MIKROBIOLOGI

Pelatihan PPI Rumah Sakit 2018

Pokok Bahasan

 Karakteristik dan Morfologi Bakteri

 Mekanisme Resistensi
 Multi-drugs resistant organisms
 MIKROBA/MIKROORGANISME

VIRUS

Perbedaan Struktur Bakteri dan Virus

Prokariot dan Eukariot
Prokariot
DNA menyatu dalam sitoplasma:
Bakteri:

Eukariot
Algae, protozoa, fungi, slime mold
Ukuran lebih besar
Terdapat mitokondria, inti sel
 Morfologi Sel Bakteri
 Bentuk: Bacteria
 Batang
 Kokus
 Spiral
 Filamen G+ G- Acid Wall Intra
fast less cellular
 Populasi sel bakteri
Rod Cocci Rod Cocci Spiral
 Individual
 Diplo-
 Staphylo-
 Strepto-
 Filamen
Klasifikasi Berdasarkan Struktur Dinding Bakteri
Pewarnaan Gram
(Hans Christian Gram)
Pewarnaan Gram: Manfaat
 Pada spesimen
 Menilai kualitas spesimen, kecurigaan infeksi
(lekosit)
 Membantu menentukan pilihan antibiotik
empirik (bila morfologi sel khas, mis. diplokokus)
 Tidak digunakan untuk semua spesimen (feses,
usap tenggorok) karena interpretasi sulit

 Pada isolat
 Kemurnian isolat
 Identifikasi untuk menentukan uji lanjutan
Klasifikasi Berdasarkan Kebutuhan O2

 Aerob obligat: O2 - 21%

 Anaerob obligat: O2 - 0-3%
 Anaerob fakultatif: ada O2 atau tidak
 Mikroaerofilik: O2 – 5-10%
 Kurva Pertumbuhan Bakteri

 Tergantung nutrisi di lingkungan

 E.coli: waktu pembelahan sel 20-

30 menit di dalam medium yang
kaya nutrisi

 M.tuberculosis : 16-24 jam

 Analitik tanpa Otomatisasi
Hari 1
Hari 2/3
Inokulasi spesimen untuk Koloni dimurnikan
kultur bakteri aerob

Hari 4/5
Hari 3/4
Hasil identifikasi
Koloni murni diidentifikasi
Uji kepekaan antibiotik

Hari 5/6
Baca hasil dan Pelaporan
 Analitik tanpa Otomatisasi

Hari 2
Hari 1 1 koloni terpisah (dianggap
Inokulasi spesimen untuk murni):
kultur bakteri aerob Uji identifikasi
Uji kepekaan antibiotik

Hari 3
Kultur Bakteri Aerob yang non-
Pelaporan Hasil identifikasi
fastidious
Uji kepekaan antibiotik
 Analitik dengan Otomatisasi

La BomBardi, VJ. Maximizing the Use of Adv. Expert System to Improve Patient Care. Mount Sinnai
Factors to consider When Determining
Whether Testing is Warranted

 The body site from which the organism was

isolated

 The presence of other bacteria and the

quality of the specimen from which the
organism was grown

 The host’s status

Flora Normal
Contamination, Colonisation, Infection

Patel S.,Understanding Wound Infection and Colonisation, Wound Essentials, Vol.2;2007

 Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik

 Berbeda dengan pemeriksaan laboratorium lain,

pemeriksaan mikrobiologi: “a science of interpretive
judgment that is becoming more complex, not less”

 Pemeriksaan otomatisasi, genomik, proteomik?

interpretasi sangat tergantung pada kualitas spesimen

 Tidak ada pemeriksaan tunggal yang sempurna

IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
 Bakteri adalah prokariotik:
 lebih sederhana daripada
eukariotik
 Berkembang biak sangat
cepat Penanganan spesimen:
 Pengambilan
 kemampuan adaptasi pada
pengaruh antibiotik atau  Transportasi
respon imun  Penyimpanan
sangat mempengaruhi
interpretasi hasil

“Pre-analytical specimen management

in microbiology is CRITICAL TO ACCURACY”
IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
 Pre-analitik
• Apakah penyakit pasien saya akibat infeksi mikroba? Jika YA, apa?
• Bagaimana kepekaan mikroba (bakteri) tersebut terhadap antimikroba
Klinisi (antibiotik), sehingga terapi yang dipilih tepat target?

• Pengambilan dan Penyimpanan Spesimen

Perawat

Kurir
• Transportasi Spesimen

Lab
• Penerimaan/Penolakan Spesimen

IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
Hasil Pemeriksaan Mikrobiologi 
Tatalaksana Pasien dengan Infeksi

 Terapi antibiotik empirik berdasarkan antibiogram

lokal

 Terapi antibiotik definit berdasarkan hasil identifikasi

mikroba dan uji kepekaan antimikroba

 Keterlambatan hasil  meningkatkan kemungkinan

pasien mendapat pilihan terapi empirik yang kurang
tepat
Pemeriksaan Selain Kultur

 Molekular deteksi DNA atau RNA dengan Metode PCR

 Bakteri yang tidak tumbuh in vitro
 Bakteri yang tumbuh lama atau sulit tumbuh
 Virus
 Jamur

 Serologi untuk deteksi Antigen dan/atau Antibodi akut

dan konvalesens
Struktur Bakteri – Kerja Antibiotik
Mekanisme Resistensi

 Bakteri menghasilkan enzim yang dapat menghancurkan

antibiotik sebelum terikat

 Pompa efluks: bakteri mengeluarkan molekul antibiotik

yang masuk ke sitoplasma sebelum terikat pada target

 Mengubah protein target tempat antibiotik terikat dan

bekerja

 Mengubah “outer membrane protein channel” yang

diperlukan antibiotik untuk masuk ke sel
Tenover, FC. The American Journal of
Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
 Emergence
of
Resistance

“natural selection” of result of induction of genetic

bacterial subpopulations determinants already present
(or acquired) in the bacterial
population that are “activated”

Araos, R., et al. Antimicrobial Resistance: Selection vs. Induction. In: Antimicrobial Stewardship: Principles
 Selection vs. Induction Paradigm

Araos, R., et al. Antimicrobial Resistance: Selection vs. Induction. In: Antimicrobial Stewardship: Principles
 Induction of Antimicrobial Resistance

 Most common examples: regulation of β-lactamase

expression in bacteria
 Production of β-lactamase in S.aureus: mediated by
blaZ gene.
 Absence of β-lactams, the expression of the β-lactamase is
almost undetectable
 Presence of β-lactams  increase the production of β-
lactamase enzymes and fully express the penicillin
resistance phenotype

Araos, R., et al. Antimicrobial Resistance: Selection vs. Induction. In: Antimicrobial Stewardship: Principles
 Bagaimana Bakteri menjadi Resisten?

 Intrinsik: sifat resisten didapat secara alami, merupakan sifat

biologi mikroba

 Didapat:
 Bacteria yang bersifat sensitif terhadap suatu antibiotik kemudian
menjadi resisten
 Terjadi akibat mutasi atau mendapatkan materi genetik baru
 Mutasi kromosomal dan seleksi: vertical evolution
 Mendapatkan materi genetik baru dari bakteri lain yang resisten: horizontal
evolution

Tenover, FC. The American Journal of Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
Hawkey, P. M BMJ 1998;317:657-660
Bagaimana Sifat Resistensi Dipindahkan?
 Mendapatkan gen pengkode sifat resistensi dari sel
bakteri lain Horizontal Gene Transfer
Selective Pressure/Selection

Saling hidup
keseimbangan ekosistem
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure
 Native
Organisms
Decontamination
Antibiotic Isolation/
Management Barrier
Precautions

Hand Hygiene

Health
Policy

Eradication Surveillance

Emergence Transmission
Perl TM. Gram Negative Bacterial Resistance in Healthcare: The Brave New World Healthcare
Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)

 a bacterium carries several resistance genes

 resistant to at least 1 agent from at least 3 classes (eg, b-

lactamase inhibitor combination drugs, cephalosporins,
fluoroquinolones).

Barie, PS. Surg Clin N Am 92 (2012) 345–391

 MDROs
 Gram positive organisms
• MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus)
• VRE (Vancomycin Resistant Enterococcus)

 Gram negative organisms

• ESBLs (extended Spectrum Beta Lactamase)
• CRE (Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae)
• Pan Resistant Pseudomonas
• Pan resistant Acinetobacter

CDC: Management of Multidrug-Resistant Organisms in Healthcare Settings, Healthcare Infection

Control Advisory Committee, Jane D. Siegel et. al. pg 7-12
Evolution of Drug Resistance in S. aureus
Penicillin Methicillin
Penicillin-resistant Methicillin-
S. aureus resistant
[1950s] S. aureus [1970s]
S. aureus (MRSA)

Vancomycin
[1997]

[1990s]

Vancomycin- Vancomycin Vancomycin-resistant

resistant intermediate- enterococci (VRE)
S. aureus resistant
S. aureus
(VISA)
MRSA world wide prevalence
 2008/9 PAMKI
multicenter
MRSA study

184/678 (27%) clinical

S.aureus  MRSA
Staphylococcus aureus pada Manusia

 Flora normal
Kulit dan mukosa: anterior nares, oropharynx, axilla,
umbilicus, inguinal area, perirectal areas

 Patogen
Menyebabkan penyakit infeksi dengan klinis yang beragam
dari ringan  mengancam jiwa ( sepsis, deep
abscesses, pneumonia, osteomyelitis, infective
endocarditis)
 S.aureus Nasal Carriage

 Persistent carriers, intermittent carriers, non-carriers

 Berperan penting dalam epidemiologi penyakit

 1931terbukti hubungan antara S.aureus pada karier

(hidung) dan penyebab infeksi (Solberg, 1965)

 Infeksi nosokomial kebanyakan bersumber endogen

Sumber Infeksi MRSA di Rumah Sakit

 Pasien yang terkolonisasi atau terinfeksi

 Tenaga kesehatan yang terkolonisasi atau terinfeksi

 Lingkungan yang terkontaminasi (permukaan)

Computer, floor next to patient’s bed, bed linens, patient
gowns, over-bed tables, blood pressure cuffs, bedside
rails, infusion pump buttons, door handles,
stethoscope, etc.
Prevalence of MRSA Colonization, 2016
No. Hospital N Admissio Discharge
(patients) n
n % n %
1 Medan_RSAM 200 14 7 16 8
2 Jakarta_RSPP 31 4 13 0 0
3 Semarang_RSDK 200 3 1.5 1 0.5
4 Solo_RSDM 200 4 2 4 2
5 Surabaya_RSDS 232 17 7.3 13 5.6
6 Malang_RSSA 200 6 3 4 2
7 Jakarta_RSCM 200 8 4 5 2.5
8 Bali_RSSD 51 2 3.9 2 3.9
TOTAL 1314 58 4.4 45 3

Committee of AMRCP, Ministry of Health, 2016

ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase)

 Enzim Betalactamase yang dihasilkan oleh bakteri

terutama golongan Enterobacteriaceae yang menyebabkan
terjadinya resistensi antibiotik TERUTAMA cephalosporin
generasi ke-3 (Ceftriaxone, Ceftazidim, Cefotaxim, dll)
dan aztreonam
Resistance in Enterobacteriaceae and
Nonfermenters (Ambler Classification)

Y. Pfeifer et al. International Journal of Medical

Microbiology 300 (2010) 371-379
Increasing Resistance in type A hospitals
in Indonesia

1. ESBL-producing Gram Negative Rods (Klebsiella pneumoniae

and Escherichia coli):
 20-28% (2005) in 2 referral hospitals

 27-56% (2013) in 6 referral Hospitals

 50-82% (2016) in 8 Referral Hospitals

2. MRSA:
 Pathogen in 5 hospitals: 28% (2005)

 MRSA screening (2016) in 8 referral hospitals: 2-7% at admission

and 1-8% at discharge
MDR-Gram Negative in ICU, Top Referal-Hospital
in Indonesia

MDR 2011 2013-2015

ESBL-Enterobacteriaceae 58.4%a 76.5%b
AmpC-Enterobacteriaceae 2%a 7.8%b
AmpC+ESBL - 7.8%b
Enterobacteriaceae
Non-S Carbapenem 27.6%c 24%d
(Enterobacteriaceae) (K.pneumoniae)
Non-S Carbapenem 50.5%c 93%e
Acinetobacter baumanii Acinetobacter
baumanii
a. Poster Presentation in PIT PAMKI Semarang, 2013
b. Poster Presentation, IARW and PAMKI Congress, 2015
c. Anis Karuniawati, et al. Acta Med Indones-Indones J Intern Med. Vol. 45. No.2. April 2013
d. Poster Presentation, ECCMID, 2016
e. Yulia Rosa, on going research, 2015
Endemic OXA-23-positive-clones Acinetobacter
baumannii in ICU

Carbapenem non-
susceptible Carbapenem susceptible
Screening Clinical Screening Clinical
OXA-51+OXA-23 115 79 2 2
OXA-51+OXA-58 0 1 0 0
OXA-51+OXA-24 1 0 0 0
OXA-58 ONLY 1 0 0
OXA-51 ONLY 6 1 7 1

Bacterial Isolates from:

•screening : rectal n=70 and throat n=67 on admission and discharge
•clinical cultures of infected patients (n=81)
•environmental niches (n=2)
Poster Presentation. Saharman, YR. ICAAC Washington 2014
 Prospective obser vational study in 2 ICUs RSCM, April -Oct 2013
 Patients ≥1 8 year s old) admitted for more than 48 h, screening
cultures (admission; weekly; discharge) and clinical cultures
 Environmental samples were taken in Oct 2013 and Dec 2014
 Screening of healthcare workers (HCWs) was per formed once
ACQUISITION OF CARBAPENEM-NONSUCEPTIBLE
ACINETOBACTER BAUMANNII-CALCOACETICUS
COMPLEX IN ICU
Kepentingan Klinis MDRO

 Manifestasi klinis sama dengan infeksi akibat bakteri yang

sensitif

 Pilihan antibiotik untuk terapi sangat terbatas

 Pasien dengan infeksi akibat MDRO dirawat di RS lebih

lama  biaya meningkat

 Mortalitas yang meningkat

Faktor Risiko Infeksi MDRO

 Penggunaan antibiotik sebelumnya

 Perawatan RS yang lama
 Penggunaan alat invasif (infus, kateter)
Kemungkinan pembentukan biofilm
 Tinggal dalam waktu lama di tempat perawatan
diluar RS
 Praktik pengendalian infeksi yang tidak adekuat
 Penggunaan antibiotik dalam waktu yang lama
Simpulan
 Mikroba: bakteri, virus, jamur, parasit, amuba, cacing

 Pemeriksaan mikrobiologi:
 Isolasi memerlukan waktu, suasana dan kondisi yang beragam
 Identifikasi dengan metode bermacam-macam
 Uji kepekaan

 Kualitas hasil tergantung fase pre-analitik, analitik, pasca-

analitik

 MDRO meningkat di Indonesia dan Dunia