NIM : 14 3145 201 010 KELAS :A PCR (polymerase chain reaction) PCR (polymerase chain reaction) merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. PCR memungkinkan adanya perbanyakan DNA antara dua primer, hanya di dalam tabung reaksi, tanpa perlu memasukkannya ke dalam sel (in vivo). Pada proses PCR dibutuhkan DNA untai ganda yang berfungsi sebagai cetakan (templat) yang mengandung DNA-target (yang akan diamplifikasi) untuk pembentukan molekul DNA baru, enzim DNA polimerase, deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang primer oligonukleotida. PCR melibatkan banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap berurutan, yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target dan pemanjangan (extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikaalisis oleh DNA polimerase. Kloning dalam Vektor Plasmid (cloning in a plasmid vektor)
Plasmid adalah DNA ekstrakromosomal yang dapat
bereplikasi secara autonom dan bisa ditemukan pada sel hidup. Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut. Umumnya, plasmid mengkodekan gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang. Penamaan plasmid biasanya diawali dengan p diikuti oleh serangkaian kode yang menunjukkan identitas plasmid tersebut. Contoh plasmid yang umum digunakan sebagai vektor adalah pUC118, pUC119, pBR322. Plasmid- plasmid ini masing-masing membawa gen penanda resistensi terhadap antibiotik yang dapat digunakan sebagai dasar dalam seleksi koloni yang membawa plasmid dan yang tidak. Beberapa plasmid memiliki MCS (Multiple Cloning Site) pada gen lacZ yang menyandikan enzim - galactosidase, sehingga memungkinkan melakukan seleksi biru putih. Jika vektor tersebut telah membawa gen tertentu, di belakang nama plasmid juga disertakan keterangan mengenai gen yang dibawanya (contoh: pAP01 (amyH), berarti plasmid hasil konstruksi ini mengandung gen amyH). Sintesis protein Sintesis protein merupakan prses penyusunan asam-asam amino pada rantai polinukleotida. Kunci utama dalam proses sintesis protein adalah DNA yang merupakan material genetika dari sel. Sintesis protein terjadi melalui2 tahap yaitu tanskripsi dan translasi. Transkripsi Proses transkripsi, sesuai namanya merupakan proses pencetakan atau penulisan ulang DNA ke dalam mRNA. Proses ini terjadi di dalam nukleus. Pada tahap ini, setiap basa nitrogen DNA dikodekan ke dalam basa nitrogen RNA. Misalnya, jika urutan basa nitrogen DNA adalah ACG TAG CTA, maka urutan mRNA hasil transkripsi adalah UGC AUC GAU. Proses pembentukan mRNA atau transkripsi Contoh transkripsi urutan basa nitrogen DNA ke dalam mRNA
Tahap translasi adalah tahap penerjemahan kode mRNA oleh
tRNA ke dalam urutan asam amino. Tahap ini terjadi di dalam sitoplasma dengan bantuan ribosom. Ribosom merupakan salah satu organel dalam sitoplasma yang berperan dalam sintesis protein. Ribosom terdiri atas dua bagian, yaitu subunit besar dan subunit kecil. Ribosom mengandung protein dan rRNA. Subunit besar dan subunit kecil pada ribosom Tahap translasi mirip tahap transkripsi. Keduanya menggunakan enzim untuk membuat rantai polimer polinukleotida pada transkripsi dan polipeptida pada translasi. Pada proses translasi juga terjadi tahap inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada tahap translasi kode genetik atau kodon dari mRNA diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Apakah kodon itu? Kodon merupakan urutan tiga basa nitrogen pada mRNA. Setiap urutan tiga basa tersebut memiliki arti khusus yang dapat diterjemahkan dalam proses translasi. Urutan tiga basa tersebut dikenal sebagai triplet. Misalnya, AUG, AAA, UCA, dan UUA. Thankz