Diterjemahkan dari bahasa Prancis ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Isolasi, karakterisasi dan identifikasi lactobacilli yang

berfokus terutama pada keju dan produk susu lainnya
produk
Valérie Coeuret, Ségolne Dubernet, Marion Bernardeau, Micheline Gueguen,
Jean Vernoux

Untuk mengutip versi ini:

Valérie Coeuret, Ségolne Dubernet, Marion Bernardeau, Micheline Gueguen, Jean Vernoux. Isolasi,
karakterisasi dan identifikasi lactobacilli berfokus terutama pada keju dan produk susu lainnya. Le Lait, Edisi
INRA, 2003, 83 (4), hlm. 269-306. ??? 10.1051 / susu: 20033019 ???. ??? hal-00895504 ???

Id HAL: hal-00895504
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00895504
Dikirim pada 1 Jan 2003

HAL adalah akses terbuka multi-disiplin Arsip terbuka multidisiplin HAL, adalah
arsip untuk penyimpanan dan penyebarluasan ilmu pengetahuan yang dimaksudkan untuk penyimpanan
dan penyebarluasan dokumen penelitian yang bersifat ilmiah, baik tingkat penelitian ilmiah, diterbitkan
atau tidak, diterbitkan atau tidak. Dokumen tersebut dapat berasal dari lembaga pendidikan dan lembaga
pengajaran dan penelitian di Prancis atau penelitian Prancis atau asing, laboratorium di luar negeri, atau
dari pusat penelitian publik atau swasta. publik atau swasta.
Susu 83 (2003) 269–306
© INRA, EDP Sciences, 2003 269
DOI: 10.1051 / lait: 20033019

Mengulas artikel

Isolasi, karakterisasi dan identifikasi

lactobacilli yang berfokus terutama pada keju
dan produk susu lainnya

Valérie COEURET, Ségolène DUBERNET, Marion BERNARDEAU,

Micheline GUEGUEN, Jean Paul VERNOUX *

Laboratorium mikrobiologi makanan USC INRA, Universitas Caen Basse-Normandie,

Esplanade de la Paix, 14032 CAEN Cedex, Prancis

Diterima 11 April 2002 - Diterima 5 Mei 2003

Diterbitkan online 5 Juli 2003

Abstrak - Selama lima belas tahun terakhir, Lactobacillus genus telah berevolusi dan berisi hingga
saat ini lebih dari 80 spesies. Mereka hadir dalam susu mentah dan produk susu seperti keju,
yoghurt, dan susu fermentasi. Program jaminan kualitas yang terkait dengan penelitian,
pengembangan, produksi, dan validasi manfaat kesehatan atau teknologi dari bakteri ini
memerlukan isolasi, penghitungan, dan identifikasi yang relevan. Tinjauan ini menyajikan media
selektif yang berbeda untuk mengisolasi laktobasilus, dan berbagai alat yang tersedia untuk
mengkarakterisasi laktobasilus pada tingkat genus, spesies atau strain menggunakan metode yang
bergantung pada kultur: metode fenotipikal, molekuler atau global, atau menggunakan metode
molekuler canggih yang tidak bergantung pada kultur. . Enzim yang digunakan untuk PFGE, probe
hibridisasi dan primer metode berbasis PCR tercantum dalam tujuh tabel. Kesimpulannya,

Lactobacillus / media / enzim restriksi PFGE / probe / primer / keju / produk susu

Abstrak - Isolasi, karakterisasi dan identifikasi lactobacilli dari produk susu.

Selama lima belas tahun terakhir, genre Lactobacillus telah mengalami banyak desain ulang
dan saat ini memiliki lebih dari 80 spesies. Lactobacilli ditemukan dalam susu mentah, produk
susu seperti keju, yogurt, dan susu fermentasi. Untuk menjadi bagian dari pendekatan
kualitas yang ditujukan untuk pengembangan lactobacilli dengan efek kesehatan atau
kepentingan teknologi, isolasi, penghitungan dan karakterisasi sempurna dari bakteri ini
diperlukan. Tinjauan literatur ini menyajikan berbagai media selektif untuk mengisolasi
laktobasilus, serta alat yang tersedia hingga saat ini untuk mengkarakterisasi laktobasilus
pada tingkat genus, spesies atau strain, serta dengan metode yang bergantung pada kultur:
fenotipik, molekuler. dengan metode baru berdasarkan sampel mentah. Enzim yang
digunakan dalam PFGE, probe hibridisasi dan oligonukleotida yang digunakan untuk teknik
PCR yang berbeda tercantum dalam tujuh tabel. Sebagai kesimpulan, keuntungan dan
kerugian dari teknik ini disajikan.

Lactobacillus / media selektif / enzim PFGE / probe molekuler / primer PCR / keju /
produk susu

* Korespondensi dan cetak ulang E-

mail: vernoux@ibba.unicaen.fr
270 V.Coeuret dkk.
1. PERKENALAN:
KEANEKARAGAMAN HAYATI
LACTOBA-CILLI PADA PRODUK SUSU
Bakteri asam laktat (BAL) termasuk berbagai
genera dan mencakup sejumlah besar spesies.
Ciri-ciri umum mereka adalah: Gram-positif,
biasanya katalasenegatif, pertumbuhan di
bawah mikroaerofilik hingga kondisi anaerobik
yang ketat dan produksi asam laktat. Bakteri ini
merupakan komponen utama starter yang
digunakan dalam fermentasi, terutama untuk
produk susu, dan beberapa di antaranya juga
merupakan komponen alami mikroflora saluran
cerna.Lactobacillus adalah salah satu genera
LAB yang paling penting. Dalam susu mentah
dan produk susu seperti keju, yoghurt dan susu
fermentasi, lactobacilli secara alami hadir atau
ditambahkan dengan sengaja, untuk alasan
teknologi atau untuk menghasilkan manfaat
kesehatan bagi konsumen.
1.1. Keju dan susu
Dalam keju, lactobacilli (Lb. helveticusdan
Lb. delbrueckiisp. danlaktis) terdapat dalam
kultur starter industri untuk memproses keju
keras (misalnya keju keras Emmental,
Comté, Grana Italia dan Argentina) [21,
43, 92]. Keju pasta filata (Mozarella) dan
keju keras Italia (Canestrato Pugliese
dan Parmigiano Reggiano) juga
diproses dengan Lb. delbrueckiisp.
bulgarikus [42, 45, 83]. Starter Lactobacilli
biasanya hadir pada level 109 bakteri / g,
berkontribusi pada fermentasi laktat, dan
terlibat pada awal pematangan [70].
Misalnya, dalam keju Emmental, lactobacilli
memfermentasi galaktosa diekskresikan oleh
Streptococcus thermophilus, mencapai
proses pengasaman, dan berkontribusi pada
proteolisis primer [31, 35, 59, 74]. Jumlahnya
berkurang dengan cepat selama
pematangan, pada tingkat tertentu
tergantung pada sensitivitas starter
terhadap garam [110], pada aktivitas air, dan
pada kekuatan autolisis strain [185].
Beberapa lactobacilli juga ada di alam
mikroflora produk susu (bakteri asam
laktat nonstarter: NSLAB) dan berasal dari
hewan, peternakan, dan perusahaan susu
keju: Lb. caseisp. kase / Lb. paracaseisp.
paracasei, Lb.rhamnosus, Lb. plantarum, Lb.
fermentum, Lb. singkat, Lb. buchneri, Lb.
kelengkungan, Lb. acidophilusdan Lb. pentosus[
43, 58, 83, 110, 120, 133]. NSLAB, yang awalnya
hadir dalam jumlah kecil (102 ke 103 NSLAB / g
setelah menekan keju Cheddar), meningkat
menjadi jumlah tinggi pada varietas keju yang
membutuhkan waktu pematangan yang lama
(107 ke 108 bakteri/g dalam waktu sekitar 3
bulan dalam keju Cheddar) [10, 21,
34, 58, 69, 73, 86, 110, 145].
Coppola dkk. [44] mempelajari karakteristik
mikrobiologi susu mentah, starter whey alami
dan keju selama bulan-bulan pertama
pematangan Parmigiano Reggiano:
thermophilic lactobacilli -Lb. helveticus, Lb.
delbrueckiisp. laktis. Lb. delbrueckiisp.
bulgarikus - menghilang dalam waktu 30 hari.
Lactobacilli heterofermentatif fakultatif
mesofilik berbentuk batang -
Lb. kase, Lb. paracaseisp. paracasei, Lb.
paracaseisp. toleran dan Lb. ramnosus -
semakin meningkat jumlahnya sampai bulan
kelima pematangan. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa lactobacilli termofilik
danLb. rhamnosusberasal dari whey starter
alami, sedangkan komponen lactobacilli non-
starter lainnya berasal dari susu mentah.
Demikian pula, keju Comté mengandung
strain lactobacilli mesophilic. Mereka berasal
dari susu mentah, dan sumber ini mungkin
lebih penting daripada lingkungan pabrik
[17, 58]. Perbedaan telah diamati antara keju
susu mentah dan keju susu pasteurisasi atau
mikrofilter [58, 70, 164]. Eliskases-Lechner
dkk. [70] menemukan bahwa keju Bergkäse
(keju regional Austria) yang dibuat dari susu
pasteurisasi mengandung kurang dari
seperseribu jumlah opsional
heterofermentative lactobacilli (FHL) yang
ada dalam keju susu mentah. Perbedaan
metabolisme sitrat, yang terjadi pada keju
susu mentah, dapat dikaitkan dengan
adanya FHL dalam keju ini. Sangat sedikit
usaha yang dicurahkan untuk
mengendalikan angka
 Identifikasi laktobasilus susu
dan jenis NSLAB yang ada, meskipun organisme
ini dianggap memiliki pengaruh yang signifikan
terhadap pengembangan rasa keju dan untuk
berpartisipasi langsung dalam produksi
beberapa senyawa aroma utama seperti asam
asetat, asam format dan gas [31, 56, 59, 173] .
Namun, NSLAB juga dapat menyebabkan cacat.
Misalnya, dalam keju Emmental,Lb. plantarum
dapat mengganggu metabolisme bakteri asam
propionat, sehingga menghasilkan keju dengan
kualitas lebih rendah karena pembukaan dan
perubahan pengembangan rasa [34].
Telah berulang kali diklaim bahwa penggunaan
galur terpilih sebagai kultur tambahan
meningkatkan dan mempercepat pengembangan
rasa. penggunaan dariLactobacillus kultur
tambahan untuk keju Cheddar atau keju susu sapi
yang dimatangkan untuk waktu yang singkat
(misalnya keju Azua-Ulloa) telah dilaporkan
menghasilkan tingkat produk proteolitik yang lebih
tinggi dan skor kualitas sensorik yang lebih tinggi
dalam banyak penelitian [120, 124, 134, 175 ].
Namun, beberapa kultur tambahan dapat
menyebabkan tingkat keasaman yang tinggi,
kepahitan, rasa yang tidak enak dan tekstur yang
terbuka dan rapuh, dengan jelas menunjukkan
pentingnya seleksi kultur [46, 69, 101]. Sejumlah
penelitian baru-baru ini mengevaluasi kesesuaian
kultur probiotik sebagai kultur tambahan dalam
berbagai keju:Lb. acidophilus
dan Lb. caseidalam keju Fresco Argentina
[191], Lb. paracaseidalam keju Cheddar
[76, 172], dan Lb. acidophilusdalam keju
susu kambing [85].
1.2. Yoghurt dan susu fermentasi
Lactobacillus delbrueckii sp. bulgarikus adalah
salah satu dari dua bakteri yang diperlukan untuk
produksi yoghurt, dan Lb. kefirsangat penting
untuk produksi kefir susu asam Kaukasia [111].
Tren baru-baru ini adalah menambahkan probiotik
lactobacilli ke dalam susu fermentasi untuk
menghasilkan manfaat kesehatan. Bakteri yang
umumnya ditambahkan adalahLb. acidophilus,
Lb. rhamnosus, Lb. reuteri, Lb. kase, Lb.
plantarum, Lb. johnsonii, Lb. crispatus,
271
Lb. paracaseidan Lb. gasseri[88, 94, 113,
142, 159]. Untuk produk ini, pemilihan
regangan yang cermat diperlukan. Klein dkk.
[113] baru-baru ini mengamati bahwa identitas
sebagian besar lactobacilli yang digunakan
sebagai probiotik berbeda dari yang ditandai
pada kemasan. Shah [162] melaporkan bahwa
penting untuk memantau kelangsungan hidup
probiotik lactobacilli karena sejumlah produk
telah ditemukan hanya mengandung beberapa
bakteri yang layak pada saat mereka mencapai
pasar [87, 163, 167].
Mengingat potensi nilai ekonomi yang
besar dari lactobacilli, salah satu tujuan
utama ahli mikrobiologi adalah untuk
mengembangkan gambaran yang jelas
tentang mikroflora yang ada dalam berbagai
produk susu, dan cara perubahannya selama
pemrosesan. Misalnya, selama pembuatan
dan pematangan keju, interaksi kompleks
terjadi antara komponen individu mikroflora
keju, dan identifikasi bakteri ini penting
untuk memahami kontribusi individu mereka
terhadap pembuatan keju. Hal ini
memungkinkan pengembangan pendekatan
yang lebih terarah untuk pemilihan starter/
adjunct untuk peningkatan kualitas keju [14].
Program jaminan kualitas yang terkait
dengan penelitian, pengembangan, produksi
dan validasi manfaat kesehatan atau
teknologi dari bakteri ini memerlukan isolasi,
penghitungan dan identifikasi bakteri yang
relevan.
Tergantung pada tingkat taksonomi yang
diinginkan, beberapa metodologi fenotipikal
atau molekuler (analisis polifasik) dapat
digunakan untuk isolasi, karakterisasi dan
identifikasi laktobasilus. Metodologi terbaru,
yang tidak bergantung pada kultur seperti
polimorfisme konformasi untai tunggal
(SSCP), elektroforesis gel gradien suhu
(TGGE) dan elektroforesis gel gradien
denaturasi (DGGE) juga telah diusulkan
untuk karakterisasi keragaman mikroba.
Makalah ini mengulas bagaimana literatur
mengusulkan karakterisasi lactobacilli dari
produk susu pada tingkat genus, spesies
atau strain.
272 V.Coeuret dkk.
2. STUDI LACTOBACILLI SECARA
BERGANTUNG BUDAYA
METODE
2.1. Isolasi laktobasilus:
dari sampel mentah ke kultur murni
Pedoman telah diterbitkan untuk
ekstraksi lactobacilli dari susu atau produk
susu [104]. Seringkali sulit untuk
menghitung mikroorganisme dari sampel
partikulat atau padat. Dalam kasus seperti
itu, sel harus dipisahkan dari partikel dan
efisiensi ekstraksi harus dinilai. Metode
pemisahan yang saat ini digunakan untuk
mengekstrak mikroorganisme dari
matriks makanan padat seperti keju keras
dan dari starter kering dan jenis keju
lainnya didasarkan pada homogenisasi
mentah awal dalam blender dan / atau
perut [165]. Untuk keju keras, disarankan
menggunakan ultra-turrax atau perut.
2.1.1. Media suspensi ulang
Callichia dkk. [28] meningkatkan laju
pemulihan mikroorganisme kering ke tingkat
yang sama dengan kultur basah yang belum
pernah dikeringkan dengan meresuspensi
mikroorganisme kering dalam media yang
mengandung fosfat, sistein, zat antibusa dan
agar sebelum pelapisan. McCann dkk.
[130] menganalisis sejumlah kultur susu
komersial, membandingkan metode
preparasi sampel: sampel duplikat produk
probiotik disuspensi ulang dan diencerkan
dalam pepton dan CRM (media resuspensi
Calicchia). Setelah resuspensi dalam pepton
dan inkubasi selama 30 menit pada 23 ° C
sebelum pelapisan, tingkat pemulihan CFU
untuk setiap produk adalah sekitar 50% dari
yang diperoleh jika mikroorganisme
disuspensikan kembali dalam CRM dan
diinkubasi selama 30 menit pada 37 ° C
sebelum pelapisan. Untuk keju, pengenceran
dalam Trisodium citrate (2% b / v) umumnya
direkomendasikan, dan garam pepton atau
garam penyangga fosfat umumnya
digunakan untuk produk susu seperti
yoghurt dan susu fermentasi.
2.1.2. Media selektif
Beberapa media elektif dan selektif telah
dikembangkan untuk isolasi dan
penghitungan Lactobacillus spesies dan
untuk penghitungan diferensial populasi
campuran bakteri asam laktat (Tab. I).
Toleransi oksigen, kebutuhan nutrisi,
kerentanan antibiotik, morfologi koloni dan
warna digunakan untuk membedakan strain
dalam metode ini. Deteksi diferensial dan
penghitungan lactobacilli saat ini dapat
dicapai dalam beberapa cara. Namun, hanya
sedikit media yang berguna untuk
penghitungan diferensial laktobasilus karena
banyak mikroorganisme lain termasuk:
Lactococcus, Enterococcus, Leuconostoc,
Weissella, Bifidobacterium dan Pediokokus
tumbuh pada media yang mirip dengan yang
digunakan untuk lactobacilli. Belum ada media
yang dideskripsikan di mana hanya lactobacilli
yang dapat tumbuh.
Lactobacilli umumnya diisolasi pada media
yang kaya seperti MRS [54], yang secara rutin
digunakan untuk isolasi dan penghitungan
lactobacilli dari sebagian besar produk
makanan (fermentasi). Penambahan zat
pereduksi seperti sistein 0,05% ke MRS
meningkatkan spesifisitas media ini untuk
Lactobacillus isolasi [90, 116, 162]. MRS dan
M17, masing-masing, adalah media pilihan
untuk penghitungan diferensialLactobacillus
delbrueckii sp. bulgarikus dan Streptococcus
thermophilus dalam yoghurt [105]. Birolo dkk.
[18] mengusulkan penggunaan media yang
lebih murah - agar susu skim - untuk
menghitung dan membedakan koloni kedua
bakteri ini. Ketika mikroflora yogurt dilengkapi
dengan lactobacilli lain, diperlukan metode
khusus. Pencacahan dariLb. delbrueckiisp.
bulgarikus di hadapan Lb. acidophilus
mungkin, pada MRS yang diasamkan pada pH 5,2 atau
pada agar clostridial yang diperkuat (RCA) pada pH
5.3, pada 45 ° C selama 72 jam [162]. Penghitungan
selektif dariLb. acidophilustelah dikembangkan
menggunakan beberapa media MRS di mana
dekstrosa digantikan oleh maltosa, rafinosa,
melibiosa, trehalosa, arabinosa, galaktosa, sorbitol,
ribosa, glukonat atau salisin atau selobiosa.
 Identifikasi laktobasilus susu 273

Tabel I. Media pelapisan diferensial untuk deteksi dan penghitungan Lactobacillus jenis.

Inkubasi
Produk Populasi Media
kondisi Isolasi Melihat Ref.
Yoghurt S. thermophilus = koloni
putih opalescent melingkar
S. thermophilus dengan batas yang jelas
37 ° C, 3 hari,
Lb. delb.sp. Lb. delb.sp. Bulgaria = [104]
MRS diasamkan Ana bulgarikus koloni bulat, kusam, datar
dengan batas tidak jelas

S. thermophilus Ketidakmungkinan untuk membedakan

S. thermophilus 37 ° C, 3 hari,
Agar susu skim Lb. delb.ssp. antara kedua jenis [18, 190]
Lb. delb.sp. Ana bulgarikus dari koloni
bulgarikus
MRS diasamkan S. thermophilus =
koloni putih opalescent
Agar susu skim
S. thermophilus melingkar dengan batas yang
37 ° C, 3 hari,
Lb. delb.sp. [104]
jelas Lb. delb.sp. Bulgaria =
aer bulgarikus koloni tembus tidak beraturan
[18]
yang lebih besar dengan
[190]
batas yang tidak ditentukan

Susu skim diasamkan 47 ° C, 2 hari, Lb. delb.sp.

agar Ana bulgarikus
[32]
difermentasi S. thermophilus CLBS
susu dan Lb. delb.sp. (Selobiosa
Lactobacillus [142]
probiotik bulgarikus Lb. acidophilus
produk Lb. acidophilus pemilihan agar-agar) Lb. casei
Lb. casei MRS Salicinus
37 ° C, 2 hari,
[162]
Ana
MRS Sorbitol
Lb. casei [151]
LC (Lb.casei agar)
S. thermophilus =
koloni biru
S. thermophilus HHD Lb. delb.sp. bulgarikus =
Lb. delb.sp. (Homofermentatif-
koloni biru
bulgarikus heterofermentatif
Lb. acidophilus =koloni biru [29]
Lb. acidophilus media diferensial) dengan permukaan putih
Bifidobacterium
pembulatan
sp. S. thermophilus Bifidobacterium sp. =
37 ° C, 2 hari, Lb. delb.sp. koloni putih
agar-agar
Ana bulgarikus
S. thermophilus = koloni
Lb. acidophilus titik pinus
Bifidobacterium
Lb. delb.sp. bulgarikus =
sp. koloni tinggi dan berwarna putih
Lb. acidophilus= datar dan
[32]
Agar darah bifidus
koloni abu-abu
Bifidobacterium sp. =
tinggi dan cokelat
koloni coklat
S. thermophilus = koloni melingkar
atau setengah lingkaran,
cembung, buram, putih-ungu,
sering dengan pusat gelap
TPPY (Triptosa Pro- S. thermophilus Lb. delb.sp. bulgarikus =
ragi Pepton teose 37 ° C, 2 hari, Lb. delb.sp. koloni datar, transparan,
ekstrak- aer bulgarikus menyebar, tidak terdefinisi [23]
eriochrome T agar) Lb. acidophilus bentuk, dengan tepi tidak beraturan
Lb. acidophilus =koloni
kecil, putih sampai ungu,
sedikit meninggi dan
agak kabur
274 V.Coeuret dkk.

Tabel I. Media pelapisan diferensial untuk deteksi dan penghitungan Lactobacillus jenis.

S. thermophilus = koloni melingkar

TPPYPB (TPPY 37 ° C, 2 hari,
dengan warna biru Prusia)
atau setengah lingkaran,
cembung, buram, putih-vio-
S. thermophilus biarkan, sering dengan pusat gelap
Lb. delb.sp. Lb. delb.sp. bulgarikus =
aer bulgarikus koloni kecil berwarna putih mengkilat [78]
Lb. acidophilus dikelilingi oleh kerajaan yang luas
zona biru
Lb. acidophilus =koloni pucat
besar yang dikelilingi oleh
zona biru kerajaan yang luas

Lb. acidophilus
MRS maltosa
Bifidobacterium sp.
Pertumbuhan Bifidobacterium
Lb. acidophilus bifidum, B. infantis dan B.
SRM arabinosa Bifidobacterium singkat dihambat, tetapi tidak
sp. untuk B. longum dan B.
pseudolongum
37 ° C, 3 hari,
Ana Semua bifidobacterium spesies [117]
Lb. acidophilus tidak tumbuh di media ini dan
Empedu-MRS Bifidobacterium
beberapa Lb. delb.bulgbisa
sp. tumbuh.

Lb. delb.bulgaricus Hanya beberapa jenis Lb.

RCA pH 5,5 Bifdobacterium sp. acidophilusdapat tumbuh pada
Lb. acidophilus media ini
T-MRS (Trehalosa
NYONYA) 37 ° C, 3 hari,
aer Lb. acidophilus Lb. acidophilus =bulat [103]
Empedu-MRS koloni berwarna krem

OG-MRS (Oxgall, [190]

gentamisin MRS) Lb. delb.sp. Bulgaria =
koloni putih tidak beraturan
G-MRS (Galaktosa) 37 ° C, 3 hari, Lb. delb.sp.
NYONYA) aer bulgarikus
Lb. acidophilus
Lb. delb.sp. bulgarikus =
Lb. delb.sp. koloni putih
X-Glu 37 ° C, 3 hari, bulgarikus
Lb. acidophilus= biru [114]
Ana Lb. acidophilus koloni
S. thermophilus
Lb. acidophilus LBS (Lactobacillus 37 ° C, 2 hari,
Bifidobacterium pemilihan agar-agar) Ana Lb. acidophilus [159]
sp.
37 ° C, 2 hari, E. faecium E. faecium (24 jam)
agar-agar Brigg
aer Lb. acidophilus Lb. acidophilus(48 jam)

E.faecium Brigg yang dimodifikasi

[28]
Lb. acidophilus agar-agar (Brigg's agar, 37 ° C, 2 hari, Lb. acidophilus Semua strain tidak resisten

Bifidobacterium lebih banyak Streptomisin aer terhadap Streptomisin

sp. sulfat)
37 ° C, 2 hari, E. faecium E. faecium (24 jam) [130]
3 BLA aer Lb. acidophilus Lb. acidophilus(48 jam)
Lactobacilli, dan
37 ° C, 3 hari,
keju NYONYA asam laktat lainnya [105]
Ana bakteri
42 ° C, 3 hari, termofilik [21]
NYONYA
Ana Lactobacillus [58]
LBS sedang plus 30 ° C, 3 hari,
Lactobacillus [120]
Sikloheksimid Ana
 Identifikasi laktobasilus susu 275

Tabel I. Media pelapisan diferensial untuk deteksi dan penghitungan Lactobacillus jenis.

Agar FH (Fakultatif
Heterofermentatif [106]
agar laktobazillen) Opsional [58]
38 ° C, 3 hari, heterofermentatif
Fakultatif Heterofer-
mentatif Laktoba- Ana Lactobacillus

zillen agar plus

[21]
asam nalidiksat

30 ° C, 2 hari, Mesofilik
Ana Lactobacillus
MRS plus
termofilik [45]
Sikloheksimid 44 ° C, 2 hari,
Ana Lactobacillus

LBS (Lactobacillus 30 ° C, 3 hari,

Lactobacillus
pemilihan agar-agar) Ana
fakultatif Opsional
37 ° C, 3 hari,
Heterofermentatif heterofermentatif
Laktobazillen agar Ana Lactobacillus
[70]
lebih banyak Vankomisin

OH medium (Obli- Mewajibkan

37 ° C, 3 hari,
gerbang Heterofermenta- heterofermentatif
Lactobacillus aktif
aer Lactobacillus
medium)
HHD
(homofermentatif BAL Homofermentatif =
dan heterofermenta- 30 ° C, 3 hari, Asam laktat
koloni biru ke hijau [132]
diferensial aktif aer bakteri LAB heterofermentatif =
medium)
koloni putih

20 ° C, 5 hari,
MRS agar pH 6,5 Ana Mesofilik
FH agar 37 ° C, 3 hari, Lactobacillus
[17]
Ana
Probiotik 37 ° C, 3 hari, Bifidobacterium
keju dengan Bifidobacter- LP-MRS agar
aer sp., Lb. casei [190]
rium sp., Lb.
acidophilus, Lb. 37 ° C, 3 hari,
Agar empedu-MRS
Ana Lb. acidophilus
casei
LBS (Lactobacillus 30 ° C, 5 hari,
Dengan Lb.
pemilihan agar-agar) Ana Lactobacillus [76]
paracasei
Lain-lain- 37 ° C, 3 hari,
kami LAMVAB Ana Lactobacillus [90]

Aer: Kondisi aerobik; Ana: Kondisi anaerobik; Hari H.

esculin [52, 117, 162, 190]. Media agar berdasarkan
X-Glu [114] juga telah digunakan. MRS dengan
trehalosa (T-MRS) direkomendasikan oleh Federasi
Susu Internasional [104] untuk penghitunganLb.
acidophilusjika organisme ini terjadi pada populasi
campuran dengan bakteri yoghurt dan
bifidobacteria. Dave dan Shah [52] melaporkan
bahwa Rogosa asetat atau media yang
mengandung garam empedu, oxgall atau NaCl
sangat menghambat pertumbuhanLb. acidophilus.
Dalam produk probiotik yang mengandung
Bifidobacterium bifidum, Enterococcus faecium dan
Lb. acidophilus,
lactobacilli dapat dihitung pada modifikasi Brigg's
agar yang dilengkapi dengan streptomisin sulfat
[28], atau pada media 3BLA [130].
Namun, penggunaan media khusus
tersebut dibatasi oleh spesies target.
Misalnya, agar MRS-salisin atau MRS-sorbitol
dapat digunakan untuk penghitungan
selektifLb. acidophilusdengan ketentuan Lb.
caseitidak ada dalam produk (dalam hal ini
jumlah total untuk kedua spesies diperoleh).
JikaLb. caseihadir, media kedua, seperti
Lactobacillus casei agar (LC agar) [151],
harus digunakan. Penghitungan selektif dari
276 V.Coeuret dkk.
lactobacilli lain yang digunakan dalam
probiotik dan produk susu, seperti: Lb.
plantarum, Lb. reuteridan Lb. rhamnosus
belum dipelajari secara ekstensif. Selain itu,
semua anggota yang disebutLb. acidophilus
kelompok: Lb. crispatus, Lb. gasseri, Lb.
johnsonii, Lb. gallinarumdan Lb. amilvora,
hampir tidak dibedakan oleh pelapisan.
Untuk laktobasilus yang ditemukan dalam
keju, media HHD (media diferensial
homofermentatif dan heterofermentatif)
dapat digunakan untuk penghitungan
diferensial laktobasilus homofermentatif dan
heterofermentatif [72]. Lactobacilli mesofilik
dan termofilik dipisahkan dengan
menggunakan suhu inkubasi yang berbeda:
30 ° C atau 42 ° C hingga 45 ° C. Media FH
(heterofermentatif opsionalLactobacillus
agar) mengandung vankomisin (50 mg L-1),
dan telah digunakan untuk isolasi NSLAB [13,
22, 127, 150]. LBS (Lactobacillus seleksi agar),
juga dikenal sebagai media Rogosa [156],
diinkubasi pada 30 ° C telah digunakan
untuk mengisolasi lactobacilli dari keju
buatan tangan seperti Bergkäse [70, 83, 120,
150] tetapi MRS tetap menjadi media yang
paling umum digunakan untuk isolasi
laktobasilus.
Hartemink dkk. [90] mengembangkan
media selektif baru, LAMVAB (Lactobacillus
MRS anaerobik dengan vankomisin dan
bromocresol green), untuk isolasi
Lactobacillus jenis. Pertama, mereka
menggunakannya untuk mengisolasi lactobacilli
dari feses (di mana mereka hadir dalam jumlah
kecil), dan kemudian berhasil untuk berbagai
spesies lactobacilli dari produk susu. Medium
sangat selektif, karena pH rendah dan adanya
vankomisin (20 mg L-1). Tidak seperti bakteri
Gram-positif lainnya, sebagian besar
laktobasilus resisten terhadap vankomisin dan
bakteri Gram-negatif umumnya sensitif.
Vankomisin tidak dapat digunakan untuk
memilih laktobasilus dalam produk yang juga
mengandung leukonostok dan pediokokus
karena bakteri ini juga resisten terhadap
vankomisin, dan pemeriksaan morfologi yang
cermat diperlukan dalam kasus tersebut untuk
diferensiasi. Namun, media ini tetap yang paling
media spesifik sampai saat ini dijelaskan
untuk lactobacilli. Sayangnya, beberapa
Lactobacillus spesies, seperti Lactobacillus
delbrueckii sp. bulgarikus, dan beberapa
jenis Lb. acidophilussensitif terhadap
vankomisin [32, 90]. Hartemink dkk. [90]
mengusulkan penggunaan media ini untuk
isolasi lactobacilli dari probiotik yang
mengandung populasi campuran lactobacilli,
bifidobacteria dan enterococci.
Bifidobacteria rentan terhadap vankomisin
dan hanya beberapa enterococci resisten
vankomisin yang telah diisolasi.
Penggunaan indikator berwarna memfasilitasi
diferensiasi antara mikroorganisme. Misalnya,
dalam LAMVAB dan HHD
[132], bromocresol green (indikator pH) digunakan
sebagai indikator produksi asam. Ghoddusi dan
Robinson [78] menambahkan biru Prusia ke agar
TPPY, agar ekstrak ragi Tryptose Proteose Peptone
Yeast (memberi media TPPYB), untuk membedakan
Lb. delbrueckii
sp. bulgarikus dan Lb. acidophilusdari
Bifidobacterium dan Streptococcus thermophilus.
Kneifel dan Pacher [114] mengembangkan media
agar, agar X-Glu, untuk penghitungan selektifLb.
acidophilusdalam produk susu yang berhubungan
dengan yoghurt yang mengandung flora campuran
lactobacilli, streptococci dan bifidobacteria. Dalam
media ini,Lb. acidophilusdiidentifikasi dengan
menguji
- Aktivitas D-glukosidase melalui reaksi
kromogenik yang melibatkan X-Glu, yang
dimasukkan ke dalam media agar Rogosa.
Berdasarkan prinsip serupa untuk aktivitas -
D-galactopyranosidase, Kneifel et al.
[115] menggunakan media X-Gal untuk
membedakan koloni biru lactobacilli dari koloni
putih pediococci dan enterococci dalam
inokulan silase. Penggunaan TTC (trifenil
tetrazolium klorida) juga dapat membantu
untuk diferensiasi regangan [140, 160].
2.2. Karakterisasi dan identifikasi
lactobacilli dari tingkat genus
ke tingkat strain
Selama beberapa dekade, diferensiasi antar
genera didasarkan pada karakter fenotipik. Di
bawah mikroskop cahaya, lactobacilli
 Identifikasi laktobasilus susu
umumnya berbentuk teratur, tidak bergerak,
tidak membentuk spora, batang Gram-positif.
Namun, morfologi sel sangat bervariasi, dari
batang panjang, lurus atau sedikit berbentuk
bulan sabit hingga coccobacilli berbentuk
coryneform. Banyak genera menampilkan fitur
morfologi seperti itu. Namun, kita dapat
memisahkannya dengan tes sederhana seperti
tes toleransi oksigen, keberadaan katalase dan
pertumbuhan pada MRS yang diasamkan.
Carnobacterium, Lactobacillus dan weissella (
aerob non-wajib, katalase (-), pertumbuhan
pada MRS diasamkan) dari Brochothrix,
Caryophanon, Erysipelothrix, Kurthia, Listeria
dan Renibacterium [111]. Karnobakteri
menyerupai lactobacilli tetapi tidak tumbuh
pada media asetat. Pembentukan genus baru,
weissella [41], meliputi Paramesenteroides
kelompok, yang meliputi Leuconostoc
paramesenteroides dan beberapa
heterofermentatif Lactobacillus spesies, tampaknya
dibenarkan atas dasar analisis filogenetik. Murein
dinding sel, berdasarkan lisin dengan jembatan
interpeptida yang mengandung alanin atau alanin
ditambah serin atau glisin, dapat digunakan untuk
membedakanweissella
dari lactobacilli heterofermentatif [111]. Uji
fenotipik klasik untuk identifikasi laktobasilus
didasarkan pada karakteristik fisiologis
seperti tipe pernapasan, motilitas, suhu
pertumbuhan dan pertumbuhan NaCl, dan
pada karakteristik biokimia seperti homo /
hetero-fermentatif, produksi isomer asam
laktat, metabolisme substrat karbohidrat,
koagulasi susu dan adanya enzim tertentu
(misalnya arginin dihidrolase, kerentanan
antibiotik, dan sebagainya). Lactobacilli
biasanya kemoorganotrofik dan
memfermentasi karbohidrat, menghasilkan
asam laktat sebagai produk akhir utama.
Pada tahun 1919, Orla-Jensen membagi
mereka menjadi tiga subgenera -
Termobakteri,
Streptobakteri dan Betabakteri -
sesuai dengan suhu pertumbuhan optimal
dan jalur fermentasi heksosa. Klasifikasi ini
diberikan oleh Kandler dan Weiss [111], yang
mengusulkan klasifikasi menjadi tiga
kelompok - I (homofermentatif wajib), II
(heterofermentatif opsional).
277
tive) dan III (obligat heterofermentative) - yang
masih digunakan sampai sekarang untuk analisis
fenotipikal.
Versi terbaru dari Bergey's Manual of
Systematics [111] mencakup sekitar 50
spesies Lactobacillus. Manual ini
melaporkan perubahan taksonomi pada
tingkat spesies (misLb. bavarikusmenjadi
Lb. Demi) dan pada tingkat subspesies (mis Lb.
caseisp. rhamnosus menjadi Lb. rhamnosus, Lb.
bulgarikusmenjadi Lb. delbrueckii
sp. bulgarikus, dll.). Selain itu, beberapa
lactobacilli menjadi anggota genus baru
weissella (misalnya Lb. kandlerimenjadi
W. kandleri), yang juga mencakup mantan
anggota genus Leuconostoc (misalnya
Leuconoctoc paramesenteroides menjadi
W. paramesenteroides), sedangkan
lactobacilli lainnya ditugaskan ke genus baru
lainnya, Karnobakteri (misalnya Lb. divergen
menjadi Cb. divergen). Hari ini, genus
Lactobacillus berisi 88 spesies dan 15
subspesies menurut daftar terbaru
(Tab. II, www.bacterio.cict.fr, 6 Januari
2003). Analisis protein seperti sidik jari
protein (analisis total protein sitoplasma
terlarut), atau elektroforesis enzim
multilokus (analisis mobilitas elektroforesis
enzim tertentu) adalah metode fenotipik
canggih yang digunakan saat ini. Analisis
tersebut dapat membedakan antara bakteri
ke tingkat spesies dan seterusnya. Profil lipid
juga telah digunakan. Namun, identifikasi
isolat ke tingkat spesies dapat menjadi sulit
karena variasi yang cukup besar dalam
atribut biokimia (profil fermentasi) yang
tampaknya terjadi antara strain yang saat ini
dianggap milik spesies yang sama, dan
beberapa spesies tidak mudah dibedakan
dalam hal fenotipik. karakteristik. Ini
terutama berlaku untuk apa yang disebut
Lactobacillus plantarum
kelompok (Lb. plantarum, Lb. paraplantarum
dan Lb. pentosus), teh Lactobacillus casei
dan Lactobacillus paracasei kelompok (Lb.
kase, Lb. rhamnosus, Lb. zeaedan Lb.
paracasei), Lb. singkatdan Lb. buchneri.
Baru-baru ini Dellaglio et al. [57]
mengusulkan, berdasarkan bukti yang
dipublikasikan, bahwa namaLactobacillus
278 V.Coeuret dkk.

Tabel II. Lactobacillus jenis (www.bacterio.cict.fr, 6 Januari 2003).

Lactobacillus acetotolerans Lactobacillus equi Lactobacillus paracasei sp.
Lactobacillus acidipiscis * Lactobacillus farciminis toleran
* Lactobacillus acidophilus Lactobacillus ferintoshensis Lactobacillus parakefiri

Lactobacillus agilis Lactobacillus fermentum Lactobacillus paralimentarius

Lactobacillus algidus Lactobacillus fornicalis Lactobacillus paraplantarum

Lactobacillus alimentarius Lactobacillus fructivorans Lactobacillus pentosus

Lactobacillus amylolyticus Lactobacillus frumenti Lactobacillus perolens

Lactobacillus amylophilus Lactobacillus fuchuensis * Lactobacillus plantarum

Lactobacillus amylovorus Lactobacillus gallinarum Lactobacillus pontis

Lactobacillus animalis *Lactobacillus gasseri Lactobacillus psittaci
Lactobacillus arizonensis Lactobacillus graminis * Lactobacillus reuteri

Lactobacillus aviarius sp. Lactobacillus hamster * Lactobacillus rhamnosus

arafinosus Lactobacillus helveticus Lactobacillus rogosae

Lactobacillus aviarius sp. Lactobacillus heterohiochii Lactobacillus ruminis
aviarius Lactobacillus hilgardii Lactobacillus sakei sp.
Lactobacillus bifermentans Lactobacillus homohiochii carnosus

Lactobacillus brevis Lactobacillus iners Lactobacillus sakei sp.

Lactobacillus buchneri Lactobacillus intestinalis sakei

* Lactobacillus casei Lactobacillus jensenii Lactobacillus salivarius sp.

Lactobacillus catenaformis * Lactobacillus johnsonii salicinius
Lactobacillus cellobiosus Lactobacillus kefiranofaciens Lactobacillus salivarius sp.
Lactobacillus coleohominis Lactobacillus kefirgranum air liur
Lactobacillus collinoides Lactobacillus kefiri Lactobacillus sanfranciscensis
Lactobacillus coryniformis sp. Lactobacillus kimchii Lactobacillus sharpeae
coryniformis Lactobacillus kunkeei Lactobacillus suebicus
Lactobacillus coryniformis sp. Lactobacillus leichmannii Lactobacillus trichodes
torsi Lactobacillus lindneri Lactobacillus vaccinostercus
* Lactobacillus crispatus Lactobacillus malefermentans Lactobacillus vaginalis
Lactobacillus curvatus sp. Lactobacillus mali Lactobacillus vitulinus
kelengkungan Lactobacillus maltaromicus Lactobacillus zeae
Lactobacillus curvatus sp. Lactobacillus manihotivorans
melibiosus Lactobacillus mukosa
Lactobacillus cypricasei Lactobacillus murinus
Lactobacillus delbrueckii sp. Lactobacillus nagelii
bulgarikus Lactobacillus oris
* Lactobacillus delbrueckii sp. Lactobacillus panis
delbrueckii Lactobacillus pantheris
Lactobacillus delbrueckii sp. Lactobacillus parabuchneri

laktis *Lactobacillus paracasei sp.

Lactobacillus diolivorans paracasei

Lactobacillus durianis

Dalam huruf tebal: Lactobacillus digunakan dalam produk susu; dengan sebuah *:Lactobacillus digunakan dalam produk probiotik.
 Identifikasi laktobasilus susu
paracasei harus ditolak oleh komisi
yudisial dan bahwa spesies
Lactobacillus casei tidak benar
diwakili oleh regangan ATCC 393.
Studi berdasarkan 16S rDNA telah
menyebabkan klasifikasi Lactobacillus spesies
menjadi tiga kelompok besar: the Leuconostoc
kelompok, itu Delbrueckii kelompok, dan Lb.
casei-Pediococcuskelompok [40, 174, 188]. Baru-
baru iniLb. fruktosus(satu-satunya anggota
lactobacilli dari Leuconostoc grup)
direklasifikasi menjadi Leuconostoc fruktosum
[8]. Spesies dan strain yang terkait
erat dengan fitur fenotipik yang
serupa sekarang dapat dibedakan
secara andal satu sama lain dengan
teknik berbasis DNA. Metode
molekuler dapat digunakan untuk
analisis taksonomi untuk terlebih
dahulu menentukan spesies bakteri,
dengan hibridisasi DNA / DNA,
sekuensing, reaksi berantai
polimorfisme (PCR), ribotyping,
polimorfisme reaksi berantai-
pembatasan panjang fragmen
polimorfisme (PCR-RFLP), dan kedua
memungkinkan diferensiasi strain
dengan menggunakan teknik seperti
analisis enzim restriksi (REA), random
amplified polymorphic DNA (RAPD),
PCR palindrom ekstragenik urutan
berulang (REP-PCR), amplified
fragment length polymorphism
(AFLP), plasmid profiling dan pulsed
elektroforesis gel medan (PFGE).
Namun,
Taksonomi polifasik semakin banyak
digunakan [4, 75, 118, 167, 174, 188]. Lawson
dkk. [118] menjelaskan, berdasarkan bukti
filogenetik dan fenotipik, spesies baru dari
Lactobacillus, Lb. cypricasei,
yang diisolasi dari keju Halloumi, keju
semi-keras dari Siprus.
2.2.1. Analisis di tingkat genus
genus Lactobacillus heterogen, dengan
kandungan G + C dari DNA spesiesnya
bervariasi dari 33 hingga 55% [40, 89].
Namun, umumnya dianggap bahwa
279
Konten G + C harus bervariasi tidak lebih dari kisaran
10% dalam genus yang terdefinisi dengan baik
[188]. Urutan nukleotida dariLactobacillus
DNA ribosom 16S (rDNA) memberikan dasar
yang akurat untuk identifikasi. Urutan yang
diperoleh dari isolat dapat dibandingkan
dengan urutan dariLactobacillus
spesies yang disimpan dalam database. Baru-
baru ini, Dubernet et al. [62] mendefinisikan
primer genus-spesifik dengan menganalisis
kesamaan antara urutan nukleotida dari
wilayah spacer antara gen RNA ribosom 16S
dan 23S dariLactobacillus. Spesifisitas primer
spesifik genus ini dikombinasikan dengan
primer universal diuji terhadap 23 strain
lactobacilli dari berbagai asal (sesuai dengan
21 spesies)Escherichia coli, dua spesies
leuconoctocs, Carnobacterium piscicola,
Pediococcus pentosaceus, Bifidobacterium
bifidum, Weissella confusa, Enterococcus
faecalis, Staphylococcus aureus dan Listeria
monocytogenes. Amplifikasi positif hanya
diperoleh dengan strain lactobacilli.
2.2.2. Analisis pada tingkat spesies
Metode mikro fenotipikal
Beberapa kombinasi uji dan kit
identifikasi yang siap diinokulasi seperti uji
enzim API 50 CH, LRA Zym dan API Zym
dapat digunakan untuk identifikasi fenotipik
kultur murni yang cepat dan dapat
direproduksi secara teoritis. Mereka telah
digunakan untuk karakterisasi dan
identifikasi lactobacilli dalam susu [133],
yoghurt dan susu fermentasi lainnya [6] dan
keju [6, 21, 53, 58, 92, 118, 120, 133, 175].
Namun, keandalan tes ini dipertanyakan,
terutama untuk API 50 CH, yang awalnya
dikembangkan untuk identifikasi medis
Lactobacillus ketegangan. Selain itu, basis
data pabrikan tidak diperbarui dan beberapa
Lactobacillus spesies hilang. Andrigheto dkk.
[6] menggunakan API 50 CH untuk
menganalisis 25 strain lactobacilli termofilik
yang diisolasi dari yoghurt dan dari keju
semi-keras dan keras (Lb. delbrueckiisp.
laktis dan sp. bulgarikus,
280 V.Coeuret dkk.
Lb. helveticusdan Lb. acidophilus). Untuk
sebagian besar galur, penetapan yang jelas
untuk spesies atau subspesies tertentu tidak
dimungkinkan karena diperoleh hasil yang
ambigu untuk profil fermentasi gula. Nigatu
[141] juga melaporkan kurangnya
kesepakatan antara pola pengelompokan
API 50 CH dari isolat dan cluster RAPD.
Tynkkynen dkk. [184] menggunakan API 50
CH untuk mengidentifikasi galur dariLb. casei
kelompok (Lb. rhamnosus, Lb. zeaedan Lb.
casei). Identifikasi yang tepat dari spesies
yang terkait erat ini tidak dapat diandalkan;
beberapa meragukan atau tidak dapat
diterima dan beberapa strain salah
diidentifikasi dengan tingkat identifikasi
yang baik. Selanjutnya, variabilitas dapat
diamati dalam satu strain. Misalnya,Lb.
rhamnosusStrain GG secara tradisional telah
dideteksi, dihitung dan diidentifikasi
berdasarkan kultur dalam kondisi anaerobik
selektif pada MRS atau agar Rogosa (37 ° C
selama 78 jam), morfologi koloni (besar,
putih, krem dan buram), pewarnaan Gram
dan morfologi sel (Batang Gram-positif dan
seragam dalam rantai) dan profil fermentasi
karbohidrat dalam uji API 50 CHL. Namun,
telah ditunjukkan bahwa morfologi koloni
dan pola fermentasi karbohidrat galur GG
tidak selalu khas, karena variasi [32]. Variasi
ini dapat terjadi akibat hilangnya atau
bertambahnya plasmid, yang menyebabkan
inkonsistensi dalam sifat metabolik suatu
strain, karena sebagian besar protein yang
terlibat dalam fermentasi karbohidrat
dikodekan oleh plasmid [9].
Sidik jari protein
Strain bakteri selalu menghasilkan set
protein yang sama jika tumbuh di bawah
kondisi standar. Elektroforesis yang dihasilkan
oleh elektroforesis zona protein ini di bawah
kondisi yang terdefinisi dengan baik dapat
dianggap sebagai semacam sidik jari dari strain
bakteri dari mana mereka diperoleh.
Elektroforesis gel natrium dodesilsulfat
poliakrilamida (SDS-PAGE) protein sel utuh
adalah salah satu teknik yang digunakan. Ini
adalah cara yang relatif sederhana dan
metode murah yang telah digunakan untuk
identifikasi dan klasifikasi lactobacilli. Seluruh
prosedur terdiri dari beberapa langkah
eksperimental, dari pertumbuhan bakteri
hingga pemindaian elektroforogram. SDS-PAGE
memisahkan protein secara eksklusif
berdasarkan berat molekul. PAGE asli (non-
denaturasi) dapat digunakan sebagai teknik
pelengkap, memisahkan protein sel menurut
muatan dan ukurannya, memberikan resolusi
tinggi dan definisi pita yang baik. Dalam kondisi
yang sangat terstandarisasi, pola yang dapat
direproduksi dapat diperoleh yang sesuai
dengan analisis digital berbasis komputer yang
cepat. Profil protein dapat disimpan dalam
format database dan dapat digunakan secara
rutin untuk mengkonfirmasi identitas protein
Lactobacillus
strain, untuk membedakan antara isolat yang tidak
diketahui dan untuk mengevaluasi skema klasifikasi,
pada tingkat spesies atau di bawah [53, 75,
92, 118, 122, 146, 147]. Dari Angelis dkk.
[53] mengisolasi NSLAB dari 12 keju susu
domba Italia. Sebagian besar spesies yang
diteliti memberikan profil protein spesifik,
kecualiLb. plantarumdan Lb. pentosus,yang
dikelompokkan dalam cluster yang sama,
mengkonfirmasi hasil yang sebelumnya
diperoleh oleh Van Reenen dan Dicks [187].
Gancheva dkk. [75] menggunakan SDS-PAGE
untuk menganalisis protein seluler dari satu set
98 galur milik sembilan spesiesLactobacillus
acidophilus rRNAgrup asal bervariasi (Lb.
acidophilus, Lb. amilolitikus, Lb. crispatus, Lb.
johnsonii, Lb. gasseri, Lb. gallinarum, Lb.
helveticus, Lb. bagian dalamdan Lb. amylovorus
). Sebagian besar spesies ini dapat dibedakan
dengan SDS-PAGE, tetapi diskriminasi yang
buruk diperoleh antaraLb. johnsoniidan
Lb. gasseriregangan, dan di antara beberapa
strain Lb. amylovorusdan Lb. gallinarum.
Elektroforesis enzim multilokus
Sekitar 50% dari semua enzim yang diselidiki
sampai saat ini ada dalam berbagai bentuk molekul.
Isoenzim ini biasanya berbeda dalam mobilitas
elektroforesis dan parameter katalitik. Multiplisitas
enzim mungkin bergantung pada genetik
 Identifikasi laktobasilus susu
faktor langsung (isoenzim primer dan
alozim) atau tidak langsung (isoenzim
sekunder, yang dihasilkan oleh modifikasi
pasca-translasi). Isoenzim dapat
didistribusikan antara kompartemen sel
yang berbeda dan dapat dikodekan oleh
setidaknya dua gen yang berbeda.
Beberapa lokus yang mengkode enzim
dengan spesifisitas substrat yang identik
biasanya dianggap sebagai hasil dari
duplikasi gen. Mutasi titik kemudian
menyebabkan divergensi dalam urutan
asam amino dari protein yang dikodekan
oleh gen yang digandakan, menghasilkan
produksi bentuk enzim yang berbeda,
yang dapat dipisahkan dengan
elektroforesis. Perbedaan mobilitas
elektroforesis dapat disebabkan oleh
perbedaan muatan dan/atau ukuran.
Analisis enzim multilokus telah terbukti
berpotensi besar [161] dalam diferensiasi
spesies BAL [182].Lb. acidophilus, Lb.
crispatus, Lb. gallinarum, Lb. gasseridan
Lb. johnsonii. Lortal dkk. [122]
mempelajari hidrolase peptidoglikan dari
starter industri sebagai alat baru untuk
identifikasi spesies bakteri. Pola hidrolase
peptidoglikan dari 94 strain lactobacilli
milik 10 spesies yang berbeda ditentukan (
Lb. helveticus, Lb. acidophilus, Lb.
delbrueckii, Lb. singkat, Lb. fermentum,
Lb. jenseni, Lb. plantarum, Lb. demi, Lb.
kelengkungandan Lb. reuteri). Setiap
spesies memberikan pola spesifiknya
sendiri, dengan perbedaan yang diamati
bahkan di antara spesies yang berkerabat
dekat. Dimungkinkan juga untuk
mengetikkan reganganLactobacillus
acidophilus [146], atau isolat klinis dan
galur yang digunakan secara bioteknologi
Lactobacillus rhamnosus [112], atau galur
dari
Lactobacillus casei [55] diisolasi dari biji jagung
kelembaban tinggi yang dienkripsi.
Profil lipid
Profil lipid dengan kromatografi gas
lebih berguna untuk pengelompokan
strain daripada untuk identifikasi individu
281
strain [47, 66, 154]. Selain itu,
keandalan profil lipid dan polisakarida
untuk membedakan antaraLactobacillus
spesies telah dipertanyakan dan analisis
asam lemak metil ester (FAME) tampaknya
tidak dapat diandalkan untuk LAB [113].
Hibridisasi
Penggunaan probe untuk hibridisasi dengan
fragmen asam nukleat adalah teknik dengan
potensi besar untuk masa depan. Probe asam
nukleat adalah fragmen (20-30 bp) dari fragmen
asam nukleat untai tunggal yang secara khusus
dihibridisasi ke daerah komplementer dari
asam nukleat target. Ini dapat digunakan
langsung pada koloni, atau setelah ekstraksi
DNA / RNA. Asam nukleat target terdiri dari
molekul DNA atau RNA untai tunggal. Probe
molekuler dapat diberi label radioaktif atau non-
radioaktif. Pelabelan radioaktif melibatkan
fosforilasi ujung 5 'probe dengan [32P] ATP.
Pelabelan non-radioaktif dapat langsung,
menggunakan alkaline phosphatase atau
peroksidase, atau tidak langsung, dengan
menempelkan ligan-protein atau hapten-
antibodi. Probe fluoresen (FISH: hibridisasi in
situ fluoresen) juga dapat digunakan.
Penggunaan ekstensif dari beberapa probe
oligonukleotida telah menjadi mungkin
mengikuti perkembangan besar dalam
pengurutan gen rRNA. Tergantung pada tingkat
deteksi yang diperlukan (genus atau spesies),
wilayah genom yang berbeda dapat digunakan
sebagai target. Urutan molekul rRNA 16S dan
23S mengandung daerah yang sangat
terkonservasi yang umum untuk semua
eubacteria, dan daerah yang sangat bervariasi
yang unik untuk spesies tertentu [32, 199].
Dengan demikian, probe asam nukleat,
khususnya probe yang menargetkan urutan
rRNA, dapat digunakan untuk identifikasi
bakteri yang andal, untuk memantau
perubahan populasi selama fermentasi dan
mendeteksi adanya kontaminasi bakteri atau
bakteri pembusuk [60]. Probe tersebut telah
banyak digunakan dalam analisis produk susu
[6, 98]. Probe DNA oligonukleotida, sebagian
besar menargetkan wilayah variabel 16S atau
23S
282 V.Coeuret dkk.

Tabel III. Probe oligonukleotida untuk identifikasi Lactobacilli.

Menguji 5 'Urutan 3' Target Kekhususan Ref.
Lba TCTTTCGATGCATCCACA 23S Lb. acidophilus [193]
Lba AGCGAGCUGAACCAACAGAUUC 16S Lb. acidophilus [96]
Lbam GTAAATCTGTTGGTTCCGC 16S Lb. amylovorus [68]
Lbb TGTTGAAATCAAGTGCAAG 16S Lb. singkat [193]
Lbc ATGATAATACCCGACTAA 23S Lb. kelengkungan [97]
Lbco AGCACTTCATTTAACGGG 16S Lb. kolinoid [68]
Lbcp CAATCTCTTGGCTAGCAC 23S Lb. crispatus [67]
Lbcr GCAGGCAATACACTGATG 23S Lb. kase / Lb. rhamnosus [98]
Lbcrp CTGATGTGTACTGGTTC 23S Lb. kase / Lb. paracasei / Lb. [98]
rhamnosus
Lbd AAGGATAGCATGTCTGCA 23S Lb. delbrueckii [98]
Lbdb ATCCGAAAACCTTCT 16S Lb. delbrueckiisp. bulgarikus [119]
Lbdl ATCCGAAGACCTTCT 16S Lb delbrueckii sp. lactis / delbrueckii [119]
33/2 CATCAACTGGCGCCTT 730bp EcoRSAYA /pstSaya Lb. delbrueckiisp. laktis [119]
fragmen DNA
34B CATCAACCGGGGCTTT 730bp EcoRSAYA /pstSaya Lb. delbrueckiisp. bulgarikus [119]
fragmen DNA
Lbfe GCGACCAAAATCAATCAGG 16S Lb. fermentasi [193]
Lbfr CTCGCTGCTAACTTAAGTC 16S Lb. buah-buahan / Lb. homohiochi [193]
Lbg TCCTTTGATATGCATCCA 23S Lb. gasseri [146]
Lbh ACTTACGTACATCCACAG 23S Lb. helveticus [98]
Lbhi CTCAACTTCATTGACCAAG 16S Lb. hilgardi [68]
Lbj ATAATATATGCATCCACAG 23S Lb. johnsonii [146]
Lbk GTTTCATGTTAAATCATTCA 16S Lb. kefir [68]
Lbkf TGCGGCTAGCCCTTCCGG 23S Lb. kefiranofaciens [68]
Lbl TCGGTCAGATCTATCGTC 16S Lb. lindneri [68]
lbma CAAAAGCGACAGCTCGAAAG 16S Lb. manihotivora [3]
Lbp ATCTAGTGGTAACAGTTG 23S Lb pentosus / Lb plantarum [97]
Lbpa CACTGACAAGCAATACAC 23S Lb paracasei [98]
Lbpa TAACTCATTGACTGACTCG 23S Lb parabuchneri [68]
Lbpe TCAAATGTAAATCATGATG 16S Lb pentosus / plantarum [68]
GGTATTGGTGATGCAAG tanpa nama 16S Lb. perolens [11]
Lbp ATCTAGTCGTAACAGTTG 23S Lb plantarum / pentosus [97]
Lbpo GGTAATCCATCGTCAAATC 16S Lb pontis [193]
Lbre GATCCATCGTCAATCAGG 16S Lb reuteri [68]
Lbru TTCGGTGAAAGAAAAGCTTG 16S Lb ruminis [96]
Lbs TTAATGATAATACTCGATT 23S demi [97]
lbsa TAAGAATCAATTGGGCGAC 16S Lb sanfransiscensis [193]

gen rRNA, telah banyak digunakan untuk karena tingkat kesamaan yang tinggi antara urutan
identifikasi spesies dan deteksi strain (Tab. III). gen rRNA mereka. Misalnya, probe semacam itu
Namun, probe rRNA semacam itu tidak dapat tidak dapat membedakanLb. plantarum
digunakan untuk spesies yang terkait erat dari Lb. pentosusemas Lb. paraplantarum
 Identifikasi laktobasilus susu
[25]. Spesies ini saat ini dibedakan dengan
menyelidik Southern blots dengan
fragmen gen pyrDFE dariLb. plantarum
atau dengan hibridisasi DNA/DNA. Perhatian
khusus harus dilakukan untuk kekhususan mereka
sejak Roy et al. [158] menunjukkan bahwa probe
didefinisikan oleh Hertel et al. [98] untuk
Lb. helveticusjuga berhibridisasi dengan Lb.
gallinarumketegangan.
Dalam hibridisasi koloni, bakteri dilapisi
pada membran yang kemudian ditempatkan
pada agar nutrisi, memungkinkan bakteri untuk
membentuk koloni. Koloni dilisiskan. Hibridisasi
dengan probe berlabel dapat digunakan untuk
analisis kualitatif dan kuantitatif, dan telah
digunakan untuk LAB [37].
Pengurutan
Perbandingan urutan gen rRNA saat ini
dianggap sebagai metode yang paling kuat
dan akurat untuk menentukan sejauh mana
mikroorganisme terkait secara filogenetik
[199]. Kemajuan dalam teknik biologi
molekuler telah memungkinkan untuk
mengurutkan bentangan panjang gen rRNA.
Awalnya, reverse transcriptase digunakan
untuk menghasilkan DNA dari rRNA, dan
DNA ini kemudian diurutkan. Sekarang
dimungkinkan untuk mengurutkan molekul
16S atau 23S rDNA dengan sekuensing PCR
langsung, dan metode ini telah
menghasilkan database sekuens yang besar.
Meskipun sekuens spesifik spesies terletak di
paruh pertama gen 16S rRNA (wilayah V1-
V3), identifikasi lebih akurat jika seluruh gen
diurutkan [171]. Ini membutuhkan
sekuensing sekitar 1,5 kb DNA. Tannock dkk.
[177] menunjukkan bahwa perbandingan
urutan daerah spacer 16S-23S dari
laktobasilus dapat digunakan dalam situasi
praktis untuk identifikasi regangan. Urutan
wilayah spacer diurutkan dengan cepat dan
akurat diidentifikasiLactobacillus isolat yang
diperoleh dari sampel gastrointestinal,
yoghurt dan silase. Urutan spacer 16S-23S
dari lactobacilli kecil, hanya sekitar 200 bp
panjangnya. Urutan pendek ini mudah untuk
diurutkan pada kedua untaian dan
memberikan informasi yang andal untuk
283
pekerjaan komparatif. Metode daerah spacer
memiliki keunggulan dalam membedakan
antaraLb. rhamnosusdan Lb. casei
strain [177]. Hal ini dapat digunakan untuk
membedakanLb. plantarum,dari Lb.
paraplantarum,kedua spesies yang terkait erat
ini milik Lb. plantarumkelompok [12]. Chen dkk.
[33] menganalisis 5S-23S rRNA intergenic
spacer region (ISRs) dari Lactobacillus
kelompok. Metode ini ditemukan sebagai
cara yang efektif untuk membedakanLb.
rhamnosusdari Lb. kase / Lb. paracasei
karena polimorfisme panjang spacer
menghasilkan penyisipan 76/80 bp
sehubungan dengan urutan 16S V2-V3.
Reaksi berantai polimerase (PCR)
Metode yang dikembangkan oleh Mullis [139]
ini menggunakan primer, yaitu sekitar 20 sampai
30 pb. Berthier dan Ehrlich [15] mempelajari DNA
SR 16S / 23S dari enam spesies lactobacilli yang
berkerabat dekat (Lb. kelengkungan, Lb. graminis,
Lb. demi, Lb. plantarum, Lb. paraplantarum
dan Lb. pentosus). Hanya fragmen yang
lebih besar yang menunjukkan perbedaan
urutan antar spesies, dan primer yang
berasal dari wilayah ini ditentukan untuk
enam spesies. Urutan SR tidak dapat
digunakan untuk mengetikkan strain dalam
dua kelompokLactobacillus jenis.
Banyak primer spesifik spesies telah
diturunkan dari daerah spacer [15, 170,
177, 179]. Primer spesifik spesies yang
tersedia saat ini tercantum dalam Tabel IV.
Mannu dkk. [126] menggunakan tujuh
pasang primer spesifik yang dirancang oleh
Berthier dan Ehrlich [15], Drake et al. [60] dan
Ward dan Timmins [196] untuk menganalisis
457 isolat dari keju Fiore Sardo, keju keras
tradisional dari Sardinia. Hanya tujuh isolat
yang tidak berhasil diidentifikasi dengan
metode ini; 31 adalah laktobasilus
homofermentatif wajib, 419 isolat adalah
laktobasilus heterofermentatif opsional (Lb.
plantarum, Lb. paracaseidan Lb. kelengkungan).
Banyak penelitian terbaru telah dilakukan
dengan PCR multipleks (Tab. V), di mana beberapa
primer ditambahkan ke sampel yang sama,
284 V.Coeuret dkk.

Tabel IV. Primer PCR digunakan untuk identifikasi lactobacilli.

Primer 5'– 3' Target Ref.

LbLMA1-rev CTCAAAACTAAACAAAGTTTC Wilayah spacer 16S / 23S Lactobacilli
R16-1 CTTGTACACACCGCCCGTCA Gen 16S rRNA [62]
(/ LbLMA1-rev) (/ LbLMA1-rev)
Y2 CCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGT gen 16S rRNA
kase (/ Y2) TGCACTGAGATTCGACTTAA (/ Y2) 16S Lb. casei
[196]
para (/ Y2) CACCGAGATTCAACATGG (/ Y2) 16S Lb. paracasei
rahm (/ Y2) TGCATCTTGATTTAATTTTG (/ Y2) 16S Lb. rhamnosus
16 GCTGGATCACCTCCTTTC gen 16S rRNA
paracaseiITS / 16 CGATGCGAATTTCTTTTTC / 16 Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. paracasei
rhamnosusITS / 16 CGATGCGAATTTCTATTATT / 16 Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. rhamnosus

zeaeITS / 16 CGATGCGAATTTCTAAATT / 16 Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. zeae

16 terbalik GAAAGGGAGGTGATCCAGC gen 16S rRNA

[17]
paracasei CACCGAGATTCAACATGG / 16 terbalik gen 16S rRNA. Lb. paracasei
16S / 16 terbalik

rhamnosus TTGCATCTTGATTTAATTTTG / 16 terbalik gen 16S rRNA. Lb. rhamnosus

16S / 16 terbalik

zeae 16S / 16 mundur GCATCGTGATTCAACTTAA / 16 mundur gen 16S rRNA. Lb. zeae
ke CTGCTGGGACGATTTG
Ala' (/ Ala) CTGCTGGGACCATGTG (/ Ala) Lb. kelengkungan(1840 bp)
Alba CTGCTGGGACCATTATTG
Alb '(/ Alb) CTGCTGGGACACAATATG (/ Alb) Tidak diuji (1470 bp)
Alca GGAGGGTGTTCAGGAC
Alc' (/ Alc) GGAGGGTGTTGATAGG (/ Alc) Lb. kelengkungan(260bp)
bla CTGCTGGGACCAATT [16]
BLA bla) CTGCTGGGACGAAAAG (/ Bla) Lb. DemiB1 (750bp)
B2a CTGCTGGGACCTTAA
B2a '(/ B2a) CTGCTGGGACTGAAG (/ B2a) Lb. DemiB2 (1700 bps)
16 GCTGGATCACCTCCTTTC
Lc (/ 16) TTGGTACTATTTAATTCTTAG (/ 16) Lb. kelengkungan(220 bp)
Ls (/ 16) ATGAAAACTATTAAATTGGTAC (/ 16) Lb. Demi(220 bp)
16 GCTGGATCACCTCCTTTC gen 16S rRNA
23 (/ 16) AGTGCCAAGGCATCCACC (/ 16) Gen 23S rRNA (/ 16S)
Lc (/ 16) TTGGTACTATTTAATTCTTAG (/ 16) Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. kelengkungan

Lg (/ 16) GTTGGTACATTTAATTCTTGA (/ 16) Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. graminis

Lpapl (/ 16) ATGAGGTATTCAACTTATT (/ 16) Wilayah pengatur jarak 16S / 23S [15]
Lb. paraplantarum / plantarum
Lpe (/ 16) GTATTCAACTTATTAGAACG (/ 16) Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. pentosus

Lpl (/ 16) ATGAGGTATTCAACTTATG (/ 16) Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. plantarum
Ls (/ 16) ATGAAAACTTATTAAATTGGTAC (/ 16) Wilayah pengatur jarak 16S / 23S Lb. Demi

LB1 AAAAATGAAGTTGTTTAAAGTAGGTA Lb. delbrueckii bulgaricus(1065 bp)

[181]
LLB1 (/ LB1) AAGTCTGTCCTCTGGCTGG (/ LB1) Lb. delbrueckii laktis(1600bp)
20A AATTCCGTCAACTCCTCATC
23B (/ 20A) TGATCCGCTGCTTCATTTCA (/ 20A) Lb. delbrueckiisp. (715 bp)
34/2 CGTCAACTCCTCATCAACCGGGCT
37/1 (/ 34/2) CGCCGCCCGGGTGAAGGTG (/ 34/2) Lb. delbrueckiisp. bulgarikus (678 bp) [119]
33 CCTCATCAACTGGCGCC
37 (/ 33) CGCCCGGGTAAAGGTA (/ 33) Lb. delbrueckiisp. laktis (670 bp)
 Identifikasi laktobasilus susu 285

Tabel IV. Primer PCR digunakan untuk identifikasi lactobacilli.

LbP11 AATTGAGGCAGCTGGCCA
LbP12 (/ LbP11) GATTACGGGAGTCCAAGC (/ LbP11) primer turunan RAPD. Lb. plantarum
[148]
Lb1 AGAGTTTGATCATGGCTCAG
Lb2 (/ Lb1) CGGTATTAGCATCTGTTTCC (/ Lb1) primer semi universal. 16S rRNA
Aci saya TCTAAGGAAGCGAAGGAT
Aci II (/ Aci I) CTCTTCTCGGTCGCTCTA (/ Aci I) 16S-23S SR. Lb. acidophilus
Pr I CAGACTGAAAGTCTGACGG
PRII 5 / PRI) GTACTGACTTGCGTCAGCGG (/ PrI) 16S-23S SR Lb. paracasei / rhamnosus
Pcas I (/ PRI) GCGATGCGAATTTCTTTTTC (/ Pri) 16S-23S SR Lb. paracasei [179]
Rha II (/ PRI) GCGATGCGAATTTCTATTATT (/ PRI) 16S-23S SR Lb. rhamnosus
Del I ACGGATGGATGGAGAGCAG
Del II (/ Del I) GCAAGTTTGTTCTTTCGAACTC (/ Del I) 16S-23S SR Lb. delbrueckii
Hel aku GAAGTGATGGAGAGTAGAGATA
Hel II (/ Hel I) CTCTTCTCGGTCGCCTTG (/ Hel I) 16S-23S SR Lb. helveticus
DB1 ACCTATCTCTAGGTGTAGCGCA
SS1 (/ DB1) GTGCTGCAGAGAGTTTTGATCCTGGCT- 16S Lb. delbrueckii (1100bp)
CAG (/ DB1)
HE1 AGCAGATCGCATGATCAGCT
[60]
SS2 (/ HE1) CACGGATCCTACGGGTACCTTGTTAC- 16S Lb. helveticus / Lb. acidophilus
[6]
GACTT (/ HE1) (1400bp)

CA1 (/ SS1) TGATCTCTCAGGTGATCAAAA (/ SS1) 16S Lb. kase, Lb. rhamnosus

16 SII ACTACCAGGGTATCTAATCC
Aci 16SI (/ 16SII) AGCTAACCAACAGATTCAC (/ 16 SII) 16S Lb. acidophilus
Berteriak 16SI (/ 16SII) GTAATGACGTTAGGAAAGCG (/ 16 SII) 16S Lb. crispatus
GasI GAGTGGCGAGAGCATAAAG
GasII (/ GasI) CTATTTCAAGTTGAGTTTCTCT (/ GasI) 16S-23S SR Lb. gasseri
Joh 16SI (/ 16SII) GAGCTTGCCTAGATGATTTTA (/ 16 SII) 16S-23S SR Lb. johnsonii
Lpfr GCCGCCTAAGGTGGGACAGAT
Paket II (/ Lpfr) TTACCTAACGGTAAATGCGA (Lpfr) 16S-23S SR Lb. plantarum
pri CAGACTGAAAGTCTGACGG [194]
CasII (/ PRI) GCGATGCGAATTTCTTTTTC (/ PRI) 16S-23S SR Lb. casei [184]
ZeaeI TGTTTTGAGGGGGACG
ZeaeII (/ ZeaeI) ATGCGATGCGAATTTCTAAATT (/ ZeaeI) 16S-23S SR Lb. zeae
RhaII (/ PRI) GCGATGCGAATTTCTATTATT (/ Pri) 16S-23S SR Lb. rhamnosus
Reu (/ lpfr) AACACTCAAGGATTGTCTGA (/ lpfr) 16S-23S SR Lb. reuteri
FermII (/ lpfr) CTGATCGTAGATCAGTCAAG (/ lpfr) 16S-23S SR Lb. fermentasi
ShaI GATAATCATGTAAGAAACCGC
ShaII (/ ShaII) ATATTGTTGGTCGCGATTCG (/ ShaII) 16S-23S SR Lb. sharpae
SAL1 ATTCACTCGTAAGAAGT 16S
[30]
LOWLAC (/ SAL1) CGACGACCATGAACCACCTGT (/ SAL1) 16S Lb. air liur
CbsA2F GTACCAAGCCAAAGCAAGAC
CbsA2R (/ CbsA2F) GTTTGAAGCCTTTACGTAAGTC CbsA (gen protein S-Layer) [99]
(/ CbsA2F) Lb. perolens
97K CTGCTGCCTCCCGTA 16S Universal
[27]
Lpacaf (/ 97K) CCGAGATTCAACATGG (/ 97K) 16S Lb. paracasei

memungkinkan untuk mendeteksi beberapa
mikroorganisme atau spesies pada saat yang
bersamaan. Multiplex PCR telah digunakan untuk
mendeteksiLb. pontisdan Lb. panisdalam fermentasi
penghuni pertama [138], dan Lactobacillus dalam tinja
sampel [123] dan pembusukan daging [200].
Lagu dkk. [170] menggunakan PCR multipleks
sebagai metode yang cepat, sederhana, dan
andal untuk mengidentifikasiLactobacillus
diisolasi dari sampel tinja manusia, dan
286 V.Coeuret dkk.

Tabel V. Primer multipleks PCR digunakan untuk identifikasi lactobacilli.

Primer 5'– 3' Target Ref.

Danau-2 CCTCTTCGCTCGCCGCTACT
Ldel-7 (/ lac-2) ACAGATGGATGGAGAGCAGA (/ lac-2) ISR / 23S PCR-G Grup I lactobacilli (450pb) ISR /
LU-1 '(/ lac-2) ATTGTAGAGCGACCGAGAAG (/ lac-2) 23S PCR-G Grup II lactobacilli (300 bp) ISR / 23S
LU-3 '(/ lac-2) AAACCGAGAACACCGCGTT (/ lac-2) PCR-G Grup IV lactobacilli (350 bp) ISR / 23S
LU-5 (/ lac-2) CTAGCGGGTGCGACTTTGTT (/ lac-2) PCR-G Grup III lactobacilli (400 bp ) )

23-10C CCTTTCCCTCACGGTACTG
Laci-1 (23-10C) TGCAAAGTGGTAGCGTAAGC (/ 23-10C) ISR / 23S PCR-II-1 Grup II, Lb. acidophilus(210 bp)
Ljen-3 (23-10C) AAGAAGGCACTGAGTACGGA (/ 23-10C) ISR / 23S PCR-II-1 Grup II, Lb. jensenii(700 bp)
Lcri-1 AGGATATGGAGAGCAGGAAT
Lcri-2 (/ Lcri-1) CAACTATCTCTTACACTGCC (Lcri-1) ISR / 23S PCR-II-2 Grup II, Lb. crispatus(522 bp)
Lgas-1 AGCGACCGAGAGAGAGAGAGA
Lgas-2 (/ Lgas-1) TGCTATCGCTTCAAGTGCTT (/ Lgas-1) ISR / 23S PCR-II-2 Grup II, Lb. gasseri(360bp) [170]

Lfer-3 ACTAACTTGACTGATCTACGA
Lfer-4 (/ Lfer-3) TTCACTGCTCAAGTAATCATC (/ Lfer-3) ISR / 23S PCR-IV Grup IV, Lb. fermentasi(192 bp)
Lpla-3 ATTCATAGTCTAGTTGGGAGGT
Lpla-2 (Lpla-3) CCTGAACTGAGAGAATTTGA (/ Lpla-3) ISR / 23S PCR-IV Grup IV, Lb. plantarum(248 bp)
Lreu-1 CAGACAATCTTTGATTGTTTAG
Lreu-4 (/ Lreu-1) GCTTGTTGGTTTGGGCTCTTC (/ Lreu-1) ISR / 23S PCR-IV Grup IV, Lb. reuteri(303 bp)
Lsal-1 AATCGCTAAACTCATAACCT
Lsal-2 (/ lsa-2) CACTCTCTTTGGCTAATCTT (/ lsa-2) ISR / 23S PCR-IV Grup IV, Lb. air liur(411 bp)

Lpar-4 (/ LU-5) GGCCAGCTATGTATTCACTGA (/ LU-5) ISR / 23S PCR-III Grup III, Lb. paracasei(312 bp) ISR /
RhaII (/ LU-5) GCGATGCGAATTTCTATTATT (/ LU-5) 23S PCR-III Grup III, Lb. rhamnosus(113 bp)

Y1 TGGCTCAGAACGAACGCTAGGCCCG 16S rRNA

Y2 (/ Y1) CCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGT (/ Y1) 16S rRNA PCR A (350 bp)

16 GCTGGATCACCTCCTTTC gen 16S rRNA

Ls (/ 16) ATGAAAACTATTTAAATTGGTAC (/ 16) 16S / 23S SR Lb. DemiPCR A (220 bp)

Lc (/ 16) TTGGTACTATTTAATTCTTAG (/ 16) 16S / 23S SR Lb. kelengkunganPCR B (220 bp)

[200]
Lu1r CCACAGCGAAAGGTGCTGCAC Leuconostoc gen 16S rRNA
Lu2 (/ lu1r) GATCCATCTCTAGGTGACGCCG (/ lulr) Leuconostoc PCR B (175bp)

Lw5 (/ Y1) ACTAGAATCATTCCCTATTCTAGC (/ Y1) Leuconostoc PCR C (470 bp)

Cb1 CCGTCAGGGGATGAGCAGTTAC Karnobakteri gen 16S rRNA

Cb2r (/ Cb1) ACATTCGGAAACGGATGCTAAT (/ Cbl) Karnobakteri PCR D (340 bp)

616V AGAGTTTTGATYMTGGCTCAG universal

609R (/ 616V) ACTACYNGGGTATCTAAKCC (/ 616V) universal (800bp)
Lap (/ 616V) AGCCATCTTTGAAAT (/ 616V) Lb. pontis(236 bp) [138]
Lapan R (/ 616V) AACCATCTTTTTATAC (/ 616V) Lb. panis(236 bp)
LaspecR (/ 616V) AGCCTTCTTTTATAC (/ 616V) Lb. jenis(236 bp)

menetapkan metode PCR dua langkah. Dalam metode Ribotyping

ini, lactobacilli pertama-tama diklasifikasikan menjadi
empat kelompok, dan kemudian satu atau dua tes PCR
multipleks dilakukan untuk setiap kelompok, untuk
identifikasi spesies.Lb. delbrueckii
diidentifikasi pada PCR multipleks pengelompokan
pertama dan 10 spesies diidentifikasi pada PCR
multipleks kedua untuk setiap kelompok.
Southern blotting dilakukan setelah
pencernaan restriksi DNA kromosom dan
elektroforesis agarosa. Dalam proses ini,
DNA ditransfer ke membran untuk
hibridisasi dengan probe gen 23S, 16S
atau 5S rRNA berlabel. Karena bakteri
memiliki banyak salinan operon rRNA di
 Identifikasi laktobasilus susu
kromosom, beberapa fragmen dalam
campuran cerna restriksi dihibridisasi dengan
probe. Secara umum, pola sidik jari yang
diperoleh dengan metode ini lebih stabil dan
lebih mudah diinterpretasikan daripada yang
diperoleh dengan analisis enzim restriksi (REA).
Ribotyping telah digunakan dengan beberapa
keberhasilan untuk mengkarakterisasi strain
berbagaiLactobacillus spesies [155], galur dari
Lb. helveticus[80] dan regangan Lb. delbrueckii[
135]. Miteva dkk. [135] berhasil membedakan
antara tiga subspesiesLb. delbrueckiioleh
ramah lingkunganribotipe RI. Zhong dkk. [202]
menggunakan ribotyping untuk diskriminasi
spesies (Lb. jenseni, Lb. kase, Lb. rhamnosus,
Lb. acidophilus, Lb. plantarumdan Lb.
fermentasi).Secara umum, ribotyping memiliki
kekuatan diskriminatif yang lebih besar pada
tingkat spesies daripada pada tingkat
regangan. Tynkkynen dkk. [184] menganalisis
24 strain lactobacilli yang diidentifikasi secara
biokimia sebagai anggotaLactobacillus casei
kelompok (Lb. rhamnosusdan Lb. casei):
ribotyping oleh EcoRPencernaan dan blotting
selatan dengan probe chemiluminescent yang
sesuai dengan rrnB rRNA operon dari E. coli
menghasilkan deteksi triplet, yang tampaknya
khas untuk sebagian besar Lb. rhamnosus
ketegangan.
Sistem ribotyping yang sepenuhnya otomatis,
sistem karakterisasi mikroba RiboPrinter, telah
dikembangkan untuk identifikasi pada tingkat
genus, spesies, dan strain
[26]. Metode ini otomatis dan berdasarkan
protokol standar, memaksimalkan
reproduktifitas antar laboratorium. Mudah
dilakukan tetapi peralatannya agak mahal.
Dalam database yang disediakan oleh
produsen (Qualicon), referensi dibuat untuk
beberapa genera bakteri: bakteri asam laktat
(termasuk lactobacilli),Salmonella, Listeria,
Escherichia, Pseudomonas dan lain-lain.
PCR - Analisis Polimorfisme Panjang
Fragmen Pembatasan (PCR-RFLP)
Analisis polimorfisme panjang fragmen
PCR-restriksi melibatkan amplifikasi
wilayah tertentu, diikuti oleh pencernaan
enzim restriksi dan konvensi.
287
elektroforesis gel nasional (CGE). Analisis RFLP
dari gen 16S rRNA, DNA kromosom yang
dibelah denganramah lingkunganRI dan
hindIII, memberikan pola yang identik untuk
sebagian besar galur Lb. plantarum[109]. Ketika
wilayah tertentu sesuai dengan rDNA, maka
metode ini disebut PCR-ARDRA (analisis restriksi
rDNA yang diperkuat), dan diturunkan dari
ribotyping. Andrigheto dkk. [6] dianalisis pada
1500 bp polimorfisme diramah lingkungan
Fragmen 16S rDNA yang dicerna RI dari 25
strain dari 4 spesies lactobacilli yang diisolasi
dari keju dan yoghurt: Lb. delbrueckiisp. laktis
dan Lb. delbrueckii
sp. bulgaricus, Lb. helveticusdan Lb. acidophilus
. Pola yang berbeda diamati, memungkinkan
untuk membedakan antara berbagai
Lactobacillus spesies dan subspesies. Giraffa
dkk. [80] menggunakan PCR-ARDRA untuk
mengidentifikasiLb. delbrueckiimengisolasi ke
tingkat subspesies dan untuk membedakan
spesies ini dari Lb. helveticusdan Lb. acidophilus.
Karena spesies ini hadir di relung ekologi
yang sama, dan menunjukkan karakteristik
fenotipik yang serupa dan hubungan genetik
yang dekat, PCR-ARDRA menjadi efisien.
Bouton dkk. [22] dikonfirmasi oleh strain
PCR-ARDRA yang diisolasi dari keju Comté
milikLb. delbrueckiisp.
laktis. Untuk enam galur yang didugaLb. helvetikus,
tidak ada pemotongan oleh ramah lingkunganRI
diperoleh, bahkan jika profil fermentasi menunjukkan
bahwa semua galur milik Lb. helveticus
daripada Lb. acidophilus. Penataan ulang
kromosom [82] atau proteksi silang dengan
metilasi dapat menjelaskan hilangnya
tempat pembelahan.
2.2.3. Analisis pada tingkat regangan
Analisis Enzim Pembatasan (REA)
Analisis enzim restriksi (REA)
melibatkan ekstraksi dan pencernaan
DNA kromosom dengan endonuklease
restriksi dan pemisahan fragmen
dengan elektroforesis gel konvensional
(CGE). Jumlah pita yang diperoleh,
umumnya berukuran antara 1000 dan
20.000 bp, bergantung pada batasan
288 V.Coeuret dkk.
enzim yang digunakan. Kompleksitas pola
pita membuat evaluasi visual menjadi sulit
dan memerlukan penggunaan analisis
multivariat berbantuan komputer [32].
Pemisahan elektroforesis dari fragmen DNA
yang diperoleh setelah pencernaan restriksi
endonuklease telah dicapai untuk banyak
spesies bakteri dari genusLactobacillus. REA
telah berhasil digunakan untuk
membedakan antara strainLb. acidophilus[
157]. Zhong dkk. [202] digunakan
SMsaya dan DraI untuk memisahkan 64
galur lactobacilli; metode ini memungkinkan
diskriminasi antara strain, tetapi pola yang
dihasilkan sangat kompleks.
RAPD / AP-PCR
Metode sidik jari DNA berbasis reaksi
berantai polimerase (PCR) menggunakan
primer arbitrer (AP) telah dikembangkan
untuk mempelajari polimorfisme DNA
genom. Metode PCR yang diprioritaskan
secara sewenang-wenang dan metode
DNA polimorfik yang diperkuat secara
acak (RAPD) pertama kali dijelaskan pada
tahun 1990 [197, 198]. Dalam teknik
serupa ini, primer umumnya memiliki
panjang sekitar 10 nukleotida dan tidak
diarahkan pada urutan genom bakteri
yang diketahui, karena primer dipilih
secara sewenang-wenang. Primer
oligonukleotida arbitrer tunggal
mengarahkan amplifikasi segmen acak
DNA genom. Ini menghasilkan spektrum
karakteristik produk DNA pendek dari
berbagai kompleksitas. Teknik RAPD telah
banyak digunakan dalam pengetikan
bakteri asam laktat [176]. Beberapa
primer yang digunakan tercantum pada
Tabel VI.Lactobacillus strain dalam keju
[12, 17, 22] kultur whey [38], fermentasi
sosis [137, 152] dan adonan jagung
[91]. Ini juga dapat digunakan untuk
membedakan galur tertentu dari flora alami,
seperti membedakanLactobacillus probiotik
tambahan dari populasi NSLAB alami dalam
keju Cheddar [172]. Dari Plessis
dan Dicks [61] menggunakan RAPD untuk
memisahkan spesies dari Lactobacillus acidophilus
kelompok (Lb. acidophilus, Lb. crispatus, Lb.
amilovorus, Lb. gallinarum, Lb. gasseridan
Lb. johnsonii), yang sulit dibedakan
berdasarkan tes fisiologis dan biokimia
sederhana. Johanson dkk. [109]
mengevaluasi potensi mengetik RAPD untuk
Lb. plantarumgalur dari berbagai sumber:
50% galur dapat dipisahkan secara
individual dari semua galur lain yang diuji
dan REA dapat memisahkan sisanya.
Cocconcelli dkk. [38] menunjukkan
bahwa komunitas lactobacilli termofilik
yang mendominasi keju Parmesan
terdiri dari sejumlah strain bakteri yang
termasuk dalamLb. helveticus
dan Lb. delbrueckiisp. laktis jenis. Baruzzi
dkk. [12] strain yang dilaporkan dari
spesies berikut:Lb. asetotoleransi, Lb.
alimentarius, Lb. singkat, Lb. gasseri, Lb.
kefiri, Lb. paracasei, Lb. plantarumdan
Lb. zeaedalam keju Ricotta forte. Analisis RAPD
digunakan untuk memisahkan strain, yang
sebelumnya dikelompokkan ke dalam satu
klaster profil protein sebagai Lb. plantarum
dan Lb. pentosus[187]. Quiberoni dkk.
[149] menggunakan primer P1 dan P2 untuk
membedakan antara 25 isolat yang diperoleh
dari keju Sardo dan Reggianito. Giraffa dkk.
[81] mengkarakterisasi 23 galur Lb. helveticus
diisolasi dari kultur starter whey alami yang
digunakan untuk keju keras Italia. Sohier dkk.
[169] menggunakan primer RAPD (dan REP-PCR)
untuk memisahkan isolat dariLb. singkatdan
Lb. hilgardi. Kedua metode sidik jari sama-
sama cocok untuk mengungkap profil
genetik spesifik spesies. Analisis RAPD
mungkin memiliki keuntungan memfasilitasi
pengetikan regangan simultan, penentuan
afiliasi spesies dan diferensiasi regangan
individu [16]. Probe dan primer yang
diturunkan dari RAPD telah dijelaskan untuk
identifikasi lactobacilli ke tingkat spesies, dan
bahkan ke tingkat strain [148]. Tilsala-
Timisjarvi dan Alatossava [180] juga telah
mengembangkan primer PCR turunan DNA
strain-spesifik untuk strain probiotik dariLb.
rhamnosus.
 Identifikasi laktobasilus susu 289

Tabel VI. primer RAPD.

Primer RAPD (5'– 3') Digunakan untuk Ref.
1254
Lb. delb. bulgaricus, Lb. acidophilus, Lb. kefiranofasciens, Lb.
CCGCAGCCAA
helveticus, Lb. delb. laktis, Lb. kase, Lb. rhamnosus, [181]
M13
Lb. maltoromicus, Lb. buchneri, Lb. kefir.
GAGGGTGGCGGTTCT
9898
Lb. singkat, Lb. hilgardi [169]
GCAGCCGG
AGTCAGCCAC Lb. kase, Lb. rhamnosus, Lb. zeae [184]
P1
GCGGCGTCGCTAATACATGC [38]
Lactobacillus
P4 [152]
ATCTACGCATTTCACCGCTAC
CTGCTGGGAC
Lb. kelengkungan, Lb. graminis, Lb. sakei [16]
GGAGGGTGTT
OPL-01
GGCATGACCT
Lb. acidophilus, Lb. crispatus, Lb. amilvora, [61]
OPL-04
Lb. gallinarum, Lb. gasseri, Lb. johnsonii
GACTGCACAC
tidak bernama Lb. plantarum [109]
ACGCGCCCT Lactobacillus [7]
tidak bernama Lb. acidophilus, Lb. helveticus, Lb. kase, Lb. reuteri, [36]
AGCAGCGTGG Lb. plantarum. [12]
OPL-01
GGCATGACCT
OPL-04
GACTGCACAC Lb. pentosus, Lb. kase, Lb. demi, Lb. kelengkungan, [187]
OPL-02 Lb. plantarum
TGGGCGTCAA
OPL-05
ACGCAGGCAC
OPB-06
TGCTCTGCCC [80]
Lb. helveticus
OPB-10 [22]
CTGCTGGGAC
P1
TGCTCTGCCC
Lb. helveticus [149]
P2
CTGCTGGGAC
Rp
Lb. paracasei, Lb. rhamnosus [196]
CAGCACCCAC
CRA 23
GCGATCCCCA
Lactobacillus sp. [51]
CRA25
AACGCGCAAC
OPA-02
TGCCGAGCTG
OPM-05
GGGAACGTGT Lb. acidophiluskelompok [75]
OPL-07
AGGCGGGAAC
OPL-16
AGGTTGCAG
290 V.Coeuret dkk.
Tabel VII. primer REP/ERIC.
Primer (5'– 3')
REP1R-I
IIIICGICGICATCIGGC
REP2-I
ICGICTTATCIGGCCTAC
REP-1R-Dt
IIINCGNCGNCATCNGGC
REP2-D
NCGNCTTATCNGGCCTAC
REP-1R-Dt
IIINCGNCGNCATCNGGC
REP2-Dt
NCGNCTTATCNGGCCTAC
BOXA1R
CTACGGCAAGGCGACGCTGACG
RW3A
TCGCTCAAAACAACGACACC
Dimungkinkan juga untuk menggunakan
kombinasi dua atau lebih oligonukleotida 10-mer
(multipleks RAPD) dalam satu PCR untuk menghasilkan
profil RAPD, sehingga memungkinkan untuk
membedakan antara Lactobacillus regangan
[51].
Analisis RAPD telah terbukti kurang efektif
dibandingkan metode molekuler lainnya, meskipun
dalam beberapa kasus, memungkinkan pemisahan
strain yang tidak dapat dibedakan dengan teknik
lain. Skrining primer RAPD baru dapat
meningkatkan spesifisitas teknik ini untuk
pengetikan regangan. Analisis RAPD adalah
metode yang cepat dan murah, tetapi optimasi
yang cermat diperlukan untuk mendapatkan hasil
yang dapat direproduksi.
REP-PCR / ERIC-PCR
Urutan berulang hadir dalam genom semua
organisme. Urutan berulang yang pertama kali
dijelaskan dan dipelajari secara ekstensif adalah
palindrom ekstragenik (REP) atau unit
palindromik (PU), awalnya diidentifikasi pada
Salmonella typhimurium dan Escherichia coli [
79]. Urutan ini memiliki nomor salinan 500-1000
dan terdiri dari pengulangan terbalik 35-40 bp.
Itu ditemukan dalam kelompok, dengan salinan
berurutan diatur dalam orientasi yang
berlawanan. Keluarga kedua dari elemen
berulang,
Digunakan untuk Ref.
Lb. hilgardi, Lb. singkat [169]
[17]
Lactobacillus sp.
[22]
Lb. sakei [102]
disebut IRU (unit pengulangan intergenik)
atau ERIC (konsensus intergenik berulang
enterobakteri) telah dijelaskan; IRU
memiliki panjang 124-127 bp dan memiliki
nomor salinan sekitar 30-50 inE. coli dan
150 inci S. typhimurium [100, 166].
Anggota dari kedua keluarga PU dan IRU
terletak di daerah non-coding tetapi
mungkin ditranskripsi dari kromosom dan
keduanya memiliki struktur batang-loop
potensial. Urutan ini telah dicari dan
dipelajari di lactobacilli [17, 22, 102, 169],
dan primer berulang dirancang untuk
PCR. Beberapa primer yang digunakan
tercantum pada Tabel VII.
Berthier dkk. [17] menganalisis 488 isolat
lactobacilli mesofilik yang diisolasi dari keju
Comté. Isolat-isolat ini diidentifikasi sampai
tingkat spesies dan strain dengan kombinasi
dua metode berbasis PCR: amplifikasi dengan
pasangan primer berulang (ERIC dan REP), dan
amplifikasi dengan primer spesifik. Sidik jari
REP-PCR digunakan untuk menetapkan galur
pada spesies. Gabungan sidik jari REP dan ERIC
memiliki keunggulan dibandingkan analisis
RAPD yaitu urutan yang dipertimbangkan lebih
panjang dan oleh karena itu kurang sensitif
terhadap perubahan kecil dalam kondisi reaksi
[17]. Hyytiä-Trees dkk. [102] menyimpulkan
bahwa REP-PCR memiliki kekuatan diskriminatif
yang mirip dengan analisis RAPD, tetapi
 Identifikasi laktobasilus susu
lebih lemah dari elektroforesis gel bidang
berdenyut (PFGE). Namun, jika hasil
analisis REP-PCR dan RAPD digabungkan,
kekuatan diskriminatif dalam beberapa
kasus sama dengan PFGE.
Polimorfisme panjang fragmen
yang diperkuat (AFLP)
Metode lain, meskipun tidak banyak
digunakan kecuali dalam pendekatan
sistematis, disebut polimorfisme panjang
fragmen amplifikasi (AFLP). Metode ini canggih
dan menggabungkan teknik PCR dan enzim
restriksi. Template AFLP pertama kali disiapkan
dengan memotong dengan dua enzim
(misalnya, pemotong enam-basishindIII dan
pemotong empat alas MseAku untuk
Lactobacillus), menghasilkan fragmen DNA
dengan dua jenis ujung lengket yang berbeda.
Adaptor yang sesuai (oligonukleotida pendek)
diikat ke ujung ini untuk membentuk templat
untuk PCR, menggunakan dua primer berbeda
yang mengandung urutan adaptor yang
diperluas untuk memasukkan satu atau lebih
basa selektif di sebelah situs restriksi primer.
Hanya fragmen yang benar-benar cocok
dengan urutan primer yang diamplifikasi,
menghasilkan amplifikasi selektif sesuai dengan
struktur DNA awal dan pemotongan. Proses
amplifikasi menghasilkan susunan 30 sampai 40
fragmen DNA yang spesifik kelompok dan/atau
spesies dan/atau strain [108]. Namun, analisis
AFLP, yang melibatkan sejumlah besar langkah
eksperimental, harus dipantau secara hati-hati
oleh seorang spesialis untuk memastikan
tingkat reproduktifitas yang tinggi, bahkan jika
sistem sidik jari AFLP otomatis digunakan [75].
Lb. acidophilusdan spesies terkait,
menggunakan setidaknya 3 primer yang
berbeda, dan analisis digital dari pola gabungan
untuk semua primer. Teknik-teknik ini
ditemukan untuk membedakan antara strain
pada tingkat taksonomi yang jauh lebih baik
daripada sidik jari SDS-PAGE, meskipun
reproduktifitas mereka ditemukan menjadi
bahan perdebatan [75].
291
Elektroforesis gel medan berdenyut
(PFGE)
Seperti REA, metode ini melibatkan
pencernaan enzim restriksi, tetapi enzim yang
digunakan untuk PFGE harus memiliki frekuensi
pemotongan yang rendah, seperti halnya untuk
SMAsaya dan SgrMEMILIKI. Namun, dalam
kasus ini, fragmen restriksi diselesaikan dengan
elektroforesis gel medan-berpulsa. Teknik ini,
yang melibatkan penerapan medan listrik bolak-
balik dalam dua arah yang ditentukan,
digunakan untuk memisahkan fragmen yang
sangat besar, dari 5 104 pb ke 2 106 hal. Metode
ini sangat diskriminatif dan dapat direproduksi,
serta menghasilkan pola pita yang mudah
diinterpretasikan.
Analisis PFGE saja, dengan dua atau tiga enzim
yang sesuai, dapat digunakan untuk pengetikan
regangan yang andal. Di beberapaLactobacillus
penelitian, PFGE telah terbukti menjadi metode
yang ampuh untuk mengetik regangan (Tab.
VIII). Namun, satu kelemahan dari metode ini
adalah hanya sejumlah kecil sampel yang dapat
dianalisis. Tynkkynen dkk. [184] diidentifikasi,
dengan PCR dengan primer spesifik, 24 strain
Lactobacillus
biokimia yang berhubungan dengan Lactobacillus
casei kelompok. Strain ini diketik oleh RAPD,
ribotyping dan PFGE, untuk memungkinkan
perbandingan kekuatan diskriminatif metode. Dua
belas genotipe RAPD terdeteksi di antara 24
Lactobacillus strain; ribotyping denganramah
lingkunganRI menghasilkan 15 pola sidik jari yang
berbeda dan PFGE mengungkapkan 17 genotipe
yang berbeda.
Blaiotta dkk. [20] menggunakan PFGE untuk
memantau penambahanLactobacillus, digunakan
sebagai starter, untuk keju Cacioricotta. Teknik ini
memungkinkan untuk menganalisis kinetika
pertumbuhan setiap strain starter selama proses.
Demikian pula, Jacobsen et al.
[107] memantau kelangsungan hidup strain
probiotik dari Lb. rhamnosus, Lb. reuteridan
Lb. delbrueckiisp. laktis dalam tinja.
Bouton dkk. [22] menggunakan metode
berbasis PCR dan PFGE untuk mengetik dan
memantau laktobasilus homofermentatif
selama pematangan keju Comté. Isolat, yang
menunjukkan pola unik oleh RAPD atau
292 V.Coeuret dkk.

Tabel VIII. PFGE Enzim restriksi dan kondisi migrasi yang digunakan untuk lactobacilli.

spesies Lactobacillus Pembatasan enzim Kondisi berjalan Ref.

Lb. acidophilus SMASAYA, apaSaya
(0,5-15) dtk, 24 jam, 6 V cm-1 [157]
(5–25) dtk, 24 jam, 6 V cm-1
(0,3 dt: 1 jam; 0,5 d: 1 jam; 0,7 d:
Lb. Demi SMASAYA, AprilII 1 jam; 2 detik: 5 jam; 4 s: 6 jam) [19]
200 V
(1-5) s, 20 jam, 6 V cm-1
Lb. casei / rhamnosus SMASAYA, BglSAYA, Sfsaya
(1–20) dtk, 24 jam, 4,5 Vcm-1 [71]
Lb. paracasei
(40-80) dtk, 20 jam, 6Vcm-1
Lactobacillus apaSaya (1-12) s, 5 sore, 5 V cm-1 [131]

Lb. sanfranciscensis apaSAYA, TasII, SgrMEMILIKI

(0,5–8) dtk, 17 jam, 6 V cm-1 [201]
(3–40) dtk, 24 jam, 6 V cm-1
Lb. acidophilus (2 d, 6 jam, 350 mA / 5 d, 6 jam, 370 mA / 10 d, 4
Lb. gallinarum jam, 390 mA / 15 d, 4 jam, 410 mA / 30 d, 4 jam
apaSAYA, SMASAYA, SgrMEMILIKI [158]
Lb. gasseri 430 mA / 60 dtk, 3 jam, 450 mA)
Lb. helveticus
Lb. helveticus SMASAYA, SgrMEMILIKI (1-13) dtk, 20 jam, 200 V [121]
5 detik, 16 jam, 140 mA
Lb. plantarum
apaSAYA, SMASAYA, Bukan saya, SfiSaya,

SwaSaya 10 detik, 16 jam, 140 mA

[50]
Lb. casei
Lb. rhamnosus BukanSAYA, sfiSaya (1-15) s, 22 jam, 5 V cm-1 [184]
Lb. zeae
Lb. delbrueckiisp.
bulgarikus
BukanSaya [20]
Lb.rhamnosus apaSaya
Lb. reuteri (1-15) dtk, 20 jam, 200 V [107]
Lb. delbrueckiisp. laktis
Lb. helveticus
Lb. delbrueckii
SgrA1, XhoSaya (2-13) dtk, 22 jam, 200 V [22]

REP-PCR, dapat dibedakan dengan PFGE, dari Lactobacillus diisolasi dari penghuni
tetapi beberapa galur yang dapat pertama telah dilaporkan [153].
dibedakan dengan RAPD atau REP-PCR Profil plasmid dari LAB tertentu atau
dihubungkan oleh PFGE; perbedaan ini Lactobacillus strain dapat digunakan sebagai
dijelaskan oleh eksplorasi polimorfisme penanda identifikasi. Telah dilakukan pada
DNA yang berbeda (seluruh kromosom
Lactobacillus strain [63, 64, 136]. Namun, DNA
DNA untuk PFGE, dan wilayah yang
plasmid bereplikasi secara independen dari
diperkuat oleh primer untuk RAPD dan
kromosom, dan gen plasmid biasanya lebih
REP-PCR). Penggunaan enzim restriksi
tidak stabil daripada fungsi gen kromosom [65].
kedua tentu akan berguna dalam kasus ini.
Meskipun profil plasmid suatu galur tetap stabil
dalam kondisi laboratorium, plasmid dapat
Pembuatan profil plasmid
hilang selama fermentasi dalam kondisi
Metode pengetikan berbasis plasmid pertumbuhan yang tidak menguntungkan, atau
berguna, terutama jika sejumlah besar strain dapat mengalami penataan ulang melalui
akan diperiksa. Plasmid tidak terdistribusi transfer konjugatif. Oleh karena itu, teknik profil
secara merata di antara berbagai isolat yang plasmid memiliki beberapa kelemahan
termasuk dalam spesies yang berbeda potensial, seperti kemampuan suatu strain
Lactobacillus. Metode lisis mekanis untuk mendapatkan, kehilangan atau
cepat untuk analisis rutin plasmid memodifikasi plasmidnya [192], dan
 Identifikasi laktobasilus susu
seringkali tidak ada korelasi antara
kandungan plasmid dan identifikasi spesies
[202].
Polimorfisme DNA terkait fag
Lisogeni bakteri, yaitu adanya profag
sebagai elemen genetik dalam
kromosom bakteri, umum terjadi pada
laktobasilus, terutama di Lb. casei
kelompok [72]. Brandt dkk. [24] menyelidiki
apakah polimorfisme DNA intraspesies lebih
lanjut dapat diungkapkan dengan skrining
keberadaan dan distribusi sekuens DNA
yang berhubungan dengan fag di antara
strain spesies bakteri tunggal. Dia belajar 11
Lb. rhamnosusstrain yang digunakan
sebagai starter dan kultur probiotik di
industri susu Finlandia. Enam pola produk
PCR yang berbeda diperoleh dengan
amplifikasi dengan pasangan primer yang
berasal dari urutan nukleotida ahinfragmen
dIII dari genom fag Lc-Nu. Phage Lc-Nu
DNAderived PCR ditemukan menjadi alat
yang efektif untuk mendeteksi polimorfisme
diLb. rhamnosusketegangan.
2.2.4. Teknik global
Perkembangan terkini dari analisis bakteri
secara keseluruhan dengan FTIR (Fourier
transform infrared spectroscopy) berpotensi
besar untuk identifikasi cepat lactobacilli [1, 2,
48, 49, 128]. Spektrum bakteri biasanya terekam
di mid-inframerah. Mereka khusus untuk strain
bakteri dan menunjukkan karakteristik getaran
dari seluruh komponen seluler: asam lemak,
protein intraseluler dan membran, polisakarida
dan asam nukleat. Perlakuan statistik data
spektral memungkinkan untuk membedakan
antara genera yang berbeda, spesies dan strain.
Masalah reproduktifitas yang awalnya dihadapi
telah diselesaikan, menghasilkan kondisi
standar untuk pertumbuhan sel dan preparasi
sampel. Keuntungan utama dari teknik ini,
seperti yang ditunjukkan oleh hampir semua
penulis, adalah kesederhanaannya sehubungan
dengan analisis genom. Amiel dkk. [1]
mendirikan perpustakaan spesies
293
digunakan dalam industri keju. Strain liar
lactobacilli yang diisolasi dari keju susu mentah
dari Normandia telah diidentifikasi dengan baik.
Basis data spektral memungkinkan untuk
mengidentifikasi galur baru, dengan persentase
hasil bagus yang tinggi: 100% pada tingkat
genus dan spesies untuk galur koleksi; dan
100% pada tingkat genus dan 69% pada tingkat
spesies untuk isolat liar yang sebelumnya
diidentifikasi dengan RAPD dan metode fenotip.
Hasil yang diperoleh sama andalnya dengan
yang diperoleh dengan metode genomik
seperti analisis RAPD [2].
Teknik global lainnya, spektrometri
massa pirolisis [125], juga sangat
menjanjikan tetapi belum diterapkan
pada laktobasilus.
3. KARAKTERISASI
DAN IDENTIFIKASI
LACTOBACILLI
OLEH BUDAYA-INDEPENDEN
METODE
Metode kultur-independen melibatkan
ekstraksi asam nukleat (DNA atau RNA)
dari sampel mentah dan penggunaan
probe untuk hibridisasi dan primer untuk
denaturasi gradien gel elektroforesis
(DGGE), elektroforesis gel gradien suhu
(TGGE) dan polimorfisme konformasi untai
tunggal (SSCP) .
Teknik-teknik ini memberikan gambaran tentang
populasi yang ada dalam matriks yang kompleks, melewati
masalah yang terkait dengan bakteri yang terluka, dan
bakteri yang layak tetapi tidak dapat dibudidayakan.
3.1. Hibridisasi
Ermann dkk. [68] mengembangkan teknik
memfasilitasi identifikasi langsung BAL, tanpa
budaya sebelumnya, dalam keju, yoghurt, sosis,
asinan kubis dan penghuni pertama dan
berdasarkan uji dot-blot terbalik. Probe
oligonukleotida khusus untuk berbagai
Lactobacillus spesies diperpanjang dengan
menambahkan ekor politimidin fosfat.
294 V.Coeuret dkk.

Tabel IX. Primer DGGE / TGGE.

Primer 5'– 3' Kekhususan Ref.

{
[178]

[194]
HDA1 / HDA2 (GCclamp) ACTCCTACGGGAGGCAGCAGT / GTATTACCGCGGCTGCTGGCA V2-V3 / 16S
[144]

V3F / V3R (GCclamp) CCTACGGGAGGCAGCA / ATTACCGCGGCTGCTGG V3 / 16S rDNA [44]

(GCclamp) ACGGGGGGACTCCTACGGGGAGGCAGCAG /
gc338f / 518r
TCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG V3 / 16S rDNA [5]

P1 / P2 (GCclamp) TACGGGAGGCAGCAG / ATTACCGCGGCTGCTGG V3 / 16S rDNA [39]

Lac1 / Lac2GC AGCAGTAGGGAATCTTCCA / (GCclamp) ATTYCACCGCTACACATG 16S rDNA [195]

Tidak disebutkan namanya CGCCGGGGGCGCGCCCCGGGCGGGG / GCGGGGGCACGGGGGG 16S rDNA [150]

Oligonukleotida yang diperluas ini mengikat secara
alami untuk menyaring membran dan berfungsi
sebagai probe penangkapan spesifik spesies untuk
fragmen gen rRNA berlabel yang diperkuat PCR
[68].
Metode sederhana dan cepat untuk
hibridisasi sel utuh dengan probe asam nukleat
peptida bertarget rRNA berlabel fluoresen (PNA)
baru-baru ini dikembangkan untuk deteksi dan
identifikasi bakteri termofilik. Lactobacillus sel
tumbuh dalam susu atau hadir dalam kultur
starter industri [129]. Protokol melibatkan
penyaringan sampel, dan mikroskop
epifluoresensi digunakan untuk deteksi. Batas
deteksinya adalah 104 ke 106
sel per mL, dan oligonukleotida spesifik
tersedia untuk Lb. delbrueckii, Lb. helveticus,
Lb. pentosusdan Lb. plantarum.Probe
oligonukleotida bertarget rRNA yang saat ini
tersedia untuk identifikasi LAB tercantum
dalam Tabel III. Berbagai jenis assay dapat
digunakan. Dalam uji dot-blot asam nukleat
target harus diekstraksi dan diimobilisasi
pada membran. Tes tersebut telah
digunakan untuk identifikasi simultan
berbagai lactobacilli, seperti:
Lb. kelengkungan, Lb. Demi, Lb. pentosus,
Lb. plantarum, Lb. delbrueckiidan Lb.
helveticus[97, 143, 192].
telah dikembangkan untuk analisis
komunitas mikroba tanpa kultur, dengan
pemisahan spesifik urutan fragmen 16S
rDNA yang diperkuat. Pemisahan didasarkan
pada mobilitas elektroforesis yang lebih
rendah dari molekul DNA untai ganda yang
sebagian meleleh dalam gel poliakrilamida
yang mengandung gradien linier denaturan
DNA, campuran urea dan formamida
(DGGE), atau mengalami gradien suhu linier
(TTGE). Pelelehan fragmen berlangsung
dalam rentang domain leleh terpisah dari
pasangan basa dengan suhu leleh yang
identik. Setelah domain dengan suhu leleh
terendah mencapai suhu lelehnya (Tm),
dalam gel denaturasi atau gradien suhu,
molekul mengalami transisi dari struktur
heliks ke sebagian meleleh, dan migrasi
berhenti. Resolusi optimal terjadi ketika
amplikon tidak sepenuhnya terdenaturasi
dan ketika daerah yang akan disaring berada
dalam domain leleh terendah. Hal ini dicapai
dengan menambahkan penjepit kaya GC
30-40 bp ke salah satu primer PCR (Tab. IX).
Ini menghasilkan varian urutan fragmen
tertentu yang berhenti bermigrasi pada
posisi berbeda dalam gradien denaturasi,
memfasilitasi pemisahan efektifnya oleh
TGGE atau DGGE.

3.2. PCR-DGGE, PCR-TGGE Anggota komunitas bakteri sering

diamplifikasi menggunakan primer yang
Metode seperti elektroforesis gel gradien sesuai dengan urutan 16 S rDNA [5,
denaturasi (DGGE) dan elektroforesis gel 39, 93, 144, 168, 186, 194, 195]. Spesies kemudian
gradien suhu (TGGE) telah dapat dibedakan dengan membandingkan
 Identifikasi laktobasilus susu
jarak migrasi amplikon PCR dalam gel
dengan strain referensi [3].
Teknik-teknik ini baru-baru ini
digunakan dalam evaluasi keragaman
mikroba, khususnya keragaman
lactobacilli dalam keju [44, 144, 150], sosis
[39], fermentasi pati [5], fermentasi
wiski malt [186], bir [183], feses [168,
178, 195], dan saluran pencernaan
[194], dan untuk identifikasi
Lactobacillus spesies [189]. Coppola dkk.
[44] menggunakan polimorfisme spacer PCR
16S-23S rDNA dan analisis PCR-DGGE dari
wilayah V3 dari 16S rDNA untuk mempelajari
keragaman mikroba dari keju Pasta Filata
yang belum matang. Jumlah pita dalam profil
PCR yang diperoleh memungkinkan untuk
membedakan antara industri, industri
rumahan dan produk susu tradisional.
Ogier dkk. [144] diidentifikasi oleh PCR-
TGGE dari spesies bakteri daerah 16S rDNA
V3 (Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc,
Enterococcus, Pediococcus, Streptococcus
dan Stafilokokus) hadir dalam produk susu
buatan sendiri atau komersial. Urutan V3-
TGGE membedakan antara bakteri yang
termasuk dalam genus yang berbeda.
Namun, V3-TGGE tidak membedakan antara
anggotaLactobacillus casei kelompok (Lb.
kase, Lb. paracaseidan
Lb. rhamnosus), atau anggota
Lactobacillus acidophilus kelompok (Lb.
gallinarum, Lb. crispatus, Lb. amilovorus,
Lb. acidophilusdan erat Lb. helveticus).
Lb. pentosusdan Lb. plantarumemas Lb. johnsonii
dan Lb. gasserimemiliki urutan V3 yang serupa dan
bermigrasi bersama. HanyaLb. reuteri,
Lb. singkat, Lb. fermentum, Lb. delbrueckii
sp. bulgarikus, dan Lb. delbrueckiisp.
laktis dapat dengan mudah dibedakan. Keju
dengan prosedur produksi serupa (misalnya
keju Brie dan Camembert, atau Emmental dan
Comté…) menghasilkan pita TGGE yang umum.
TGGE memberikan deskripsi spesies bakteri
dominan dalam ekosistem yang kompleks,
tetapi bakteri minoritas (kurang dari 1%) tidak
dapat dideteksi. Jadi, TGGE tampaknya menjadi
alat molekuler yang sangat baik untuk
menganalisis keragaman dalam kompleks
295
komunitas bakteri, tetapi skrining di primer
baru di area yang lebih diskriminatif
daripada V3 16S rDNA diperlukan untuk
spesies lactobacilli.
Randazzo dkk. [150] memperoleh
profil DGGE yang berasal dari PCR dan
RT-PCR (reverse transcriptase-PCR) DNA
dan RNA, dan membandingkannya
untuk menentukan tingkat ekspresi gen
16S rRNA dari bakteri yang paling
dominan selama pembuatan keju
Ragusano . Evolusi dariLactobacillus
komunitas selama proses pembuatan dan
pematangan tercermin dalam profil DGGE yang
tidak stabil yang dihasilkan dengan menggunakan
Lactobacillus-primer spesifik, yang
menargetkan semua anggota Lactobacillus
kelompok, tetapi termasuk Leuconostoc dan
Pediokokus sp. juga. Pencacahan mikroba
secara bersamaan pada media yang berbeda
dilakukan, dan setelah kultivasi, isolat
diidentifikasi dengan metode fenotipik klasik
dan analisis urutan 16S rDNA.Lb. delbrueckii,
yang dominan seperti yang ditunjukkan oleh
DGGE, tidak pernah diisolasi pada media
selektif.
Tannock dkk. [178] menilai dampak
konsumsi probiotik pada mikroflora
usus dengan memantau komunitas
feses dengan FISH (fluorescence in situ
hybridization) dan DGGE. Heilig dkk.
[93] menggunakan DGGE untuk
mempelajari stabilitas komunitas bakteri
saluran cerna pada berbagai kelompok
umur, selama berbagai periode waktu,
dan perubahan berturut-turut dalam
Lactobacillus masyarakat diamati. Mereka
juga menilai spesifisitas pendekatan PCR
dan DGGE untuk mempelajari retensi
dalam sampel feses aLactobacillus strain
diberikan selama uji klinis.
Van Beek dan Priest [186] mengadopsi
pendekatan polifasik, menggunakan mikroskop
cahaya dan elektron dan elektroforesis gel
gradien denaturasi (DGGE) dari fragmen DNA
ribosom 16S yang diperkuat PCR untuk
memantau perkembangan komunitas bakteri
asam laktat selama fermentasi wiski malt. Hasil
mereka mengungkapkan bahwa
296 V.Coeuret dkk.
metode yang bergantung pada budaya
meremehkan keragaman bakteri dan
menunjukkan adanya lactobacilli baru dan taksa
lainnya dalam wiski malt selama fermentasi.
Teknik-teknik baru ini memiliki
keuntungan memfasilitasi studi langsung
dan analisis dinamika populasi dalam
sistem mikroba yang kompleks. Metode
ini baru mulai diterapkan pada studi
ekologi mikroflora keju.
3.3. PCR-SSCP
Analisis SSCP (single strand konformasi
polimorfisme) untuk identifikasi molekuler
dalam ekosistem mikroba didasarkan pada
urutan 16S rDNA. Tidak ada budaya yang
diperlukan. SSCP mendeteksi variasi urutan
antara fragmen DNA, biasanya diperkuat
oleh PCR dari daerah variabel gen 16S rRNA
dan menggunakan gel poliakrilamida netral
yang tidak mengalami denaturasi. Fragmen
DNA untai ganda pendek pertama kali
dihasilkan menggunakan protokol PCR
standar. DNA untai tunggal dibuat dengan
menggabungkan alikuot kecil produk PCR
dengan volume formamida yang sama
(80-95%), dan kemudian didenaturasi
dengan panas. Dua untai komplementer
DNA akan bermigrasi secara berbeda dan
karena itu akan terpisah selama
elektroforesis gel. Metode sidik jari ini
mencirikan keragaman mikroba, dengan
membandingkan mikroflora tertutup [84].
Analisis SSCP telah diadaptasi untuk
identifikasi cepat bakteri Gram-positif dan
Gram-negatif hingga tingkat genus dan
spesies. Analisis mikroflora keju AOC Salers
menghasilkan koelusiLc. laktis, Lb.
plantarum, Lb. pentosusdan St termofilus,
semuanya terkait dengan puncak utama [84].
4. KESIMPULAN
Diakui secara luas bahwa identifikasi
lactobacilli ke spesies atau tingkat strain
berdasarkan kriteria fisiologis dan
biokimia sangat ambigu dan rumit.
Banyak perubahan taksonomi telah
diamati diLactobacillus
genus sebagai kualifikasi spesies lama di baru
genera atau deskripsi spesies baru. Ini
mengarah pada karakterisasi genus yang
bermasalah dengan tes fenotipik dan
peningkatan penggunaan metode molekuler
berbasis kultur klasik. Teknik molekuler baru
untuk analisis komunitas mikroba yang tidak
memerlukan isolasi mikroorganisme sangat
menjanjikan. Mereka memberikan gambaran
pelengkap dari populasi yang diperoleh dengan
menggunakan teknik berbasis budaya ketika
diterapkan pada analisis susu dan produk susu.
Namun, pendekatan molekuler ini memiliki
beberapa keterbatasan, termasuk desain
primer yang memadai, dan kemungkinan
bahwa isolasi DNA, amplifikasi dan kloning
mungkin bias oleh strain dan urutan tertentu.
Ada juga ketergantungan pada ambang deteksi
dan jumlah laktobasilus, sayangnya rendah
pada susu mentah berkualitas tinggi. Namun
demikian, metode ini memberikan gambaran
tentang keragaman mikroorganisme yang ada
dalam sampel tertentu. Mereka memberikan
informasi kualitatif dan mungkin semi-
kuantitatif, yang harus dilengkapi dengan PCR
kuantitatif untuk mendapatkan hasil yang
sedekat mungkin dengan kenyataan.
Kami bermaksud untuk menghasilkan panduan
bagi pembaca, yang mencakup teknik-teknik
relevan yang digunakan untuk analisis polifasik
laktobasilus. Panduan ini tidak diproduksi, karena
mengusulkan teknik untuk penggunaan tertentu
tidak sepenuhnya dapat diandalkan. Sebenarnya,
pilihan teknik yang akan digunakan bervariasi
tergantung pada:
- tingkat diskriminasi yang diperlukan;
- jenis produk dan matriks, sifat
organisme yang tidak diinginkan dan
keragaman lactobacilli yang ada;
- jumlah waktu yang tersedia;
- staf dan peralatan yang tersedia;
- jumlah galur dan isolat yang akan
dipelajari.
Selain itu, banyak teknik, tergantung
budaya atau budaya-independen,
didasarkan pada penggunaan probe dan
primer. Untuk teknik ini tingkat diskriminasi
tergantung pada ada atau tidaknya
 Identifikasi laktobasilus susu 297

probe dan primer pada tingkat taksonomi yang diinginkan. Sampai saat ini kami sangat [2] Amiel C., Mariey L., Denis C., Pichon P.,
jauh dari memiliki primer dan probe khusus untuk 88 spesies lactobacilli, dan mengenai
Travert J., spektroskopi FTIR dan tujuan
taksonomi: Kontribusi pada klasifikasi
yang telah dirancang, spesifisitas dan validitasnya harus diperiksa satu per satu dengan
bakteri asam laktat, Lait 81 (2001) 249–
genera, spesies, atau galur tertutup. Masalah lain dihasilkan dari daftar 88 spesies 255.
lactobacilli yang diberikan karena ini bukan daftar resmi (tidak ada) dan dengan demikian [3] Ampe F., Desain dan evaluasi a Lactobacillus
untuk menghindari kemungkinan kesalahan identifikasi, semua probe dan primer harus manihotivorans probe hibridisasi bertarget
rRNA spesifik spesies dan penerapannya
divalidasi terhadap strain referensi yang sama di awal untuk memastikan spesifisitas
pada studi fermentasi singkong asam, Appl.
umum mereka. . Selain itu, semua teknik yang disebutkan dalam ulasan ini belum
Tentang. Mikrobiol. 66
diterapkan pada laktobasilus dengan tujuan yang sama. Genus primer dirancang oleh (2000) 2224–2226.
Dubernet et al. [62], telah digunakan untuk PCR dan PCR-TGGE, tetapi tidak untuk [4] Ampe F., ben Omar N., Moizan C., Wacher
hibridisasi, tapi jelas bisa digunakan. Kesulitan memilih teknik yang memiliki daya C., Guyot JP, Studi polifasik dari distribusi
spasial mikroorganisme di pozol Meksiko,
pembeda yang baik tidak hanya tergantung pada teknik tetapi juga pada spesies atau
adonan jagung yang difermentasi,
galur. Hasil juga tergantung pada kualitas dan kelengkapan database. Hasil yang sangat
menunjukkan perlunya metode budidaya-
baik pada tingkat genus, spesies dan strain dapat diperoleh dengan menggunakan FTIR, independen untuk menyelidiki fermentasi
tetapi jika database tidak lengkap (tidak cukup strain dari spesies yang berbeda, atau asal
tradisional, Appl. Tentang. Mikrobiol. 65
(1999) 5464-5473.
yang berbeda), hasilnya tidak akan sebaik yang seharusnya. Akhirnya, hanya beberapa
[5] Ampe F., Sirvent A., Zakhia N., Dinamika
teknik terbatas yang dapat diterapkan dengan tingkat kepercayaan yang tinggi meskipun
komunitas mikroba yang bertanggung
mereka bergantung pada ketahanan basis data: pengurutan untuk mengidentifikasi pada
jawab untuk fermentasi pati singkong asam
tingkat genus dan spesies, dan pengurutan atau elektroforesis gel bidang berdenyut tradisional dipelajari dengan mendenaturasi
untuk membedakan galur. Kesulitan memilih teknik yang memiliki daya pembeda yang
gradien gel elektroforesis dan hibridisasi
rRNA kuantitatif, Int. J. Mikrobiol Pangan. 65
baik tidak hanya tergantung pada teknik tetapi juga pada spesies atau galur. Hasil juga
(2001) 45–54.
tergantung pada kualitas dan kelengkapan database. Hasil yang sangat baik pada tingkat
[6] Andrighetto C., De Dea P., Lombardi A.,
genus, spesies dan strain dapat diperoleh dengan menggunakan FTIR, tetapi jika Neviani E., Rossetti L., Giraffa G.,
database tidak lengkap (tidak cukup strain dari spesies yang berbeda, atau asal yang Identifikasi molekuler dan analisis cluster
berbeda), hasilnya tidak akan sebaik yang seharusnya. Akhirnya, hanya beberapa teknik
lactobacilli termofilik homofermentatif
yang diisolasi dari produk susu, Res.
terbatas yang dapat diterapkan dengan tingkat kepercayaan yang tinggi meskipun
Mikrobiol. 149 (1998) 631–643.
mereka bergantung pada ketahanan basis data: pengurutan untuk mengidentifikasi pada
[7] Antonsson M., Ardo Y., Molin G.,
tingkat genus dan spesies, dan pengurutan atau elektroforesis gel bidang berdenyut Perbandingan antara mikroflora keju
untuk membedakan galur. Kesulitan memilih teknik yang memiliki daya pembeda yang Herrgard dari tiga perusahaan susu yang
baik tidak hanya tergantung pada teknik tetapi juga pada spesies atau galur. Hasil juga
berbeda, Int. Susu J. 11 (2001) 285-291.
tergantung pada kualitas dan kelengkapan database. Hasil yang sangat baik pada tingkat
[8] Antunes A., Rainey FA, Nobre MF, Schumann P.,
Ferreira AM, Ramos A., Santos H., da Costa MS,
genus, spesies dan strain dapat diperoleh dengan menggunakan FTIR, tetapi jika
Leuconostoc ficulneum sp. nov., bakteri asam
database tidak lengkap (tidak cukup strain dari spesies yang berbeda, atau asal yang laktat baru yang diisolasi dari buah ara matang,
berbeda), hasilnya tidak akan sebaik yang seharusnya. Akhirnya, hanya beberapa teknik dan klasifikasi ulangLactobacillus fruktosus
kartu As Leuconostoc fruktosum sisir.
terbatas yang dapat diterapkan dengan tingkat kepercayaan yang tinggi meskipun
November, Int. J. Sistem. Evolusi Mikrobiol. 52
mereka bergantung pada ketahanan basis data: pengurutan untuk mengidentifikasi pada
(2002) 647–655.
tingkat genus dan spesies, dan pengurutan atau elektroforesis gel bidang berdenyut
[9] Arhné S., Molin G., Stahl S., Plasmid dalam
Lactobacillus strain diisolasi dari daging dan
untuk membedakan galur. spesies dan tingkat strain dapat diperoleh dengan menggunakan FTIR, tetapi jika database tidak lengkap (tidak cukup strain dari spesies yang berbeda, atau asal yang berbeda), hasilnya tidak akan seb

produk daging, Syst. aplikasi Mikrobiol. 11

Kesimpulannya, analisis lactobacilli dalam
(1989) 320–325.
keju dan produk susu lainnya sangat rumit
[10] Arizcun C., Barcina Y., Torr P., Identifikasi
dan penggunaan teknik yang berbeda, bakteri asam laktat yang diisolasi dari
terutama teknik fenotipik atau genomik keju Roncal dan Idiazabal, Lait 77
berbasis molekul, direkomendasikan. (1997) 729–736.
[11] Kembali W., BohaK I., Ehrmann M., Ludwig
REFERENSI W., Pot B., Kersters K., Schleifer KH,
Lactobacillus perolens sp. nov., bakteri
[1] Amiel C., Mariey L., Curk-Daubié MC, Pichon pembusuk minuman ringan, Syst. aplikasi
P., Travert J., Potensi Fourier Transform Mikrobiol. 22 (1999) 354–359.
Infrared Spectroscopy (FTIR) untuk [12] Baruzzi F., Morea M., Matarante A.,
diskriminasi dan identifikasi bakteri asam Coccelli PS, Perubahan Lactobacillus
laktat susu, Lait 80 (2000) 445– 459. komunitas selama keju forte Ricotta
298 V.Coeuret dkk.
fermentasi alami, J. Appl. Mikrobiol. 89
(2000) 807–814.
[13] Beresford T., Pelaez C., Jimeno J., Sifat dan
pertumbuhan flora non starter, dalam:
Komisi Eropa, Kualitas dan mikrobiologi
keju susu tradisional dan mentah, Dijon,
Prancis, 1998, hlm. 225–238.
[14] Beresford TP, Fitzsimons NA, Brennan
NL, Cogan TM, Kemajuan terbaru
dalam mikrobiologi keju, Int. Susu J.11
(2001) 259–274.
[15] Berthier F., Ehrlich SD, Identifikasi spesies cepat
dalam dua kelompok laktobasilus yang terkait
erat menggunakan primer PCR yang
menargetkan wilayah spacer 16S / 23S rRNA,
FEMS Microbiol. Lett. 161 (1998) 97-106.
[16] Berthier F., Ehrlich SD, Keragaman genetik dalam
Lactobacillus sakei dan Lactobacillus curvatus
dan desain primer PCR untuk pendeteksiannya
menggunakan DNA polimorfik yang
diamplifikasi secara acak, Int. J. Sistem. Bakteri.
49 (1999) 997–1007.
[17] Berthier F., Beuvier E., Dasen A., Grappin
R., Asal dan keragaman laktobasilus mesofilik
dalam keju Comté, seperti yang diungkapkan
oleh PCR dengan primer berulang dan spesifik
spesies, Int. Susu J. 11 (2001) 293–305.
[18] Birollo GA, Reinheimer JA, Vinderola
CG, Viabilitas mikroflora asam laktat dalam
berbagai jenis yoghurt, Food Res. Int. 33
(2000) 799–805.
[19] Bjorkroth J., Ridell J., Korkeala H.,
Karakterisasi Sake Lactobacillus strain
yang berasosiasi dengan produksi
ropy slime dengan pola DNA
polimorfik (RAPD) dan elektroforesis
gel bidang-berpulsa (PFGE), Int. J.
Mikrobiol Pangan. 31 (1996) 59–68.
[20] Blaiotta BG, Simeoli GM, Andolfi R., Villani F.,
Coppola S., Pemantauan strain bakteri asam
laktat selama produksi keju "Cacioricotta"
dengan analisis restriksi endonuklease dan
elektroforesis gel bidang berdenyut, J. Dairy
Res. 68 (2001) 139-144.
[21] Bouton Y., Guyot P., Grappin R.,
Karakterisasi awal mikroflora keju Comté,
J. Appl. Mikrobiol. 85 (1998) 123-131.
[22] Bouton Y., Guyot P., Beuvier E., Tailliez
P., Grappin R., Penggunaan metode berbasis PCR
dan PFGE untuk mengetik dan memantau
lactobacilli homofermentatif selama pematangan
keju Comté, Int. J. Makanan. Mikrobiol. 76
(2002) 27–38.
[23] Bracquart P., Sebuah media agar untuk
diferensial Streptococcus thermophilus dan
Lactobacillus bulgaricus dalam yoghurt, J.
Appl. Bakteri. 51 (1981) 303–305.
[24] Brandt K., Tilsala-Timisjarvi A.,
Alatossava T., polimorfisme DNA
terkait fag dalam susu dan probiotik
Lactobacillus, Mikron 32 (2001) 59–65.
[25] Bringel F., Curk MC, Hubert JC,
Karakterisasi lactobacilli oleh hibridisasi
tipe selatan dengan Lactobacillus
plantarum pyrDFE penyelidikan, Int. J.
Sistem. Bakteri. 46 (1996) 588-594.
[26] Bruce J., Sistem otomatis dengan cepat mengidentifikasi
dan mengkarakterisasi mikroorganisme dalam
makanan, Food Technol. 50 (1996) 77–81.
[27] Bunte C., Hertel C., Hammes WP, Pemantauan dan
kelangsungan hidup Lactobacillus paracasei LTH
2579 dalam makanan dan saluran usus manusia,
Syst. aplikasi Mikrobiol. 23
(2000) 260–266.
[28] Calicchia ML, Wang CIE, Nomura T., Yotsuzuka
F., Osato DW, pencacahan Selektif dari
Bifidobacterium bifidum, Enterococcus
faecium, dan resisten Streptomisin
Lactobacillus acidophilus dari produk
probiotik campuran, J. Food Prot. 56
(1993) 954–957.
[29] Camaschella P., Pirovano F., Mognot O., Sozzi T.,
Metode untuk deteksi dan penghitungan
berbagai kultur laktat termofilik dan
bifidobacteria yang hanya menggunakan satu
media kultur, dalam: Amgar A. (Ed.), Keamanan
Pangan '94, Laval Prancis, 1994, hal. 335.
[30] Chagnaud P., Machinis K., Coutte LA, Marecat
A., Mercenier A., Prosedur berbasis PCR
cepat untuk mengidentifikasi bakteri asam
laktat: aplikasi ke enam umum Lactobacillus
spesies, J. Mikrobiol. Sabu. 44
(2001) 139-148.
[31] Chamba JF, keju Emmental: ekosistem
mikroba yang kompleks. Konsekuensi pada
pemilihan dan penggunaan starter, Sci.
Makanan 20 (2000) 37–54.
[32] Charteris WP, Kelly PM, Morelli L., Collins
JK, Deteksi selektif, pencacahan dan
identifikasi berpotensi probiotik
Lactobacillus dan Bifidobacterium spesies
dalam populasi bakteri campuran, Int. J.
Mikrobiol Pangan. 35 (1997) 1-27.
[33] Chen H., Lim CK, Lee YK, Chan YN, Analisis
komparatif dari gen yang mengkode 23S-5S
rRNA daerah spacer intergenik dari
Lactobacillus casei-regangan terkait, Int. Aku
terbang. Mikrobiol. 50 (2000) 471–478.
[34] Choisy C., Desmazeaud M., Guéguen
M., Lenoir J., Schmidt JL, Tourneur C.,
Fenomena mikroba, dalam: Eck A., Gillis
JC (Eds.), Le fromage, Lavoisier Tec & Doc,
Paris, Prancis, 1997, hlm. 377-446.
[35] Chopard MA, Schmitt M., Perreard E., Chamba
JF, Aspek kualitatif aktivitas proteolitik
lactobacilli termofilik menggunakan keju
Swiss, Lait 81 (2001) 183-194.
 Identifikasi laktobasilus susu
[36] Coccelli PS, Porro D., Galandini S., Senini L.,
Pengembangan protokol RAPD untuk
mengetik strain bakteri asam laktat dan
enterococci, Lett. aplikasi Mikrobiol. 21
(1995) 376–379.
[37] Cocconcelli PS, Senini L., Bottazzi V.,
Studi mikroflora laktat keju Toma:
penggunaan oligonukleotida bertarget
rRNA untuk identifikasi strain
terisolasi, Ann. Mikrobiol. enzim. 46
(1996) 21–28.
[38] Coccelli PS, Parisi MG, Senini L., Bottazzi
V., Penggunaan RAPD dan 16S rDNA
sequencing untuk studi Lactobacillus
dinamika populasi dalam budaya whey
alami, Lett. aplikasi Mikrobiol. 25 (1997) 8–12.
[39] Cocolin L., Manzano M., Cantoni C., Comi
G., Pengembangan metode cepat untuk
mengidentifikasi Lactobacillus sp. diisolasi
dari sosis Italia yang difermentasi secara
alami menggunakan elektroforesis gel
gradien suhu reaksi berantai polimerase,
Lett. aplikasi Mikrobiol. 30 (2000) 126–129.
[40] Collins MD, Rodrigues U., Ash C., Aguirre
M., Farrow JAE, Martinez-Murcia A.,
Phillips BA, Williams AM, Wallbanks S.,
Analisis filogenetik genus Lactobacillus
dan bakteri asam laktat terkait
sebagaimana ditentukan oleh sekuensing
reverse transcriptase dari 16S rRNA,
FEMS Microbiol. Lett. 77 (1991) 5–12.
[41] Collins MD, Samelis J., Metaxopoulos J., Wallbanks
S., Studi taksonomi pada beberapa organisme
mirip leuconostoc dari sosis yang difermentasi:
deskripsi genus baru weissella Untuk
Leuconostoc paramesenteroides kelompok
spesies, J. Appl. Bakteri. 75
(1993) 595–603.
[42] Coppola R., Nanni M., Iorizzo M.,
Sorrentino A., Sorrentino E., Grazia L.,
Survei bakteri asam laktat selama tahap
lanjut pematangan keju Parmigiano
Reggiano, J. Dairy Res. 64 (1997) 305-310.
[43] Coppola R., Nanni M., Iorizzo M., Sorrentino
A., Sorrentino E., Chiavari C., Grazia L.,
karakteristik mikrobiologi keju
Parmigiano Reggiano selama pembuatan
keju dan bulan-bulan pertama
pematangan, Lait 80 (2000) 479-490.
[44] Coppola R., Nanni M., Succi M., Sorrentino
A., Iorizzo M., Chiavari C., Grazia L.,
Pencacahan bakteri asam laktat
termofilik dalam keju matang yang
dibuat dari susu mentah,
Milchwissenschaft 56 (2001) 140-142.
[45] Corbo MR, Albenzio M., De Angelis M., Sevi A.,
Gobbetti M., Sifat mikrobiologi dan biokimia
dari keju keras Canestrato Pugliese yang
dilengkapi dengan bifidobacteria, J. Dairy
Sci. 84 (2001) 551-561.
299
[46] Crow V., Curry B., Hayes M., Ekologi bakteri asam
laktat non-starter (NSLAB) dan penggunaannya
sebagai tambahan di Selandia Baru Cheddar,
Int. Susu J. 11 (2001) 275-283.
[47] Curk MC, Karakterisasi spesies
pembuatan bir dari genus Lactobacillus
, Tesis Doktor, Universitas Louis
Pasteur, Strasbourg, Prancis, 1994.
[48] Curk MC, Peladan F., Hubert JC, spektroskopi
inframerah transformasi Fourier untuk
mengidentifikasi Lactobacillus spesies, FEMS
Mikrobiol. Lett. 123 (1994) 241–248.
[49] Curk MC, Amiel C., Denis C., Reyrolle J.,
Pichon P., Travert J., Diskriminasi strain
bakteri asam laktat dari bunga susu
oleh Fourier transform infrared
spectroscopy (IRTF), dalam: ADRIA
-Normandy, bakteri asam laktat, Lactic
97, Caen, 10–12 September, Prancis,
1997, 420–421.
[50] Daniel P., Ukuran Lactobacillus plantarum
genom dan spesies bakteri asam laktat
lainnya dengan elektroforesis medan bolak-
balik melintang, Curr. Mikrobiol. 30 (1995)
243–246.
[51] Daud Khaled AK, Neilan BA, Henriksson
A., Conway PL, Identifikasi dan analisis
filogenetik Lactobacillus
menggunakan multipleks RAPD-PCR, FEMS
Microbiol. Lett. 153 (1997) 191–197.
[52] Dave RI, Shah NP, Evaluasi media untuk
pencacahan selektif Streptococcus
thermophilus, Lactobacillus delbrueckii
sp. bulgarikus, Lactobacillus acidophilus,
dan bifidobacteria, J. Dairy Sci. 79 (1996)
1529–1536.
[53] De Angelis M., Corsetti A., Tosti N., Rossi
J., Corbo MR, Gobbetti M., Karakterisasi bakteri
asam laktat non-starter dari keju domba Italia
berdasarkan fenotipik, genotipik, dan analisis
protein dinding sel, Appl. Tentang. Mikrobiol. 67
(2001) 2011–2020.
[54] De Man JC, Rogosa M., Sharpe ME, Sebuah
media untuk budidaya lactobacilli, J. Appl.
Bakteri. 23 (1960) 130–135.
[55] Dellaglio F., Dicks LMT, Du Toit M., Torriani
S., bakteri asam laktat dalam biji jagung
kelembaban tinggi ensiled: karakterisasi
fisiologis dan genetik, Syst. aplikasi
Mikrobiol. 5 (1991) 534-544.
[56] Dellaglio F., Lombardi A., Perkembangan
baru dalam identifikasi mikroorganisme
non starter dalam keju, di: Komisi Eropa,
Kualitas dan mikrobiologi keju susu
tradisional dan mentah, Dijon, Prancis,
1998, hlm. 53–63.
[57] Dellaglio F., Felis GE, Torriani S., Status
spesies Lactobacillus casei
(Orla-Jensen 1916) Hansen dan Lessel
300 V.Coeuret dkk.
1971 dan Lactobacillus paracasei Collins dkk.
1989. Permintaan Pendapat, Int. J. Sistem.
Evolusi Mikrobiol. 52 (2002) 285-287.
[58] Demarigny Y., Beuvier E., Dasen A., Duboz
G., Pengaruh mikroflora susu mentah
pada karakteristik keju tipe Swiss. I.
Evolusi mikroflora selama pematangan
dan karakterisasi lactobacilli
heterofermentatif opsional, Susu 76
(1996) 371–387.
[59] Demarigny Y., Beuvier E., Buchin S.,
Pochet S., Grappin R., Pengaruh
mikroflora susu mentah pada
karakteristik keju tipe Swiss. II.
Karakteristik biokimia dan sensorik,
Susu 77 (1997) 151-167.
[60] Drake M., CL Kecil, Spence KD, Swanson
BG, Deteksi dan identifikasi cepat dari
Lactobacillus sp. dalam Produk susu dengan
menggunakan reaksi berantai polimerase, J.
Food Prot. 59 (1996) 1031–1036.
[61] Du Plessis EM, Dicks LM, Evaluasi random
amplified polymorphic DNA (RAPD) -PCR
sebagai metode untuk membedakan
Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus
crispatus, Lactobacillus amylovorus,
Lactobacillus gallinarum, Lactobacillus
gasseri, dan Lactobacillus johnsonii, Curr.
Mikrobiol. 31 (1995) 114–118.
[62] Dubernet S., Desmasures N., Guéguen M.,
Sebuah metode berbasis PCR untuk
identifikasi lactobacilli pada tingkat genus,
FEMS Microbiol. Lett. 214 (2002) 271.
[63] Duffner F., O'Connell M., Sebuah evaluasi
komparatif profil plasmid dan ribotyping
dalam analisis Lactobacillus plantarum
regangan heterogenitas dalam silase, J.
Appl. Bakteri. 78 (1995) 20–27.
[64] Dykes GA, Burgess AY, von Holy A., Plasmid
profil bakteri asam laktat yang terkait
dengan sosis Wina kemasan vakum yang
diproduksi dan pembusukan, Lett. aplikasi
Mikrobiol. 17 (1993) 182–184.
[65] Dykes GA, von Holy A., Strain mengetik dalam
genus Lactobacillus, Let. aplikasi Mikrobiol.
19 (1994) 63–66.
[66] Tanggul GA, Cloete TE, von Holy A., Taksonomi
bakteri asam laktat yang terkait dengan
pembusukan daging olahan kemasan vakum
dengan analisis multivariat asam lemak seluler,
Int. J. Mikrobiol Pangan. 28
(1995) 89–100.
[67] Ehrmann M., Ludwig W., Schleifer KH,
Probe oligonukleotida spesifik spesies
untuk identifikasi Streptococcus
thermophilus., Sistem. aplikasi Mikrobiol.
15 (1992) 453–455.
[68] Ehrmann M., Ludwig W., Schleifer KH,
Hibridisasi titik balik terbalik: berguna
metode untuk identifikasi langsung bakteri
asam laktat dalam makanan fermentasi,
FEMS Microbiol. Lett. 117 (1994) 143–149.
[69] El Soda M., Madkor SA, Tong PS, Budaya
tambahan: perkembangan terkini dan
potensi signifikansi untuk industri
keju, J. Dairy Sci. 83 (2000) 609-619.
[70] Eliskases-Lechner F., Ginzinger W., Rohm
H., Tschager E., Flora susu mentah
mempengaruhi komposisi dan kualitas
Bergkase. 1. Mikrobiologi dan senyawa
fermentasi, Lait 79 (1999) 385–396.
[71] Ferrero M., Cesena C., Morelli L., Scolari
G., Vescovo M., Karakterisasi molekuler
dari Lactobacillus casei strain, FEMS
Microbiol. Lett. 140 (1996) 215–219.
[72] Forsman P., Tanskanen J., Alatossava T.,
Kesamaan struktural dan homologi genetik
antara Lactobacillus casei bakteriofag
diisolasi di Jepang dan di Finlandia, Biosci.
Bioteknologi. Biokimia. 57 (1993) 2042–2048.
[73] Fox PF, Mc Sweeney PLH, Lynch CM,
Signifikansi pada bakteri asam laktat
nonstarter dalam keju Cheddar, Aust. J.
Teknologi Susu. 53 (1998) 83–89.
[74] Gagnaire V., Thierry A., Léonil J., Propionibacteria
dan lactobacilli heterofermentatif opsional
berkontribusi lemah terhadap proteolisis
sekunder keju Emmental, Lait 81
(2001) 339–353.
[75] Gancheva A., Pot B., Vanhonacker K., Hoste
B., Kersters K., Sebuah pendekatan
polifasik terhadap identifikasi strain milik
Lactobacillus acidophilus dan spesies
terkait, Syst. aplikasi Mikrobiol. 22
(1999) 573–585.
[76] Gardiner G., Ross RP, Collins JK, Fitzgerald
G., Stanton C., Pengembangan keju
Cheddar probiotik yang mengandung
turunan manusia Lactobacillus paracasei
strain, Appl. Tentang. Mikrobiol. 64 (1998)
2192-2199.
[77] Gasser F., karakterisasi elektroforesis
dehidrogenase laktat dalam genus
Lactobacillus, J.G. Mikrobiol. 62 (1970)
223–239.
[78] Ghoddusi HB, Robinson RK, Pencacahan
kultur starter dalam susu fermentasi, J.
Dairy Res. 63 (1996) 151–158.
[79] Gilson E., Clement JM, Brutlag D., Hofnung M.,
Sebuah keluarga dari sekuens DNA palindromik
ekstragenik berulang yang tersebar di E. coli,
EMBO J. 3 (1984) 1417–1421.
[80] Giraffa G., De Vecchi P., Rossetti L., Catatan:
identifikasi Lactobacillus delbrueckii
subspesies bulgarikus dan subspesies laktis
isolat susu dengan analisis restriksi rDNA
yang diperkuat, J. Appl. Mikrobiol. 85 (1998)
918–924.
 Identifikasi laktobasilus susu
[81] Giraffa G., De Vecchi P., Rossi P., Nicastro
G., Fortina MG, Heterogenitas genotip
di antara Lactobacillus helveticus
strain diisolasi dari starter keju alami, J.
Appl. Mikrobiol. 85 (1998) 411-416.
[82] Giraffa G., Gatti M., Rossetti L., Senini L., Neviani
E., Keanekaragaman molekul dalam L.helveticus
seperti yang diungkapkan oleh karakterisasi
genotip, Appl. Tentang. Mikrobiol. 65
(2000) 1259–1265.
[83] Gobbetti M., Morea M., Baruzzi F., Corbo
MR, Matarante A., Considine T., Di Cagno
R., Guinee T., Fox PF, Karakterisasi
mikrobiologi, komposisi, biokimia dan
tekstur dari keju Caciocavallo Puglise
selama pematangan, Int. Susu J. 12 (2002)
511-523.
[84] Godon JJ, Duthoit F., Delbès C., Millet L.,
Montel MC, Penggunaan sidik jari
molekuler untuk studi ekosistem mikroba
kompleks. Aplikasi untuk keju AOC Salers,
Lait 81 (2001) 257–262.
[85] Gomes AM, Malcata FX, Pengembangan keju
probiotik yang dibuat dari susu kambing:
analisis permukaan respons melalui
manipulasi teknologi, J. Dairy Sci. 81 (1998)
1492–1507.
[86] Grappin R., Beuvier E., Bouton Y., Pochet
S., Kemajuan dalam biokimia dan
mikrobiologi keju tipe Swiss, Lait 79
(1999) 1–20.
[87] Hamilton-Miller JMT, Shah S.,
Kekurangan kualitas mikrobiologis dan
pelabelan suplemen probiotik, Int. J.
Mikrobiol Pangan. 72 (2002) 175-176.
[88] Hamilton-Miller JMT, Shah S., Winkler
JT, Masalah kesehatan masyarakat yang timbul dari
kualitas mikrobiologi dan pelabelan makanan dan
suplemen yang mengandung mikroorganisme
probiotik, Nutrisi Kesehatan Masyarakat. 2
(1999) 223–229.
[89] Hammes WP, Vogel RF, Genus Lactobacillus
, dalam: Kayu BJB, Holzapfel
WH (Eds.), Bakteri asam laktat. Genera
bakteri asam laktat, Blackie Academic,
London, UK, 1995, hlm. 19–54.
[90] Hartemink R., Domenech VR, Rombout
FM, LAMVAB - Sebuah media selektif
baru untuk isolasi lactobacilli dari feses,
J. Mikrobiol. Sabu. 29 (1997) 77–84.
[91] Hayford AE, Petersen A., Vogensen FK,
Jakobsen M., Penggunaan fragmen DNA
polimorfik (RAPD) yang diamplifikasi secara
acak dan pola RAPD untuk karakterisasi
Lactobacillus fermentum dalam adonan
jagung fermentasi Ghana, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 65 (1999) 3213–3221.
[92] Hébert EM, Raya RR, Tailliez P., de Giori
GS, Karakterisasi iso-
301
terlambat dari Lactobacillus strain yang akan
digunakan sebagai kultur starter dalam fermentasi
susu, Int. J. Mikrobiol Pangan. 59 (2000) 19–27.
[93] Heilig HGHJ, Zoetendal EG, Vaughan
EE, Marteau P., Akkermans ADL, de Vos
WM, Keragaman molekul dari
Lactobacillus sp. dan bakteri asam laktat
lainnya dalam usus manusia
sebagaimana ditentukan oleh amplifikasi
spesifik DNA ribosom 16S, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 68 (2002) 114–123.
[94] Heller KJ, Bakteri probiotik dalam makanan
fermentasi: karakteristik produk dan
organisme starter, Am. J. Clin. nutrisi 73
(2001) 374S – 379S.
[95] Hensel R., Mayr U., Stetter KO, Kandler
O., Studi banding dehidrogenase asam
laktat pada bakteri asam laktat. I.
Pemurnian dan kinetika dehidrogenase
asam L-laktat alosterik dariLactobacillus
casei sp. casei dan Lactobacillus curvatus,
Ark. Mikrobiol. 112 (1977) 81–93.
[96] Hensiek R., Krupp G., Stackebrandt E.,
Pengembangan probe oligonukleotida
diagnostik untuk empat Lactobacillus
spesies yang terjadi di saluran usus, Syst.
aplikasi Mikrobiol. 15 (1992) 123-128.
[97] Hertel C., Ludwig W., Obst M., Vogel RF,
Hammes WP, Schleifer KH, probe
oligonukleotida bertarget 23S rRNA untuk
identifikasi cepat laktobasilus daging, Syst.
aplikasi Mikrobiol. 14 (1991) 173–177.
[98] Hertel C., Ludwig W., Pot B., Kersters K.,
Schleifer KH, Diferensiasi lactobacilli terjadi
pada produk susu fermentasi dengan
menggunakan probe oligonukleotida dan
profil protein elektroforesis, Syst. aplikasi
Mikrobiol. 16 (1993) 463-467.
[99] Horie M., Kajikawa HS, Toba T., Identifikasi
Lactobacillus crispatus oleh reaksi berantai
polimerase yang menargetkan gen protein
lapisan-S, Lett. aplikasi Mikrobiol. 35
(2002) 57–61.
[100] Hulton CS, Higgins CF, Sharp PM,
urutan ERIC: keluarga baru elemen
berulang dalam genom Escherichia coli
, Salmonella typhimurium dan
enterobakteri lainnya, Mol. Mikrobiol. 5
(1991) 825–834.
[101] Hynes E., Ogier JC, Delacroix-Buchet
A., Proteolisis selama pematangan
keju dadih mini yang dibuat dengan
strain bakteri starter yang berbeda dan
Lactobacillus plantarum budaya tambahan,
Int. Susu J. 11 (2001) 587-597.
[102] Hyytiä-Trees E., Lyhs U., Korkeala H.,
Björkroth J., Karakterisasi penghasil lendir
ropy Lactobacillus sakei menggunakan PCR
berbasis urutan elemen berulang, Int. J.
Mikrobiol Pangan. 50 (1999) 215–219.
302 V.Coeuret dkk.
[103] IDF, Deteksi dan enumerasi Lactobacillus
acidophilus, Standar 306, Int. Makanan
Susu. Brussel, Belgia, 1995.
[104] IDF, Yoghurt-Pencacahan teknik
penghitungan karakteristik mikro-
organisme-koloni pada 37 ° C Standar 117 B,
Int. Makanan Susu. Brussel, Belgia, 1997.
[105] IDF, Kultur Dairy Stater Bakteri Asam
Laktat (BAL), Standar 149A, Int. Makanan
Susu. Brussel, Belgia, 1997.
[106] Isolini D., Grand M., Glättli H., Selektivmedien
zum nachweis von obligat und fakultativ
heterofermentativen laktobazillen, Schweiz
Milchw. Forschung. 19
(1990) 57–59.
[107] Jacobsen CN, Rosenfeldt Nielsen V., Hayford
AE, Moller PL, Michaelsen KF, Paerregaard
A., Sandstrom B., Tvede M., Jakobsen M.,
Penyaringan aktivitas probiotik dari empat
puluh tujuh strain Lactobacillus
sp. dengan teknik in vitro dan evaluasi
kemampuan kolonisasi dari lima strain yang
dipilih pada manusia, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 65 (1999) 4949–4956.
[108] Janssen P., Coopman R., Huys G., Swings
J., Bleeker M., Vos P., Zabeau M., Kersters K.,
Evaluasi metode sidik jari DNA AFLP sebagai
alat baru dalam taksonomi bakteri,
Mikrobiologi 142 (1996) 1881–1893.
[109] Johansson ML, Molin G., Pettersson B., Uhlén
M., Ahrné S., Karakterisasi dan pengenalan
spesies Lactobacillus plantarum strain oleh
polimorfisme panjang fragmen restriksi
(RFLP) dari gen 16S rRNA, J. Appl. Bakteri. 79
(1995) 536-541.
[110] Jordan KN, Cogan TM, Identifikasi dan
pertumbuhan bakteri asam laktat non-
starter dalam keju Cheddar Irlandia, J. Agric
Irlandia. Makanan Res. 32 (1993) 47–55.
[111] Kandler O., Weiss N., Genus Lactobacillus, dalam:
Sneath PHA, Mair NS, Sharpe ME, Holt JG (Eds.),
Bergey's Manual of Systematics Bacteriology,
Williams and Wilkins, Baltimore MD, USA, 1984,
hlm. 1209–1234.
[112] Klein G., Hack B., Hanstein S., Zimmermann
K., Reuter G., Karakterisasi intra-spesies dari
isolat klinis dan strain yang digunakan secara
bioteknologi Lactobacillus rhamnosus dengan
analisis total protein sitoplasma terlarut dengan
pewarnaan perak, Int. J. Mikrobiol Pangan. 25
(1995) 263–275.
[113] Klein G., Paket A., Bonaparte C., Reuter G.,
Taksonomi dan fisiologi bakteri asam laktat
probiotik, Int. J. Mikrobiol Pangan. 41
(1998) 103–125.
[114] Kneifel W., Pacher B., Sebuah media agar
berbasis X-Glu untuk pencacahan selektif
Lactobacillus acidophilus dalam yogurt-rela-
produk susu ted, Int. Susu J. 3 (1993)
277-291.
[115] Kneifel W., Toros A., Viernstein H.,
Diferensial pencacahan inokulan silase
berdasarkan pemanfaatan aktivitas
enzimatik dan sensitivitas antibiotik
bakteri, J. Appl. Bakteri. 77 (1994) 42–48.
[116] Lankaputhra WEV, Shah NP, Kelangsungan
Hidup Lactobacillus dan Bifidobacterium sp.
dengan adanya asam dan garam empedu, Cult.
Produk Susu J.30 (1995) 2–7.
[117] Lankaputhra WEV, Shah NP, Britz
ML, Evaluasi media untuk pencacahan
selektif Lactobacillus acidophilus
dan Bifidobacterium spesies, Makanan Austr. 48
(1996) 113–118.
[118] Lawson PA, Papademas P., Wacher C.,
Falsen E., Robinson R., Collins MD,
Lactobacillus cypricasei sp. nov., diisolasi
dari keju Halloumi, Int. J. Sistem. Evolusi
Mikrobiol. 51 (2001) 45–49.
[119] Lick S., Brockmann E., Heller KJ,
Identifikasi Lactobacillus delbrueckii dan
subspesies dengan probe hibridisasi dan
PCR, Syst. aplikasi Mikrobiol. 23 (2000)
251–259.
[120] Lopez S., Mayo B., Identifikasi dan
karakterisasi mesofilik homofermentatif
Lactobacillus strain diisolasi dari keju
artisan starter-free, Lett. aplikasi
Mikrobiol. 25 (1997) 233-238.
[121] Lortal S., Rouault A., Guezénec S., Gautier
M., Lactobacillus helveticus: pengetikan regangan
dan estimasi ukuran genom dengan elektroforesis
gel bidang berdenyut, Curr. Mikrobiol. 34
(1997) 180–185.
[122] Lortal S., Valence F., Bizet C., Maubois
JL, Pola elektroforesis hidrolase
peptidoglikan, alat baru untuk
identifikasi spesies bakteri: aplikasi ke
10 Lactobacillus spesies, Res.
Mikrobiol. 148 (1997) 461–474.
[123] Lucchini F., Kmet V., Cesena C., Coppi L.,
Bottazzi V., Morelli L., Deteksi spesifik
probiotik Lactobacillus saring pada sampel
feses dengan menggunakan multipleks PCR,
FEMS Microbiol. Lett. 158 (1998) 273-278.
[124] Madkor SA, Tong PS, El Soda M.,
Pematangan keju Cheddar dengan kultur
tambahan yang dilemahkan dari lactobacilli,
J. Dairy Sci. 83 (2000) 1684–1691.
[125] Manchester LN, Toole A., Goodacre R.,
Karakterisasi Karnobakteri spesies
dengan spektrometri massa pirolisis, J.
Appl. Bakteri. 78 (1995) 88–96.
[126] Mannu L., Comunian R., Scintu MF,
Mesophilic lactobacilli dalam keju Fiore
Sardo: Identifikasi PCR dan evolusi
selama pematangan keju, Int. Susu J.10
(2000) 383–389.
 Identifikasi laktobasilus susu
[127] Mannu L., Riu G., Comunian R., Fozzi
MC, Scintu MF, Sebuah studi pendahuluan
bakteri asam laktat dalam kultur starter
whey dan keju susu domba Pecorino Sardo
industri: Identifikasi PCR dan evolusi selama
pematangan, Int. Susu J. 12 (2002) 17–26.
[128] Mariey L., Signolle JP, Amiel C., Travert J.,
Diskriminasi, klasifikasi, identifikasi
mikroorganisme menggunakan spektroskopi
FTIR dan kemometrik, Vib. Spektrosk. 26
(2001) 151–159.
[129] Matte-Tailliez O., Quénée P., Cibik R., Van
Opstal J., Dessevre F., Firmesse O., Tailliez
P., Deteksi dan identifikasi bakteri asam
laktat dalam susu dan kultur starter
industri dengan probe asam nukleat
peptida bertarget rRNA berlabel
fluoresen, Lait 81 (2001) 237-248.
[130] Mc Cann T., Egan T., Weber GH, prosedur
Assay untuk kultur probiotik komersial, J.
Food Prot. 59 (1995) 41–45.
[131] Mc Cartney AL, Wenzhi W., Tannock
GW, Analisis molekuler dari komposisi
bifidobacterial dan Lactobacillus
mikroflora manusia, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 62 (1996) 4608–4613.
[132] Mc Donald LC, Mc Feeters RF, Daeschel
MA, Fleming HP, Sebuah media
diferensial untuk pencacahan bakteri
asam laktat homofermentatif dan
heterofermentatif, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 53 (1987) 1382–1384.
[133] Medina R., Katz M., Gonzalez S., Oliver
G., Karakterisasi bakteri asam laktat dalam
susu dan keju domba betina dari barat laut
Argentina, J. Food Prot. 64 (2001) 559–563.
[134] Menendez S., Centeno JA, Godinez R.,
Rodriguez-Otero JL, Efek dari Lactobacillus
strain pada karakteristik pematangan dan
organoleptik keju Arzua-Ulloa, Int. J.
Mikrobiol Pangan. 59 (2000) 37–46.
[135] Miteva V., Boudakov I., Ivanova-Stoyancheva
G., Marinova B., Mitev V., Mengaud J.,
Diferensiasi Lactobacillus delbrueckii
subspesies dengan ribotyping dan analisis
restriksi DNA ribosom yang diperkuat (ARDRA),
J. Aplikasi Mikrobiol. 90 (2001) 909–918.
[136] Molin G., Arhné S., Johansson ML, Evaluasi
komparatif profil plasmid dan ribotyping
dalam analisis Lactobacillus plantarum
regangan heterogenitas dalam silase, J.
Appl. Bakteri. 80 (1996) 114–116.
[137] Morea M., Baruzzi F., Cappa F., Coccelli
PS, Karakterisasi molekuler dari
Lactobacillus masyarakat dalam pengolahan
tradisional keju Mozzarella, Int. J. Mikrobiol
Pangan. 43 (1998) 53–60.
303
[138] Muller MR, Ehrmann MA, Vogel RF, Multiplex
PCR untuk mendeteksi Lactobacillus pontis
dan dua spesies terkait dalam fermentasi
penghuni pertama, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 66 (2000) 2113–2116.
[139] Mullis KB, Asal-usul yang tidak biasa dari
reaksi berantai polimerase, Sci. Am.262
(1990) 56-61, 64-65.
[140] Nagasaki H., Ito K., Matsuzaki S., Tanaka
S., Media agar tetrazolium yang ditingkatkan
untuk menguji fermentasi gula dalam
lactobacilli, Nippon Saikingaku Zasshi 47
(1992) 511–514.
[141] Nigatu A., Evaluasi analisis numerik pola RAPD
dan API 50 CH untuk membedakan
Lactobacillus plantarum, Tindakan. fermentasi,
Tindakan. rhamnosus, Tindakan. Demi,
Tindakan. parabuchneri, Tindakan. gallinarum,
Tindakan. casei, Weissella minor dan taksa
terkait diisolasi dari kocho dan tef, J. Appl.
Mikrobiol. 89 (2000) 969–978.
[142] Nighswonger BD, Brashears MM, Gilliland SE,
Kelangsungan hidup Lactobacillus acidophilus
dan Lactobacillus casei dalam produk susu
fermentasi selama penyimpanan berpendingin,
J. Dairy Sci. 79 (1996) 212–219.
[143] Nissen H., Dainty R., Perbandingan
penggunaan probe rRNA dan metode
konvensional dalam mengidentifikasi strain
Sake Lactobacillus dan L. kelengkungan
diisolasi dari daging, Int. J. Mikrobiol
Pangan. 25 (1995) 311–315.
[144] Ogier JC, Son O., Gruss A., Tailliez P.,
Delacroix-Buchet A., Identifikasi
mikroflora bakteri dalam produk susu
dengan elektroforesis gel gradien suhu
temporal, Appl. Tentang. Mikrobiol. 68
(2002) 3691–3701.
[145] Peterson SD, Marshall RT, Nonstarter
lactobacilli dalam keju Cheddar: ulasan, J.
Dairy Sci. 73 (1990) 1395–1410.
[146] Pot B., Hertel C., Ludwig W., Descheemaeker
P., Kersters K., Schleifer KH, Identifikasi
dan klasifikasi Lactobacillus acidophilus
, L. gasseri dan L. johnsonii strain oleh
SDS-PAGE dan hibridisasi probe
oligonukleotida bertarget rRNA, J. Gen.
Mikrobiol. 139 (1993) 513-517.
[147] Pot B., Vandamme P., Kersters K., Analisis
sidik jari protein seluruh organisme
elektroforesis, dalam: Goodfellow M.,
O'Donnell AG (Eds.), Metode mikroba
modern. Metode kimia dalam sistematika
prokariotik, John Wiley & Sons Ltd,
Chichester, Inggris, 1994, hlm. 493–521.
[148] Quere F., Deschamps A., Urdaci MC,
probe DNA dan reaksi spesifik PCR untuk
Lactobacillus plantarum, J.Apl.
Mikrobiol. 82 (1997) 783–790.
304 V.Coeuret dkk.
[149] Quiberoni A., Tailliez P., Quénée P.,
Suarez V., Reinheimer J., Genetik (RAPD-
PCR) dan keragaman teknologi di antara
alam liar Lactobacillus helveticus strain, J.
Appl. Mikrobiol. 85 (1998) 591-596.
[150] Randazzo CL, Torriani S., Akkermans
ADL, de Vos WM, Vaughan EE,
Keanekaragaman, dinamika, dan aktivitas
komunitas bakteri selama produksi keju
Sisilia artisanal yang dievaluasi dengan
analisis 16S rRNA, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 68 (2002) 1882–1892.
[151] Ravula RR, Shah NP, Pencacahan Selektif dari
Lactobacillus casei dari yogurt dan minuman
susu fermentasi, Biotechnol. Teknologi. 12
(1998) 819–822.
[152] Rebecchi A., Crivori S., Sarra PG, Coccelli
PS, Teknik fisiologis dan molekuler untuk
mempelajari perkembangan komunitas
bakteri dalam fermentasi sosis,
J. Aplikasi Mikrobiol. 84 (1998) 1043–1049.
[153] Reinkemeier M., Rocken W., Leitzmann
C., Prosedur lisis mekanis cepat untuk
analisis rutin plasmid dari lactobacilli,
diisolasi dari penghuni pertama, Int. J.
Mikrobiol Pangan. 29 (1996) 93-104.
[154] Rizzo FA, Korkeala H., Mononen I.,
Analisis kromatografi gas asam lemak
seluler dan monosakarida netral dalam
identifikasi lactobacilli. aplikasi Tentang.
Mikrobiol. 53 (1987) 2883-2888.
[155] Rodtong S., Tannock GW, Diferensiasi
Lactobacillus strain dengan ribotyping, Appl.
Tentang. Mikrobiol. 59 (1993) 3480–3484.
[156] Rogosa M., Mitchell JA, Wiseman RF,
Sebuah media selektif dan pencacahan
lactobacilli oral dan tinja, J. Bacteriol. 62
(1951) 132–133.
[157] Roussel Y., Colmin C., Simonet JM, Decaris B.,
karakterisasi Strain, ukuran genom dan
konten plasmid di Lactobacillus acidophilus
kelompok (Hansen dan Mocquot),
J. Aplikasi Bakteri. 74 (1993) 549–556.
[158] Roy D., Ward P., Vincent D., Mondou F.,
Identifikasi molekuler lactobacilli
probiotik berpotensi, Curr. Mikrobiol. 40
(2000) 40–46.
[159] Sanders ME, Walker DC, Walker KM,
Aoyama K., Klaenhammer TR, Kinerja
kultur komersial dalam aplikasi susu
cair, J. Dairy Sci. 79 (1996) 943–955.
[160] Schaeffer WI, Friend K., Deteksi efisien koloni
tumbuh agar lunak menggunakan garam
tetrazolium, Cancer Lett. 1 (1976) 259-262.
[161] Selander RK, Caugent DA, Ochman H.,
Musser JM, Gilmour MN, Whittam TS,
Metode elektroforesis enzim multilokus
untuk genetika populasi bakteri dan
sistematika, Appl. Tentang. Mikrobiol. 51
(1986) 873–884.
[162] Shah NP, Bakteri probiotik: pencacahan selektif dan
kelangsungan hidup dalam makanan susu, J. Dairy
Sci. 83 (2000) 894–907.
[163] Shah NP, Lankaputra WEV, Britz
ML, Kyle WSA, Kelangsungan Hidup Lactobacillus
acidophilus dan Bifidobacterium bifidum dalam
yoghurt komersial selama penyimpanan
berpendingin, Int. Susu J. 5 (1995) 515-521.
[164] Shakeel-Ur-Rehman S., Mc Sweeney PLH, Fox
PF, Sebuah studi tentang peran mikroflora
asli susu mentah pada pematangan keju
Cheddar, Milchwissenschaft 57
(1999) 388–392.
[165] Sharpe AN, Jackson AK, Perut: konsep baru
dalam preparasi sampel bakteriologi, Appl.
Mikrobiol. 24 (1972) 175–178.
[166] Sharples GJ, Lloyd RG, Sebuah urutan
DNA berulang baru yang terletak di
daerah intergenik kromosom bakteri,
Nucl. AC id. Res. 18 (1990) 6503-6508.
[167] Shin HS, Lee JH, Pestka JJ, Ustunol Z., Viabilitas
bifidobacteria dalam produk susu komersial
selama penyimpanan berpendingin,
J. Makanan Prot. 63 (2000) 327–331.
[168] Simpson JM, McCracken VJ, Gaskins
HR, Mackie RI, Analisis elektroforesis gel
gradien denaturasi amplikon DNA ribosom
16S untuk memantau perubahan populasi
bakteri tinja babi yang disapih setelah
pengenalan Lactobacillus reuteri regangan
MM53, Appl. Tentang. Mikrobiol. 66
(2000) 4705–4714.
[169] Sohier D., Coulon J., Lonvaud-Funel A.,
Identifikasi molekuler Lactobacillus hilgardii
dan hubungan genetik dengan Lactobacillus
brevis, Int. J. Sistem. Bakteri. 49
(1999) 1075–1081.
[170] Song Y., Kato N., Liu C., Matsumiya Y., Kato
H., Watanabe K., Identifikasi cepat 11 usus
manusia Lactobacillus spesies dengan uji
PCR multipleks menggunakan primer
spesifik kelompok dan spesies yang berasal
dari wilayah spacer intergenik 16S-23S rRNA
dan 23S rRNA yang mengapitnya, FEMS
Microbiol. Lett. 187 (2000) 167-173.
[171] Stackebrandt E., Goebel BM, Catatan taksonomi:
tempat untuk reasosiasi DNA-DNA dan analisis
urutan 16S rRNA dalam definisi spesies saat ini
dalam bakteriologi, Int.
J. Sistem. Bakteri. 44 (1994) 846–849.
[172] Stanton C., Lynch PB, Collins JK,
Fitzgerald G., Ross RP, Keju probiotik,
Int. Susu J. 8 (1998) 491–496.
[173] Steele JL, Johnson ME, Broadbent JR, Weimer BC,
Atribut kultur starter yang mempengaruhi
perkembangan rasa keju, dalam: Adria-
Normandie, Les bakteri lactiques,
 Identifikasi laktobasilus susu
Lactic 97, Caen, Prancis, 10–12 September,
1997, hal. 157-170.
[174] Stiles ME, Holzapfel WH, Bakteri asam laktat
makanan dan taksonominya saat ini, Int. J.
Mikrobiol Pangan. 36 (1997) 1-29.
[175] Swearingen PA, O'Sullivan DJ, Warthesen
JJ, Isolasi, Karakterisasi, dan Pengaruh Bakteri
Asam Laktat Asli Nonstarter Terhadap Kualitas
Keju Cheddar, J. Dairy Sci. 84
(2001) 50–59.
[176] Tailliez P., Quénée P., Chopin A.,
Estimasi keragaman antar strain dalam
koleksi CNRZ: penerapan RAPD ke
sekelompok lactobacilli, Lait 76 (1996)
147–158.
[177] Tannock GW, Tilsala-Timisjarvi A., Rodtong
S., Ng J., Munro K., Alatossava T., Identifikasi
Lactobacillus isolat dari saluran pencernaan,
silase, dan yoghurt oleh 16S-23S rRNA gen
intergenik perbandingan urutan wilayah
spacer, Appl. Tentang. Mikrobiol. 65 (1999)
4264-4267.
[178] Tannock GW, Munro K., Harmsen HJ, Welling
GW, Smart J., Gopal PK, Analisis mikroflora
tinja subjek manusia yang mengonsumsi
produk probiotik yang mengandung
Lactobacillus rhamnosus DR20, Aplikasi.
Tentang. Mikrobiol. 66 (2000) 2578–2588.
[179] Tilsala-Timisjarvi A., Alatossava T.,
Pengembangan primer oligonukleotida dari
urutan intergenik 16S-23S rRNA untuk
mengidentifikasi bakteri asam laktat susu
dan probiotik yang berbeda dengan PCR,
Int. J. Mikrobiol Pangan. 35 (1997) 49–56.
[180] Tilsala-Timisjarvi A., Alatossava T., Identifikasi
strain spesifik probiotik Lactobacillus
rhamnosus dengan primer PCR turunan DNA
polimorfik yang diamplifikasi secara acak, Appl.
Tentang. Mikrobiol. 64 (1998) 4816–4819.
[181] Torriani S., Zapparoli G., Dellaglio F., Penggunaan
metode berbasis PCR untuk diferensiasi cepat
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgarikus dan L.
delbrueckii subsp. laktis, Aplikasi Tentang.
Mikrobiol. 65 (1999) 4351–4356.
[182] Tsakalidou E., Manolopoulou E., Kabaraki
E., Zoidou E., Pot B., Kersters K.,
Kalantzopoulos G., Penggunaan gabungan
ekstrak protein sel utuh untuk identifikasi
(SDS-PAGE) dan penyaringan aktivitas enzim
bakteri asam laktat yang diisolasi dari
produk susu tradisional Yunani , Sist.
aplikasi Mikrobiol. 17 (1994) 444–458.
[183] Tsuchiya Y., Kano Y., Koshino S., Identifikasi
bakteri asam laktat menggunakan
elektroforesis gel gradien suhu untuk fragmen
DNA yang diamplifikasi oleh reaksi berantai
polimerase, J. Amer. Soc. Seduh Kimia. 52
(1994) 95–99.
305
[184] Tynkkynen S., Satokari R., Saarela M., Mattila-
Sandholm T., Saxelin M., Perbandingan
ribotyping, analisis DNA polimorfik yang
diamplifikasi secara acak, dan elektroforesis gel
bidang berdenyut dalam pengetikan
Lactobacillus rhamnosus dan L. casei strain,
Appl. Tentang. Mikrobiol. 65 (1999) 3908–3914.
[185] Valence F., Richoux R., Thierry A., Palva
A., Lortal S., Autolisis Lactobacillus helveticus
dan Propionibacterium freudenreichii dalam
keju Swiss: bukti pertama dengan
menggunakan penanda lisis spesifik spesies,
J. Dairy Res. 65 (1998) 609-620.
[186] Van Beek S., Imam FG, Evolusi
komunitas bakteri asam laktat selama
fermentasi wiski malt: studi polifasik,
Appl. Tentang. Mikrobiol. 68 (2002)
297–305.
[187] Van Reenen CA, Dicks LM, Evaluasi
analisis numerik DNA polimorfik acak
(RAPD) -PCR sebagai metode untuk
membedakan Lactobacillus plantarum
dan Lactobacillus pentosus, Curr.
Mikrobiol. 32 (1996) 183–187.
[188] Vandamme P., Pot B., Gillis M., de Vos P.,
Kersters K., Swings J., taksonomi polifasik,
pendekatan konsensus untuk sistematika
bakteri, Microbiol. Putaran. 60 (1996)
407-438.
[189] Vasquez A., Ahrne S., Pettersson B., Molin
G., Elektroforesis gel gradien suhu temporal
(TTGE) sebagai alat untuk identifikasi
Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei,
Lactobacillus zeae dan Lactobacillus
rhamnosus, Let. aplikasi Mikrobiol. 32
(2001) 215–219.
[190] Vinderola CG, Reinheimer JA, Media
kultur untuk pencacahan Bifidobacterium
bifidum dan Lactobacillus acidophilus
dengan adanya bakteri yoghurt, Int.
Susu J. 9 (1999) 497–505.
[191] Vinderola CG, Prosello W., Ghiberto
TD, Reinheimer JA, Kelangsungan hidup
probiotik (Bifidobacterium, Lactobacillus
acidophilus dan Lactobacillus casei) dan
mikroflora nonprobiotik dalam keju Fresco
Argentina, J. Dairy Sci. 83 (2000) 1905–1911.
[192] Vogel RF, Lohmann M., Nguyen M., Weller
AN, Hammes WP, Karakterisasi molekuler
dari Lactobacillus curvatus dan
Tindakan. Demidiisolasi dari asinan kubis
dan aplikasinya dalam fermentasi sosis,
J. Aplikasi Bakteri. 74 (1993) 295–300.
[193] Vogel R., Böcker G., Stolz P., Ehrmann M.,
Fanta D., Ludwig W., Pot B., Kersters K.,
Schleifer KH, Hammes W., Identifikasi
lactobacilli dari penghuni pertama dan
deskripsi Lactobacillus pontis sp. November,
Int. J. Sistem. Bakteri. 44 (1994) 223-239.
306 V.Coeuret dkk.

[194] Walter J., Tannock GW, Tilsala-Timisjarvi
A., Rodtong S., Loach DM, Munro K., Alatossava
T., Deteksi dan identifikasi gastrointestinal
Lactobacillus spesies dengan menggunakan
elektroforesis gel gradien denaturasi dan
primer PCR spesifik spesies, Appl. Tentang.
Mikrobiol. 66 (2000) 297–303.
[195] Walter J., Hertel C., Tannock GW, Lis
CM, Munro K., Hammes WP, Deteksi
Lactobacillus, Pediokokus, Leuconostoc, dan
weissella spesies dalam kotoran manusia
dengan menggunakan primer PCR spesifik
kelompok dan elektroforesis gel gradien
denaturasi, Appl. Tentang. Mikrobiol. 67
(2001) 2578–2585.
[196] Ward LJ, Timmins MJ, Diferensiasi
Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei
dan Lactobacillus rhamnosus oleh reaksi
berantai polimerase, Lett. aplikasi Mikrobiol.
29 (1999) 90–92.
[197] Welsh J., McClelland M., Genom sidik jari
menggunakan PCR dengan primer sewenang-
wenang, Nucl. Asam Res. 18 (1990) 7213–7218.
[198] Williams JG, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA,
Tingey SV, polimorfisme DNA yang
diperkuat oleh primer sewenang-wenang
berguna sebagai penanda genetik, Nucl. AC
id. Res. 18 (1990) 6531–6535.
[199] Celakanya CR, Evolusi bakteri, Mikrobiol.
Putaran. 51 (1987) 221-271.
[200] Yost CK, Nattress FM, Penggunaan reaksi PCR
multipleks untuk mengkarakterisasi populasi
bakteri asam laktat yang terkait dengan
pembusukan daging, Lett. aplikasi Mikrobiol. 31
(2000) 129–133.
[201] Zapparoli G., Torriani S., Dellaglio F., Diferensiasi
Lactobacillus sanfranciscensis strain dengan
DNA polimorfik yang diamplifikasi secara acak
dan elektroforesis gel bidang berdenyut, FEMS
Microbiol. Lett. 166 (1998) 325-332.
[202] Zhong W., Millsap K., Bialkowska-
Hobrzanska H., Reid G., Diferensiasi
Lactobacillus spesies dengan mengetik
molekul, Appl. Tentang. Mikrobiol. 64 (1998)
2418–2423.

Untuk mengakses jurnal ini secara online:

www.edpsciences.org