MIKROBIOLOGI

FARMASI

Pertemuan ke-1
 PENGERTIAN
Mikrobiologi

Mikro =
kecil Bakteri

Bio = hidup
Arthropoda Virus

Logos =
ilmu
Mikroba

Cacing Jamur

Protozoa
Jadi mikrobiologi = ilmu tentang segala peri-
kehidupan organisme yang berukuran kecil
(mikroskopis)
Mikrobiologi = kajian tentang mikroorganisme,
meliputi aspek:
Morfologi, fisiologi, reproduksi, ekologi dan genetika
 Mikroorganisme ….?
• Mikroorganisme = makhluk hidup yang
berukuran kecil (mikroskopis), yang
memiliki bentuk kehidupan serta
karakteristik yang khas yang bisa
dibedakan dari organisme lain, terutama
mampu hidup diberbagai habitat
(kosmopolitan)
• Mikroorganisme = jasad renik = mikroba =
mikrobia = kuman
MICROBA ADA DI BERBAGAIHABITAT
• Mikroorganisme adalah organisme hidup yang
pertama kali di planet bumi, hidup di mana pun
selama kehidupan memungkinkan, lebih banyak
dibandingkan organisme lain, dan mungkin
penyusun terbesar komponen biomasa bumi

• Mikrobiologi mempunyai imbas terhadap banyak

bidang di antaranya kedokteran, pertanian, ilmu
pangan, ekologi, genetika, biokimia, dan biologi
molekuler
 Mikroorganisme & Mikrobiologi
• Mikroorganisme
 Makhluk hidup yang secara
individual sangat kecil untuk
dilihat dengan mata telanjang.
 Yang termasuk
mikroorganisme:
– Bakteri (eubacteria,
archaebacteria)
– Jamur (yeasts, molds)
– Protozoa
– Microscopic algae
– Virus
– Berbagai cacing parasit
• Mikrobiologi
 Ilmu yang mempelajari tentang
miroorganisme
 Dasar dari Bioteknologi modern
 Berbagai cabang ilmu mikrobiologi:
 - Virologi, Mikologi,
Bakteriologi, Immunologi,
Ecologi Mikroba, Mikrobiologi
Biotechnologi, Microbiology
Lingkungan, Microbiologi Makanan,
Microbiologi Forensik, Molekuler
Biologi
Cakupan Mikrobiologi

Mikrobiologi Umum : mempelajari sifat mikroba pada umumnya

Mikrobiologi Kedokteran : Mempelajari mikroba yg berhubungan

dgn penyakit pd manusia

Mikrobiologi pertanian : Mempelajari mikroba yg berhubungan dgn

penyakit tanaman & hewan, serta kesuburan tanah

Mikrobiologi Industri : Mempelajari mikroba yg berhubungan dgn

kegiatan industri

Mikrobiologi Makanan & susu : Mempelajari mikroba yg

berhubungan dgn pembuatan & pengawetan makanan
 Mikrobiologi
Dua tema utama yang berhubungan dengan
mikrobiologi
1. Dasar – proses sel
2. Terapan- berhubungan dengan pertanian,
industri dan kesehatan
 Mikroba dalam
kehidupan kita

• Ada yang bersifat patogenik (penyebab penyakit)

• Mendekomposisi sampah organik
• Menghasilkan fotosintesis (cth. Bakteri Sulfur Ungu (Purple
sulphur bacteria) harus memperbaiki CO2 untuk hidup)
• Memegang peranan di bidang industri (cth. fermentasi untuk
menghasilan etanol and acetone)
• Menghasilkan makanan berfermentasi (cuka, keju & roti)
• Menghasilkan produk yang digunakan pabrik (sellulase) dan
pengobatan (insulin)
 Mikroba dan makanan
1) Mencegah pembusukan (tempe, ikan asin)
2) Membantu dalam menghasilkan makanan
 Mikroba dan energi
1) Gas alam (methane)
2) Ethanol (biofuel)
3) Bioremediasi
 Mikroba dan Bioteknologi
1) Bioteknologi (produksi makanan, obat-obatan,
vaksin)
2) Teknik Genetika
(rekombinasi DNA)
Sejarah Mikrobiologi
 Periode Perkembangan
Mikrobiologi (3 periode)
1. Periode perintis/zaman pra sejarah, teori
abiogenesis / generatio spontanea, mahluk
hidup terjadi dari benda mati (air, daging)
2. Periode keemasan,
- Louis pasteur, pasteurisasi
– Robert Koch (1881), metode isolasi (pemisahan)
– Petri (asisten Koch), penemu cawan petri
– Gram (1844), penemu teknik pewarnaan Gram
– Chamberland (1887), penemu sterilisasi secara fisik,
metode filter
Anthony van Leeuwenhoek (1632-1723)

 Pedagang kain dari

Belanda
 Orang pertama yang
Insert figure 1.8 mengobservasi mikroba
hidup
 Menemukan lensa
tunggal dengan
magnifikasi sampai
300X
Insert figure 1.9 (a)
microscope
 Louis Pasteur (1822-1895)
 Menunjukkan mikroba
menyebakan fermentasi dan
pembusukan.
 Mematahkan pendapat
Insert figure 1.11 generatio spontanea
mikroorganisme (teori
Abiogenesis).
 Mengembangkan Pasteurisasi.
 Menemukan Teori Penyebab
Penyakit (Germ Theory of
Disease ).
Robert Koch (1843-1910)

 Menemukan Teori Postulat

Koch- suatu eksperimen yang
membuktikan Teori Penyebab
penyakit (Germ Theory of
Insert figure 1.12 Disease).
 Mengidentifikasi penyebab
anthrax, TBC, dan kolera.
 Mengembangkan Metode
Kultur Murni.
 Postulat Koch
1. Mikroba penyebab penyakit harus ada pada individu
yang sakit dan tidak terdapat pada individu yang sehat
2. Mikroba penyebab penyakit tsb, harus dapat
diisolasi/dibiakkan secara murni
3. Mikroba dari biakan murni tsb, bila diinfeksikan kembali
pada individu yang sehat, akan menumbulkan gejala
penyakit yang sama
4.Mikroba yang telah diinfeksikan kembali tsb, dapat
diisolasikan kembali dan akan mempunyai bentuk yang
sama seperti asalnya
Postulat Koch
 Periode Keemasan menjawab
4 masalah pokok

1). Penggolongan mikroba: mikroskop, bentuk

mikroba ditemukan yaitu bakteri, jamur, virus

2). Asal-usul mikroba : Louis Pasteur, merobohkan

teori abiogenesis, dengan penemuan teori
biogenesis bahwa jasad renik berasal dari jasad
renik induknya
3). Mikroba penyebab penyakit dijawab
oleh Postulat Koch

4). Mikroba pada fermentasi anggur dijawab

oleh hasil riset Louis Pasteur
3. Periode modern (1910 – sekarang),
– Adanya peralatan modern/mutakhir, mikroskop
elektron, khromatografi, komputer, autoclave dll
– Masalah yang pelik dapat dipecahkan, virus
– Pasteur dan Koch sudah mulai melakukan penelitian
tentang virus
– Iwanovski (1892), mengungkap masalah virus, TMV
(tobacco mosaik virus)
– Peraih nobel,
• Domagk (1939) penemu obat sulfa utk infeksi bakteri,
• Fleming, Florey & Chain (1945) penemu penisilin
• Waksman (1952), penemu streptomisin
• Stanley (1946), penemu protein murni virus
• Enders, Weller & Beadle (1954), penemu virus poliomyelitis,
vaksin polio
KLASIFIKASI
MIKROORGANISME
 Taksonomi

 Ilmu yang mempelajari klasifikasi

mikroorganisme
 Untuk menunjukkan hubungan di antara
mikroorganisme
 cara untuk memperoleh identifikasi
universal dari satu organisme
 Mengapa kita harus perduli kalau mereka
saling berhubungan?
Taksonomi berkaitan dengan:
 Klasifikasi
 Penamaan (Nomenclature)
 Identifikasi
Q&A • Pneumocystis jirovecii
awalnya diidentifikasi
sebagai protozoa
hingga analisa DNA
menunjukkannya
sebagai jamur.

• Mengapa sangat
penting
mengklasifikasikan
suatu organisme?
 KLASIFIKASI

Klasifikasi:
Pembagian sistematika dari suatu organisme
menjadi taksa tertentu berdasarkan
karakteristik yang sama
 Klasifikasi secara konvensional
Karakteristik utama yang digunakan adalah:

• Bentuk sel • Bahan penyusun dinding sel

• Ukuran sel
• Morfologi koloni
• Karakteristik ultrastruktur
• Kebiasaan pewarnaan
• Mekanisme pergerakan
• Isi sel
• Sumber karbon & nitrogen
• Sumber energi
• Hasil Fermentasi
• Suhu pertumbuhan optimum
& kisarannya
• Toleransi osmosis
• Hubungan oksigen
• pH optimum & kisaran
pertumbuhan
• Sensitivitas terhadap
metabolic inhibitors &
antibiotics
 Klasifikasi Phylogeny
 Menunjukkan hubungan evolusioner dan
sejarah di antara organisme
 Beberapa diperoleh dari data fosil
 Hanya mungkin dengan menggunakan
teknik molekuler:
- Genetic Homology:
Base composition (GC ratio)
Nucleic acid hybridisation.
Ribosomal RNA (rRNA) sequence analysis
Protein profiles and amino acid sequences
Hierarchy
 Klasifikasi Intraspecies

Biotypes
Biochemical properties.

Serotypes
Antigenic features.

Phage Types
Bacteriophage susceptibility.

Colicin Types
Production of bacteriocins.
 Defenisi “Spesies”

Spesies

Taksonomi dari unit dasar, yang mewakili jenis organisme

yang spesifik dan dikenali

Bagi organisme yang bereproduksi secara seksual,

definisi dasar dari spesies adalah yang mampu
bereproduksi secara sesuai.

 Definisi ini banyak yang gagal bagi banyak spesies

mikroba (termsuk bakteri), karena mereka tidak
bereproduksi secara seksual.
 Defenisi “Spesies”
“Spesies” di dalam mikrobiologi:
- Koleksi strain mikroba yang berbagi banyak properti
dan berbeda secara nyata dari grup strain lainnya.
- Spesies diidentifikasi dengan membandingkan dengan
“type strains” yang telah diketahui.
“type strain” adalah kultur murni yang telah
dikarakterisasi dengan baik,sebagai referensi untuk
identifikasi yang belum diketahui.
- Ada beberapa koleksi dari type strain; Contoh.
American Type Culture Collection (ATCC), Deutsche
Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen
GmbH (DSMZ)
The Three-Domain System
The Three-Domain System
Asal Usul Eukaryota oleh Proses
Endosimbiosis
 Asal Usul Eukaryota oleh Proses
Endosimbiosis

• Asal usul sel eukaryota yang pertama telah menjadi

perdebatan
• Eukaryota modern memiliki DNA di dalam nukleus (inti sel),
mitokondria and chloroplasts
• Menganalisa properti DNA ini and prokaryota modern
• Baik Bakteri maupun Archaea saling berkontribusi nyata satu
dan lainnya
– Hubunga Symbiosis – 2 spesies hidup dengan
bersentuhan secara langsung
– Endosimbiosis – satu organisme hidup di dalam
organisme lain
• Data mendukung teori ini
 Bakteri Archaea
 Prokaryota  Prokayota
 Memiliki dinding sel  Tidak memiliki
peptidoglycan peptidoglycan
 Binary fission  Hidup pada lingkungan
 Menggunakan bahan yang ekstrim
kimia organik/inorganik  Termasuk:
atau fotosintesis untuk - Methanogens
memperoleh energi - Extreme halophiles
- Extreme thermophiles
 Jenis-Jenis Eukaryota
Protozoa Algae
• Eukaryota bersel tunggal • Eukaryote bersel
• Menyerap bahan kimia tunggal/banyak
organik • Memiliki dinding sel
• Dapat pindah bersellulosa
menggunakan • Mendapatkan energi
pseudopods, cilia atau melalui fotosintesis
flagella • Menghasilkan bahan
• Cth. Amoeba molekuler and organik
 Jamur
 Eukaryota
 Dinding sel mengandung chitin
 Menggunakan bahan kimia organik
untuk menghasilkan energi
 Lumut dan jamur adalah
multiselluler, mengandung miselia
(yang terdiri dari benang-benang
yang disebut hifa)
 Yeasts adalah bersel tunggal
(unicellular)
 Klasifikasi virus?

• Tidak ditempatkan di Domain atau

Kingdom
• Kenapa?
• Spesies biasanya suatu populasi virus
dengan karakteristik yang sama yang
menempati suatu niche ekologi yang
tertentu
Nomenclature
 Nomenclature

 Penamaan ilmiah dari suatu mikroorganisme

 Diatur oleh Peraturan Internasional (The
International Code of Nomenclature of
Prokaryotes).
 Species/genus baru divalidasi dan dipublikasi di
The International Journal of Systematic and
Evolutionary Microbiology (former: The
International Journal of Bacteriology)
 Peraturan untuk Penamaan
Mikroorganisme
 Hanya ada 1 nama yang benar untuk 1 organisme
 Nama yang menyebabkan kesalahan harus ditolak
 Semua nama harus ditulis dalam huruf Latin
- Kata pertama (Genus) selalu ditulis dengan huruf besar
- Kata kedua (Species) tidak ditulis dengan huruf besar
- Nama genus dan species  Species, ditulis dengan
digarisbawahi atau dicetak miring
- Nama yang benar dari satu species atau taksa yang lebih
tinggi harus ditentukan oleh publikasi yang sah, dan
dan nanya harus sesuai dengan peraturan penamaan
 Nama Ilmiah
 Mungkin merupakan suatu penghargaan bagi seorang ilmuwan

 Asal usul dalam bahasa Latin

Contoh. Escherichia coli (E. coli)
- penemu: Theodor Escherich
- menjelaskan tempat hidupnya (habitat) (colon/intestine)

Contoh. Staphylococcus aureus (S. aureus)

- Clustered (staphylo), spherical (cocci)
- Gold colored colonies (aureus)

Contoh. Ralstonia solanacearum (R. solanacearum)

- penemu : Ericka Ralston
- menginfeksi tanaman famili Solanaceae
 Nomenclature
Nama umum/nama deskriptif :

Nama-nama mikroorganisme mungkin umum digunakan,

tapi bukan nama secara taksonomi
Contoh:
• Tubercle bacillus / disease = tuberculosis
(Mycobacterium tuberculosis)
• Meningococcus/ disease = meningitis
(Neiserria meningitidis)
• Group A streptococcus
(Streptococcus pyogenes)
Identifikasi
Bergey's Manual
- Metode untuk membedakan dan
mengidentifikasi bakteri yang disusun dalam
Bergey's Manual of Determinative
Bacteriology
- Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology
Menyediakan penjelasan mengenai karakteristik fisik
dan kimia dan sistem identifikasi dari bakteri yang
penting
 Bergey’s Manual of Systematic
Bacteriology

• Morphological characteristics
• Presence of various enzymes
• Serological tests
• Phage typing
• Fatty acid profiles
• DNA finger printing
• Sequence of ribosomal RNA
• Is still very difficult
• Morphological Metode Identification
characteristics:
Useful for
identifying
eukaryotes
• Differential
staining: Gram
staining, acid-
fast staining
• Biochemical
tests:
Determines
presence of
bacterial
A dichotomous key
enzymes
Contoh Identifikasi Bakteri dengan Menggunakan
Metode Klasik Mikrobiologi
 Contoh Tes Biokimia
untuk Identifikasi Bakteri
 Contoh Tes Biokimia
untuk Identifikasi Bakteri
 Design a rapid test for
a Staphylococcus aureus
 Serology
(ilmu yang mempelajari tentang serum dan respon imun nya)

Combine known
antiserum + unknown
bacterium
Slide agglutination
ELISA
Western blot
Southern Blot
DNA chip
Phage Typing

Menentukan kepekaan suatu

strain terhadap phage atau
virus bakteri tertentu
DNA Fingerprinting
TERIMAKASIH
Tugas
1. Virus merugikan
2. Bakteri yang merugikan
3. Bakteri yang menguntungkan
4. Fungi yng merugikan
5. Fungi yang menguntungkan

Meliputi: nama spesies, ciri-ciri,manfaat/kerugian dan prosesnya

video