BIOLOGI MOLEKULAR

REPLIKASI DNA
KELOMPOK 3

Faturohman Luthfi Meizar Pradana

Felix Subakti Muhammad Afif

Kevin Priyono Tansil Muhammad Audry R.

OUTLINE

▪Replikasi DNA Semikonservatif

▪Enzim yang Berperan
▪Replikasi DNA Sel Prokariotik (Mekanisme)
▪Replikasi DNA Sel Eukariotik (Mekanisme)
▪Perbedaan Mekanisme Replikasi DNA Sel Prokariot dan
Eukariot
 1. REPLIKASI DNA
SEMIKONSERVATIF
Model DNA

▪Model DNA Watson dan Crick (1953):

▫Helix ganda
▫Right-handed
▫Interior dasar nukleotida; exterior gula fosfat
▫Tersusun berdasarkan aturan Chargaff Tiap purine berpasangan dengan
pyrimidine (A-T, G-C )

*Watson dan Crick berspekulasi bahwa pasangan basa spesifik menunjukan mode replikasi
yang tepat

Meselson dan Stahl berusaha membuktikan hipotesis Watson dan Crick

3 Hipotesis Replikasi DNA

Semikonservatif: Tiap helix

berfungsi sebagai template untuk
replikasi

Konservatif: Helix ganda di

replikasi secara keseluruhan

Dispersif: Hasil replikasi terdiri

dari DNA lama dan baru
Eksperimen Meselson dan Stahl (1958)
Gambaran

▪Penggunaan label isotop untuk membedakan antara

DNA induk dan DNA replikasi
▫Pilih 14N (umum, lebih ringan) dan 15N (langka, lebih
berat) Elemen kunci dari DNA
▫ Goal: Mendeteksi apakah atom nitrogen baru muncul pada 1 atau kedua helai
DNA replikasi
Prinsip Kerja

▪Menumbuhkan 14 generasi E. coli pada 15N (padat, akan berada pada dasar
sentrifugasi)

▪Mengubah medium ke 14N

▪Periodically sampled the DNA grown in the 14N medium by means of

equilibrium density gradient centrifugation to compare the percentage of 15N to
14N

▪Secara berkala mengambil sampel pertumbuhan DNA pada medium 14N yang di
sentrifugasi dalam gradien kerapatan CsCl untuk membandingan persentase
dari 15N ke 14N
Hasil

1) DNA yang terbentuk hanya dari 15N menghasilkan satu helai

2) Helai pertama replikasi terletak pada pertengahan antara 15N dan
14N

3) Second generation had two bands (1 at midpoint, 1 at 14N); same

two bands seen subsequently
4) Generasi kedua mempunyai 2 helai ( 1 pada titik tengah, 1 pada 14N);
dua helai yang sama kemudian terlihat
Replikasi Semikonservatif dalam Memajukan Biologi Molekular

▪Replikasi semikonservatif DNA telah di konfirmasi di setiap studi

▪Melanjutkan pengetahuan tentang mekanisme DNA dan interaksinya dengan enzim

▪Memahami replikasi semikonservatif DNA penting untuk mengetahui fungsi dari sel dan
organisme

▪Having a grasp on proper DNA replication allows for identification of abnormalities

underlying defects

▪Setelah memahami replikasi DNA yang baik, memungkinkan kita untuk mengidentifikasi
abnormalitas yang mendasari kecacatan

▪Wawasan mengenai keturunan

 2. ENZIM YANG
BERPERAN DALAM
REPLIKASI DNA
DNA polymerase

▪Mensintesis DNA molekul dari deoxyribonukleotida

▪Ada 6 jenis berbeda
▫Prokayotic: A,B,C
▫Eukaryotic, A,B,D,X,Y
RNA Polymerase

▪Ada baik di prokaryotic maupun eukaryotic

▪Membuka sebagian kecil DNA untuk dijadikan
“template” bagi RNA
▪Strukturnya terdiri dari 4 subunit yang berbeda jenis.
Enzim topoisomerase

▪Sebuah keluarga enzim/kelompok enzim

▪Terdiri atas tipe I dan II
▪Enzim girase: memutar DNA untuk mengurangi
ketegangan untaian
▪Topoisomerase II bisa memecah ikatan sekaligus
SSBP

▪Mencegah pemutusa dna yang double strand kembali

menjadi single strand
▪Ada pada baik sel eukaryotic maupun prokayotic
▪Strukturnya memiliki 8 helix protein.
3. REPLIKASI DNA SEL
PROKARIOTIK
 Inisiasi

▪Inisiator DNA A mengikat molekul DNA di tempat asal,

sehingga mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim
untuk replikasi DNA. Helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding
heliks dalam alur tunggal.
▪Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa,
dengan cara yang tergantung energi. Wilayah DNA yang
sekarang dikenal sebagai garpu replikasi. Setelah heliks yang
terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat protein
(SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk
menempel kembali. Proses replikasi dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul
DNA.
Sintesis Primer

▪Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang

ada sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal
sebagai DNA polimerase.

▪Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling

(bentukan seperti spiral yang mengganggu) di wilayah garpu
berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus yang
disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan
garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai DNA dalam
rangka untuk meringankan supercoil tersebut.
Sintesis leading strand

▪DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk

ujung 3′ dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA
dalam arah 5′ → 3′ saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang
berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi
terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal (leading
strand).
▪Di sini, DNA polimerase III mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi
berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus,
sehingga menghasilkan untai baru.
Sintesis lagging Strand (untai tertinggal) (1)

▪Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara

terputus dengan menghasilkan serangkaian fragmen
kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini
disebut fragmen Okazaki, yang kemudian
bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai
lagging Strand sejak proses sintesis DNA pada untai
ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.
Sintesis lagging Strand (untai tertinggal) (2)

▪Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat

sepanjang untai terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan
menambahkan nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen
yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk
melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas
untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser
memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses
replikasi.

21
Penghapusan Primer

▪Meskipun untai DNA baru telah disintesis

primer RNA hadir pada untai baru terbentuk
harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini
dilakukan oleh enzim DNA polimerase I (DNA
pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA
melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease nya, dan
menggantikan mereka dengan
deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’
aktivitas polimerase DNA.
Ligasi

▪Setelah penghapusan primer selesai

untai tertinggal masih mengandung celah
antara fragmen Okazaki berdekatan.
Enzim ligase mengidentifikasi dan
menyumbat celah tersebut dengan
menciptakan ikatan fosfodiester antara 5
‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen
yang berdekatan.
Terminasi

▪Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi

khusus yang terdiri dari urutan nukleotida
yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh
protein khusus yang disebut tus yang
mengikat ke situs tersebut, sehingga secara
fisik menghalangi jalur helikase. Ketika
helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein
pengikat terdekat.
4. REPLIKASI DNA SEL
EUKARIOTIK
Inisiasi

▪Tahap pertama replikasi DNA adalah pemutusan ikatan basa nitrogen

untuk membuka rantai ganda DNA menggunakan enzim Helicase. Titik
inisiasi dimana pemisahan dimulai disebut “origin of replication”. Struktur ini
disebut dengan “Replication Fork”. Strand yang telah terpisah kemudian
diikat oleh SSB protein untuk mencegah strand DNA menyatu kembali
Elongasi : leading strand (5'-3’)

▪RNA polymerase mensistesis RNA primer. RNA primer diperlukan

karena DNA polymerase hanya dapat memperpanjang nukleotida.
Kemudian DNA polymerase mulai mensintesis untai DNA dengan
memperpanjang RNA primer dengan arah 5’ ke 3’.
Elongasi : lagging strand (3’-5’)
▪Karena DNA polymerase hanya dapat mendintesis DNA dengan arah 5’-3’ maka
RNA polymerase mensisntesis RNA Primer yang diperlukan untuk memulai proses
replikasi strand. Nukleotida RNA merupakan sebuah primer (starters) untuk mengikat
nukleotida DNA. Kemudia RNA primase diperpanjang oleh DNA polymerase untuk
membentuk okazaki fragment.

▪RNA primer akan dihilangkan dengan RNAse H sehingga DNA polymerase

menyambung kembali bagian RNA peimer yang hilang. Kemudian Untuk
menyambung okazaki fragment digunakan DNA ligase.
Terminasi

▪Replikasi akan berhenti ketika DNA polymerase mencapai akhir strand.

Replikasi DNA tidak akan berakhir sebelum dilakukan mekanisme
perbaikan kemungkinan eror yang terjadi selama relikasi. Enzim seperti
nuclease inilah yang menghapus nukleotida yang salah yang kemudian diisi
kembali dengan DNA polymerase.
 5. PERBEDAAN MEKANISME
REPLIKASI DNA SEL PROKARIOTIK
DAN EUKARIOTIK
Tempat

▪Pada sel prokariotik, replikasi DNA terjadi pada sitoplasma sedangkan pada
sel eukariotik terjadi di dalam nukleus.

▪Hal ini disebabkan sel prokariotik yang tidak memiliki nukleus dimana DNA
terkonsentrasi pada 1 titik dalam sitoplasma yang disebut nucleoid.

▪Hal ini sangat berbeda dengan sel eukariotik yang gen-gen pentingnya
tersimpan dalam kromosom yang dilindungi di dalam nukleus
Enzim

Peran Sel Prokariotik Sel Eukariotik

Pemisahan rantai double DNA B Helikase
heliks
Menjaga regangan rantai DNA Girase (Topoisomerase Topoisomerasi I & II
II)
Mencegah bersatunya Single-Strand-Binding Protein (SSBP)
rantai
Sintesis primer RNA RNA Primase (RNA Polimerase)
Sintesis nukleotida/DNA DNA Polimerase I, II, dan III DNA Polimerase α, β, γ, δ,
polymerase dan ε
Penyambungan fragmen Ligase
okazaki
Titik Replikasi

▪Pada sel prokariotik, replikasi DNA berlangsung pada 1 titik sedangkan

pada sel eukariotik berlangsung pada beberapa titik sekaligus.

▪Pada sel prokariotik, DNA pada sel prokariotik lebih sederhana dan
diorganisasikan dalam kromosom melingkar serta beberapa gen berada
dalam bentuk plasmid yang cukup dengan hanya memiliki 1 buah titik
replikasi.
▪Berbeda dengan sel eukariotik, kromosom sel eukariotik relatif sangat
besar dan memiliki bentuk linear. Oleh karena itu, untuk mempercepat
proses replikasi, dibutuhkan lebih dari 1 titik replikasi.
Jumlah Cabang Replikasi

▪Perbedaan jumlah titik replikasi juga berimplikasi pada jumlah

pembentukan cabang replikasi (replication fork) yang berbeda.

▪Oleh karena itu perbedaan jumlah titik replikasi, sel prokariotik

hanya memiliki 1 cabang replikasi untuk tiap proses replikasi
sedangkan sel eukariotik memiliki lebih dari 1 cabang replikasi untuk
tiap proses replikasinya.
Fragmen Okazaki

▪Pada sel prokariotik, fragmen okazaki lebih panjang daripada ragmen

okazaki pada sel eukariotik.

▪Pada sel prokariotik, kromosom mengandung lebih sedikit materi

genetik sehingga membentuk fragmen okazaki yang panjang (sekitar
1000-2000 nukleotida per fragmen okazaki).
▪Pada sel eukariotik, kromosom adalah satu-satunya tempat
penyimpanan materi genetik dan membutuhkan “akurasi” lebih yang
ditunjukkan dengan pembentukan fragmen okazaki yang lebih pendek
(sekitar 100-200 nukleotioda per fragmen okazaki).
Kecepatan Replikasi

▪Replikasi pada sel prokariotik lebih cepat daripada replikasi sel

eukariotik.

▪Hal ini disebabkan karena komposisi materi genetik yang lebih

sedikit proses yang lebih sederhana sehingga pembentukan
fragmen okazaki menjadi lebih panjang.
▪Berbeda dengan sel eukariotik yang memiliki DNA yang besar dan
padat yang menyebabkan pembentukan fragmen okazaki yang
lebih pendek.
Daftar Pustaka

▪Apa Perbedaan. (2017). Sel Prokariotik dan Eukariotik. [online] Available at: http://apaperbedaan.com/prokariotik-
dan-eukariotik/ [Accessed 27 Oct. 2017].

▪Budisma.net. (2017). Perbedaan Replikasi DNA Prokariotik dan Eukariotik | Budisma. [online] Available at:
http://budisma.net/2015/03/perbedaan-replikasi-dna-prokariotik-dan-eukariotik.html [Accessed 27 Oct. 2017].

▪Cooper, G. (2017). Heredity, Genes, and DNA. [online] Ncbi.nlm.nih.gov. Available at:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9944/ [Accessed 27 Oct. 2017].

▪Dnareplication.info. (2017). Steps of DNA Replication. [online] Available at:

http://www.dnareplication.info/stepsofdnareplication.php [Accessed 30 Oct. 2017].

▪ Meselson, M. and Stahl, F.W. (1958). "The Replication of DNA in Escherichia coli". PNAS 44: 671–82.
PMID 16590258. doi:10.1073/pnas.44.7.671