TRANSKRIPSI

Ekspresi Gen
• Peranan gen dalam kehidupan: mengendalikan sifat
organisme
• Pengendalian dilakukan melalui pembentukan
enzim/protein yang berperan dalam proses
metabolisme
• Ekspresi gen: pemunculan informasi yang dikandung
gen kedalam bentuk sifat  proses penerjemahan
informasi (DNARNAprotein/enzim)
• Enzim: katalisator dalam metabolisme
• Konsep satu gen  satu enzim (N. crassa  Beadle & Tatum
(1941)
ornitin  sitrulin  arginin @ enzim  arg-1, arg-2, arg-3
• Pengendalian pembentukan enzim oleh gen dilakukan
melalui dua tahap: Transkripsi dan Translasi
– Transkripsi: menyalin DNA  RNA
– Translasi : menerjemahkan RNA  protein
 Rangkaian Ekspresi Gen
DNA

Transkripsi
INTI

mRNA
Ribonukletida

tRNA

Translasi
Aminoasil-tRNA

Polipeptida

Asam amino Ribosom

 TRANSKRIPSI
• TRANSKRIPSI adalah proses pembentukan RNA
dengan DNA sebagai modelnya
3’ P T DNA 5’
5’ 3’
T P

5’ RNA 3’ 3’ RNA 5’

5’--AGCTTCTAGCATAGATACAGCTA--3’
3’--TCGAAGATCGTATCTATGTCGAT--5’

5’--AGCUUCUAGCAUAGAUACAGCUA--3’
• TRANSKRIPSI memerlukan perangkat :
-satu utasan DNA sebagai model
-enzim transkiptase
Holoenzim Transkriptase

Faktor s

Enzim Inti
 Subunit transkriptase E.coli
Subunit Ukuran # Fungsi
Subunit holoenzim transkriptase
b 155,000 1 Penempelan pada DNA
b’ 151,000 1 Situs polimerisasi RNA
a 36,000 2 ?
w 11,000 1 ?
s 70,000 1 Mengenali promotor
Subunit pendukung
nusA 69,000 1 Mengenali terminator
r 46,000 1 Mengakhiri proses transkripsi
 P Gen
T

Inti

• Inisiasi
s
• Sintesis
RNA
nusA
• Proses
akhir

Proses Transkripsi
RNA
Inisiasi Transkripsi pada Promotor E.coli
3’---TTGACA----TATAAT----CAT---------5’

-35 -10 Awal

• Pengenalan promotor
(kotak -35) oleh faktor
sigma
• Pengudaran heliks
ganda DNA pada kotak
-10

• Sintesis RNA mulai dari

titik awal
Promotor Beberapa Gen E.coli
Proses Sintesis Perpanjangan RNA
• Setelah inisiasi selesai faktor sigma akan melepaskan diri
dari enzim inti transkriptase
• Enzim inti akan bekerja lebih cepat tanpa faktor sigma
(karena sigma bekerja sangat teliti)
• Faktor nusA akan bergabung dengan enzim inti untuk
membantu mengenali terminator
• Enzim inti akan berhenti bila sampai pada terminator
Kegiatan Transkriptase

Transkriptase
Mengudar pilinan
heliks ganda DNA

Membaca runtunan
basa DNA dan
mensintesis RNA
RNA Memulihkan
kembali pilinan
heliks ganda DNA
Proses Akhir Transkripsi : kasus E.coli
• Gabungan Enzim-inti dan nusA akan mengenali
terminator
• Berkat adanya struktur ulang balik pada
terminator maka pada RNA akan terbentuk
struktur jepit rambut
• Adanya struktur jepit rambut memberi tanda pada
traskriptase untuk berhenti bekerja
 Terminator E.coli (gen trp L)
Struktur Ulang Balik

RNA
Poli A pada terminator
tanpa faktor rho

Terminator rho tidak

mengandung PoliA
Struktur
jepit rambut
Terminator tanpa/
dengan rho

•Pada terminator
tanpa rho RNA akan
lepas begitu
transkripsi berakhir
(berkat adanya ruas
poliU)
•Pada terminator rho
akan lepas setelah
ada faktor rho
 RNA Hasil Transkripsi
• mRNA : berfungsi sebagai model pembentukan
protein dalam translasi, berstruktur linear
• tRNA : berfungsi sebagai pembawa asam amino dan
penterjemah kodon mRNA, membentuk lipatan tiga
dimensi
• rRNA : berfungsi sebagai kerangka ribosom dan
mengenali tRNA dan mRNA dalam proses translasi

Jenis RNA # Dalam sel % Gen bakteri % Gen Eukaryot

mRNA 2 90 60
tRNA 10 20 40
rRNA 88
Struktur sekunder tRNA
Ujung 3’ACC,
penempelan
asam amino
Simpul TyC
Simpul D

Basa
termodifikasi Simpul
Variasi
Simpul
Antikodon
 Struktur tersier tRNA

Simpul D

Simpul Ujung
Variasi penerima
asam
Simpul amino
Antikodon
 rRNA (RNA ribosom)
Ribosom Ribosom
bakteri eukariot
70S 80S

60S 40S
50S 30S

rRNA5S rRNA16S rRNA5S rRNA18S

rRNA23S rRNA28S
rRNA5.8S
rRNA16S
rRNA5S Struktur rRNA

rRNA menunjukan
tipe pelipatan yang
sama untuk berbagai
spesies walaupun
runtunan basanya
berbeda

rRNA23S
 PROSES PASCATRANSKRIPSI
• Proses pascatranskripsi adalah proses yang
berlangsung terhadap RNA setelah transkripsi
selesai
• Bentuk mRNA, tRNA dan rRNA yang ada dalam
proses translasi bukan merupakan bentuk yang ada
saat transkripsi, tetapi merupakan hasil pengolahan
pascatranskripsi
• Melalui proses pemotongan, penambahan beberapa
basa, modifikasi beberapa basa
• Pascatranskripsi mRNA terjadi pada eukariot, tidak
pada prokariot
• Prokaryot: transkripsi & translasi terjadi simultan
pada ruangan yang sama (sitosol)
• Eukaryot:
– tempat transkripsi (inti) terpisah dari translasi (sitosol)
– RNA di inti berbeda dengan RNA di sitosol
 Proses Pascatranskripsi mRNA

hnRNA

mRNA bakteri tidak mRNA

mengalami proses
pascatranskripsi; terlihat
bahwa ribosom mulai
menempel pada mRNA ketika
mRNA eukariot
transkripsi belum selesai
mengalami proses
pascatranskripsi
 Pemasangan tudung
 Dilakukan oleh enzim guanili transferase: guanosin ditambahkan pada
ujung 5’ trifosfat dengan posisi 5’-5’ dan penambahan gugus metil
pada N7 dari guanin  tudung tipe-0
 Tudung tipe-1: penambahan tudung tipe-0 dan penambahan gugus
metil pada O dari C2 ribosa dari nukleotida pertama ujung 5’. Jika basa
N dari nukleotida adalah adenin, maka N6 mengalami metilasi
 Tudung tipe-2: tudung tipe-1 dan metilasi pada O dari C2 ribosa
nukleotida kedua dari ujung 5’
 Tipe-0: eukariot sel tunggal
 Tipe-2: eukariot lainnya
 Tudung 5’: meningkatkan proses translasi  kompleks inisiasi
translasi. CBP (cap binding protein)  menempel pada tudung
Penambahan poliadenil
 Pada ujung 3’: sekitar 200 adenin
 Enzim polimerase-poli(A)
 Stabilitas mRNA di sitoplasma
 mRNA untuk histon tidak mengandung
Pascatranskripsi mRNA Eukariot
metilasi tudung 0
ikatan pirofosfat
1. Pemasangan tudung
pada ujung 5’

metilasi tudung 1
Guanosin

metilasi tudung 2

AAAAAA
Transkripsi
2. Pemasangan ekor poliA pada
menghasilkan hnRNA
ujung 3’

3. Pembuangan intron
 Pembuangan intron
hnRNA tersusun dari intron
dan ekson

Intron Gen penyandi ovalbumin ayam:

7700 pb; mRNA: 1872 nt
Ekson

•Konsensus intron mRNA: 5’GU; PyPyPuAPy dekat 3’; AG3’

•PyPyPuAPy  TACTAAC
•Pemotongan I intron: ujung 3’ ekson (ujung donor) & 5’G intron  ikatan
5-2 fosfodiester dengan adenosin dari kotak TACTAAC  struktur cincin
berekor (lariat)
•Pemotongan II: ujung 3’ intron & ujung 5’ekson (ujung penerima)
•Ujung donor disambung dengan ujung penerima
 Pra-tRNA
tRNA dibentuk oleh suatu operon (kelompok gen yang diapit
oleh satu pasangan promotor-terminator, sehingga terbentuk
dalam suatu RNA besar yang mengandung banyak tRNA)

Enzim yang terlibat dalam pascatranskripsi tRNA

RNase P: pembentukan ujung 5’
-RNAse P: endoribonuklease
RNase F: pemotongan ujung 3’
-RNase F: endoribonuklease
RNase D: pembentukan ujung 3’ (sebagian besar CCA3’)
tRNA nukleotidiltransferase: penambahan CCA pada ujung 3’ (fage T4)
Ligase: penyambungan ekson  intron: arkaebakteria, khamir
 Pascatranskripsi tRNA

pelipatan

RNase P
(endo) 1.Pemotongan Pra-tRNA
RNase F menjadi tRNA individual
(endo)
RNase D
(ekso)
2.Penambahan ACC di ujung
3 tRNA tertentu

3.Pemotongan intron tRNA

tertentu

4.Modifikasi basa tertentu

 Proses Pascatranskripsi rRNA
Pada E. coli rRNA dibentuk oleh tujuh operon {rrnA, rrnB,
rrnC,..rrnH}
• Setiap operon rrn: 2 promoter (P1 dan P2, dipisah oleh 109-119
pb), ruas pengawal, ruas ketiga gen rRNA, ruas penyelang antar
gen
• Struktur: P1-P2-pengawal-gen rRNA16S-penyelang-gen rRNA23S-
penyelang-gen rRNA5S-terminator
• pra-rRNA E.coli mengandung rRNA5S, rRNA23S, rRNA16S, dan 1-2
tRNA sebagai penyelang, serta 1-2 tRNA sebagai ruas pengiring di
antara gen rRNA5S-terminator (misal: rrnD, rrnH)
• melalui proses pascatranskripsi akan dipisahkan komponen rRNA
satu dari yang lain, serta dari tRNA
• Operon: transkripsi  1 molekul pra-rRNA (rRNA30S)
• Enzim RNase III: memotong rRNA30S menjadi 3 molekul rRNA
dan tRNA
– pemisahan rRNA16S dari ruas pengawal dan penyelang
– pemisahan rRNA23S dari ruas penyelang dan rRNA5S
 Proses Pascatranskripsi rRNA

• Pada eukariot (rRNA18S, rRNA28S,

rRNA5.8S)  satu operon, rRNA5S 
ruas lain
• Operon  pra-rRNA (rRNA45S): rRNA
(18, 28, 5.8S), ruas pengawal dan
penyelang antar gen
• RNA pol I  rRNA45S di nukleolus
• RNA pol III  rRNA5S
 Pascatranskripsi rRNA

(1-2) tRNA 5S (0-2) tRNA

Operon tRNA penyelang tRNA pengiring Posisi di kromosom

rrnA Ile1, Ala1B - 86
rrnB Glu2 - 89
rrnC Glu2 Asp1, Trp 84
rrnD Ile1, Ala1B Thr 71
rrnE Glu2 - 90
rrnG Glu2 - 56
rrnH Ile1, Ala1B Asp1 5
 TRANSKRIPSI VIRUS
Genom virus beragam > eukariot > prokariot
Genom & Sintesis mRNA  7 kelas
Utas (-) ditranskripsikan
Kelas I DNA ug

mRNA
Kelas II DNA ut + DNA ug
Utas (-) ditranskripsikan

Utas (-) ditranskripsikan

Kelas III RNA ug

Dibentuk utas Berperan sebagai

(+) mRNA
Kelas IV RNA ut - RNA ut + mRNA

Utas (+) berperan sebagai mRNA

Kelas V RNA ut +

Kelas VI RNA ut + DNA ut - DNA ug mRNA

Utas (-) ditranskripsikan
 Transkripsi Balik

• Transkripsi balik adalah pembentukan DNA dengan RNA

sebagai modelnya
• DNA disintesis oleh enzim transkriptase balik (RT)
• RT juga dihasilkan oleh partikel tipe A (tikus), elemen Ty
(elemen loncat pada Saccharomyces)
• 2 subunit: subunit a dan subunit b
• Juga mempunyai aktivitas RNaseH 2 arah & DNA
endonuklease
• subunit a  fungsi DNA pol & RNase H
• Di alam digunakan dalam perbanyakan retrovirus (famili
retroviridae)  hewan mamalia, virus retoid  tanaman
(CaMV), virus famili hepadnaviridae
• Dalam rekayasa genetik digunakan untuk mengklonkan gen
tanaman melalui pembentukan cDNA
 Transkripsi Balik
{perbanyakan retrovirus}
R U5 PBS- L gag pol env P U3 R
5’ tudung AAAAAA 3’

penempelan primer pada PBS- sintesis DNA(-) mulai U5RU3 oleh RT

sintesis DNA(+) mulai dari P, U3RU5 degradasi RNA oleh RNaseH

DNA ug untuk integrasi kedalam kr inang

RSV (Rous Sarcoma Virus)
Bahan genetik: RNA ut (satu virion: 2 RNA)
3 gen: gag, pol, env  perbanyakan virus
 gag  poliprotein yang akan dipotong menjadi 4-5 komponen inti virus
 pol  RT; bersama gag  prekursor poliprotein gag-pol  kompleks
protein (RT, RNase H, DNA endonuklease)
 env  protein mantel

• Ruas L  ruas pengawal

• PBS-  situs penempelan primer untuk sintesis DNA(-)
• Ruas P  situs penempelan primer untuk sintesis DNA(+)
• U3 & U5  ruas khas di ujung 3’ dan 5’
• R  ruas berulang pada kedua ujung
• Setelah transkripsi  ruas topi pada 5’ dan poli(A) pada 3’

Proses
1. Penempelan primer (tRNA) pada PBS-; retrovirus (tRNApro), virus tumor susu tikus, virus
visna, virus AIDS (tRNAlys)
2. Sintesis U5, R, U3 oleh RT  DNA (-); degradasi RNA oleh RNase H
3. Sintesis DNA (+) dari tRNA primer dari P ke arah U3, R, U5; Cetakan: DNA(-)
4. Utas ganda DNA dengan LTR (U3 R U5) pada kedua ujung
5. DNA ug  inti sel  integrasi kromosom inang (melalui sirkularisasi, LTR sebagai
sambungan)
6. Sintesis RNA virus (promoter & terminator) sel inang: genom atau mRNA sub genom
 Virus
Replikasi dan Ekspresi retroviridea
Virus
RNA
Diterima membran sel
Kuncup virus

protein kapsid &

Mantel dilepas nukleoid
Mantel blm
RT lengkap
polisom
nukleoid blm
RT sempurna

RNA35S
DNA ug
Transkripsi
Integrasi DNA ug di RNA35S
kromosom

LTR = long-terminal repeat = urutan berulang secara langsung yang terdapat

pada kedua ujung DNA retrovirus
Terima
Kasih