Kata mikrobiologi berasal dari bahasa Yuniani, yaitu: micros = kecil,
bios = hidup, logos = ilmu. Jadi, mikrobiologi adalah ilmu pengetahuan yang mempelajari organisme hidup yang kecil yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop. Organisme yang dipelajari dalam mikrobiologi yaitu mikroorganisme, yang meliputi bakteri, virus, jamur, protozoa. Cabang ilmu mikrobiologi ada yang didasarkan pada kelompok mikroba yang dipelajari, seperti bakteriologi, virologi dan mikologi. Saat ini, mikrobiologi sangat berkembang luas pada berbagai bidang ilmu pengetahuan, misalnya pertanian, industri, kesehatan, lingkungan hidup, bidang pangan, Mikrobiologi dibagi menjadi dua bidang besar, yaitu: a. Mikrobiologi dasar Bidang mikrobiologi dasar mempelajari berbagai struktur fisik dan reaksi kimia mikroorganisme. Banyak proses biokimia pada mikroorganisme juga terjadi pada organisme multiseluler, sehingga mikroorganisme dapat menjadi model dalam mempelajari proses biokimia dan genetik pada organisme lainnya. Hal ini juga didukung oleh kemampuan reproduksi mikroorganisme yang tinggi. b. Mikrobiologi terapan Bidang mikrobiologi terapan mempelajari penggunaan ilmu mikrobiologi dalam memecahkan masalah praktis dalam kedokteran, pertanian dan industri. Berbagai penyakit infektif pada manusia, hewan dan tumbuhan, disebabkan oleh mikroorganisme. Mikroorganisme juga berperan penting dalam menentukan kesuburan tanah. Dalam bidang industri, mikroorganisme berperan dalam produkantibiotik dan protein. Sebagai bagian dari ekosistem, mikroorganisme juga banyak berperan dalam siklus energi dan kondisi lingkungan. Ruang Lingkup Mikrobiologi
Beberapa aspek yang dibahas dalam mikrobiologi, antara lain
mengkaji tentang 1) karakteristik sel hidup dan bagaimana mereka melakukan kegiatan 2) karakteristik mikroorganisme, suatu kelompok organisme penting yang mampu hidup bebas, khususnya bakteri 3) keanekaragaman dan evolusi, membahas perihal bagaimana dan mengapa muncul bermacam-macam mikroorganisme 4) keberadaan mikroorganisme pada tubuh manusia, hewan dan tumbuhan 5) peranan mikrobiologi sebagai dasar ilmu pengetahuan biologi dan 6) bagaimana memahami karakteristik mikroorganisme dapat membantu dalam memahami proses-proses biologi organisme yang lebih besar termasuk manusia Beberapa cabang kajian khusus mikrobiologi berdasarkan tujuan pengelompokkannya: A. Taksonomi 1. Virologi: kajian tentang virus 2. Bakteriologi: kajian tentang bakteri 3.Mikologi: Kajian tentang jamur (fungi) 4.Algologi/fikologi: kajian tentang alga 5.Protozoologi: kajian tentang protozoa B. habitat 1. Mikrobiologi tanah: kajian tentang kehidupan dan peranan mikroorganisme di dalam tanah 2. Mikrobiologi air : kajian tentang kehidupan dan peranan mikroorganisme di dalam air 3. Mikrobiologi rumen: kajian tentang kehidupan dan peranan mikroorganisme di dalam system lambung/usus hewan C. KAITAN DENGAN ILMU LAIN DAN CAKUPAN MASALAH 1. Ekologi mikroorganisme: kajian tentang asosiasi kehidupan antara mikroorganisme dengan lingkungannya (ekologi) 2. Fisiologi mikroorganisme: Kajian tentang sifat faal mikroorganisme. 3. Genetika mikroorganisme: kajian tentang sifat-sifat menurun dan kebakaan pada mikroorganisme . 4. Mikrobiologi kesehatan: kajian tentang sifat dan peranan mikroorganisme dalam bidang kesehatan (penyakit, epidemologi, vaksinasi dsb.) 5. Mikrobiologi industri: Kajian tentang sifat dan peranan mikroorganisme dalam proses industri Perkembangan Mikrobiologi
Perkembangan mikrobiologi ditandai melalui beberapa peristiwa
penting yaitu: a. Penemuan mikroskop b. Jatuhnya teori Generatio Spontanea / Abiogenesis c. Pembusukan disebabkan oleh mikroorganisme (germ theory of fermentation) d. Penyakit disebabkan oleh bibit penyakit (germ theory of desease) a. Penemuan mikroskop
Pada tahun 1664 Robert Hooke berhasil menggambarkan struktur kapang
menggunakan mikroskop temuannya .Namun Antonie van Leeuwenhoek dari Belanda dianggap sebagai orang yang pertama kali dapat melihat mikroorganisme secara detail pada tahun 1682. Menggunakan mikroskop temuannya dengan lensa pembesaran 300 kali, Leeuwenhoek mengamati air hujan, air laut, air vas dan kotoran gigi. Leeuwenhoek menyebut makhluk yang dilihatnya sebagai animalcule (hewan kecil) dan melaporkannya ke Royal Society of London pada tahun 1684 b. Jatuhnya teori Generatio Spontanea / Abiogenesis Laporan mengenai mikroorganisme oleh Leeuwenhoek kembali menimbulkan perdebatan mengenai asal usul mikroorganisme yang dilihatnya. Sebagian orang percaya bahwa mikroba yang dilihat Leeuwenhoek merupakan hasil perubahan yang terjadi pada makanan. Proses yang menunjukkan munculnya makhluk hidup dari makhluk tak hidup disebut abiogenesis. Konsep tersebut mendukung teori generatio spontanea, yang menyebutkan bahwa makhluk hidup dapat muncul dengan sendirinya dari makhluk tak hidup. Teori generatio spontanea dibantah oleh Francesco Redi melalui penelitiannya pada tahun 1668. Redi menggunakan daging yang disimpan pada 3 wadah dengan cara penutupan yang berbeda: tanpa tutup, tertutup rapat dan tutup tidak rapat. Munculnya larva lalat pada daging pada wadah yang tidak tertutup membuktikan bahwa larva berasal dari telur yang diletakkan oleh lalat, bukan hasil dari generatio spontanea. Lalat tidak dapat meletakkan telur pada wadah yang tidak terbuka, sehingga larva tidak ditemukan Proses munculnya makhluk hidup dari makhluk hidup lainnya seperti pada percobaan Redi disebut biogenesis. Namun demikian, telur lalat hanya dapat dilihat menggunakan alat bantu seperti mikroskop Pada tahun 1745, John Needham melakukan percobaan untuk membuktikan kebenaran teori generatio spontanea. Percobaan Needham ialah merebus air kaldu untuk membunuh makhluk hidup, dan kemudian membiarkannya dalam keadaan terbuka. Setelah beberapa waktu, pada permukaan air kaldu ditemukan mikroorganisme. Menurut Needham, adanya mikroorganisme pada permukaan air kaldu yang sudah direbus merupakan bukti bahwa makhluk hidup dapat muncul secara spontan dari benda mati, dalam hal ini air kaldu yang sudah direbus. . Sementara itu Lazzaro Spallanzani pada tahun 1769 membuat percobaan dengan merebus air kaldu dan kemudian menutupnya. Setelah beberapa waktu, ternyata tidak ditemukan mikroorganisme pada air kaldu. Kesimpulan ini membuktikan bahwa abiogenesis keliru. Namun Needham tetap dengan pendapatnya dan beralasan bahwa udara sangat penting bagi kehidupan dan kemunculan makhluk hidup secara spontan. Menurut Needham, tidak munculnya mikroorganisme pada percobaan Spallanzani disebabkan karena udara tidak dapat masuk akibat labu ditutup. Jika tutup labu dibuka, setelah beberapa waktu akan ditemukan Perdebatan mengenai asal usul makhluk hidup baru berhenti setelah Louis Pasteur (1822 -2 1895) berhasil membuktikan biogenesis melalui percobaannya menggunakan botol leher angsa. Selanjutnya orang mengakui bahwa semua kehidupan berasal dari telur dan semua telur berasal dari kehidupan (omne vivum ex ovo, omne ovum ex vivo) c. Pembusukan disebabkan oleh mikroorganisme (germ theory of fermentation) Salah satu alasan Louis Pasteur membuktikan kekeliruan generation spontanea didasarkan pada keyakinannya bahwa produk fermentasi buah anggur (minuman beralkohol) merupakan hasil kerja mikroorganisme, bukan sebaliknya, menghasilkan mikroorganisme. Sari buah anggur digunakan oleh mikroorganisme untuk melakukan serangkaian proses metabolisme, yang menghasilkan senyawa yang memberikan rasa dan aroma baru sehingga menjadi minuman anggur. Proses yang dilakukan mikroorganisme disebut dengan fermentasi. Pada tahun 1950, Pasteur diminta membantu industri anggur Perancis, yang memiliki masalah kualitas minuman anggur yang tidak sama. Menurut Pasteur, beberapa mikroorganisme dapat terlibat dalam pembuatan anggur yang kadang-kadang menghasilkan asam laktat, bukan etanol. Adanya asam laktat dalam minuman anggur menurunkan kualitas produksi. Untuk mengatasinya, Pasteur memanaskan sari buah anggur dengan suhu 50 – 60℃ dengan tujuan membunuh mikroorganisme yang tidak dikehendaki. Setelah itu baru ditambahkan minuman anggur yang mengandung mikroorganisme tertentu, sehingga kualitas minuman anggur menjadi terjaga. Proses pemanasan serupa digunakan oleh industri makanan modern sekarang ini, dan dikenal dengan pasteurisasi. Teknik pengendalian mikroorganisme lainnya baik pada bahan maupun proses tertentu berkembang terus dan dikenal dengan sterilisasi (Gambar1.6) . Penelitian Louis Pasteur selanjutnya berkembang pada peranan mikroorganisme pada bidang kedokteran, dengan dikembangkannya vaksin antraks, kolera dan rabies. Penemuan ini memberikan dasar bagi pemahaman teori yang muncul kemudian, yaitu bahwa penyakit dapat disebabkan oleh mikroorganisme tertentu. d. Penyakit disebabkan oleh kuman (germ theory of desease) Teori yang menyebutkan bahwa mikroorganisme dapat menimbulkan penyakit dirumuskan setelah berbagai penelitian yang dilakukan oleh Robert Koch (1843 – 1910). Koch mempelajari bahwa penyakit antraks, penyakit pada hewan yang dapat menular pada manusia, disebabkan oleh bakteri Bacillus anthracis. Koch menemukan bakteri B. anthracis selalu ada pada darah hewan yang menunjukkan gejala penyakit antraks. Selanjutnya jika darah hewan yang menderita antraks diinjeksikan ke tubuh hewan lain yang sehat, maka hewan tersebut akan menderita antraks. Koch juga berhasil mengembangbiakan bakteri B anthracis di luar tubuh hewan dengan menggunakan cairan nutrisi. Berdasarkan berbagai hasil penelitiannya, Robert Koch merumuskan postulat Koch, untuk membuktikan bahwa mikroorganisme tertentu merupakan penyebab penyakit tertentu, sebagai berikut (Gambar 1.7.): 1. Mikroorganisme selalu ditemukan pada tubuh semua penderita penyakit dan tidak ditemukan pada tubuh yang sehat 2. Mikroorganisme tersebut dapat diisolasi dari orang yang terinfeksi dan ditumbuhkan dalam biakan murni 3. Jika mikroorganisme dari biakan murni tersebut diinokulasikan ke tubuh yang sehat, maka menimbulkan gejala penyakit yang sama 4. Jika mikroorganisme itu diisolasi lagi dari hewan yang diinfeksi secara percobaan, maka menunjukkan ciri serupa dengan mikroorganisme yang pertama kali diperoleh dari penderita Perkembangan Teknik Laboratorium Penemuan berbagai jenis mikroorganisme selanjutnya dimungkinkan sejalan dengan berbagai penemuan teknik laboratorium mikrobiologi. Para penemu dan teknik penting itu antara lain ialah: a. Paul Ehrlich (1854 - 1915), menemukan teknik mewarnai sel bakteri, untuk identifikasi b. Richard J. Petri (1852 – 1951), menemukan cawan bertutup untuk memelihara biakan dalam medium agar (Gambar 1.9.) c. Martinus Beijerinck (1851 - 1931), menemukan medium diperkaya (enrichment medium) untuk isolasi mikroorganisme dari air dan tanah, yang jumlahnya sangat sedikit d. Serge Winogradsky (1856 – 1953), menemukan proses metabolisme tertentu yang dapat dilakukan oleh bakteri yang diisolasinya Perkembangan Cabang Ilmu Mikrobiologi Pada abad ke-20, perkembangan mikrobiologi berjalan dengan sangat pesat dan terpisah menjadi dua bidang besar, yaitu mikrobiologi dasar dan mikrobiologi terapan. Dalam bidang mikrobiologi terapan postulat Koch mendorong pada berkembangnya ilmu mikrobiologi kedokteran dan immunologi, dengan ditemukannya berbagai jenis mikoorganisme patogen dan diketahuinya mekanisme penularan serta kekebalan sebagai respon tubuh terhadap infeksi. Mikrobiologi pertanian berkembang sebagai kelanjutkan berbagai penemuan Beijerinck dan Winogradsky yang banyak mempelajari jenis dan prose mikroorganisme tanah dan air, baik yang menguntungkan maupun merugikan bagi pertumbuhan tanaman. Setelah berakhirnya perang dunia II, berkembang pula mikrobiologi industri, yang mengarah pada penemuan dan pemanfaatan mikroorganisme yang memiliki kemampuan menghasilkan antibiotik dan komoditi kimia lainnya Mikrobiologi perairan merupakan cabang mikrobiologi yang mempelajari cara mendapatkan air yang aman dikonsumsi dan pengolahan limbah, sementara ekologi mikrobial mempelajari keanekaragaman jenis dan aktivitas mikroorganisme dialam. Penerapan Mikrobiologi pada Bidang Peternakan dan lainnya Hal yang seringkali tidak disadari adalah peran mikroba dalam proses penyerapan zat-zat makanan didalam tubuh hewan. Padahal kemampuan organisme uniseluller untuk mengubah sebagian besar metabolit dari substansi organik dan anorganik sederhana, merupakan faktor yang sangat penting dalam mencukupi kebutuhan zat-zat makanan banyak hewan. Di dalam rumen ternak terdapat populasi mikroba yang cukup banyak jumlahnya.Mikroba Kehadiran fungi di dalam rumen diakui sangat bermanfaat bagi pencernaan pakan serat, karena dia membentuk koloni padajaringan selulosa pakan. Rizoid fungi tumbuh jauh menembus dinding seltanaman sehingga pakan lebih terbuka untuk dicerna oleh enzim bakteri rumen. Beberapa jenis mikroorganisme yang digunakan atau dicampur ke dalam pakan ternak ruminansia berasal atau diisolasi dari makanan manusia seperti ragi (Saccharomyces cerevisiae), Aspergilhis oryzae. Lactobacillus sp., Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan, seperti: bidang pertanian untuk meningkatkan produktifitas hasil pertanian; bidang makanan dan industri untuk menghasilkan produk makanan alternatif yang kaya dengan gizi serta dapat membatasi kerusakan bahan pangan dan hasil olahan makanan Dalam bidang kesehatan penggunaan mikroorganisme dapat mengetahui lebih dalam tentang penyakit infeksi, penyebarannya serta cara pengobatannya dengan berbagai cara seperti pemberian antibiotika. Dalam bidang lingkungan penggunaan mikroorganisme diaplikasikan dalam pemulihan dan remediasi lingkungan yang tercemar.