“Growing Point Paradox” dan Sintesis DNA

yang Terputus
Replication fork ialah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi yang dibentuk akibat enzim helikaze yang memutus
ikatan hidrogen agar kedua untaian DNA terbuka.

Untaian ganda menjadi dua cabang yang terdiri dari sebuah

menjadi untaian tunggal DNA. Masing-masing untaian tunggal
"cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru
berdasarkan urutan nukleotida komplementernya.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan

memperpanjang oligonukleotida.
Untaian komplementer memiliki polaritas yang berlawanan, berarti
sintesis terjadi pada ujung 5 'dari satu untai (atau 3'-5') dan ujung 3
'dari untai lainnya (5'-3'). Tetapi, semua polimerase memiliki
persyaratan mutlak untuk 3‘ OH bebas sehingga hanya melakukan
sintesis 5'-3'.

Sintesis ternyata terjadi dalam arah yang berlawanan. Untaian yang

diperpanjang dalam arah 3'-5 'secara keseluruhan tumbuh dengan
sintesis segmen pendek dan penyatuan oleh ligase polynucleotide.

Bukti replikasi diskontinyu DNA berasal dari penelitian zat antara di

dalam sintesis DNA diberi label radioaktif dalam medium yang
mengandung (H3) timidin. Ketika sel E coli diberi label selama 15
detik, semua label ditemukan dalam potongan kecil, panjang 1000-
2000 nukleotida. Potongan kecil atau segmen DNA ini disebut
"fragmen Okazaki"
Sintesis DNA bersifat kontinyu untuk untai yang tumbuh dalam
arah 5’-3’ secara keseluruhan (disebut leading strand) dan
diskontinyu untuk untai yang tumbuh dalam arah 3'-5' (disebut
lagging strand).
 Inisiasi dan “Primer Problem”
DNA polimerase mampu membentuk DNA baru menggunakan
ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA.

Fragmen okazaki memerlukan inisiasi untuk replikasi DNA. Pada

untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase
dapat menggunakan gugus 3' OH bebas pada primer RNA untuk
mensintesis DNA dengan arah 5'→3'. Segmen pendek RNA
kemudian dihapus oleh eksonuklease 5'-3‘ dan diganti oleh DNA
sebelum pengikatan kovalen oleh ligase polinukleotida.

Sintesis primer RNA dikatalisis oleh enzim yang disebut primase,

memiliki sifat berbeda dari polimerase RNA. Pada prokariota,
primer RNA panjangnya 10-60 nukleotida. Pada eukariota mereka
cukup pendek, sekitar 10 nukleotida.
 “Replication Apparatus” yang lengkap itu
kompleks

Replikasi DNA itu rumit dilakukan oleh kompleks multienzim,

disebut replication apparatus atau repliosome.

Pertama, dua untaian komplementer dari heliks ganda parental

dipisahkan sehingga dapat berfungsi sebagai template untuk sintesis
untaian baru. Tiga jenis protein yang berbeda berkontribusi untuk
memisahkan untaian heliks ganda.
(1) Protein pengurai DNA atau belicase DNA
(2) Single strand binding protein (SSBPs) DNA
(3) Girase DNA
(1) Protein pengurai DNA atau belicase DNA
terlibat dalam mengkatalisasi ikatan ganda DNA
(2) Single strand binding protein (SSBPs) DNA
mengikat erat ke daerah untai tunggal DNA yang dihasilkan
oleh helikase dan membantu menstabilkan template beruntai
tunggal untuk polimerisasi, menstabilkan untaian DNA yang
sudah terbuka agar tidak tertutup
(3) Girase DNA
mengkatalisasi pembentukan superkoil negatif dalam DNA,
sangat penting untuk replikasi, berfungsi sebagai kunci dalam
proses pelepasan, dan mengurangi tegangan pada untai DNA
Sintesis primer RNA dikatalisis oleh enzim yang disebut primase.
Aktivitas primase memerlukan pembentukan kompleks primase
dan setidaknya enam protein lain, kompleks ini disebut
primosom.

Primosom mengandung protein tentatif i, n, n+ dan nn ditambah

produk gen dnaB dan dnaC.

Perpanjangan kovalen rantai DNA selama replikasi kromosom

dalam dilakukan oleh DNA polimerase III. DNA polimerase III
adalah enzim kompleks dengan tujuh polipeptida berbeda dan
semua polipeptida ini harus ada untuk fungsi replikasi yang tepat
Aktivitas polimerase 5‘ ke 3' dan aktivitas eksonuklease 5‘ ke 3'
keduanya ada pada α polipeptida DNA polimerase III. Aktivitas
proofreading 3‘ ke 5' dari polimerase III ada pada ϵ polipeptida.

Setelah aktivitas DNA polimerase III pada replikasi fork, DNA

polimerase I mengkatalisis penghilangan primer RNA dengan aksi
bersama dari aktivitas exonuclease 5‘ ke 3' dan aktivitas polimerase
5‘ ke 3', dan DNA ligase mengkatalisasi penutupan kovalen dari
untai tunggal yang dihasilkan.

Ketika mutasi ditemukan seperangkat gen (ditunjuk dnaA, dnaB,

dnaC, dll) yang produk-produk dari beberapa gen ini diketahui.
Misalnya, dnaF, dnaN, dnaX dan dnaZ merupakan empat dari tujuh
subunit (polipeptida) dari enzim DNA polimerase III lengkap, dan
dnaG untuk menentukan primase. Produk dan fungsi yang lain
masih belum diketahui.