TUGAS

DIAGNOSIS MOLEKULAR
Diserahkan Untuk Memenuhi Tugas Mingguan

Mata Kuliah : Bioteknologi

Dosen Pengampu : Yayuk Putri Rahayu, S.Si., M.Si

KELAS - 5J

NURHALIZA SAFITRI
222114105

PROGRAM SARJANA
PROGRAM STUDI FARMASI
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS MUSLIM NUSANTARA (UMN) AL-WASHLIYAH
MEDAN
2022
 PENYELESAIAN
1. Sebutkan dan jelaskan apa- apa saja diagnosis berbagai penyakit dengan berbagai
metode deteksi berbasis molekuler. Uraikan penjelasan masing- masing metode
deteksinya, beserta nama penyakit yang didiagnosisnya!
Jawab :
- Polymerase Chain Reaction (PCR)
Teknik ini adalah metode in vitro untuk amplifikasi fragmen DNA secara
enzimatik. Penggunaan enzim polimerase DNA yang stabil terhadap perubahan suhu
memungkinkan terjadinya replikasi dari DNA untuk berulang- 11 ulang, yang akan
menghasilkan jumlah kopi urutan daerah DNA yang dikehendaki dalam jumlah yang
cukup banyak. Jenis penyakit yang dapat di deteksi oleh metode PCR (Polymerase Chain
Reaction ) salah satunya yaitu penyakit Hepatitis C.
- ELISA (Enzym-Linked Immunosorbent Assay)
ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) merupakan suatu teknik yang
digunakan untuk menilai kuantifikasi kadar peptida, protein, antibodi dan hormon,
berdasarkan prinsip ikatan antigen-antibodi. Pada teknik ELISA akan dilakukan
imobilisasi antigen pada permukaan yang solid, selanjutnya akan diikat dengan antibodi
sehingga terbentuk kompleks ikatan antigen-antibodi, dimana kompleks antigen-antibodi
ini terikat dengan enzim. Sinyal deteksi berupa perubahan warna akan terbentuk akibat
reaksi antara enzim dengan substrat. Jenis penyakit yang dapat di deteksi oleh metode
ELISA salah satunya adalah penyakit HIV.
- Western Blot
Digunakan untuk konfirmasi hasil reaktif ELISA atau hasil serologi rapid tes
sebagai hasil yang benar-benar positif. Uji Western blot menemukan keberadaan antibodi
yang melawan protein HIV-1 spesifik (struktural dan enzimatik). Western blot dilakukan
hanya sebagai konfirmasi pada hasil skrining berulang (ELISA atau rapid tes). Jenis
penyakit yang dapat di deteksi oleh metode Western blot salah satunya adalah penyakit
HIV.
2. Sebutkan dan jelaskan perbandingan tingkat akurasi, sesitivitas dan spesifisitas
metode molekuler untuk berbagai penyakit kanker !
Jawab :
Hingga pada saat ini teknologi yang paling sensitif dalam diagnosis molekuler
dalam studi kanker adalah digital PCR dan NGS, terutama dalam mutasi dan abberasi.
Pengukuran yang lebih akurat pada digital PCR disebabkan adanya pengembangan
pengukuran dari populasi molekuler ke single DNA molecules yaitu single DNA PCR
(Patrinos et al. 2017).
Beberapa penelitian telah dilakukan terkait akurasi diagnostik droplet digital PCR
(ddPCR) pada kanker payudara seperti pada Tantiwetrueangdet et al. (2018) dengan nilai
sensitivitas 90% dan nilai spesifitas 85 .7% dengan komparasi sampel yang sudah di
analisis menggunakan FISH. Hasil yang cukup relevan juga didapatkan oleh Wang et al.
(2017) menunjukkan potensi pengukuran HER2 kanker payudara dengan nilai sensitivitas
82.8% dan nilai spesifisitas 97.3% dengan alur kerja yang lebih sederhana dibandingkan
kombinasi IHK dan FISH. Dapat disimpulkan bahwa pemeriksaan metode PCR
(Polymerase Chain Reaction) memiliki sensitivitas lebih rendah daripada metode IHK
namun spesifisitas lebih baik dibandingkan dengan metode IHK.

3. Sebutkan dan jelaskan perbandingan tingkat akurasi, sesitivitas dan spesifisitas

metode molekuler untuk berbagai penyakit menular/ infeksi!
Jawab :
Deteksi virus rabies menggunakan Antigen® rapid test kit rabies Ag memiliki
sensitivitas lebih rendah dibandingkan dengan metode RT-PCR, meskipun demikian kit
tersebut memiliki kelebihan dibanding RT-PCR dalam kecepatan deteksi dan kemudahan
aplikasi sehingga tidak harus ditangani personal laboran yang terlatih. Hasil uji reaksi
silang pada penelitian Wibowo,dkk (2015) menunjukkan bahwa Anigen® rapid test kit
rabies Ag tidak beraksi silang dengan Salmonella sp., Escherichia coli, dan canine
parvovirus, serta mempunyai sensitivitas 92,3%, dan spesifisitas 97,9%.

4. Dalam diagnosis penyakit dengan metode molekuler, jelaskan pengertian dari :

Jawab :
a. Akurasi : Adalah ukuran yang menentukan tingkat kemiripan antara hasil
pengukuran dengan nilai yang sebenarnya diukur. Dalam bidang pengukuran,
akurasi lebih dikhususkan pada ketidakpastian pengukuran dari alat ukur.
b. Sensitivitas : Adalah kemampuan tes untuk menunjukkan individu mana yang
menderita sakit dari seluruh populasi yang benar-benar sakit.
c. Spesifisitas : Adalah kemampuan tes untuk menunjukkan individu mana yang
tidak menderita sakit dari mereka yang benar-benar tidak sakit.
 5. Sebutkan dan jelaskan 3 syarat yang harus dipenuhi dalam strategi deteksi suatu
penyakit!
Jawab :
Syarat sebuah deteksi sautu penyakit yaitu :
a. Valid/ akurat, yaitu kemampuan tes untuk menunjukkan dengan (akurat) individu
mana yang menderita sakit dan mana yang tidak. Validitas tes yang dicerminkan
dengan sensitifitas dan spesifisitas.
b. Sensitivitas, yaitu kemampuan tes untuk menunjukkan individu mana yang
menderita sakit dari seluruh populasi yang benar-benar sakit.
c. Spesifisitas, yaitu kemampuan tes untuk menunjukkan individu mana yang tidak
menderita sakit dari mereka yang benar-benar tidak sakit.

6. Sebutkan dan jelaskan minimal 3 jenis utama tes HIV . Uraikan prinsip teori tesnya
dan prosedur metodenya!
Jawab :
a. Tes ELISA (Enzym-Linked Immunosorbent Assay)
Prinsip : ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) adalah suatu teknik biokimia
berbasis plate yang terutama digunakan dalam bidang imunologi untuk mendeteksi dan
mengukur konsentrasi antigen (peptida, hormon, protein) dan antibodi dalam suatu sampel.
Dalam ELISA, antigen diimobilisasi diatas plate, lalu dikonjugasikan dengan antibody
spesifik yang berikatan dengan enzim. Proses deteksi dilakukan dengan melihat perubahan
warna akibat aktivitas enzim terhadap substrat.

Prosedur Metode :
 ELISA dimulai dengan proses coating, antigen atau antibody diimobilisasi dalam
96-well polystyrene plate. Lalu dilanjutkan dengan proses blocking, dimana bagian
yang tidak ada antibody/antigen ditutupi dengan reangent blocking.
 Plate diinkubasi dengan antibody yang terkonjugasi dengan enzim. Lalu, plate
dicuci untuk menghilangkan antibody yang tidak berikatan.
 Substrat ditambahkan ke dalam plate yang akan menghasilkan perubahan warna,
lalu dibaca menggunakan microplate reader (Kurdianto, 2021).
 b. Shouthern Blot
Prinsip : Metode untuk menyelidiki keberadaan sekuens DNA tertentu dalam sampel
DNA. DNA sampel sebelum atau setelah pencernaan enzim restriksi dipisahkan dengan
elektroforesis gel dan kemudian ditransfer ke membran dengan blotting melalui aksi
kapiler. Membran tersebut kemudian terkena probe DNA berlabel yang memiliki urutan
basa pelengkap untuk urutan DNA pada bunga.

Prosedur Metode :
 Teknik ini mentransfer DNA ke kertas NC dengan menggunakan prosedur aliran
pelarut. Caranya yaitu dengan menempatkan gel elektroforesis ke kertas matriks
yang direndam buffer dan berada di atas sesuatu seperti spons yang telah dibasahi
dengan buffer.
 Membran tersebut diletakkan di atas gel dan ditumpuk pula beberapa kertas
peresap di atasnya.
 Buffer kemudian akan mengalir pelan-pelan ke membran, demikian pula dengan
gel yang membawa molekul ke kertas membran, sementara gelnya diserap oleh
kertas peresap.
 Fragmen DNA yang spesifik dideteksi dengan menggunakan pelacak. Pelacak
biasanya merupakan DNA yang dimurnikan dan bisa ditandai dengan aktifitas
spesifik radionukletida.
 Lokasi sinyal yang terlihat setelah autradiografi membuat kita dapat menentukan
ukuran dari fragmen DNA tersebut.
c. Wastern Blot
Prinsip : Uji Western blot menemukan keberadaan antibodi yang melawan protein HIV-1
spesifik (struktural dan enzimatik). Western blot dilakukan hanya sebagai konfirmasi pada
hasil skrining berulang (ELISA atau rapid tes).

Prosedur Metode :
 Elektroforesis yang memisahkan jenis protein. Gel yang umum digunakan yaitu
SDS PAGE.
 Protein dipindahkan dari dalam gel ke membran padat agar protein dapat diakses
untuk deteksi antibodi. Metode utama untuk mentransfer protein disebut
electroblotting, yang menggunakan medan listrik tegak lurus pada permukaan gel
untuk menarik protein keluar dari gel dan pindah ke membran.
 Blocking adalah langkah penting dalam western blot untuk mencegah antibodi
mengikat membran secara non-spesifik. Penghambat yang paling umum digunakan
adalah BSA dan non-fat dry milk. Ketika membran ditempatkan dalam larutan
encer protein, protein menempel ke semua tempat di membran di mana protein
target belum menempel.
 Antibodi primer mengikat protein target ketika antibodi primer diinkubasi dengan
membran. Membran kemudian dicuci dengan larutan buffer antibodi untuk
menghilangkan antibodi yang tidak terikat. Langkah selanjutnya yaitu
menambahkan antibody sekunder dan Kembali melakukan inkubasi.
 Substrat bereaksi dengan enzim yang terikat pada antibodi sekunder untuk
menghasilkan zat berwarna.