi,
yang mungkin menjadi sangat tinggi di lingkungan perairan dangkal
mutagenik dari Pro terozoik Awal [4]. Adaptasi yang berbeda dari
jenis ini mungkin telah berkembang secara berurutan dalam satu
garis keturunan, atau mungkin, lebih mungkin, dalam garis keturunan
yang berbeda, dan kemudian digabungkan melalui LGT.
Kami menyarankan skenario berikut untuk munculnya
seks eukariotik.
1) Seperti banyak Euryarchaeota yang masih ada, leluhur
archaeal eukariota (proto-eukariota) adalah poliploid dan
amitotik, yaitu, mereka tidak memiliki mekanisme segregasi
kromosom yang akurat dan tepat, meskipun mereka mungkin
mampu mengontrol jumlah salinan genom yang relatif tepat.
Proto eukariota belum tentu terkait dengan Euryarch aeota.
Data genomik baru menunjukkan bahwa eukariota bercabang
di dalam silsilah archaeal lain yang baru ditemukan,
Lokiarchaeota, yang ploidinya tidak diketahui [48, 49]. Namun,
ada kemungkinan bahwa Lokiarchaeota adalah poliploid,
karena poliploid pada Archaea berhubungan erat dengan
keberadaan histon [19], dan yang terakhir terdapat pada
Lokiarchaeota [50]. Signifikansi adaptif dari poliploidi dapat
bermacam-macam, termasuk perbaikan yang efisien dari
beberapa pemutusan DNA untai ganda dengan rekombinasi
homolog.
2) Dalam lingkungan yang sangat mutagenik, poliploidi
meningkatkan risiko degradasi dan kepunahan
genetik, karena menurunkan efisiensi seleksi pemurnian
terhadap alel perusak resesif. Dalam poliploid amitotik,
ini menghasilkan beban segregasi yang tinggi. Oleh
karena itu mungkin ada a
Halaman 18 dari 22
tekanan seleksi untuk mengembangkan adaptasi yang
bertujuan untuk mengurangi biaya genetik poliploidi.
3) Proto-eukariota mungkin berevolusi beberapa berbeda
adaptasi bertujuan untuk mengurangi biaya evolusi poliploidi,
termasuk siklus ploidi, pemerataan salinan genom dengan
konversi gen, dan LGT ekstensif antara sel terkait (sejenis).
Yang terakhir terjadi melalui jembatan sitoplasma yang
terbentuk selama perkawinan (seperti yang dijelaskan dalam
H. volcanii) atau mungkin melalui fusi sel sementara, yang
mungkin juga mampu dilakukan oleh H. volcanii [10].
4) Salah satu mode LGT yang paling efisien, yang berpotensi
tersedia untuk Archaea poliploid, adalah pertukaran kromosom
individu lengkap antar sel, ditambah dengan rekombinasi
homolog antara kromosom berbeda di dalam sel. Proto
eukariota mungkin menggunakan strategi ini secara ekstensif.
Untuk membuat pertukaran kromosom stabil evolusioner,
rekombinasi homolog harus simetris (crossing over) daripada
asimetris (konversi gen), karena dalam kasus terakhir gen
pengubah 'egois' yang melarang rekombinasi menyebar
dengan mudah di kumpulan gen [8]. Oleh karena itu kami
menyarankan bahwa proto-eukariota mengembangkan
pertukaran kromosom individu yang sering (dan mungkin
timbal balik) ditambah dengan persilangan. Dalam proses
optimalisasi evolusioner dari proses ini, kromosom sirkular
pasti telah berubah menjadi kromosom linier, karena kromosom
sirkular tidak cocok untuk persilangan (mereka tidak dapat
berpisah dengan baik jika jumlah persilangannya ganjil).
5) Kemudian beberapa proto-eukariota mengembangkan mitosis
(yaitu, mekanisme pemisahan kromosom yang akurat dan
tepat yang memastikan bahwa setiap sel anak menerima
tepat satu salinan dari setiap kromosom orang tua). Di antara
semua adaptasi yang mungkin untuk mengurangi biaya
genetik poliploidi, mitosis adalah yang paling radikal, karena
sepenuhnya menghilangkan risiko akumulasi beban segregasi
yang disebabkan oleh poliploidi.
6) Awalnya, proto-eukariota mitosis mempertahankan semua
manfaat dari pertukaran kromosom yang sering dan
kurang lebih acak, tetapi kemudian muncul masalah baru.
Mitosis membuat banyak salinan genom proto-eukariota
bebas untuk melakukan diversifikasi, spesialisasi, memperoleh
fungsi baru, dan mengakumulasi perbedaan satu sama lain.
Kecenderungan ini menjadi konflik dengan praktik lanjutan
dari pertukaran dan pengocokan kromosom acak. Jadi ada
tekanan seleksi untuk (1) membatasi rekombinasi hanya pada
pasangan kromosom dengan tingkat homologi yang tinggi, (2)
untuk mencegah pertukaran kromosom yang berbeda (saling
tak tergantikan), dan (3) untuk memastikan bahwa semua
kromosom terlibat dalam rekombinasi dengan
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
frekuensi yang wajar. Ini akhirnya menghasilkan perkembangan
fusi sel yang diatur secara ketat, pasangan kromosom homolog
(sinapsis homolog) dan meiosis [3]. Hasil lain yang tak terhindarkan
dari transisi evolusioner ini adalah pengembangan sistem
pengenalan pasangan yang lebih efisien dan munculnya 'spesies
biologis'.
Satu prediksi yang dapat diuji dan sangat spesifik yang mengikuti dari
hipotesis kami adalah bahwa pasti ada akuisisi massal keluarga gen
baru (set gen paralogous) di dekat dasar garis keturunan eukariotik,
karena akuisisi mitosis oleh mikroba poliploid amitotik segera
menghilangkan segregasi kendala yang melarang evolusi independen
(termasuk sub-fungsionalisasi dan neo-fungsionalisasi) dari salinan gen
yang terletak pada kromosom yang berbeda. Menariknya, genomik
komparatif muncul untuk mengkonfirmasi prediksi ini [47]. Asal usul
eukariota dari prokariota poliploid yang memperoleh mitosis dengan
demikian dapat menjelaskan, setidaknya sebagian, untuk fakta yang
membingungkan bahwa “karakteristik kompleksitas eukariotik muncul
hampir 'siap pakai', tanpa tingkat perantara yang terlihat antara tingkat
organisasi prokariotik dan eukariotik. ” [16].
Komentar Peninjau Laporan
Peninjau 1: Eugene V. Koonin, Pusat Informasi Bioteknologi
Nasional, Perpustakaan Kedokteran Nasional, Institut Kesehatan
Nasional, Bethesda, Maryland, AS Markov dan Kaznacheev
mengembangkan hipotesis bahwa mekanisme pembelahan sel
eukariotik berevolusi dari mekanisme segregasi genom poliploid archaeal.
Hipotesis dieksplorasi menggunakan model matematika yang melibatkan
analisis biaya-manfaat poliploidi, mekanisme kombinasi ulang dan mitosis
yang muncul. Sejauh yang saya lihat, model tersebut dibangun dengan
cermat dan dianalisis dengan benar. Kesimpulannya cukup menarik, dan
saya sangat menyukai gagasan bahwa beberapa kromosom eukariotik
berevolusi dari kromosom yang awalnya identik dari poliploid archaeal.
Penulis dengan benar mencatat bahwa skenario ini kompatibel dengan
ledakan duplikasi pada permulaan eukariota. Sepengetahuan saya, ini
adalah ide baru, dan menurut saya cukup masuk akal dan menjanjikan.
Makalah ini, menurut pendapat saya, merupakan kontribusi yang berguna
dan berpotensi penting bagi bidang asal-usul dan evolusi eukariotik yang
sangat membutuhkan ide-ide segar. Satu-satunya kritik saya yang dapat
memenuhi syarat sebagai jurusan adalah bahwa judul makalah tersebut
tampaknya tidak benar-benar mencerminkan isinya. Sebagian besar,
analisis lisis berkaitan dengan asal usul mitosis bukan jenis kelamin.
Saya menyarankan agar penulis mengubah judul menjadi
"Konsekuensi evolusi poliploidi pada prokariota dan
Halaman 19 dari 22
asal usul mitosis dan meiosis" (atau frase lain untuk efek itu).
Tanggapan penulis: Kami sangat menghargai komentar ini. Kami
telah mengubah judul seperti yang disarankan oleh pengulas.
Penulis berulang kali menulis tentang "bukti yang mendukung
skenario" (akhir abstrak), "bukti yang menguatkan" (akhir Diskusi) dan
frase lain untuk efek itu. Ini bukan praktik yang baik. Bukti hanya bisa
cocok dengan hipotesis/skenario, bukan "mengkonfirmasinya".
Ungkapan "archaea terbaru" itu aneh - apakah maksud penulisnya
adalah "archaea yang masih ada"?
Tanggapan penulis: Kami telah mengubah susunan kata seperti yang
disarankan oleh pengulas. Ahli paleontologi sering menggunakan 're
cent' dan 'masih ada' sebagai sinonim, misalnya "cephalopoda fosil dan
baru-baru ini".
Laporan peninjau 2: Uri Gophna, Universitas Tel Aviv, Israel Ini
adalah studi simulasi yang sangat orisinal dan menggugah
pemikiran yang akan membuka jalan bagi penyelidikan di masa depan
tentang peran poliploidi, dan berbagai cara untuk menyelesaikan
biayanya, dalam eukaryogenesis.
Sepengetahuan saya belum ada demonstrasi konjugasi di Hfx,
melainkan proses pertukaran gen melalui jembatan sitoplasma luas yang
lebih kompatibel dengan fusi sel ditunjukkan oleh Rosenshine et al. 1989.
Jembatan yang ditunjukkan dalam pekerjaan itu serta peristiwa
rekombinasi skala besar yang dilaporkan dalam Naor et al., 2012 tidak
kompatibel dengan proses yang mirip dengan konjugasi bakteri (yaitu
transfer untai tunggal melalui saluran baris sempit dari donor ke
penerima) . Para penulis dapat dan harus menggunakan terminologi
yang sama untuk itu dalam abstrak dan pendahuluan seperti yang
mereka lakukan dalam diskusi (yaitu pertukaran melalui jembatan,
kemungkinan fusi sel).
Tanggapan penulis: Kami setuju bahwa menggunakan istilah
'konjugasi' untuk menggambarkan sistem perkawinan Haloferax dapat
menyesatkan. Meskipun istilah ini umumnya diterapkan pada jenis
perkawinan yang berbeda pada organisme yang berbeda (misalnya cili
ates), Rosenshine et al. 1989 [9] dan penulis lain menggunakan istilah
"kawin", "sistem transfer genetik", atau "sistem pertukaran genetik",
daripada "konjugasi". Kami telah mengubah kata-kata seperti yang
disarankan oleh pengulas.
Dua poin penting setidaknya harus didiskusikan secara singkat 1.
Karena poliploidi dapat meningkatkan akurasi perbaikan DNA (melalui
HR yang akurat), poliploid mungkin memiliki tingkat mutasi yang lebih
rendah daripada monoploid. 2. Siklus ploidi dapat terjadi secara alami
pada organisme yang merespons ketersediaan fosfat dengan mengubah
tingkat ploidi, seperti Hfx volca nii (lihat Zerulla et al., yang penulis kutip).
Tanggapan penulis: Kami berterima kasih atas komentar ini. Kami
telah memasukkan pertimbangan ini dalam versi naskah yang telah
direvisi. Menariknya, Delmas et al. [22] berpendapat bahwa perbaikan
double strand break oleh HR
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
berpotensi berbahaya bagi organisme poliploid, dan
menunjukkan bahwa Mre11-Rad50 mencegah perbaikan DSB
oleh HR di Haloferax, "memungkinkan penggabungan akhir
yang dimediasi mikrohomologi untuk bertindak sebagai jalur
perbaikan utama".
"Konjugasi archaeon halofilik Haloferax volcanii mungkin
mewakili tahap peralihan antara jenis kelamin prokariotik dan
amphimixis" - lihat keberatan saya terhadap istilah konjugasi
di atas, dan juga istilah seperti "amphimixis" harus dihindari
secara abstrak.
Tanggapan penulis: Kami telah menghapus istilah 'konjugasi'
dari naskah versi revisi. Kami juga telah mengulang abstrak
untuk menghindari istilah 'amphimixis', yang diperkenalkan
kemudian dalam teks.
Pendahuluan "Hambatan ini sebagian dapat diatasi dengan
seleksi kuat berkelanjutan terhadap homozigot [12, 31]"
seharusnya "Di laboratorium, hambatan ini sebagian dapat
diatasi dengan seleksi kuat berkelanjutan terhadap homozigot
[12, 31]", karena tidak ada seleksi alam telah diamati.
Metode Asumsi bahwa semua alel yang bermanfaat/terbaik
dominan terhadap alel yang kurang cocok adalah batasan
model yang harus diakui: dalam banyak kasus hal ini tidak
akan terjadi dan satu alel buruk dapat "meracuni" kompleks
lengkap (negatif dominan). / fenotip mematikan yang dominan)
'konsersi gen' - harus 'konversi gen' Diskusi "karena genom
yang lebih besar (G)" harus "menjadi
menyebabkan genom yang lebih besar (G)"
Tanggapan penulis: Kami telah melakukan koreksi yang
sesuai. Kami telah memasukkan pembahasan keterbatasan
model di bagian Diskusi.
Laporan Peninjau 3: Armen Mulkidjanian, Universitas
Osnabrück, Jerman Makalah Markov dan Kaznacheeev
menjelaskan model untuk simulasi numerik reproduksi sel
poliploid. Data pemodelan menunjukkan bahwa poliploidi per
se dapat menyebabkan efek samping, dan bahwa efek tersebut
dapat dinetralkan dengan cara yang berbeda, termasuk
distribusi kromosom yang akurat selama pembelahan sel
(mitosis). Berdasarkan pemodelan, penulis berhipotesis bahwa
mitosis mungkin telah muncul dalam sel arkea poliploid di
bawah tekanan selektif yang kuat dari lingkungan beroksigen.
Model ini ilustratif dan mungkin berguna, khususnya dalam
mengajar.
Beberapa poin perlu dipertimbangkan lebih lanjut: 1) Model
ini menunjukkan keuntungan dari mitosis; sejauh yang saya
mengerti, meiosis tidak dimodelkan. Kemudian, bagaimanapun,
subjek makalah adalah munculnya mitosis dan bukan
munculnya jenis kelamin. Seks adalah fenomena mitosis yang
lebih kompleks; jenis kelamin, pada akhirnya, juga mencakup
diferensiasi seksual, yang sama sekali tidak dibahas dalam
manuskrip. Oleh karena itu, subjek dari
Halaman 20 dari 22
makalah harus didefinisikan dengan cara yang lebih tepat, baik
dalam abstrak maupun judul. Jelas, makalah ini bukan tentang
fenomena seks secara keseluruhan, tetapi tentang langkah
awal tentatif menuju reproduksi seksual.
Tanggapan penulis: Meskipun meiosis tidak dimodelkan,
kami berpendapat bahwa munculnya mitosis pada prokariota
poliploid menghasilkan spesialisasi kromosom yang, pada
gilirannya, dapat mengakibatkan tekanan seleksi untuk
mengembangkan pasangan homolog yang akurat [3]. Kami
setuju bahwa, meskipun tujuan awal kami adalah untuk
menjelaskan asal reproduksi seksual (amphimixis), hasil kami
sebagian besar berkaitan dengan mitosis asal dan, sebagian,
meiosis (synap sis homolog). Jadi kami telah mengubah judul
(seperti yang disarankan oleh pengulas pertama juga) dan mengubah abstrak.
2) Model yang disajikan menunjukkan keuntungan yang jelas
dari mitosis (setidaknya, untuk sekumpulan parameter tertentu)
dibandingkan dengan poliploidi. Kemudian, bagaimanapun,
masih belum jelas mengapa semua archaea poliploid tidak
beralih ke mitosis yang rumit tetapi terus mendistribusikan
kromosom mereka di antara dua sel yang membelah dengan
cara yang acak dan tidak canggih. Satu kemungkinan adalah
bahwa ada beberapa faktor lain, yang mendukung munculnya
mitosis dalam garis keturunan tertentu dan, tampaknya, tidak
ada di Archaea poliploid lainnya. Faktor-faktor ini layak untuk
didiskusikan.
Tanggapan penulis: Kami hanya dapat berspekulasi bahwa
'faktor-faktor lain' ini mungkin termasuk lingkungan yang
sangat mutagenik dari komunitas mikrobia air dangkal
Proterozoikum Awal, ketika tingkat O2 mulai meningkat, tetapi
masih belum ada lapisan ozon untuk melindungi habitat ini dari
UV. radiasi, menghasilkan konsentrasi ROS yang tinggi [4].
Faktor lain yang mungkin adalah invasi self splicing intron tipe
II dari nenek moyang mitokondria [15], dan diduga peningkatan
cepat komplemen gen dan ukuran genom fungsional selama
eukaryogenesis [8, 16]. Semua faktor ini dapat berkontribusi
pada peningkatan tingkat mutasi per-genom (Ugenome) dan
dengan demikian mendukung munculnya mitosis pada proto-
eukariota. Silsilah archaeal poliploid lainnya mungkin tidak
mengalami kombinasi faktor ini dan karenanya memiliki
Ugenom yang lebih rendah. Oleh karena itu, strategi lain
(misalnya, LGT ekstensif dan penyamaan salinan genom
dengan konversi gen) cukup untuk menghilangkan risiko
poliploidi. Selain itu, mesin molekuler mitosis pasti mahal.
Kemunculannya membutuhkan keberadaan komponen
sitoskeleton yang mungkin ada pada proto-eukariota dan
kerabat terdekatnya [48], tetapi tidak pada arkea poliploid
lainnya.
3) Seperti yang dicatat oleh penulis, spesies poliploid
ditemukan di dalam Euryarchaeota. Akan tetapi, eukariota
menunjukkan lebih banyak kemiripan dengan Crenarchaeota,
yang biasanya monoploid atau, terkadang, diploid. Tahun lalu,
setidaknya dua kelompok Archaea, yaitu Lokiarchaeota dan
Thorarch aeota, diidentifikasi melalui metagenomik sebagai
sepuluh bentuk transisi antara Crenarchaeota dan
Machine Translated by Google
Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28
eukariota. Karena organisme ini belum tersedia dalam kultur murni,
tidak jelas apakah mereka poliploid atau tidak. Namun, kedekatan
dengan Crenarchaeota membuat poliploidi Lokiarchaeota dan
Thorarchaeota tidak mungkin terjadi. Beberapa komentar tentang
teka-teki yang jelas antara skenario yang disarankan untuk
munculnya meiosis eukariotik dari poliploidi Archaea dan monoploidi
induk ap dari Crenarchaeota akan dihargai.
Tanggapan penulis: Ini adalah masalah penting. Memang, jika
eukariota berevolusi dari Archaea poliploid, kita harus berharap
bahwa kerabat archaeal terdekat yang masih ada dari eu kariota,
seperti Lokiarchaeota [48], adalah poliploid. Seperti dicatat oleh
reviewer, belum ada informasi langsung tentang ploidi di
Lokiarchaeota. Namun, ada bukti tidak langsung. Spaans et al. baru-
baru ini menunjukkan korelasi yang agak ketat antara keberadaan
histon dan poliploidi di Archaea [19].
Oleh karena itu, jika Lokiarchaeota bersifat poliploid, diharapkan
memiliki histon. Kami senang mengetahui bahwa inilah masalahnya.
Dalam makalah yang diterbitkan pada Desember 2015, Henneman
dan Dame melaporkan identifikasi histon dan protein kromatin lainnya
dalam genom Lokiarchaeota; menariknya, beberapa residu dalam
nadanya dibagi antara Lokiarchaeota dan eukariota, tetapi tidak
dengan Euryarchaeota, sementara yang lain dibagi dengan histon
dari Euryarchaeota tetapi tidak dengan eukariota [50]. Kehadiran
histones di Lokiarchaeota sesuai dengan hipotesis bahwa
Lokiarchaeota adalah poliploid. Histon diduga juga ditemukan dalam
genom Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 ( //
www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/KXH71038.1).
Penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada reviewer untuk
komentar konstruktif mereka.
Ketersediaan bahan Nama
proyek: Microbe Beranda
proyek: https://github.com/alamar/microbe Versi arsip: 10.5281/
zenodo.46663 Sistem operasi: Platform independen Bahasa
pemrograman: Java Persyaratan lain: Java 7 atau lebih tinggi
untuk menjalankan model; Maven sebagai alat bantu Lisensi:
Open Source di bawah Lisensi Perangkat Lunak Apache
Ini adalah implementasi dari model komputer yang dirancang
untuk makalah ini. Ini adalah program Java baris perintah yang
mensimulasikan populasi yang ditentukan oleh sekumpulan
parameter yang disediakan dalam file Properti Java, dapat diedit
sebagai teks. Ini menghasilkan file teks, dipisahkan tab, dengan
hasil simulasi, dan bagan kebugaran rata-rata. Sebagian besar
angka untuk makalah ini dihasilkan secara terprogram oleh model
komputer kami.
Silakan gunakan tautan "Unduh ZIP" di beranda proyek untuk
mengunduh program, lengkap dengan file README yang
menjelaskan cara menggunakannya, kode sumber, file batch untuk
Halaman 21 dari 22
menjalankan model di bawah Windows, Mac OS X dan Linux, dan
parameter model yang dibundel untuk semua simulasi yang
disebutkan dalam makalah ini.
Singkatan
DSB, istirahat untai ganda; SDM, rekombinasi homolog; LGT, transfer gen lateral; ROS,
spesies oksigen reaktif
Ucapan Terima Kasih
Para penulis berterima kasih kepada Thorsten Allers, Dmitry Golik dan Vladimir Brik untuk
diskusi dan kritik yang berharga. Pekerjaan itu didukung oleh Yayasan Sains Rusia, hibah
14–14–00330.
Kontribusi penulis AVM
menyusun hipotesis, ISK merancang program komputer, kedua penulis melakukan
percobaan dengan model dan menulis manuskrip.
Kedua penulis membaca dan menyetujui naskah akhir.
Kepentingan bersaing Para
penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki kepentingan bersaing.
Diterima: 29 Februari 2016 Diterima: 3 Juni 2016
Referensi 1.
Kondrashov AS. Asal bertahap amphimixis melalui seleksi alam. Kuliah Matematika
Ilmu Kehidupan. 1994; 25:27–52.
2. Butterfield NJ. Bangiomorpha pubescens n. gen., n. sp.: implikasi untuk evolusi jenis
kelamin, multiselularitas, dan radiasi eukariota Mesoproterozoikum/Neoproterozoikum.
Paleobiologi. 2000;26(3):386–404.
3. Wilkins AS, Holliday R. Evolusi meiosis dari mitosis. Genetika. 2009;
181(1):3–12.
4. Gross J, Bhattacharya D. Menyatukan seks dan asal-usul eukariota dalam sebuah kemunculan
dunia oksigen. Bio Langsung. 2010;5:53.
5. Markov AV, Kulikov AM. Asal Eukaryota: kesimpulan berdasarkan analisis homologi
protein di tiga superkingdom. Paleontol J. 2005;39(4):345–57.
6. Schurko AM, Logsdon Jr JM. Menggunakan alat deteksi meiosis untuk menyelidiki
"skandal" aseksual kuno dan evolusi seks.
BioEssay. 2008;30(6):579–89.
7. Cavalier-Smith T. Asal inti sel, mitosis dan jenis kelamin: peran
koevolusi intraseluler. Bio Langsung. 2010;5:7.
8. MarkovAV. Transfer gen horizontal sebagai kemungkinan pendahulu evolusi reproduksi
seksual. Paleontol J. 2014;48(3):219–33.
9. Rosenshine I, Tchelet R, Mevarech M. Mekanisme transfer DNA dalam sistem perkawinan
archaebacterium. Sains. 1989;245:1387–9.
10. Ortenberg R, Tchlet R, Mevarech M: Sebuah model untuk sistem pertukaran genetik dari
archaeon Haloferax volcanii yang sangat halofilik.
Mikrobiologi dan Biogeokimia dari Lingkungan Hypersaline. Boca Raton: CRC
Press. Oren A 1998;331–38.
11. Breuert S, Allers T, Spohn G, Soppa J. Poliploidi yang diatur dalam archaea halofilik.
PLoS Satu. 2006;1:e92.
12. Soppa J. Ploidy dan konversi gen di Archaea. Biochem Soc Trans. 2011;
39(1):150–4.
13. Bernstein H, Byerly HC, Hopf FA, Michod RE. Kerusakan genetik, mutasi, dan evolusi
seks. Sains. 1985;229:1277–81.
14. Nedelcu AM, Marcu O, Michod RE. Seks sebagai respons terhadap stres oksidatif:
peningkatan dua kali lipat spesies oksigen reaktif seluler mengaktifkan gen seks.
Proc Biol Sci. 2004;271(1548):1591–6.
15. Martin W, Koonin EV. Intron dan asal kompartementalisasi nukleus-sitosol.
Alam. 2006;440:41–5.
16. Koonin EV. Asal dan evolusi awal eukariota dalam terang filogenomik. Genom Biol.
2010; 11:209.
17. Kondrashov AS. Mutasi yang merusak dan evolusi seksual
reproduksi. Alam. 1988;336:435–40.
18. de Visser JAGM, Elena SF. Evolusi seks: wawasan empiris tentang peran epistasis
dan penyimpangan. Nature Rev Genet. 2007;8:139–49.
19. Spaans SK, van der Oost J, Kengen SWM. Jumlah salinan kromosom archaeon
hipertermofilik Thermococcus kodakarensis KOD1.
Ekstrofil. 2015;19:741–50.
Machine Translated by Google

Markov dan Kaznacheev Biologi Langsung (2016) 11:28 Halaman 22 dari 22

20. Hildenbrand C, Stock T, Lange C, Rother M, Soppa J. Salinan genom 46. Simchen G, Hugerat Y. Apa yang menentukan apakah kromosom terpisah secara
jumlah dan konversi gen di Archaea metanogenik. Bakteri J. 2011; 193:734–43. reduksi atau persamaan dalam meiosis? BioEssay. 1993; 15:1–8.
47. Makarova KS, Serigala YI, Mekhedov SL, Mirkin BG, Koonin EV. Leluhur
21. Zahradka K, Slade D, Bailone A, Sommer S, Averbeck D, Petranovic M, Lindner paralog dan pseudoparalog dan peran mereka dalam munculnya sel eukariotik.
AB, Radman M. Pemasangan kembali kromosom yang hancur di Deinococcus Asam Nukleat Res. 2005;33(14):4626–38.
radiodurans. Alam. 2006;443:569–73. 48. Spang A, Saw JH, Jørgensen SL, Zaremba-Niedzwiedzka K, Martijn J, Lind AE, van Eijk
22. Delmas S, Shunburne L, Ngo HP, Allers T. Mre11-Rad50 mempromosikan perbaikan R, Schleper C, Guy L, Ettema TJG. Archaea kompleks yang menjembatani kesenjangan
cepat kerusakan DNA pada archaeon poliploid Haloferax volcanii dengan menahan antara prokariota dan eukariota. Alam. 2015;521:173–9.
rekombinasi homolog. PLoS Genet. 2009;5(7):e1000552. 49. Koonin EV. Nenek moyang archaeal dari eukariota: tidak begitu sulit dipahami lagi. Bio
23. Zerulla K, Chimileski S, Näther D, Gophna U, Papke RT, Soppa J. DNA sebagai BMC. 2015; 13:84.
polimer penyimpan fosfat dan keunggulan poliploidi alternatif untuk pertumbuhan 50. Henneman B, Dame RT. Histon archaeal: genom yang dinamis dan serbaguna
atau kelangsungan hidup. PLoS Satu. 2014;9(4):e94819. arsitek. Mikrobiol AIMS. 2015;1(1):72–81.
24. Iyer LM, Makarova KS, Koonin EV, Aravind L. Genom komparatif dari superfamili FtsK-
HerA dari pemompaan ATPase: implikasi untuk asal usul segregasi kromosom,
pembelahan sel dan pengemasan kapsid virus. Asam Nukleat Res. 2004;32(17):5260–
79.
25. Gerdes K, Howard M, Szardenings F. Mendorong dan menarik prokariotik
pemisahan DNA. Sel. 2010;141:927–42.
26. Kalliomaa-Sanford AK, Rodriguez-Castañeda FA, McLeod BN, Latorre-Roselló V, Smith
JH, Reimann J, Albers SV, Barilla D. Segregasi kromosom di Archaea dimediasi oleh
mesin partisi DNA hibrida. Proc Natl Acad Sci USA. 2012;109:3754–9.

27. Lindas AC, Bernander R. Siklus sel archaea. Mikrobiol Nat Rev. 2013;
11(9):627–38.
28. Hawkins M, Malla S, Blythe MJ, Nieduszynski CA, Allers T. Dipercepat
pertumbuhan tanpa adanya asal replikasi DNA. Alam. 2013;503:544–7.
29. Jensen MR, Løbner-Olesen A, Rasmussen KV. Escherichia coli
Minikromosom: segregasi acak dan tidak adanya kontrol nomor salinan. J Mol
Biol. 1990;215:257–65.
30. Jajoo R, Jung Y, Huh D, Viana MP, Rafelski SM, Springer M, Paulsson J.
Kontrol konsentrasi mitokondria dan nukleoid yang akurat. Sains.
2016;351:169–72.
31. Konversi Lange C, Zerulla K, Breuert S, Soppa J. Gene menghasilkan
pemerataan salinan genom dalam poliploid haloarchaeon Haloferax volcanii.
Mikrobiol Mol. 2011;80(3):666–77.
32. Papke RT, Koenig JE, Rodriguez-Valera F, Doolittle WF. Sering
rekombinasi dalam populasi garam Halorubrum. Sains. 2004;306: 1928–9.

33. Naor A, Lapierre P, Mevarech M, Papke RT, Gophna U. Hambatan spesies rendah di
archaea halofilik dan pembentukan hibrida rekombinan. Cur Biol. 2012;22:1444–8.

34. Khakhlova O, Bock R. Penghapusan mutasi yang merusak pada genom plastid
dengan konversi gen. Plant J. 2006;46:85–94.
35. Kondrashov AS. Siklus ploidi aseksual dan asal usul seks. Alam. 1994;
370:213–6.
36. Andersson SG, Kurland CG. Asal usul mitokondria dan hidrogenosom.
Mikrobiol Curr Opin. 1999;2(5):535–41.
37. Otto SP, Lenormand T. Menyelesaikan paradoks seks dan rekombinasi.
Nature Rev Genet. 2002;3:252–61.
38. Lapangan Merah RJ. Evolusi transformasi bakteri: Apakah pernah berhubungan seks dengan sel mati
lebih baik daripada tidak berhubungan seks sama sekali? Genetika. 1988;119:213–21.

39. Retribusi SF, Blundell JR, Venkataram S, Petrov DA, Fisher DS, Sherlock G.
Dinamika evolusi kuantitatif menggunakan pelacakan garis keturunan resolusi tinggi.
Alam. 2015;519:181–6.
40. Woods RJ, Barrick JE, Cooper TF, Shrestha U, Kauth MR, Lenski RE. Pemilihan
urutan kedua untuk evolvabilitas dalam populasi escherichia coli yang besar.
Sains. 2011;331:1433–6.
41. Lehman N. Kasus rekombinasi yang sangat kuno. J Mol Evol. 2003;56:770–7.
Kirimkan naskah Anda berikutnya ke BioMed Central dan
kami akan membantu Anda di setiap langkah:
42. Lapangan Merah RJ. Apakah bakteri berhubungan seks? Nature Rev Genet. 2001;2:634–9.

43. Lestini R, Duan Z, Allers T. Homolog archaeal Xpf/Mus81/FANCM • Kami menerima pertanyaan pra-pengiriman
Hef dan persimpangan Holliday resolvase Hjc menentukan jalur alternatif yang penting • Alat pemilih kami membantu Anda menemukan jurnal yang paling relevan
untuk kelangsungan hidup sel di Haloferax volcanii. Perbaikan DNA (Amst).
• Kami menyediakan dukungan pelanggan sepanjang waktu
2010;9(9):994–1002.
• Pengajuan online yang nyaman
44. Solari AJ. Bentuk primitif meiosis: kemungkinan evolusi meiosis.
Biocell. 2002;26(1):1–13. • Tinjauan sejawat menyeluruh
45. Cavalier-Smith T. Asal dan evolusi awal sel eukariotik.
• Penyertaan dalam PubMed dan semua layanan pengindeksan
Aspek molekuler dan seluler dari evolusi mikroba. Simposium Masyarakat
Mikrobiologi Umum 32. Cambridge [Inggris]; New York, Cambridge University utama • Visibilitas maksimum untuk riset Anda

Press. Carlile MJ, Collins JF, Moseley BEB 1981, 33–84.

Kirimkan naskah Anda di
www.biomedcentral.com/submit