BIOKIMIA 1

KELOMPOK 3
1 . H A N D AYA N I
2 . H A L I M AT U S S A K D I A H
3.RINDAH MEIJUSTIKA
PROTEIN
PENGERTIAN PROTEIN

Protein adalah intrumen/makromolekul yang mengekspresikan informasi genetic yang terdiri dari
polipeptida yang mempunyai rantai yang amat panjang, tersusun atas unit asam amino yang
digabungkan oleh ikatan peptide.
PENGGOLONGAN PROTEIN

Berdasarkan struktur : Berdasarkan bentuk :

• Primer • Protein globular
• Sekunder • Protein serabut
• Tersier
• Kwartener Berdasarkan gugus kimia lain disamping asam
amino :
• Protein sederhana
• Protein konyugasi
• Protein primer : protein yang hanya terdiri • Protein sekunder : selain memiliki ikatan
dari ikatan peptida peptida, juga memiliki ikatan hydrogen.
Akibatnya ikatan hidrohen bisa
membentuk α-heliks.
• Tersier : selain memiliki ikatan peptida dan • Kwarterner : gabungan struktur tersier
hydrogen, juga memiliki disulfida dan
interaksi ionic,
BERDASAR BENTUK
• Globular : molekul protein yang rantai-
rantai polipeptidanya berlipat rapat-rapat
menjadi bentuk globular atau bulat yang
padat.
• Serabut : molekul serabut panjang,dengan
rantai polipeptida yang memanjang pada
satu sumbu dan tidak terlibat menjadi
bentuk globular.
BERDASARKAN GUGUS KIMIA LAIN DISAMPING
ASAM AMINO
• Protein sederhana merupakan protein
yang hanya mengandung asam, dan tidak
gugus lain. Contohnya enzim ribonuclease.
• Protein konyugasi merupakan protein yang
menghasilkan komponen kimia lain di
samping asam amino setelah dihidrolisis.
Digolongkan berdasargan gugus
prostetiknya (lipoprotein, glikoprotein dan
metaloprotein )
CIRI-CIRI/SIFAT PROTEIN
• Protein merupakan makromolekul karena berat molekulnya yang relative besar
• Protein dapat terdenaturasi akibat suhu atau pelarut organic
• Protein sangat reaktif karena banyak mengandung gugus fungsionil
• Protein sangat sensitive terhadap PH, suhu dan pelarut organik
FUNGSI BIOLOGI PROTEIN
• Sebagai enzim : protein yang mempunyai aktifitas katalis. Hampir semua reaksi di dalam sel
dikatalisa oleh enzim. Lebih dari 2000 enzim, masing-masing dapat mengkatalisa reaksi kimia
yang berbeda. Contohnya ribonuclease.
• Protein transport : protein yang mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari satu
organ ke organ lain. Contoh nya haemoglobin pada sel darah merah
• Protein nutrient dan penyimpan : protein mutrien merupakan protein yang dibutuhkan suatu
sel/organ dalam pertumbuhan maupun perkembangannya, contohnya ovalbumin. Protein
penyimpanan merupakan protein yang menyimpan komponen molekul yang mungkin masih
dibutuhkan. Contohnya ferritin.
• Protein kontraktil atau motil : memberikan kemampuan pada sel dan organ untuk berkontraksi,
mengubah bentuk atau bergerak. Contohnya aktin dan myosin.
• Protein struktur :filament untuk memberikan struktur biologi/proteksi
• Protein pertahanan : melawan spesies lain
• Protein pengatur : membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi
DERET ASAM
AMINO
Pada tahun 1953, Frederick Sanger yang bekerja pada
Universitas Cambridge di Inggris menghasilkan penemuan
deret asam amino pada rantai polopeptida hormon insulin

Deret asam amino rantai polipeptida ditentukan oleh

prinsip-prinsip yang awalnya dikembangkan oleh Sanger.
Terdapat enam tahap dasar dalam memecahkan deret
asam amino setiap polipeptida.
TAHAP I : PENENTUAN KOMPOSISI ASAM AMINO
TAHAP II : IDENTIFIKASI RESIDU TERMINAL AMINO DAN
KARBOKSIL

• Dengan mengidentifikasi residu terminal amino dan karboksil,

kita dapat menentukan 2 titik acuan penting dalam deret asam
amino. Untuk mengidentifikasi residu terminal karboksil,
polipeptida diinkubasi dengan enzim karboksipeptidase yang
menghidrolisis ikatan peptida pada ujung terminal-karboksil.

• Sedangkan untuk mengidentifikasi residu terminal amino

Sanger menggunakan pereaksi 1-fluoro-2,4-dinitrobenzena
yang dapat mencirikan residu terminal-amino dari rantai
polipeptida sebagai turunan 2,4-dinitrofenil (DNP) berwarna
kuning
TAHAP III : PEMOTONGAN RANTAI POLIPEPTIDA

Untuk memisahkan fragmen-fragmen peptida

umumnya digunakan metode hidrolisis
enzimatik dengan enzim tripsin. Enzim ini hanya
mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida dengan
gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau
arginin tanpa memandang panjang deret asam
amino.

Fragmen yang dihasilkan kemudian

dipisahkan dengan khromatografi
pertukaran ion pada kolom tertentu
sehingga menghasilkan map peptida.
TAHAP IV : IDENTIFIKASI DERET FRAGMEN
PEPTIDA
TAHAP V : PEMOTONGAN RANTAI POLIPEPTIDA SEMULA
DENGAN PROSEDUR KEDUA

• Sama seperti tahap II, tetapi bukan dengan metode enzim

melainkan dengan metode kimia. Pereaksi yang digunakan
adalah pereaksi sianogen bromida yang berguna untuk
memotong ikatan peptida dengan gugus karbonil pada
residu metionin. Pada polipeptida yang mengandung delapan
residu metionin akan menghasilkan sembilan fragmen
peptida.
TAHAP VI : MENYUSUN FRAGMEN PEPTIDA DENGAN
PENETAPAN BAGIAN YANG SALING TUMPANG TINDIH

• Deret asam amino pada tiap fragmen yang diperoleh dari

polipeptida awal dengan kedua prosedur pemotongan dianalisis
untuk menemukan bagian yang saling tumpang tindih dengan
fragmen yang diperoleh dengan prosedur pemotongan
pertama.
PEMISAHAN
PROTEIN
PEMISAHAN PROTEIN

• Protein dapat dipisahkan dari senyawa dengan berat molekul rendah yang ada di dalam ekstrak
sel atau jaringan dengan proses dialisis.
• Protein dapat dipisahkan berdasarkan ukuran oleh filtrasi gel.
• Protein dapat juga dipisahkan satu dari yang lain oleh elektroforesis berdasarkan tanda dan
jumlah muatan listrik pada gugus R dan gugus terminal amino dan terminal karboksil yang
bermuatan.
• Metoda ampuh untuk memisahkan protein satu dari yang lain, yakni khromatografi pertukaran ion
yang didasarkan sebagian besar atas perbedaan densitas dan tanda muatan listrik protein pada
pH tertentu.