Program unggulan di MTs Al Mubaarok ada beberapa hal, yaitu:
a. Melakukan pembiasaan pagi sebelum pembelajaran Pembiasaan pagi adalah berbagai macam kegiatan yang dilakukan sebelum memulai pembelajaran. Kegiatan-kegiatan tersebut meliputi bacaan surat-surat pendek, Yasin, dan tahlil, pasholatan dan asmaul husna. Berikut adalah jadwal kegiatannya:
NO HARI KEGIATAN PESERTA
1 Selasa Membaca Asmaul Husna Seluruh Kelas 7, 8, 9 2 Rabu Membaca Asmaul Husna Seluruh Kelas 7, 8, 9 3 Kamis Membaca Yasin dan Tahlil Seluruh Kelas 7, 8, 9 4 Jumat Membaca Yasin dan Tahlil Seluruh Kelas 7, 8, 9 5 Sabtu Membaca Paholatan Seluruh Kelas 7, 8, 9
b. Sholat dhuhur berjamaah
Kegiatan sholat dhuhur berjamaah dilakukan setiap hari saat istirahat ke dua. Kegiatan ini dilakukan agar siwa tidak meninggalkan ibadah, serta untuk meningkatkan keimanan kepada Allah S. W. T.