DNA

SEBAGAI BAHAN GENETIKA

Dr. Muzuni, S.Si., M.Si.

- Pusat Studi Wallacea Lembaga Penelitian Univ. Haluoleo Kendari
- Jurusan Biologi, FMIPA, Univ. Haluoleo Kendari
E-mail: muzuni71@yahoo.co.id
 SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1865, Gregor Mendel menduga bahwa suatu bagian
dari sel bertanggungjawab atas sifat yang
diturunkan dari satu generasi ke generasi
berikutnya
1868, Friedrich Miescher menemukan senyawa kimia
yang berasal dari inti sel
1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat
 SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1882, Walther Flemming menemukan kromosom
adalah bagian dari sel yang ditemukan Mendel
1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van Beneden
menemukan bahwa suatu jasad memiliki jumlah
kromosom tertentu
1902, Walter Stanborough Sutton menyatakan bahwa
kromosom berpasangan
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1910, Thomas Hunt Morgan menemukan bahwa
bahan pembawa sifat adalah gen yang berada di
dalam kromosom
1926, Hermann Muller menemukan bahwa sinar X
dapat menginduksi mutasi
1928, Fred Griffith menemukan perubahan bentuk
dinding sel Streptococcus pneumoniae
Penemuan transformasi sel: Penelitian Griffith (1928)
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1935, Andrei Nikolaevitch Belozersky berhasil
mengisolasi DNA murni
1940, Erwin Chargaff menemukan bahwa organisme
berbeda memiliki nisbah 4 basa penyusun DNA
yang berbeda
 KOMPOSISI BASA PENYUSUN DNA
Organisme A G C T
Escherichia coli 24,7 26,0 25,7 23,6

Khamir 31,3 18,7 17,1 32,9

Gandum 27,3 22,7 22,8 27,1

Salmon 29,7 20,8 20,4 29,1

Ayam 28,8 20,5 21,5 29,3

 Hasil Penelitian Chargaff
1. DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan
organisme yang sama memiliki komposisi
basa yang sama
2. Komposisi basa DNA beragam pada
organisme yang berbeda
3. Komposisi basa DNA suatu spesies tidak
berubah oleh umur, nutrisi, dan lingkungan
4. Jumlah residu adenin selalu setara dengan
jumlah residu timin, sedangkan jumlah
residu guaninn selalu setara dengan jumlah
residu sitosin
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1941, George Beadle dan Edward Tatum
menemukan hubungan mutasi dengan kerusakan
proses biokimia sel
1944, Oswald Theodore Avery, Colin MacLeod dan
Maclyn McCarty yang melanjutkan pekerjaan
Griffith menemukan bahwa DNA adalah bahan
yang menyebabkan perubahan bentuk dinding sel
Streptococcus pneumoniae
Penelitian Avery, MacLeod, dan McCarty
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1952, Alfred Hershey dan Martha Chase melalui
penelitian menggunakan P dan S radioisotop
membuktikan DNA sebagai bahan pembawa
informasi genetika
1953, James Watson and Francis Crick menyatakan
bahwa DNA adalah benang ganda anti paralel,
berbentuk heliks yang saling berkomplemen
Penelitian Alfred Hershey dan Martha Chase
Penelitian
Watson dan Crick
 Dengan dukungan data difraksi
sinar-X dari Rosalind Franklin dan
Maurice Wilkins
 Dengan dukungan data analisis
kimia basa nitrogen dari Erwin
Chargaff
 Memformulasikan struktur DNA
 Mengelompokkan basa DNA
menjadi purin dan pirimidin
 Memformulasikan model replikasi
DNA
STRUKTUR NUKLEOTIDA
Tiga komponen pembentuk nukleotida:

Basa nitrogen
Gugus fosfat (pirimidin atau purin)

Gula pentosa
PIRIMIDIN & PURIN
 Diekspresikan dengan
huruf pertamanya (A, G,
C, T, U).
 Purin (A, G) dimiliki oleh
RNA dan DNA

 Pirimidin, C dimiliki
oleh RNA dan DNA,
tetapi
 T terdapat di DNA, dan
 U terdapat di RNA
 DEOKSIRIBONUKLEOTIDA
2'-deoksiribosa dengan basa (dalam
contoh ini purin, adenin atau guanin)
terikat pada atom C-1' adalah
deoksiribonukleosida (dalam contoh
ini deoksiadenosin dan
deoksiguanosin).

Terfosforilasi pada atom C- 5'

menjadi nukleotida (dalam contoh
ini, deoksiadenilat dan
deoksiguanilat)

Deoksiribonukleotida dinamai dengan singkatan (pada contoh ini) A,

atau dA (deoksiA), atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat)
Deoksiribonukleotida Utama
DNA
Monomer nukleotida dapat berikatan
satu sama lain melalui ikatan
fosfodiester antara -OH di atom C
nomor 3‘nya dengan gugus fosfat dari
nukleotida berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida
yang dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor 5'
nukleotida pertama dan gugus
hidroksil di atom karbon nomor 3'
nukleotida terakhir.
 STRUKTUR DNA
 DNA terdiri atas dua rangkaian
heliks anti-paralel (paralel
berlawanan arah) yang melilit ke
kanan suatu poros.
 Ukuran lilitan adalah 36 Å, yang
mengandung 10.5 pasangan basa
per putaran.
 Kerangka yang berselang-seling
antara gugus deoksiribosa dan
fosfat terletak di bagian luar.
 Ikatan hidrogen antara basa purin
dan pirimidin terletak d bagian
dalam.
STRUKTUR DNA
IKATAN HIDROGEN ANTAR
RANGKAIAN BASA DNA

Watson-Crick base pairing

RANGKAIAN BENANG DNA
 Basa penyusun suatu benang DNA
yang antiparallel tidak sama
melainkan bersifat komplemen
terhadap benang pasangannya.
 Basa C berpasangan dengan G,
sedangkan A dengan T. Hal ini
sangat bemanfaat dalam kaitan
untuk penyimpanan dan
pemindahan.
 PERAN DNA
• DNA terletak di kromosom dan kloroplas
• DNA mengandung gen, informasi yang
mengatur sintesis protein dan RNA.
• DNA mengandung bagian-bagian yang
menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter,
operator, dll.)

Sintesis Protein terjadi di Ribosom

PERAN RNA
• Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan
pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom
• Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen
dari ribosom, mesin biologis pembuat protein
• Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang
menterjemahkan informasi dalam mRNA
menjadi urutan asam amino
• RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di
antaranya fungsi-fungsi katalis
RNA
 Monomer nukleotida dapat berikatan
satu sama lain melalui ikatan
fosfodiester antara -OH di atom C
nomor 3‘nya dengan gugus fosfat dari
nukleotida berikutnya.
 Kedua ujung poli- atau
oligonukleotida yang dihasilkan
menyisakan gugus fosfat di atom
karbon nomor 5' nukleotida pertama
dan gugus hidroksil di atom karbon
nomor 3' nukleotida terakhir.
 RIBONUKLEOTIDA
 Gula ribosa yang berikatan
dengan basa nitrogen (dalam
contoh di samping adalah suatu
pirimidin, urasil dan sitosin)
pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut ribonukleosida (dalam
contoh di samping adalah uridin
dan sitidin).
 Ribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom karbon
nomor 5‘nya disebut
ribonukleotida (dalam contoh di  Penyampaian ribonukleotida
samping adalah uridilat atau biasanya dalam bentuk singkatan
sitidilat) (misalnya) U, atau UMP (uridin
monofosfat)
RIBONUKLEOTIDA UTAMA
PENAMAAN NUKLEOTIDA
 DOGMA UTAMA BIOLOGI
Replikasi

Transkripsi Translasi
 Ringkasan tentang Replikasi DNA
• Terjadi secara semikonservatif, masing-masing
benang DNA berfungsi sebagai cetakan untuk
sintesis DNA pasangannya
• Terjadi di replikon yang terdiri dari “origin of
replication” dan dua garpu replikasi (bidirectional)
• Masing-masing garpu replikasi tersusun atas
kompleks enzim, termasuk di dalamnya DNA
polymerase
– Terlibat juga enzim-enzim primase, helikase,
topoisomerase
REPLIKASI DNA
• Pada replikasi DNA, masing-masing
untai DNA berfungsi sebagai cetakan
untuk sintesis untai pasangannya
yang baru, menghasilkan dua
molekul DNA.
• Cara ini disebut cara replikasi
semikonservatif.
• Replikasi cara semikonservatif
membutuhkan pemisahan untai
DNA (pelelehan sebagian, atau
denaturasi) sehingga untai tetua
menjadi cetakan.
PERCOBAAN MESELSON-STAHL
 SINTESIS DNA
Pertumbuhan benang DNA
Pertumbuhan
5’ 3’
garpu replikasi

3’ 5’
Pertumbuhan benang DNA
 Benang DNA ‘Leading’ and ‘Lagging’
• Terjadi karena sintesis DNA terjadi hanya
pada arah 5’ ke 3’
• Kedua benang DNA mengalami proses yang
berbeda
– Sintesis DNA pada benang ‘leading’ terjadi secara
‘continuous’+
– Sintesis DNA pada benang ‘lagging’ terjadi secara
discontinuous
• Membentuk fragmen Okazaki
leading • Fragment-fragmen kemudian akan terhubung oleh
aktivitas DNA ligase

lagging
Sintesis benang DNA ‘Lagging’
Harus ada primer (i.e.
3’-OH) untuk memulai
sintesis DNA
Primase berfungsi untuk
membuat primer RNA

Harus menyambung
fragmen-fragmen DNA
Hal ini dilaksanakan oleh
enzim DNA ligase
 Mesin Replikasi DNA

Fungsi primase? Fungsi helikase?

Fungsi topoisomerase? Fungsi single-stranded DNA binding proteins?
 ‘Origin’ dari Replikasi DNA
• Replikasi DNA dimulai dari suatu urutan
nukleotida spesifik yang disebut ‘origins of
replication’
– Dikenali oleh protein yang berfungsi membuka lilitan
benang DNA
• Sintesis DNA terjadi dalam dua arah dari ‘origin’
 Bidirectional DNA Replication
DNA synthesis occurs in replicons consisting
of an origin of replication and two diverging
replication forks (bidirectional)

Fork movement Fork movement

Diagram Skematik dari DNA ke RNA kemudian
menjadi Protein
Gen terekspresi
melalui 2
langkah:
Transkripsi:
Membentuk
RNA
Translasi: Sintesis
Protein
 Transcription
• RNA polymerase catalyzes RNA synthesis
– uses one DNA strand as template
• always the same strand for a given gene
– locally unwinds DNA
– adds free nucleotides to growing RNA strand at 3’ end
• 5’ to 3’ RNA synthesis
• template read 3’ to 5’
• uses rules of base pairing to synthesize complementary RNA
molecule
• starts RNA chain de novo
• Transcript is identical in sequence to nontemplate strand,
except T’s replaced by U’s
Transcription is asymmetric – only one strand of the DNA is
transcribed into RNA; the template strand
The RNA transcript has the same sequence as the
nontemplate strand

RNA is synthesized in a 5’ to 3’ direction only

The template strand is read in the 3’ to 5’ direction
Either strand of the DNA can be used as the template strand
for transcription
However, in any one gene only one strand of the DNA serves as
the template for transcription

DNA
Multiple RNA polymerases
can transcribe a gene
simultaneously creating a
train of RNA polymerases
 RNA polymerases
• Prokaryotes: single RNA polymerase
– Transcribes mRNA, rRNA and tRNA
– Transcription and translation are coupled
• Eukaryotes: three RNA polymerases
– RNA polymerase I transcribes rRNA genes
– RNA polymerase II transcribes protein-encoding genes; i.e. makes
mRNA
• primary transcript will be processed
– RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes
• Transcription and translation occur in separate compartments
of the eukaryotic cell
– In organelles they occur in the same compartment
 Translation (protein synthesis)

• Information in mRNA translated

into primary sequence of a protein
in 4 steps:
– ACTIVATION
– INITIATION
– ELONGATION
– TERMINATION
 Translation (protein synthesis)

• ACTIVATION
– Each amino acid
activated by reacting
with ATP
– tRNA synthetase
enzyme attaches
activated amino acid
to own particular
tRNA
Protein synthesis: Translation initiation
Protein synthesis:
elongation (2)
Protein translation:
termination (3)
Protein translation: summary

Elongation

Initiation

Termination
 Cell Information: Instruction Book of Life

• DNA, RNA, and Proteins

are examples of strings
written in either the four-
letter nucleotide alphabet
of DNA and RNA (A C G
T/U)
• or the twenty-letter amino
acid alphabet of proteins.
Each amino acid is coded
by 3 nucleotides called
codon. (Leu, Arg, Met, etc.)
Terima Kasih