PENDAHULUAN

A. Biokimia adalah Sains Biologi, yang memanfaatkan Hukum-hukum Fisika dan Kimia
untuk menjelaskan proses kehidupan.

Dibanding benda mati, setiap benda hidup (organisme) mempunyai tiga ciri sekaligus, yaitu:
1. Mempunyai Susunan yang Kompleks, tetapi terorganisir dengan sangat rapi
2. Mampu mempertahankan keteraturan dirinya di dalam lingkungan yang semakin tidak teratur (Hk T D II)
3. Dapat mereplikasi diri (berkembang biak).

B. Tujuan Biokimia:
Mendiskripsikan struktur, organisasi dan fungsi zat hidup pada tingkat
molekul.

Masalah yang ingin dipecahkan a.l. :

Bagaimana komponen-komponen organisme mengorganisir diri dalam menyusun struktur
supramolekul: sel jaringan organisme ?
Bagaimana organisme mengekstrak energi dari lingkungan untuk mempertahankan hidupnya ?
Bagaimana organisme menyimpan dan menyalurkan informasi genetik dengan sangat akurat ?
Reaksi kimia apa saja yang menyebabkan / menyertai proses reproduksi, penuaan dan kematian suatu
sel/ organisme ?
Bagaimana reaksi-reaksi kimia di dalam sel dikendalikan ?

KBK Biokim UM 1
C. Tiga Bidang Bahasan Biokimia:

1. Struktur dan Fungsi Biomolekul

Membahas struktur kimia komponen-komponen
penyusun organisme serta hubungan antara
struktur tersebut dengan fungsi biologisnya.

2. Metabolisme
Membahas keseluruhan reaksi-reaksi kimia yang
terjadi di dalam organisme.

3. Penyimpanan dan Aliran Informasi

Genetik
Membahas penyimpanan dan penyampaian
informasi genetik / KBK
biologis
Biokim UM organisme. 2
D. APLIKASI BIOKIMIA
Meskipun Biokimia adalah Ilmu Dasar, akan tetapi hasil temuannya telah banyak
dipakai secara luas di luar laboratorium termasuk pertanian, kedokteran, nutrisi dan
sebagainya.

Pemeriksaan darah : kadar kolesterol, SGPT-SGOT,

bilirubin dsb
Obat-obatan:
Antibiotik: penisilin, streptomisin, erytromycin dlsb
Viagra
AZT (azido dideoksi timidin) menggantikan
Thimine, memblokir sintesis DNA oleh virus (HIV)
6-Merkapto Purin menghambat sintesis DNA pada
pembiakan sel leukemia
Isoprotenol menyerupai hormon ephineprin/
adrenalin sehingga menghambat rangsangan oleh
hormon itu.
Herbisida dan pestisida umumnya
KBK Biokim UM adalah inhibitor3
 Eubakteria Gram Positip Coccus
Prokariot
(tak punya selaput inti) Baccilus

SEL Archeabakteria Gram Negatip Spiro

Eukariot : dari Jamur Tumbuhan, Hewan dan Manusia

(punya selaput inti)

No Parameter Prokariot Eukariot

1 Diameter 0,2 5 m 10 50 m
2 Organel Tak ada ada
3 DNA (kromosom) Di sitoplasma Di dalam inti sel
4 Ploidi*) Haploid Diploid / poliploid
5 Mekanisme replikasi Sederhana: Mitosis: pd Sel Somatik
Pembelahan sel Meiosis: pada gamet (sel
diikuti replikasi DNA sperma dan sel telur)

KBK Biokim UM 4
No.

Empat macam biomolekul yang penting

No Biomolekul Fungsi Utama Contoh

1 Karbohidrat Sumber energi Glukosa

Cadangan Energi Glikogen, tepung
Pembentuk struktur Selulosa
2. Lipid Penyusun membran sel Fosfolipid
Penahan Panas & Lemak tubuh
benturan
Cadangan Energi

3. Protein Pembentuk struktur, Daging, bulu, kulit

Biokatalis/ Enzim Semua enzim
4. Asam Penyimpan dan pembawa DNA, mRNA, tRNA
Nukleat informasi genetik
Penyusun ribosom rRNA

KBK Biokim UM 5
Ukuran relatif
Biomolekul

KBK Biokim UM 6
Distribusi biomolekul di dalam sel

KBK Biokim UM 7
 Sel: unit
terkecil
kehidupan

KBK Biokim UM 8
 PROTEIN
Protein merupakan molekul organik terbanyak di dalam sel.
Molekul protein sangat bervariasi:
A. Ukuran (bobot molekul dan jumlah rantai penyusunnya)
Protein Bobot molekul Jumlah Rantai
Insulin (sapi) 5.700 2
Mioglobin(jantung kuda) 16.900 1
Hemoglobin(manusia) 64.500 4
Heksokinase(ragi) 102.000 2
Virus mozaik tembakau 40.000.000 2.130

B. Bentuk
1. Protein serat, dibangun oleh rantai-rantai polipeptida yang ditata
sepanjang satu sumbu.
Sifat: kaku, kuat, tidak larut dalam air atau larutan garam encer
2. Protein globular, rantai-rantai polipeptida melipat menjadi bentuk
bola yang kompak.
Sifat: larut dalam air
KBK Biokim UM 9
C. Komposisi
1. Protein sederhana, protein yang jika dihidrolisis hanya
menghasilkan asam amino saja.
2. Protein konjugasi, protein yang jika dihidrolisis menghasilkan
asam amino dan gugus prostetik (berupa senyawa organik atau
anorganik).

D. Fungsi biologis

1. Biokatalisator (Enzim)
2. Protein transpor
3. Penyimpan
4. Protein struktural
5. Protein kontraktil atau motil
6. Protein pelindung atau pertahanan
7. Protein pengatur

KBK Biokim UM 10
MENGAPA SUATU PROTEIN BERSIFAT UNIK?

Protein adalah polimer dari asam amino.

Protein dapat dianalogkan sebagai suatu kalimat, dan asam amino
merupakan alfabet yang menyusun kalimat tersebut.
Perhatikan contoh 2 kalimat berikut:
1. Rangga suka makan di luar rumah
2. Rangga suka main di luar rumah
Jumlah dan urutan alfabet kedua kalimat tersebut berbeda sehingga arti
yang dimilikinya berbeda.
Masing-masing protein memiliki jumlah dan urutan asam amino yang
khas, yang menentukan struktur tiga-dimensi dan fungsi biologisnya.

Catatan:
Semua protein dalam tubuh manusia hanya disusun oleh 20 jenis
asam amino saja.

KBK Biokim UM 11
 ASAM AMINO PENYUSUN PROTEIN
Rantai
samping
H R
Karbon
C
+ -
H3N COO
Gugus Gugus
amino karboksil

Kedua puluh asam amino dibedakan berdasarkan -R yang dimiliki.

Berdasarkan polaritas -R, maka asam amino dikelompokkan menjadi:

1. Asam amino polar bermuatan: bersifat asam dan basa.
2. Asam amino polar tidak bermuatan: mengandung H, hidroksi, S dan
amida.
3. Asam amino nonpolar: mengandung hidrokarbon alifatik, aromatik, S
dan siklik.

KBK Biokim UM 12
Kelompok Asam amino Gugus R Simbol pI Keterangan
(sifat gugus R)
Polar Asam: -Bermuatan negatif
bermuatan Asam aspartat CH2CO2H Asp (D) 2,77 pada pH fisiologis.
Asam glutamat CH2CH2CO2H Glu (E) 3,22
-Bermuatan positif
Basa: pada pH fisiologis.
Lisina CH2CH2CH2CH2NH2 Lys (K) 9,74
NH
Arginina CH2CH2CH2NH C NH2 Arg (R) 10,76
HC N

Histidina CH2 C CH His (H)

N 7,59
H

Polar tidak H
Bermuatan Glisina Gly (G) 5,97 -Memiliki gugus R
terkecil (-H).
Hidroksil: -Memiliki gugus R
CH2OH
Serina Ser (S) 5,68 yang mengandung
CHOH gugus hidroksil
Treonina Thr (T) 5,64 bersifat asam yang
CH3 sangat lemah.

Tirosin CH2 OH Tyr (Y) 5,66

Mengandung S: CH2S H -Gugus R berupa

Sisteina Cys (C) 5,07 gugus sulfohidril.

Amida: CH2CONH2 -Amida dari asam

Asparagina Asn (N) 5,41 aspartat dan asam
CH2CH2CONH2
Glutamina Gln (Q) 5,65 glutamat.
KBK Biokim UM 13
Nonpolar Alifatik: -Memiliki gugus R
Alanina CH3 Ala (A) 6,00 berupa rantai karbon
Valina CH(CH3)2 Val (V) 5,96 alifatik yang bersifat
Leusina CH2CH(CH3)2 Leu (L) 5,98 hidrofobik.
CHCH2CH3
Isoleusina Ile (I) 6,02
CH3

Aromatik: -Gugus R berupa

Fenilalanina CH2 Phe (F) 5,48 cincin aromatis

Triptofan CH2 Trp (W) 5,89

H
Mengandung S: -Gugus R
Metionina CH2CH2SCH3 Met (M) 5,74 mengandung atom S

Siklik: O -Gugus R berupa

Prolina H Pro (P) 6,30 cincin yang terikat
HOC C CH2 pada atom N
HN gugus amina
C CH2
H2
(struktur lengkap)

KBK Biokim UM 14
Catatan :
Kepolaran gugus R suatu asam amino menentukan letaknya pada pelipatan
protein, secara umum hampir semua asam amino yang memiliki R hidrofobik
terkubur di bagian dalam protein untuk menghindari kontak dengan air, sebaliknya
asam amino yang memiliki R hidrofilik berada di permukaan luar dan mengadakan
kontak dengan air.

IONISASI ASAM AMINO

Asam amino pKa pKb pKR
-COOH -NH3+ Gugus R
Glisin 2,34 9,60
Alanin 2,34 9,69
Leusin 2,36 9,60
Serin 2,21 9,15
Treonin 2,63 10,43
Glutamin 2,17 9,13
Asam aspartat 2,09 9,82 3,86
Asam glutamat 2,19 9,67 4,25
Histidin 1,82 9,17 6,00
Sistein 1,71 8,33 10,78
Tirosin 2,20 9,11 10,07
Lisin 2,18 8,95 10,53
Arginin 2,17 9,04 12,48

KBK Biokim UM 15
 SIFAT ASAM-BASA ASAM AMINO

H O H O
Asam amino memiliki + -
H2 N C C OH H3 N C C O
bentuk zwitterion dan
bermuatan nol pada pH H H
isoelektriknya. glisina bentuk zwitterion glisina

H O
H O +
+ - + H+ H3 N C C OH
H3 N C C O
Pada pH dibawah pI maka H
asam amino akan bertindak H
sebagai basa (menerima glisina dalam larutan asam,
glisina pada pH 6,0
pH di bawah titik isoelektrik
proton) (muatan ion = 0)
(muatan ion = +1)

H O
Pada pH diatas pI maka asam H O
-
+ - + OH H2N C C O- + H2O
amino akan bertindak sebagai H3N C C O
asam (memberi proton) H
H
glisina dalam larutan basa,
glisina pada pH 6,0
pH di atas titik isoelektrik
(muatan ion = 0)
(muatan ion = -1)

KBK Biokim UM 16
 HIRARKI STRUKTUR PROTEIN

Struktur tiga-dimensi protein yang memiliki fungsi biologis tertentu

terdiri dari beberapa tingkatan struktur, yaitu:
1. Struktur primer protein.
Urutan linier asam amino dalam satu rantai polipeptida.
Asam amino satu dengan lainnya dihubungkan melalui ikatan
peptida. Berikut persamaan reaksi pembentukan dipeptida:

R1 R2 H2O R1 O- R2
+ O + O + .. O
H3N CH C + H3N CH C H3N CH C N CH C
- - -
O O O
Asam amino 1 Asam amino 2 H
Catatan: ikatan peptida

Ikatan peptida merupakan suatu ikatan kovalen (amida), sehingga struktur ini
juga dikenal sebagai struktur kovalen protein. Kekuatan ikatannya paling tinggi
diantara jenis ikatan lain yang membangun struktur protein.

Asam amino yang telah membentuk ikatan peptida disebut residu asam amino.
KBK Biokim UM 17
 Ikatan peptida dapat mengalami resonansi:
C H C H
.. +
C N. C N.
.. ..
O.. C .O . C
-..
Sehingga memiliki sifat:
1. Ikatan rangkap sebagian (~40%).
2. Tidak bebas berotasi (kaku)
3. Keenam atom penyusunnya cenderung koplanar, dan
membentuk suatu bidang yang dinamakan bidang amida

KBK Biokim UM 18
2. Struktur sekunder
Pengaturan ruang residu asam amino yang berdekatan dalam urutan
linier, tanpa memperhatikan konformasi dari R-nya.
Ditentukan oleh:
a. Sifat unit peptida
Ikatan peptida tidak dapat berotasi, tetapi ikatan C-C karbonil
(sudut putar ) dan C-N (sudut putar ) dapat berotasi dengan
bebas.

Sudut putar dan = 180o

KBK Biokim UM 19
Konformasi dan yang stabil sangat dibatasi oleh efek sterik antara
atom-atom yang tidak berikatan, seperti contoh berikut:

Catatan:
Konformasi = 0o dan = -180o terjadi tumpang tindih antar oksigen karbonil
Konformasi = 180o dan = 0o terjadi tumpang tindih antar hidrogen amida
Konformasi = 0o dan = 0o terjadi tumpang tindih antar oksigen karbonil dan
hidrogen amida

KBK Biokim UM 20
 b. Ikatan hidrogen antara atom oksigen karbonil dengan atom
hidrogen pada tulang punggung peptida.
Semakin banyak ikatan hidrogent semakin stabil struktur tersebut.
Struktur sekunder yang paling umum dijumpai adalah:
a. Struktur heliks- putar kanan heliks- putar kanan

b. Struktur lembar berlipat

KBK Biokim UM 21
3. Struktur tersier
pelipatan struktur sekunder bersama-sama dengan penempatan
ruang gugus R-nya membentuk struktur tiga-dimensi.
Struktur tersier distabilkan oleh beberapa interaksi lemah, kecuali
ikatan (jembatan) disulfida yang terbentuk antar 2 residu sistein yang
berdekatan, yaitu:
a. Interaksi hidrofobik
b. Interaksi elektrostatik antara R residu asam amino yang bermuatan
positif dengan yang bermuatan negatif.
c. Ikatan hidrogen
d. Ikatan van der waals

4. Struktur kuarterner
Pengaturan ruang beberapa struktur tersier yang terjadi pada protein
multimerik (protein yang terdiri lebih dari satu rantai polipeptida)

KBK Biokim UM 22
 Struktur 3-dimensi protein berhubungan dengan fungsi biologisnya.

Protein Total Heliks Lembar Aktivitas Biologi Pola Pelipatan (Gambaran

Residu - Berlipat- Skematis Tulang Punggung
(%) (%) Polipeptida)
Mioglobin 153 78 0 Pembawa oksigen
dalam otot

Lisosim 129 40 12 Mengkatalisa reaksi

hidrolisis
polisakarida
kompleks penyusun
membran sel
beberapa golongan
sel bakteri

KBK Biokim UM 23
Keratin- merupakan penyusun utama protein struktural seperti
rambut, kuku, dan tanduk. Satu sel rambut terdiri dari jutaan filamen
keratin-.

Heliks-

Penggabungan garis hidrofobik

pada rantai polipeptida keratin-

Keratin- kaya residu sistein

yang membentuk ikatan
disulfida antar rantai
polipeptida yang berdekatan

Keratin- bersifat rigid, tidak dapat meregang dan tidak larut dalam air

KBK Biokim UM 24
DENATURASI PROTEIN
Hilangnya sifat alamiah protein (struktur tiga-dimensi dan fungsi)
Prosesnya terjadi secara kooperatif
Pendenaturan merusak ikatan-ikatan lemah yang membangun struktur 3D
protein
Faktor yang mendenaturasi protein antara lain:
a. Panas, merusak ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dan
menyebabkan terjadinya koagulasi.
b. Asam dan basa, merusak jembatan garam (interaksi elektrostatik)
c. Pelarut organik, merusak ikatan hidrogen
d. Ion logam berat, bereaksi dengan ikatan disulfida dan asam amino
asam
e. Agitasi, menarik protein hingga memutuskan ikatan silang membentuk
suatu padatan

KBK Biokim UM 25
HIDROLISIS PROTEIN
Penguraian protein oleh air.

Terjadi jika protein direaksikan dengan asam atau enzim pengurai

protein seperti pepsin atau tripsin.

Hidrolisis suatu protein menghasilkan peptida-peptida pendek hingga

asam amino penyusunnya tergandung pada kondisi reaksi hidrolisis.

o CH3 O H+ atau
Enzim
H2N CH2 c N CH C OH
H
Glisilalanin (Gly-Ala)

O O
CH3
H2N CH2 C OH + H2N CH C OH

Glisin (Gly) Alanin (Ala)

KBK Biokim UM 26
 ENZIM
Enzim merupakan katalisator pada semua reaksi yang terjadi di dalam sel.
Sifat enzim sebagai katalis, yaitu:
1. Efektif, kecepatan reaksi lebih tinggi dengan faktor 106-1012 kali.
2. Tepat, kerja enzim memiliki kapasitas pengaturan yang baik.
3. Spesifik, substrat dan produk yang sihasilkan spesifik dan tanpa
terjadinya reaksi maupun produk samping.
Penamaan enzim, berdasarkan:
1. Substrat yang dikatalisis, (urease, lipase, arginase).
2. Jenis reaksi yang dikatalisis, (dekarboksilase, hidrase, esterase).
3. Penomoran menurut ketentuan International Enzyme Commision.
EC.a.b.c.d = Enzyme Comission (a) nama golongan (b) nama
subgolongan (c) sub sub golongan (d) urutan ditemukannya untuk jenis
enzim yang sama.
Contoh: Tripsin EC.3.4.21.4, Kemotripsin EC.3.4.21.1dan Elastase
EC.3.4.21.36

KBK Biokim UM 27
KBK Biokim UM 28
ASPEK UMUM MOLEKUL ENZIM
Secara umum hampir semua enzim adalah protein dan memperlihatkan
sifat-sifat protein, yaitu:
1. BM enzim >>>> BM substrat
2. Struktur primer, sekunder, dan tersier penting bagi aktivitas katalitiknya.
Enzim berupa protein sederhana aktivitasnya hanya ditentukan oleh
struktur tersiernya saja.
Enzim berupa protein terkonjugasi, bagian proteinnya saja (apoenzim)
tidak memiliki aktivitas katalitik tanpa adanya bagian nonprotein
(kofaktor).
Kofaktor dapat berupa molekul anorganik seperti ion logam, maupun
molekul organik yang disebut sebagai koenzim seperti vitamin.
Bagian-bagian enzim berdasarkan fungsi katalitiknya:
a. Bagian katalitik, bagian yang mengikat substrat dan mengubah
menjadi produk.
b. Bagian pengendali, bagian yang mengikat modulator.

KBK Biokim UM 29
 BAGAIMANA CARA ENZIM BEKERJA?

Menurunkan energi penghalang melalui:

1.Membentuk kompleks ES yang
konformasinya mirip dengan keadaan
transisi tetapi memiliki energi yang lebih
rendah (Gambar a).
2.Menurunkan nilai -S dan H (gambar b)

(a)
(b)
KBK Biokim UM 30
TEORI LOCK AND KEY Vs INDUCED FIT

KBK Biokim UM 31
 KINETIKA MICHAELIS-MENTEN

Persamaan reaksi enzimatik satu substrat, satu produk:

K1 K2
E + S ES E + P
K-1

Reaksi kebalikan antara E dan P sangat kecil sehingga v = k2 [ES](1)

Pada reaksi enzimatis [ES] sulit diukur, yang dapat terukur dengan baik
adalah [S] atau [P] dan [E]t
[E]t = [E] + [ES] atau [E] = [E]t - [ES](2)
Pada keadaan steady state:
laju pembentukan ES = laju penguraian ES
k1 [E] [S] = k-1[ES] + k2 [ES](3)
[E] [S] = {(k-1+k2)/k1} [ES] = KM [ES](4)
[E]t [S] - [ES] [S] = KM [ES]
[ES] = [E]t [S]/ (KM+[S])(5)
v = k2 [E]t [S]/ (KM+[S])...(6)

KBK Biokim UM 32
Pengaruh konsentrasi substrat terhadap laju reaksi

Pada [S] >>>>, enzim telah jenuh

dengan substrat sehingga reaksi
mendekati kecepatan maksimum:
Vmaks = k2 [E]t, sehingga
v = Vmaks [S]/ (KM + [S])

Pada saat Vmaks/2 maka nilai KM = [S], berarti KM pada suatu reaksi
enzimatis adalah ukuran konsentrasi substrat agar proses katalitik
berlangsung efektif. Artinya:
Suatu enzim dengan KM besar memerlukan substrat lebih banyak
daripada enzim dengan KM kecil untuk mencapai laju reaksinya.
Catatan:
KM >>> substrat tidak spesifik.
Nilai KM khas bagi suatu reaksi enzimatis.

KBK Biokim UM 33
ANALISIS DATA KINETIKA: PENENTUAN KM DAN Vmaks

Kurva Lineweaver-Burk Kurva Eadie-Hofstee

v = Vmaks-KMv/[S]

KBK Biokim UM 34
 Faktor-faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim

Aktivitas maksimum
Semua enzim
telah berikatan
dengan substrat

Aktivitas meningkat
Aktivitas meningkat

Aktivitas maksimum
Aktivitas maksimum

Enzim
terdenaturasi

Suhu optimum pH
optimum

KBK Biokim UM 35
 INHIBISI ENZIM

Inhibisi reversibel
Inhibisi reversibel
kompetitif nonkompetitif

KBK Biokim UM 36
Inhibisi reversibel Inhibisi reversibel
kompetitif nonkompetitif

KBK Biokim UM 37
KBK Biokim UM 38
 Pembagian Lipid
Jenis Lipid Tulang Punggung
Kompleks (dapat disabunkan)
Asilgliserol Gliserol
Fosfogliserida Gliserol-3-fosfat
Sphingolipid Sphingosin
Malam Alkohol nonpolar berbobot
Molekul tinggi

Sederhana (tidak dapat disabunkan)

Terpen
Stereoid
Prostaglandin

KBK Biokim UM 39
Struktur Lipid

KBK Biokim UM 40
 Kholesterol

Asam lemak

KBK Biokim UM 41
Lipid dalam air

KBK Biokim UM 42
Membran sel

KBK Biokim UM 43
spesifik

KBK Biokim UM 44
Mekanisme transpor
melalui membran

Peran gramisidin A sbg

ion transpor

KBK Biokim UM 45
Pompa K + -
Na +
Ko-transpor Na+- glukosa

KBK Biokim UM 46
 METABOLISME
LIPID
Jenis Lipid yang menjadi n bahan bakar utama bagi organisme kemotrof
adalah trigliserida
(triasil gliserol) dan fosfolipid.

Tahap pertama katabolisme lipid adalah hidrolisis ikatan ester gliserol dari gliserida
menghasilkan asam lemak dan gliserol.

Triasil gliserol pase gliserol + 3 asam lemak

-

Pada tahap kedua, gliserol yang dihasilkan difosforilasi menjadi

dihidroksiaseton fosfat, sedangkan asam lemaknya mengalami
oksidasi .

ATP ADP NAD+

NADH+H+
Gliserol Gliseril fosfat dihidroksi aseton fosfat

KBK Biokim UM 47
 CoASH+ATP AMP+PPi

RCH2CH2CO-OH RCH2CH2CO-SCoA
FAD
FADH2

RCO-SCoA RCH=CHCO-SCoA

CH3CO-SCoA H2O

CoASH
RCOCH2CO-SCoA RCHOHCH2CO-SCoA

Katabolisme
Lipid
NADH+H+ NAD+

KBK Biokim UM 48
Jalur transpor lipoprotein dan lemak

KBK Biokim UM 49
KBK Biokim UM 50
KBK Biokim UM 51
METABOLISME

KBK Biokim UM 52
 Airan energi pada organisme
Radiasi
matahari O2,
Senyawa
organik

Energi kimia
Fototrof Kemotrof

CO2, H2O
NO3- Entropi

KBK Biokim UM 53
 BIOENERGITIKA
Membicarakan: transformasi energi biologi, termodinamika reaksi biomolekul, dan
fungsi universal carrier molecule; ATP, NADH dan NADPH.
Organisme mengekstraks energi yang diperlukan untuk kelangsungan hidupnya dari
lingkungan.
Berdasarkan sumber energinya, organisme dibagi menjadi dua golongan utama:
Kemotrof; memperoleh energi kimia dari bahan kimia
Fototrof; mengubah energi radiasi matahari menjadi energi kimia
Transformasi energi dalam sistem biologi mengikuti persamaan:
G = H - TS
yang menghubungkan energi bebas suatu sistem dan lingkungannya dengan perubahan
entalpi, entropi dan suhu absolut.
Hampir semua proses biologi berlangsung pada P, V dan T yang konstan, G =
keseluruhan energi yang dapat digunakan untuk melakukan kerja pada kondisi
tersebut

Organisme memperoleh energi bebas dari reaksi reduksi-oksidasi biomolekul.

KBK Biokim UM 54
Potensial reduksi beberapa biomolekul:
No. POTENSIAL Reduksi e/mol Eo (Volt)
01 Asetat + CO2 + 2H+/piruvat + H2O 2 -0,70
02 Suksinat + CO2 + 2H+/-ketoglutarat + H2O 2 -0,67
03 Asetat + 2H+/asetaldehida + H2O 2 -0,60
04 3-F-gliserat + 2H+/gliseraldehida-3-F + H2O 2 -0,55
05 2H+/H2 2 -0,42
06 Asetil-SCoA + 2H+/asetaldehida + HSCoA 2 -0,41
07 piruvat + CO2 + 2H+/malat + H2O 2 -0,33
08 NAD(P)+ + 2H+/NAD(P)H + H+ 2 -0,32
09 1,3-diF-gliserat + 2H+/gliseraldehida-3-F + Fi 2 -0,29
10 Asetoasetat + 2H+/-hidroksibutirat 2 -0,27
11 Asetaldehida + 2H+/etanol 2 -0,20
12 Piruvat + 2H+/laktat 2 -0,19
13 FAD+ 2H+/FADH2 2 -0,18
14 Oksaloasetat + 2H+/malat 2 -0,17
15 2H+/H2 (standar) 2 -0,00
16 Metilena biru + 2H+/MbH2 2 0,01
17 Fumarat + 2H+/Suksinat 2 0,03
KBK Biokim UM 55
Perhatikan bahwa Eo hidrogen adalah 0,00 Volt, tetapi Eo-nya adalah 0,42
Hubungan antara Eo dengan Go dinyatakan dengan persamaan:

Go = -nEo

dimana: n = jumlah elektron;

= konst. Faraday; 96 kJ/Volt.mol = 23 kkal/Volt.mol

Kemotrof mengambil elektron kaya energi dari (mis.) molekul organik dan
melepaskannya kembali ke molekul penerima (mis., oksigen) untuk
memperoleh energi.

Fototrof memerlukan energi cahaya untuk membawa elektron dari energi

rendah ke energi tinggi, dan memindahkannya ke penerima elektron internal
untuk memperoleh energi.

Pembawa energi universal: ATP

Pembawa daya pereduksi universal: NADH dan NADPH

KBK Biokim UM 56
Go (standar) G pada 25 oC, 1 atm, dan 1 M.
Go Go pada pH=7 dan konsentrasi H2O konstan
Untuk reaksi setimbang yang tidak standar
aA + bB cC + dD
berlaku:
[C]c [D]d
G ' G o ' RTln
[A]a [B]b
R = konstanta gas, 8,314 J/K.mol = 1,987 kal/K.mol
Pada keadaan setimbang, G = 0, sehingga

[C]c [ D]d [C]c [ D]d

G o ' - RTln DAN = K
[A]a [B]b [A]a [ B]b
.

G o ' - RTlnK'

KBK Biokim UM 57
 Alur kerja ATP

Reaksi redoks / Cahaya terjebak

NH2
C N
Energi bebas N

N N
O- O- O-
-O P O P O P O CH2 O
ATP
O O O

OH OH
Aktifitas Organisme

KBK Biokim UM 58
Penjelasan Struktur ATP
ATP berperan sebagai pembawa energi melalui ikatan anhidrida fosfat yang kaya energi.
Konsep kaya energi disini bukan berarti energi ikatan, tetapi Go hidrolisis ikatan
anhidrida fosfat:

ATP + H2O ADP + PI + H+; Go = -30,5 kJ/mol

ADP + H2O AMP + PI + H+; Go = -30,5 kJ/mol

Tingginya Go yang negatif pada hidrolisis ini disebabkan oleh:

1. turunnya konsentrasi muatan negatif yang terlokalisasi disekitar gugus di/tri-fosfat,

2. terjadinya delokalisasi elektron pada gugus fosfat yang dihasilkan dari hidrolisis,
3. naiknya jumlah resonansi ikatan rangkap, dan
4. terjadinya tolakan antar spesi hasil hidrolisis yang sama-sama bermuatan negatif
.
ATP berperan sebagai pembawa energi yang siap untuk dimanfaatkan, tetapi tidak
dapat menyimpan seluruh energi yang dimiliki oleh organisme.

KBK Biokim UM 59
 Pemeliharaan ATP dilakukan melalui siklus:

O2 + Seny organik CO2 + H2O

Oksidasi seny organik

atau
katabolisme

ADP + Pi ATP

Kerja mekanik,
biosintesis,
transpor
KBK Biokimaktif
UM 60
Transfer energi dilakukan melalui transfer gugus fosfat:

Katabolisme menghasilkan ATP atau senyawa fosfat yang pada

hidrolisisnya menghasilkan Go yang lebih negatif dari pada ATP.

Anabolisme memanfaatkan ATP untuk menghasilkan senyawa antara

yang dapat bereaksi secara spontan.

No. Senyawa Go (kJ/mol)*

1 F-enol piruvat -61,86

2 1,3-dF-gliserat -49,32
3 F-kreatin -43,05
4 F-arginin -32,19
5 ATP -30,51
6 Glukosa 1-F -20,90
7 Glukosa 6-F -13,79
8 Gliserol 1-F -9,20

*KBK
GoBiokim
hidrolisis
UM
gugus fosfat 61
 NADH dan NADPH

disebut juga daya pereduksi (reducing power)

berfungsi untuk menangkap elektron dan hidrogen dari oksidasi
seny organik dan melepaskannya kembali pada proses produksi
ATP dan biosintesis
NH2
C N
N

N
Struktur NAD+. N

NADP+ sama dengan NAD+ dimana O CH2 O

gugus OH yang bertanda panah -

O P O
teresterifikasi dengan gugus fosfat. OH OH O
O C
NH2
-
O P O
N
O CH2 O

OH OH
KBK Biokim UM 62
Oksidasi seny organik umumnya melepaskan dua elektron dan dua proton,
sedangkan NAD(P)+ dapat menangkap 2 elektron dan satu proton.
oksidasi seny organik yang memanfaatkan NAD(P)+ sbg kofaktor mengikuti pola:

AH2 + NAD(P)+ . A + NAD(P)H + H+

membawa elektron dan hidrogen pada cincin piridina dari gugus nikotinamida
NADH melepaskan elektronnya ke akseptor elektron luar guna menghasilkan ATP,
sedangkan NADPH melepaskan elektronnya ke prekursor biosintesis biomolekul.
H O O
H H
C C C C
NH NH2
2
+ + 2H+ + 2e-
N N + H+
R R
bentuk teroksidasi bentuk tereduksi
[NAD(P)+] [NAD(P)H]
Reduksi NAD(P) menjadi NAD(P)H.
+

Elektron dan hidrogen ditangkap oleh gugus nikotinamida dari NAD(P)+.

KBK Biokim UM 63
 ADP + Pi ATP

Reaksi
Hasil biosintesis biosintesis Prekursor teroksidasi

NADP+ NADPH + H+

Seny organik tereduksi Katabolisme

Hasil teroksidasi

NAD+ NADH + H+

Fosforilasi
H2O oksidatif O2

KBK Biokim UM 64
 METABOLISME

Keseluruhan proses dimana organisme memperoleh dan

memanfaatkan energi bebas.

Energi bebas, energi yang dapat dimanfaatkan oleh organisme, merupakan

selisih antara proses-proses eksergonik dengan proses-proses endergonik.

Bila dirangkai (coupled) dengan reaksi oksidasi yang eksergonik, proses

endergonik yang unfavorable (misalnya kerja mekanik, transpor aktif dan
biosintesis) bisa menjadi favorable.

Dua kategori metabolisme:

Katabolisme; metabolisme dimana organisme mendegradasi senyawa organik
(bahan makanan) untuk memperoleh energi dan bahan awal biosintesis.

Anabolisme; biosintesis biomolekul yang diperlukan dalam pertumbuhan dan

reproduksi dengan memanfaatkan energi, daya reduksi dan bahan awal yang
dihasilkan pada proses katabolisme.

Molekul bahan makanan utama untuk semua organisme adalah karbohidrat,

lipid dan protein.
KBK Biokim UM 65
Garis Besar Metabolisme
KBK Biokim UM 66
 Katabolisme dapat dibagi menjadi 4 tahap:

Pertama; pemecahan karbohidrat, lipid dan protein menjadi menjadi satuan

penyusunnya, berturut-turut gula sederhana, asam lemak dan asam amino.

Kedua; degradasi molekul satuan penyususn molekul besar menjadi

senyawa perantara (piruvat dan asetil-SCoA)

Ketiga; siklus asam trikarboksilat (siklus TCA, Kreb atau siklus asam sitrat).
Pada tahap ini semua senyawa antara yang dihasilkan pada tahap kedua
diubah menjadi CO2 dan senyawa antara dalam biosintesis. Elektron yang
dihasilkan pada tahap ini ditransfer ke NAD+ dan sedikit energi.

Keempat; meliputi transfor elektron dan fosforilasi oksidatif. Elektron yang

dibawa oleh NADH dari tahap ketiga ditransfer ke akseptor luar (oksigen)
dan dibebaskan energi. Energi ini kemudian digunakan untuk mendorong
pembentukan ATP melalui proses fosforilasi oksidatif.

NADPH terbentuk melalui proses degradasi karbohidrat jalur pentosa fosfat,

heksosa monofosfat atau fosfoglukonat. Pada proses ini gula sederhana
dioksidasi menjadi CO2 dan elektron yang dihasilkan ditangkap oleh NADP+
dan tereduksi menjadi NADPH.
KBK Biokim UM 67
 Lipid Karbohidrat Protein
Tahapan katabolisme:
I (I) hidrolisis molekul
Asam lemak Glukosa Asam amino besar menjadi molekul
satuan, (II) pemecahan
molekul satuan menjadi
II Piruvat
seny antara, (III) siklus
TCA, dan (IV) transpor
Asetil-SCoA elektron & fosforilasi
oksidatif

III e- ADP+Pi

CO
ATP IV
CO2
2

NAD+ NADH+H+
KBK Biokim UM O2 68 H2O
 Glikogen
Katabolisme
I Glukosa-1-F Karbohidrat:
I. Glikogenolisis;
Glukosa Glukosa-6-F pemecahan glikogen
menjadi molekul satuan
Fruktosa-6-F (glukosa).
II. Glikolisis;
Fruktosa-1,6-diF pemecahan glukosa
menjadi senyawa antara

Gliseraldehida-3-F Dihidroksiaseton-F

II
1,3-Difosfogliserat

3-Fosfogliserat

2-Fosfogliserat

fosfoenol piruvat Piruvat Asetil-SCoA

KBK Biokim UM 69
 Glukosa

F-6-F F-1,6-diF Glis-3-F

G-6-F

1,3-DFG

3-FG
Glikolisis Anaerob
2-FG

Fermentasi Fermentasi
FEP laktat
alkohol

Etanol + CO2 Piruvat Laktat

ATP + NADH

Asetil-SCoA
KBK Biokim UM 70
Glikolisis

KBK Biokim UM 71
Glukoneo
genesis

Piruvat ke
Energi:

KBK Biokim UM 72
(TCA)

KBK Biokim UM 73
Transpor elektron &
Fosforilasi oksidatif

KBK Biokim UM 74
Sintesis

KBK Biokim UM 75
Reaksi Terang

Struktur Chloroplas

KBK Biokim UM 76
fotosintesis

KBK Biokim UM 77
6 CO2 + 18ATP +12 NADPH + 12 H2O Biokim
KBK C6 H12 UMO6 +18ADP +18Pi +12NADP++
78 6 H+
 Reaksi Total
Fotosintesis

Reaksi Terang:
6H2O + 12 NADP+ + 18 ADP + 18 Pi + 6H+ 6O2 + 12
NADPH + 18 ATP

Reaksi Gelap:
6CO2 + 18 ATP + 12 NADPH C6H12O6 + 18 ADP + 18 Pi
+ 12NADP++ 6H+

Penjumlahannya:
6CO2 + 6H2O C6H12O6 + 6CO2
KBK Biokim UM 79
ogenase
Katabolisme Protein
Tahap pertama :katabolisme protein adalah hidrolisis polipeptida
(protein) menjadi asam amino yang dikatalisis oleh enzim protease

Protein Protease Asam amino

Tahap kedua: katabolisme protein terdiri atas:

1.deaminasi asam amino
-ketoglutarat sebagai akseptor gugus amino

AA + -KG transaminase A -K + Glu

Glu melepaskan amino dalam dua bentuk:

deaminasi oksidatif
NAD+ NADH+H+

Glu + H2O NH4+ + -KG

glutamat dehidrogenase

transfer ke oksloasetat

Glu + Oksaloaetat aminotransferase -KG +Aspartat

KBK Biokim UM 80
2.Ekskresi amonia dalam bentuk urea

Amonia yang toksik bersama-sama dengan asam aspartat

selanjutnya memasuki siklus urea untuk menghasilkan urea yang
dapat diekskresi keluar tubuh. Keseluruhan reaksi siklus urea
adalah:

2ATP+2Pi+AMP+PPi

NH3 + HCO3- + Aspartat (NH2)2CO + fumarat

3.Modifikasi asam -keto menjadi piruvat, asetil-SCoA atau

senyawa antara pada siklus TCA.

KBK Biokim UM 81
.
.
.

KBK Biokim UM 82
STRUKTUR RNA DAN DNA

KBK Biokim UM 83
PACKING DNA EUKARIOT

KBK Biokim UM 84
Struktur
3D DNA

KBK Biokim UM 85
ALIRAN INFORMASI
GENETIKA

KBK Biokim UM 86
 Pembelahan sel

KBK Biokim UM 87
Replikasi

KBK Biokim UM 88
 Komponen &
Arah Replikasi

KBK Biokim UM 89
Replikasi
pada DNA
sirkuler

KBK Biokim UM 90
 PCR: Polymerase Chain Reaction
Amplifikasi (Perbanyakan) DNA secara in vitro
Prinsip kerja: mirip replikasi DNA pada sel
Alat: Thermo Cycler (mesin PCR)
Bahan: - Nukleotida (ATP, GTP, CTP dan TTP)
- Enzim DNA Polimerase Termostabil dan buffernya
- DNA template/cetakan yang akan diperbanyak
- sepasang oligonukleotida (primer): 18 - 30 nukleotida

Kecepatan Amplifikasi: 2n x semula

dimana: n = jumlah siklus PCR
KBK Biokim UM 91
 5GCCTGGCCTTTAAATATACG............GGCCTTACTGGTCCGCGT3

3CGGACCGGAAATTTATATGC............CCGGAATGACCAGGCGCA5

+950C Denatura
si
5GCCTGGCCTTTAAATATACG............GGCCTTACTGGTCCGCGT 3

3CGGACCGGAAATTTATATGC............CCGGAATGACCAGGCGCA5

+ 600C Anealing
5GCCTGGCCTTTAAATATACG............GGCCTTACTGGTCCGCGT3
GCGCA5

5GCCTG
3CGGACCGGAAATTTATATGC............CCGGAATGACCAGGCGCA5

+ 770C Polimeri
sasi
5GCCTGGCCTTTAAATATACG............GGCCTTACTGGTCCGCGT3
3CGGACCGGAAATTTATATGC.........CCGGAATGACCAGGCGCA5
3CGGACCGGAAATTTATATGC............CCGGAATGACCAG

5GCCTGGCCTTTAAATATACG............GGCCTTACTGGTCCGCGT3
GCCTTTAAATATACG.........GGCCTTACTGGTCCGCGT
KBK Biokim UM
3CGGACCGGAAATTTATATGC............CCGGAATGACCAGGCGCA5
92
KBK Biokim UM 93
 Ekspresi Gen
DNA

transkripsi

mRNA

Inisiasi
translasi Elongasi
Terminasi

Protein
KBK Biokim UM 94
 KOMPONEN GEN
Daerah
Regulator Daerah Struktural

DNA
Inisiator Terminator
transkripsi
UAA
AUG mRNA
UAG
UGA

translasi

Met
protein

KBK Biokim UM 95
 DNA YANG DITRANSKRIPSI RNA
Polimerase
Inisiator
Terminator
DNA

promoter

transk
ripsi

RNA

KBK Biokim UM 96
 PROSES TRANSKRIPSI

DNA DNA
untai antisense untai sense

KBK Biokim UM 97
TERMINATOR

KBK Biokim UM 98
Komponen Ribosom

KBK Biokim UM 99
TRANSLASI
Kode Genetik

KBK Biokim UM 100

 Translasi pada sistem eukariot

Inisiasi Elongasi Terminasi

eIF1
eIF2 eEF1
eIF3 tRNA
Met
eEF2 aa-tRNAs
eRF1
eIF4 eRF3
eEF3
eIF5

40S
S08 S08

5UTR
mRNA AUG UAG
UAA AAAAA 3
UGA
43S

60S

KBK Biokim UM 101

 Domain-Domain eRF1

polipeptida 3 eRF3

2 eRF1
Ribosom

1
UAC U AA
mRNA

KBK Biokim UM 102

Intron dan Ekson pada DNA eukariot

KBK Biokim UM 103

MUTASI GEN

KBK Biokim UM 104

 Antibiotik
(Inhibitor Translasi)

KBK Biokim UM 105

Pos translasi /Glikosilasi beda Gol darah beda

Non Antigen

Antigen A

Antigen B

KBK Biokim UM 106

 Aturan Transfusi Darah

Gol Darah Dpt membuat antibodi Dapat menerima Dapatmentransfusi

O A dan B O A, B dan AB
A B O dan A A atau AB
B A O dan B B atau AB
AB - O, A,B dan AB AB

KBK Biokim UM 107

 REGULASI
TRANSKRIPSI

Tanpa
induser

Dengan
induser

KBK Biokim UM 108

REKOMBINAN DNA

KBK Biokim UM 109

KBK Biokim UM 110
Perkawinan silang

KBK Biokim UM 111

 Sistem Ekspresi tinggi pada E.coli BL21DE3

Promotor (lac UV5) O ORF RNA pol. T7

gen lac I
kromosom
E.coli BL21(DE3)
RNA pol.E.coli
mRNA

mRNA Represor. protein

target
RNA.pol T7
mRNA

P.T7
gen target
IPTG
tak aktif
SEL
vektor ekspresi
INANG

KBK Biokim UM 112

KBK Biokim UM 113
 SOAL LATIHAN
1. .Jelaskan tentang pengertian istilah-istilah berikut, masing-masing beri contohnya:
a. DNA , b. RNA , c. ikatan fosfo diester pada asam nukleat

2. Bagaimana urutan untai komplemen dari DNA dengan urutan CGTTA ?

3. Manakah yang paling mungkin terdapat dalam organisme yang hidup pada air
panas: ATATCTGATTTAT atau GGGCGTGGGCGGA ? Mengapa?

4. Dengan percobaan bagaimana dapat dibuktikan bahwa materi genetik adalah asam
nukleat dan bukan protein ?

5. Dalam bentuk apa materi genetik itu tersimpan dalam DNA/RNA ? jelaskan
6.Apakah DNA ayah dan Ibu anda identik ? jelaskan

.7. Apakah DNA manusia, hewan dan tumbuhan samasekali berbeda ? jelaskan

.8. Apa beda antara genotipe dan fenotipe ?

.9. Mungkinkah genotipe sama tetapi fenotipe beda ? mengapa?

.10. Mungkinkah fenotipe sama tetapi genotipe beda? Apa contohnya ?

11. Prosentase (G+C) atau (A+T) suatu DNA dapat ditentukan dari densitasnya dalam
CsCl 6M (), dimana = 1,660 + 0,00098 (G+C). Tentukan prosen G+C maupun A+T
dari DNA Streptococcus pneumoniae, jika = 1,700 ?

12. .Apa fungsi dari enzim-enzim berikut:

a. ligase, b. DNA Polimerase c. helikase, d. primase
KBK Biokim UM 114