A. Latar Belakang
1. Dasar Hukum, Tugas Fungsi/Kebijakan
Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor
PER.33/MEN/2011 tanggal 26 September 2011 tentang Organisasi dan Tata
Kerja, Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) adalah Unit Pelaksana Teknis
(UPT) Kementerian Kelautan dan Perikanan yang berada dibawah Pusat
Penelitian dan Pengembangan Perikanan (dulu bernama Pusat Penelitian dan
Pengembangan Perikanan Budidaya), BPPI berkewajiban untuk mendukung
pencapaian kegiatan penelitian dan pengembangan perikanan. Bentuk
kegiatan yang dilaksanakan adalah penelitian pemuliaan ikan budidaya
melalui seleksi, hibridisasi maupun rekayasa genetika untuk menghasilkan
benih ikan unggul.
Sebagai lembaga penelitian di bidang pemuliaan ikan, salah satu
amanah yang diemban Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) adalah merakit
varietas atau strain ikan unggul untuk kegiatan budidaya. Pemenfaatan benih
ikan unggul dalam kegiatan budidaya memegang peranan yang sangat besar
dalam menunjang keberhasilan usaha selain faktor pakan atau nutrisi dan
lingkungan. Untuk itu diperlukan upaya perakitan strain unggul untuk
menyediakan induk atau benih unggul yang terjamin kualitasnya.
2. Gambaran Umum
Beberapa tahun terakhir, pertumbuhan produksi budidaya perikanan
meningkat cukup signifikan dalam kurun waktu 5 tahun terakhir, yaitu sebesar
37%. Produksi perikanan didukung oleh penyediaan lahan, benih, input
budidaya seperti pakan, pupuk, obat-obatan, pengelolaan kesehatan ikan dan
lingkungan, serta sistem usaha budidaya.
Dalam rangka peningkatan komersialisasi perikanan budidaya secara
berkelanjutan maka perikanan budidaya di Indonesia membutuhkan teknologi
yang inovatif dari hulu hingga hilir sehingga terjadi peningkatan efisiensi
dalam suatu usaha atau industri perikanan budidaya. Inovasi teknologi yang
efektif dan efisien, berdaya saing tinggi serta berkelanjutan sangat dibutuhkan
untuk meningkatan produksi perikanan budidaya. Teknologi yang inovatif ini
perlu didiseminasikan secara cepat dan tepat kepada masyarakat untuk
segera diaplikasikan dalam usaha yang riil sebagai upaya peningkatan
effisiensinya. Salah satu inovasi yang perlu disediakan adalah ketersediaan
varietas unggul ikan budidaya. Disamping itu, beberapa aspek yang
diharapkan dukungannya adalah infrastruktur, permodalan dan kelembagaan
yang efektif.
Penyediaan varietas ikan unggul dapat ditempuh dengan perbaikan
kualitas genetik varietas ikan yakni dengan program pemuliaan yang meliputi
program seleksi (selective breeding), persilangan (hibridisasi), dan rekayasa
genetika. Penerapan teknik rekayasa genetika ikan di BPPI sejak tahun 2009
telah menunjukkan kemajuan sehingga dapat terus dikembangkan untuk
mendukung pelaksanaan program pemuliaan ikan.
Keunggulan program pemuliaan adalah pada peningkatan produktivitas
dan efisiensi yang sudah sering kali dibuktikan termasuk pada sektor
perikanan (Doupe dan Lymbery, 2003; Fjalestad et al., 2003). Pemuliaan
merupakan pendekatan mendasar sebagai upaya untuk meningkatkan
karakter komersial penting dari spesies budidaya, sehingga pemuliaan
mampu meningkatkan hasil produksi, kelangsungan hidup dan kualitas produk
(Wang et al., 2006). Program pemuliaan pada prinsipnya adalah untuk
memilih hewan unggul sebagai induk pembentuk generasi berikutnya (Rye,
2012).
Pelaksanaan kegiatan penelitian pemuliaan yang dikembangkan di BPPI
dibagi berdasarkan komoditas ikan air tawar, yaitu Komoditas Ikan Patin,
Komoditas Ikan Nila, Komoditas Ikan Mas, Komoditas Ikan Lele, Komoditas
Ikan Gurami dan Komoditas Udang Galah. Pada kegiatan penelitian tahun
2017 ini, masing-masing komoditas melaksanakan satu kegiatan yang
merupakan bagian dari kegiatan utama Penelitian Pembentukan Varietas Ikan
Unggul Air Tawar.
B. Penerima Manfaat
Penerima manfaat utama dari keberhasilan kegiatan ini adalah
pembudidaya ikan yang tersebar di berbagai daerah baik di perairan tawar
maupun perairan payau dan laut. Berkembangnya usaha budidaya ikan melalui
ketersediaan induk atau benih unggul akan berdampak pada peningkatan
produksi ikan nasional. Ketersediaan produk biologi unggul juga akan bermanfaat
terhadap usaha perkonomian masyarakat yang terlibat seperti pemasok pakan
ikan dan pedagang ikan serta akan meningkatkan konsumsi ikan masyarakat
secara umum.
Td
FR = ------------------- x 100 %
Nt
Keterangan :
FR = Derajat Pembuahan telur (%)
Td = Jumlah telur yang terbuahi (butir)
Nt = Jumlah telur total (butir)
b) Derajat Penetasan / Hatching Rate (HR)
Tingkat penetasan telur setelah terbuahi / sarang,
Nl
HR = ------------------ x 100 %
Nt
Keterangan:
HR = Derajat Penetasan / Hatching Rate (%)
Nl = Jumlah larva yang dihasilkan (menetas)
Nt = Jumlah telur terbuahi (butir)
c) Sintasan Larva /Survival Rate (SR) Pemeliharaan
Kelangsungan hidup larva masa pemeliharaan
Nt
SR = ------------------ x 100 %
No
Keterangan :
SR = Sintasan larva (%)
Nt = Jumlah benih akhir pemeliharaan
No = Jumlah larva awal tebar
w s2
Dimana :
t = korelasi intraklas
n = jumlah individu
N = jumlah famili
h) Karakter Morfometrik F0
Analisis keragaman morfologi antar populasi dilakukan melalui
pengukuran secara morfometrik pada umur 9 dan 14 bulan. Umur 9
bulan dipilih karena ikan gurami belum memperlihatkan dimorfisme
seksual, sedangkan umur 14 bulan sudah memperlihatkan
dimorfisme seksual. Sampel diletakkan di atas kertas tahan air
dengan bagian kepala berada di sebelah kiri. Titik-titik patokan yang
jelas, konsisten dan homolog dari satu sampel ke sampel lain dipilih
di sekitar garis bentuk (outline) tubuh ikan. Delapan buah titik patokan
yang dipilih membagi garis bentuk tubuh ikan menjadi 3 bidang dan
menghasilkan 16 karakter truss. Ikan difoto kemudian diukur
mengunakan program Analysis. Pengukuran jarak antara titik-titik
patokan tersebut, dilakukan menggunakan program Analysis dengan
ketelitian 0,5 mm. Secara lebih jelas titik-titik outliner pada tubuh ikan
disajikan pada Gambar 1.
A2
B1
A1 A5 C1
B4
A3 C5 C4
B2
A6 C2
B5
A4
C3
B3
Gambar 1. Lokasi 16 titik yang ditentukan pada garis luar tubuh ikan untuk
memperoleh data truss morfometrik. Titik-titik landmark mengacu kepada
(1) ujung mulut, (2) dahi, (3) pangkal sirip punggung, (4) pangkal sirip
perut, (5) ujung sirip punggung, (6) ujung sirip anal, (7) pangkal atas sirip
ekor, (8) pangkal bawah sirip ekor.
i) Karakter Genetik F0
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA genom sampel sirip ekor ikan gurami populasi
generasi pertama hasil seleksi. DNA genomik dari masing-masing
sampel individu diekstraksi menggunakan kit GenejetTM Genomic
DNA Purification (Fermentas) secara singkat protokol terdiri dari
serangkaian langkah termasuk lisis jaringan, presipitasi DNA,
pengikatan DNA di column, pencucian dan elusi. Lisis jaringan
dilakukan dengan menimbang sekitar 20 mg sampel jaringan dan
memotong dengan pisau bedah menjadi potongan-potongan kecil.
Tambahkan 180 µl Digestion Solution dan 20 µl Proteinase K setelah
itu di vortex selama beberapa detik. Inkubasi sampel pada suhu 56oC
selama 3 jam atau sampai sampel lisis. Setelah itu tambahkan 20µl
Rnase Solution,mix dengan vortex lalu inkubasi 10 menit pada suhu
ruang. Tambahkan 200 µl Lysis Solution lalu vortex selama 15 detik.
Tambahkan 400 µl ethanol 50% lalu vortex. Masukan sampel ke
dalam Column lalu sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 6000
x g. Buang supernatant. Tambahkan 500 µl Wash Buffer I lalu
sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 8000 x g. Buang
supernatant. Tambahkan 500 µl Wash Buffer II lalu sentrifus selama
3 menit dengan kecepatan 12,000 x g. Buang supernatant.
Tambahkan 200µl Elution Buffer , lalu inkubasi selama 2 menit pada
suhu ruang setelah itu sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan
8,000 x g. Pindahkan supernatant ke tube 1,5 ml lalu simpan di
freezer -20oC. Pengecekan hasil ekstraksi dilakukan dengan
elektroforesis menggunakan gel agarose 1%.
Amplifikasi DNA dengan metode PCR
Reaksi PCR dilakukan dalam tube PCR 0,2 ml. Untuk menjaga
konsistensi, mastermix PCR yang digunakan adalah khusus untuk
amplifikasi mikrosatelit (Type-It™ Microsatellite, Qiagen). Amplifikasi
1 µL DNA genom hasil ekstraksi bersama dengan masing-masing 1
µL dari 10 pmol primer mikrosatelit (tabel 1), 6µL mastermix dan 6 µL
akuades. Proses amplifikasi dilakukan dengan menggunakan
MyCycler™ Thermal Cycler (BioRAD, USA) dengan siklus amplifikasi
o
berupa inisiasi denaturasi pada suhu 94 C selama 3 menit,
dilanjutkan masing-masing sebanyak 30 siklus denaturasi pada suhu
94 oC selama 30 detik, annealing pada suhu yang direkomendasikan
pada tabel 1 selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72 oC selama
30 detik Perpanjangan terakhir adalah pada 72 ˚ C selama 10 menit
dan 4oC selama tak terhingga. Pengecekan hasil amplifikasi PCR
dilakukan dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1,5%.
j) Kualitas Air
Selama pemeliharaan ikan dilakukan pengukuran kualitas air.
Parameter kualitas air yang diamati adalah: suhu, oksigen terlarut
(DO), dan pH yang diukur menggunakan alat Water Quality Checker
(WQC). Parameter lainnya diukur dengan metode standar seperti:
kadar amoniak (SNI 06-6989.30-2005), nitrit (SNI 06-6989.9-2004),
dan nitrat (SNI 06-2480-1991).
4) Analisis data
Produk PCR diskor dan diberi skor 1 dan 0, angka satu
menunjukkan adanya pita DNA sedangkan angka 0 menunjukkan
tidak adanya pita DNA pada tiap marker untuk membuat matrik biner.
Parameter-parameter variabilitas genetik intra dan interpopulasi,
termasuk jumlah allele yang dideteksi (A), observed(O), dan
heterozygositas (HE), Hardy-Weinberg equilibrium (HW) dan fixation
index within population (FIS) yang dihitung menggunakan software
statistical genetic Fstat version 2.9.3. (Goudet, 2001). Jumlah dari
identifikasi alel antara populasi sangat tergantung dari ukuran
sampel. Untuk mengurangi bias dari jumlah alel per populasi sesuai
dengan ukuran sampel, parameter ini disebut dengan allelic richness
(RS) (El Mousadik and Petit, 1996). Perkiraan ini diperoleh dari
Genepop (Raymond and Rousset, 1995). Bagian jumlah variasi
genetik di dalam dan antar populasi dianalisis analysis of molecular
variance (AMOVA) menggunakan software Arlequin (Schneider et al.,
2000). Data-data yang diperoleh dianalisa GLM univariate dengan
menggunakan program SPSS 17.
a b
Ekstraksi DNA
DNA genomik dari masing-masing sampel individu diekstraksi
menggunakan kit GenejetTM Genomic DNA Purification (Fermentas)
secara singkat protokol terdiri dari serangkaian langkah termasuk lisis
jaringan, presipitasi DNA, pengikatan DNA di column, pencucian dan
elusi. Lisis jaringan dilakukan dengan menimbang sekitar 20 mg sampel
jaringan dan memotong dengan pisau bedah menjadi potongan-
potongan kecil. Sebanyak 180 µl Digestion Solution dan 20µl Proteinase
Kditambahkan setelah itu di vortex selama beberapa detik. Inkubasi
sampel pada suhu 56oC selama 3 jam atau sampai sampel lisis. Setelah
itu tambahkan 20µl Rnase Solution,mix dengan vortex lalu inkubasi 10
menit pada suhu ruang. Sebanyak 200 µl Lysis Solution ditambahkan
lalu vortex selama 15 detik. Sebanyak 400 µl ethanol 50%
ditambahkan lalu vortex. Sampel dimasukkan kedalam Column lalu
sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 6000 x g. Supernatant
dibuang. Sebanyak 500 µl Wash Buffer I ditambahkan lalu sentrifus
selama 1 menit dengan kecepatan 8000 x g kemudian supernatant
dibuang. Sebanyak 500 µl Wash Buffer II ditambahkan lalu sentrifus
selama 3 menit dengan kecepatan 12,000 x g kemudian supernatant
dibuang. Sebanyak 200µl Elution Bufferditambahkan, lalu inkubasi
selama 2 menit pada suhu ruang setelah itu sentrifus selama 1 menit
dengan kecepatan 8,000 x g. Supernatant dipindahkan ke tube 1,5 ml
lalu simpan di freezer -20oC. Pengecekan hasil ekstraksi dilakukan
dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1%.
Amplifikasi DNA dengan Metode PCR
Reaksi PCR dilakukan dalam tube PCR 0,2 ml. Untuk menjaga
konsistensi, mastermix PCR yang digunakan adalah khusus untuk
amplifikasi mikrosatelit (Type-It™ Microsatellite, Qiagen). Amplifikasi 1
µL DNA genom hasil ekstraksi bersama dengan masing-masing 1 µL
dari 10 pmol primer mikrosatelit (tabel 1), 6µL mastermix dan 6 µL
akuades. Proses amplifikasi dilakukan dengan menggunakan
MyCycler™ Thermal Cycler (BioRAD, USA) dengan siklus amplifikasi
berupa inisiasi denaturasi pada suhu 94 oC selama 3 menit, dilanjutkan
masing-masing sebanyak 30 siklus denaturasi pada suhu 94 oC selama
30 detik, annealing pada suhu yang direkomendasikan pada tabel 1
o
selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72 C selama 30 detik
Perpanjangan terakhir adalah pada 72 ˚ C selama 10 menit dan 4oC
selama tak terhingga.Pengecekan hasil amplifikasi PCR dilakukan
dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1,5%. Sebanyak 8
primer yang digunakan untuk mengamplifikasi alel-alel yang polymorphik
(Tabel 1).
Skoring Alel
Produk PCR di analisis dengan QIAxcel multicapilary
electroforesis sistem (Qiagen). Reaksi menggunakan kit QIAxcel DNA
hight resolution kit (Cat No. 929002) dan produk PCR diseparasi
menggunakan metodeOM 750 12-channel Sieving-gel cartridge (GCK
5000). Berdasarkan pada alignment Marker 50 bp-800 bp(cat No.
925256), dimana alignment Marker berfungsi untuk
membatasipembacaan nilai aleldan Qx DNA size marker 50 bp- 1 kb
(Cat No. 929526) untuk pembacaan nilai alel, ukuran alel diolah dan
secara otomatis dihitung dalam base pair dengan software
BioCalculatorTM, terdapat pada QIAxcel sistem dan ditunjukkan sebagai
gambar gel dan elektroforegram.
Analisis Data
Produk PCR diskor dan diberi skor 1 dan 0, angka satu
menunjukkan adanya pita DNA sedangkan angka 0 menunjukkan tidak
adanya pita DNApada tiap marker untuk membuat matrik biner.
Parameter-parameter variabilitas genetik intra dan interpopulasi,
termasuk jumlahallele yang dideteksi (A), observed(O), dan
heterozygositas (HE), Hardy-Weinberg equilibrium (HW) dan fixation
index within population (FIS) yang dihitung menggunakan software
statistical genetic Fstat version 2.9.3. (Goudet, 2001).Jumlah dari
identifikasi alel antara populasi sangat tergantung dari ukuran sampel.
Untuk mengurangi bias dari jumlah alel per populasi sesuai dengan
ukuran sampel, parameter ini disebut dengan allelic richness (RS) (El
Mousadik and Petit, 1996). Perkiraan ini diperoleh dari Genepop
(Raymond and Rousset, 1995). Bagian jumlah variasi genetik di dalam
dan antar populasi dianalisis dengan analysis of molecular variance
(AMOVA) menggunakan software Arlequin (Schneider et al., 2000).
Uji Multilokasi
Kegiatan uji multilokasi akan dilakukan untuk melihat performa
budidaya pada fase pembesaran di beberapa lokasi yang berbeda
berdasarkan tingkat ketinggian. Kegiatan uji multilokasi direncanakan
akan dilakukan di BPPI Sukamandi dan BBUG Samas, Jogjakarta.
Analisis data
Analisa terhadaprespons seleksi dan diferensial seleksi pada
karakter bobot dilakukan berdasarkan data pengukuran panjang standar
udang galah pada populasi terseleksi dan populasi kontrol
Diferensial seleksi dihitung berdasarkan perbedaan antara rata-
rata udang galah yang telah terpilih sebagai induk, dan rata-rata dari
populasi umum. Respons seleksi, dihitung berdasarkan nilai selisih
rata-rata populasi keturunan induk terseleksi dengan rata-rata populasi
induk kontrol. (Doyle 1980; Hardjosubroto 1994; Tave 1995; Gjedrem
2005; Lewer 2005).
S = Xs – X
S : Differensial seleksi
X : Rerata fenotip populasi sebelum seleksi
Xs : Rerata fenotip induk seleksi (10% top)
h2 =
h2 : Heritabilitas
R : Respons seleksi
S : Differensial seleksi
Bulan ke-
JADWAL RENCANA OPERASIONAL
No
KEGIATAN 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
1. Persiapan
Seleksi induk populasi generasi pertama
Pematangan gonad induk
Pengujian keragaan ketahanan penyakit
2. Pengujian keragaan pertumbuhan
Seleksi individu dalam famili terpilih
Pembesaran lanjutan populasi generasi kedua
hasil seleksi
3. Analisis data
4. Laporan
1 Persiapan 20
Studi Pustaka 20 40 60 80 100
Dokumen 25 75 100
perencanaan
Pengadaan bahan 40 60 65 70 75 80 85 90 95 100
(wadah, pakan,
dll)
2 Pelaksanaan 60
a. Pembentukan
F2 udang galah
tumbuh cepat dan
matang lambat
Deteksi MrNV 50 100
calon induk/benih
F2
Plotting induk 50 100
pemijahan
Pemeliharaan 30 60 100
larva ch 1,2,3
Pendederan ch 30 60 100
1,2,3
Uji respon F2 15 30 45 60 75 100
Pembesaran 15 30 45 60 75 100
kolam 200 dan
1000 m2 (3:3
buah ;
seleksi:kontrol)
Seleksi 75 25
pembentukan
populasi F2
terseleksi dan
kontrol
Pembentukan 25 50 25
induk di kolam
200 m2
Uji toleransi 25 50 75 100
lingkungan
Uji multilokasi 25 50 25
b. Karakterisasi
induk
Analisis 30 60 100
keragaman induk
c. Peremajaan
Induk Udang
Galah Asahan,
Bone dan Berau
Ppemeliharaan 50 100
larva
Pendederan 50 100
Pembesaran 30 60 100
kolam
3 Pelaporan 10
Laporan (bulanan 5 10 15 20 30 40 50 60 70 80 90 100
dan Teknis)
D. Waktu Pencapaian Keluaran
Waktu yang diperlukan untuk mencapai keluaran yang diharapkan adalah
12 (dua belas) bulan.